The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
|
sequence length |
56
|
structure length |
56
|
Chain Sequence |
TYKLILNGKTLKGETTTEAVDVFDAFDVFFVYAASNFSDFDDWTYDDATKTFTVTE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Chemical synthesis and X-ray structure of a heterochiral {D-protein antagonist plus vascular endothelial growth factor} protein complex by racemic crystallography.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Growth factor/inhibitor
|
| molecule keywords |
D- Vascular endothelial growth factor-A
|
| total genus |
16
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| structure length |
56
|
| sequence length |
56
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| chains with identical sequence |
G
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YNT E; 4KGS A; 1HEZ E; 4WH4 A; 1P7F A; 1FCL A; 1IGD A; 2GI9 A; 1IBX A; 1P7E A; 1ZXH A; 2JWU A; 1PGA A; 2KDM A; 5HHD G; 2RPV A; 3UI3 A; 1FD6 A; 1K53 A; 2JSV X; 2ZW1 A; 1F2R I; 2EEL A; 2NMQ A; 3FIL B; 3GB1 A; 2KAC A; 2IGG A; 1PGX A; 5BMG A; 2I2Y A; 4IOI E; 4OZC A; 1JML A; 2KN4 A; 2RMM A; 1MPE A; 2JU6 X; 2JZP A; 1GB4 A; 1Q10 A; 2J53 A; 1HZ6 A; 4OZB A; 2N9K A; 5HI1 A; 2LHE A; 2N9L A; 1K52 A; 5BMI A; 2PTL A; 2KQ4 X; 2JXT A; 5BMH A; 1YMH E; 1HZ5 A; 1UWX A; 2QMT A; 4KGR A; 5HFY A; 1EM7 A; 2LHD A; 2QSD A; 1KH0 A; 5HG2 A; 1MHX A; 1PGB A; 4HJG E; 1GB1 A; 1FCC C; 1K51 A; 2LUM A; 4HKZ E; 1K50 A; 4GLS C; 2IGD A; 3FIL A; 4KGT A; 3V3X A; 2N7J A; 1XCT L; 3MP9 A; 1MI0 A; 1D4B A; 2ONQ A; 2GB1 A; 1MHH E; 1XCQ L; 2I38 A; 2ZW0 A; 2J52 A; 1F2R C; 5JXV A; 1QKZ A; 4OZA A; 1MVK A; 2ON8 A; 2KWD A; 4MAC A; 1IBX B; 2K0P A; 1IGC A; 1C9F A; 2PLP A; 2IGH A; 1XF5 L; 2OED A; 2LGI A; 2PW9 A; 4D2K A; 4IKG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2BS4 B; 2WDT B; 3C8Y A; 2N1W A; 3RZF A; 4HDO A; 4XDD A; 2CR5 A; 1B1Z A; 1AN8 A; 1Z2M A; 2DEN B; 2KDE B; 1C4A A; 1P7E A; 2JWU A; 2LFI A; 4ANW A; 1L6V A; 1RM6 C; 3AEE B; 2IBI B; 3N1X C; 2JWZ A; 1F0Z A; 2KD0 A; 1OEY A; 2AEH A; 4JX1 C; 