The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
|
sequence length |
56
|
structure length |
56
|
Chain Sequence |
TYKLILNGKTLKGETTTEAVDVFDAFDVFFVYAASNFSDFDDWTYDDATKTFTVTE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Chemical synthesis and X-ray structure of a heterochiral {D-protein antagonist plus vascular endothelial growth factor} protein complex by racemic crystallography.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
D- Vascular endothelial growth factor-A
|
| molecule tags |
Growth factor/inhibitor
|
| total genus |
16
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| structure length |
56
|
| sequence length |
56
|
| chains with identical sequence |
G
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1MVK A; 2LGI A; 4OZC A; 1KH0 A; 1F2R I; 1P7F A; 1IGC A; 2J52 A; 4OZA A; 2N9K A; 2EEL A; 2KWD A; 1PGA A; 5BMH A; 2ZW1 A; 2N9L A; 3FIL B; 2J53 A; 1P7E A; 2JSV X; 2JXT A; 1PGB A; 2JWU A; 5JXV A; 1PGX A; 3MP9 A; 4D2K A; 2LHE A; 1K52 A; 2LUM A; 1IBX A; 5HG2 A; 5HI1 A; 3V3X A; 5HFY A; 3GB1 A; 1K53 A; 1YNT E; 1MHH E; 1D4B A; 2ONQ A; 1EM7 A; 2KDM A; 1UWX A; 2QMT A; 4KGS A; 2JU6 X; 1K51 A; 2NMQ A; 2ZW0 A; 1GB4 A; 4OZB A; 2QSD A; 4KGR A; 1QKZ A; 2IGH A; 4KGT A; 4GLS C; 1XCQ L; 2LHD A; 2GI9 A; 4WH4 A; 1MHX A; 2RPV A; 1YMH E; 2RMM A; 1K50 A; 5BMG A; 1GB1 A; 1MPE A; 1F2R C; 1HZ6 A; 1C9F A; 1FCC C; 2IGG A; 2PW9 A; 2JZP A; 4IKG A; 2I2Y A; 4HJG E; 2IGD A; 2KQ4 X; 4IOI E; 1MI0 A; 1XCT L; 2ON8 A; 1IGD A; 2KAC A; 1ZXH A; 5HHD G; 1IBX B; 1FCL A; 2I38 A; 3UI3 A; 5BMI A; 4HKZ E; 2N7J A; 1HEZ E; 1HZ5 A; 3FIL A; 1Q10 A; 1FD6 A; 2KN4 A; 2PTL A; 2GB1 A; 4MAC A; 1XF5 L; 2K0P A; 2OED A; 1JML A; 2PLP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2D10 A; 3SDL C; 3RI7 C; 4WUR A; 5E6P A; 1I4G A; 2L05 A; 1HQR D; 2VZK D; 5T8I A; 2ASQ A; 4J3O D; 2BVC A; 2V3P A; 2MA9 B; 3A9J B; 3SR6 A; 3GP7 A; 1PGA A; 4N59 A; 2G4S A; 4L1B A; 4NJ6 A; 4BBN C; 3RD2 A; 1OGW A; 1PGB A; 3KYC D; 4W9I A; 3PZ8 A; 1VD2 A; 2LXA A; 1WJ4 A; 2BTE A; 2MJ3 