The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
|
sequence length |
56
|
structure length |
56
|
Chain Sequence |
TYKLILNGKTLKGETTTEAVDVFDAFDVFFVYAASNFSDFDDWTYDDATKTFTVTE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Chemical synthesis and X-ray structure of a heterochiral {D-protein antagonist plus vascular endothelial growth factor} protein complex by racemic crystallography.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Growth factor/inhibitor
|
| molecule keywords |
D- Vascular endothelial growth factor-A
|
| total genus |
16
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| structure length |
56
|
| sequence length |
56
|
| chains with identical sequence |
G
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JSV X; 1F2R I; 3V3X A; 4OZC A; 4OZA A; 2GB1 A; 2I2Y A; 1KH0 A; 4MAC A; 1XCT L; 5HI1 A; 2N9K A; 2JU6 X; 2ZW1 A; 4D2K A; 2ON8 A; 2IGH A; 2ONQ A; 2IGG A; 1C9F A; 1K50 A; 2KDM A; 5BMI A; 5HHD G; 1ZXH A; 3FIL B; 5BMH A; 1EM7 A; 1HZ5 A; 2NMQ A; 1P7E A; 1FCC C; 2LHD A; 1MHX A; 4OZB A; 1YMH E; 1FCL A; 4KGR A; 1GB4 A; 1MHH E; 3GB1 A; 4KGT A; 2GI9 A; 1XCQ L; 2N7J A; 2J52 A; 2PLP A; 1GB1 A; 1HZ6 A; 4WH4 A; 4IKG A; 1D4B A; 5JXV A; 1YNT E; 2KN4 A; 1XF5 L; 2N9L A; 1QKZ A; 1PGB A; 2JXT A; 4KGS A; 2JZP A; 5HFY A; 3UI3 A; 2IGD A; 2LHE A; 2EEL A; 1MVK A; 3MP9 A; 1JML A; 1IGC A; 2KAC A; 2ZW0 A; 1PGX A; 2J53 A; 2RMM A; 2LGI A; 5BMG A; 1MPE A; 1Q10 A; 2PTL A; 2PW9 A; 2QSD A; 1HEZ E; 1IBX A; 3FIL A; 2RPV A; 1IGD A; 1PGA A; 2JWU A; 4HKZ E; 1K52 A; 2QMT A; 2OED A; 1K51 A; 1F2R C; 1P7F A; 2K0P A; 5HG2 A; 2KQ4 X; 4HJG E; 4GLS C; 2LUM A; 1K53 A; 4IOI E; 2I38 A; 1UWX A; 1FD6 A; 2KWD A; 1IBX B; 1MI0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1J7B A; 2WU5 B; 4HLE A; 4DHZ B; 1OTR B; 3I5J C; 2KWV B; 1OQY A; 4FA6 A; 2KDE B; 2MBB B; 4PYU A; 1KF6 B; 4RM8 A; 1J8C A; 1WGK A; 5AUK A; 2DYO A; 4FHK A; 4X57 B; 2MEK A; 3L0W B; 3T9L A; 3N20 C; 4H2A A; 1EU3 A; 1ENF A; 2K1F A; 3PPA A; 3H8H A; 4KSK C; 4WQM A; 1XCQ L; 2IBI B; 