The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
63
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structure length |
63
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Chain Sequence |
SEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYAALLAKVNGEYTADLEDGGNHMNIKFAG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Identification and grafting of a unique peptide-binding site in the Fab framework of monoclonal antibodies.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Trastuzumab light chain
|
| molecule tags |
Immune system
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
15
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| structure length |
63
|
| sequence length |
63
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-01-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5BMG A; 2ONQ A; 2JXT A; 2J53 A; 1FCL A; 4HKZ E; 4KGS A; 1IBX B; 4MAC A; 2PW9 A; 2IGH A; 2N9L A; 1YMH E; 2KAC A; 1PGA A; 2K0P A; 2KDM A; 1F2R C; 1F2R I; 1GB1 A; 1D4B A; 1ZXH A; 4OZA A; 5JXV A; 2LHD A; 1EM7 A; 1HZ5 A; 2KQ4 X; 1UWX A; 2JWU A; 2I2Y A; 2J52 A; 3GB1 A; 3UI3 A; 2RMM A; 5HG2 A; 1HEZ E; 1K50 A; 1FCC C; 1YNT E; 4GLS C; 1XF5 L; 5BMI A; 4HJG E; 2IGD A; 1IGC A; 5HI1 A; 2LHE A; 2KWD A; 2KN4 A; 2EEL A; 1MVK A; 3FIL B; 1JML A; 3FIL A; 2GI9 A; 3MP9 A; 5BMH A; 4OZB A; 4IOI E; 3V3X A; 2ON8 A; 2JZP A; 1K53 A; 1GB4 A; 2JU6 X; 4KGT A; 1XCQ L; 4WH4 A; 1C9F A; 1P7E A; 4D2K A; 1K52 A; 1HZ6 A; 4OZC A; 4IKG A; 2JSV X; 2IGG A; 1MI0 A; 2OED A; 1IBX A; 1IGD A; 1K51 A; 2QMT A; 5HFY A; 1XCT L; 2GB1 A; 2QSD A; 1MHH E; 1P7F A; 2PTL A; 2PLP A; 1QKZ A; 2N9K A; 2ZW1 A; 4KGR A; 1PGX A; 1MHX A; 2ZW0 A; 2I38 A; 2N7J A; 1Q10 A; 1FD6 A; 1MPE A; 5HHD G; 2NMQ A; 1KH0 A; 2LUM A; 2LGI A; 1PGB A; 2RPV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4N59 A; 4NJ7 A; 2RDG A; 4EEW A; 1CQV A; 1Q5W B; 1I4P A; 2FUH B; 1GOZ A; 4BOZ B; 3MHS D; 3SU8 X; 1TIF A; 1YMH E; 3CSF A; 1F0Z A; 3ETR A; 1A5R A; 3VVW B; 2KK8 A; 2XK5 B; 2MCN B; 2XNA C; 4YSY B; 2O6V A; 1LGR A; 