The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
|
sequence length |
56
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structure length |
56
|
Chain Sequence |
TYKLILNGKTLKGETTTEAVDVFDAFDVFFVYAASNFSDFDDWTYDDATKTFTVTE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Chemical synthesis and X-ray structure of a heterochiral {D-protein antagonist plus vascular endothelial growth factor} protein complex by racemic crystallography.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
D- Vascular endothelial growth factor-A
|
| molecule tags |
Growth factor/inhibitor
|
| total genus |
16
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| structure length |
56
|
| sequence length |
56
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| chains with identical sequence |
G
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2N9L A; 1FCL A; 2N7J A; 1KH0 A; 2JWU A; 1PGA A; 2PTL A; 1MI0 A; 2JXT A; 4OZB A; 1HZ6 A; 1IBX A; 4OZC A; 1HZ5 A; 4OZA A; 1HEZ E; 1GB1 A; 5JXV A; 2I38 A; 4D2K A; 1Q10 A; 2ZW0 A; 1XF5 L; 2JZP A; 2LGI A; 1P7E A; 1PGX A; 1PGB A; 2JSV X; 1IGC A; 4KGR A; 1D4B A; 1XCQ L; 1QKZ A; 2NMQ A; 2J53 A; 2IGH A; 5HG2 A; 2RMM A; 4KGT A; 1MPE A; 1MVK A; 1IGD A; 1XCT L; 4KGS A; 1UWX A; 1C9F A; 4HKZ E; 2GB1 A; 1FD6 A; 4MAC A; 2QMT A; 1EM7 A; 4WH4 A; 1MHX A; 1F2R I; 5HI1 A; 3MP9 A; 2EEL A; 1YMH E; 1GB4 A; 2QSD A; 2K0P A; 1MHH E; 1K50 A; 3V3X A; 2KWD A; 2KAC A; 4IOI E; 2IGG A; 2KN4 A; 5BMH A; 2IGD A; 3FIL B; 1FCC C; 2J52 A; 2LHD A; 4HJG E; 4IKG A; 1K52 A; 3FIL A; 2ONQ A; 5HFY A; 1P7F A; 1F2R C; 2ON8 A; 2RPV A; 2OED A; 1ZXH A; 2PW9 A; 1JML A; 1K51 A; 3GB1 A; 4GLS C; 2PLP A; 2LUM A; 1K53 A; 2LHE A; 3UI3 A; 1YNT E; 5BMG A; 2KQ4 X; 5BMI A; 2N9K A; 2GI9 A; 1IBX B; 2ZW1 A; 2JU6 X; 2I2Y A; 5HHD G; 2KDM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2IPK D; 3Q3J A; 2M0X A; 4K81 A; 2KAJ A; 1I4P A; 4LNI A; 3AH7 A; 4FXC A; 3AE4 B; 3H7S A; 4W9G A; 2RPQ A; 3ONS A; 4OZA A; 1HEZ E; 3B9J A; 1J19 A; 4YXD B; 1V6E A; 1WX8 A; 4DDG D; 3AU4 A; 3VFK A; 