The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
|
sequence length |
50
|
structure length |
50
|
Chain Sequence |
KFWATVESSEHSFEVPIYAETLDEALELAEWQYVPAGFEVTRVRPCVAPK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Phage T7 Gp2 inhibition of Escherichia coli RNA polymerase involves misappropriation of sigma 70 domain 1.1.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
|
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
8
|
| structure length |
50
|
| sequence length |
50
|
| chains with identical sequence |
N
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-07-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| M | PF16857 | RNA_pol_inhib | RNA polymerase inhibitor |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2WNM A; 4LLG M; 2LMC A; 4LK0 M; #chains in the Genus database with same CATH topology 3B2G A; 1ZGU B; 3CIR B; 1ISN A; 2GBK A; 1HXY D; 2GBN A; 1NI3 A; 2KTR A; 2KMC A; 2LRW A; 4WQM A; 3NVZ A; 3BY4 B; 3N1Z C; 2L05 A; 2K25 A; 1WE7 A; 3GZN B; 3PGE A; 3JYU A; 2O2V B; 3AB5 A; 1HE8 A; 3IT6 B; 3SFE B; 5G5H A; 4URK A; 1L6U A; 2H89 B; 4G11 A; 1N5X A; 2HE7 A; 3RPF C; 3QJZ A; 2RR9 A; 1E0Z A; 1YD8 U; 1UWX A; 3B9J A; 2G3Q B; 1QIL A; 1V6E A; 1OQR A; 3SR6 A; 2LFI A; 4IUM B; 5JXV A; 4GU2 A; 3EA6 A; 4K81 A; 3MP9 A; 4ANW A; 3NY5 A; 2PPH A; 1C77 A; 2KWC A; 2KWV B; 2RDG A; 3MC0 B; 2M17 A; 4N59 A; 2QIE B; 2FCS A; 1IGC A; 3VAW A; 4PYU A; 2K22 A; 2M4N A; 2V4I B; 4JPS A; 1T0Y A; 3TSS A; 2PTL A; 4B9K A; 1KLU D; 2WXM A; 2WXP A; 2KDB A; 4DHJ D; 3V62 A; 3AI5 A; 5D2M B; 4ICU A; 4ZYN A; 3B1L X; 4XYC A; 3PZD A; 4B6W A; 4AWJ A; 4OZA A; 3LB8 C; 2QCZ A; 1UGJ A; 1GC7 A; 2AQ3 B; 1Q5W B; 1TY2 A; 1V1P A; 3VRB B; 2GB1 A; 4M8M A; 2KLG A; 4K3B A; 1VCB A; 4KDL B; 4W9C A; 4L1B A; 2WDT B; 3L10 B; 4DBG A; 4EFO A; 2GRI A; 2KQS A; 3IHP C; 2K8B A; 3ZQ4 A; 4IKG A; 3EC8 