The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
|
sequence length |
56
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structure length |
56
|
Chain Sequence |
TYKLILNGKTLKGETTTEAVDVFDAFDVFFVYAASNFSDFDDWTYDDATKTFTVTE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Chemical synthesis and X-ray structure of a heterochiral {D-protein antagonist plus vascular endothelial growth factor} protein complex by racemic crystallography.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
D- Vascular endothelial growth factor-A
|
| molecule tags |
Growth factor/inhibitor
|
| total genus |
16
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| structure length |
56
|
| sequence length |
56
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| chains with identical sequence |
G
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4HJG E; 1GB4 A; 1XCT L; 2JSV X; 2IGH A; 1JML A; 1F2R C; 2J52 A; 1PGB A; 2NMQ A; 4OZC A; 1D4B A; 2JWU A; 2K0P A; 4MAC A; 2PLP A; 2KWD A; 2N9L A; 1XCQ L; 2EEL A; 2IGG A; 5BMG A; 5HG2 A; 1MVK A; 2ZW1 A; 2LHD A; 4IKG A; 2ONQ A; 1P7F A; 1MPE A; 1FCL A; 2N9K A; 1YMH E; 2JXT A; 4KGR A; 2LHE A; 1K52 A; 1EM7 A; 2RMM A; 1UWX A; 3FIL A; 1K53 A; 4OZB A; 1HEZ E; 1MHX A; 2LUM A; 2ZW0 A; 2RPV A; 1P7E A; 4KGS A; 5HI1 A; 2KAC A; 2I2Y A; 1Q10 A; 5BMI A; 1PGX A; 2IGD A; 2JZP A; 2KQ4 X; 5HFY A; 2I38 A; 1FCC C; 1MHH E; 2PW9 A; 2J53 A; 5BMH A; 2OED A; 1MI0 A; 2GB1 A; 1ZXH A; 2LGI A; 4GLS C; 1F2R I; 4D2K A; 5HHD G; 3UI3 A; 4OZA A; 1IGD A; 2KDM A; 2JU6 X; 4IOI E; 5JXV A; 4HKZ E; 4WH4 A; 1HZ5 A; 2KN4 A; 1C9F A; 2N7J A; 1HZ6 A; 3V3X A; 1IBX B; 2GI9 A; 2QMT A; 3GB1 A; 4KGT A; 3MP9 A; 1KH0 A; 1XF5 L; 1QKZ A; 2ON8 A; 1PGA A; 1YNT E; 3FIL B; 1IGC A; 1GB1 A; 1K51 A; 1K50 A; 2PTL A; 1IBX A; 2QSD A; 1FD6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2C7H A; 2M19 A; 1QOB A; 4HEA 1; 4KIK A; 2J52 A; 2DHZ A; 2W54 A; 3LB8 C; 3EUB 2; 3U7D A; 2BF8 B; 2KWC A; 3IFW B; 4RGO S; 3VTU A; 2PKO A; 4BOZ B; 4XZ4 A; 1WYG A; 1YOV B; 5JHA A; 2QIE B; 4ASW C; 