The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
63
|
structure length |
63
|
Chain Sequence |
SEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYAALLAKVNGEYTADLEDGGNHMNIKFAG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Identification and grafting of a unique peptide-binding site in the Fab framework of monoclonal antibodies.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Trastuzumab light chain
|
| molecule tags |
Immune system
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
15
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| structure length |
63
|
| sequence length |
63
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-01-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2NMQ A; 2EEL A; 2GB1 A; 4WH4 A; 1F2R I; 2I2Y A; 1P7E A; 1MVK A; 2IGD A; 1MHH E; 2KQ4 X; 2QMT A; 1IBX B; 1HZ5 A; 1K51 A; 4GLS C; 2IGH A; 3FIL A; 1K52 A; 4OZA A; 4KGR A; 5JXV A; 2JWU A; 4HKZ E; 1FD6 A; 1IGD A; 1HZ6 A; 2JZP A; 4IKG A; 2J53 A; 1P7F A; 2GI9 A; 2PW9 A; 2I38 A; 5BMG A; 1C9F A; 5HFY A; 3FIL B; 1GB4 A; 2JSV X; 4HJG E; 2RPV A; 2LGI A; 2KDM A; 2QSD A; 1YNT E; 1PGX A; 2RMM A; 2JU6 X; 4OZC A; 5BMI A; 2J52 A; 2PLP A; 1K53 A; 4IOI E; 1GB1 A; 2N7J A; 1XCQ L; 5HG2 A; 5BMH A; 1XF5 L; 1ZXH A; 2JXT A; 2LHE A; 3V3X A; 5HHD G; 4D2K A; 1FCL A; 4MAC A; 1QKZ A; 2KN4 A; 4KGT A; 1JML A; 2N9L A; 4OZB A; 2ON8 A; 1YMH E; 2KWD A; 2ZW1 A; 1MPE A; 1XCT L; 1MHX A; 1PGA A; 1K50 A; 5HI1 A; 2IGG A; 3UI3 A; 2ONQ A; 2LHD A; 1FCC C; 1D4B A; 2LUM A; 2ZW0 A; 1Q10 A; 2KAC A; 2OED A; 1HEZ E; 3MP9 A; 2PTL A; 1F2R C; 1EM7 A; 1IGC A; 4KGS A; 1KH0 A; 2N9K A; 1PGB A; 1UWX A; 1IBX A; 1MI0 A; 2K0P A; 3GB1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4EZJ A; 4HCN B; 1UUP A; 3ML9 A; 3CSF A; 2VZK B; 1N63 A; 1UBQ A; 2LGS A; 3R7Q A; 1I4P A; 2RD0 A; 2IGD A; 4PT5 A; 2WXJ A; 4C4V B; 2Y5C A; 3W5U B; 2WHI A; 2K6Q A; 2KN5 A; 2LJ5 A; 2Z0E B; 4RFB A; 2L1A A; 1KLU D; 2L83 A; 5IAA C; 4KIK B; 2GBJ A; 1NVI D; 1E7U A; 2N7E A; 3KVF B; 3WAM A; 2NBU A; 4GU2 