A; 5IA7 A; 2MWS B; 4F1S A; 4TMA B; 2VRR B; 4PS7 A; 2KAC A; 3OAW A; 3DHH C; 3C0R B; 4KKI A; 1J7A A; 1F52 A; 1CMX B; 3JW0 X; 1K53 A; 1VZ7 A; 2JQR B; 2I38 A; 1GPX A; 2QSD A; 2ZPY A; 3DVG X; 1PFD A; 2INP E; 3PTF C; 3MJ5 A; 3WA0 A; 3V6E B; 1UNS A; 4ZRK A; 1GB1 A; 1XF5 L; 1E8W A; 4W9I A; 3MHS D; 5EE1 A; 3Q8F A; 1VLB A; 4NQK E; 2PKO A; 1UWM A; 2KDM A; 2XK5 A; 1WXV A; 4EZL A; 2LXC A; 3L17 A; 2RSU A; 1FNV A; 3WIM A; 4G50 A; 1KOT A; 2SAK A; 3QC8 B; 3V60 A; 4KGT A; 1V97 A; 3HVD A; 3GOE A; 3UF8 A; 3PSE B; 2IO0 B; 1QOG A; 5BMG A; 4NNJ B; 3NZS A; 3I9V 1; 1I4Q A; 4MGI E; 3B08 A; 5GMV A; 3T3O A; 2M1M A; 3ZNG C; 2KDF B; 2N0S B; 4A3P A; 4OVZ A; 1N62 A; 3OG5 A; 2AX5 A; 3KYD D; 2DZK A; 4J6I A; 1X1M A; 4ZYS A; 4RGN A; 1FRR A; 3AEA B; 2IZV B; 1WXS A; 1WJN A; 2WDV B; 3IFW B; 1E9M A; 1WRI A; 3AU5 A; 1MHX A; 1I4H A; 5D94 A; 3L08 A; 3MC8 A; 4DDG D; 2DBY A; 1SE2 A; 1DYQ A; 3KWL A; 2XEW A; 1XO3 A; 1T6B X; 2ZW0 A; 4JIO U; 2HJ8 A; 3AE6 B; 1E6E B; 3N9Y C; 4RMA A; 4G0N B; 4ZDV A; 4YTM B; 3SHQ A; 2YVC A; 1DOY A; 3H7S A; 3Q8B A; 2JRI B; 2C60 A; 2XBB C; 4DK5 A; 3AMZ A; 1JW9 D; 4MEM A; 4EOY A; 4X57 B; 2KTF A; 4HPM B; 4TUU A; 2IGH A; 2HTH A; 4GIV A; 4R3D A; 3Q2A C; 2MBB B; 4GN1 A; 3H7P B; 2G9H D; 2LUM A; 1V80 A; 2IJ0 A; 4M02 A; 1SXT A; 1EM7 A; 3AEF B; 3SFD B; 1FD6 A; 4DDI D; 4AS1 A; 2KO3 A; 1VZ6 A; 1GOZ A; 2LGY A; 3A9J A; 1L4Z B; 3N32 A; 3L16 A; 4AOF A; 3U4E G; 5FR3 A; 2L52 A; 1LM8 B; 3VUW A; 5BMI A; 3VR9 B; 2LVQ A; 2KD0 A; 3R7Q A; 4ZHO A; 1SBB B; 2E6X A; 3ZIM A; 2PIA A; 5TSS A; 3MTN B; 3H6N A; 3RZF A; 2V9H A; 2WXO A; 3ALB A; 3B0A A; 3Q6B A; 4H2A A; 3J9C A; 3DBL I; 3QQ8 B; 1VJK A; 3P2B A; 2RPQ A; 2AL3 A; 2AQ2 B; 1V81 A; 4USA A; 3CSF A; 2RDH A; 2IO2 B; 2DZJ A; 1DOI A; 2J4X A; 2M0A A; 1WGR A; 4W9E A; 2FE8 A; 2KZR A; 4LCD E; 4NAW B; 1MFW A; 2ASQ A; 1FFU A; 2DNF A; 3NZ3 A; 1SE4 A; 1XXG A; 5LLI A; 4LNF A; 