The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
60
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structure length |
60
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Chain Sequence |
HHMIFKVFYQEDADEAPVREKTKTMYIEAESERDVRRKLEGRPINIEYIQPLEGAHLEYE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
epsilon, a New Subunit of RNA Polymerase Found in Gram-Positive Bacteria
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
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| source organism |
Geobacillus stearothermophilus
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| molecule keywords |
Geobacillus stearothermophilus YkzG
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| total genus |
9
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| structure length |
60
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| sequence length |
60
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-11-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4NJC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3U8Z A; 4KKI A; 3Q8F A; 4M8M A; 4KKJ A; 2PJH A; 5I4D A; 2MJD A; 2MEK A; 1XLQ A; 3PRZ A; 2L00 B; 2N7D A; 2V4L A; 4K3B A; 3IG3 A; 3DBR B; 5C1Z A; 4LJO B; 2W54 A; 5BYS A; 2FID A; 3QWZ B; 1N63 A; 1YN4 A; 1RM6 C; 1E0Z A; 1OTR B; 1YX6 B; 4BFR A; 1HEZ E; 1IP9 A; 3BZD B; 4XE0 A; 1L4D B; 1SJE D; 4B0M A; 4IDI A; 2SEB D; 1V97 A; 5FR6 A; 4YTM B; 1F2R C; 1L0Y B; 3PT2 B; 2XBB C; 1N6Z A; 1I4G A; 3A4S C; 2IO0 B; 3MC0 B; 4K1R B; 4DHZ E; 4XWW A; 1R7S A; 4HXD A; 5LXI B; 2GBN A; 2LVQ A; 3PRE A; 3H1U A; 2LHE A; 1D4B A; 4GMV A; 1YJ1 A; 1K53 A; 3I5J C; 4RMA A; 4B95 A; 2KTR B; 1WGD A; 2EEL A; 2WHI A; 3DBR I; 5L95 C; 3AU5 A; 4KDL B; 3ZYY X; 4GXB A; 4HKZ E; 1EWC A; 3U4E G; 2KK8 A; 2BS2 B; 3DPD A; 2PKO A; 2BT6 A; 2WXR A; 2FNJ B; 2D2Q A; 3S2A A; 3R2I A; 4MGI E; 2PTL A; 4OVZ A; 1PYW D; 4IM3 A; 4II2 B; 5GMV A; 5JH5 C; 1VZ6 A; 1X1M A; 3AXC A; 2KXJ A; 4ACF A; 2KVR A; 3L0W B; 4EOY A; 3HIZ A; 4NAW A; 1SSN A; 3R66 C; 1WMH A; 2J53 A; 2RDG A; 1ET6 A; 3X23 A; 1GUA B; 2KVZ A; 2TSS