The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
63
|
structure length |
63
|
Chain Sequence |
SEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYAALLAKVNGEYTADLEDGGNHMNIKFAG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Identification and grafting of a unique peptide-binding site in the Fab framework of monoclonal antibodies.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Trastuzumab light chain
|
| molecule tags |
Immune system
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| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
15
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| structure length |
63
|
| sequence length |
63
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-01-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YMH E; 2K0P A; 2IGD A; 1MHH E; 2JZP A; 2EEL A; 2IGG A; 4KGT A; 1GB1 A; 4IKG A; 2GB1 A; 1HZ5 A; 1EM7 A; 1FCC C; 1YNT E; 1PGA A; 3GB1 A; 2J52 A; 4MAC A; 4OZA A; 1F2R C; 3V3X A; 4KGS A; 5JXV A; 2NMQ A; 2JSV X; 1MPE A; 5HFY A; 2PW9 A; 4KGR A; 2LGI A; 1F2R I; 2JU6 X; 1FD6 A; 2ON8 A; 1JML A; 1MI0 A; 1FCL A; 1MVK A; 2LUM A; 4HKZ E; 1HZ6 A; 2LHE A; 2KDM A; 1Q10 A; 1ZXH A; 2GI9 A; 2ZW1 A; 1IGD A; 1K52 A; 1P7E A; 1KH0 A; 2QSD A; 2I38 A; 1PGB A; 2JXT A; 3UI3 A; 1IBX B; 2LHD A; 2N9L A; 2J53 A; 4GLS C; 2ZW0 A; 1GB4 A; 2ONQ A; 1HEZ E; 3MP9 A; 1UWX A; 3FIL B; 2RMM A; 2PTL A; 2KAC A; 4WH4 A; 1K53 A; 1C9F A; 1IBX A; 1XCQ L; 1P7F A; 2KQ4 X; 1MHX A; 2JWU A; 5BMI A; 2N7J A; 2OED A; 5BMH A; 1IGC A; 4OZB A; 3FIL A; 5HI1 A; 4OZC A; 2QMT A; 1K50 A; 1XF5 L; 2PLP A; 1D4B A; 2KN4 A; 2I2Y A; 4IOI E; 4D2K A; 5BMG A; 4HJG E; 2KWD A; 1PGX A; 2N9K A; 5HHD G; 1K51 A; 1QKZ A; 1XCT L; 2IGH A; 5HG2 A; 2RPV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2YEP B; 4XWT A; 1E90 A; 4RM8 A; 1T6B X; 2IY1 B; 1V81 A; 2K6D B; 1EM7 A; 2C60 A; 4LDT D; 2HJ1 A; 3DHH C; 3H1U A; 1UUP A; 1GPX A; 5H8Y E; 1MFW A; 2X38 A; 2LVO A; 1ZDV A; 4KGS A; 2BT6 A; 4B9K A; 3AE8 B; 3AE7 B; 4DHJ D; 3AEF B; 3RYT A; 2JU6 X; 2MP2 B; 