The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
63
|
structure length |
63
|
Chain Sequence |
SEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYAALLAKVNGEYTADLEDGGNHMNIKFAG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Identification and grafting of a unique peptide-binding site in the Fab framework of monoclonal antibodies.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Trastuzumab light chain
|
| molecule tags |
Immune system
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| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
15
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| structure length |
63
|
| sequence length |
63
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-01-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3FIL A; 2LHD A; 4KGS A; 4D2K A; 1IGC A; 5BMI A; 1XCQ L; 1ZXH A; 2PTL A; 3UI3 A; 2JZP A; 2ON8 A; 5HFY A; 1K52 A; 1FCL A; 2KAC A; 2J53 A; 3MP9 A; 2QSD A; 1P7F A; 1QKZ A; 2GB1 A; 2N9K A; 1IBX A; 4IKG A; 2N7J A; 2PLP A; 2RMM A; 4WH4 A; 2QMT A; 5HHD G; 1FD6 A; 5JXV A; 2LUM A; 2RPV A; 1GB4 A; 2GI9 A; 1MHH E; 3GB1 A; 1IGD A; 2I38 A; 1MI0 A; 3V3X A; 1F2R C; 1JML A; 2OED A; 2LGI A; 4OZB A; 1PGB A; 1MVK A; 1Q10 A; 4OZA A; 2KDM A; 4KGR A; 5BMG A; 1D4B A; 1K51 A; 1C9F A; 2EEL A; 2J52 A; 2K0P A; 1GB1 A; 2NMQ A; 1FCC C; 2ZW0 A; 1MPE A; 2JWU A; 3FIL B; 2ONQ A; 1HEZ E; 5BMH A; 2ZW1 A; 2KWD A; 1HZ5 A; 1IBX B; 5HG2 A; 1UWX A; 2IGD A; 2PW9 A; 2IGG A; 1PGX A; 1XF5 L; 2LHE A; 1F2R I; 2N9L A; 2IGH A; 5HI1 A; 4HJG E; 1K53 A; 1XCT L; 1PGA A; 1KH0 A; 1P7E A; 4IOI E; 1YNT E; 4GLS C; 2JXT A; 1HZ6 A; 2JSV X; 1EM7 A; 1MHX A; 2I2Y A; 2JU6 X; 4MAC A; 1K50 A; 1YMH E; 2KN4 A; 4OZC A; 4KGT A; 2KQ4 X; 4HKZ E; #chains in the Genus database with same CATH topology 3MJ5 A; 5AZH A; 5TR5 A; 3U8Z A; 4W9D A; 2LRU A; 4MJS B; 1D3Z A; 1TIF A; 1A70 A; 1GAQ B; 1WYW B; 4PS3 A; 4I6P A; 1XLP A; 2BS4 B; 2DLB A; 2WDR B; 3NVY A; 4LCD E; 5EE9 A; 4ICV A; 3PHX B; 1MHH E; 3PT2 B; 1E7V A; 1JML A; 4RM9 A; 1HQR D; 4KVG B; 2D3G