A; 5DPW A; 3RUI B; 1F1H A; 3N1X C; 2W9N A; 3ZRC A; 1M94 A; 3DVG Y; 4C80 A; 3R66 C; 1SF0 A; 2NMQ A; 2ZW0 A; 3X23 A; 3APD A; 4YT0 B; 4I6P A; 2K8B A; 3PO0 A; 4RGM A; 3RNA C; 1EO6 A; 2PMV A; 2WU5 B; 3BIN A; 3P42 A; 4GIV A; 1TS3 A; 1P98 A; 3ONS A; 2LVQ A; 2UU7 A; 4XZ4 A; 2KFJ A; 3AM9 A; 3O65 B; 4XE0 A; 3UQB A; 4YSY B; 4DHZ E; 3ABV B; 2L83 A; 4BZA A; 2YEP F; 5E6N A; 1EU3 A; 4CQN A; 1Q0W B; 2L32 A; 4LDT B; 4M02 A; 4FUL A; 3ZTC A; 4C4V A; 4YTM B; 4LCD E; 3UGB B; 4EZJ A; 3AUL A; 2KQ7 A; 1L6V A; 4KSL C; 3T3N A; 1IBX B; 4RH6 A; 1C1Y B; 1WGY A; 2N7J A; 1LQB A; 2LAS A; 4B6W A; 1C4C A; 3W1Y A; 1ZDV A; 2QJL A; 1VRA B; 3N1Z C; 1RFK A; 3PRM B; 1J7C A; 3Q8E A; 1FXI A; 1UH6 A; 1WGH A; 2W3R A; 1NYR A; 3T9L A; 3WCQ A; 2PVG C; 3U7D A; 3RUL A; 1E7V A; 2MX2 A; 4RM8 A; 2PKO A; 3Q8F A; 2Y5B B; 4PK1 A; 2N9X A; 3GE8 C; 3I5J C; 1DOX A; 2HJ1 A; 1P7E A; 1UD7 A; 4TV3 A; 4YWG G; 1VZ6 A; 3PRP B; 4NJC A; 4ZYN A; 1R4M B; 4BKS D; 2ZPY A; 1RYJ A; 1UEL A; 2KHW B; 2FUH B; 2K6Q A; 3ZNI D; 2INN E; 1Q1O A; 2K22 A; 2JPH A; 3TEX A; 1FIQ A; 2SAK A; 4K7S A; 4AS1 A; 3W1S C; 2DEN B; 4XYC A; 3DBL B; 1F77 A; 2ONQ A; 1KOT A; 3DVN U; 3TL5 A; 2OJW A; 4NPN A; 3TCA A; 1GPX A; 1GOZ A; 1QZE A; 2ZNV C; 4GB9 A; 3R2T A; 3V61 A; 2DAF A; 4WAF A; 1IPG A; 2KWV B; 2M17 A; 3QC8 B; 2EKI A; 1D3Z A; 2LVO A; 1SIF A; 2AL6 A; 4JX1 C; 3AE7 B; 3H7S A; 1E90 A; 4IC7 B; 1L0X B; 3GE3 C; 1RFA A; 1XD3 B; 3BYY B; 4MSQ B; 3TBL D; 1E8X A; 1EUV B; 1FFU A; 1N6Z A; 2JZP A; 2LGY A; 5AZH A; 2N9P C; 3RPF C; 3ZDT A; 2KAC A; 1B1Z A; 1MG4 A; 1OTR B; 3TMP B; 2L0T A; 2MBB B; 2GMI C; 2ZNV B; 3B2G A; 4A3P A; 2NBU A; 3P4S B; 5G5G A; 1HZ5 A; 1Z5S B; 4B9K A; 1WXS A; 4IWQ A; 3RNE C; 5LNK 1; 3PVL A; 5HKH A; 1LM8 B; 3C0R B; 4OHJ A; 1LFD A; 2EMS A; 2KTR B; 2NVU I; 2N7D A; 2VH2 A; 2J0M A; 2FCM A; 4PYZ A; 3BYT B; 4KKJ A; 5C2T B; 3SU8 X; 2ICI A; 2LRW A; 1BXT A; 2KC2 A; 2XEW A; 5E6J A; 4PS8 A; 3RN9 C; 3RCZ A; 3VTV A; 4ZRK A; 3Q8A A; 4WQO B; 1SB3 C; 2G3Q B; 1C3T A; 2O2V B; 2LXC A; 2WXL A; 4G50 A; 2W82 A; 4M0W A; 4ARC A; 1YJ1 A; 2BYE