The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
56
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structure length |
56
|
Chain Sequence |
TYKLILNGKTLKGETTTEAVDVFDAFDVFFVYAASNFSDFDDWTYDDATKTFTVTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Growth factor/inhibitor
|
| publication title |
Chemical synthesis and X-ray structure of a heterochiral {D-protein antagonist plus vascular endothelial growth factor} protein complex by racemic crystallography.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
D- Vascular endothelial growth factor-A
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| total genus |
16
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| structure length |
56
|
| sequence length |
56
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| chains with identical sequence |
G
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4KGT A; 2JWU A; 2KQ4 X; 1XCQ L; 2I2Y A; 1Q10 A; 2I38 A; 5HI1 A; 1HZ6 A; 2QSD A; 1K50 A; 2PW9 A; 1ZXH A; 4IOI E; 4HKZ E; 2LUM A; 1FCC C; 1QKZ A; 5HG2 A; 1UWX A; 2N9L A; 1K52 A; 2IGG A; 1F2R C; 1K51 A; 5HHD G; 4MAC A; 1JML A; 2ZW0 A; 4OZA A; 1P7E A; 2GI9 A; 3V3X A; 2PTL A; 1HEZ E; 1K53 A; 3MP9 A; 1MHH E; 2KN4 A; 3GB1 A; 2LHE A; 2KAC A; 4IKG A; 2NMQ A; 2N7J A; 2OED A; 4KGS A; 4HJG E; 4OZC A; 2LHD A; 2JSV X; 1MVK A; 4WH4 A; 5BMI A; 1D4B A; 3FIL B; 1P7F A; 2IGD A; 2J52 A; 4D2K A; 1FCL A; 1KH0 A; 2ONQ A; 2GB1 A; 1PGB A; 3UI3 A; 2JXT A; 1MHX A; 3FIL A; 1IGC A; 5BMG A; 2ON8 A; 1HZ5 A; 1EM7 A; 2KDM A; 1IBX B; 1YNT E; 1F2R I; 2PLP A; 2QMT A; 1IBX A; 1XCT L; 2JZP A; 1FD6 A; 2EEL A; 2K0P A; 2N9K A; 2JU6 X; 1MI0 A; 1C9F A; 1GB1 A; 1MPE A; 2RPV A; 1PGX A; 2ZW1 A; 2IGH A; 4KGR A; 5BMH A; 5JXV A; 4GLS C; 1IGD A; 2J53 A; 2RMM A; 4OZB A; 1GB4 A; 2LGI A; 1XF5 L; 5HFY A; 1YMH E; 2KWD A; 1PGA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4AWJ A; 3ZJU A; 5J2R A; 2WWZ A; 1LM8 B; 3V6E B; 1V1O A; 2LZ6 A; 1Y8R C; 1J19 A; 3VTV A; 1JRP A; 3VFK A; 3IBE A; 4HWI B; 4A3O A; 5D7G A; 1YJJ A; 3ZYY X; 2HTM E; 1FPY