The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
79
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structure length |
79
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Chain Sequence |
PKVILKGPLISQFNFREIYVNDRELLRVLVKIDSKKHLILNESNQLKSGILILINGKDWRLYRNQLLNDNDIIEIIPIN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Involvement of a eukaryotic-like ubiquitin-related modifier in the proteasome pathway of the archaeon Sulfolobus acidocaldarius.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Uncharacterized protein
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| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Sulfolobus solfataricus
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| total genus |
16
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| structure length |
79
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| sequence length |
79
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-11-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF09138 | Urm1 | Urm1 (Ubiquitin related modifier) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3AH7 A; 1XLN A; 1AYF A; 2W55 A; 1KFY B; 3CWI A; 2CU3 A; 1N60 A; 3FAH A; 4N6E B; 3B2F A; 2BS2 B; 3AE8 B; 1J7C A; 1R7S A; 3AEC B; 1N5X A; 3DWM A; 2WQY B; 3AE1 B; 1B9R A; 4YSY B; 1IUE A; 1WYG A; 2B76 B; 4YTM B; 3P4S B; 1DOY A; 1TKG A; 2PKO A; 3AE5 B; 4N58 A; 1J7A A; 2K9X A; 1N62 A; 2WS3 B; 1NVI D; 2DBY A; 5C2T B; 3NRZ A; 1E0Z A; 1N63 A; 1QOF A; 1PDX A; 1SB3 C; 1PUT A; 1KF6 B; 1XLP A; 1NI3 A; 2Y5C A; 2G1E A; 4JX1 C; 2H88 B; 1T3Q A; 1E9M A; 5G5G A; 5G5H A; 1TYG B; 1YQ3 B; 3EUB 2; 1AWD A; 1JQ4 A; 1DOX A; 3NS1 A; 1FFV A; 1WGK A; 2K22 A; 1JW9 D; 3P4Q B; 1VLB A; 2W3S A; 3AV8 A; 1FFU A; 1NYR A; 3ABV B; 1QT9 A; 3SR6 A; 4ZHO A; 1XLO A; 4ITK A; 5EE0 A; 1FRD A; 1E10 A; 1FIQ A; 1L6V A; 3AEE B; 3B9J A; 3W5V B; 3AE9 B; 1QLB B; 1DOI A; 1RYJ A; 2WDR B; 3SFE B; 1GPX A; 2BS3 B; 4YTP B; 3AM9 A; 1ZP0 B; 1PFD A; 1QOA A; 1RFK A; 1VDV A; 2LEK A; 2DWQ A; 1OQQ A; 3P4P