2BYF A; 1D3Z A; 1SIJ A; 2Y3A A; 2NCN A; 3PV1 A; 1TS2 A; 1EO6 A; 4A6Q A; 3IT6 B; 3L0W B; 4KZC A; 4GDK B; 1MPE A; 3KWV A; 1XLP A; 3PRM B; 2WP9 B; 3AE5 B; 2AL3 A; 4FUL A; 3ZLZ A; 1WGR A; 5FR3 A; 3MC9 A; 2LGX A; 2K8B A; 4C56 C; 1F2R I; 1CQV A; 5CTR C; 2EEL A; 3NS8 A; 2LXA A; 3AU5 A; 4F1S A; 2XN9 C; 1WSP A; 1GB4 A; 4ARC A; 3AEG B; 2M17 A; 3SEB A; 2FCM A; 2KTR B; 4IOI E; 3U52 E; 3RZW C; 5H8Y E; 3WAN A; 2LVO A; 2BS2 B; 2PE6 B; 1YOV B; 1R4M I; 1FRD A; 4IKG A; 2JVC A; 4JWS C; 1C4A A; 1P7F A; 4GDL A; 3OJ4 B; 1E90 A; 3I57 A; 3RD2 A; 2HD5 B; 3R7R A; 1JML A; 2DX5 B; 2WDQ B; 1FXI A; 4BKS D; 4XWT A; 3B0A A; 2PEA A; 3WAP A; 1XLQ A; 1VDV A; 3NOB A; 4BAX A; 1E0Z A; 2LWP A; 2LJ5 A; 2KDM A; 2WXL A; 1JRO A; 3PPA A; 1V5O A; 3IHP C; 2WU2 B; 4ARI A; 2KK8 A; 5D2M B; 1ZGU B; 3PZD A; 2AQ1 B; 4TSS A; 2G9H D; 4KSK C; 4ANU A; 3OJ3 A; 4AQ7 A; 1GB1 A; 2FBW B; 2AX5 A; 1MG4 A; 2DYO A; 4D2K A; 2QEJ C; 2KDE B; 3EHV A; 1JWA D; 3Q3N C; 1Z5S B; 2RR9 A; 1S1Q B; 1KM7 A; 3ZYY X; 2KO3 A; 1XD3 B; 4ZHP A; 1I4R A; 4K7W A; 3W2D A; 3Q6B A; 5GXG B; 4E3C A; 2M19 A; 5CHF A; 2BBC A; 1XCT L; 3P4Q B; 4FBJ B; 3KWL A; 3PZ8 A; 4LK0 M; 2MBH A; 1UGM A; 2ZPN A; 3P4R B; 4TQ1 A; 3ZNG C; 1F0Z A; 1D5M C; 2HE7 A; 1SXT A; 1E8W A; 3DVG X; 1TJE A; 3PLV A; 1WMH B; 4M01 A; 3T8M A; 2LMC A; 2CR5 A; 3W1S A; 3P1M A; 1HTO A; 2LFI A; 2K9X A; 1X1M A; 4RFB A; 2KKC A; 2WNM A; 1V80 A; 3DBR B; 2L3Z A; 4M8M A; 5C2T B; 2N9P C; 2UWQ A; 3BIN A; 4HDO A; 1WX9 A; 2MSE D; 4TUU A; 3B1L X; 4RF0 A; 5LLI A; 1CZP A; 3MHZ A; 3MTN B; 4S0R A; 1V9J A; 4ZDV A; 4OHJ A; 1STE A; 4BOZ B; 4MGK E; 1QOB A; 2KWC A; 5HFY A; 1L6V A; 3H8H A; 1XT9 B; 3KLS X; 3RCZ A; 4K3C A; 2O2V B; 2WWZ A; 2NTS A; 2FUH B; 3M3J A; 1FIQ A; 3PLU A; 2A5U A; 2BYE A; 5BMG A; 3ZRC A; 2M0A A; 3TCA A; 4IUM B; 3DWM A; 4M00 A; 2JU6 X; 2N1V A; 3I3T B; 1QF6 A; 2J4X A; 1RM6 C; 2QJL A; 2HDE A; 2MJD A; 3N1X C; 2GBR A; 3RUI B; 3MC8 A; 4HPL B; 3TJP A; 2BW2 A; 1L0X B; 3AE6 B; 2Y5P A; 3RN9 C; 4YSZ B; 4W9F A; 4B0M A; 3Q8C A; 5KHQ A; 4AP4 C; 3Q8B A; 4ACF A; 4PS7 A; 3ECI A; 4RM9 A; 3L13 A; 3MJW