1L5P A; 3DBL B; 1HE8 A; 2YEP B; 5AZH A; 1OGW A; 4IDI A; 2JRH A; 4HDQ A; 3U2S C; 1H8C A; 5DPW A; 1FXI A; 2WNM A; 2B3A A; 3MC8 A; 4W9H A; 3WAM A; 2JYT A; 2WXK A; 5DPT A; 1UGJ A; 4IM0 A; 2PE9 A; 1ROE A; 1JWA D; 1LQB A; 2SEB D; 2KFK B; 3GZN I; 5AUK A; 3T3O A; 4ACF A; 5E6O A; 4N6E B; 4IWP A; 1G6J A; 5BYR A; 1TJE A; 2N0S B; 3FC4 A; 4IW0 A; 1VZ7 A; 2SAK A; 4HKZ E; 1WJN A; 3N9Y C; 1YD8 U; 3O13 A; 4OHJ A; 4P1B C; 1C77 A; 2QDF A; 1XLN A; 1XCQ L; 3L4P A; 2ZW0 A; 1VZ6 A; 4M02 A; 2KTF A; 2R2O A; 3EFU A; 4M8M A; 1CQV A; 1FNV A; 1TY0 A; 3A1Q A; 2MQJ A; 4S17 A; 3AEB B; 5IOI A; 4KX6 B; 2KQS A; 5G2N A; 4HK2 A; 2DZM A; 1J0G A; 1J19 A; 3A4S C; 2N9E B; 3BII D; 2BWF A; 2IY0 B; 3U30 A; 2HTH A; 2LGD A; 4NAW B; 1N63 A; 2ZNV C; 3BYT B; 4BAX A; 1FNU A; 2MA9 B; 3AE4 B; 1XEE A; 3AH7 A; 3JYU A; 1AYF A; 2BQQ A; 2KMM A; 4PS8 A; 2DHZ A; 1TT5 B; 1CJE A; 1F2R I; 3RI7 C; 2NVU I; 5MPO A; 3WCQ A; 4DXG A; 1B9R A; 2KAC A; 3QK0 A; 2NBV B; 1SSN A; 4HKQ A; 2A5U A; 3PZ8 A; 1HTO A; 2JU6 X; 4W9L A; 2EKE C; 1SGH A; 3ZNH B; 1VZ8 A; 1UNS A; 4OVU A; 1YX5 B; 3NUH B; 4R3D A; 2A4Z A; 3ZLZ A; 1WGR A; 4AS1 A; 2WXI A; 2Z59 B; 2W82 A; 1V86 A; 2BT6 A; 4NNJ B; 4Q2J A; 1UWX A; 2XK5 B; 4WWM A; 2Y3A A; 3EA6 A; 3H7S A; 4DK5 A; 4RF0 A; 2DYO A; 2AL3 A; 1PUT A; 1F52 A; 3AUL A; 5AEK B; 1GB1 A; 5JZE B; 2M17 A; 1PDX A; 1YX6 B; 4FJV B; 4MJS A; 3AU4 A; 4W9D A; 1YQB A; 4J6I A; 1MG8 A; 2PMV A; 4CQN A; 1WE6 A; 2IO0 B; 3AEF B; 3IG3 A; 3WAP A; 4YL8 A; 4EOY A; 3RN9 C; 1MHH E; 2I38 A; 1I35 A; 3N1Z C; 1YN3 A; 4USA A; 2I1K A; 3DBH I; 3AB5 A; 4YTM B; 4WJP A; 1SJE D; 1WMH B; 4XGA B; 4ARC A; 2N7D A; 2GBN A; 2Q5W D; 2KXJ A; 2PLP A; 1ZPS A; 2L52 A; 2J7Q B; 1Z5S B; 2D10 A; 1QT9 A; 4AWJ A; 2MBQ A; 1ISN A; 2IO3 B; 4WJN A; 5H8Y E; 2GOW A; 4TKN A; 2BBC A; 3AE6 B; 2RGF A; 3KW5 B; 3H7P A; 5IN7 A; 1MJD A; 3BYY B; 4BKS D; 3DBS A; 2KWV B; 4B0E A; 2BS2 B; 2LGY A; 5EE3 A; 3VUW A; 4OVV A; 1NVI D; 2AYO B; 3KUZ A; 1P98 A; 1FPY A; 1P3Q U; 1EF1 A; 4HLE A; 3AE7 B; 1PFD A; 2LJ5 A; 4KDL B; 5CHV C; 1VDV A; 1L2N A; 3AEG B; 2DZI A; 3SD5 A; 3KH0 