The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
EVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYAALLAKVNGEYTADLEDGGNHMNIKFAG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Identification and grafting of a unique peptide-binding site in the Fab framework of monoclonal antibodies.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Trastuzumab light chain
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| molecule tags |
Immune system
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
17
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| structure length |
62
|
| sequence length |
62
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-10-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2IGG A; 4OZA A; 1GB4 A; 1MPE A; 2RMM A; 2JXT A; 2KDM A; 3V3X A; 2KQ4 X; 2ZW0 A; 3FIL A; 1F2R I; 1HZ6 A; 2JWU A; 1FCC C; 1ZXH A; 4GLS C; 3GB1 A; 5BMH A; 2NMQ A; 2ON8 A; 1MHX A; 2GB1 A; 2IGD A; 1EM7 A; 2LUM A; 1QKZ A; 1FCL A; 2IGH A; 4WH4 A; 1YMH E; 4MAC A; 1F2R C; 2N9L A; 4IKG A; 2K0P A; 5BMI A; 2PLP A; 4HKZ E; 1IGD A; 1FD6 A; 5HG2 A; 2N9K A; 4D2K A; 1PGX A; 1JML A; 1XF5 L; 2KWD A; 1PGA A; 1IGC A; 2I38 A; 2KAC A; 2ONQ A; 2KN4 A; 2J52 A; 5HFY A; 4IOI E; 1YNT E; 3MP9 A; 1K53 A; 2LHD A; 2PTL A; 2QSD A; 1UWX A; 2JU6 X; 4KGS A; 1HEZ E; 4OZB A; 5HHD G; 1IBX B; 2GI9 A; 1XCT L; 1K51 A; 1P7F A; 2QMT A; 1D4B A; 1C9F A; 1GB1 A; 2LGI A; 1KH0 A; 1MVK A; 4HJG E; 1MI0 A; 1P7E A; 3UI3 A; 4KGT A; 5HI1 A; 2PW9 A; 2J53 A; 1IBX A; 1HZ5 A; 2JSV X; 2JZP A; 4KGR A; 5JXV A; 1PGB A; 2EEL A; 2ZW1 A; 2OED A; 2LHE A; 1Q10 A; 3FIL B; 2RPV A; 1MHH E; 1XCQ L; 1K50 A; 1K52 A; 2I2Y A; 4OZC A; 2N7J A; 5BMG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4XC2 A; 4AJW A; 2MQJ A; 3PRE A; 4DBG A; 2ZCB A; 2Z59 B; 3QCA A; 1P9D U; 1E6E B; 1QQR A; 2WXG A; 5AZF A; 3AEA B; 3ETR A; 5FKA C; 1XD3 B; 2FCN A; 3NZU A; 2PE9 A; 2ON8 A; 3DOW A; 2Y5P A; 2KAJ A; 3DWM A; 5KHQ A; 4TKN A; 1FCL A; 3P4R B; 5L83 A; 3KUZ A; 2YEP F; 2FAZ A; 5TR5 A; 5LXH A; 3Q8E A; 