A; 2WDQ B; 4BOS C; 1WXM A; 2HE7 A; 4ITK A; 1E0Z A; 3PRE A; 1A5R A; 5I4D A; 3MC8 A; 4K7W A; 3VVW B; 4LNK A; 3A33 B; 1XO3 A; 2GLS A; 1SE2 A; 2INP E; 2WXM A; 1IYF A; 3MTN B; 2KDF B; 2DWQ A; 1WX9 A; 1OQR A; 1FNW A; 4R3D A; 4K3C A; 3UIN B; 2N1W A; 2LD9 A; 4GMV A; 2VZK B; 3A9J A; 4XDC A; 2MSE D; 3AXC A; 3KUD B; 3DBR B; 4P1B C; 3QWZ B; 4OVV A; 2BGF A; 1PUT A; 3GOE A; 3W2D A; 4IDI A; 4HEA 1; 3PZ7 A; 2M0A A; 2G1E A; 1F9J A; 2JRI B; 2K1F A; 2L7R A; 1H8C A; 5H8Y E; 1T6B X; 4JLC A; 4AJW A; 4ACF A; 5D7G A; 1GC7 A; 3VQI A; 4II3 B; 2NS5 A; 1N5W A; 2KZR A; 1E6E B; 2XNA C; 2J0K A; 4MM3 A; 1PFD A; 2LGS A; 2WP9 B; 1VJK A; 1ZGU B; 4FHJ A; 1ET6 A; 2BF8 B; 2DYB A; 5CX3 A; 2KLG A; 4AJY B; 1SEB D; 2KD0 A; 2LGI A; 3VXW A; 1J0G A; 3WAM A; 2RPQ A; 4H2A A; 1S1Q B; 1F2R I; 4KX6 B; 4REZ A; 4EKU A; 4W9K A; 4LNO A; 3J9C A; 3NOB A; 4G3X B; 4ZHP A; 1C76 A; 2PE9 A; 2LVP A; 3MHS D; 4RM9 A; 4PT5 A; 2Y5C A; 1TS5 A; 4NAM A; 2LUM A; 2XN9 C; 3EFC A; 1WE7 A; 1IBX A; 1OQQ A; 1XQQ A; 1V5O A; 1YN5 A; 1YQB A; 2IO1 B; 2WXO A; 1C4P A; 2KMC A; 4LJO B; 3CMM B; 4DBG A; 5DPT A; 3FC4 A; 1VDV A; 1XLO A; 1E8Z A; 4MEM A; 1D6E C; 1C4A A; 1TBE A; 1IP9 A; 2MWS B; 2L8J A; 4C7Y A; 4ASW C; 3ZQ4 A; 3BWU D; 3FKY A; 2X38 A; 3M62 B; 4IWP A; 2QEJ C; 2IO3 B; 1HZ6 A; 2OHF A; 1JWS D; 3SFE B; 4XWT A; 1GJZ A; 5LLI A; 3Q8B A; 2LGD A; 3NS1 A; 1J7B A; 2KT7 A; 3NVZ A; 4BAX A; 4USA A; 4AP4 C; 1TS4 A; 3VUW A; 2CU1 A; 4YTN B; 1OEY A; 5AUK A; 3V60 A; 4MSM B; 3V05 A; 4NZL B; 1K8R B; 1KJT A; 1TT5 B; 3ZVV A; 1NDD A; 3TJP A; 1XLQ A; 3L08 A; 2DZI A; 3PV1 A; 3SEB A; 2NTS A; 1KRH A; 1L4D B; 4B0E A; 3QJZ A; 2R2Q A; 2KN4 A; 2PTL A; 4ICV A; 5D3D A; 5GXG B; 2G4D B; 3OWE B; 1OQY A; 3P4R B; 1I7H A; 3GZN I; 1AW7 A; 4HVB A; 1C77 A; 2WHI A; 3CST A; 1EU4 A; 1VZ7 A; 2CR5 A; 1KLV A; 1NEN B; 2NPT B; 3N1Y C; 4NAW B; 4W9F A; 3W1S A; 5IOI A; 1S3S G; 2JWU A; 4RNA A; 3NVW A; 4D2K A; 3RFZ B; 3O13 A; 4L2Y A; 4HPL B; 2BWF A; 4F1S A; 3P2B A; 2Y3A A; 3R3M A; 3DBH B; 1WMH B; 2BKR B; 3PSE B; 2CS4 A; 3HIZ A; 2EMT A; 4HWI B; 2V4I B; 