A; 1TS2 A; 2D2Q A; 2R61 A; 2I38 A; 3AU5 A; 1XLP A; 2R2Q A; 2DBY A; 3LB8 C; 4A20 A; 3AEG B; 2LGI A; 4MGI E; 4MJS B; 1LXD A; 1Q5W B; 3AE6 B; 2KDE B; 1J0G A; 3GE8 C; 1WM2 A; 3V6C B; 1WGG A; 2PLP A; 1V2Y A; 2NS5 A; 4WJO A; 4ASW C; 1BML C; 2D11 A; 2W3S A; 2L8J A; 4C56 C; 1V6E A; 3AV8 A; 2G3Q B; 2PPH A; 1L4Z B; 4REZ A; 1C79 A; 4ZOH C; 4OZB A; 4MSQ B; 2PVG C; 2XK5 B; 4DHZ E; 3ZDT A; 1XCT L; 2H89 B; 1I4Q A; 3AED B; 3QIJ A; 2V9H A; 1E0Z A; 2MRP A; 4OHJ A; 4B95 A; 2LHD A; 2ZCB A; 2N1W A; 3CST A; 3N9Y C; 4E71 A; 2KC1 A; 4BBN F; 3JSV A; 2V3P A; 2C60 A; 2KYW A; 3UIP B; 2QDF A; 1EF1 A; 2BW2 A; 4WIP A; 2WXO A; 1HEZ E; 2JRI B; 3DCG A; 4YT0 B; 2MEK A; 2QCZ A; 1JRO A; 2ACZ B; 3TSS A; 3GS2 A; 1EUV B; 3PZ8 A; 3U7D A; 4M02 A; 2KX3 A; 2LVO A; 2UYZ B; 2QJL A; 2PVO D; 1IBX A; 3HK0 A; 2J42 A; 4A6Q A; 2PEA A; 4JPS A; 3SFD B; 1J19 A; 2ZJD A; 3RNB C; 4DXA B; 4HK2 A; 4GDL B; 1N5X A; 3VR8 B; 4FLH A; 4GLS C; 2KAN A; 1MG4 A; 3VRB B; 2OHF A; 2IJ0 A; 2RGF A; 1T0R C; 3KWV A; 1V1P B; 2FAZ A; 4CO7 A; 1NYQ A; 3ZTD A; 4WWM A; 2BB5 A; 3IVF A; 3W1Y A; 4GB9 A; 5D6J B; 4A3O A; 1T0Q C; 2QSD A; 2ZNV B; 2KNB A; 2JU6 X; 4N6E B; 4JWU C; 1UWM A; 3U4E G; 3KUC B; 2M17 A; 4XGA B; 4L2Y A; 1HA5 A; 3P4P B; 3VAW A; 2MJD A; 4P1B C; 3W5V B; 3RUI B; 2BVC A; 3TEW A; 2IY0 B; 5KHO A; 4KGT A; 3QAR A; 4C7Z A; 5IN7 A; 3QCA A; 2WX0 A; 2QIL A; 2KWD A; 3PSE B; 2Z59 B; 3PLU A; 4W9F A; 4WWP A; 3T3N A; 1P3Q U; 5D7G A; 1V5O A; 3ALB A; 1XT9 B; 5TR5 A; 1LGR A; 2HE7 A; 3U52 E; 2MQJ A; 1NEN B; 3ZJU A; 3FC4 A; 1OGW A; 1UNS A; 3V62 A; 3RNE C; 1C1Y B; 2WXK A; 4HPM B; 1WXV A; 1RLF A; 2GOW A; 4HEA 1; 2AL3 A; 2KVZ A; 1FXT B; 1S1Q B; 1E7P B; 3ENE A; 2AX5 A; 2NPT A; 2KK8 A; 1C4P A; 2HD5 B; 2KLG A; 5CHF A; 2N9P C; 5D3I B; 1IPG A; 1JCK B; 1MI0 A; 4YSX B; 1TS4 A; 1WR6 E; 3RCZ A; 2J0J A; 2Y5P A; 3AXC A; 2FBW B; 2KTF A; 1RWS A; 1GJZ A; 2IGH A; 4DWF A; 4RGM A; 2MX2 A; 3L13 A; 1CZP A; 2JXX A; 3MC9 A; 1UZX B; 3ZXR A; 1E7V A; 1S3S G; 4G50 A; 1CK1 A; 2PJH A; 1NI3 A; 4II3 B; 5GXG B; 3KUZ A; 4URK A; 2B3A A; 3VQI A; 