1QOG A; 4US9 A; 3ZRC A; 1PFD A; 2BW2 A; 2BYF A; 4KGR A; 2GBJ A; 3EHV A; 2FCS A; 1QQR A; 2C60 A; 1SJH D; 3NUH B; 3PGE A; 3L13 A; 3SFD B; 2WDR B; 2KJ6 A; 5IOI A; 4MH8 A; 3KYD D; 1E7V A; 4C00 A; 1SEB D; 3QQ8 B; 2DBY A; 4B0M A; 3I3T B; 5D6J B; 2Z8L A; 3V62 A; 4K3C A; 2JZ3 B; 3DDC B; 5AZH A; 2MP2 A; 2LXC A; 2GB1 A; 2QIL A; 3ZTD A; 3SFE B; 3KWL A; 4XDC A; 5G5G A; 4BKS A; 1F0Z A; 1ZDX A; 4ITK A; 1I7H A; 3QAR A; 5E6P A; 3BWU D; 2L83 A; 1VZ8 A; 1KOT A; 2L1A A; 3U7Z A; 1QOA A; 3WAN A; 4URK A; 2KWU B; 1DOX A; 3NHE B; 1K51 A; 3NZU A; 2WXI A; 4IWP A; 2V9H A; 1A70 A; 3T9L A; 1DGJ A; 4AQ7 A; 4IUM B; 3ZJT A; 5J2R A; 4G11 A; 3V6E B; 2D3G A; 3MC8 A; 5EE1 A; 3WAP A; 3ONS A; 1WGG A; 3DBH B; 2PJH A; 1TS3 A; 1JWB D; 1EU4 A; 1JWS D; 3ZO5 B; 1TS4 A; 1MG8 A; 1RRB A; 3QCA A; 4FBJ B; 4L2Y A; 4HXD A; 4AS1 A; 3HVZ A; 3AI5 A; 2LJI A; 4MM3 B; 3VRA B; 4HJK A; 5D94 A; 2KFK B; 3APC A; 1JQ4 A; 2J42 A; 4EE2 A; 1IP9 A; 4GOC A; 2D11 A; 4OW0 A; 1WJ6 A; 3AE6 B; 4WJN A; 2E3T A; 5HI1 A; 4HPP A; 1DYQ A; 3R2T A; 2KAC A; 1TS5 A; 2K6D B; 3DBR B; 3PRZ A; 4MEL A; 4GDK A; 3EA6 A; 3FC4 A; 3UF8 A; 2DZM A; 3EGR A; 4ICU A; 3M62 B; 3PRE A; 2AWT A; 4LJO B; 4YWG G; 1XQQ A; 2BS4 B; 4B9K A; 3NVV A; 4FA6 A; 1C79 A; 4F7Z A; 2UYZ B; 3IT4 B; 3N1Y C; 1K8R B; 3VXW A; 4L1B A; 2M1M A; 5DPT A; 3MHS D; 4MJS B; 1VZ6 A; 3FKY A; 2CHX A; 3ALB A; 1CZP A; 2BPS A; 1N63 A; 1FXI A; 1C78 A; 1H4R A; 3BK2 A; 4ANU A; 1P3Q U; 2ICI A; 1SE3 A; 4N9F 4; 4ZYN A; 1XF5 L; 1UUP A; 1LQB A; 2JRI B; 2IY1 B; 4M8M A; 2O2V A; 2NTT A; 3PTF C; 4EZL A; 4DXG A; 4LDT D; 1WMH A; 3ZYY X; 1N5X A; 4DHZ E; 1GB4 A; 2M8S A; 3BIN A; 4FUL A; 1WRI A; 1ROE A; 3ZNG C; 2L76 A; 1PQS A; 4EKU A; 2ZJD A; 4TV3 A; 4TQ0 A; 3P4S B; 1V5T A; 2PLP A; 3V6C B; 2N9L A; 3I5J C; 4MGI E; 1WWT A; 2WU5 B; 1WI0 A; 2JYT A; 4ZRQ A; 3AE7 B; 2N4F A; 2J0K A; 2KJH B; 2W3S A; 1AN8 A; 3L16 A; 2Y5P A; 1P7F A; 1I35 A; 2X38 A; 3PO0 A; 3BZD B; 2BB6 A; 3BII D; 3A1Q B; 4KDL B; 2N7D A; 5C1Z A; 1VRA B; 2KMA A; 4OHJ A; 3SD5 A; 4WIP A; 3RNE C; 3VTW A; 2O6V A; 1UBI A; 5KHQ A; 2IGD A; 2K22 A; 1KFY B; 3CMM B; 1SB3 C; 1E7U A; 2MBE A; 1V6E A; 1SE4 A; 3Q3O C; 3AMZ A; 3AV8 A; 5CHW A; 4C7Y A; 4N58 A; 2LGI A; 2WXK A; 3Q8C A; 2NBU A; 2MCN B; 3RI7 C; 2Z0D B; 1WH3 A; 5E6J A; 1HZ5 A; 2G9H D; 3IVF A; 4WUR A; 2W3R A; 3V3X A; 4C4V B; 2XK5 B; 3RNA C; 3GB1 A; 2VRR B; 3VVW B; 3OWE B; 2JT4 B; 2YLM A; 4RFB A; 5FK9 C; 1OEY A; 4XE0 A; 3I57 A; 4G0N B; 5CTR C; 5AZF A; 2L3Z A; 3N32 A; 3ZKJ C; 1IBX A; 3BY4 B; 1L4D B; 3C8Y A; 2M17 A; 4NQK E; 1F2R C; 4E71 A; 4P6V F; 4BKS D; 2KC2 A; 3GE3 C; 1GUA B; 1L7Y A; 4NY0 A; 5T8I A; 2CJN A; 2IGG A; 2QHO A; 3LYY A; 4AUQ C; 4FXC A; 3AU4 A; 1FO4 A; 3KW5 B; 4H2A A; 3A9J B; 3DBL I; 4S17 A; 4CO7 A; 3RZW C; 4RMA A; 3W1S C; 2LMC A; 4TSS A; 4OZB A; 3B2F A; 4DXA B; 1UGJ A; 4GIV A; 2PE6 B; 4IWQ A; 3N20 C; 4FHK A; 1PGX A; 2LGD A; 4LTU A; 4F1S A; 2V4L A; 1Y8R C; 4W9F A; 2J4X A; 3H9D A; 1V8C A; 2I38 A; 3ETR A; 3SHQ A; 1JWU D; 1JRP A; 1D3Z A; 2WXO A; 1SBB B; 4PYU A; 2AX5 A; 3H8H A; 3MTN B; 3NRZ A; 1V9J A; 2WXL A; 3N1Z C; 4M02 A; 3L4P A; 5I4D A; 3VH3 B; 1D5Z C; 4Q2J A; 4BBN C; 2A4Z A; 2M0X A; 2YVC A; 4GDL B; 4HRS A; 1ET9 A; 2ON8 A; 4PK1 A; 3CIR B; 4FLH A; 1GB1 A; 1J7C A; 1K50 A; 2J7Q B; 1YN4 A; 3LXF A; 4W9I A; 2JSV X; 5IKC M; 2R61 A; 1JML A; 1H8C A; 4KSL C; 4NJC A; 3NVY A; 1WYW B; 2WXF A; 1FIQ A; 2LWP A; 4WJP A; 2ZEQ A; 2KQS A; 3PZ8 A; 1WM3 A; 1L4Z B; 2KWD A; 1YX5 B; 1LFD A; 2KOX A; 5CHF A; 4AWJ A; 4A20 A; 1PYW D; 3U2S C; 1IPG A; 1JAL A; 2FIF A; 2KVZ A; 3QJZ A; 3I63 C; 1FFV A; 3LDZ E; 3ZTC A; 1YD8 U; 3URY A; 1HEZ E; 2GBM A; 1QZE A; 4KV2 A; 1F1H A; 2K39 A; 3P4P B; 1B1Z A; 3JVZ X; 1ZOY B; 4JLC A; 1J0G A; 1WR1 A; 3ZNZ B; 2GBN A; 2R2O A; 2DAF A; 3HM6 X; 2IYD B; 1UGM A; 2KHW B; 1STE A; 4WAA A; 4NAM A; 2QCZ A; 1WX9 A; 1NI3 A; 2MBB B; 2Y3A A; 2KWV B; 2GOW A; 2WXQ A; 4M0W B; 1L0Y B; 4K7S A; 4K3B A; 4IC7 B; 3GZN I; 2MQJ A; 4W9C A; 2R2Q A; 4OVZ A; 3N3K B; 1SIJ A; 2L05 A; 3PT2 B; 1I4H A; 2KX3 A; 2RD0 A; 5J17 A; 3UIO B; 3Q14 C; 2WDV B; 1GOZ A; 1UWM A; 1J8C A; 1C4C A; 3KYC D; 3FIL B; 3O65 B; 1IGC A; 2KTR B; 3M63 B; 4XWT A; 4NJ6 A; 4OVV A; 2QSD A; 1WGY A; 