2C5L C; 2GBK A; 2JRH A; 3BII D; 2XK5 A; 3OJ3 A; 4IOI E; 1XT9 B; 1Q0W B; 4NJ6 A; 4G11 A; 2CHX A; 4HXD A; 1F77 A; 5JH5 C; 4PT5 A; 1WR1 A; 4MM3 A; 2YEP B; 1PUT A; 3UIP B; 2CHZ A; 5EE9 A; 3H9D A; 3W5V B; 2DZI A; 3KUC B; 4RF1 A; 2LGD A; 2D3G A; 5BYS A; 2JXX A; 3AN1 A; 4S0R A; 2BTE A; 2WXM A; 3KWL A; 2KHW B; 1D4B A; 1JRU A; 3VH3 B; 1QT9 A; 4GXB A; 4N9F 4; 1D5X C; 3R2T A; 4NJ7 A; 1ZE3 D; 5D6J B; 3WAL A; 4ZRK A; 1XXG A; 1RWS A; 1ZGU B; 3R3M A; 3Q3O C; 4P6V F; 1KOT A; 4A3P A; 4XDC A; 4BBN C; 1WE6 A; 4IC7 B; 3B2F A; 4UDU C; 3TSS A; 1I4P A; 2D10 A; 3RNA C; 3IBE A; 4W9G A; 4WAF A; 4EZK A; 4C7Z A; 4N58 A; 5JHA A; 1ET9 A; 1AN8 A; 1L6V A; 2WP9 B; 1J7C A; 1L4Z B; 3V6E B; 2BS2 B; 1ZXH A; 3W1S A; 4YSX B; 1KLV A; 3NG0 A; 2V3S A; 3C0R B; 1EM7 A; 2LUM A; 1QKZ A; 3IT6 B; 5E6P A; 1C78 A; 2NCN A; 4GDK B; 2V3N A; 4IKG A; 3SR6 A; 1JRP A; 3PHW B; 3OG5 A; 3P4Q B; 1YOV B; 1C4C A; 3UIO B; 4IUM B; 2KWD A; 2MH7 A; 3A1Q B; 4BKG A; 1FXA A; 2XN9 C; 1ZW7 A; 2IO2 B; 3I63 C; 3HUI A; 2LHD A; 2JU6 X; 1DOX A; 3H1U A; 3NHE B; 3A4R A; 1V2Y A; 1QOF A; 3A9J A; 1ISN A; 1LGR A; 4MEM A; 3PRP B; 3VR9 B; 3CMM B; 3AV8 A; 3Q8F A; 2M4N A; 3APF A; 2DAF A; 3ZUN A; 3A33 B; 5D3I B; 1FXI A; 2B76 B; 2W3S A; 4M01 A; 4IWQ A; 3AM9 A; 4A55 A; 2KTF A; 1R4M B; 3TCA A; 3VTU A; 4B0E A; 1FEH A; 3OAW A; 3ZNZ B; 4N59 A; 4PS8 A; 2WXK A; 3VRB B; 1C79 A; 1OEY J; 2N7J A; 3T8M A; 2J42 A; 2RDG A; 2IGG A; 2DYM A; 4OVU A; 4A3O A; 2AEH A; 3ALB A; 3IXS A; 2KDM A; 4YWG G; 3BIN A; 3VUX A; 1F2R I; 2MWS B; 3AE8 B; 3CWI A; 3AEB B; 4NAW A; 3RUL A; 2DZJ A; 4GLS C; 2J0K A; 3ZW3 A; 5AUI A; 1FO4 A; 4CYE A; 3PGE A; 1KTK A; 1UEL A; 2IGH A; 3N30 A; 4WH4 A; 1WGK A; 3AH7 A; 2SAK A; 4AQ7 A; 4HKQ A; 2N9L A; 3N9Y C; 1P0R A; 2ZNV B; 3QQ8 B; 2MLB A; 1TY0 A; 4A8X C; 4JWU C; 3MC0 B; 3NVZ A; 4M0W A; 3VTW A; 4NNJ B; 5HKH A; 1WI0 A; 3FAH A; 5D94 A; 3ZO5 B; 1IUE A; 3GS2 A; 3AE2 B; 1YNT E; 4XWW A; 2BQQ A; 1N63 A; 4P1C C; 4HCP B; 3MP9 A; 4GIV A; 3PT2 B; 1Q5W B; 3ZNI D; 2WNM A; 1GG3 A; 1UZX B; 1TS2 A; 1I4Q A; 1UNS A; 4HVB A; 4LCD