3MC0 B; 1ISN A; 3BY4 B; 3UQA A; 4KIK B; 5G55 A; 3E56 A; 3OWE B; 2KLC A; 3ZIM A; 5JXV A; 2TSS A; 2LAS A; 2VH2 A; 2N9L A; 3DBH I; 4YTP B; 1N5X A; 1V5T A; 4YT0 B; 1LFD A; 4MGZ E; 2IYD B; 1ZKH A; 3MP9 A; 4FUL A; 3QIJ A; 2K39 A; 2DYM A; 3ZO5 B; 4F7Z A; 3V60 A; 3UGB B; 2PE9 A; 2SAK A; 2CJN A; 4A3P A; 1VR9 A; 1TS3 A; 4WJN A; 2LMC A; 4LCD E; 3AV8 A; 3W1S A; 4EE2 A; 3RYT A; 1Z5S B; 1DGJ A; 2O6V B; 4MEL A; 3ZQ4 A; 1XLQ A; 4FBJ B; 1TTN A; 2WQY B; 2FE8 A; 3APC A; 4MSM B; 2LVP A; 1C4A A; 3SHQ A; 1YJI A; 2HDE A; 3QA8 A; 2ZNV B; 5EE0 A; 1DOX A; 3KWV A; 3J9C A; 4RGO S; 3ZNH B; 4NZL B; 2MBE A; 4W9L A; 3HRD D; 1VZ8 A; 4FJZ A; 4ZRJ A; 2L7R A; 1XO3 A; 5HFY A; 4EKU A; 1HA5 A; 1JRP A; 3T3O A; 1CQV A; 2DZM A; 2Z59 B; 4BKT A; 2CHZ A; 3N3K B; 4MAC A; 3M95 A; 1V8C A; 3H6N A; 4XYC A; 2KTR A; 2XBB C; 4MJS A; 1SGH A; 2KAN A; 2BS4 B; 4C80 A; 2ONQ A; 2JF5 A; 2JVC A; 2BBC A; 3GE8 C; 2BB6 A; 2DYB A; 4HWI B; 1SSN A; 3VRB B; 1ET6 A; 2ASQ A; 2DWQ A; 3CST A; 3LB8 C; 4XZ4 A; 2NTS A; 3VR9 B; 1WXQ A; 2YEP F; 1FXT B; 2MJ3 A; 4IM2 A; 2QC8 A; 2D07 B; 1XF5 L; 4A20 A; 2MP2 A; 2DLB A; 4WWO A; 1NI3 A; 1F52 A; 2W55 A; 1XLN A; 3TJP A; 2PPH A; 4W9H A; 3HHM A; 1N62 A; 4WUR A; 3ZJU A; 3I57 A; 2WXJ A; 3V05 A; 3PHW B; 1WJ4 A; 3GS2 A; 3H7P B; 1P98 A; 1PFD A; 1WXS A; 4JL9 A; 4R3D A; 1LXD A; 2KX0 A; 4W9I A; 1I4P A; 3Q2A C; 3VUY A; 1AAR A; 1WGY A; 3AU4 A; 2KJ6 A; 1JQ4 A; 2WXO A; 3APF A; 2K25 A; 2D10 A; 1KLU D; 4YWG G; 1PDX A; 2KQ4 X; 2ZVO A; 1VJK A; 4KVG B; 4ICU A; 4NPN A; 1I7H A; 5C2T B; 2Z0E B; 1L6V A; 2JXX A; 4W9F A; 4A8X C; 2IO1 B; 2KWD A; 4FLH A; 4IC7 B; 4W9G A; 4NAW A; 3V6E B; 4E71 A; 1AW7 A; 2W9N A; 3KQ4 A; 1SF0 A; 4WWM A; 3U7D A; 1FRD A; 3R7Q A; 1E8W A; 4HPL B; 4US9 A; 3GZN I; 5CX3 A; 4A6Q A; 4D2K A; 3TEZ A; 4BOS C; 2JZZ A; 4M02 A; 3ZDT A; 1WIA A; 3QJZ A; 3DPD A; 4GDK A; 1FPY A; 4E3C A; 4I6P A; 3AEE B; 4C4V B; 3ZGZ A; 2E3T A; 4ARC A; 1HTQ A; 1I4H A; 4F1S A; 1ZXH A; 2FUG 1; 3DVN U; 2BVC A; 3DWG C; 2DAF A; 1P7E A; 1WXM A; 3BZD B; 2CJO A; 4XDD A; 5EE9 A; 1CZP A; 2BYF A; 2J52 A; 