The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
60
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structure length |
60
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Chain Sequence |
HHMIFKVFYQEDADEAPVREKTKTMYIEAESERDVRRKLEGRPINIEYIQPLEGAHLEYE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
epsilon, a New Subunit of RNA Polymerase Found in Gram-Positive Bacteria
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Geobacillus stearothermophilus YkzG
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| molecule tags |
Transcription
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| source organism |
Geobacillus stearothermophilus
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| total genus |
9
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| structure length |
60
|
| sequence length |
60
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-11-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4NJC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4HDO A; 1YQ4 B; 5CHW A; 4I6P A; 2FUH B; 2KWV B; 1FEH A; 2MBH A; 2D3G A; 3N3K B; 1XLQ A; 5D3D A; 4NNJ B; 4PYZ A; 3RNG C; 1WGG A; 1YN4 A; 1PGB A; 2K39 A; 3H9D A; 2KMC A; 3SFD B; 3H7P B; 1J19 A; 2G1E A; 4G50 A; 3Q3M C; 4WWN A; 5AZF A; 3PRZ A; 2WXF A; 3ZJT A; 4W9K A; 2KC1 A; 1D4B A; 4K81 A; 1TGZ B; 1P0R A; 3JW0 X; 2KJR A; 2WP9 B; 3PS6 A; 1UBI A; 2LHD A; 3PPA A; 3OLM D; 2GRI A; 2QJL A; 4GGQ A; 2Z0E B; 3DPD A; 3KLS X; 4K7U A; 4NPN A; 1WX7 A; 1I7H A; 3DVN V; 2JT4 B; 4BKG A; 1E7V A; 1OFF A; 4LNO A; 1GC6 A; 2LGD A; 1OTR B; 1YNT E; 4OZA A; 4IUM B; 1VLB A; 3VR9 B; 3L10 B; 2DZM A; 5BMG A; 4RGM A; 2BYV E; 2KDI A; 1D5Z C; 4LNK A; 2BGF A; 2WNM A; 1GJZ A; 3VR8 B; 2EMT A; 3A4S C; 1LO5 D; 1L6U A; 4G0N B; 4BOS C; 2LEK A; 2QDF A; 2MLB A; 4NAM A; 3QAR A; 1SEB D; 3AU5 A; 4F8C B; 2VZK B; 3ZVV A; 3WIM A; 4B95 A; 2RDG A; 5C2T B; 2PTL A; 1J8C A; 1FM0 D; 1ZDX A; 2ZJD A; 3BIN A; 2ZNV C; 1SIF A; 3N20 C; 4YSY B; 4A3O A; 2GOW A; 2R61 A; 4C00 A; 1QIL A; 4EFO A; 1QKZ A; 3QC8 B; 2L76 A; 1TZ1 A; 3N9Y C; 1UUP A; 