A; 4HLE A; 1K51 A; 2J4X A; 1EF1 A; 2KWU B; 4OZA A; 4REZ A; 1NEK B; 3OJ4 B; 4LCD E; 3RD2 A; 2G4S A; 1UGM A; 3WA0 A; 4TV3 A; 4ANV A; 4K1R B; 2A4Z A; 3VXW A; 3ZNI D; 1OFF A; 4IM2 A; 3P4Q B; 4ZRP A; 3AH7 A; 1D5M C; 2KAC A; 1SXT A; 2JRI B; 2K8B A; 1WJ4 A; 2V3P A; 2KC2 A; 1VRA B; 3L54 A; 3AEA B; 2RDH A; 2O6V B; 4BKS D; 1N6Z A; 2N0S B; 3QJZ A; 2IGD A; 1C1Y B; 2KJR A; 3APD A; 2LAS A; 1KTK A; 2MP2 A; 2WQY B; 1C76 A; 2KDM A; 2BPS A; 3NHE B; 3HRD D; 1E90 A; 2KHW B; 3FAH A; 2CHX A; 1STE A; 3UGB B; 2O6V D; 4HDQ A; 1GB1 A; 2PIA A; 2KD0 A; 3U8Z A; 4YSY B; 4DDG D; 3QWZ B; 2OHF A; 4WJN A; 1TZ1 A; 2M8S A; 1J0G A; 4OZB A; 2WDR B; 3RCZ A; 1WSP A; 3A4S C; 2LGI A; 3SU8 X; 3P1M A; 3PO0 A; 2V3S A; 2QJL A; 4JLC A; 5C1Z A; 3LXF A; 3ZKJ C; 2KFJ A; 2BWE S; 3SFE B; 1WXM A; 1NYQ A; 1Q10 A; 2KFK A; 4LNO A; 1HZ6 A; 1FXA A; 1L0Y B; 4N9F 4; 1V80 A; 2GOW A; 3APC A; 2K9X A; 1TGZ B; 2LUM A; 2VZK B; 4TQ1 A; 1CQV A; 2LVP A; 1WY8 A; 2MJE A; 2ZNV C; 1OQY A; 1WH3 A; 1L4Z B; 4YTM B; 1XQQ A; 3M95 A; 3T3N A; 3RNG C; 2KMM A; 1V5T A; 5CX3 A; 4C00 A; 4MDK E; 4LNI A; 4NY0 A; 5J17 A; 1BT0 A; 2VZK D; 2BW2 A; 3NZ3 A; 4ITK A; 1I7H A; 4RCO A; 1N63 A; 4UDU C; 4KDI C; 2NBV B; 1WM2 A; 1TTN A; 2DZM A; 1YQB A; 2WXJ A; 4PS3 A; 2JYT A; 5BMI A; 1GC7 A; 1KRH A; 3EGR A; 2K3U A; 3BIN A; 3Q69 A; 5CHV C; 1ZKH A; 4K7U A; 3RN9 C; 3V62 A; 2WU2 B; 3QC8 B; 1FNU A; 2JPH A; 4ACF A; 5G5G A; 1E8Y A; 2ICI A; 4EEW A; 1MG8 A; 1OQR A; 2WP9 B; 2DNF A; 1V86 A; 2IPK D; 1NBF C; 5AZF A; 3TEY A; 4GGQ A; 3PRM B; 2XEW A; 2D5G A; 3Q6B A; 4M8N A; 3DBR I; 3DOW A; 4K3B A; 2PEA A; 2W82 A; 4CO7 A; 3ZRF A; 1XCQ L; 3NVW A; 3A4R A; 1L2N A; 3WAO A; 2MBE A; 1YIW A; 4FN2 A; 1L6U A; 1PQS A; 4PK1 A; 3U7Z A; 4M02 A; 1KLV A; 4MJS B; 2N9L A; 3OWE B; 1WGY A; 1UBI A; 3UQB A; 2N1W A; 1FMA D; 2VH2 A; 4XYC A; 3VH4 B; 2BS2 B; 1I4R A; 4II2 B; 2M17 A; 3AE4 B; 1V6E A; 3AED B; 3SFD B; 3AE9 B; 4AP4 C; 1LFD A; 2KKC A; 2KYW A; 4NQK E; 4WJQ A; 2JZ3 B; 1OEY J; 4ZRK A; 3VR8 B; 2KMC A; 4FUL A; 1A70 A; 3QAR A; 2DHZ A; 3AEG B; 3S2A A; 3DWM A; 4GDL A; 2FAZ A; 4NPN A; 3UI3 A; 