The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
|
sequence length |
63
|
structure length |
63
|
Chain Sequence |
SEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYAALLAKVNGEYTADLEDGGNHMNIKFAG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Identification and grafting of a unique peptide-binding site in the Fab framework of monoclonal antibodies.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Trastuzumab light chain
|
| molecule tags |
Immune system
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
15
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| structure length |
63
|
| sequence length |
63
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-01-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1C9F A; 1MVK A; 2JU6 X; 2I2Y A; 1YNT E; 1QKZ A; 2ON8 A; 1FCL A; 1IGC A; 1F2R C; 2ZW0 A; 5HFY A; 2KDM A; 1MPE A; 4KGT A; 1MHH E; 2RMM A; 1D4B A; 2LUM A; 2LHE A; 2JZP A; 2OED A; 4GLS C; 2KQ4 X; 3V3X A; 2RPV A; 5HI1 A; 1EM7 A; 4OZA A; 1ZXH A; 2EEL A; 3UI3 A; 1GB4 A; 1JML A; 1MHX A; 1F2R I; 1FCC C; 2N9K A; 4IKG A; 1K52 A; 1MI0 A; 2JWU A; 4WH4 A; 2KN4 A; 1K50 A; 1P7F A; 4OZB A; 1XF5 L; 2NMQ A; 2GI9 A; 3MP9 A; 4KGR A; 2QSD A; 1XCQ L; 1K51 A; 1IBX A; 2K0P A; 2IGD A; 1PGA A; 1HEZ E; 5HG2 A; 5HHD G; 2J52 A; 1XCT L; 1K53 A; 1HZ6 A; 2PTL A; 2N7J A; 3FIL A; 4KGS A; 2IGH A; 4D2K A; 1Q10 A; 4HKZ E; 1PGX A; 1PGB A; 3GB1 A; 2N9L A; 2PW9 A; 1UWX A; 2IGG A; 4IOI E; 4OZC A; 2JSV X; 1IGD A; 1GB1 A; 5JXV A; 5BMH A; 2KWD A; 2LHD A; 5BMG A; 1P7E A; 2GB1 A; 2QMT A; 2LGI A; 2ZW1 A; 2PLP A; 2I38 A; 4HJG E; 2J53 A; 2JXT A; 1KH0 A; 1IBX B; 2KAC A; 2ONQ A; 5BMI A; 1FD6 A; 3FIL B; 1YMH E; 1HZ5 A; 4MAC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FHK A; 1C9F A; 2KDB A; 2BYT A; 3KUD B; 3MHS D; 4ZHP A; 5J17 A; 4C7Z A; 4B9K A; 4OW0 A; 4AWJ A; 2BVC A; 3U30 A; 3ZJU A; 4ARC A; 2W9N A; 3IAM 1; 1QOB A; 5FR3 A; 3NHE B; 3QWZ B; 1JWS D; 4WJP A; 1EM7 A; 4HDQ A; 5CHF A; 2PKO A; 4LK0 M; 1BXT A; 4M02 A; 2KJ6 A; 2VH1 A; 4OVU A; 1FRD