3L4P A; 3HM3 A; 2K9X A; 3U7D A; 4GSW A; 2BYE A; 4E71 A; 3AED B; 1QLB B; 4BZA A; 2BW2 A; 2LRU A; 2KJR A; 3GB1 A; 1JQ4 A; 1Q10 A; 2FCQ A; 1Q0W B; 3E56 A; 4WQO B; 1AYF A; 2WHI A; 2CR5 A; 2EEL A; 4DXF A; 2JU6 X; 1WJU A; 1YIW A; 4BKT A; 2N9E B; 2ZCC A; 2PJH A; 1TZO A; 1JRO A; 5IOI A; 5D7G A; 3W5U B; 3DBR I; 1PDX A; 4XC2 A; 1JWA D; 1EU4 A; 1MVK A; 2RGF A; 4IWP A; 4A6Q A; 4I6P A; 1SIF A; 3MC9 A; 4RM9 A; 1KFY B; 3VR8 B; 2JVC A; 1K50 A; 4YSY B; 1QKZ A; 2KVZ A; 1JAL A; 2PVG C; 2WU5 B; 5MPO A; 2KDI A; 3FIL B; 2Y5P A; 4XWT A; 3EFU A; 2WXN A; 1TS5 A; 1Z2M A; 2Y5C A; 4IW0 A; 4HEA 1; 4WWO A; 2FUG 1; 4FN2 A; 4AJY B; 2JRH A; 1AWD A; 3QWZ B; 2MX2 A; 4KVG B; 2C7M B; 5EE9 A; 1R4M I; 5C3J B; 1VR9 A; 1V9J A; 2KJ6 A; 2WXF A; 3VHT C; 2LGX A; 1YN5 A; 4YSX B; 2IBI B; 3ZW3 A; 2JF5 A; 1WMH B; 1XLO A; 1D6E C; 4WAF A; 4KSK C; 3PZ7 A; 3SDL C; 3RCZ A; 2WDR B; 4ICV A; 4REZ A; 3P63 A; 3SU8 X; 3I57 A; 5J17 A; 5G2N A; 1JRU A; 2N1W A; 4YTP B; 1WM3 A; 1L7Y A; 3RZW C; 1IBX A; 4RM8 A; 4B95 A; 1XT9 B; 4IM3 A; 4W9G A; 1WSP A; 3KYC D; 2IO1 B; 1AN8 A; 3ECI A; 2FID A; 3EHV A; 2JWZ A; 3LJ3 A; 3VTV A; 4FA6 A; 1ZKH A; 4DHJ B; 3L0W B; 3M63 B; 2K3U A; 2KXJ A; 1LGR A; 4KZ0 A; 4NJC A; 4C4V A; 4XZ4 A; 2BT6 A; 4O1N A; 5G55 A; 2I2Y A; 1DOX A; 4N58 A; 5J18 A; 2N9K A; 2ZEQ A; 3X0W A; 4ZRI A; 2JT4 B; 3NZU A; 1LXD A; 4LNK A; 2MQJ A; 1E7V A; 1UD7 A; 1I4P A; 2L7R A; 1KLG D; 3DWG C; 3U30 A; 4D2K A; 1FCL A; 1AAR A; 4BVU C; 3AM9 A; 1I7H A; 2LGD A; 1FXA A; 2NBW B; 3PRZ A; 2AQ1 B; 4G3X B; 3VRA B; 1FRD A; 4B0E A; 2NTT A; 3ZDM C; 2Y3A A; 3RUI B; 1N61 A; 1JWS D; 3Q8C A; 5BYS A; 1F1H A; 3P4S B; 4OZC A; 4KSL C; 1WXM A; 2DAJ A; 3P4R B; 3ZKJ C; 2BQQ A; 4GDL B; 4UDU C; 1GNU A; 4P6V F; 3PHX B; 2R2Q A; 2KMM A; 1V1O A; 3LXF A; 2KTR B; 1XLP A; 4IWO A; 2JY6 A; 3URY A; 1WX7 A; 3LYY A; 2BYV E; 1C4C A; 1WR1 A; 2PMV A; 1YN3 A; 5BO4 B; 4EZJ A; 