2MH7 A; 4EZL A; 2N4F A; 1R4M I; 4TSS A; 2R61 A; 1FEH A; 2GBK A; 2ZPY A; 2LGX A; 2KC1 A; 2UYZ B; 2EMT A; 5EE9 A; 1FFV A; 2J0K A; 3AU5 A; 3HHM A; 2N9K A; 3DQV A; 4JPS A; 1C78 A; 3AE7 B; 1TS2 A; 3GE3 C; 3MHS D; 1ET6 A; 2XK5 B; 1V9J A; 1ZPS A; 3EEC A; 1S1Q B; 3L10 B; 2W3R A; 2IY1 B; 3ZNZ B; 2WLB A; 1SF0 A; 4EKU A; 1QLB B; 1I4Q A; 5FR3 A; 3PTF C; 1YMH E; 4HJG E; 1XO3 A; 4WWM A; 4BVU C; 2D2Q A; 2MJ3 A; 1SB3 C; 3L4P A; 2L7R A; 3NS8 A; 3KW5 B; 5HI1 A; 3H8H A; 3UF8 A; 2M1M A; 5DCN A; 3DVN V; 1I42 A; 1WYG A; 2I1J A; 2KXJ A; 2PKO A; 3P2B A; 4E74 A; 3I3T B; 3WAM A; 1QOF A; 2KZR A; 2O2V B; 2HD5 B; 1YN3 A; 2MRP A; 2G45 B; 2DZK A; 4A3P A; 2H88 B; 4DHZ B; 3AU4 A; 3VTU A; 4DDI D; 1JWB D; 2WXK A; 1WRD B; 4BKS A; 4ASW C; 4W9H A; 4ZRI A; 3I63 C; 4IKG A; 3T3O A; 3OLM D; 2LGY A; 3WCQ A; 3LYY A; 2D3C A; 1D3Z A; 3ABV B; 2WXH A; 3AXC A; 1L7Y A; 1WI0 A; 2WDQ B; 2X8X X; 1ZGU B; 2ONQ A; 3IG3 A; 3QHT A; 1K8R B; 2O6V A; 3CIR B; 3AB5 A; 3BY4 B; 3RYT A; 2LJI A; 1RRB A; 2KK8 A; 3HM3 A; 3MJW A; 2BKR B; 2LVQ A; 4YSX B; 1F2R I; 2PLP A; 1ZDX A; 1FO4 A; 2LGS A; 1C9F A; 1MG4 A; 4XDC A; 1BML C; 3Q3J A; 3R8B A; 3VHT C; 3H6N A; 5LNK 1; 4HKQ A; 3BVG A; 4NNJ B; 3ONS A; 3VVW B; 2RMM A; 4IWQ A; 3UIO B; 1TY0 A; 2LUE A; 1WGG A; 3DHI C; 3E56 A; 5HFY A; 3PZD A; 1F1H A; 3N9Y C; 2J0M A; 2PJH A; 2M56 B; 4I6P A; 1LGR A; 1XLN A; 4AJW A; 4NJC A; 2MJD A; 4RFB A; 5FR6 A; 5AUI A; 2KX3 A; 3PLV A; 1L5P A; 2LVO A; 2BBC A; 2QSD A; 4OVZ A; 1KF6 B; 1AWD A; 2PW9 A; 1TJE A; 3U4E G; 3J9C A; 1QKZ A; 1I4G A; 1FM0 D; 2IDY A; 1JWM D; 2I1K A; 3WIM A; 2SEB D; 4EOY A; 4HPP A; 3RZF A; 1KJT A; 4B6W A; 2LXA A; 3Q8C A; 4YT0 B; 3K9P B; 1V2Y A; 3DBR B; 4H2A A; 2HJ1 A; 4X57 B; 2NBW B; 1WX8 A; 3APF A; 2AEH A; 3ZJT A; 2WXN A; 1T0Q C; 4W9I A; 4M0W B; 4ANW A; 2D07 B; 1J7B A; 3FIL B; 3PLU A; 3HM6 X; 3H9D A; 3QX1 A; 1QF6 A; 2Z8L A; 2R2O A; 2FUG 1; 3L13 A; 3O65 B; 3ZNH B; 1RM6 C; 4HRO A; 1AW7 A; 3T8M A; 4MH0 E; 1T6B X; 1JCK B; 3NOB A; 5E6N A; 1ROE A; 1WIA A; 1JRU A; 4KZC A; 1P98 A; 2EEL A; 2NBU A; 1E7P B; 4DK5 A; 4ARI A; 5IKC M; 2WXP A; 4MM3 