A; 4FN2 A; 1SIJ A; 3ZXR A; 1WGY A; 2W55 A; 5J17 A; 3PZ8 A; 1EU4 A; 2L76 A; 4BOS C; 4YWG G; 4A20 A; 4R3D A; 3B2G A; 4GN1 A; 1E90 A; 2LEK A; 4WWO A; 3IAM 1; 1SE2 A; 3P42 A; 4DBG A; 2H88 B; 2BT6 A; 3QQ8 B; 2L7R A; 2KAN A; 4IG7 B; 2N9E B; 4LLG M; 5CTR C; 3BVG A; 2DNF A; 3L16 A; 4JIO U; 2VRR B; 3NS1 A; 1SE3 A; 1E7P B; 3DVN U; 1BXT A; 1R4N B; 2IBI B; 1ZDV A; 1ZPS A; 5E6N A; 4MH8 A; 3N20 C; 1TKE A; 2V1Y A; 4CYE A; 2MJD A; 1FO4 A; 4L23 A; 2K8C A; 1H8C A; 5GMV A; 3UIP B; 4ICU A; 2KN4 A; 4NNJ B; 2WWZ A; 2MH7 A; 1E10 A; 2DEN B; 3P4R B; 2BYE A; 5BMI A; 1WH3 A; 4ZHP A; 2YEP B; 4W9L A; 3LB8 C; 2C9W B; 3EA6 A; 1IYF A; 3T9L A; 1RLF A; 3ECI A; 4ANU A; 1ESF A; 1ZXI A; 2FE8 A; 1WMH B; 1P9D U; 4WUR A; 3Q3J A; 2WP9 B; 1WGK A; 2FCQ A; 2NR2 A; 2GI9 A; 4KSL C; 5D3D A; 3ZTD A; 1D5M C; 2OED A; 3Q3O C; 2LGI A; 4LTU A; 3RNE C; 3Q14 C; 3BY4 B; 2LZ6 A; 4AQ7 A; 4K81 A; 1OTR B; 1F9J A; 2WGS A; 2ZJD A; 3WAO A; 1I7H A; 4M8M A; 2ONQ A; 4DHZ B; 2Y5P A; 1SXT A; 3Q8C A; 4JL9 A; 3QAR A; 4W9I A; 3ZXV A; 4FLH A; 3TJP A; 1V49 A; 4RGO S; 2IO3 B; 1J8C A; 1V1O A; 4IM2 A; 2ICI A; 1UUP A; 5JHB A; 3A9K A; 2IGG A; 4NJ6 A; 1L7Y A; 2N1V A; 1K8R B; 2INC C; 2N9P C; 1XF5 L; 4RF0 A; 5BYR A; 2V0G A; 1WM2 A; 3PLU A; 4NQL B; 2IGH A; 2QDF A; 4NJC A; 3RNA C; 3SD5 A; 3A4S C; 2FBW B; 1E8Y A; 2E3T A; 3QAQ A; 5DCN A; 2L0F A; 3E56 A; 2M1M A; 4BKT A; 3DDC B; 3EFC A; 3AE4 B; 4JQW C; 3RZF A; 2GBR A; 3ONS A; 2OJR A; 3AM9 A; 2LFI A; 2PKO A; 4KGT A; 4E74 A; 4HRS A; 4H2A A; 1WRD B; 2YLM A; 1FRD A; 3Q69 A; 1JCK B; 3BZD B; 1VZ8 A; 3DQV A; 4HDQ A; 4IM0 A; 4RGM A; 3ZRC A; 3AEC B; 1VR9 A; 3IG3 A; 1XO3 A; 2KNB A; 3KVF B; 1FCL A; 1R4M I; 2N0S B; 2O6V D; 5G2N A; 2KC2 A; 2WNM A; 1L5P A; 3PGE A; 1FD6 A; 2M4N A; 2GBN A; 3ZRF A; 1J7A A; 1TTN A; 1JAL A; 1WE6 A; 4HWI B; 2MCN B; 2L00 B; 1C3T A; 4YTM B; 3V3X A; 2J0J A; 2MBE A; 4W9K A; 2TSS A; 1E5W A; 3AU5 A; 2RPQ A; 4RCO A; 4E3C A; 4ITK A; 1FMA D; 4EZK A; 5AUI A; 1EWY C; 4GMV A; 1C9F A; 1ET9 A; 1QZE A; 2FAZ A; 4US9 A; 3OAW A; 2EMS A; 1YOV B; 4I6N B; 2LJ5 A; 1SE9 A; 3C19 