2IPK D; 3P4S B; 2RPV A; 1SBB B; 4WJN A; 2KMM A; 4WJP A; 4HRO A; 1JQ4 A; 3HVD A; 1SSN A; 4ANU A; 2KJ6 A; 4UDU C; 4FJY A; 1I4R A; 4MH0 E; 5G55 A; 4PS3 A; 2LHE A; 1C4A A; 4PK1 A; 2KN4 A; 3QC8 B; 1RAX A; 4NNJ B; 4DHJ B; 4II2 B; 2ZW1 A; 4RGT A; 3PHW B; 3NVY A; 4YL8 A; 3DHI C; 1GAQ B; 4HPL B; 4RCO A; 3RYT A; 2ZVO A; 1WXM A; 4FBJ B; 1J7C A; 5AUI A; 3URY A; 1EU4 A; 1I7H A; 3LDZ E; 2YLM A; 4XYC A; 1IUE A; 2CS4 A; 2G45 B; 1WXA A; 1UWX A; 3LXF A; 1ZOY B; 3WIM A; 1L7Y A; 1ET6 A; 4KDI C; 1SB3 C; 4IUM B; 4ZRP A; 3AEB B; 3WCQ A; 1EO6 A; 2FID A; 3A1Q B; 5CX3 A; 3BIN A; 1YJI A; 1R4M I; 2BS4 B; 4DXG A; 2LRW A; 4JQW C; 1DYQ A; 2JYE A; 4DBG A; 1B1Z A; 1JRU A; 1Q1O A; 5DPS A; 2WQY B; 4RF1 A; 1V80 A; 5L95 C; 1AWD A; 3W1S C; 2NR2 A; 2RDB C; 3PRE A; 4RGO S; 3DBH B; 2LGX A; 3B08 A; 2OJW A; 1P98 A; 3OJ4 B; 1FNU A; 4G11 A; 1GB4 A; 2SEB D; 3C19 A; 3VTU A; 1D5Z C; 2WGS A; 3LYY A; 3ECI A; 5BMI A; 2QEJ C; 1ROE A; 2BYT A; 3IAM 1; 2FCS A; 4OW0 A; 1FXA A; 2IO2 B; 2MBE A; 3PRP B; 1FCL A; 2CU3 A; 3PO0 A; 3DBH I; 2MBQ A; 2N0S B; 1V81 A; 2EMT A; 4FHJ A; 3A9J A; 1VCB A; 1PFD A; 2HJ8 A; 1E10 A; 2GBK A; 3PTF C; 1X1M A; 3VXW A; 1RFA A; 1TY0 A; 2K8H A; 2WXR A; 2MP2 B; 1BUI C; 1C78 A; 4XDC A; 3IFW B; 4TV3 A; 4Q2J A; 4DHZ B; 3AEC B; 2OED A; 3TJP A; 2RDH A; 1I4X A; 3VVW B; 3PV1 A; 3KYC D; 2JY6 A; 3KH0 A; 2L0F A; 4M8M A; 3Q8A A; 4I6N B; 2MH7 A; 5AZH A; 5J2R A; 1YQ4 B; 2IZV B; 4C00 A; 1YMH E; 5IA7 A; 1WSP A; 4HKQ A; 5H8Y E; 4C80 A; 4IC7 B; 3M3J A; 1ZDX A; 2KOX A; 2L52 A; 2JRH A; 1PYW D; 1KFY B; 1L0V B; 3RZF A; 1FFV A; 3QWZ B; 3ZJV A; 2WXH A; 1G6J A; 3N1Y C; 4AQ7 A; 3OG5 A; 2NBW B; 1MG8 A; 3K9P B; 2JZP A; 3L08 A; 4XWT A; 1ISN A; 2L3Z A; 1OTR B; 2IO3 B; 3NUH B; 4MH8 A; 3O13 A; 3RT3 B; 2XN9 C; 1PGX A; 2MHJ A; 4IDI A; 3DVN U; 2KT7 A; 1YQB A; 1YJ1 A; 2KMC A; 2YEP F; 4IWQ A; 3RPF C; 4EE2 A; 4GXB A; 4WQM A; 4PS7 A; 3DWG C; 4FA6 A; 2BQQ A; 2DNF A; 3EA6 A; 3AEA B; 1XLQ A; 2K3U A; 1MHX A; 1QOB A; 2ZZP B; 1I4H A; 5C2T B; 2Y3A A; 2VZK D; 3C8Y A; 4BVU C; 3EHV A; 2JT4 B; 3BY4 B; 2LVP