E; 5KHO A; 3PV1 A; 1WJN A; 3D32 A; 3OWE B; 3VUW A; 1BUI C; 2XBB C; 2M0X A; 3ZTC A; 4HJG E; 5EDS A; 4KDI C; 2JUO A; 1E8Y A; 1OTR B; 2HTH A; 5G2N A; 2FUG 1; 1QOB A; 4XE0 A; 3ZNH B; 3P4S B; 1EUV B; 3LYY A; 3RYT A; 4K3B A; 4A6Q A; 3DHI C; 2RD0 A; 2CKH B; 1FNV A; 1WWT A; 1SJH D; 3V61 A; 3AI5 A; 3WAP A; 2V9H A; 3LDZ E; 4US9 A; 4REZ A; 2KVR A; 3RNC C; 2JYE A; 1SE9 A; 2KQ4 X; 4RCO A; 3AU4 A; 4C80 A; 3RCZ A; 3DHG C; 2K39 A; 2JWU A; 4GOC A; 5DPR A; 4YSY B; 5H8Y E; 1GAQ B; 3U2S C; 3GB1 A; 5BMH A; 2BYE A; 1TY2 A; 2GB1 A; 3EHV A; 3NVV A; 1RFA A; 3QAQ A; 3ML8 A; 3W1Y A; 4ASW C; 4FJV B; 2GOW A; 3Q8C A; 1TIF A; 4DXF A; 4NPN A; 4ZDV A; 1SXT A; 1WMH A; 5AZH A; 3ZDM C; 4B6W A; 1TGZ B; 4IG7 B; 4B0M A; 1S1Q B; 3RMK C; 1V5T A; 1JWU D; 1F52 A; 4CO7 A; 3EFC A; 1CZP A; 2K9X A; 4EUT A; 1E8X A; 2IBI B; 2ZVN A; 4QAY A; 2H89 B; 2LJ5 A; 2KC1 A; 5J2R A; 4YXD B; 1HE8 A; 3QJZ A; 2DZK A; 5G55 A; 1JWA D; 3L0W B; 4NZL B; 3W2D A; 1IYF A; 3X23 A; 3LB8 C; 1C9F A; 1J7B A; 3UF8 A; 4ANX A; 4URK A; 2MP2 B; 4W9K A; 3V05 A; 2GBR A; 2B3A A; 3VUY A; 1N5W A; 4XWT A; 3QK0 A; 1IBX A; 2KFK A; 2INN E; 1YN3 A; 3SFD B; 1D5Z C; 2M8S A; 3DBH B; 4JGH B; 1IPG A; 1WJ4 A; 2ZPN A; 3KVF B; 4IW0 A; 2KQS A; 4KSK C; 4FUL A; 5IAA C; 3MJW A; 1JRO A; 2V1Y A; 3M62 B; 4H2A A; 3P42 A; 4GB9 A; 3EEC A; 5CX3 A; 4PK1 A; 4KSL C; 2MBE A; 1WJ6 A; 1NI3 A; 3AE1 B; 4YTP B; 2RSU A; 4AS1 A; 3A9K B; 4JIO U; 4LTU A; 1AW7 A; 1K8R B; 2MW5 A; 1ACC A; 5H92 C; 1MHX A; 2TSS A; 2WHI A; 2L3Z A; 4HWI B; 3BK1 A; 4MAC A; 5TSS A; 4CHK A; 4G0N B; 2M56 B; 4RGT A; 1VZ7 A; 4LK0 M; 4P7I A; 1PQS A; 5BMI A; 3ZRF A; 2PLP A; 3UGB B; 1Z2M A; 4K3C A; 2WXH A; 1WXV A; 1SSN A; 3Q3F A; 2RDH A; 2D2Q A; 3AEE B; 1WZ3 A; 4BKS A; 4IWO A; 3C8Y A; 2WXO A; 2KD0 A; 4RGO S; 3SFE B; 3M63 B; 4ARC A; 3RUI B; 1E8Z A; 1UWM A; 3VRA B; 3L10 B; 2XNA C; 3DBR B; 1UUP A; 1VZ8 A; 3BVG A; 3ZJV A; 4HRO A; 3AE6 B; 4TV3 A; 1K51 A; 4I6L B; 2J4X A; 3BY4 B; 1V81 A; 1WX9 A; 2EKE C; 2NTS A; 5MPO A; 4RH6 A; 3ECI A; 4DHJ B; 2WDR B; 1V6E A; 3PHX B; 2PW9 A; 3EUB 2; 