A; 1QQR A; 4NAW A; 4GSW A; 3TEW A; 1IP9 A; 2R61 A; 3LJ3 A; 2PVG C; 1P1A A; 4RH6 A; 4B6W A; 2MCN B; 2KJ6 A; 2G45 B; 2VZK D; 4B95 A; 3UF8 A; 2KT7 A; 1NDD A; 1SE2 A; 2E3T A; 3VUX A; 5BYS A; 4ZOH C; 2ZCB A; 2EKI A; 1OTR B; 1MHX A; 4E74 A; 1KLU D; 5HI1 A; 2ACZ B; 2JXX A; 3Q8E A; 2L76 A; 4RGN A; 4M0W A; 3RYT A; 2K0P A; 1WIA A; 1F77 A; 3Q3O C; 1ET9 A; 4GU2 A; 2I1K A; 5IAA C; 2XBB C; 3ZGZ A; 4GDL B; 3TSS A; 4KKI A; 3BVG A; 4J3O D; 4DHZ E; 4A90 A; 1WE7 A; 2NR2 A; 2WDT B; 4PS3 A; 3AN1 A; 3RMK C; 3GE3 C; 4WJN A; 4MH8 A; 4HK2 A; 1FNW A; 4YTM B; 3PVL A; 1SSN A; 1C3T A; 5AUK A; 4HKQ A; 1VZ8 A; 4I6N B; 4KSL C; 1ZDV A; 2BB6 A; 2LUE A; 3PTF C; 1DOY A; 1GC7 A; 4US9 A; 1ESF A; 2FAZ A; 5TR5 A; 5E6J A; 3NZU A; 2KLC A; 2NBW B; 2FCS A; 2KOX A; 4JGH B; 4R3D A; 4CHK A; 5DPS A; 2IZV B; 2WDV B; 3FKY A; 3Q69 A; 3FC4 A; 3DHG C; 2ZZP B; 3R7Q A; 1AAR A; 4DHJ B; 4RGO S; 3VHT C; 3DBS A; 5CX3 A; 4ASW C; 4DHJ D; 3U4E G; 2ZVO A; 3R66 C; 5AZH A; 2KVR A; 3BYY B; 1UH6 A; 2ZW0 A; 4FN2 A; 4P6V F; 3PRE A; 2RDG A; 4LDT D; 1WXQ A; 2N7E A; 2L52 A; 3SD5 A; 4PK1 A; 4P16 A; 2O6V A; 3GE8 C; 2WXF A; 3QAR A; 3AEF B; 4OW0 A; 4ZRI A; 4K7U A; 3OLM D; 3CMM B; 2LGD A; 3N1Z C; 3QK0 A; 3M62 B; 5BO4 B; 2NS5 A; 3KVF B; 2GRI A; 1VCB A; 2QCZ A; 3DBL I; 3B2G A; 5IOI A; 4DBG A; 1H8C A; 4EZL A; 1YX5 B; 4FA6 A; 2DZK A; 1J7B A; 1F9J A; 3RNA C; 3U7D A; 5BYR A; 3GP7 A; 3R2I A; 4IW0 A; 2L83 A; 3AE1 B; 1SB3 C; 3FIL A; 2AQ3 B; 2ONQ A; 4UDU C; 4DXG A; 4HCP B; 4M8N A; 1JRP A; 2KX3 A; 4BVU C; 2Q5W D; 1N6Z A; 4XDD A; 2D10 A; 3Q8A A; 4L2Y A; 3AEC B; 2RGF A; 4C00 A; 3UIO B; 1V81 A; 3UI3 A; 2HJ8 A; 4RCO A; 5C1Z A; 2DAF A; 3TL5 A; 1WY8 A; 4A20 A; 2D3G A; 4US8 A; 3R2T A; 1SIF A; 2JWU A; 3ZUN A; 1FNU A; 4N59 A; 1SE9 A; 4ITK A; 2JXT A; 2KDF B; 2DHZ A; 4MT5 A; 4OZB A; 5DPR A; 1TT5 B; 3ZRF A; 2N9E B; 2LVQ A; 2HTH A; 4NAW B; 3BVM A; 4BKS A; 3Q2A C; 4N6E B; 1YQB A; 1ET6 A; 3ZTC A; 1T0Q C; 4X57 B; 3RZF A; 1F1H A; 2Y5C A; 1VRA B; 1WXS A; 3RFZ B; 4KV2 A; 3B08 A; 2EKE C; 3W5U B; 2LRU A; 5E6P A; 3KUD B; 1BUI C; 1JWM D; 2QC8 A; 5D7G A; 