1J19 A; 1T0Q C; 3FC4 A; 2MHJ A; 1IYF A; 4A90 A; 2IO0 B; 4PS8 A; 3DBL I; 1J7A A; 1RYJ A; 1PGB A; 1GNU A; 1EWY C; 2ZZP B; 2WS3 B; 2GOW A; 1L4D B; 2BS3 B; 1JWU D; 1JML A; 1KFY B; 2R2O A; 4O1N A; 3APD A; 4B6W A; 3RNB C; 4LLG M; 1KOT A; 4JQW C; 1STE A; 3ZNG C; 4XWW A; 3TEY A; 2GBK A; 3BK2 A; 4N6E B; 3KH0 A; 3R3M A; 1GC7 A; 2G3Q B; 1FXI A; 3UQB A; 1YX5 B; 3JSV A; 2MBQ A; 2QSD A; 2M4N A; 1EF5 A; 1J0G A; 3P4R B; 2JZ3 B; 1V2Y A; 2QMT A; 2WX1 A; 2RDH A; 1U4A A; 1WMH B; 3DBR B; 1VZ6 A; 2MBH A; 2BWE S; 4MDK E; 4GLS C; 3EUB 2; 4MGI E; 1YN5 A; 1EUV B; 1PQS A; 3AED B; 3VFK A; 2HD5 B; 3T3N A; 1FD6 A; 3NJT A; 3ZRC A; 1YQB A; 3QAQ A; 5D6J B; 2V3P A; 2WXK A; 1TYG B; 1ZDX A; 2KK8 A; 3AE1 B; 4KZ0 A; 3VR8 B; 4BZA A; 2WDV B; 3IBE A; 5FR6 A; 3WA0 A; 1QZE A; 2PVO D; 1OGW A; 3A9K B; 5CHW A; 4LNF A; 4NQL B; 1I4Q A; 2JYE A; 1GB4 A; 4JWU C; 1EF1 A; 3NVW A; 1DYQ A; 2KC2 A; 2WDT B; 2AQ3 B; 2HTM E; 5E6J A; 3WAL A; 2LVQ A; 4FHJ A; 5IOI A; 4YSZ B; 1UZX B; 2JZP A; 3UI3 A; 3EC8 A; 3QC8 B; 2L3Z A; 3K9O B; 2VRR B; 3B2F A; 1DOY A; 2M19 A; 3MJW A; 1E8X A; 3DWM A; 4K3C A; 1GOZ A; 3NS8 A; 3BK1 A; 2M1M A; 5D94 A; 4XGA B; 1WGR A; 4KV2 A; 4IDI A; 3KUZ A; 2JX5 A; 2QCZ A; 3DCG A; 3KVF B; 2Y5C A; 3C8Y A; 4EZJ A; 2AQ1 B; 4L23 A; 2RPV A; 3Q3N C; 3BWU D; 1PGA A; 4FJY A; 2K8C A; 1F2R C; 2MJD A; 1ET9 A; 1P7F A; 4DHZ E; 2L83 A; 4K7U A; 1Y56 A; 1C4P A; 2MX2 A; 1TT5 B; 4HRO A; 4BKG A; 2W3S A; 1P3Q U; 4IOI E; 3QX1 A; 1SIF A; 4MM3 A; 3WAP A; 3SFD B; 5AZH A; 1MI0 A; 1GJZ A; 3Q8E A; 3ZXR A; 2L0F A; 5IN7 A; 4OZA A; 2D3A A; 3D32 A; 2KYW A; 1E90 A; 2K9X A; 3L17 A; 4DK5 A; 5DPS A; 3TL5 A; 3QAR A; 1I4R A; 2K6D B; 2J0M A; 3KUD B; 3ZXV A; 4GIV A; 3CF6 E; 3O13 A; 2KFJ A; 1GB1 A; 1LGR A; 1E7P B; 2LXC A; 3BVG A; 2NTT A; 4OVV A; 3OJ4 B; 1YNT E; 1V5O A; 5E6O A; 1CMX B; 1KJT A; 3Q14 C; 4HDQ A; 2VZK D; 2J0J A; 1A70 A; 4LDT D; 4ACF A; 4II2 B; 4L1B A; 3R2I A; 2H89 B; 2MCN B; 1OQR A; 1E7V A; 2RDB C; 2G9H D; 4GDL A; 2PVG C; 2IJ0 A; 1JWB D; 4MGK E; 2PW9 A; 2XK5 B; 1UWM A; 2C9W B; 3EHV A; 1TIF A; 4XE0 A; 