3EGR A; 2EKI A; 3K9P B; 3N30 A; 3RUL A; 2B3A A; 4M00 A; 2FCM A; 3IT4 B; 4JQW C; 5FK9 C; 5AZH A; 2LD9 A; 1J7B A; 1FMA D; 3H9D A; 1WM2 A; 1P7E A; 4ZRJ A; 2LAS A; 3A4S C; 4KIK A; 2DZM A; 3UQA A; 2PVO D; 2JSV X; 4XDD A; 1E10 A; 2K0P A; 3BVZ A; 2L76 A; 2WU2 B; 1GAQ B; 1UUP A; 4NPN A; 1WY8 A; 1EF5 A; 1EWY C; 4HJK A; 4A20 A; 1PUT A; 2BWF A; 5IO9 A; 4K7W A; 2BPS A; 2YLM A; 2EMS A; 4HPP A; 1I4G A; 1L5P A; 2RDB C; 2PE6 B; 1CQV A; 1WXA A; 3M62 B; 2KVR A; 2KFK B; 4DWF A; 4NJ6 A; 4HKQ A; 4FLH A; 2JXX A; 3H8H A; 3Q3F A; 4JGH B; 5AZG A; 4MH0 E; 3T8M A; 1SB3 C; 3QX1 A; 3RNA C; 2Z0E B; 4FUL A; 5BYR A; 3VXW A; 2O2V A; 1JCK B; 1NVI D; 2IND C; 1SGH A; 5EDS A; 4I6N B; 4EUT A; 3AE2 B; 4KV2 A; 1MI0 A; 3IBE A; 1ET6 A; 3RNC C; 4GDK B; 1QF6 A; 2BYF A; 2M56 B; 1FNU A; 2WDQ B; 4IG7 B; 2VH1 A; 3L54 A; 4LJP B; 2IGD A; 3B2F A; 3VTU A; 2X38 A; 1XD3 B; 4W9J A; 2WXK A; 2W3R A; 4RF0 A; 3NHE B; 5D3D A; 4FXC A; 3HRD D; 2J42 A; 1TBE A; 2J7Q B; 2NMQ A; 1KH0 A; 1JWB D; 2ZW1 A; 2WGS A; 4JX1 C; 1TS4 A; 4YSZ B; 4WH4 A; 4S17 A; 4US8 A; 2VH2 A; 1RYJ A; 1PGA A; 1RM6 C; 3PVL A; 2KAN A; 4II2 B; 5AUI A; 1T5X D; 3FKY A; 3R7R A; 3JSV B; 2AWT A; 4W9F A; 5CTR C; 1WYG A; 5FKA C; 3AUL A; 3DWM A; 1QOF A; 5HHD G; 2WNM A; 4HKZ E; 3ZRC A; 1WR6 E; 1WGD A; 3DBH I; 1C4P A; 2W9N A; 4M01 A; 1MPE A; 3DBL B; 3AE4 B; 4YL8 A; 1Y8R C; 1QZE A; 3KQ4 A; 1WGK A; 2LXA A; 5JH5 C; 2XK5 B; 4K1R B; 2A4Z A; 5CHF A; 3NRZ A; 1KM7 A; 4WWN A; 2NVU I; 3HHM A; 1NBF C; 2K5P A; 2HJ1 A; 1OQQ A; 4HRO A; 4IDI A; 2JYE A; 2CKH B; 3ZJU A; 2ZVO A; 3A9K A; 2ZZP B; 3ZTD A; 3BYT B; 1K51 A; 1OGW A; 2WLB A; 2LVP A; 3NJT A; 2MSE D; 2NPT A; 4EZK A; 2UWQ A; 4E3C A; 2KYW A; 3AEC B; 3AEG B; 1XEE A; 3KUC B; 3CF6 E; 2I1K A; 3CWI A; 3ZLZ A; 1UBI A; 3TJP A; 1TKY A; 1CK1 A; 1R4N I; 3A4R A; 1VDV A; 1FO4 A; 3KLS X; 4IM2 A; 4C00 A; 1HZ5 A; 4CYE A; 2D2Q A; 1KRH A; 1UH6 A; 