The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
|
sequence length |
56
|
structure length |
54
|
Chain Sequence |
DTYKLILNGKTLKGETTTEADAATAEKVFKQYANDNGVGEWTYDDATKTFTVTE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Protein-like Tertiary Folding Behavior from Heterogeneous Backbones.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
De novo protein
|
| molecule keywords |
Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-
|
| total genus |
16
|
| structure length |
54
|
| sequence length |
56
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-04-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01378 | IgG_binding_B | B domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1GB4 A; 2LUM A; 2I2Y A; 1K51 A; 2IGH A; 1FCL A; 2GB1 A; 2PTL A; 4OZA A; 1QKZ A; 2IGD A; 3GB1 A; 3FIL A; 4OZB A; 4KGS A; 4IOI E; 3UI3 A; 2I38 A; 1MHX A; 2JXT A; 2QSD A; 2J52 A; 2JSV X; 1MVK A; 2N9K A; 4MAC A; 5HI1 A; 5BMG A; 1YMH E; 5HHD G; 4HKZ E; 1K52 A; 1C9F A; 3V3X A; 1D4B A; 5JXV A; 5BMH A; 1XF5 L; 2LHD A; 4KGR A; 5HFY A; 1MPE A; 2ON8 A; 1ZXH A; 1MI0 A; 1IGC A; 1P7E A; 1MHH E; 2J53 A; 2NMQ A; 2ZW0 A; 2ZW1 A; 4WH4 A; 3FIL B; 1IBX A; 2JWU A; 1KH0 A; 1UWX A; 2KN4 A; 2OED A; 1PGB A; 2LHE A; 1K50 A; 2KDM A; 1EM7 A; 1XCQ L; 2K0P A; 1K53 A; 4HJG E; 1JML A; 1XCT L; 2RMM A; 1F2R I; 2PLP A; 4GLS C; 4IKG A; 1IGD A; 2QMT A; 2JU6 X; 2EEL A; 1FCC C; 2LGI A; 1PGA A; 2KAC A; 1HZ6 A; 2N9L A; 2KWD A; 4D2K A; 5HG2 A; 2ONQ A; 1Q10 A; 1GB1 A; 2IGG A; 2JZP A; 1IBX B; 4KGT A; 1P7F A; 1PGX A; 2KQ4 X; 1FD6 A; 4OZC A; 2PW9 A; 2GI9 A; 1HZ5 A; 2RPV A; 1F2R C; 5BMI A; 1YNT E; 2N7J A; 1HEZ E; 3MP9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5DCN A; 1YX5 B; 2IGH A; 4E74 A; 3ENE A; 3ZRF A; 2PPH A; 4AOF A; 4BVU C; 4IM2 A; 3DCG A; 1WJN A; 1MVK A; 2D3G A; 1TZ1 A; 3JSV A; 2K22 A; 3QX1 A; 2ZNV C; 4ACF A; 1NI2 A; 4WWN A; 1XO3 A; 1C9F A; 4M0W B; 2LJI A; 1J7A A; 4K1R B; 3MC8 A; 1JRP A; 2PIA A; 3AEF B; 3MHZ A; 4YTP B; 2BS4 B; 3LDZ E; 3AEB B; 1JQ4 A; 