2DYM A; 4ZRQ A; 2FE8 A; 1TIF A; 4M0W B; 4GMV A; 2N4F A; 3BK1 A; 2G4S A; 3PHW B; 3T3O A; 3RNF C; 4P7I A; 3DVN U; 2KLG A; 2R2O A; 3ZJT A; 2X8X X; 1EWY C; 1TY2 A; 4MSQ B; 4RGM A; 2KN4 A; 2G4D B; 2NPT A; 3R8B A; 1LGR A; 2GLS A; 5EDS A; 3W1Y A; 2GOW A; 4MJS A; 2KC2 A; 3UIP B; 2BT6 A; 1YN4 A; 2BB5 A; 1ZOY B; 2WX0 A; 3SFE B; 3KUZ A; 2TSS A; 2CHZ A; 3BY4 B; 1T5X D; 3EFU A; 2ON8 A; 1ZXH A; 2PW9 A; 1K51 A; 1A70 A; 2C5L C; 3HRD D; 4IDI A; 1PQS A; 3HUI A; 1B9R A; 4OVV A; 1J8C A; 2KWV B; 2WXH A; 5AZG A; 2KFK A; 2MHJ A; 3JVZ X; 2JT4 B; 1XLN A; 1E7P B; 2MBQ A; 2V4L A; 1L6U A; 3N32 A; 3N9Y C; 2V0G A; 2C60 A; 5T8I A; 1FO4 A; 1L0V B; 1I42 A; 1LQB A; 2WXK A; 1KF6 B; 3I63 C; 2KMM A; 3AED B; 2Z0E B; 4LNF A; 1I4G A; 4PS8 A; 2BS3 B; 3QQ8 B; 3EEC A; 3HVD A; 4K7S A; 2O6V B; 3V62 A; 1G6J A; 5G55 A; 1JW9 D; 2JWZ A; 5AEK B; 2CU3 A; 5BYQ A; 1L7Y A; 4MSM B; 1N63 A; 4WJQ A; 1QT9 A; 2AL6 A; 3DBH B; 2NMQ A; 1YIW A; 2DYB A; 3NHE B; 4W9J A; 2RMM A; 2ZJD A; 2BYV E; 2KWU B; 4KGT A; 1MVK A; 4P1B C; 5GMV A; 2KHW B; 2PKO A; 1UZX B; 2D3C A; 3NZ3 A; 3QX1 A; 5H92 C; 2LJI A; 2V3N A; 1WRI A; 1YMH E; 3CSF A; 3L08 A; 3PZ7 A; 1NYQ A; 1HXY D; 1L4D B; 1MHH E; 4WUR A; 2IJ0 A; 2IGG A; 3FIL B; 2DAJ A; 4L23 A; 4C7Y A; 3ZJV A; 2MA9 B; 3M63 B; 4GB9 A; 2A4Z A; 1J7C A; 3UIN B; 3QHT A; 4G50 A; 4LCD E; 1TKE A; 2J0M A; 1K53 A; 1NYR A; 2D3B A; 3ALB A; 3KYD D; 4DXF A; 3AEB B; 4HVB A; 2OHF A; 1GC6 A; 1I4Q A; 2D5G A; 2J0J A; 4CYE A; 1C78 A; 2GBK A; 4JPS A; 3AE7 B; 3QJZ A; 2I2Y A; 3Q3M C; 1C4C A; 1OEY J; 1FMA D; 3DHI C; 3TUO A; 2C7H A; 1WJ4 A; 2LAS A; 3IBE A; 2E6X A; 1AWD A; 2WXR A; 4C80 A; 4HXD A; 4HCN B; 4KX6 B; 1P98 A; 1WWT A; 2LD9 A; 3T9L A; 1RFK A; 1GAQ B; 1Y8R C; 1YJ1 A; 2AEH A; 3PHX B; 1QKZ A; 4WJP A; 2L32 A; 1UBI A; 2WX1 A; 1TZ1 A; 2M56 B; 2X38 A; 4FJZ A; 2MJE A; 4TMA B; 1KLV A; 4JQW C; 3A1Q A; 5I4D A; 1LXD A; 3LXF A; 4J6I A; 1GNU A; 1GJZ A; 2KJR A; 1QLB B; 2DZI A; 3PO0 A; 1P9D U; 2NPT B; 4C7Z A; 2JQR B; 1MJD A; 3NS1 A; 3LYY A; 2INC C; 2KVZ A; 3CWI A; 1SF0 A; 3VR8 B; 2K8H A; 4MJS B; 3NZS A; 4IG7 B; 1TKG