A; 2KDB A; 3I57 A; 3RFZ B; 3ZKJ C; 1VR9 A; 3AE4 B; 2KLC A; 3WAL A; 1QOG A; 4DDG D; 3APD A; 3NY5 A; 1YD8 U; 2AQ3 B; 1UD7 A; 4DQO C; 3T9L A; 1VRA B; 4P6V F; 4BOS C; 4EFO A; 1XLO A; 1QZE A; 3SDL C; 4C4V A; 1D3Z A; 4KKI A; 1WH3 A; 2MW5 A; 2NMQ A; 2EEL A; 4KIK A; 5IO9 A; 2AWT A; 4P7I A; 4AP4 C; 1MVK A; 3D32 A; 3O65 B; 2MA9 B; 3EFU A; 5D2M B; 2VH1 A; 2IY1 B; 4MJS A; 2C7H A; 2XEW A; 3NOB A; 1V97 A; 3AE2 B; 4WJQ A; 3AE1 B; 1B9R A; 5LNK 1; 1C9F A; 3U2S C; 2L32 A; 4TMA B; 1JW9 D; 1WE7 A; 2VRR B; 4DDI D; 1YNT E; 4YSY B; 5AZG A; 1VZ8 A; 2WLB A; 2AQ1 B; 3PZD A; 4L1B A; 2QHO A; 4OZC A; 2XK5 A; 3Q69 A; 2WP9 B; 1SGH A; 3J9C A; 2WXM A; 1WGH A; 2N7J A; 4B6W A; 1WGD A; 1WGK A; 1WYG A; 2DWQ A; 1BT0 A; 3V3X A; 4D2K A; 1RYJ A; 5JHA A; 2G1E A; 3L0W B; 2KFK B; 4NAW B; 1QOF A; 5FR3 A; 2G4S A; 1KOT A; 1YX6 B; 1YJJ A; 1TYG B; 2IBI B; 2WDR B; 1U4A A; 1FXI A; 3DVG X; 3P4Q B; 3DQV A; 2Z8L A; 3MFG A; 2QC8 A; 3MC8 A; 5FK9 C; 2L7R A; 1TZO A; 4FJZ A; 1M94 A; 1SE9 A; 2FUG 1; 3FAH A; 3E56 A; 1UGM A; 2LAS A; 1T0S C; 1ET9 A; 1WF9 A; 3NS1 A; 4M0W B; 4RMA A; 4QAY A; 3T8M A; 2HDE A; 2M0A A; 1J8C A; 1IGC A; 1CMX B; 1ZE3 D; 4GDL A; 5AUK A; 1GC6 A; 2SAK A; 3ZO5 B; 1FMA D; 3PGE A; 3N20 C; 2KMA A; 1FO4 A; 2O2V B; 1JWU D; 2LZ6 A; 3APC A; 4JWS C; 1JRP A; 1I42 A; 3Q8E A; 1V1P A; 2I2Y A; 2JX5 A; 1WX9 A; 4OVU A; 3RNG C; 3EFC A; 1HTO A; 4K7S A; 2BKF A; 1L4D B; 2KD0 A; 3ZNZ B; 2QMT A; 5LXH A; 1K51 A; 5DPR A; 2FCM A; 2V0G A; 3NS8 A; 2WX1 A; 2E3T A; 1FFU A; 1LQB A; 3N1Z C; 3VH4 B; 2PKO A; 1HQR D; 3AEE B; 1VD2 A; 2J7Q B; 3KYD D; 3U7Z A; 2K8C A; 5EE3 A; 2MSE D; 3V05 A; 4FHK A; 2MJ3 A; 2EKI A; 4MEM A; 1AAR A; 2CJO A; 5EE9 A; 3A9K B; 2WDT B; 2IDY A; 3P63 A; 3R2T A; 1CQV A; 3QA8 A; 5BMH A; 2M8S A; 4RF0 A; 1F9J A; 1CJE A; 4GMV A; 2K39 A; 2FCQ A; 3BZD B; 1MPE A; 2YVC A; 2JZZ A; 1E6E B; 1E8X A; 1V9J A; 4HWI B; 1E90 A; 1GPX A; 1Q0W B; 4X57 B; 1WGR A; 4ACF A; 1H4R A; 4IW0 A; 4MGY E; 2HTM E; 3OLM D; 4JX1 C; 1SEB D; 2AL6 A; 3BK2 A; 3UIN B; 1TIF A; 1VZ7 A; 1E5W A; 1TBE A; 1PGB A; 1E9M