2NBV B; 4BZA A; 3P4R B; 1TY0 A; 2WXO A; 2JF5 A; 3WAN A; 3N30 A; 2BF8 B; 2KDM A; 2KJR A; 3R7R A; 2LWP A; 3NUH B; 5LXH A; 2MW5 A; 2N4F A; 2CKH B; 4ZYN A; 2JPH A; 1T0Y A; 4KVG B; 4GDL B; 1HTO A; 3BYT B; 1DOY A; 1C4P A; 3Q2A C; 1T0R C; 1TS5 A; 5FR3 A; 2IDY A; 1N6Z A; 2DAJ A; 1T6B X; 1QOA A; 3Q3N C; 1WM2 A; 4BKT A; 1P1A A; 2WLB A; 4ASW C; 2Y5B B; 3GP7 A; 3DPD A; 3SFE B; 1FO4 A; 3HM6 X; 3K9P B; 2Z0E B; 2DAF A; 3NY5 A; 3PS6 A; 2JUO A; 3NS1 A; 4EZL A; 1QT9 A; 2V3P A; 4P7I A; 1GPX A; 1F2R C; 1Q1O A; 2DNF A; 4EFO A; 2V4L A; 4RM9 A; 1SF0 A; 1WY8 A; 1YN5 A; 3ZXV A; 3AE9 B; 1F0Z A; 4MDK E; 4LNO A; 1V1P B; 1VZ6 A; 2IY1 B; 3ONS A; 1ZE3 D; 1QKZ A; 3DVG Y; 4G3X B; 5DPR A; 2NTS A; 2I38 A; 3AXC A; 3OJ3 A; 3N1Z C; 4KIK A; 1UNS A; 3VTW A; 1LFD A; 1IP9 A; 1KOT A; 4XZ4 A; 3ZO5 B; 4HKZ E; 5D6J B; 2MCN B; 1SE4 A; 3J9C A; 2KNB A; 1LXD A; 4K3C A; 5HFY A; 4F7Z A; 4LDT B; 5BYS A; 1LGR A; 2MRP A; 4A8X C; 2ZW0 A; 3DHI C; 4BBN C; 5AUK A; 4GB9 A; 2WDQ B; 3R8B A; 1IBX A; 2D07 B; 3P1M A; 5EE9 A; 3FKY A; 5JZE B; 2V3N A; 4A55 A; 3JSV B; 5L83 A; 5MPO A; 1T5X D; 1V81 A; 2WYQ A; 3ZKJ C; 3EFU A; 4NZL B; 2LVP A; 4KDI C; 3QAQ A; 3DWG C; 1RRB A; 4FBJ B; 1SEB D; 2M8S A; 4XYC A; 2JXX A; 1GAQ B; 4NPN A; 3Q6B A; 1WJ4 A; 1I4P A; 2DEN B; 1UZX B; 3Q14 C; 4TV3 A; 1L5P A; 3U7Z A; 4KSL C; 1OEY A; 2G9H D; 4D2K A; 1RLF A; 2ZNV B; 3KUC B; 4NJ6 A; 2DYB A; 3Q3F A; 3D32 A; 1P7F A; 4M00 A; 2MH7 A; 3KUZ A; 2D10 A; 2RPV A; 3N1Y C; 1JWM D; 5BMI A; 3C19 A; 2KDE B; 2KQS A; 5IKC M; 2WXR A; 2J0J A; 4X57 B; 1F1H A; 1T3Q A; 2YEP F; 2IYD B; 2WXF A; 1K51 A; 1QLB B; 4OW0 A; 1FEH A; 2WXN A; 3H9D A; 2W54 A; 3JYU A; 5H92 C; 5E6J A; 4HCP B; 4G11 A; 1MHX A; 3I5J C; 4ZYS A; 2AWT A; 2RR9 A; 2JSV X; 2K1F A; 1L6U A; 1OQY A; 2KK8 A; 1KLG D; 1TGZ B; 2G4S A; 2L0T A; 3AH7 A; 1N61 A; 2BYE A; 2KO3 A; 2KJ6 A; 4ICV A; 3Q8A A; 1LO5 D; 1VD2 A; 4YSY B; 2WX1 A; 2DHZ A; 4US8 A; 3MC9 A; 1TZO A; 2CHW A; 1J19 A; 2WWZ A; 1MI0 A; 3VUW A; 1FMA D; 4MEM A; 2JVC A; 1BML C; 1P9D U; 1XLO A; 2MBB B; 1VJK A; 2DZM A; 4E71 A; 