3MC9 A; 3ABV B; 1IPG A; 5LXI B; 2DAF A; 4YSZ B; 2X8X X; 2L83 A; 3NUH B; 1QLB B; 4KDL B; 4LLG M; 3I63 C; 2MJ3 A; 3A1Q A; 3AM9 A; 4JQW C; 4II2 B; 1ESF A; 1WGD A; 1E7V A; 3EFU A; 2Z8L A; 4AJY B; 4HCN B; 4ZYN A; 2LJ5 A; 2LHE A; 4M8N A; 2YVC A; 2ZNV C; 1EWY C; 4WIP A; 2ASQ A; 1SE2 A; 5IKC M; 3Q6B A; 4HWI B; 3HK0 A; 3I9V 1; 4IW0 A; 3RI7 C; 2UYZ B; 4LDT B; 1VD2 A; 2MSE D; 4WWO A; 4YTP B; 2JSV X; 4BKS D; 1P9D U; 2LI5 A; 1WXV A; 1SEB D; 1IBX A; 3R8B A; 4HJK A; 3VH3 B; 3ZJU A; 3BWU D; 3N1Y C; 4BFR A; 1BUI C; 4WJN A; 2TSS A; 1SE4 A; 2LWP A; 5AZG A; 3M95 A; 1VLB A; 5DPS A; 2ZVN A; 3RNE C; 1B9R A; 1R4N B; 2REX A; 2QEJ C; 2FIF A; 2IYD B; 2KTR A; 3V61 A; 5J2R A; 3B1L X; 1EF1 A; 1GC6 A; 1X1M A; 3AUL A; 1QIL A; 3C0R B; 2N9E B; 2BYV E; 3OJ4 B; 4ANU A; 2LHD A; 4FLH A; 1VDV A; 1ZW7 A; 4G50 A; 4FAD A; 1WZ0 A; 1KF6 B; 5FR3 A; 3ZKJ C; 3VQI A; 3MC0 B; 4CO7 A; 3UQA A; 2L76 A; 2WYQ A; 1WMH B; 2JY6 A; 3Q69 A; 5JZE B; 2MH7 A; 4I6L B; 4TSS A; 1RRB A; 3VUX A; 3N9Y C; 1XLO A; 4DDI D; 2IPK D; 2OHF A; 2NBU A; 1ROE A; 1NI3 A; 4ZRJ A; 1N62 A; 2KWV B; 3P4S B; 2JT4 B; 2NR2 A; 3M3J A; 2D2Q A; 1TS5 A; 2K5P A; 4WJO A; 1WR1 A; 1HE8 A; 4OZB A; 1G6J A; 3CF6 E; 3MC8 A; 4L1B A; 2OOB B; 2KOX A; 2CJN A; 2L8J A; 2D11 A; 4DHZ E; 4D2K A; 1TGZ B; 2WQY B; 1HZ6 A; 1JWU D; 3ZRC A; 1FFV A; 1F52 A; 1L7Y A; 1FXA A; 1WGR A; 3FKY A; 2QMT A; 4KZC A; 5HFY A; 3HUI A; 4RH6 A; 2J0J A; 1H8C A; 2J0K A; 4M01 A; 2RGF A; 1P0R A; 2AWT A; 2GBR A; 1UF0 A; 1E0Z A; 2MP2 A; 1WZ3 A; 1FNV A; 2RPV A; 2I1K A; 5KHQ A; 1I4G A; 3AU4 A; 1E8W A; 1H4R A; 3ZVV A; 5LXH A; 2BWE S; 4E71 A; 1VR9 A; 1EUV B; 3TBL D; 5IN7 A; 1JWA D; 2ZJD A; 2FUG 1; 2IBI B; 2LZ6 A; 3KWV A; 3W9C B; 4BKG A; 2DBY A; 4K7S A; 1L6V A; 4GN1 A; 4W9E A; 3UI3 A; 5AEK B; 5T8I A; 2Q5W D; 4HRO A; 3A4R A; 2KAN A; 3PRE A; 4TUU A; 3A9K A; 1XF5 L; 4K7U A; 1IGC A; 3L16 A; 3WAM A; 2JZZ A; 2UWQ A; 2KKC A; 2JWZ A; 2NTT A; 2MBH A; 2M17 A; 3ZQ4 A; 1FXT B; 4MGZ E; 2G45 B; 5E6N A; 4W9K A; 3BZD B; 4FXC A; 2JYT A; 2IO1 B; 1WYW B; 3IHP C; 1SBB B; 4K3B A; 3Q3J A; 2A4Z A; 3PRM B; 