A; 3TL5 A; 3NHE B; 4LNK A; 5TSS A; 3WAN A; 3RUI B; 4BKG A; 4BOS C; 1TJE A; 3RZF A; 4ZRQ A; 5DPW A; 1TKG A; 4FJV B; 1YQ3 B; 2G3Q B; 2KJH B; 2ZW0 A; 4BKS A; 1OQR A; 1WX9 A; 4FN2 A; 5H8Y E; 3TEY A; 2L0F A; 3VH4 B; 2WGS A; 1RAX A; 2KC2 A; 5BMI A; 5G2N A; 3DVG X; 2R61 A; 2DZK A; 1M4V A; 2W3S A; 4NQL B; 5C23 A; 4PK1 A; 2ZEQ A; 2KLG A; 3DWM A; 4A20 A; 4KSL C; 1AYF A; 4JL9 A; 4LNO A; 1V86 A; 3PS6 A; 2G4D B; 1VD2 A; 2WS3 B; 2DX5 B; 3W1S C; 5AZH A; 3AE4 B; 3P2B A; 3W5U B; 1TZO A; 3P4R B; 4BOZ B; 2LWP A; 3UI3 A; 2CS4 A; 5C3J B; 3GZN B; 2WDR B; 5MPO A; 2JUO A; 4MH0 E; 2GLS A; 1XLP A; 2DHZ A; 2WP9 B; 4HCP B; 2G1E A; 4ANX A; 4LK0 M; 4ASW C; 2O6V B; 3L10 B; 4HEA 1; 2WWZ A; 3HUI A; 4LDT D; 2L7R A; 2MX2 A; 4TSS A; 2Z0E B; 2WU2 B; 3EUB 2; 1IBX B; 3H8H A; 2VRR B; 5HKH A; 2LEK A; 2BS4 B; 4KVG B; 1FNW A; 4DWF A; 2N0S B; 1ZXI A; 1F52 A; 3N1Z C; 1NEK B; 2WXM A; 2GBK A; 4ZHP A; 2L32 A; 1L7Y A; 2W55 A; 3ZNG C; 3DDC B; 2OED A; 1U4A A; 2GBJ A; 1JWS D; 2C60 A; 2KN5 A; 2J0J A; 3R2T A; 2BQQ A; 1FM0 D; 2EMS A; 2GBR A; 3OJ4 B; 1CK1 A; 4RGM A; 2DYB A; 1MHX A; 2HE7 A; 1UGM A; 3V62 A; 1XCT L; 3I57 A; 4WAA A; 1Q10 A; 2M4N A; 2MBH A; 3JW0 X; 4YTN B; 3KQ4 A; 2K8H A; 5AUK A; 5LXH A; 4NPN A; 1J7B A; 2NR2 A; 3Q3F A; 1XD3 B; 5G5H A; 2BB5 A; 1G6J A; 2MBQ A; 2RD0 A; 2DLB A; 3D32 A; 1UEL A; 3AMZ A; 3AI5 A; 2KFJ A; 4YT0 B; 3A9J B; 3VUY A; 1KLG D; 2WXH A; 5T8I A; 5CTR C; 4JQW C; 2Z0D B; 1AWD A; 2M19 A; 1K8R B; 4K3C A; 3OLM D; 1TT5 B; 4GOC A; 3GE3 C; 3NZS A; 2DBY A; 4W9K A; 2KJR A; 2NBV B; 5FKA C; 1WX7 A; 1T3Q A; 4MT5 A; 2BKF A; 2D11 A; 3VUW A; 3M62 B; 2NMQ A; 3U7D A; 3RYT A; 1HTQ A; 3C8Y A; 1WJ4 A; 2YEP F; 3NJT A; 2KFK A; 3RUL A; 4ZHO A; 3TMP B; 3V3X A; 2CHX A; 3KW5 B; 1C4A A; 4ZRI A; 4KIK A; 1SXT A; 4C7Z A; 3RZW C; 2BF8 B; 2BPS A; 2E3T A; 3QX1 A; 3UIP B; 2LI5 A; 1C76 A; 3VUX A; 1NBF C; 1UWM A; 3P42 A; 2AL6 A; 2KQ4 X; 3RNF C; 3RN9 C; 4S0R A; 4HPP A; 2JVC A; 2BYT A; 4EEW A; 3NY5 A; 1CQV A; 3LB8 C; 3AEB B; 2KDE B; 5E6O A; 4TUU A; 2G4S A; 4EKU A; 3P4S B; 4LTU A; 1KRH A; 2CHW A; 2MBO A; 3GS2 A; 4WJN A; 2GOW A; 4ZYS A; 3WAL