A; 3Q14 C; 4MDK E; 1P0R A; 2PTL A; 2VH1 A; 3PRP B; 1R4M B; 3PRZ A; 3VDZ A; 3QAQ A; 3BY4 B; 2KVZ A; 4YTN B; 1JRU A; 1ZP0 B; 1R4N B; 1KJT A; 4FJZ A; 3L0W B; 4ASW C; 5HG2 A; 3IVF A; 1V97 A; 3MJW A; 3DWG C; 4WWN A; 1VLB A; 4N59 A; 4E71 A; 2LRU A; 3ETR A; 3V61 A; 2K6D B; 1E9M A; 2IO1 B; 4FLH A; 3A9J B; 2PIA A; 1J7A A; 4HXD A; 3P1M A; 2OJW A; 1L7Y A; 3PTF C; 3PT2 B; 4NJ6 A; 1ZDV A; 2IZV B; 4JQW C; 2MWS B; 2PW9 A; 3HRD D; 2GBR A; 2KTR A; 1TKG A; 2M0A A; 3DBL I; 2GLS A; 4KZC A; 4K7S A; 2DNF A; 3Q3J A; 4HPM B; 3GZN B; 3BIN A; 1JWB D; 4JE3 B; 5J18 A; 3VRB B; 2LGX A; 2L7R A; 4XX5 A; 2XNA C; 1ACC A; 3SU8 X; 3VQI A; 2KDM A; 4EFO A; 2FIF A; 4AUQ C; 2RPV A; 5LXH A; 2LUE A; 3OG5 A; 1WRI A; 1LXD A; 2EEL A; 3NOB A; 4ARI A; 1A5R A; 3X23 A; 3QCA A; 5BYS A; 4PYU A; 1RRB A; 1C79 A; 3PVL A; 1V49 A; 4PK1 A; 1UBI A; 3NVW A; 2BW2 A; 4I6N B; 2LHE A; 4W9F A; 2RDG A; 1WH3 A; 3P2B A; 1JCK B; 2D3C A; 2M56 B; 2K22 A; 2WHI A; 1HZ5 A; 3KLS X; 1L4D B; 2MEK A; 2KWU B; 1QF6 A; 1MHX A; 2KAN A; 2KX0 A; 5CHW A; 2NCN A; 3MJ5 A; 1XD3 B; 2KKC A; 1E7V A; 4B9K A; 1IP9 A; 3QQ8 B; 4GB9 A; 2JZZ A; 1TKY A; 3B08 A; 1LO5 D; 1YIW A; 4BOS C; 2VZK B; 3I3T B; 2JT4 B; 4CYE A; 3NVZ A; 3MP9 A; 2BVC A; 2IDY A; 1WF9 A; 1WJ4 A; 5E6J A; 2GBM A; 3ZUN A; 1MVK A; 4M01 A; 3P63 A; 1V80 A; 4MSQ B; 4P7I A; 2KT7 A; 1WGG A; 3PSE B; 4GXB A; 5DPS A; 1E8Z A; 2D2Q A; 2G4D B; 3A9K A; 1SIF A; 4BKG A; 3ZQ4 A; 2KC1 A; 2BS3 B; 1IGD A; 2MH7 A; 4NY0 A; 2R2Q A; 4EEW A; 2PVG C; 3PPA A; 1V1P B; 2WWZ A; 2K1F A; 1E7P B; 1FXT B; 2W54 A; 3QA8 A; 2DBY A; 2NPT B; 1DOX A; 2XEW A; 3BZD B; 4YSZ B; 3NY5 A; 2KNB A; 3NRZ A; 1WR6 E; 2LRW A; 2O6V A; 3U7Z A; 3QIJ A; 1RAX A; 3PRE A; 3P42 A; 4LNF A; 3R8B A; 2WDV B; 2WXQ A; 1OFF A; 4GDL B; 3DBH B; 1C76 A; 3TSS A; 4ITK A; 5HI1 A; 4WUR A; 3AE1 B; 1FM0 D; 1YJI A; 1XLQ A; 1WXA A; 2M8S A; 1WXV A; 2BKR B; 1EM7 A; 2KK8 A; 3NVY A; 1Q0W B; 2O2V B; 1KH0 A; 2PJH A; 4W9C A; 3ZXV A; 4URK A; 4REZ A; 2CJN A; 5J2R A; 5FR3 A; 2FID A; 3DHI C; 2LD9 A; 2J0J A; 1D4B A; 3PLV A; 2K8B A; 4MGY E; 3GS2 A; 3BVG