2IO3 B; 1SB3 C; 4TQ1 A; 2KMM A; 3AEF B; 4M0W A; 5H8Y E; 2DZI A; 1KJT A; 3JSV B; 3AE3 B; 1WXA A; 3ZNZ B; 4C4V B; 5GMV A; 3M63 B; 2N9K A; 1S3S G; 2B3A A; 4FHK A; 4W9G A; 4GIV A; 2K6Q A; 5IA7 A; 3DHI C; 2ZW0 A; 3VUY A; 2WXO A; 3TEZ A; 1YJJ A; 2SEB D; 1T0Y A; 2BW2 A; 2FE8 A; 3R3M A; 5BMG A; 3KH0 A; 3T3O A; 5EDS A; 1VZ7 A; 4W9I A; 1WJ6 A; 4KGS A; 2FNJ B; 2WXL A; 4HLE A; 5D2M B; 4P1C C; 2WLB A; 1F2R C; 1VZ6 A; 2MRP A; 3J9C A; 2MJD A; 2V1Y A; 3H7S A; 1TBE A; 4M8M A; 2HTM E; 3RUI B; 3A9J A; 2IJ0 A; 2M19 A; 1PFD A; 2J0M A; 1UWX A; 2BYE A; 4DHJ D; 1EU3 A; 4GDK A; 2D10 A; 4N6E B; 3NZS A; 2JWU A; 3AEE B; 4IWQ A; 3PRP B; 3IG3 A; 2KO3 A; 3ECI A; 3TIX A; 3P4R B; 4FHJ A; 1V97 A; 5BMI A; 2WX0 A; 3S2A A; 4HJG E; 1L2N A; 3NVZ A; 3AEA B; 3W2D A; 4ZDV A; 3RZF A; 4B0M A; 1XO3 A; 1NDD A; 3TEW A; 1C4P A; 3HM6 X; 2GI9 A; 1YQ4 B; 1YJ1 A; 2JXX A; 2PVG C; 3DVN V; 1GG3 A; 1GC7 A; 3EFC A; 4ZYS A; 3N30 A; 2N1W A; 1UNS A; 4HXD A; 3AB5 A; 1C3T A; 3R66 C; 4PS3 A; 2JPH A; 3RYT A; 5C23 A; 2QIL A; 2LD9 A; 3AED B; 1MI0 A; 4HEA 1; 1UWM A; 4OW0 A; 1J7A A; 3AE2 B; 3FC4 A; 2JZ3 B; 3EUB 2; 2MLB A; 1E7P B; 3ZYY X; 3HVD A; 4ANV A; 1B1Z A; 2LGS A; 1OTR B; 1F9J A; 1PGX A; 2INP E; 2LRU A; 1UZX B; 3AE9 B; 1N6Z A; 3JYU A; 3SD5 A; 1OFF A; 4HCP B; 3U4E G; 1N5W A; 2KFK B; 4DXA B; 2KJH B; 2ZCB A; 2BVC A; 1TKY A; 4YT0 B; 2FAZ A; 3C19 A; 4JGH B; 3GE8 C; 4IM3 A; 3P1M A; 5IP4 D; 5CTR C; 3OLM D; 4WUR A; 4RMA A; 1RLF A; 3R2I A; 1ZXH A; 2W55 A; 3LYY A; 4HPP A; 3OWE B; 4WJQ A; 2WXG A; 3NOB A; 4GB9 A; 2WGS A; 3VUW A; 3AV8 A; 2KWU B; 1WGH A; 3T9L A; 3JW0 X; 3ONS A; 2C7M B; 2I2Y A; 1JWM D; 4KIK A; 3GB1 A; 4BOS C; 3IVF A; 1JWS D; 1YNT E; 2LJI A; 1I35 A; 1XD3 B; 3MTN B; 5KHO A; 2WXJ A; 2KMC A; 3ZJT A; 2E6X A; 1WRD B; 1FRD A; 3HHM A; 4DBG A; 1PUT A; 4LNI A; 2MBE A; 3B2F A; 3K9P B; 4OVU A; 1YX6 B; 3A33 B; 4II3 B; 1L4Z B; 2G4D B; 2WXP A; 2JRH A; 3L17 A; 4S0R A; 1F1H A; 3SFD B; 1E9M A; 2D3C A; 3BIN A; 5BYQ A; 2PJH A; 1QZE A; 3E9S A; 4NNJ B; 2QHO A; 1LO5 D; 1TZ1 A; 2GB1 A; 2QSD A; 2WDV B; 5G5H A; 2PE6 B; 1V5O A; 