A; 2REX A; 3ZO5 B; 1E8X A; 4B6W A; 4CQN A; 3NRZ A; 3RNG C; 4KSK C; 3RNA C; 4IM2 A; 1YN5 A; 2JSV X; 5HFY A; 4W9G A; 1VDV A; 3N1Y C; 2KMA A; 1UGJ A; 2K6D B; 4PS8 A; 3ZNH B; 1E10 A; 2JU6 X; 4JGH B; 4MJS A; 4WQO B; 4US9 A; 1L0V B; 2JZ3 B; 3ZJU A; 1XQQ A; 2G45 B; 1BUI C; 2NS5 A; 4IG7 B; 3QHT A; 4LNI A; 4WJP A; 1QQR A; 2KOX A; 3R7R A; 1BXT A; 4RNA A; 4XC2 A; 2C7N B; 4I6P A; 5LNK 1; 3ZLZ A; 2D07 B; 1PFD A; 1MG4 A; 3LXF A; 4FXC A; 1V6E A; 5AZF A; 2PVG C; 4L23 A; 1PGA A; 1TS5 A; 4MGZ E; 1MHH E; 1ROE A; 2KKC A; 1WFY A; 3UIO B; 4ZRJ A; 3Q3O C; 4G3X B; 3MJW A; 4BAX A; 1J8C A; 4N58 A; 4GDK A; 3W2D A; 2XEW A; 2OJW A; 1RYJ A; 4HDQ A; 1F2R I; 3AE9 B; 1WXQ A; 4AQ7 A; 3TUO A; 4HDO A; 1OQQ A; 2FUH B; 1C1Y B; 3M63 B; 5JHB A; 4IOI E; 1FPY A; 3A1Q A; 2LXC A; 4GIV A; 4NJC A; 4X57 B; 1FCL A; 2RPV A; 3KVF B; 2IO2 B; 1P7E A; 2DZM A; 4EUT A; 3P4Q B; 1QZE A; 2DYO A; 2W9N A; 2KLC A; 1E90 A; 2ACZ B; 1D5X C; 2C5L C; 5DPT A; 4HRO A; 1V1P A; 5J2R A; 1I7H A; 4ICU A; 2NTS A; 3AUL A; 4JIO U; 2VH2 A; 1C4C A; 2K39 A; 2NBU A; 1V81 A; 2AL3 A; 4C7Y A; 4YXD B; 1F1H A; 3V6C B; 3AE5 B; 3C19 A; 1WY8 A; 1YN3 A; 3AU4 A; 1NI3 A; 2CU3 A; 3AEG B; 2CJO A; 2JXX A; 4JX1 C; 2C7M B; 3AM9 A; 3X0W A; 2JZZ A; 3BYY B; 1TS2 A; 4WWP A; 3WCQ A; 2JPH A; 2XK5 B; 4OZC A; 2JXT A; 1GC7 A; 3PTF C; 3T9L A; 1FCC C; 2DYM A; 1I4X A; 1T0S C; 2V3S A; 3FIL B; 3VTW A; 2ASQ A; 2KYW A; 4DHZ B; 3IBE A; 2NBW B; 1GB4 A; 4EE2 A; 1TGZ B; 4PS3 A; 3GE8 C; 2N1V A; 3AE6 B; 4ANU A; 4WH4 A; 1C9F A; 1K50 A; 4ARC A; 4ZOH C; 1GG3 A; 2B76 B; 1EWY C; 2WU5 B; 4D2K A; 4E74 A; 1NVI D; 3ZNI D; 4IWO A; 1Z2M A; 1EM7 A; 3Q14 C; 1HTO A; 3JSV B; 4M01 A; 2Y5P A; 3NS1 A; 3NVZ A; 2DWQ A; 4KGS A; 3AH7 A; 4OVV A; 2HDE A; 1UF0 A; 2HJ8 A; 1ZW7 A; 4K81 A; 3NZ3 A; 2ZNV C; 2JZP A; 2WXO A; 4I6L B; 1VJK A; 2RDB C; 4DXG A; 2RMM A; 1Q1O A; 4NJ7 A; 1FIQ A; 3EEC A; 1HQR D; 3KWL A; 2I1J A; 1E5W A; 2QDF A; 3KWV A; 3QJZ A; 4HPM B; 1YQ4 B; 2YEP B; 4GB9 A; 1EF1 A; 1P9D U; 2V3P A; 1QF6 A; 4CO7 A; 5EE1 A; 5D3I B; 1SJH D; 4BZA A; 1EF5 A; 4ZRK A; 2G9H D; 3PZD A; 3HVZ A; 3BWU D; 2WXG A; 2IND C; 2XNA C; 