A; 2BPS A; 5H92 C; 1GB4 A; 1ET9 A; 4P7I A; 2JRH A; 2D07 B; 4GU2 A; 4W9J A; 1GJZ A; 1V6E A; 1FCC C; 4B6W A; 4HKQ A; 1F77 A; 2KWV B; 2ZVN A; 4A3O A; 1V8C A; 1K50 A; 1E7P B; 1KJT A; 1KM7 A; 3EFU A; 1I4X A; 2WXR A; 3T3N A; 3KWV A; 1WYW B; 1FFV A; 1HQR D; 3FAH A; 3QJZ A; 1J0G A; 4K7S A; 3DBR B; 3PZ7 A; 4PYZ A; 4W9L A; 5DPT A; 3UQB A; 4YTP B; 1QQR A; 3B2F A; 1Q1O A; 4WQM A; 2N7J A; 1WR1 A; 1JWB D; 3RNG C; 2D3C A; 2RSU A; 1UZX B; 3NRZ A; 2LGS A; 2KMC A; 4NAM A; 2WU2 B; 3V61 A; 4HCP B; 3C0R B; 3AE3 B; 3WAM A; 2WXO A; 3SR6 A; 1LGR A; 3BVG A; 3Q6B A; 2OJR A; 4OHJ A; 1HTO A; 4KSK C; 2ZPY A; 4K7W A; 1TT5 B; 1VR9 A; 1HTQ A; 1I4R A; 2JQR B; 2LD9 A; 2KC2 A; 2A5U A; 3PZD A; 2NCN A; 3NY5 A; 2LZ6 A; 1YD8 U; 1IBX B; 1AAR A; 2G9H D; 3NUH B; 3T3O A; 3OJ4 B; 2PJH A; 4LJO B; 3SHQ A; 4G0N B; 4I6N B; 3N20 C; 1IPG A; 1WGY A; 5TSS A; 3IG3 A; 2KZR A; 4KIK B; 2G3Q B; 1WM3 A; 4KZC A; 2PVG C; 3H7P B; 4OVZ A; 2WHI A; 1T0R C; 4S0R A; 2KDE B; 4HVB A; 3M95 A; 3IXS A; 1TTN A; 5IAA C; 1VCB A; 3MC0 B; 2K5P A; 3L13 A; 2IO0 B; 2KQ7 A; 2WGS A; 4A9A A; 3PLV A; 4NQL B; 3TBL D; 4NJC A; 4R3D A; 2MW5 A; 1KTK A; 2KJR A; 1QOG A; 3C19 A; 1L2N A; 2CR5 A; 1XCQ L; 2C7M B; 1HA5 A; 1T5X D; 1IBX A; 3EC8 A; 2FUG 1; 2R2Q A; 4C80 A; 4ARI A; 4CQN A; 3ABV B; 2IGH A; 1E7V A; 4ZRI A; 3VTU A; 1YQB A; 4HEA 1; 4LNF A; 3VH3 B; 5IN7 A; 1JAL A; 2KAN A; 2LRU A; 4XC2 A; 2NBW B; 1ZDX A; 4KIK A; 3VVW B; 3H7P A; 4IW0 A; 4AUQ C; 3W1Y A; 2W55 A; 2WS3 B; 4F1S A; 2DHZ A; 2LGY A; 1V9J A; 1WRI A; 3H6N A; 2G1E A; 4GOC A; 4ANU A; 4B0E A; 4NAW B; 4A3P A; 3T9L A; 2LAS A; 3AE5 B; 3LDZ E; 2ZVO A; 3A4S C; 4IWO A; 5IKC M; 1L5P A; 2HTM E; 2BS2 B; 2R61 A; 3PVL A; 1TS3 A; 2WQY B; 2N7D A; 2FIF A; 4YSY B; 2JY6 A; 1VZ7 A; 2V4L A; 3KWL A; 3RNF C; 1SE9 A; 4JWS C; 1YJJ A; 5J2R A; 4LLG M; 4W9K A; 2MRP A; 1LO5 D; 2HTH A; 2CS4 A; 2LWP A; 4FJV B; 3I5J C; 2N7E A; 1C1Y B; 1WGK A; 2KQ4 X; 4GDK B; 3APD A; 4RNA A; 4JIO U; 4OZA A; 2WDR B; 2LGX A; 1JML A; 2VZK D; 4GXB A; 3VUX A; 1QLB B; 2KN4 A; 3GZN I; 3H9D A; 4EE2 A; 1YOV B; 4YSX