3P63 A; 3V6C B; 3U8Z A; 1XXG A; 3T3O A; 4B95 A; 2WXQ A; 2X8X X; 2BYT A; 3WA0 A; 2QCZ A; 2LZ6 A; 2CHZ A; 2M4N A; 1KH0 A; 1WM2 A; 1WJU A; 4OVZ A; 1V5T A; 4HRO A; 1YJJ A; 2LHD A; 4A6Q A; 4ZRP A; 5AZH A; 1XLO A; 2G4S A; 2ZW0 A; 2J42 A; 1T0Q C; 2D2Q A; 2ZCC A; 4MJS B; 1SIF A; 1KLV A; 3DVN V; 5L95 C; 3RNC C; 2I1J A; 2INP E; 2IND C; 3Q3O C; 1Q0W B; 1FXI A; 3GOE A; 1J19 A; 4MH8 A; 1L2N A; 5E6N A; 3QAR A; 4XX5 A; 1N62 A; 1WXV A; 4DHZ B; 2VH2 A; 3QA8 A; 3EA6 A; 3HVD A; 3V05 A; 3VVW B; 3A4R A; 4HDO A; 4HCP B; 3GE8 C; 4O1N A; 4P1C C; 4DXF A; 2XBB C; 2L0F A; 5EDS A; 5MPO A; 1BUI C; 1R4N I; 2JZZ A; 3SFE B; 3X23 A; 4JQW C; 4NZL B; 4A55 A; 5KHO A; 2JRI B; 1TKY A; 1WH3 A; 1B9R A; 3L13 A; 5E6J A; 2GMI C; 4KGT A; 2PPH A; 1SBB B; 3Q3M C; 2L0T A; 5C23 A; 4J6I A; 2J52 A; 2BS3 B; 2FCM A; 2D10 A; 1X1M A; 2INN E; 2N9X A; 3TEX A; 3R66 C; 4LLG M; 2NS5 A; 1L6V A; 4BAX A; 1DOX A; 3O13 A; 1NVI D; 5LXI B; 1E9M A; 1QOG A; 3RNE C; 4RFB A; 1QIL A; 4M01 A; 5DCN A; 2XK5 B; 2JRH A; 1SIJ A; 2DZI A; 3MC9 A; 2KOX A; 2MP2 A; 5BO4 B; 1T0S C; 3PVL A; 2LGY A; 3N32 A; 3OJ4 B; 2GI9 A; 2FUG 1; 1E8Z A; 4OHJ A; 1YQ4 B; 2LEK A; 3DBH B; 4A3P A; 2JQR B; 4FLH A; 3NZ3 A; 3UIP B; 2M0X A; 1HTQ A; 3N1X C; 3L16 A; 1GJZ A; 4TKN A; 2ZVN A; 4YTM B; 1C9F A; 2V9H A; 5C2T B; 1GC7 A; 3IBE A; 5BMH A; 1SSN A; 4MJS A; 2Z0E B; 1FRD A; 3NVV A; 1YN4 A; 3QHT A; 4REZ A; 1JAL A; 1YJI A; 5IKC M; 2KWV B; 2B76 B; 1N5X A; 3MHS D; 4MM3 B; 1F9J A; 3S2A A; 1UEL A; 1VR9 A; 2W54 A; 3PRP B; 3QCA A; 2D5G A; 2G45 B; 4M0W B; 2AEH A; 4E71 A; 5D2M B; 4AWJ A; 4IG7 B; 1FNU A; 4TQ0 A; 4WAA A; 1WZ3 A; 3QWZ B; 5J2R A; 1EF5 A; 1NI2 A; 2MJ3 A; 2WP9 B; 4YL8 A; 2DZK A; 2PEA A; 5LXH A; 2MCN B; 4WUR A; 4ARI A; 2UYZ B; 4AOF A; 2ZNV C; 4E3C A; 1DOY A; 3HK0 A; 2YEP F; 3N3K B; 2MBQ A; 4LNO A; 1KRH A; 2PW9 A; 2WDQ B; 3VQI A; 3M3J A; 3Q69 A; 5TR5 A; 2L00 B; 4EUT A; 2LUE A; 4MH0 E; 2HTM E; 2LVQ A; 4F8C B; 2INC C; 1UZX B; 5D3D A; 3VHT C; 4HWI B; 2KQS A; 2IY0 B; 4A9A A; 3AH7 A; 2XK5 A; 2L7R A; 4GOC A; 1IBX B; 1L0Y B; 3BII D; 1KLU D; 2NBU A; 