4US8 A; 1GC7 A; 4XZ4 A; 2WLB A; 1V5T A; 3ZLZ A; 1Q0W B; 2WS3 B; 2N1V A; 1R4N I; 1OEY A; 1GUA B; 2KDE B; 2MBE A; 4FJZ A; 2INN E; 2G3Q B; 2LUE A; 3HVZ A; 3HUI A; 1ET9 A; 2N7E A; 4XX5 A; 2OOB B; 2CJO A; 2EKE C; 5I4D A; 4IM0 A; 3I9V 1; 1Y56 A; 5AUK A; 1AN8 A; 1YIW A; 4K7S A; 1PGA A; 1OEY J; 1V97 A; 3U7Z A; 3DDC B; 3DCG A; 2GBN A; 1XLP A; 3TIX A; 3SEB A; 5CTR C; 2BBC A; 4B9K A; 4HRS A; 1IPG A; 3MJW A; 2FNJ B; 2K3U A; 1WXA A; 1WSP A; 1Y8R C; 3RZW C; 3ZO5 B; 4MH0 E; 3H7S A; 3GS2 A; 4MH8 A; 2N7D A; 4MGK E; 2KVZ A; 3IAS 1; 1WZ0 A; 4GB9 A; 2JY6 A; 1YMH E; 3W5V B; 1A70 A; 1HXY D; 1QLB B; 2BB5 A; 2BYT A; 1ZXH A; 3IXS A; 3A9J A; 3ZRC A; 1HZ6 A; 4JL9 A; 2AX5 A; 1RAX A; 3Q8C A; 1MJD A; 2V4L A; 3APF A; 2XNA C; 4YSX B; 2DYO A; 4N58 A; 4E3C A; 4TMA B; 2SAK A; 3LDZ E; 1QOA A; 1XF5 L; 3UF8 A; 2MQJ A; 3VUX A; 2J0M A; 1UF0 A; 3KH0 A; 1VR9 A; 2AYO B; 2L83 A; 1TS3 A; 2V3S A; 4WQO B; 1TKY A; 4ZOH C; 2TSS A; 1XCQ L; 1EF5 A; 5C1Z A; 4C7Y A; 3HIZ A; 2L00 B; 2K8B A; 3QJZ A; 1SXT A; 2HTM E; 2KWC A; 1XT9 B; 2JPH A; 3W1S A; 4GN1 A; 3IT4 B; 5FK9 C; 3ZXR A; 1FCL A; 4WJN A; 4TKN A; 4DDG D; 2ZVO A; 4ZYS A; 2J52 A; 1M94 A; 1MPE A; 4WQM A; 1E8Y A; 1T0Y A; 2BKR B; 2EMS A; 3AE5 B; 3VTV A; 4GDK B; 3HM3 A; 2MSE D; 2KX0 A; 2EKI A; 1N5X A; 3S2A A; 1N60 A; 4RGN A; 1DOY A; 4I6L B; 4I6N B; 3Q6B A; 1TS5 A; 2RDB C; 1TIF A; 3FIL B; 4FN2 A; 5BMI A; 1TS4 A; 2X38 A; 1F52 A; 3MHZ A; 3ABV B; 4M0W A; 2DNF A; 4FHJ A; 1V81 A; 3A9K A; 3DBL B; 1Q5W B; 1V5O A; 3QIJ A; 1Z5S B; 2MBB B; 2CJN A; 1YJI A; 3ONS A; 1WX9 A; 1MI0 A; 1WXM A; 1FO4 A; 3KWV A; 1JWM D; 3ZNI D; 1F0Z A; 4BOZ B; 4BKS A; 3DBR B; 1DGJ A; 1ZUD 2; 5T8I A; 2BKF A; 4C7Z A; 4FLH A; 1E5W A; 2DEN B; 2MP2 A; 3FAH A; 3SHQ A; 1YJJ A; 2K0P A; 2X8X X; 4JIO U; 4JGH B; 3WAP A; 1AWD A; 3KVF B; 4N6E B; 2IO2 B; 1SIJ A; 4MM3 B; 1JAL A; 5EDS A; 2D3C A; 4KV2 A; 4DWF A; 1TBE A; 2MX2 A; 1IGD A; 4NAW A; 4GU2 A; 2SEB D; 4HK2 A; 2PE6 B; 3DWG C; 4WAA A; 1T5X D; 3UIN B; 1YN3 A; 2BS2 B; 1RFA A; 2OJR A; 4TQ1 A; 4OVZ A; 3Q2A C; 1RRB A; 1DYQ A; 2BT6 A; 1FFV A; 2NBV B; 3L17 A; 3C0R B; 1JRO A; 