B; 2W54 A; 1XLO A; 1EWY C; 3GS2 A; 3KQ4 A; 1K51 A; 3W5U B; 4MJS B; 1PGA A; 2LJI A; 3HK0 A; 4BBN C; 4K1R B; 2PTL A; 3HHM A; 2WXJ A; 4ANW A; 1UD7 A; 5EE1 A; 1SJH D; 3HRD D; 1WRD B; 3O65 B; 3QQ8 B; 1UEL A; 3ZW3 A; 4PYU A; 1UWX A; 3A4R A; 2KDI A; 5IA7 A; 1C78 A; 4KZ0 A; 2WNM A; 5AUK A; 2RD0 A; 1C4A A; 4HPP A; 3WAN A; 1C76 A; 2MX2 A; 2KWC A; 3Q8F A; 3RNA C; 3R3M A; 1KOT A; 1OEY A; 4GDK A; 2LGI A; 1P9D U; 3L10 B; 4M0W B; 2JWZ A; 1OEY J; 1PDX A; 1KRH A; 1V86 A; 1A5R A; 1OFF A; 2BWE S; 2QHO A; 1L7Y A; 3V05 A; 4W9I A; 5LLI A; 2JT4 B; 1JRP A; 2DYM A; 2SEB D; 4MJS A; 1WGH A; 1FPY A; 1TZO A; 4FLH A; 4JPS A; 3SEB A; 3TEY A; 4WWN A; 3DBH B; 4BVU C; 3PRE A; 4S17 A; 4URK A; 1MPE A; 3EFC A; 3X23 A; 2LFI A; 2C9W B; 5IO9 A; 3R2T A; 2DZJ A; 2X8X X; 3L0W B; 2WDT B; 3AI5 A; 3ENE A; 3ALB A; 5EE3 A; 2A4Z A; 1QOF A; 2WDQ B; 3RNE C; 2CJN A; 2EMT A; 3B9J A; 4YWG G; 1TKE A; 4BKT A; 1K52 A; 2JWU A; 3CWI A; 1T0Y A; 3NJT A; 4EFO A; 4FJY A; 1GAQ B; 4ANX A; 4M0W A; 1VDV A; 2KJH B; 3BK1 A; 2D3A A; 1OGW A; 2WWZ A; 1C4P A; 4NY0 A; 1J19 A; 3P42 A; 1GUA B; 4JX1 C; 1C4C A; 1D5M C; 2FE8 A; 3BZD B; 5HHD G; 2M4N A; 2ZJD A; 3W2D A; 2ZZP B; 4MM3 B; 1SIF A; 4KVG B; 3VTW A; 5KHO A; 2L3Z A; 1L0V B; 3Q3F A; 2AYO B; 1UH6 A; 3QK0 A; 4GIV A; 2MJ3 A; 2MH7 A; 3ZO5 B; 1V80 A; 1ZW7 A; 1SGH A; 3I57 A; 2AWT A; 4P6V F; 4YTN B; 4BZA A; 4ZDV A; 3DVG X; 2REX A; 1E8Z A; 2C7H A; 1E8X A; 3NVY A; 3KYC D; 4ZRK A; 2AQ1 B; 1TKY A; 2PE6 B; 3R7R A; 2MA9 B; 4ASW C; 1WSP A; 1VLB A; 3TIX A; 4ZRJ A; 1IUE A; 2ON8 A; 4TKN A; 3QX1 A; 3ZRC A; 1KFY B; 4HDO A; 1I7H A; 2XEW A; 3NZU A; 5CHW A; 1FO4 A; 4MM3 A; 2YLM A; 2RMM A; 4HWI B; 4WJO A; 1ZUD 2; 1I4H A; 2IY0 B; 1J7B A; 3WCQ A; 1ZDV A; 3TL5 A; 3R8B A; 1J7C A; 4IUM B; 2VZK B; 5I4D A; 1ACC A; 1SJE D; 3VXW A; 2OHF A; 1MI0 A; 2BYF A; 1UNS A; 4HXD A; 3AE6 B; 4MH8 A; 4NJ6 A; 2J0M A; 5D3I B; 1QT9 A; 1YJI A; 4ANV A; 2W3S A; 1JRU A; 2Z0E B; 1L6V A; 2GBM A; 4KKJ A; 3QAR A; 2FAZ A; 1N61 A; 1I4G A; 2K0P A; 2E6X A; 4RMA A; 3PGE A; 4WAA A; 3ZXV A; 4KGS A; 3RD2 A; 3RMK