4ACF A; 3FIL B; 4HEA 1; 2M0A A; 2BTE A; 2WYQ A; 2K8C A; 2HE7 A; 3Q8C A; 1SE3 A; 4YTP B; 2A5U A; 5E6O A; 1NDD A; 3A9K B; 1ZUD 2; 1J7A A; 1K50 A; 2KAN A; 3FKY A; 1J7B A; 3NVY A; 1JWB D; 2D3C A; 1PYW D; 4BKG A; 3EEC A; 4XZ4 A; 3HVZ A; 4RNA A; 1SXT A; 2GBK A; 1FFV A; 5CTR C; 2LXC A; 2OHF A; 2SEB D; 4MM3 A; 4I6P A; 2OJR A; 5E6P A; 3M63 B; 5AZF A; 2IGD A; 4M0W A; 2EEL A; 1V1O A; 2GBR A; 2WXP A; 3GZN I; 2GB1 A; 2O6V B; 4W9H A; 3ZRF A; 4HRS A; 1WFY A; 4LCD E; 1F2R C; 1UNS A; 2ASQ A; 3MFG A; 4DHZ E; 1RAX A; 5HFY A; 1F2R I; 3RZF A; 3WAN A; 1SE9 A; 2K3U A; 1N60 A; 2XNA C; 2DYB A; 2KDB A; 2C7N B; 1HZ6 A; 4X57 B; 3V62 A; 1F0Z A; 4XYC A; 4LDT B; 3VTU A; 2IYD B; 3H7P B; 4KSL C; 3L10 B; 4C00 A; 1FMA D; 2KKC A; 3EFC A; 4ICV A; 4C7Z A; 1WX7 A; 2IJ0 A; 3UI3 A; 1FIQ A; 2KDE B; 3DBL B; 3ZTD A; 3AEA B; 1B1Z A; 1DOI A; 3MP9 A; 4IWP A; 2BQQ A; 1T0R C; 2YLM A; 2OJW A; 1NI3 A; 1GNU A; 2KAC A; 2RDG A; 1MG4 A; 3VRB B; 1IBX A; 5FKA C; 2WWZ A; 2PE9 A; 1L0V B; 5AEK B; 4MSM B; 1GC6 A; 1LFD A; 3LDZ E; 1C77 A; 2ZVO A; 3DBR B; 3FIL A; 3BVM A; 3Q8F A; 4TQ1 A; 2RGF A; 3GZN B; 2LFI A; 2MWS B; 2O2V B; 2UU7 A; 3LJ3 A; 4FUL A; 1FRR A; 2I2Y A; 3B2F A; 4M8M A; 3VDZ A; 2N9K A; 4NPN A; 3A9K A; 3R7Q A; 1ISN A; 1DYQ A; 1ZKH A; 1VD2 A; 5HG2 A; 1EU3 A; 2NBW B; 3I5J C; 2GLS A; 3AI5 A; 2LD9 A; 3AMZ A; 2V4I B; 4LJO B; 1NEN B; 4UDU C; 1V2Y A; 3N1Y C; 1YJ1 A; 3IG3 A; 1K8R B; 3QK0 A; 4ZYN A; 4II3 B; 1PDX A; 2PJH A; 2R2O A; 4XE0 A; 2ZPN A; 2QJL A; 2O6V A; 3HHM A; 3AE6 B; 1I4X A; 4EE2 A; 1V86 A; 2ON8 A; 2DWQ A; 3APF A; 2KWC A; 3Q8E A; 3AE2 B; 1M4V A; 2CU3 A; 2LUM A; 4HKZ E; 3B08 A; 2N1V A; 4BOZ B; 1ZXH A; 2ZW1 A; 4E74 A; 1K52 A; 1UF0 A; 3ZRC A; 1PGB A; 3SHQ A; 1EF1 A; 5D7G A; 4C56 C; 3AE5 B; 3W5U B; 3H7P A; 3OLM D; 2VH1 A; 4RF1 A; 1QQR A; 4BZA A; 2BWF A; 1P7F A; 1UH6 A; 3ML8 A; 3B2G A; 1I4G A; 1WXM A; 2AX5 A; 1CZP A; 5D3I B; 1H4R A; 1WXA A; 2L3Z A; 5C3J B; 1SGH A; 2D3G A; 2MRP A; 5EE1 A; 1E10 A; 1QOF A; 2LI5 A; 4L23 A; 2JF5 A; 1D4B A; 3BZD B; 4HVB A; 4RGN A; 1TZO A; 3VH4 B; 1PGX A; 3KVF