1ZUD 2; 2K8C A; 1A5R A; 2CKH B; 4IDI A; 3V05 A; 4GSW A; 1V80 A; 2A5U A; 3ZW3 A; 2N7E A; 2PVO D; 2IJ0 A; 3VH4 B; 1V86 A; 3VRB B; 1TY0 A; 3PRM B; 1I42 A; 2ONQ A; 1YN5 A; 1M94 A; 3AU5 A; 1GNU A; 3QIJ A; 3MC9 A; 4W9G A; 5DPS A; 2CS4 A; 2MJE A; 2BTE A; 2LZ6 A; 1KJT A; 4G3X B; 4ACF A; 2WQY B; 4ICV A; 3TBL D; 4RGM A; 2TSS A; 3PS6 A; 4LJP B; 1J19 A; 1WJ4 A; 1EF5 A; 1VD2 A; 1T6B X; 2QJL A; 4GXB A; 3IBE A; 3AXC A; 2LVO A; 1WGK A; 2JZP A; 2KQ4 X; 4XDD A; 1VJK A; 1VCB A; 2M0A A; 1T0R C; 2RSU A; 4KIK B; 1E90 A; 1GG3 A; 4ANW A; 3BK1 A; 4YL8 A; 1YQ4 B; 3A4S C; 2KXJ A; 2KDM A; 2RGF A; 1EO6 A; 2G4S A; 4KZ0 A; 3A9K A; 2KN4 A; 3K9P B; 2BS3 B; 2N7J A; 2KDF B; 2ZNV B; 2AEH A; 2FID A; 2GI9 A; 3AEE B; 5G2N A; 2N0S B; 1WZ0 A; 3DOW A; 3AB5 A; 4XYC A; 1TJE A; 2RDB C; 3L17 A; 2CU3 A; 1YJJ A; 4PYZ A; 3QWZ B; 1FPY A; 1IUE A; 3DBL B; 3BVM A; 3VR8 B; 3CF6 E; 2IGH A; 4CHK A; 3ZVV A; 2BWF A; 4OZC A; 3DWG C; 3VUX A; 2V3S A; 1XEE A; 4XX5 A; 2KYW A; 2HJ8 A; 3AUL A; 2GMI C; 1MVK A; 1UD7 A; 1NDD A; 2MP2 B; 3WAM A; 4C56 C; 3R3M A; 2N1W A; 3H7P B; 3I9V 1; 1HE8 A; 3VAW A; 1F77 A; 2JZZ A; 1E9M A; 4YXD B; 3E9S A; 3Q8F A; 1E8X A; 2RPV A; 3MJW A; 2BYE A; 2KFK A; 3AE9 B; 4HDO A; 2M4N A; 4XGA B; 1YJI A; 4F8C B; 3P1M A; 1ZE3 D; 1FXT B; 4A6Q A; 1L2N A; 1VDV A; 1VZ7 A; 2AL6 A; 3HM3 A; 1N60 A; 2VZK B; 2HTH A; 4HK2 A; 2K1F A; 4ZDV A; 3RUI B; 1HXY D; 3VFK A; 2YEP F; 4EOY A; 2V3P A; 3RMK C; 4YSX B; 4MJS A; 3RFZ B; 4G50 A; 5DPW A; 1WGR A; 3JW0 X; 1WXS A; 2WHI A; 2L7R A; 3V61 A; 2C5L C; 2GBK A; 4E3C A; 1TGZ B; 2WGS A; 3PZ7 A; 1TYG B; 1FD6 A; 1I4P A; 4HVB A; 3ML9 A; 1WY8 A; 3Q3N C; 2OOB B; 4ZYS A; 4NZL B; 1PGB A; 3AE8 B; 2UWQ A; 1ZDV A; 1FNU A; 2KLG A; 2K0P A; 1LGR A; 4DXF A; 2BBC A; 2W55 A; 3WIM A; 3RNF C; 1SE2 A; 2BYV E; 4X57 B; 2MWS B; 3NZS A; 2LFI A; 3NZ3 A; 1T0S C; 2PEA A; 2GRI A; 2LHE A; 1K52 A; 1KLV A; 1EF1 A; 4AJY B; 3OG5 A; 1RFK A; 2V0G A; 4W9K A; 3GZN B; 2KQ7 A; 5IP4 D; 3P4R B; 2DZJ A; 1N62 A; 2V3N A; 2WU2 B; 4TUU A; 1Q10 A; 2KDE B; 2BKF A; 3PHW B; 1OQR A; 2MX2 A; 2PMV A; 2LEK A; 4YT0 B; 2BB5 