A; 3RCZ A; 1KTK A; 4IWQ A; 3PGE A; 3AV8 A; 5TR5 A; 2N1V A; 3AEC B; 2K0P A; 3I63 C; 2BKF A; 2BYT A; 2WXL A; 2C9W B; 1S3S G; 3VVW B; 1SE4 A; 2W9N A; 2VRR B; 3R2I A; 1QIL A; 2ZPY A; 3T9L A; 4RGM A; 1C78 A; 3Q8B A; 1DGJ A; 2WXG A; 4YWG G; 1ET6 A; 2GRI A; 5JH5 C; 3VFK A; 1D5X C; 1T6B X; 1R4M I; 2WQY B; 5AZF A; 4NZL B; 2BF8 B; 3EC8 A; 3ALB A; 1R4N I; 3RNA C; 4A90 A; 3ZDT A; 3ZJV A; 2I2Y A; 2VZK D; 2BB5 A; 3UIO B; 4JWS C; 1JML A; 2L0T A; 3DBR B; 1V1O A; 1WRD B; 1ET9 A; 1VJK A; 1WGD A; 5L83 A; 3KWV A; 2G45 B; 4LDT B; 5I4D A; 2W3S A; 4QAY A; 5BMH A; 1SE9 A; 1MFW A; 2KFJ A; 2QMT A; 4B6W A; 4AJY B; 5IA7 A; 2LXC A; 2V3P A; 3B9J A; 4HJG E; 1JRO A; 1FCC C; 1T0R C; 2FE8 A; 4M8N A; 1K50 A; 2HJ1 A; 3Q8E A; 4KV2 A; 4GLS C; 4A8X C; 2MJE A; 3ZIM A; 4OZA A; 3RUL A; 1JWS D; 1X1M A; 3Q8C A; 1D5Z C; 4HJK A; 2INC C; 3VH4 B; 2BYE A; 2RDB C; 1NI3 A; 4XDC A; 5C3J B; 4EZK A; 1VRA B; 1I4G A; 2WXM A; 1OQY A; 3ZJU A; 4KIK A; 3L10 B; 1ZDX A; 1STE A; 4FXC A; 4WAF A; 2EMT A; 2V1Y A; 2YEP F; 3AMZ A; 1FCL A; 3JVZ X; 3TIX A; 2BPS A; 1XQQ A; 2C5L C; 2GI9 A; 4HRO A; 1IYF A; 4YT0 B; 4W9E A; 2LAS A; 1I42 A; 4IM2 A; 2KJR A; 1NYR A; 3HIZ A; 2JSV X; 4II3 B; 1BT0 A; 2CHW A; 2MBE A; 2KC2 A; 3TEX A; 4IWO A; 2DAJ A; 5E6P A; 3ML9 A; 3VTV A; 2UU7 A; 3AE8 B; 2IGG A; 3IBE A; 3BK2 A; 3OJ3 A; 3X0W A; 1ZXI A; 3DCG A; 4WIP A; 2V4I B; 2PKO A; 4E3C A; 1QOB A; 3VH3 B; 2H89 B; 1UH6 A; 2KDF B; 3HM3 A; 2NBW B; 4K3B A; 1XLP A; 4AP4 C; 1GB4 A; 1SXT A; 1RWS A; 2KDI A; 2KMC A; 3AE2 B; 2WU2 B; 5G5G A; 5BMI A; 2KQ4 X; 2Y5B B; 4A20 A; 2JXT A; 3LXF A; 2UYZ B; 3IXS A; 2KHW B; 2C7M B; 1RFA A; 3V60 A; 2BYV E; 4LNN A; 3H7P B; 5FKA C; 4XWW A; 3EFC A; 3KWL A; 4GGQ A; 1QOA A; 4KGT A; 4MEM A; 2KFK A; 1N5X A; 4ICV A; 1E5W A; 5EE9 A; 3UQA A; 1UBQ A; 1TIF A; 4BKS A; 4XWT A; 1DOI A; 4XYC A; 1WR1 A; 4HEA 1; 2KWD A; 1HQR D; 1HTQ A; 3SFE B; 4UDU C; 2G9H D; 4BFR A; 1C9F A; 3W2D A; 3VTW A; 2IGH A; 3R2T A; 2FNJ B; 1XF5 L; 1L0V B; 2MW5 A; 3TUO A; 4PT5 A; 1ESF A; 3R7Q A; 3SR6 A; 5GMV A; 4KGS A; 3OJ4 B; 2D3G A; 1WJ6 A; 4LDT D; 