B; 5IO9 A; 2I1K A; 2O2V A; 5GMV A; 1OFF A; 3ZNI D; 1D6E C; 2YVC A; 3RUL A; 4H2A A; 3PO0 A; 1QLB B; 1GB1 A; 1C4P A; 1C4C A; 3RCZ A; 4MDK E; 3Q3J A; 4G0N B; 2BYV E; 4WWN A; 3U7Z A; 1IPG A; 3PSE B; 4LJP B; 2PKO A; 5JXV A; 3ZUN A; 1Z5S B; 5DPR A; 2KFJ A; 3MTN B; 2BVC A; 4K7S A; 4W9K A; 2GOW A; 4KGR A; 4ZRI A; 2BYF A; 1JWA D; 2C9W B; 1STE A; 3NVW A; 3I57 A; 4AP4 C; 1CK1 A; 3ML9 A; 4P6V F; 4ARC A; 1WGD A; 4LK0 M; 3NOB A; 3ZDT A; 3H7S A; 2MJD A; 3VR9 B; 1Q10 A; 2DBY A; 3AED B; 2KVR A; 2QSD A; 2JXT A; 3D32 A; 3ALB A; 1JWS D; 1WYW B; 2DYM A; 1E8X A; 2KFK B; 4WJO A; 1LQB A; 1TKE A; 4A90 A; 1VRA B; 3OG5 A; 4PT5 A; 3IVF A; 4J3O D; 1BT0 A; 2Y5B B; 1FNW A; 3ZNH B; 4YXD B; 1AN8 A; 2NR2 A; 2KK8 A; 4IUM B; 3CSF A; 3FAH A; 1FPY A; 3AEG B; 1WE6 A; 3PHW B; 1WRD B; 4W9E A; 4P1B C; 1EWY C; 2IO1 B; 2KJ6 A; 5JZE B; 5CX3 A; 2MHJ A; 4WJP A; 2REX A; 4P16 A; 3IAM 1; 1L4Z B; 1L4D B; 3AEB B; 4XGA B; 1P98 A; 3ECI A; 1GAQ B; 3BWU D; 5DPS A; 4RCO A; 2A4Z A; 4ASW C; 2DYO A; 4GGQ A; 3AE1 B; 1G6J A; 3OWE B; 5KHQ A; 3RI7 C; 1YMH E; 5LLI A; 4HDQ A; 3DBH I; 3W1Y A; 1WX8 A; 2N9E B; 3L0W B; 2Z8L A; 1YNT E; 4NAM A; 1CMX B; 1OTR B; 1YOV B; 1F52 A; 4RGO S; 2KTF A; 3AEE B; 3PZ7 A; 5G55 A; 2JSV X; 4PK1 A; 2JZ3 B; 2G9H D; 1AAR A; 1PFD A; 4MEL A; 2BW2 A; 1LXD A; 1WRI A; 3KLS X; 1TTN A; 1AWD A; 3Q8B A; 5DPT A; 3NHE B; 5T8I A; 4JPS A; 3E56 A; 3UIO B; 1V5O A; 1MG8 A; 1QT9 A; 2NPT B; 4AQ7 A; 3N30 A; 1HTO A; 1VZ8 A; 1WMH A; 2DAJ A; 3I3T B; 4HKQ A; 1GG3 A; 2CJO A; 3PPA A; 1OQY A; 4ANW A; 1UGM A; 2VRR B; 2LVP A; 1E7V A; 1QZE A; 3DVN U; 3TJP A; 2QC8 A; 1WGG A; 4M02 A; 1KJT A; 1DGJ A; 4JL9 A; 4CYE A; 2KFK A; 5BMI A; 3AEC B; 1I4H A; 1AYF A; 3RUI B; 1FFU A; 3ZXV A; 2EMT A; 3WAM A; 1KLG D; 3RNG C; 3DPD A; 2HTH A; 1TY2 A; 4FXC A; 3TEY A; 1T5X D; 3PRE A; 1VJK A; 2L1A A; 3TMP B; 3PHX B; 1HQR D; 1FO4 A; 4IC7 B; 1R7S A; 4KZC A; 3RPF C; 4R3D A; 2NTS A; 1ZGU B; 1FM0 D; 3AE4 B; 2FUH B; 1J0G A; 4LNI A; 3SFD B; 2JY6 A; 4ZDV A; 3P4R B; 3ZNG C; 3VUX A; 1QF6 A; 4WWP A; 1YN3 A; 3TBL D; 4YWG G; 2M19 A; 3IAS 