4HJG E; 3DBR B; 2BS4 B; 3KH0 A; 3IVF A; 4L2Y A; 4A55 A; 1FXI A; 2BF8 B; 1C9F A; 2BKR B; 2KOX A; 2C9W B; 1YQB A; 2DYO A; 2KLC A; 4XE0 A; 2BVC A; 2CHW A; 3IXS A; 3M3J A; 3I3T B; 1I35 A; 2L0T A; 1WWT A; 2K39 A; 3BWU D; 3IG3 A; 2NS5 A; 2IO3 B; 1ZXH A; 4RCO A; 3UI3 A; 2WX0 A; 1R4M B; 4RGT A; 2DX5 B; 1UEL A; 4EEW A; 1VZ8 A; 1FXT B; 1PYW D; 2KWU B; 5LNK 1; 4ARC A; 4DHZ B; 4BOS C; 3A9J B; 1TJE A; 1ZXI A; 3ZUN A; 4YXD B; 3TEX A; 3S2A A; 4OVV A; 2LGS A; 2INN E; 2ACZ B; 3BVM A; 2K8C A; 2R61 A; 3DHG C; 4HCP B; 4JWU C; 5HKH A; 4GB9 A; 5D3I B; 3DHI C; 3BIN A; 1STE A; 3WAL A; 4YT0 B; 1LO5 D; 4DXG A; 3BK2 A; 5AZF A; 3DBS A; 5JHA A; 1H8C A; 2K1F A; 1TZ1 A; 1T0R C; 4IOI E; 1WH3 A; 2BWE S; 2C5L C; 4ANV A; 1YQ4 B; 2V3S A; 3RNE C; 3N20 C; 2AEH A; 2OJW A; 3OJ3 A; 1TIF A; 2Z0D B; 3GE8 C; 2N9P C; 2JPH A; 2MBQ A; 1RFK A; 2Z59 B; 3AE3 B; 1YQ3 B; 4C56 C; 3ZNZ B; 1YX5 B; 3QCA A; 1RFA A; 1TTN A; 1WZ3 A; 2ZJD A; 1TS2 A; 2V3P A; 4CO7 A; 2RPV A; 4MGZ E; 2BB6 A; 3IAM 1; 3UGB B; 2Z8L A; 3HM6 X; 2WXH A; 4FJV B; 2ZNV B; 3NVW A; 1ACC A; 2FUH B; 3QAQ A; 3RYT A; 2KDE B; 3TEW A; 3VDZ A; 1QOB A; 3T9L A; 2D3C A; 1GB4 A; 2LWP A; 2M19 A; 3U7Z A; 4L23 A; 4EE2 A; 4AUQ C; 3W9C B; 4GXB A; 2IGG A; 2KC2 A; 1G6J A; 1MJD A; 2YEP F; 4MM3 A; 2IYD B; 2I1J A; 1JRP A; 3AH7 A; 4JL9 A; 1F0Z A; 4MSM B; 2QC8 A; 2KNB A; 2KQ4 X; 4J3O D; 3WAM A; 1D5M C; 1UGM A; 1TKE A; 1KJT A; 1L4D B; 1CJE A; 4HRS A; 3RFZ B; 1MG8 A; 1E8Z A; 3X23 A; 4NAW A; 2QMT A; 4FJZ A; 5IN7 A; 3AU4 A; 2H88 B; 3PT2 B; 4HDO A; 1SE3 A; 1YJJ A; 1T0Q C; 2WX1 A; 2WXI A; 4ANU A; 2QDF A; 1FEH A; 1T0S C; 2O6V A; 2MCN B; 3A1Q A; 3TEY A; 5EE3 A; 2K6D B; 4PYZ A; 2MJE A; 2IY0 B; 1N63 A; 4BKG A; 2EMT A; 4PS3 A; 4WIP A; 1QOA A; 1IUE A; 1YN4 A; 1N6Z A; 2Y5B B; 4MT5 A; 4NAM A; 2IPK D; 3HUI A; 4BFR A; 1KTK A; 4YTN B; 3W5V B; 3NG0 A; 2FAZ A; 2BTE A; 4FHJ A; 2N1V A; 3AE1 B; 4NJ7 