2N1W A; 1TZO A; 2J0K A; 2JT4 B; 1IUE A; 2FCM A; 5CTR C; 1N60 A; 1QQR A; 2OJW A; 1SEB D; 3B2G A; 3NVV A; 1VLB A; 1DOI A; 4ARI A; 4DBG A; 2JWZ A; 4RM9 A; 3AE5 B; 2LUM A; 4RGT A; 3A9J A; 1WGD A; 3NZS A; 2HJ8 A; 3AE7 B; 4E74 A; 4A9A A; 3U8Z A; 1BML C; 4EZK A; 4OVU A; 3NOB A; 1AYF A; 1E8Y A; 1GC6 A; 1EO6 A; 3RT3 B; 3MC8 A; 2AL3 A; 3AE9 B; 2BYE A; 2A5U A; 2KWU B; 2KTF A; 2DX5 B; 4RF1 A; 1JWA D; 2MJE A; 3IVF A; 4KKI A; 4FJV B; 2V3N A; 1WF9 A; 3SU8 X; 1ZPS A; 2ZCC A; 3BVZ A; 2GRI A; 4ZHO A; 1E10 A; 2RGF A; 3DBH B; 2IZV B; 1QIL A; 4KSL C; 1EWC A; 3SR6 A; 3TMP B; 1SE2 A; 4CQN A; 1Q1O A; 3AB5 A; 4IKG A; 4L2Y A; 2LGY A; 3EFC A; 3OG5 A; 2FID A; 1ESF A; 3KYC D; 4REZ A; 2KJH B; 2EKI A; 3P63 A; 2W82 A; 4JLC A; 1JAL A; 1XQQ A; 1UGJ A; 4ZYN A; 3TBL D; 4IWQ A; 4S0R A; 4AJW A; 5EDS A; 2D3B A; 5L83 A; 2L05 A; 1N63 A; 4YSY B; 1JCK B; 2ZW0 A; 4C7Y A; 2D3G A; 2FBW B; 3DVG Y; 5JZE B; 4G3X B; 4I6L B; 2WHI A; 1MPE A; 1WGG A; 1KLG D; 4USA A; 3DVN V; 3K9P B; 3FIL A; 1ZGU B; 1UEL A; 2JQR B; 2OED A; 1WXV A; 2BKF A; 1SE9 A; 3OLM D; 5D2M B; 3P42 A; 3ZYY X; 3WAN A; 1RRB A; 3U30 A; 4DXF A; 4NJ7 A; 3U7Z A; 3N30 A; 3ALB A; 3VAW A; 1L4Z B; 2KDB A; 3ZTC A; 3RFZ B; 1V1O A; 3RZF A; 5G5G A; 4G50 A; 3SEB A; 2M0A A; 2R61 A; 1P0R A; 1B9R A; 2MQJ A; 3P4P B; 3RNA C; 1P9D U; 3N1Z C; 5EE3 A; 3ML8 A; 2BW2 A; 2ZW1 A; 3VH4 B; 5TSS A; 4ANW A; 4NNJ B; 3BYY B; 1WSP A; 3H9D A; 4AWJ A; 3ABV B; 4HPM B; 2WDR B; 2LI5 A; 4DDI D; 3PT2 B; 3ZNI D; 1FFU A; 1MHX A; 2YLM A; 1YMH E; 4OZB A; 2KQS A; 5LNK 1; 1T3Q A; 3IG3 A; 1SJE D; 2KX3 A; 2BYT A; 1RAX A; 1D4B A; 1NDD A; 3TUO A; 5JH5 C; 4KGS A; 2C7N B; 2M8S A; 2MBO A; 3B1L X; 1RM6 C; 2XN9 C; 2YVC A; 4LDT B; 3HVD A; 4HVB A; 3VH3 B; 2PMV A; 2LVO A; 1FMA D; 3AN1 A; 2IPK D; 2RSU A; 2IO2 B; 2KTR B; 1AN8 A; 3PRZ A; 4IG7 B; 4MJS B; 1C1Y B; 2AWT A; 1TKG A; 1OEY A; 1VRA B; 1C78 A; 3WAO A; 4M8M A; 2DZK A; 3KYD D; 3B08 A; 4RMA A; 4GU2 A; 3DBS A; 2I1J A; 4AP4 C; 3W2D A; 4PYZ A; 3M62 B; 1R4M B; 4DWF A; 4HJG E; 3WAM A; 2MRP A; 1XEE A; 5GMV A; 2CS4 A; 1UBQ A; 