1; 4OZA A; 4BKT A; 2W9N A; 2FCN A; 2J4X A; 3BK2 A; 3RT3 B; 3VRA B; 3EC8 A; 4I6L B; 3V3X A; 3C8Y A; 2KDF B; 4JX1 C; 1SEB D; 1HXY D; 4W9C A; 2V3P A; 2WXH A; 1C76 A; 2K8H A; 1FCL A; 2L32 A; 1V8C A; 1P0R A; 5BYQ A; 1IP9 A; 2WHI A; 1V49 A; 3TSS A; 1F1H A; 1N63 A; 2IO3 B; 2M56 B; 5EE0 A; 3U7D A; 5HKH A; 1C79 A; 3WAL A; 3W1S A; 2OOB B; 2IBI B; 3GP7 A; 4ANV A; 3BIN A; 2NPT A; 3NS1 A; 4FJY A; 1BML C; 1P9D U; 1HE8 A; 3HM3 A; 3VUW A; 3MHZ A; 1E5W A; 1E7U A; 2IZV B; 4GMV A; 4M8N A; 1OQQ A; 4ZHP A; 2C7H A; 3DDC B; 2KD0 A; 4GDK B; 3HRD D; 1VZ6 A; 2D3B A; 3HUI A; 4BFR A; 3SR6 A; 3PS6 A; 4OZC A; 3RNA C; 1ZXI A; 1EUV B; 2K39 A; 2JVC A; 2WGS A; 3UQA A; 1WF9 A; 2N7E A; 1I4Q A; 4N9F 4; 4AUQ C; 4CO7 A; 4WWO A; 4FAD A; 3PRM B; 4D2K A; 3NZU A; 3TEW A; 4YT0 B; 1P3Q U; 1TT5 B; 4LTU A; 4RF0 A; 3ZLZ A; 4GN1 A; 3ETR A; 1CQV A; 2W82 A; 3ZYY X; 3U30 A; 3CMM B; 1MHH E; 4PYZ A; 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3AE9 B; 1J8C A; 4DDI D; 1WZ0 A; 1WWT A; 4NNJ B; 2L8J A; 4MT5 A; 2KX3 A; 3TL5 A; 4WJN A; 3ZXR A; 2PE6 B; 3W5V B; 1BXT A; 2N9P C; 1YN5 A; 2MBE A; 1I35 A; 1SJH D; 3CWI A; 2LRW A; 4IW0 A; 3IHP C; 3P2B A; 3TIX A; 4WAF A; 3P4Q B; 4DK5 A; 4DQO C; 4IDI A; 4DXG A; 1TBE A; 4PS7 A; 5IA7 A; 3FC4 A; 3A9J B; 1NEK B; 2FAZ A; 3B9J A; 1Y56 A; 4S0R A; 1XQQ A; 3W2D A; 1FXA A; 3UGB B; 2KAJ A; 3UIN B; 1JCK B; 2KQ7 A; 1XD3 B; 4F1S A; 4TSS A; 4N6E B; 1L0X B; 2WXO A; 4PS8 A; 3J9C A; 2BGF A; 4IM3 A; 3VXW A; 3KUC B; 2VZK D; 2LXA A; 4EZJ A; 4NQK E; 2N7J A; 2WXI A; 1RM6 C; 4GB9 A; 2KMM A; 4W9G A; 3DWG C; 3LYY A; 2DZM A; 4MGY E; 1JWM D; 2C5L C; 2DNF A; 2WXG A; 4HPM B; 4OW0 A; 1A5R A; 1ZOY B; 2IO2 B; 4LNF A; 2XN9 C; 5G5G A; 2KWD A; 3M62 B; 2WXF A; 2CU1 A; 1E8Y A; 2KWU B; 2BF8 B; 2L05 A; 2W3R A; 4GXB A; 3IT4 B; 1ACC A; 2AWT A; 2H89 B; 1KM7 A; 1E8W A; 1SE2 A; 1V9J A; 3N1Z C; 2IGG A; 3X0W A; 3I9V 1; 2JWZ A; 3W9C B; 2KYW A; 2KLG A; 2LRU A; 3E9S A; 3GB1 A; 2BB5 A; 1YQB A; 4DDG D; 2QEJ C; 4IM2 A; 3ZJU A; 2MBO A; 4URK A; 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