4EEW A; 3TIX A; 2BKF A; 1Y8R C; 3L0W B; 4NQL B; 1FIQ A; 1J8C A; 3VAW A; 3PRZ A; 3SEB A; 3SR6 A; 4KIK B; 2KWC A; 1E90 A; 4GU2 A; 2V1Y A; 2FCS A; 2L7R A; 4JPS A; 3GOE A; 1CZP A; 2MJ3 A; 1FFV A; 1WXV A; 2QIL A; 4WJN A; 3PHX B; 4AQ7 A; 2INN E; 1BUI C; 4KX6 B; 2BVC A; 3AEC B; 1A5R A; 1JWA D; 4DHJ D; 4GSW A; 1GB1 A; 1IBX B; 4KGT A; 5D2M B; 3WAL A; 4RGO S; 2WXK A; 3B1L X; 1WR1 A; 4ICU A; 3TJP A; 3U8Z A; 3P63 A; 3EFC A; 3Q3M C; 4EKU A; 4TQ1 A; 1CJE A; 2KXJ A; 3IAM 1; 3RMK C; 4GGQ A; 1YJI A; 3B2G A; 4J3O D; 1JCK B; 1HEZ E; 1DOI A; 4ZRK A; 1FNV A; 1N60 A; 4WJO A; 3AB5 A; 4C00 A; 2HE7 A; 4A6Q A; 3AE2 B; 1V9J A; 1YJ1 A; 3ZVV A; 3CSF A; 3FIL A; 1ZGU B; 3APC A; 1E7U A; 3H8H A; 1V2Y A; 3ABV B; 1EO6 A; 3L54 A; 3URY A; 2M0A A; 3IT4 B; 1VR9 A; 3AEG B; 3UIO B; 2XBB C; 2FIF A; 4JE3 B; 5D3D A; 3ALB A; 1K52 A; 4M8M A; 2DYM A; 1D4B A; 2BGF A; 4W9G A; 3C0R B; 1WXA A; 1SXT A; 1WRD B; 2KTR A; 5CHF A; 2K39 A; 5EE1 A; 3QK0 A; 1B1Z A; 3QQ8 B; 4LJP B; 3CMM B; 5C23 A; 2WXJ A; 2YVC A; 3RNC C; 2Z8L A; 2KFK A; 1EWC A; 3RPF C; 1K53 A; 2C5L C; 1XLN A; 3FC4 A; 3NRZ A; 3HUI A; 3MHS D; 4HPL B; 3PRM B; 4II2 B; 3X0W A; 3H7P A; 4WQO B; 3AN1 A; 1WGH A; 3WAO A; 2MA9 B; 2GLS A; 5IAA C; 3EEC A; 3B08 A; 4LNF A; 4FA6 A; 5IP4 D; 2PW9 A; 2HTH A; 3ZTD A; 3WAP A; 3KYD D; 2KOX A; 2JZZ A; 2KT7 A; 4PYZ A; 2BYV E; 3VRB B; 1ZP0 B; 3MP9 A; 1V80 A; 5G2N A; 3MFG A; 4K7W A; 3P42 A; 4CYE A; 2QC8 A; 3M3J A; 3BIN A; 3AV8 A; 2PTL A; 4WWM A; 2WP9 B; 1MG4 A; 1V49 A; 3VUX A; 4M8N A; 2RDB C; 3ZRC A; 2VH2 A; 2JX5 A; 3BYY B; 4BKS D; 2UWQ A; 4B0E A; 2HD5 B; 1D3Z A; 4M0W A; 4G50 A; 2LGY A; 2N9K A; 5EDS A; 1WFY A; 3GS2 A; 1WJU A; 1YQ4 B; 5AEK B; 2PVO D; 2MSE D; 1HA5 A; 4B9K A; 3Q8B A; 2RPQ A; 4ANW A; 4DK5 A; 3PLV A; 5EE0 A; 4C80 A; 2X38 A; 3KUD B; 2FNJ B; 1QOG A; 2LUE A; 4HRS A; 1KTK A; 3FIL B; 2KC1 A; 5CHW A; 5HKH A; 2W3R A; 3B2F A; 1K50 A; 4GDL A; 4WJP A; 4C4V B; 3P4P B; 1RFA A; 1T0Q C; 3W1S C; 3DBR I; 4GOC A; 5KHQ A; 4PK1 A; 1V86 A; 1VRA B; 2Y5C A; 2L52 A; 2NPT A; 3PO0 A; 1GC7 A; 4EZJ A; 