2D3A A; 3Q8C A; 2KDI A; 4I6P A; 1WJN A; 3AI5 A; 1Q0W B; 1KRH A; 3QQ8 B; 3QC8 B; 1KH0 A; 3B9J A; 2FCN A; 4REZ A; 1TS2 A; 2HJ1 A; 3U8Z A; 2PKO A; 1NYQ A; 3ZLZ A; 2K8B A; 2WS3 B; 2R61 A; 2ZPY A; 3D32 A; 4MGI E; 4MEM A; 3GZN B; 3GS2 A; 1ZKH A; 2K0P A; 1WRI A; 4E74 A; 3DBR B; 2Y3A A; 3KVF B; 4W9C A; 2BF8 B; 3DBH B; 3W5V B; 4P1B C; 2KDB A; 3T8M A; 1XLN A; 2H89 B; 2KNB A; 3K9O B; 3AE8 B; 3TL5 A; 2QCZ A; 1M94 A; 2RMM A; 3KYC D; 5IO9 A; 1XEE A; 3V05 A; 1R4N I; 5TR5 A; 4YTN B; 2K9X A; 3VR8 B; 3KWL A; 5AUI A; 1R4M B; 3ZGZ A; 1WM2 A; 2KFJ A; 1RFK A; 2BT6 A; 2W9N A; 2KXJ A; 2PPH A; 4IOI E; 5HKH A; 3RCZ A; 1LQB A; 2JZP A; 4ICV A; 4RGN A; 2UU7 A; 1WE6 A; 3Q8E A; 1V80 A; 3NJT A; 2KDF B; 1N61 A; 4BKS A; 5G55 A; 4KKJ A; 2EMS A; 3VTV A; 2MBO A; 1E6E B; 2G4S A; 4LDT D; 2M0A A; 3MHZ A; 1D3Z A; 4HDQ A; 2RDB C; 1WJ4 A; 2KT7 A; 1QKZ A; 3R7Q A; 2ZW1 A; 4RNA A; 3QAR A; 4WAA A; 4NJ6 A; 4A8X C; 1MPE A; 2CKH B; 3W1S A; 1TY2 A; 1XQQ A; 5IAA C; 1V49 A; 3TEY A; 2LGI A; 1PGB A; 3PZ8 A; 4GDL A; 3JVZ X; 1WR6 E; 4MGK E; 2KX0 A; 2AL3 A; 1KLV A; 3PO0 A; 1QOA A; 1FNU A; 1CZP A; 3KQ4 A; 2PW9 A; 2ICI A; 2R2Q A; 3Q3O C; 1K8R B; 1FXI A; 4HPL B; 4NAW B; 2FCQ A; 1L4D B; 4ZRQ A; 5DPW A; 2BTE A; 1MJD A; 2D07 B; 3ZTC A; 1PYW D; 2O6V B; 2JX5 A; 2Z0D B; 4YL8 A; 3U30 A; 3APF A; 1TTN A; 2DYO A; 4MDK E; 1FRR A; 2IZV B; 1HEZ E; 3DDC B; 1TZO A; 1J8C A; 2LGD A; 4TKN A; 2DX5 B; 2O2V B; 4WQM A; 1TT5 B; 3RFZ B; 3RD2 A; 2J7Q B; 1L0V B; 2DLB A; 2K25 A; 3WAN A; 4RF1 A; 3FIL A; 2DAJ A; 2XEW A; 1J0G A; 2X38 A; 4XC2 A; 5GXG B; 2LGY A; 3L08 A; 3VAW A; 4RF0 A; 3VHT C; 3O13 A; 5BYR A; 5LNK 1; 3QAQ A; 1GJZ A; 3NHE B; 2IGG A; 1WF9 A; 4AQ7 A; 2LGX A; 3UIO B; 4GOC A; 4LK0 M; 3AE6 B; 4N9F 4; 2NPT B; 3ZW3 A; 3QX1 A; 3HM3 A; 1EU4 A; 4P7I A; 4A55 A; 1C78 A; 3Q8B A; 1T6B X; 4ZHO A; 2ZEQ A; 1Q10 A; 1WGK A; 1YJI A; 4JE3 B; 4DXG A; 1E7U A; 3V60 A; 2LUM A; 3NY5 A; 1SF0 A; 2ONQ A; 1N63 A; 3RNF C; 2W82 A; 4P16 A; 4HKZ E; 2KX3 A; 3GOE A; 3L54 A; 1JRO A; 2AX5 A; 3CMM B; 2KTR B; 4MH8 A; 3C8Y A; 3EGR A; 2DZK A; 2DYB A; 2KDM A; 