A; 2ZVN A; 1OEY J; 1JML A; 1FPY A; 3UQB A; 1IP9 A; 1V5O A; 3HK0 A; 1IBX B; 1P1A A; 3Q69 A; 2LEK A; 3BK1 A; 2J0M A; 2CJO A; 4W9D A; 2N7E A; 3FAH A; 1OTR B; 3AEB B; 2OED A; 3ENE A; 4MGK E; 2KX3 A; 2BKF A; 1QQR A; 1XLN A; 1WJ6 A; 4FBJ B; 1WIA A; 4C4V B; 2NCN A; 2BGF A; 4ACF A; 2RMM A; 4OW0 A; 1E8Y A; 1K52 A; 5T8I A; 1E7P B; 4AQ7 A; 1V49 A; 1SEB D; 2N9L A; 3ML9 A; 5LXI B; 1WMH A; 4CHK A; 3PO0 A; 3CST A; 2FIF A; 3R2I A; 4TQ0 A; 1QT9 A; 2X8X X; 3DDC B; 2MP2 A; 4HWI B; 2VZK D; 1EO6 A; 4C7Y A; 2YEP B; 4OZB A; 1LQB A; 3ZNI D; 3WAO A; 2CJN A; 1MG4 A; 3L13 A; 3RMK C; 5JZE B; 2N7D A; 3V6C B; 2LGI A; 3MHZ A; 1R7S A; 1A70 A; 3DVN V; 4ZOH C; 4IWQ A; 4LDT D; 1WYW B; 1ZDX A; 2KFJ A; 3CMM B; 2LJI A; 1E90 A; 4BBN C; 3DBH B; 5JHB A; 4IC7 B; 2HTM E; 5KHQ A; 1KF6 B; 1C1Y B; 2LVO A; 2W54 A; 4YWG G; 3TL5 A; 1V86 A; 5E6O A; 4ZRQ A; 4BAX A; 2LHE A; 2QHO A; 3APC A; 4RGM A; 4C80 A; 1F77 A; 3DVG Y; 4MJS A; 2L32 A; 4PS8 A; 4M0W A; 2O6V D; 1OEY A; 2KJH B; 4II3 B; 1TYG B; 3PS6 A; 1D5Z C; 3N1X C; 4P7I A; 1GC6 A; 1NYR A; 2W3S A; 4KIK B; 3AE9 B; 5DPT A; 2D07 B; 2JZZ A; 1B1Z A; 1BUI C; 1WGY A; 5DCN A; 3Q3O C; 2LHD A; 2MW5 A; 3DVN U; 3I5J C; 5CX3 A; 2QJL A; 1NDD A; 3EFC A; 3K9O B; 2BS2 B; 3TEZ A; 1WZ0 A; 2QIL A; 4GDL A; 3ZYY X; 5C23 A; 1E5W A; 2CHZ A; 2MA9 B; 2DHZ A; 2D11 A; 5C2T B; 1R4N B; 1Y56 A; 2M0X A; 2SEB D; 3RT3 B; 1J7C A; 2BBC A; 2A5U A; 1T3Q A; 2HDE A; 2KAJ A; 2ZPN A; 3JVZ X; 1RLF A; 3QK0 A; 3R8B A; 2D3B A; 4W9L A; 3KUZ A; 1FFV A; 1RRB A; 3RN9 C; 4ANX A; 2MLB A; 4FJY A; 4WJO A; 1IPG A; 4ZHP A; 2INC C; 2CHX A; 4HCN B; 2KN5 A; 3AV8 A; 3NVY A; 1SIJ A; 1GG3 A; 2MRP A; 4P1B C; 1V1P B; 2K8H A; 1TGZ B; 4WUR A; 3HVZ A; 1EUV B; 2JZ3 B; 2JYT A; 2GOW A; 5H8Y E; 2KFK A; 1WGG A; 2HD5 B; 1C76 A; 1DGJ A; 2L00 B; 1WRD B; 3PRP B; 1SSN A; 2C7H A; 2DWQ A; 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