1ACC A; 2WGS A; 3L4P A; 1F1H A; 3VUX A; 2QDF A; 2MW5 A; 1YJ1 A; 5C3J B; 1T0S C; 2J42 A; 2MP2 B; 1ZW7 A; 4GXB A; 4AOF A; 4WAA A; 1TGZ B; 2FCN A; 5BYS A; 1L0V B; 3P2B A; 1MJD A; 3T8M A; 1T0Y A; 3AU5 A; 2NR2 A; 4KDL B; 2B76 B; 2QEJ C; 3W9C B; 5HI1 A; 1FO4 A; 3AE3 B; 1QT9 A; 3QWZ B; 2DAJ A; 3URY A; 1WZ0 A; 4XDC A; 4J3O D; 3RD2 A; 5IAA C; 1D6E C; 3PRM B; 4US8 A; 3A1Q A; 3AUL A; 2WXG A; 2JYT A; 1XLP A; 5T8I A; 2L1A A; 5BMH A; 2BWF A; 5HKH A; 5E6P A; 3DBL B; 2GMI C; 4NQK E; 4HRS A; 2UYZ B; 1OQQ A; 1NYQ A; 1Q5W B; 4ZDV A; 1WM2 A; 2N1V A; 4BVU C; 3DVG X; 2NBV B; 2RR9 A; 2KN4 A; 2ZPY A; 3PTF C; 3TEW A; 2C5L C; 2V1Y A; 2WXR A; 1C76 A; 1L7Y A; 3RMK C; 4NAW B; 3PS6 A; 5AUI A; 2KMM A; 2KDF B; 3IFW B; 1QLB B; 4B9K A; 1UGM A; 3L10 B; 3AE4 B; 3FKY A; 5BMG A; 2KVR A; 4GDK B; 3IAS 1; 1QOG A; 2ZNV C; 3CIR B; 3BII D; 3VDZ A; 1L0Y B; 1VD2 A; 4Q2J A; 4DXA B; 3IHP C; 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3UIN B; 4AJY B; 2PKO A; 1UH6 A; 3V3X A; 4OZC A; 1JRU A; 3DHI C; 4M0W A; 2OJR A; 4N9F 4; 2PIA A; 4GN1 A; 4F8C B; 2LGX A; 3BIN A; 4HCN B; 1OFF A; 3M63 B; 5E6N A; 2ZVN A; 4OW0 A; 2UU7 A; 5BMI A; 2LRW A; 1SE4 A; 2N9P C; 3A4R A; 4TMA B; 1V86 A; 2KFK A; 1FXA A; 2KD0 A; 1R4N I; 4M8N A; 5TR5 A; 3X0W A; 4A3O A; 2BF8 B; 3CWI A; 4JGH B; 3PZ7 A; 2WLB A; 2LWP A; 1YX6 B; 2EKE C; 3AEC B; 4K81 A; 1MG8 A; 2O6V D; 3QQ8 B; 4MM3 B; 1WR6 E; 3ZW3 A; 5J17 A; 1NI2 A; 3ZJV A; 4C00 A; 4MT5 A; 3OAW A; 3RPF C; 1L2N A; 1F9J A; 2FUH B; 2O2V A; 3L08 A; 4ANX A; 1V80 A; 3DHH C; 5G2N A; 1WGH A; 4EUT A; 2NBW B; 4RFB A; 1HEZ E; 4YXD B; 2GBN A; 1IGD A; 4PK1 A; 1SIJ A; 3IT6 B; 1X1M A; 1YQ3 B; 4YSX B; 3AEB B; 2REX A; 3BYT B; 4MEM A; 4HKQ A; 4HJK A; 5LXH A; 1ZP0 B; 2ZJD A; 1K8R B; 3U4E G; 1WH3 A; 1YJJ A; 2AYO B; 4JX1 C; 3JVZ X; 3UF8 A; 4ZYS A; 1K53 A; 2KJR A; 4QAY A; 4TV3 A; 2K5P A; 3DDC B; 4FAD A; 4HPP A; 3HK0 A; 1FFV A; 3MC9 A; 4RCO A; 1SB3 C; 2NPT A; 1M4V A; 1V1P A; 4AUQ C; 4M00 A; 2LXA A; 2EMS A; 2Q5W D; 2D5G A; 1FNV A; 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