C; 2GBR A; 2KX0 A; 1GG3 A; 2VRR B; 2JF5 A; 2KO3 A; 2IGG A; 3TEX A; 2JRI B; 4DDG D; 3AEE B; 1Z5S B; 2L32 A; 2J0J A; 3DPD A; 5JH5 C; 1YQ3 B; 1NYR A; 4LNI A; 2KWD A; 1FMA D; 4XDD A; 2WXQ A; 3ECI A; 4II3 B; 2IZV B; 4USA A; 3P2B A; 2I38 A; 4I6L B; 3ZVV A; 3WAP A; 3HM3 A; 1FXI A; 2RPQ A; 1B1Z A; 2QDF A; 3FIL B; 2GOW A; 2KVR A; 2TSS A; 1X1M A; 2JZZ A; 2L8J A; 2DYB A; 4KV2 A; 4RCO A; 3ZNZ B; 4BBN F; 4LCD E; 2KDM A; 2NTT A; 4PS7 A; 3VR9 B; 1TKG A; 2UU7 A; 4FBJ B; 1YN4 A; 3K9O B; 1U4A A; 3KVF B; 3V3X A; 2M8S A; 2N1W A; 2D2Q A; 4DXA B; 2V9H A; 1TS2 A; 3AE4 B; 4W9E A; 2LVQ A; 2DZK A; 3DQV A; 3DBR I; 1OQR A; 1M94 A; 3DVG Y; 4YXD B; 4K3B A; 3RUI B; 3NVW A; 3V62 A; 1NYQ A; 4I6P A; 2N9E B; 2BB6 A; 3FIL A; 2HJ1 A; 1Q10 A; 1E9M A; 4B0M A; 3BYT B; 2QC8 A; 1C77 A; 3PHX B; 3RUL A; 1TS5 A; 3QHT A; 2M1M A; 2PW9 A; 4A6Q A; 1WX7 A; 3VTV A; 2Z8L A; 2GBK A; 2IBI B; 3M63 B; 5IP4 D; 5C23 A; 2BBC A; 1Q5W B; 3AU5 A; 3ZNG C; 4XWT A; 3I9V 1; 2RDB C; 4HPM B; 3X0W A; 4GDL B; 2GLS A; 1TYG B; 4IDI A; 5HKH A; 4DXG A; 2N4F A; 4P1B C; 1TGZ B; 4A8X C; 2XK5 B; 1E8Y A; 2QJL A; 5AUI A; 4EKU A; 1EWC A; 3TJP A; 1BT0 A; 1XEE A; 2HJ8 A; 2BYE A; 2V3S A; 3AE1 B; 2K6Q A; 3B0A A; 3DVN U; 2SAK A; 3V6C B; 4AJW A; 2IO1 B; 2IND C; 4K7U A; 2FCQ A; 2LI5 A; 5D94 A; 2JZP A; 3N1X C; 2DZM A; 2NBU A; 3QA8 A; 3AEA B; 2YVC A; 1GNU A; 3R2I A; 1S3S G; 2LJ5 A; 1EUV B; 2IO2 B; 1MHX A; 1HXY D; 4C4V B; 1R4M I; 3ETR A; 2N9K A; 1P1A A; 4N9F 4; 1CK1 A; 4RGM A; 4UDU C; 4AP4 C; 1JQ4 A; 2BGF A; 4FXC A; 4GDL A; 2BW2 A; 1FRR A; 2LUE A; 1R7S A; 2KNB A; 2KTR B; 1UGJ A; 4ACF A; 4RM9 A; 1HZ6 A; 1XLN A; 2XK5 A; 3PO0 A; 4BFR A; 1SXT A; 4RF0 A; 1OTR B; 2WXK A; 4M8M A; 2G4D B; 4RFB A; 3RYT A; 5CTR C; 5G2N A; 1R4N I; 3W1S C; 4A20 A; 3QIJ A; 3U4E G; 3BY4 B; 1GPX A; 1WYG A; 2PE9 A; 3FKY A; 1GB1 A; 3L54 A; 2N0S B; 4WJQ A; 4L2Y A; 3AU4 A; 5BYR A; 5CX3 A; 1QF6 A; 2LXA A; 2MBO A; 1I4P A; 1TS4 A; 2DAF A; 4XGA B; 1XT9 B; 1WZ3 A; 1SIJ A; 3VHT C; 1NVI D; 2J4X A; 3UGB B; 5E6P A; 2MEK A; 3IT6 B; 3BWU D; 2NTS A; 3WA0 A; 4WWP