2QSD A; 3EEC A; 4OHJ A; 3AE1 B; 2XK5 A; 1B1Z A; 1QOG A; 1C76 A; 1K53 A; 2JXT A; 2MBO A; 1WGK A; 1VJK A; 3BYT B; 1E90 A; 1IBX A; 4W9E A; 4G11 A; 1KM7 A; 2DZI A; 4NJC A; 4US9 A; 1I4G A; 4IG7 B; 2J4X A; 2ZCB A; 1WR6 E; 4IC7 B; 2KHW B; 1ZDV A; 3AE3 B; 1AYF A; 4EE2 A; 4PK1 A; 2M17 A; 2KO3 A; 5HG2 A; 1WE7 A; 4BBN C; 4KIK B; 2DBY A; 3VTW A; 1E0Z A; 4RCO A; 1E8Z A; 1MG8 A; 2N1W A; 3DOW A; 1ROE A; 4P1B C; 1WGR A; 2C7H A; 1YX6 B; 3N1Y C; 3J9C A; 2N9E B; 2BVC A; 4MDK E; 3ZTD A; 3RUL A; 2PJH A; 4RNA A; 2A4Z A; 2K9X A; 4G3X B; 5IAA C; 2LUM A; 4C4V A; 2BS4 B; 3QK0 A; 3PTF C; 3A4R A; 4B6W A; 1FNV A; 3H1U A; 3WAO A; 2UWQ A; 3AMZ A; 1WH3 A; 3JVZ X; 1PDX A; 2NPT B; 1MFW A; 1C79 A; 3LJ3 A; 5FKA C; 2MJE A; 2GLS A; 2L52 A; 3V6E B; 2ZEQ A; 3BII D; 1JQ4 A; 2G4D B; 4ASW C; 2I2Y A; 1K8R B; 3P4Q B; 3L0W B; 1SBB B; 2JRH A; 2D5G A; 2QEJ C; 4MJS A; 5AUI A; 5G5G A; 3JSV A; 2NS5 A; 3Q8A A; 2KFK B; 2CS4 A; 4HJK A; 3CMM B; 3W1S C; 2L0T A; 2BW2 A; 3PRE A; 1H8C A; 4A6Q A; 4FBJ B; 1WXV A; 2H89 B; 3B08 A; 3PLV A; 2WX1 A; 2G45 B; 1RWS A; 4YTN B; 4ZRI A; 3JYU A; 4JWS C; 3NUH B; 1JWB D; 4R3D A; 5DCN A; 1EO6 A; 3QA8 A; 4EKU A; 4LLG M; 2EEL A; 1DOX A; 4WIP A; 3V3X A; 3RD2 A; 1WYW B; 1KLG D; 2WYQ A; 4HPL B; 2L05 A; 3CWI A; 4ANX A; 1R4M B; 1BXT A; 1C4A A; 3NVY A; 2QC8 A; 3AE9 B; 1E7P B; 5J18 A; 1WYG A; 3I5J C; 3RNF C; 4EEW A; 1GPX A; 2RPV A; 2MW5 A; 3T9L A; 4IM2 A; 1HA5 A; 3W1Y A; 1JW9 D; 4LK0 M; 2KTR A; 2D3A A; 4ICU A; 3BZD B; 3R7R A; 3ZNH B; 4P16 A; 3ZQ4 A; 3MFG A; 3UQB A; 3MHS D; 1PGX A; 5MPO A; 4OVU A; 1C1Y B; 5HKH A; 1TKG A; 3RNC C; 3OJ4 B; 2MA9 B; 1TYG B; 4ICV A; 1WJU A; 3ZW3 A; 3AV8 A; 1N61 A; 4K3B A; 1VDV A; 4M02 A; 2IND C; 1FCC C; 2N0S B; 2Z0D B; 4DXG A; 4BKS D; 1FNW A; 2W3S A; 1DOI A; 1KRH A; 3GE3 C; 4B0M A; 1EU4 A; 3TSS A; 4WWP A; 2RR9 A; 1RLF A; 2Y5B B; 2IGG A; 5GXG B; 1SE4 A; 1WRD B; 1JWS D; 5BYQ A; 3U4E G; 3WCQ A; 2HDE A; 3AUL A; 2O6V B; 2LI5 A; 3TEZ A; 2LRW A; 3HRD D; 1KF6 B; 4UDU C; 2KYW A; 2KOX A; 4RH6 A; 3KW5 B; 5EE0 A; 2W54 A; 1VRA B; 3B1L X; 3P4P B; 3W9C B; 2BQQ A; 1V80 A; 5HFY A; 5G5H A; 