A; 3MC0 B; 5D2M B; 3P4Q B; 1WMH B; 2ACZ B; 2BVC A; 2KVR A; 1YIW A; 1QLB B; 1FXA A; 3R66 C; 5IA7 A; 2JQR B; 2WDT B; 2ZPY A; 4OZA A; 3J9C A; 3HK0 A; 3IT6 B; 2KC1 A; 2IO3 B; 5E6O A; 2X8X X; 4YTP B; 3PRP B; 1FNV A; 3A4R A; 1E8Y A; 4IM3 A; 2XBB C; 2M56 B; 1FNW A; 3V60 A; 2Z59 B; 2E6X A; 4DDG D; 2XK5 A; 1WXV A; 4HJG E; 1WE7 A; 1ZGU B; 1P1A A; 4BOS C; 1C3T A; 4TQ1 A; 1QF6 A; 2WXM A; 1TKG A; 4FJY A; 3Q8E A; 3VQI A; 3AEG B; 2QC8 A; 1RWS A; 2JWU A; 4WWP A; 1N6Z A; 1JCK B; 1YQ3 B; 3Q2A C; 3RD2 A; 4J6I A; 3SU8 X; 3QX1 A; 2JPH A; 2ZW1 A; 1TKY A; 5EDS A; 2REX A; 4MSQ B; 1CMX B; 1MJD A; 4RF1 A; 2MHJ A; 1UWX A; 4WWM A; 4RGT A; 1E6E B; 2MA9 B; 1EU3 A; 2CU1 A; 4FN2 A; 3HRD D; 5EE0 A; 3EC8 A; 4REZ A; 3DQV A; 2KTF A; 2K5P A; 1FRR A; 1E8W A; 1Z2M A; 2LUE A; 3MJ5 A; 4NAW B; 3QHT A; 3Q3F A; 1MHH E; 2WDQ B; 5TR5 A; 4WQO B; 1WR6 E; 2WXJ A; 5EE9 A; 3H7S A; 2IO1 B; 3ZJU A; 4D2K A; 4FAD A; 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1EWY C; 1V97 A; 3DCG A; 2NVU I; 1E7P B; 4FJV B; 5AEK B; 3AH7 A; 5JHB A; 1KM7 A; 1OTR B; 1ZXH A; 1IGD A; 3TEW A; 3RT3 B; 3H1U A; 1FMA D; 3RN9 C; 2FCM A; 5D7G A; 5C2T B; 5CHV C; 4PS7 A; 2WWZ A; 3GOE A; 1P9D U; 1WGD A; 2FUH B; 2QMT A; 3X0W A; 1QOF A; 1L6V A; 4RGN A; 3PLV A; 2VH2 A; 3ZUN A; 1KLU D; 2FE8 A; 3M3J A; 2LRW A; 2K9X A; 3B1L X; 1D5X C; 3N30 A; 3T3O A; 2WX1 A; 4US8 A; 3W1S A; 2O6V D; 4DHJ D; 3P63 A; 4B95 A; 1MFW A; 1S1Q B; 3APF A; 1CQV A; 1TS2 A; 1T0Q C; 2RPQ A; 4A9A A; 2NTS A; 2EKE C; 3UQB A; 3L54 A; 4DBG A; 3U8Z A; 2INP E; 3Q6B A; 2DAJ A; 4ZOH C; 2WX0 A; 4EZJ A; 2NPT B; 3AEA B; 3KVF B; 2V4I B; 1I4G A; 3P2B A; 3TJP A; 2JXX A; 1UNS A; 1E8Z A; 2N9K A; 3EEC A; 4MGZ E; 3DWM A; 2ZCC A; 5TSS A; 1EM7 A; 2KNB A; 3BYT B; 4A3O A; 4DHZ B; 3B9J A; 2KK8 A; 1FM0 D; 2KJR A; 3RNG C; 2WS3 B; 1MHX A; 3Q3M C; 1NVI D; 1LXD A; 1OQQ A; 1RM6 C; 2I2Y A; 5BYQ A; 3QC8 B; 5J18 A; 4ANV A; 4LDT B; 1D6E C; 3GE8 C; 3H6N A; 3NG0 A; 5BYR A; 2HDE A; 2SEB D; 1UBQ A; 5L83 A; 1V2Y A; 4RF0 A; 1JRO A; 3RYT A; 4LNI A; 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