B; 1WXQ A; 3ETR A; 3KWL A; 1VJK A; 1CJE A; 2WDV B; 3NVZ A; 5AUK A; 1RM6 C; 2MH7 A; 1CZP A; 1L6U A; 3AN1 A; 1XO3 A; 3BII D; 1RWS A; 1A70 A; 1YQ4 B; 2K5P A; 1J7B A; 1ZUD 2; 3AE6 B; 1NYQ A; 1FRR A; 4C7Y A; 1JWA D; 1YJJ A; 5MPO A; 4YSZ B; 1V97 A; 3VRA B; 2PIA A; 2MJE A; 1ZOY B; 4KX6 B; 1WWT A; 2OHF A; 4IDI A; 1FO4 A; 2BT6 A; 3PO0 A; 2H89 B; 5C3J B; 3VR9 B; 1NEK B; 2KMM A; 2MJ3 A; 4YTN B; 3AEF B; 5GXG B; 1E7P B; 1L5P A; 2QJL A; 2WLB A; 3AEG B; 4ZHP A; 1ROE A; 4USA A; 3VRB B; 1FM0 D; 1JRP A; 1FXI A; 3NVV A; 1GAQ B; 1L0V B; 1E6E B; 3HUI A; 1XLQ A; 2MJD A; 5EE3 A; 1TJE A; 4YXD B; 2PVO D; 1YJI A; 2W54 A; 4C80 A; 4N59 A; 3WCQ A; 2PVG C; 2WU5 B; 2WP9 B; 3B2G A; 3RPF C; 1FXA A; 1ZXI A; 1V8C A; 1N61 A; 5H92 C; 3W5U B; 2WU2 B; 3HVZ A; 2L52 A; 3AB5 A; 3NVY A; 4C7Z A; 3AE4 B; 2CJO A; 2ACZ B; 2M19 A; 1SF0 A; 2Q5W D; 3AE2 B; 4JWS C; 1EWY C; 1TKE A; 4WQM A; 1JWB D; 3CIR B; 4JWU C; 3SFD B; 1TKY A; 1KRH A; 2CJN A; 2M56 B; 3FC4 A; 4P6V F; 3W9C B; 1FMA D; 4A9A A; 4HRO A; 2JX5 A; 3L4P A; 4FXC A; 2AX5 A; 2E3T A; 1OQR A; 3P4R B; 3VR8 B; 1WRI A; 3P63 A; 4WWM A; 3DWG C; 4ZOH C; 1SIJ A; 2FBW B; 3HRD D; 4YSX B; 2N0S B; 1DGJ A; 5AUI A; 3LB8 C; 3P1M A; 3AEB B; 2WDQ B; 4LTU A; 5H8Y E; 1F0Z A; 1QF6 A; 1UWM A; 3AEA B; 1N5W A; 2JQR B; 3NVW A; 1JAL A; 4US8 A; 3LXF A; 4HRS A; 4YT0 B; 2EKI A; 1QOG A; 4US9 A; 1NEN B; 2KAJ A; 5EE1 A; 2W3R A; 1OFF A; 2BS4 B; 3AED B; 2QIE B; 1JRO A; 2HTM E; 3AE7 B; 3ZYY X; 5EE9 A; 1QOB A; 1I7H A; 3AE3 B; 3AMZ A; 2L83 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SIF A; 2WX0 A; 1UEL A; 3U7Z A; 2G9H D; 5JZE B; 1YMH E; 5GMV A; 1UF0 A; 3Q69 A; 1KF6 B; 1FNW A; 1TYG B; 3Q3O C; 3OLM D; 3VH4 B; 2L0T A; 2K22 A; 3P4Q B; 3SR6 A; 2SAK A; 2L05 A; 2KWC A; 3ZNH B; 5FR3 A; 3W5V B; 1GC7 A; 2N1W A; 3IFW B; 3ZQ4 A; 1VDV A; 3IHP C; 2N7D A; 3WAL A; 1F2R C; 2IO1 B; 3Q8F A; 4EUT A; 3Q3M C; 1NYQ A; 2MHJ A; 4RFB A; 3A9J A; 4YSZ B; 1MVK A; 3BIN A; 3PZD A; 1ZOY B; 3PHX B; 3S2A A; 1HEZ E; 2KLG A; 2WXH A; 1WM2 A; 2L00 B; 2CKH B; 4TMA B; 2QSD A; 2WXG A; 3QIJ A; 2JXX A; 2KMC A; 3BYT B; 4IOI E; 5D3I B; 1GAQ B; 2LVQ A; 4C80 A; 4A3O A; 1N61 A; 2BKF A; 2GI9 A; 2LVO A; 1JWB D; 2KTR B; 4P6V F; 2D07 B; 4W9L A; 5HI1 A; 4KGS A; 3P63 A; 1SIJ A; 2ZCB A; 4EZL A; 1J8C A; 2JZP A; 4GIV A; 2INC C; 3RUI B; 3SD5 A; 2EKI A; 1NEN B; 3QX1 A; 2CHX A; 2FAZ A; 1WXV A; 3PT2 B; 5BYQ A; 3OG5 A; 1HQR D; 4N6E B; 2B76 B; 4LNF A; 3TEZ A; 1GB1 A; 4KVG B; 2WDT B; 3NS8 A; 1T3Q A; 5EDS A; 1WE7 A; 3CF6 E; 3AU4 A; 4DHZ E; 2JZZ A; 1FFV A; 2DNF A; 1V5O A; 3R2I A; 4KGT A; 2PEA A; 4M8M A; 4C4V B; 4J3O D; 3AEE B; 4BKS A; 2BS3 B; 1NDD A; 3WAP A; 1OQQ A; 1SE9 A; 3FIL B; 4ANV A; 3Q6B A; 1CJE A; 2BQQ A; 3BVM A; 2MBB B; 2I38 A; 3T3N A; 1R4N B; 3K9O B; 1V80 A; 4XGA B; 4YTN B; 2BYV E; 5GXG B; 4M02 A; 4W9F A; 2LAS A; 2MJD A; 4BKS D; 4CHK A; 2DZJ A; 1VZ7 A; 4MGZ E; 2K0P A; 2L52 A; 2OED A; 2Y5P A; 4MEL A; 5AZH A; 1WH3 A; 4REZ A; 3OAW A; 4RNA A; 1WXM A; 4HVB A; 2C9W B; 1OQY A; 2D11 A; 2E3T A; 2RD0 A; 2LHD A; 3X0W A; 3RNE C; 3V62 A; 2NCN A; 1IGD A; 2AQ2 B; 4F1S A; 2L8J A; 3LXF A; 1OTR B; 2KAJ A; 5J2R A; 4WJP A; 4PS8 A; 1I7H A; 3VTW A; 1STE A; 3A1Q A; 1FD6 A; 4W9D A; 3C8Y A; 4KDI C; 2WQY B; 3LDZ E; 4BKT A; 1ZGU B; 1DOY A; 3UGB B; 3URY A; 4X57 B; 5HG2 A; 1OEY A; 3FKY A; 1I4G A; 2O2V A; 2G1E A; 4JX1 C; 3RZF A; 2KAC A; 2BYF A; 2MLB A; 5LNK 1; 2L76 A; 4GXB A; 3Q3J A; 5LXI B; 3H9D A; 1DOI A; 3SFE B; 3A4S C; 1V1P B; 1MJD A; 1NI2 A; 3L0W B; 1H4R A; 2WXQ A; 2LEK A; 1M94 A; 3H6N A; 2KXJ A; 5LXH A; 1FXT B; 1WJ4 A; 1YQ4 B; 1UZX B; 3AE6 B; 1HZ6 A; 2RGF A; 1E8Z A; 1HXY D; 2MJE A; 2A4Z A; 3QHT A; 1WSP A; 4W9H A; 2WXJ A; 2NPT B; 2GBR A; 3JVZ X; 3VUX A; 3ZXV A; 4HXD A; 3AEG B; 5FK9 C; 1FXI A; 2N9X A; 3PPA A; 2LUE A; 3HUI A; 2MW5 A; 3U2S C; 2FID A; 2VZK B; 4RH6 A; 3VAW A; 2NTS A; 3NVY A; 3R2T A; 1H8C A; 2Q5W D; 1C77 A; 1EWY C; 1TKE A; 1VZ8 A; 1JRU A; 3PLU A; 1UGM A; 3Q2A C; 2JSV X; 4A9A A; 1T0R C; 3TUO A; 2K25 A; 2AX5 A; 2KWD A; 2IPK D; 2R61 A; 3KUZ A; 4E3C A; 3QAQ A; 3P1M A; 2DLB A; 3TEX A; 4K1R B; 1KLV A; 1UBQ A; 1MHH E; 5EE1 A; 3Q3F A; 1T5X D; 1JRO A; 