2WYQ A; 1FRD A; 1WGG A; 3AI5 A; 2W54 A; 1DYQ A; 1D4B A; 2MEK A; 1SGH A; 4KSK C; 4JE3 B; 1XLP A; 2LRU A; 4K3B A; 1TKY A; 2ZJD A; 1HE8 A; 1KM7 A; 5FR3 A; 5JHB A; 1KFY B; 3B9J A; 4OZB A; 1QOA A; 2KTR A; 2AQ1 B; 1RRB A; 2ZZP B; 4NJ7 A; 2A5U A; 3D32 A; 1QIL A; 2RPV A; 1I4R A; 2LZ6 A; 4RFB A; 2LWP A; 3I3T B; 4S0R A; 3R8B A; 2WGS A; 3OLM D; 2AQ2 B; 3DWM A; 5H92 C; 2M4N A; 4IOI E; 2BB6 A; 4NQK E; 1M4V A; 3DVG X; 1JRP A; 4I6N B; 4AOF A; 1YQ3 B; 2MBH A; 3B0A A; 2A4Z A; 3QK0 A; 2J4X A; 3UQA A; 1SE9 A; 3ETR A; 2KLC A; 1EWC A; 4XC2 A; 1UUP A; 4DHJ D; 5AZF A; 3I63 C; 4JQW C; 3AE8 B; 5CHW A; 4FBJ B; 1WSP A; 1ISN A; 2N1V A; 3AU4 A; 2WXQ A; 4BOZ B; 5L83 A; 2LFI A; 1WX7 A; 3UF8 A; 4M01 A; 3AE5 B; 2ZEQ A; 3N30 A; 4ZRJ A; 1I42 A; 3B1L X; 5BO4 B; 3JW0 X; 2X8X X; 2KNB A; 2JYT A; 3TSS A; 4PS3 A; 1UZX B; 1PGX A; 3JSV B; 3PLV A; 5DPR A; 4XDD A; 4M8N A; 2G45 B; 2IY1 B; 3Q3F A; 1E8Y A; 3AN1 A; 2LJ5 A; 4JPS A; 4JGH B; 3VUX A; 4KZC A; 3WAL A; 1UWX A; 3W5U B; 2RDG A; 1PYW D; 1WJN A; 3B08 A; 3ENE A; 2KJH B; 3TEZ A; 2WLB A; 2O6V D; 4PS7 A; 2LHD A; 3AEC B; 4WQM A; 1UF0 A; 2RMM A; 5BMG A; 1V80 A; 4A90 A; 3BVG A; 3H1U A; 3N20 C; 1KLG D; 2Q5W D; 2LUE A; 4WJQ A; 2ZVO A; 1WYW B; 3NY5 A; 4FJZ A; 4IKG A; 2KQ4 X; 1UNS A; 3NRZ A; 3NZU A; 1ZP0 B; 2WX0 A; 3UIO B; 1WZ3 A; 1RWS A; 3QQ8 B; 5BMI A; 3ZNH B; 1EF5 A; 1E9M A; 2J0J A; 1H4R A; 2KJ6 A; 2BW2 A; 1D5M C; 5E6O A; 2DZJ A; 3A9K B; 3C19 A; 3P63 A; 2YLM A; 1JML A; 1ESF A; 3ZKJ C; 3OG5 A; 2ZVN A; 4O1N A; 4AUQ C; 3IVF A; 4W9J A; 3JVZ X; 2KTF A; 3A1Q B; 4GOC A; 5MPO A; 4K1R B; 4MEL A; 5BYR A; 5CHV C; 5G5H A; 2KWD A; 2IO0 B; 1TJE A; 2WXH A; 1V86 A; 3IHP C; 4KIK B; 5J2R A; 4BKS A; 4WWM A; 2K8C A; 4WIP A; 4M8M A; 2LGX A; 2UYZ B; 2K39 A; 2MRP A; 5HFY A; 4IM3 A; 1CJE A; 2KN5 A; 3H7P B; 2BYF A; 1MHH E; 1XXG A; 4US9 A; 1JWB D; 5JHA A; 1L0Y B; 4GU2 A; 2NR2 A; 4FN2 A; 2IDY A; 4C00 A; 3RZF A; 1QOG A; 1L5P A; 2CHX A; 3HK0 A; 4HXD A; 2KX3 A; 4E74 A; 1XCQ L; 4FLH A; 4RF0 A; 4A3O A; 2WWZ A; 2GOW A; 1C79 A; 2OOB B; 3OAW A; 4TQ0 A; 2D2Q A; 