A; 2WWZ A; 3DVG Y; 3RMK C; 4NPN A; 2DLB A; 4GDK B; 3Q8B A; 3S2A A; 2KXJ A; 2L00 B; 1KM7 A; 2W55 A; 5JHB A; 1ZKH A; 1QF6 A; 4N58 A; 2J4X A; 2MLB A; 4ARI A; 2M19 A; 1E8W A; 4US8 A; 2L05 A; 1LM8 B; 4LCD E; 4GGQ A; 4HKZ E; 3QQ8 B; 2WXP A; 2D5G A; 2J53 A; 4HCP B; 2CJN A; 5D94 A; 4DHJ D; 1XD3 B; 2V4I B; 3MHS D; 5HFY A; 4OVZ A; 4W9C A; 3FIL B; 2BBC A; 4TQ1 A; 4WUR A; 5LXI B; 3ONS A; 1M4V A; 2N9E B; 4HDO A; 3HUI A; 1TT5 B; 4ARC A; 1YIW A; 1DOY A; 3HM3 A; 4LDT B; 1WRI A; 5G5G A; 5HG2 A; 2D07 B; 3VHT C; 4R3D A; 2N4F A; 3L17 A; 3AU4 A; 5BYR A; 4NQK E; 2DX5 B; 3N1X C; 2KTR B; 1V8C A; 1LFD A; 4IM2 A; 1R4N B; 1K50 A; 2CHX A; 2OOB B; 3HRD D; 3EEC A; 2JQR B; 1WY8 A; 1E8Y A; 1TY2 A; 4BZA A; 1XO3 A; 1OQR A; 4CHK A; 3IBE A; 1WZ0 A; 3RNC C; 4LTU A; 5JH5 C; 4W9D A; 2M0X A; 3NVW A; 2K5P A; 2K9X A; 5J17 A; 3P1M A; 3A1Q A; 3VDZ A; 1WZ3 A; 2EMS A; 2N9K A; 4S17 A; 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3WAN A; 1TJE A; 1K52 A; 1GOZ A; 1KJT A; 3Q14 C; 2KQ7 A; 2K8B A; 1IGD A; 2PMV A; 2G9H D; 4W9K A; 4F8C B; 3MJW A; 1L2N A; 2O6V B; 2GBR A; 4ICU A; 1MJD A; 2ASQ A; 5EE1 A; 3VRA B; 4MM3 B; 2KZR A; 3H7P B; 3QX1 A; 3IT4 B; 1WMH B; 1FM0 D; 4TUU A; 2ZVN A; 3VUW A; 4AUQ C; 3A4R A; 2BGF A; 2GRI A; 1XF5 L; 2FE8 A; 2NVU I; 3ZJT A; 3RNA C; 1VJK A; 3SU8 X; 3BVM A; 2WXQ A; 2WNM A; 3PZ7 A; 1F52 A; 1JAL A; 1J7B A; 4A9A A; 4XX5 A; 1JWB D; 2ZPY A; 4JE3 B; 4FUL A; 3BK1 A; 1WFY A; 3I5J C; 1GUA B; 1PUT A; 1YN5 A; 3SFE B; 2KQS A; 4XC2 A; 4MSM B; 2IO0 B; 4A90 A; 1SJE D; 3VUY A; 2LMC A; 2LJI A; 3P2B A; 4EEW A; 3H7S A; 2D10 A; 1EWC A; 4NQL B; 4USA A; 1KTK A; 1WX7 A; 4NJ7 A; 2INN E; 1QIL A; 2TSS A; 4XDD A; 3ETR A; 2GMI C; 3ZXV A; 1MHH E; 1WJ4 A; 2JVC A; 2VH2 A; 2MCN B; 3W1S A; 1HE8 A; 1C4C A; 4TKN A; 3H8H A; 2WU5 B; 2K1F A; 1UH6 A; 2BF8 B; 2CHZ A; 2WXF A; 1P7F A; 3IHP C; 5T8I A; 4WAF A; 4WWN A; 4S0R A; 2PW9 A; 1NDD A; 1TGZ B; 3RNF C; 1XQQ A; 4LJP B; 3CWI A; 2KFK A; 2K22 A; 4NAW A; 4YXD B; 2FUH B; 3B2G A; 4ANV A; 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