1TKE A; 3AED B; 3RD2 A; 4N9F 4; 2WXJ A; 1GC6 A; 4GN1 A; 1E8Y A; 1PGA A; 3HVD A; 2L1A A; 3L13 A; 3PHW B; 3VRA B; 1T0S C; 5J17 A; 2LGS A; 2KWC A; 2I1J A; 2MP2 B; 4F1S A; 1KLG D; 4CO7 A; 2W55 A; 3TL5 A; 2BYF A; 2WDR B; 3PHX B; 2MBH A; 3HK0 A; 1KLV A; 1PGX A; 4DHJ B; 4NAW A; 3TCA A; 1V8C A; 1EU3 A; 3QC8 B; 2Z0E B; 4HPL B; 3A33 B; 4L2Y A; 2JZP A; 3QX1 A; 3UGB B; 3J9C A; 1VR9 A; 2N7E A; 2DYM A; 2M19 A; 4C80 A; 4DDG D; 2JPH A; 3C0R B; 4MSM B; 2KLG A; 2ZEQ A; 3EHV A; 1L0Y B; 3UIP B; 1N61 A; 3QHT A; 4DQO C; 2R61 A; 4FJY A; 2QCZ A; 2WDQ B; 1T3Q A; 2DZJ A; 1WXQ A; 3AE5 B; 3W1S A; 1FFV A; 2LVP A; 2G1E A; 1E7U A; 4MM3 B; 1SEB D; 2K9X A; 2XK5 A; 2GMI C; 4C4V B; 1EF5 A; 3VXW A; 1D6E C; 1I4Q A; 3TBL D; 2AWT A; 3BVM A; 1V5T A; 3V05 A; 5C23 A; 3CIR B; 1KM7 A; 4LTU A; 4GOC A; 3VTU A; 4GDK B; 1VCB A; 3ABV B; 4DBG A; 3W5U B; 2K8C A; 1L6U A; 4US9 A; 1EUV B; 3LB8 C; 2QJL A; 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2Y5P A; 3PS6 A; 1XLO A; 4NQK E; 1TTN A; 1J7B A; 1OQR A; 3IFW B; 1FD6 A; 1WGK A; 5JHA A; 4M0W B; 1NBF C; 3UIN B; 1WGH A; 2NMQ A; 4K7U A; 1AW7 A; 4IG7 B; 1TZ1 A; 2D11 A; 3A4R A; 1SE3 A; 5JHB A; 2KJH B; 3M63 B; 3CF6 E; 3L16 A; 4JWU C; 4WQM A; 5CX3 A; 1ZUD 2; 3TMP B; 5G5H A; 3VUY A; 2CU1 A; 1HZ6 A; 4XZ4 A; 1WYG A; 3WAN A; 1WE7 A; 4RMA A; 4K1R B; 3W1S C; 3CMM B; 3IAS 1; 2NTT A; 1AAR A; 1K8R B; 3L54 A; 3HVZ A; 3QWZ B; 3Q3N C; 4ZRQ A; 2JUO A; 3PRM B; 2PEA A; 2CKH B; 1JWU D; 1C1Y B; 1K51 A; 4L23 A; 3B2F A; 3NZU A; 3Q69 A; 2JXX A; 3H6N A; 4J3O D; 4LNK A; 4EE2 A; 3FIL A; 3CST A; 3U7D A; 3ZXR A; 1SBB B; 4LK0 M; 1F9J A; 2J52 A; 1NI2 A; 1TGZ B; 2BWE S; 1WI0 A; 2GBK A; 2KQ7 A; 2ON8 A; 4RF1 A; 4MAC A; 3APF A; 3CSF A; 2HTM E; 3FAH A; 1TS5 A; 3P4R B; 2M0X A; 2XN9 C; 3AM9 A; 1GAQ B; 1RYJ A; 2OHF A; 3ZYY X; 1WY8 A; 3AU5 A; 4ANX A; 1T0Q C; 2C60 A; 1IUE A; 1I7H A; 1YQ4 B; 5TSS A; 4H2A A; 2MRP A; 2D07 B; 3HM6 X; 3KVF B; 4RNA A; 1SJH D; 2L76 A; 2WLB A; 3Q2A C; 1EWC A; 3N3K B; 1RFK A; 4S0R A; 4ZHO A; 4B95 A; 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