4W9D A; 3TEY A; 4HPP A; 2WDV B; 1NI3 A; 3A1Q B; 1ZW7 A; 3HVD A; 4HXD A; 2LMC A; 1CMX B; 1F2R I; 1NVI D; 1SJE D; 4BZA A; 1S1Q B; 1I4X A; 3ZNZ B; 3L54 A; 3AE6 B; 1L6V A; 4PS3 A; 4IWP A; 1EM7 A; 5H92 C; 3WAM A; 2ZVN A; 2FUG 1; 4GLS C; 1JRP A; 1NEK B; 1ZGU B; 3N1Z C; 2KX3 A; 3M95 A; 1EF1 A; 3QHT A; 1CZP A; 3ZUN A; 3AEA B; 3RUI B; 3GE8 C; 1L7Y A; 3E56 A; 3BK1 A; 1ZKH A; 1WF9 A; 5G55 A; 4BFR A; 1AW7 A; 1QOB A; 2RMM A; 4KGR A; 3KUZ A; 3NZS A; 2I1J A; 1KLU D; 4GMV A; 2KWU B; 2KJ6 A; 3AB5 A; 1XO3 A; 1V1O A; 2L3Z A; 2Z8L A; 2H88 B; 3UGB B; 3CSF A; 3SD5 A; 3VTU A; 2L8J A; 2JZP A; 4DXA B; 4X57 B; 3L13 A; 4P1C C; 5BO4 B; 3RFZ B; 1FRR A; 2FID A; 1GAQ B; 1V8C A; 3Q8B A; 3URY A; 4GDL A; 4XDC A; 3CIR B; 4EZJ A; 3VHT C; 3AEB B; 5HI1 A; 2NR2 A; 4RF1 A; 1E7U A; 3DVG X; 3AH7 A; 4KVG B; 4LCD E; 3T3O A; 1WMH B; 2I38 A; 3CF6 E; 2KXJ A; 3N1X C; 1WFY A; 3ZTC A; 2JX5 A; 2K6D B; 3OAW A; 2BS3 B; 4HRO A; 4A90 A; 3R3M A; 4IM3 A; 2E3T A; 2LGY A; 4NQK E; 4DBG A; 2G4S A; 5IA7 A; 3L08 A; 3DBH B; 4WH4 A; 3NJT A; 2ZNV B; 4N59 A; 4IKG A; 2PLP A; 3SU8 X; 3NS1 A; 3K9O B; 4YSZ B; 4L23 A; 1V2Y A; 3ALB A; 3P4S B; 2MH7 A; 2CHZ A; 1CJE A; 2JYT A; 4S17 A; 3Q14 C; 1TY2 A; 2KLC A; 2QCZ A; 3DVN U; 4LNN A; 3Q69 A; 1U4A A; 3UIO B; 2C60 A; 3TEX A; 4AOF A; 1M4V A; 4EZK A; 2WU5 B; 1XEE A; 4DHJ D; 2IO1 B; 4B0E A; 3L4P A; 2MBQ A; 1P3Q U; 1WGH A; 1S3S G; 4C4V B; 3I3T B; 3PRM B; 3CST A; 3HK0 A; 3B0A A; 4EUT A; 2V3P A; 1V49 A; 1WJ4 A; 2WDR B; 2KQ7 A; 1QQR A; 4TSS A; 3U7D A; 3WAN A; 2O2V B; 3SFE B; 2IDY A; 1EWC A; 4OZB A; 1C77 A; 2D11 A; 4FA6 A; 3QX1 A; 3UI3 A; 1L0Y B; 1WJ6 A; 1V1P A; 3DHH C; 4JX1 C; 1RFK A; 1I42 A; 2BB6 A; 2DYB A; 3P1M A; 2CHW A; 2LVO A; 1E8X A; 3QCA A; 2BWE S; 2D10 A; 3Q8F A; 1YD8 U; 3PHW B; 2KJH B; 2WX0 A; 1T0Q C; 2FBW B; 4W9H A; 3RNE C; 2NMQ A; 3X23 A; 4P6V F; 4MSQ B; 4YTP B; 3BVM A; 3H7P A; 2WQY B; 3VUY A; 3AE7 B; 1Q10 A; 1ESF A; 1SE2 A; 1FXT B; 2C7M B; 1C4P A; 3ZRF A; 2KVR A; 2WDQ B; 4RM8 A; 1RM6 C; 4WAF A; 1K52 A; 1EWY C; 3VVW B; 4KZC A; 4DHZ B; 1UH6 A; 1I4R A; 3ZDT A; 4YL8 A; 1SGH A; 1TS2 A; 3PVL A; 