3Q3N C; 3OJ3 A; 4WJQ A; 1SGH A; 3VQI A; 3EA6 A; 1DOY A; 3VR8 B; 2H89 B; 1IGD A; 4WWM A; 5BO4 B; 2LD9 A; 4TKN A; 2WXL A; 1KFY B; 2WDQ B; 3JYU A; 1UBI A; 1VRA B; 2INC C; 2LGX A; 2QSD A; 3SFD B; 1PQS A; 1N60 A; 4GGQ A; 4YSZ B; 4RH6 A; 3ZXV A; 2MCN B; 1WZ3 A; 3QQ8 B; 3UQA A; 1MVK A; 4NNJ B; 4W9I A; 4TMA B; 3WAM A; 2LGD A; 1FMA D; 3Q2A C; 1QLB B; 5G55 A; 1NYQ A; 2HTM E; 1H4R A; 1WRD B; 1F9J A; 1L5P A; 2LZ6 A; 3LDZ E; 4ITK A; 2K9X A; 1OQY A; 1WYG A; 3A4R A; 2MHJ A; 3NOB A; 1KM7 A; 3SEB A; 2HTH A; 3OWE B; 1ENF A; 3MFG A; 5JXV A; 3PHW B; 4N9F 4; 1WGR A; 1JWA D; 1YOV B; 1V5T A; 4YSX B; 4N6E B; 2KQ7 A; 4YL8 A; 1KOT A; 4JPS A; 2V4I B; 1GAQ B; 4RM9 A; 3Q8B A; 1EU3 A; 2N9X A; 2JYT A; 2D5G A; 3ZW3 A; 3RD2 A; 3V61 A; 2QEJ C; 4W9H A; 4A8X C; 4FAD A; 2D3B A; 2ZZP B; 3DVN V; 1WIA A; 2O6V A; 2RR9 A; 2BVC A; 4KX6 B; 3VTV A; 2BYV E; 4A55 A; 3ETR A; 1IBX A; 1JAL A; 4HRS A; 3KUC B; 2W3R A; 2DZJ A; 4FHJ A; 4A9A A; 2WXQ A; 3TBL D; 1D5M C; 2CKH B; 5CX3 A; 2J0M A; 5H92 C; 4KGT A; 3MJ5 A; 3PZ7 A; 4RGO S; 5JZE B; 4MH8 A; 3E56 A; 3N1X C; 1HZ5 A; 3DBL B; 1HE8 A; 4EFO A; 1C4P A; 2GB1 A; 4HJG E; 1Y56 A; 4W9E A; 4P1C C; 1T6B X; 2JRI B; 2KD0 A; 4NAM A; 4HJK A; 1YD8 U; 3L54 A; 1FRD A; 1WGK A; 3APF A; 4P6V F; 3H7P B; 2FCQ A; 3ZDT A; 2O2V B; 3N20 C; 2Q5W D; 2XN9 C; 2A5U A; 1UUP A; 4BKS D; 1WZ0 A; 4KV2 A; 1BT0 A; 4MGK E; 4LDT B; 4AJW A; 2LJI A; 2N7E A; 3ZTD A; 4ANW A; 2LRW A; 3L08 A; 3CST A; 3DBL I; 5J17 A; 3RT3 B; 4XWT A; 4PS7 A; 4JE3 B; 3EC8 A; 1GOZ A; 2PEA A; 3U7Z A; 2L52 A; 3RPF C; 2JRH A; 3ZDM C; 1J19 A; 5L83 A; 3P1M A; 1E8W A; 2ICI A; 2K8B A; 2AEH A; 3PZ8 A; 2KNB A; 1E8Y A; 3A9K B; 1P7F A; 2M0A A; 3PV1 A; 3QCA A; 3A9J A; 3DHI C; 1N61 A; 4II3 B; 4DXF A; 1WJN A; 3VDZ A; 4KZ0 A; 1B1Z A; 2MH7 A; 4B9K A; 2IY1 B; 4WIP A; 3BVG A; 2MWS B; 2N9K A; 3P63 A; 2IBI B; 1V1O A; 4GLS C; 4S17 A; 2MQJ A; 2AQ2 B; 4GDL B; 2D3G A; 2D3C A; 2M8S A; 4W9D A; 2IGG A; 4E3C A; 4XZ4 A; 1V2Y A; 1V80 A; 4J6I A; 1TTN A; 2HJ1 A; 4AJY B; 2FBW B; 2I38 A; 4ZYN A; 1UNS A; 3WA0 A; 1PGB A; 3ZQ4 A; 3KH0 A; 2AYO B; 1LM8 B; 3HHM A; 1WRI A; 3DHH C; 3MC8 A; 3K9P B; 1MG8 A; 3VHT C; 3BII D; 1ZXH A; 3BVZ A; 1T0Q C; 2LGS A; 3Q8E A; 4O1N A; 3Q3M C; 1KF6 B; 3T3N A; 2M1M A; 4M0W B; 3QK0 A; 3MTN B; 3O65 B; 1IPG A; 4RM8 A; 2KDM A; 1MJD A; 2WNM A; 5TR5 A; 1ZGU B; 4GN1 A; 3T8M A; 1IGC A; 2X38 A; 1PDX A; 2VZK D; 1Q0W B; 3B2G A; 4WAF A; 2MLB A; 4EZL A; 1RFA A; 3PPA A; 1HXY D; 3KUD B; 2KAJ A; 2MJ3 A; 5FK9 C; 4M00 A; 3SD5 A; 1ZDV A; 4LNF A; 3ONS A; 1WGH A; 2GMI C; 2INN E; 3WAO A; 4LNN A; 3ML9 A; 3RMK C; 1KLU D; 3BIN A; 1WXV A; 3RFZ B; 4QAY A; 4L1B A; 4JWS C; 2YVC A; 4C4V B; 1KTK A; 3AE1 B; 1FD6 A; 3K9O B; 2Z59 B; 4G11 A; 2I2Y A; 2IGH A; 3L16 A; 1F77 A; 2ZNV B; 3H9D A; 1I4Q A; 1TS4 A; 2L0T A; 1V49 A; 3Q69 A; 1PGX A; 1N5W A; 4AWJ A; 2WXF A; 3FC4 A; 2MBE A; 3AB5 A; 1I35 A; 2WDT B; 4IM0 A; 1SIF A; 1CZP A; 3IT4 B; 3O13 A; 5J18 A; 1NYR A; 2EMT A; 5CHV C; 4HKQ A; 1JRO A; 2ZCB A; 3B08 A; 4YWG G; 3WAP A; 4FBJ B; 1QKZ A; 2FCM A; 3R3M A; 1AW7 A; 3UF8 A; 2MW5 A; 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3RNB C; 3KUZ A; 1SEB D; 4GU2 A; 3T3O A; 1L4Z B; 3AED B; 1F0Z A; 3EFC A; 4W9C A; 2M0X A; 3DOW A; 1Y8R C; 3SDL C; 3DBS A; 1E8Z A; 4OHJ A; 2RGF A; 1UD7 A; 3BK2 A; 1BML C; 4KDI C; 1DOX A; 2LVO A; 2BTE A; 2PVO D; 1UBQ A; 1UH6 A; 2WQY B; 2RDH A; 2WXP A; 4LCD E; 5HHD G; 5CHF A; 1YJJ A; 3BY4 B; 3ZXR A; 2N7J A; 1C78 A; 4M8N A; 2PIA A; 3N30 A; 2ZVO A; 1C77 A; 4XX5 A; 4DXA B; 1A5R A; 1MI0 A; 1WX8 A; 4BKT A; 1WWT A; 2KTR A; 2Z8L A; 2DAJ A; 3QAR A; 1WM2 A; 3NUH B; 2KWC A; 4MM3 B; 4FLH A; 2I1K A; 3Q6B A; 2JWU A; 5DPR A; 2IGD A; 2KX3 A; 1YQB A; 3R8B A; 4RGN A; 3ZKJ C; 2KDI A; 3AE2 B; 2MP2 B; 3CSF A; 3VAW A; 5GXG B; 3AN1 A; 4WQM A; 1WXM A; 4NZL B; 2IY0 B; 2BWE S; 3I3T B; 2JX5 A; 5D7G A; 2QIE B; 2CHZ A; 1ZPS A; 3HRD D; 2J7Q B; 5AUI A; 1JCK B; 1ZUD 2; 1V9J A; 1XLN A; 3TEW A; 2LXA A; 1D3Z A; 2LGY A; 1RFK A; 3QA8 A; 4HK2 A; 5FR3 A; 4XDD A; 5C2T B; 2QHO A; 1ZOY B; 2AWT A; 2D10 A; 3VH3 B; 3M3J A; 3AEC B; 2N9E B; 3L13 A; 2Y3A A; 2YLM A; 1QIL A; 1TY0 A; 1YNT E; 4JLC A; 1Q5W B; 4NQK E; 2UWQ A; 4YSY B; 1L6V A; 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