1WXM A; 1C76 A; 2WDR B; 2L0T A; 2V9H A; 4WWP A; 4NY0 A; 1ENF A; 2FBW B; 1A70 A; 4NAM A; 1VRA B; 3Q8A A; 3CWI A; 4ANX A; 3P4P B; 4MGY E; 1YX5 B; 3L10 B; 4ACF A; 3VDZ A; 4BVU C; 3IFW B; 4AUQ C; 2QIE B; 2IO2 B; 3I5J C; 3AH7 A; 1JW9 D; 3A4S C; 1BML C; 1NYR A; 2IGD A; 3AE7 B; 2RDH A; 2XBB C; 1L6U A; 2WU2 B; 2KN4 A; 2D5G A; 1C77 A; 1D5M C; 4MJS A; 2CHW A; 2KD0 A; 1WGG A; 4RM8 A; 4XWT A; 4IDI A; 2WX1 A; 4HRS A; 1E8Z A; 2KJ6 A; 4KKI A; 3CIR B; 3Q8F A; 5J17 A; 1LFD A; 3PVL A; 3DQV A; 3ZRF A; 3R7R A; 4AJW A; 4W9H A; 5EE9 A; 2LXA A; 5AZF A; 3W5U B; 2D3B A; 1ZGU B; 4MM3 A; 2LAS A; 3OJ3 A; 3OG5 A; 1C1Y B; 4NJC A; 2FCM A; 4IWO A; 3L13 A; 2VRR B; 1SIF A; 1BXT A; 3AXC A; 3DWG C; 4KSL C; 2GBK A; 4URK A; 3PRZ A; 1I4X A; 4GSW A; 4ANW A; 5JHA A; 2VZK B; 2ZNV B; 1BT0 A; 2B76 B; 3NRZ A; 4OZA A; 2K1F A; 2M56 B; 1SXT A; 4Q2J A; 3RN9 C; 2N7E A; 1WY8 A; 1GUA B; 4O1N A; 2NCN A; 3DPD A; 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2ZPN A; 5DPR A; 5G2N A; 3U7Z A; 4AS1 A; 3GZN I; 4K1R B; 2WU5 B; 2AL6 A; 5BO4 B; 3MP9 A; 4R3D A; 1P3Q U; 3W1S C; 3V3X A; 4GXB A; 3DBR I; 3Q3M C; 2RD0 A; 3PZ7 A; 2GRI A; 3DBH I; 2PMV A; 4CHK A; 1C9F A; 3U7D A; 3PLU A; 1QOG A; 1IUE A; 4HK2 A; 2KTF A; 3HRD D; 2RSU A; 1TS4 A; 2V4L A; 3AEB B; 1SJH D; 1IGD A; 2V0G A; 1IP9 A; 1V6E A; 1XCT L; 1JCK B; 4B0E A; 1AW7 A; 1R4M I; 5C2T B; 1WFY A; 2N9X A; 4ICU A; 1FNW A; 1TYG B; 4HKQ A; 1ZDV A; 3H1U A; 2K3U A; 2DYM A; 2RR9 A; 3BK1 A; 3OAW A; 4DWF A; 2V3P A; 3L4P A; 2V3N A; 3B2G A; 4MAC A; 1WYG A; 5D7G A; 4MT5 A; 5D6J B; 4C80 A; 1WWT A; 1AYF A; 4FA6 A; 1EF5 A; 1D4B A; 3DHH C; 3UF8 A; 2L52 A; 1AAR A; 1KLG D; 2XK5 A; 3N1Z C; 4LNF A; 3ZNG C; 4NZL B; 2Z59 B; 5IOI A; 3LXF A; 4IWP A; 2BYT A; 4OHJ A; 2PE9 A; 3QK0 A; 1E90 A; 5D3D A; 3BVG A; 4ZRI A; 3UIP B; 2FID A; 2KAJ A; 1TKE A; 5HG2 A; 1WXQ A; 1WH3 A; 2JVC A; 3ZXR A; 3H6N A; 2KQ7 A; 2SAK A; 2ZCC A; 1RM6 C; 3UGB B; 4J3O D; 2L1A A; 1LXD A; 4OVV A; 1HA5 A; 4EUT A; 4RGM A; 2C60 A; 4EZJ A; 1UBI A; 3BYT B; 3RNA C; 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