4EEW A; 4MEL A; 1JWS D; 2NR2 A; 4DDG D; 4EKU A; 4OZC A; 3MTN B; 1WRD B; 5IKC M; 4HK2 A; 2MBO A; 1FM0 D; 1QOA A; 1OQQ A; 3KW5 B; 2LUE A; 4OZA A; 4B9K A; 1XLQ A; 4ANU A; 1JCK B; 4L2Y A; 2ZZP B; 3A9K A; 1N62 A; 4ZRI A; 4AJY B; 4HLE A; 4KZ0 A; 4I6P A; 3EC8 A; 2NMQ A; 3PTF C; 1ZKH A; 2WYQ A; 1WGR A; 1JQ4 A; 3V62 A; 2DZM A; 3VVW B; 1J8C A; 4WIP A; 4TQ1 A; 1E10 A; 2KX3 A; 4HKZ E; 3NVW A; 1VCB A; 2MSE D; 5HG2 A; 2N9K A; 2AWT A; 2JF5 A; 4J6I A; 1IGC A; 3P63 A; 1WY8 A; 1V9J A; 4KIK B; 4W9D A; 1HQR D; 3AEF B; 1NBF C; 3ZGZ A; 4FJY A; 2KN5 A; 3CST A; 1YJI A; 2WU5 B; 3KYD D; 3VTV A; 3R7R A; 1TKG A; 1E7P B; 2A4Z A; 2GMI C; 2ZEQ A; 3SEB A; 1SGH A; 2G9H D; 1E90 A; 4W9J A; 3TBL D; 4RNA A; 3OJ4 B; 3MHZ A; 1GPX A; 2LJI A; 4G50 A; 3MC8 A; 1MVK A; 2KQ7 A; 3LXF A; 4WQO B; 2AYO B; 1TJE A; 1QIL A; 2UYZ B; 4DWF A; 1I4X A; 1WGH A; 3HVZ A; 4BAX A; 1WYG A; 3R66 C; 1L0V B; 2LGS A; 2ZW1 A; 1J19 A; 1SIF A; 3L17 A; 4L1B A; 5LLI A; 1FFV A; 2KLC A; 2Z8L A; 3Q2A C; 3IVF A; 2K6D B; 2BB5 A; 1A70 A; 2KJR A; 5D3D A; 2KDB A; 4GGQ A; 1E9M A; 3Q14 C; 1T0Y A; 2LD9 A; 2NPT B; 4L23 A; 4C4V A; 4OVV A; 1KLU D; 1MPE A; 2RMM A; 2JXT A; 4US8 A; 4E3C A; 3Q69 A; 1C4A A; 5C1Z A; 5IOI A; 3RT3 B; 3DVN V; 1SE2 A; 3MC9 A; 4K7W A; 2BGF A; 1TS5 A; 3DBS A; 3QAR A; 4DXA B; 1OQY A; 4PS3 A; 2HD5 B; 4BOZ B; 4RGN A; 1D5M C; 1AAR A; 1FIQ A; 1U4A A; 1YQ3 B; 3ZNG C; 2NVU I; 3TEY A; 2KN4 A; 5IN7 A; 1GC6 A; 1UGJ A; 1XQQ A; 5FR6 A; 2QHO A; 1WGY A; 2GBN A; 1V80 A; 1VRA B; 1YJJ A; 1TKY A; 3N20 C; 4DQO C; 2FUH B; 4RFB A; 3I57 A; 1CJE A; 1VD2 A; 3DVG Y; 1RLF A; 2MBH A; 5DCN A; 2BS3 B; 4BFR A; 2H88 B; 2LVO A; 2KDF B; 2REX A; 2LAS A; 2ZJD A; 4JPS A; 3V60 A; 2O6V B; 2N9P C; 3IT4 B; 1ZUD 2; 1STE A; 1F1H A; 2OJW A; 3VR8 B; 4FLH A; 3MFG A; 1HZ5 A; 3N1Y C; 3DQV A; 1WIA A; 2WXJ A; 2VZK D; 5BO4 B; 2WXL A; 4TMA B; 2W82 A; 3NS1 A; 2C9W B; 3QA8 A; 3U7Z A; 4EFO A; 4HJK A; 4E71 A; 3ZXV A; 1WGD A; 2INC C; 1QF6 A; 3VQI A; 1ZP0 B; 4PS7 A; 1WXS A; 1ZDV A; 3KYC D; 2PPH A; 1BML C; 3RZW C; 2LMC A; 2D11 A; 3U7D A; 1EU3 