B; 2PMV A; 2CKH B; 4QAY A; 4HK2 A; 3W5U B; 2L3Z A; 1S3S G; 1TIF A; 2KLC A; 2KDI A; 2E3T A; 2UWQ A; 3OAW A; 3IHP C; 4ICU A; 3KWV A; 3QAQ A; 3N3K B; 3PPA A; 3KUC B; 5TR5 A; 4PYZ A; 3Q8F A; 3MFG A; 1ENF A; 4GB9 A; 2J42 A; 2MCN B; 5EDS A; 3N1Z C; 3EUB 2; 2I38 A; 5EE3 A; 1I4H A; 5JHB A; 1ZXH A; 4A8X C; 1U4A A; 2DZI A; 4G50 A; 2ZVO A; 3B1L X; 3MHZ A; 4J6I A; 1WWT A; 3WAN A; 4NAW B; 1FXT B; 4JQW C; 1KM7 A; 2XNA C; 4PS7 A; 4MJS A; 4XDD A; 1JML A; 3BVM A; 4IWP A; 3VUY A; 2W55 A; 1SJE D; 3Q3M C; 1DYQ A; 3BVZ A; 4DXG A; 2CU3 A; 5I4D A; 3EA6 A; 5FK9 C; 4RGT A; 4OW0 A; 3ZDT A; 5L83 A; 2KWV B; 2PVO D; 1MVK A; 3SR6 A; 1RFA A; 2WXI A; 2Z0E B; 1D4B A; 3Q3F A; 1V49 A; 2JRH A; 3EFC A; 4BZA A; 2W3S A; 1RYJ A; 2WDT B; 2MBO A; 2MLB A; 3OJ3 A; 3A33 B; 2DX5 B; 3IT4 B; 3AN1 A; 4L1B A; 3CF6 E; 2IND C; 3B2F A; 2JYE A; 1GOZ A; 3P42 A; 1PGX A; 2JUO A; 3ML8 A; 3H7P B; 1HA5 A; 2KDE B; 3PT2 B; 3QCA A; 3CST A; 4CYE A; 1IGD A; 1RLF A; 2C9W B; 2INN E; 3AE8 B; 4K81 A; 2CJO A; 2JF5 A; 2XK5 A; 4XC2 A; 3Q8B A; 4XE0 A; 1ZE3 D; 1GB4 A; 1WXQ A; 1ISN A; 4W9C A; 2FID A; 1SE2 A; 3M3J A; 4IOI E; 4GU2 A; 3AUL A; 3VUW A; 4HRS A; 3ZRC A; 3ML9 A; 2NR2 A; 3DDC B; 3PRZ A; 3KQ4 A; 2HTH A; 1XD3 B; 2NPT B; 1XT9 B; 4MH8 A; 2IYD B; 1C4A A; 4AJY B; 4LNN A; 1AAR A; 1JQ4 A; 3A1Q B; 2X38 A; 3ZTC A; 2L00 B; 2WYQ A; 2AYO B; 3PV1 A; 4I6N B; 4HVB A; 2H89 B; 2FE8 A; 2MX2 A; 2GLS A; 1T3Q A; 2MEK A; 1KLU D; 4NJ6 A; 4DXF A; 1H4R A; 5G55 A; 4W9D A; 1PYW D; 5L95 C; 2Q5W D; 1P7E A; 2O2V A; 4GOC A; 5AZH A; 3IT6 B; 1R7S A; 4MSQ B; 3RFZ B; 2LHE A; 5TSS A; 4RM9 A; 1WGK A; 2L32 A; 2V0G A; 1IYF A; 1V1P A; 2YEP B; 4LNF A; 3I57 A; 4GSW A; 1M94 A; 1WE6 A; 1WGD A; 3IAM 1; 1JWA D; 3Q8E A; 3ZNG C; 4IM0 A; 3GS2 A; 2JXT A; 4ZHP A; 5BMG A; 2J0J A; 3DPD A; 3RPF C; 2WXR A; 2JY6 A; 2KAN A; 2JWZ A; 1BXT A; 1VZ8 A; 2JU6 X; 1G6J A; 2DEN B; 5BMH A; 1HXY D; 1GJZ A; 4DBG A; 1E8X A; 4N59 A; 1QQR A; 3BII D; 1WJN A; 4BOS C; 1Y56 A; 1DOY A; 3TEX A; 5J18 A; 1SSN A; 1DOI A; 1GG3 A; 2C60 A; 2VH1 A; 2ZPN A; 2G1E A; 4L2Y A; 4Q2J A; 3Q8A A; 2AQ3 B; 2DBY A; 