2YVC A; 2NPT A; 4NAW A; 4EUT A; 1Y8R C; 4LK0 M; 2C60 A; 2WXN A; 3DWG C; 3ZW3 A; 1YQ4 B; 2HTM E; 4ANW A; 4CHK A; 1SJH D; 4FAD A; 1WMH A; 2R61 A; 2IJ0 A; 3AE3 B; 4ANV A; 1FCL A; 4JL9 A; 1ZXI A; 3R2I A; 1LXD A; 3AH7 A; 4KKI A; 1L4Z B; 3FIL A; 3OJ4 B; 3Q14 C; 3AU5 A; 1SXT A; 4GGQ A; 4OVZ A; 1L7Y A; 2JVC A; 3IG3 A; 2RD0 A; 3HRD D; 2WDT B; 2QIL A; 3QIJ A; 1YX6 B; 1P7F A; 1L6U A; 2BS3 B; 4KVG B; 2DAJ A; 1Y56 A; 1GUA B; 3Q3O C; 1L0V B; 3U2S C; 2BPS A; 2BWE S; 4YL8 A; 4DXF A; 1JAL A; 2HD5 B; 4HRS A; 2RDH A; 1N63 A; 4ZHO A; 2V4L A; 1YJJ A; 4BKG A; 2Z8L A; 3V6E B; 2LJI A; 2M1M A; 4HCP B; 1SE4 A; 4MJS B; 2CHW A; 3E56 A; 2FCS A; 2PPH A; 3ZUN A; 3IT4 B; 1EF1 A; 1GB4 A; 3EHV A; 5KHO A; 2VRR B; 2JUO A; 5CTR C; 4DHJ B; 1ROE A; 4GLS C; 4LJP B; 1FO4 A; 1NEK B; 4RCO A; 2RR9 A; 3QX1 A; 4WWO A; 1QT9 A; 2KX0 A; 4WJN A; 3PTF C; 1JWU D; 3JSV A; 4HJG E; 4W9L A; 4G0N B; 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5J18 A; 2L1A A; 1KTK A; 2XK5 B; 2WX1 A; 2I38 A; 2BKF A; 3PGE A; 1HEZ E; 1WWT A; 2DNF A; 3SD5 A; 1WM3 A; 3AEF B; 1ENF A; 4DQO C; 2D07 B; 3APC A; 1NBF C; 5BYS A; 2NBW B; 2REX A; 3Q8C A; 1XF5 L; 4XGA B; 1FNU A; 1T0Q C; 4C4V B; 4US8 A; 2MBE A; 5D94 A; 1RM6 C; 4LNN A; 1FXA A; 1TZO A; 2WXR A; 5FR6 A; 3PS6 A; 4CO7 A; 3A4S C; 3VRB B; 3ZLZ A; 1ZOY B; 1I35 A; 2AX5 A; 1WIA A; 3V3X A; 3U52 E; 1MJD A; 3AEE B; 3VDZ A; 2MP2 B; 3A4R A; 1VLB A; 3NS8 A; 2L0F A; 1TGZ B; 2BYT A; 2IYD B; 4C56 C; 3NUH B; 4HLE A; 1QOB A; 2IGH A; 2K3U A; 4KGT A; 1E10 A; 2FIF A; 1ZKH A; 4M00 A; 2E3T A; 1T0Y A; 1R4N I; 4HCN B; 4ZRP A; 1HA5 A; 3R7R A; 4BKT A; 4HKQ A; 2KVR A; 4ZOH C; 5TSS A; 4FHK A; 1E8W A; 4EE2 A; 1GNU A; 3RMK C; 2R2O A; 5C23 A; 3IAM 1; 1V81 A; 2B76 B; 2I1K A; 3AE4 B; 1ZXH A; 2KQS A; 5D6J B; 2Z0E B; 4MJS A; 3DBS A; 5IP4 D; 1NI3 A; 1N5X A; 3RNF C; 3W9C B; 4TSS A; 3GZN B; 3BY4 B; 1FD6 A; 2D3C A; 1V6E A; 2G9H D; 2SEB D; 2O2V A; 1MVK A; 4OZC A; 3TEW A; 4N6E B; 1WGR A; 3ZJT A; 3I57 A; 4A6Q A; 5D2M B; 1Q5W B; 5L95 C; 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