A; 5IA7 A; 3JW0 X; 4AP4 C; 3BYT B; 2M0A A; 2D3B A; 1XLO A; 4M02 A; 1UF0 A; 2AQ1 B; 2R2O A; 1WGG A; 2LRW A; 2RDB C; 2FCS A; 1VR9 A; 3WCQ A; 3R7Q A; 4AOF A; 1IGD A; 1WM2 A; 2KXJ A; 3RFZ B; 2WWZ A; 3P2B A; 2BKR B; 2ONQ A; 2R2Q A; 4K7S A; 4LLG M; 2K6Q A; 2VH2 A; 3L4P A; 1PYW D; 1M94 A; 1NEN B; 1UWX A; 3SDL C; 2LXA A; 4GDK A; 3KLS X; 3BYY B; 3BVZ A; 2ZPY A; 1WFY A; 3A1Q A; 1KJT A; 3VH4 B; 4NJC A; 2DAJ A; 2EKI A; 4M8M A; 2V4I B; 2O6V A; 1JW9 D; 3W1S C; 5JZE B; 3U30 A; 1V49 A; 4DDI D; 4JL9 A; 3Q3M C; 5E6N A; 1XEE A; 4AWJ A; 2YLM A; 2JSV X; 3RN9 C; 2A5U A; 1D3Z A; 1E0Z A; 1FMA D; 4W9F A; 5FR3 A; 2EEL A; 4AUQ C; 2OED A; 2N9X A; 3VAW A; 3FIL B; 1N61 A; 1XLP A; 1HXY D; 5T8I A; 1V86 A; 1T5X D; 1YIW A; 4F1S A; 1E7U A; 2GLS A; 1S3S G; 5BMG A; 4FBJ B; 4JLC A; 1Y8R C; 2PMV A; 2WDT B; 3J9C A; 4ICU A; 4WJQ A; 1F9J A; 3RPF C; 3ONS A; 1RAX A; 4WJP A; 2PEA A; 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3AE4 B; 2WQY B; 2BBC A; 1YQ4 B; 1ZXI A; 2IYD B; 1K53 A; 4NY0 A; 2LFI A; 2LEK A; 2BS4 B; 2JZZ A; 1RM6 C; 2ACZ B; 3PZD A; 4YT0 B; 2GI9 A; 1OQR A; 2MJD A; 1WH3 A; 5AZG A; 2GBM A; 2X8X X; 1TYG B; 4IM3 A; 1GB1 A; 4BKT A; 1DOI A; 3WAN A; 4IDI A; 5LNK 1; 4XDD A; 3TJP A; 1F0Z A; 3TMP B; 5DPT A; 4M00 A; 1ESF A; 2ICI A; 1MI0 A; 5I4D A; 3JSV B; 2LZ6 A; 3GZN I; 2W54 A; 1SF0 A; 5HI1 A; 2YVC A; 1EWC A; 2MRP A; 1QOG A; 4P1B C; 2ZNV C; 5GMV A; 4WQM A; 1CQV A; 2KMC A; 3P4P B; 2WS3 B; 1FRR A; 5LXI B; 2MP2 A; 2ZVO A; 1JWB D; 4HDO A; 5C3J B; 2KNB A; 1A5R A; 2L0T A; 2CJO A; 3QC8 B; 1IP9 A; 2GBJ A; 2K25 A; 5JHB A; 1WR6 E; 2KWU B; 3TUO A; 2KAN A; 2WDV B; 2WLB A; 2AQ3 B; 2SEB D; 3N1Z C; 4C00 A; 2WU2 B; 2MJ3 A; 2KLG A; 2Y3A A; 4RM9 A; 2BT6 A; 3DBL I; 1MJD A; 2MCN B; 1L6U A; 4MM3 B; 2OOB B; 3UIN B; 4YL8 A; 1TS4 A; 3WAO A; 1FRD A; 2KVZ A; 2N9E B; 4D2K A; 2I38 A; 2BW2 A; 3L16 A; 4ANW A; 2MEK A; 3JVZ X; 3CIR B; 4BKS D; 2KO3 A; 4G3X B; 3WIM A; 5GXG B; 1UGM A; 2KMA A; 2LGX A; 2BB6 A; 3B1L X; 3EA6 A; 4ZRJ A; 4WWP A; 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