A; 4OVZ A; 2L05 A; 2IGD A; 4WWN A; 2IND C; 1D5X C; 3I9V 1; 4EUT A; 5IO9 A; 3VAW A; 2WU5 B; 3AEE B; 3H7P B; 4H2A A; 2LI5 A; 2LGY A; 3ZJU A; 1I7H A; 1BML C; 3ZO5 B; 1E8Y A; 3N20 C; 3TEZ A; 2KFK B; 3HM3 A; 4ZRP A; 4HWI B; 5L83 A; 3ZNH B; 2L7R A; 2JZ3 B; 2IY1 B; 2LZ6 A; 3IAM 1; 4OVU A; 1AYF A; 2IBI B; 1N62 A; 2GI9 A; 3DQV A; 3GZN B; 4DWF A; 2R2Q A; 5HHD G; 1UD7 A; 3OG5 A; 4II2 B; 1J0G A; 4W9H A; 3VH4 B; 3QAQ A; 1FFV A; 2JUO A; 4HPP A; 4LNK A; 1OQY A; 1HZ5 A; 2FIF A; 1TS5 A; 5D6J B; 4XYC A; 3A9J B; 2G1E A; 3ML8 A; 4W9E A; 4BZA A; 1ROE A; 3ZNZ B; 1V8C A; 1IGC A; 1DGJ A; 5DPW A; 2YEP B; 2BYT A; 4MM3 A; 1WGK A; 2PIA A; 3VRB B; 2KZR A; 4EFO A; 4KGS A; 1ZKH A; 1QZE A; 2IO2 B; 2PJH A; 4C4V A; 4CO7 A; 1T3Q A; 2QMT A; 2BVC A; 5G5H A; 4URK A; 2BF8 B; 2XEW A; 2L0T A; 1JRU A; 3E56 A; 5JHB A; 4HDQ A; 4I6P A; 3WCQ A; 4BBN C; 3V3X A; 1EU3 A; 1E8Z A; 5D94 A; 2WXQ A; 1C77 A; 3AUL A; 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1N60 A; 2JYE A; 4HJK A; 3BZD B; 2I1J A; 2WXI A; 2BKF A; 1WJU A; 4HLE A; 1ZUD 2; 2M1M A; 4A55 A; 2NVU I; 1MFW A; 3P4S B; 5CHV C; 3QC8 B; 5EE3 A; 2N7D A; 5LXH A; 2QHO A; 3CST A; 1V1P A; 3N30 A; 3TBL D; 1FCL A; 2N7J A; 1E8X A; 5HKH A; 1I4H A; 2YEP F; 2V3P A; 3DCG A; 1TY0 A; 1VZ7 A; 3HHM A; 1UWM A; 5J2R A; 3DDC B; 2NBU A; 4KVG B; 5E6N A; 1RWS A; 2ZCC A; 3VTW A; 3UQA A; 1WM3 A; 3X23 A; 2KD0 A; 1Q10 A; 4MM3 B; 2D3A A; 4P1C C; 1M94 A; 3C8Y A; 2KX0 A; 1P3Q U; 4ZYS A; 2VH2 A; 1WYG A; 2N0S B; 3DVG Y; 4S17 A; 4C4V B; 3RPF C; 2KNB A; 2BWE S; 1OGW A; 1ZE3 D; 1T0R C; 1VJK A; 1GOZ A; 3RUL A; 5FK9 C; 1EM7 A; 2DNF A; 2KDB A; 2BS4 B; 1PDX A; 4ICU A; 2QSD A; 4HRS A; 3L4P A; 3VH3 B; 2MP2 A; 1FCC C; 5E6O A; 1V97 A; 3ZDT A; 4ICV A; 3QA8 A; 3ZDM C; 1ZXI A; 1KLG D; 1C79 A; 2V9H A; 1F2R C; 2LRW A; 1OFF A; 1VZ6 A; 4A9A A; 1QOG A; 1I4X A; 2SAK A; 4WQM A; 4IM0 A; 4L1B A; 2LHE A; 1QIL A; 1AW7 A; 1LO5 D; 1ZW7 A; 4DK5 A; 1F52 A; 4LLG M; 3NRZ A; 5MPO A; 2PVO D; 5D3I B; 1C4P A; 2K39 A; 2NTT A; 3A9K A; 1MI0 A; 5C23 A; 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