2G3Q B; 3AU5 A; 2CS4 A; 4RNA A; 1V5T A; 1NBF C; 3W1S A; 2KHW B; 5C2T B; 2NVU I; 3ZLZ A; 2L00 B; 3R2T A; 2NCN A; 3TEZ A; 1I4H A; 5DPT A; 3UIP B; 1PGX A; 1UEL A; 2AX5 A; 4DWF A; 3ML8 A; 2KFK B; 2KMM A; 5C1Z A; 2HJ8 A; 2J4X A; 5J18 A; 3V61 A; 1C77 A; 4S0R A; 1YNT E; 1V1P A; 1NVI D; 4BKS A; 4NY0 A; 2MLB A; 1TIF A; 1ESF A; 3DVN U; 2C9W B; 1Q5W B; 4PS3 A; 2J0M A; 2GB1 A; 3KQ4 A; 4ANU A; 3H7P B; 1I35 A; 1TKE A; 3DBS A; 3R3M A; 4W9F A; 1PYW D; 4M02 A; 1V1O A; 2IO2 B; 3TCA A; 3BWU D; 3X23 A; 2MQJ A; 5HHD G; 2A5U A; 2KDB A; 2QEJ C; 2B76 B; 1XF5 L; 2FCN A; 3VFK A; 3ECI A; 3C8Y A; 3SHQ A; 2XEW A; 5GMV A; 3V05 A; 4DXA B; 1TBE A; 3B9J A; 1JWU D; 1RWS A; 2WXQ A; 4EE2 A; 3W2D A; 2RSU A; 2KTF A; 4FAD A; 1D6E C; 3RUI B; 1WR6 E; 5G5G A; 2JWU A; 2FUH B; 4ZRJ A; 3VTU A; 1SE3 A; 3VHT C; 1E8W A; 3ZQ4 A; 3NZU A; 3QA8 A; 3IAS 1; 1F2R I; 1KJT A; 2ACZ B; 3KWV A; 1EU3 A; 3AED B; 2WDR B; 3AE3 B; 4DHZ E; 3Q3O C; 3IVF A; 2FE8 A; 1PDX A; 4JX1 C; 4YTN B; 2RGF A; 2L76 A; 4TUU A; 3RFZ B; 1XLP A; 2NS5 A; 3JW0 X; 3Q8F A; 4HDQ A; 3UF8 A; 1WH3 A; 1YN3 A; 1Q10 A; 2D3A A; 3RZF A; 1QF6 A; 4L23 A; 2M19 A; 2INP E; 5DPW A; 4OZC A; 1XLQ A; 2RDG A; 1Z5S B; 3DOW A; 1FNW A; 2KFJ A; 1ZPS A; 3ZXR A; 3MC0 B; 3VDZ A; 1KLU D; 2NPT B; 3ZJU A; 4XX5 A; 2K8C A; 2M0X A; 3NVV A; 4NAW A; 2HTM E; 5JH5 C; 1E10 A; 2LFI A; 5IOI A; 1IYF A; 1JRO A; 2QIE B; 3TL5 A; 3CST A; 2C60 A; 1UWM A; 3AEE B; 2IGD A; 5G5H A; 1S1Q B; 2K8B A; 3TEW A; 1L4Z B; 2QSD A; 4LLG M; 3LYY A; 4A20 A; 4CO7 A; 3SU8 X; 3DWM A; 3PHW B; 4YT0 B; 2V0G A; 3IHP C; 1UD7 A; 1WXM A; 1ISN A; 1EWY C; 3AU4 A; 4CHK A; 4IC7 B; 2FAZ A; 1C4A A; 2E3T A; 2WQY B; 4DDG D; 4WAF A; 3A9K B; 4JQW C; 2H89 B; 5I4D A; 5AZG A; 2ZW1 A; 4N6E B; 3T8M A; 2OED A; 2GBJ A; 1WF9 A; 1R4M I; 4YXD B; 3CF6 E; 2KN5 A; 3PSE B; 1WGK A; 5AZF A; 2CHZ A; 5CHV C; 4JGH B; 1PUT A; 3DBR B; 3TMP B; 1CQV A; 4RGT A; 5G55 A; 1H4R A; 1WXS A; 2LGD A; 2GBN A; 4MGY E; 3MJ5 A; 1WI0 A; 3A4R A; 1WX8 A; 1RYJ A; 4RH6 A; 3DBH I; 2WU5 B; 1YN4 A; 2D3B A; 1L0Y B; 4W9H A; 2HJ1 A; 