4L1B A; 2M0X A; 5BMH A; 4XWW A; 3B2G A; 5JHA A; 2KAN A; 4ZRP A; 1P98 A; 4J6I A; 4CHK A; 1WE6 A; 2K22 A; 5EE3 A; 4HPM B; 1UD7 A; 2WXM A; 2FCQ A; 2LWP A; 2LZ6 A; 1T3Q A; 1H4R A; 3PZ7 A; 4II3 B; 1QZE A; 2Z59 B; 1WM3 A; 2D3B A; 4BBN F; 1C9F A; 1J7C A; 2DYM A; 1SJH D; 2WHI A; 3HM6 X; 3GOE A; 1XLO A; 5AZH A; 4EOY A; 1F9J A; 2KTF A; 3NZU A; 1L2N A; 2AQ2 B; 2KN5 A; 2K6Q A; 1SF0 A; 3IHP C; 3DBR I; 3AEF B; 5IN7 A; 4W9J A; 2KT7 A; 4RFB A; 5IOI A; 4NJ7 A; 2AQ3 B; 1FXA A; 2WXK A; 2KN4 A; 1KTK A; 1QOF A; 4D2K A; 3C8Y A; 2JWU A; 1B9R A; 4S0R A; 4YT0 B; 5CHV C; 2KDM A; 3LXF A; 2IO3 B; 1F1H A; 2WGS A; 5IKC M; 4PS8 A; 5CHF A; 2KLG A; 2N9L A; 1IP9 A; 3D32 A; 1LXD A; 5LLI A; 1RYJ A; 3EA6 A; 2RPQ A; 4Q2J A; 2HD5 B; 2LFI A; 4LNI A; 2IPK D; 1P1A A; 4ITK A; 3NVW A; 4HKZ E; 4ZRQ A; 3R2T A; 2XBB C; 1UGJ A; 4RF0 A; 1MHH E; 2GBM A; 2K8C A; 4OW0 A; 4ANV A; 1ACC A; 2IYD B; 2LGX A; 4AJY B; 1L5P A; 1NEN B; 3AN1 A; 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2LVQ A; 4TQ0 A; 4LTU A; 1V86 A; 4FAD A; 1UBQ A; 2WDT B; 2RD0 A; 1C4C A; 2YEP F; 5J2R A; 4JWU C; 3FIL A; 3ZKJ C; 3LYY A; 3GZN B; 1G6J A; 1ZPS A; 2B76 B; 2BPS A; 3QQ8 B; 4MEM A; 1NDD A; 4FXC A; 1T0R C; 4JQW C; 2HTH A; 4L2Y A; 4MEL A; 3NZ3 A; 2C9W B; 3AI5 A; 3U2S C; 1SE9 A; 1R4M I; 2ZCC A; 2FAZ A; 3EFC A; 2LD9 A; 2L1A A; 5IP4 D; 2N9X A; 3AE8 B; 1MG4 A; 3DWM A; 2C5L C; 1WX8 A; 1UZX B; 1F2R C; 3PSE B; 4HDQ A; 4C56 C; 2K1F A; 2IGH A; 2V4I B; 1N6Z A; 1HQR D; 2ZW0 A; 3RT3 B; 4YXD B; 4HCP B; 2OHF A; 2KMA A; 3E9S A; 3PRP B; 2FCS A; 3U30 A; 3MJ5 A; 1FMA D; 3VH4 B; 3WAL A; 1UEL A; 4P7I A; 1TTN A; 1A5R A; 4FHK A; 2RSU A; 4MM3 A; 3KQ4 A; 4WJO A; 3P42 A; 1KJT A; 4JE3 B; 3DBS A; 2GB1 A; 1BUI C; 2G9H D; 1PUT A; 4ZRJ A; 3RI7 C; 2WXQ A; 2VZK D; 3C19 A; 3IT6 B; 2ZPN A; 4ANW A; 4M0W B; 1WJN A; 1WY8 A; 4NY0 A; 3NG0 A; 3A9K B; 3APD A; 3ZGZ A; 2PMV A; 2KQ4 X; 2Y5P A; 5FR3 A; 5L83 A; 2IGD A; 1NYR A; 3AEG B; 2M56 B; 4AUQ C; 3RYT A; 3ZYY X; 1L0V B; 4DK5 A; 1ENF A; 5GMV A; 1I4Q A; 4IDI A; 1D5M C; 5JH5 C; 2PVO D; 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