A; 3L4P A; 1TS3 A; 4BBN C; 3I3T B; 3DBL B; 1UEL A; 3TMP B; 2KVR A; 3BYT B; 3LJ3 A; 4EZL A; 4W9F A; 2IGD A; 4FUL A; 3LXF A; 1XT9 B; 1L0X B; 2DZK A; 4E71 A; 3VTW A; 3P4P B; 1ZUD 2; 1Y8R C; 3Q8A A; 2XNA C; 5DPT A; 4RGN A; 2BWF A; 3RUL A; 1EF1 A; 1RYJ A; 2WXL A; 4AWJ A; 4ZYN A; 2K6Q A; 2MBH A; 5EE1 A; 4WAA A; 2KMC A; 1K53 A; 1NI2 A; 1JWA D; 1N5W A; 3HUI A; 1KTK A; 4XWW A; 4BZA A; 3NS8 A; 3ML9 A; 4DXG A; 1DOY A; 2CU3 A; 4HKZ E; 2X38 A; 2ASQ A; 2WXH A; 4HRO A; 3AE9 B; 1WXV A; 1HXY D; 1L6V A; 4USA A; 3PV1 A; 3MP9 A; 3BK2 A; 4ZRI A; 4TMA B; 3N1Z C; 3GS2 A; 5EE0 A; 1NYR A; 5JXV A; 2KHW B; 5IN7 A; 2LGX A; 2L05 A; 4XC2 A; 3AB5 A; 1F2R C; 2UWQ A; 3PZD A; 2NVU I; 1WIA A; 1QOG A; 1T5X D; 1YJ1 A; 1SJH D; 2KXJ A; 2WU2 B; 3AXC A; 2C60 A; 1QT9 A; 2WXN A; 3M95 A; 3DBH I; 3TIX A; 2INN E; 3W9C B; 1TT5 B; 1VRA B; 1TKY A; 5CHV C; 2KWD A; 2KMM A; 3SU8 X; 2MEK A; 3CWI A; 2NTT A; 1IBX B; 3MC8 A; 3JSV B; 2NBV B; 3KQ4 A; 5HG2 A; 4HLE A; 2I1K A; 3QHT A; 4MEL A; 2B76 B; 2L0T A; 4ACF A; 3QC8 B; 2O2V B; 3PZ7 A; 2LHE A; 4DHJ B; 1FIQ A; 3TL5 A; 2KJ6 A; 1BUI C; 2BBC A; 4DXA B; 2XK5 A; 1OFF A; 1KFY B; 5IA7 A; 1Q0W B; 1WGD A; 3DWM A; 1OQQ A; 1N61 A; 1WFY A; 4HDO A; 3BVZ A; 2K6D B; 4A9A A; 4KGS A; 3OJ3 A; 1NBF C; 2ZVN A; 2IYD B; 3VUX A; 1RM6 C; 3GE3 C; 2ON8 A; 5DPW A; 1DOI A; 2KYW A; 3RFZ B; 1P7F A; 3HM3 A; 2WXR A; 1V8C A; 3V05 A; 2K1F A; 3DOW A; 1FNV A; 2D5G A; 2MHJ A; 4BOZ B; 3APD A; 4G3X B; 2LUM A; 2HD5 B; 4P16 A; 3B9J A; 4F8C B; 1MI0 A; 3ZJV A; 2AL6 A; 2KJH B; 4OZB A; 1VZ7 A; 2K3U A; 2G45 B; 2FCM A; 3H7P A; 1WGG A; 3KYD D; 4EKU A; 5MPO A; 2RDH A; 4K1R B; 1FCC C; 2KLG A; 1WGR A; 2Z0D B; 1KOT A; 3I5J C; 3PS6 A; 2NS5 A; 3U7Z A; 4TQ0 A; 4XZ4 A; 2D3A A; 1WXM A; 2MP2 A; 1WJ6 A; 3W2D A; 3B2F A; 5D94 A; 1SSN A; 1Z2M A; 2AX5 A; 4II2 B; 1DYQ A; 1AYF A; 2DYO A; 4MT5 A; 1ET6 A; 3W5V B; 4M0W A; 2KTR A; 3ZVV A; 2LWP A; 2JVC A; 3P2B A; 3M3J A; 4A3P A; 2CS4 A; 2DAJ A; 3QK0 A; 1VLB A; 2Y5C A; 2MRP A; 2CHW A; 3ZDT A; 1XD3 B; 4MGY E; 4EOY A; 1D5Z C; 3TUO A; 3FAH A; 4KX6 B; 3R3M A; 3AEA