4HRO A; 1WXQ A; 1WSP A; 2XNA C; 2KJH B; 4KSK C; 1EF1 A; 2JT4 B; 3A9J A; 4MH8 A; 3TBL D; 4BFR A; 2QJL A; 1AW7 A; 3BII D; 3NZS A; 4B6W A; 1C3T A; 4KKI A; 2I1K A; 4M01 A; 2R61 A; 3WA0 A; 2FCM A; 3GZN I; 2N9E B; 4L2Y A; 2EKI A; 4WJQ A; 2KWV B; 2Y5P A; 2PVG C; 2JRH A; 3U7D A; 4A3O A; 1J7C A; 2DYO A; 4W9I A; 3U52 E; 3VUY A; 2PEA A; 1V97 A; 1Y56 A; 3WIM A; 1WIA A; 1ZDX A; 2XK5 B; 3V6C B; 5IA7 A; 3PLU A; 4XC2 A; 5BO4 B; 2J52 A; 3DBL I; 3DVG X; 2LMC A; 2YLM A; 3AE5 B; 5BMG A; 3O13 A; 3NG0 A; 1AWD A; 2WX0 A; 2WGS A; 1K8R B; 1DGJ A; 3KVF B; 3L08 A; 2VH1 A; 1OGW A; 5E6N A; 4NAW B; 3VTV A; 2WU2 B; 2DZJ A; 4IWP A; 4B0M A; 2MWS B; 2KVR A; 4OHJ A; 4AP4 C; 2FBW B; 3OG5 A; 4TSS A; 3Q69 A; 1EU4 A; 3PPA A; 4XGA B; 4WWO A; 3EUB 2; 2KD0 A; 3L4P A; 1R7S A; 2LVQ A; 2BB5 A; 1E9M A; 3L13 A; 1AAR A; 1UGJ A; 4IKG A; 4GMV A; 3RI7 C; 2NBU A; 1FCC C; 4OVU A; 3N20 C; 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1MFW A; 1J0G A; 1WZ0 A; 3UQA A; 2IGG A; 2JZP A; 1RM6 C; 1ZOY B; 3ZW3 A; 4JWS C; 2BYF A; 2ICI A; 2LD9 A; 3DBH B; 5BYQ A; 5AUI A; 4LNN A; 4WIP A; 4FHJ A; 3GE3 C; 4MJS A; 2Y3A A; 4XDC A; 4ZHO A; 4TMA B; 3ZDT A; 1C78 A; 3GZN B; 2XN9 C; 3Q8C A; 5C3J B; 2O6V D; 4OZA A; 2ZCB A; 3PZD A; 2C7M B; 4OZB A; 3ZNI D; 1WE7 A; 4KZC A; 3WAM A; 3IFW B; 3I63 C; 4GXB A; 2LAS A; 3LXF A; 2D2Q A; 1I42 A; 1JWS D; 2W3S A; 3DBL B; 4RF1 A; 3AE7 B; 2MP2 B; 3QAR A; 4HEA 1; 1MPE A; 4LNI A; 1E8Y A; 1D5Z C; 3DVN V; 3VXW A; 4NJ7 A; 3A4S C; 1SJE D; 3APD A; 4MGZ E; 1ROE A; 3LB8 C; 3O65 B; 3CWI A; 1PGB A; 4IDI A; 5DPS A; 3R66 C; 4REZ A; 3RNG C; 4FJV B; 4WAA A; 1JRU A; 1JW9 D; 1NEN B; 2L0F A; 3L10 B; 2PJH A; 1N5X A; 2KDI A; 1ZKH A; 2QMT A; 3OJ4 B; 1OEY J; 1C79 A; 2LRU A; 2LXA A; 2MJD A; 5LNK 1; 1E5W A; 2ZPY A; 2ZVO A; 4N59 A; 5HG2 A; 4C7Z A; 5JHA A; 4N9F 4; 1TY2 A; 2ONQ A; 2MBE A; 4FJZ A; 4NNJ B; 4C56 C; 4YSZ B; 1FPY A; 1SB3 C; 2IY0 B; 3KH0 A; 3N32 A; 4CQN A; 1ET6 A; 4YTM B; 3ZJV A; 3QWZ B; 2IJ0 A; 3M95 A; 5E6O A; 1C4C A; 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