A; 3HIZ A; 4HJG E; 5D7G A; 4C4V A; 1E0Z A; 3HVZ A; 1AN8 A; 2AX5 A; 4LNO A; 1V1P B; 3NVV A; 4JWU C; 3SD5 A; 2YEP F; 5IOI A; 4XZ4 A; 1YIW A; 2PIA A; 1YMH E; 1FNU A; 4G50 A; 4IM3 A; 2KC1 A; 5DPS A; 3D32 A; 5BYS A; 2X38 A; 2KTR A; 3TMP B; 5T8I A; 2G45 B; 2JZ3 B; 2KTF A; 5BYQ A; 1UGM A; 4KGT A; 3DHG C; 1MHH E; 3VR8 B; 3R7Q A; 2L05 A; 4MSM B; 3JYU A; 1Y56 A; 4DDI D; 4EZK A; 1DOX A; 3IT4 B; 2HE7 A; 2RPV A; 3L16 A; 3P4P B; 2LVO A; 4IKG A; 3TEW A; 3N32 A; 1L4D B; 3IAS 1; 3IFW B; 3VQI A; 4ZYS A; 3LJ3 A; 3U52 E; 1XF5 L; 2J42 A; 3E56 A; 3ZJV A; 2LMC A; 2IY1 B; 4FN2 A; 3GE8 C; 4XYC A; 1V1P A; 2Z59 B; 3Q8A A; 3B08 A; 1JW9 D; 4E3C A; 3AN1 A; 3AE9 B; 4MEL A; 2H88 B; 2HD5 B; 3DBL B; 1YX5 B; 2XBB C; 4IWP A; 3U8Z A; 2C5L C; 3GB1 A; 4W9C A; 2N9L A; 3ZDM C; 4ICU A; 2MSE D; 4OZC A; 1Y8R C; 1IGD A; 4NAW A; 2NR2 A; 1J7A A; 3L4P A; 2LHD A; 4KSL C; 3OJ3 A; 2ICI A; 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2CU3 A; 3AH7 A; 4TSS A; 3GP7 A; 3ZDT A; 3MC8 A; 1RWS A; 1FM0 D; 1UBQ A; 2JPH A; 2O2V B; 4BKS D; 1GC7 A; 1CQV A; 3A9K A; 1GOZ A; 1VZ8 A; 1SSN A; 1QKZ A; 3AB5 A; 1FCL A; 4HJK A; 2IO3 B; 2IPK D; 2WXM A; 3EA6 A; 1RAX A; 3W5V B; 1VZ6 A; 3AUL A; 1N63 A; 2M56 B; 1WZ0 A; 4RGN A; 2N9P C; 2OOB B; 4DK5 A; 4IM2 A; 3AM9 A; 2KLG A; 5HI1 A; 3Q8E A; 1WXA A; 2WXP A; 2EEL A; 5KHQ A; 1TJE A; 2BT6 A; 3P4R B; 1EU3 A; 2RDG A; 1MG4 A; 3RNC C; 3MTN B; 1PYW D; 4ZHO A; 5H8Y E; 4YL8 A; 2W82 A; 4MGZ E; 3B2G A; 1KLU D; 2DAJ A; 1L4Z B; 2I1J A; 2K39 A; 4GGQ A; 3UIP B; 3N1Y C; 3CST A; 1L6U A; 1PGX A; 2O2V A; 1B9R A; 2K8B A; 1XD3 B; 1D3Z A; 2QEJ C; 1ZOY B; 2PMV A; 3VAW A; 1Q0W B; 4TQ0 A; 3FC4 A; 2AL3 A; 1N6Z A; 4YTM B; 3MJW A; 5C1Z A; 3KH0 A; 4ZOH C; 2M0A A; 4C56 C; 3V60 A; 1EF1 A; 2INN E; 2MBQ A; 4IC7 B; 1DGJ A; 3W9C B; 2J53 A; 2JXT A; 1P3Q U; 2CJO A; 3JVZ X; 1WF9 A; 2KAC A; 1E8W A; 4HK2 A; 2MBE A; 2WDV B; 2M0X A; 5AEK B; 4M01 A; 5DPW A; 1CZP A; 1V2Y A; 3PHW B; 4FA6 A; 1E5W A; 1NBF C; 3U2S C; 3L08 A; 2O6V D; 4JLC A; 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