B; 4NAM A; 1L4Z B; 1UBQ A; 1VCB A; 4L2Y A; 5AZF A; 5LLI A; 3TEY A; 4C56 C; 1HA5 A; 2M0X A; 2JXX A; 2DAF A; 2W82 A; 3GOE A; 4YL8 A; 2JRH A; 2AL3 A; 3QCA A; 1TBE A; 3RNF C; 3PHW B; 2BS3 B; 4O1N A; 4B0M A; 3UIN B; 2MX2 A; 4M8N A; 3U30 A; 3ZDM C; 4I6L B; 1E0Z A; 1I42 A; 2CJO A; 1KM7 A; 2MJE A; 2KX3 A; 3H8H A; 3SHQ A; 1SB3 C; 4P1B C; 4BKS D; 2BB5 A; 1QOA A; 1ZE3 D; 1YJI A; 3ETR A; 3NUH B; 3OLM D; 2KOX A; 1A5R A; 1WXS A; 2D3B A; 3IAS 1; 4GDL A; 1BML C; 3MHZ A; 4JWU C; 3BII D; 1PUT A; 1TKG A; 2AQ1 B; 3K9P B; 1KLG D; 3ZNZ B; 3W1Y A; 4EZJ A; 4LDT D; 2D07 B; 1D5X C; 2ZW1 A; 1Q5W B; 2KFK A; 1NI3 A; 1J7C A; 3KW5 B; 4IDI A; 3W1S A; 3ZYY X; 2WXG A; 1VDV A; 1C78 A; 2FUG 1; 1CMX B; 2PW9 A; 3ZKJ C; 2CJN A; 3JW0 X; 2D2Q A; 3MJW A; 5FKA C; 3KUZ A; 3QX1 A; 4A8X C; 1RWS A; 4AP4 C; 4JWS C; 5DPR A; 3V62 A; 4NY0 A; 4DWF A; 2J0M A; 4S17 A; 3UQA A; 1L0Y B; 3ENE A; 4DK5 A; 2VZK D; 3RNG C; 4HKQ A; 4OVV A; 3ZTC A; 1NYQ A; 3SDL C; 3DVN V; 4RNA A; 4GLS C; 2BKR B; 3W1S C; 2G9H D; 4N59 A; 1C4C A; 1HTQ A; 1WE7 A; 4WJN A; 2WXM A; 3DWG C; 2OJW A; 4GGQ A; 5FR3 A; 3AH7 A; 5IP4 D; 4OVU A; 3KYC D; 2IND C; 2FNJ B; 3CMM B; 4ANW A; 4OHJ A; 1KLU D; 1XXG A; 3CF6 E; 2WHI A; 1JWM D; 4XDC A; 1JWU D; 3Q3N C; 2JY6 A; 2O6V A; 1E6E B; 2KVZ A; 4GIV A; 2HJ1 A; 3DHH C; 4ZRP A; 3QWZ B; 1IGD A; 3DBR I; 5EDS A; 2I38 A; 3GZN I; 4LNK A; 3P4Q B; 2X8X X; 4KZC A; 1MVK A; 4IW0 A; 2N1W A; 1K51 A; 4HPP A; 5I4D A; 2Z59 B; 2KO3 A; 1JWS D; 2K8B A; 1HEZ E; 1UBI A; 3RN9 C; 1WRI A; 2NBW B; 1EF5 A; 1SBB B; 3NVZ A; 4F1S A; 4G0N B; 4EFO A; 1WY8 A; 1ISN A; 1GPX A; 4W9C A; 2SEB D; 1KF6 B; 2EKE C; 3OWE B; 4TV3 A; 4ARI A; 1ZDX A; 2BKF A; 3C0R B; 1ZOY B; 3NRZ A; 2LD9 A; 1LQB A; 3WA0 A; 5HI1 A; 1WGH A; 1TZ1 A; 3PRM B; 2K5P A; 5LXH A; 1G6J A; 4FAD A; 5J18 A; 2RR9 A; 1QF6 A; 1P7E A; 4IOI E; 1YNT E; 1XLN A; 2NTS A; 1LXD A; 2JZZ A; 1RFK A; 4W9E A; 5GXG B; 4PS8 A; 3AE2 B; 3WAL A; 1SE4 A; 2DHZ A; 2XK5 B; 1C77 A; 4REZ A; 5JHA A; 2FCN A; 4OZC A; 3A4R A; 4J3O D; 1AW7 A; 3VQI A; 3FIL A; 3UQB A; 2IJ0 A; 4CQN A; 3AV8 A; 1XCQ L; 5EE3 A; 3H6N A; 1V5T A; 3A1Q B; 1J19 A; 4FHK A; 2JYT A; 2KWC A; 2BW2 A; 3M63 B; 1V2Y A; 2RMM A; 2JYE A; 4LDT B; 2XN9 C; 2KTF A; 1T0S C; 2GBK A; 4HXD A; 4ZOH C; 1ZGU B; 1OQY A; 4HCN B; 4AJY B; 4YXD B; 4DHJ D; 2KDM A; 3HK0 A; 2OHF A; 4C4V A; 4IM3 A; 3PSE B; 1RFA A; 1UWM A; 1MPE A; 2M8S A; 2DYM A; 2PVO D; 4AS1 A; 2VZK B; 1VZ6 A; 1YQB A; 4X57 B; 3R7Q A; 5D7G A; 2HJ8 A; 2K25 A; 3RD2 A; 2DX5 B; 3DHI C; 1LM8 B; 3RNB C; 4KZ0 A; 2RDG A; 4WWN A; 1DOX A; 1MJD A; 4MJS A; 5L83 A; 2FUH B; 1AAR A; 2MJ3 A; 2WXQ A; 4LNI A; 1UGM A; 5D2M B; 3HIZ A; 1JWB D; 2KD0 A; 1J0G A; 1YN5 A; 3L54 A; 4EE2 A; 4TSS A; 2YVC A; 2EMT A; 2V9H A; 4DDG D; 1P0R A; 1PGA A; 4PT5 A; 5G55 A; 1V1P A; 2ZVO A; 4B0E A; 3FKY A; 2GLS A; 3VAW A; 4PYU A; 3ZQ4 A; 1XLO A; 5C3J B; 2VH1 A; 1GNU A; 1K50 A; 2C7M B; 3VDZ A; 1FNU A; 2NPT B; 4K3B A; 1P1A A; 5HKH A; 3NVW A; 3AEE B; 1RRB A; 2IDY A; 4BBN F; 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4AUQ C; 3TSS A; 2IY1 B; 3VR8 B; 4PYZ A; 3CIR B; 4RF1 A; 4HCP B; 1C76 A; 3PRP B; 1WX8 A; 2AQ3 B; 3BK1 A; 3BYY B; 4WJP A; 4C80 A; 3APC A; 1XLQ A; 1R4M B; 3ZGZ A; 1F0Z A; 3EEC A; 4WQM A; 1LGR A; 1IP9 A; 1AN8 A; 1S1Q B; 1FXI A; 1EUV B; 3V61 A; 2KK8 A; 1PYW D; 1PGX A; 2JWZ A; 3R66 C; 3ZNH B; 2N9L A; 4IUM B; 1MG4 A; 4DXF A; 5D6J B; 1NDD A; 4XWT A; 2GRI A; 2LMC A; 3D32 A; 3TEZ A; 1CK1 A; 3N1Y C; 1V5O A; 2K8H A; 3S2A A; 4NQK E; 2WXO A; 4FJZ A; 4RH6 A; 2HE7 A; 4M01 A; 1I4P A; 4FHJ A; 1HZ6 A; 2M19 A; 1QOF A; 2JX5 A; 3Q8E A; 2CHZ A; 3SEB A; 2MSE D; 5AZG A; 2JU6 X; 3A9J A; 3HVD A; 2ZNV C; 3TEW A; 2ZZP B; 2PMV A; 3DVG Y; 4GDK A; 3I9V 1; 2GBJ A; 1WYG A; 2W9N A; 1WX7 A; 2BF8 B; 1I4G A; 3A9K B; 4KDI C; 1Q1O A; 1K52 A; 3AI5 A; 3N3K B; 3NVV A; 3DBS A; 2L1A A; 1QIL A; 2PE6 B; 3N9Y C; 3PTF C; 1I35 A; 4B6W A; 4II3 B; 2IO2 B; 4DDI D; 3GB1 A; 5BO4 B; 3LYY A; 2BGF A; 4ZYS A; 3V6C B; 1PGB A; 1PDX A; 2BTE A; 2IY0 B; 2LVP A; 2JRI B; 3HRD D; 1WX9 A; 5E6O A; 5IKC M; 3UF8 A; 3VVW B; 3V60 A; 4WJO A; 1UF0 A; 4GOC A; 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