3N32 A; 5D3I B; 1VD2 A; 1XLO A; 1Z5S B; 2D3B A; 3R2I A; 2REX A; 4WQO B; 4HKZ E; 2RD0 A; 1FCC C; 2D10 A; 5JHA A; 3AMZ A; 3BYY B; 3HUI A; 1N5W A; 4ZRQ A; 1D6E C; 3A9K A; 4LDT B; 1C4C A; 1WXS A; 2N9E B; 3RNE C; 1P3Q U; 4L23 A; 5D94 A; 4MGZ E; 1SEB D; 3TCA A; 3N30 A; 1K53 A; 4IW0 A; 3O13 A; 3HVZ A; 1P1A A; 3WAL A; 2BWF A; 1KLG D; 4LDT D; 1YQ4 B; 2NMQ A; 5DPS A; 2K5P A; 1TYG B; 3TEW A; 4M0W A; 3QQ8 B; 1WR6 E; 2IZV B; 1TKE A; 1KH0 A; 2GB1 A; 2AQ2 B; 5E6P A; 3FIL A; 1IP9 A; 1IBX B; 1HQR D; 5DPT A; 4E3C A; 1H8C A; 3TSS A; 4US9 A; 1IPG A; 2WX0 A; 2MBH A; 3MJ5 A; 4IUM B; 4PS8 A; 2PVG C; 4FJZ A; 5MPO A; 4RH6 A; 2L83 A; 3VDZ A; 4LTU A; 4MM3 A; 1JAL A; 3IAS 1; 2JQR B; 1T0S C; 2WXL A; 4FJV B; 2HDE A; 3DCG A; 3VQI A; 3L0W B; 4KGT A; 2JWU A; 3Q3O C; 1J7C A; 2LFI A; 1EUV B; 5DPW A; 1EWC A; 4B0E A; 2QHO A; 3ECI A; 3IXS A; 2QEJ C; 3NS1 A; 1YN4 A; 2N9X A; 1B9R A; 1UUP A; 2WU5 B; 4JIO U; 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5E6O A; 3ZLZ A; 5BO4 B; 2BT6 A; 2ZZP B; 1VZ7 A; 2WXQ A; 3AE2 B; 3PZ8 A; 1I35 A; 2DZJ A; 3VAW A; 4EZJ A; 1FRR A; 2NTT A; 4K3C A; 3B2G A; 3TMP B; 2BYE A; 1L0V B; 2LRW A; 3TEZ A; 4K7S A; 1QOA A; 5IN7 A; 4ZOH C; 3U7D A; 4G11 A; 1F77 A; 2BS3 B; 4P7I A; 4P6V F; 5AEK B; 1XLP A; 3R66 C; 3NG0 A; 3X0W A; 3ZJV A; 1F9J A; 2BYT A; 1WJU A; 5BYQ A; 2OJW A; 3ZVV A; 3AE3 B; 1UF0 A; 2K39 A; 3H1U A; 4HJK A; 4ZYS A; 1EM7 A; 1I4P A; 3VUX A; 4KZ0 A; 3RUI B; 2KOX A; 4OHJ A; 1YN5 A; 3P4R B; 2D3A A; 3AE5 B; 3R7Q A; 1XCT L; 2JZP A; 3AEC B; 2V4L A; 2MSE D; 3L16 A; 2G9H D; 4JE3 B; 1PDX A; 2LMC A; 3B0A A; 1VR9 A; 4WJO A; 2MBB B; 2CU1 A; 4FHK A; 3P4P B; 2J53 A; 4TKN A; 5IAA C; 5JZE B; 1CMX B; 1YJI A; 3NVZ A; 2V1Y A; 3W1S A; 5AZG A; 1V97 A; 3BK2 A; 1JWS D; 1DGJ A; 2D3G A; 1F0Z A; 4KIK B; 4DHJ B; 4FBJ B; 1AYF A; 1T5X D; 2KQ4 X; 1F52 A; 3AEB B; 4B0M A; 2BS4 B; 2LWP A; 4YWG G; 4IWO A; 3GZN I; 1WGR A; 1WMH B; 1UGJ A; 4AS1 A; 2V3N A; 4ZHO A; 3QA8 A; 3C0R B; 4NZL B; 3AE6 B; 2L76 A; 3NJT A; 4DHJ D; 3AEE B; 4G0N B; 4EZK A; 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