3ZYY X; 1WIA A; 1WXS A; 1U4A A; 4I6P A; 4UDU C; 3KLS X; 3AH7 A; 4KSL C; 1D5X C; 3AE8 B; 4NPN A; 1R7S A; 4XX5 A; 4NY0 A; 4YSY B; 3UIN B; 1J7A A; 2K9X A; 4L1B A; 2RMM A; 2WX1 A; 1ZPS A; 3C0R B; 1C3T A; 4AOF A; 1C79 A; 2MBH A; 1WR1 A; 3ABV B; 3BWU D; 2WXN A; 1TT5 B; 4ITK A; 5TSS A; 2IO0 B; 3RNB C; 3ZRF A; 1EU4 A; 1QLB B; 2REX A; 2ZJD A; 2XNA C; 4KZC A; 3P4P B; 2UWQ A; 5AUK A; 4MH8 A; 2EEL A; 4RGM A; 1XO3 A; 3VFK A; 3WA0 A; 4C7Y A; 4FJY A; 3V6E B; 1FO4 A; 1C4C A; 2ZW1 A; 2ZZP B; 4FN2 A; 1PQS A; 3MHS D; 1BT0 A; 1D3Z A; 1E90 A; 1E7P B; 2MA9 B; 3EFC A; 2FCQ A; 1WYW B; 2WYQ A; 1AW7 A; 1J19 A; 2INN E; 2PVO D; 2KNB A; 2ASQ A; 4II3 B; 3DBS A; 4W9K A; 1LXD A; 4W9J A; 1I42 A; 4QAY A; 4MGK E; 1K53 A; 2I1J A; 3MTN B; 4GB9 A; 2LRW A; 2IBI B; 2DEN B; 4EZK A; 3ZGZ A; 2GRI A; 2M56 B; 4AUQ C; 1ZXH A; 4RMA A; 2D3G A; 4O1N A; 4WWM A; 3DWG C; 2WXK A; 2DAF A; 1LM8 B; 2NS5 A; 1KTK A; 3DBH B; 2AYO B; 3U8Z A; 4B0E A; 4CQN A; 1QOB A; 2KDI A; 2LXA A; 2SEB D; 1FCL A; 2W55 A; 3PTF C; 3AEC B; 3CMM B; 1EWC A; 1N5X A; 4LLG M; 2XK5 A; 1B9R A; 1IUE A; 1PDX A; 3MC0 B; 1PYW D; 1YN4 A; 1NI3 A; 1YQ3 B; 3EUB 2; 2JYT A; 4IWO A; 4E71 A; 3ZJV A; 1T0S C; 4WH4 A; 3M63 B; 3Q14 C; 5E6O A; 3NUH B; 2MP2 A; 5G2N A; 1GOZ A; 3ZKJ C; 4ZRK A; 1GUA B; 3VUW A; 4K7U A; 3NVZ A; 1EM7 A; 1FRR A; 1JWA D; 4WWN A; 4RGN A; 2LHE A; 4EOY A; 1Q5W B; 4DK5 A; 1P98 A; 4RM8 A; 1LO5 D; 2C7H A; 1WWT A; 5TR5 A; 2BT6 A; 3I57 A; 3PO0 A; 3EA6 A; 2X38 A; 1NEK B; 4WQO B; 1GC6 A; 2KHW B; 4N9F 4; 1YOV B; 3P2B A; 3KYC D; 3OJ3 A; 4M0W A; 1L0X B; 5EE3 A; 4A6Q A; 4ZDV A; 3DOW A; 2MRP A; 2W54 A; 1C4P A; 3R66 C; 4HJG E; 4K3B A; 5H92 C; 3IXS A; 4BZA A; 1E7U A; 4WJN A; 5CTR C; 5G55 A; 1KRH A; 4OZB A; 1YNT E; 4LNN A; 1E8W A; 4LNO A; 1L2N A; 4BAX A; 4B9K A; 2MSE D; 4TKN A; 1UD7 A; 3DVG Y; 5H8Y E; 4TSS A; 3ZJT A; 4GLS C; 2JQR B; 1WX8 A; 3ZLZ A; 4HRS A; 4LNI A; 3DBR I; 4FHJ A; 3LJ3 A; 1I4X A; 2QDF A; 3W2D A; 1A5R A; 1KJT A; 1V5T A; 1KFY B; 4W9I A; 1TZO A; 1OGW A; 1HTO A; 3AE1 B; 2TSS A; 1FNU A; 1KLU D; 2N9P C; 1I4R A; 2MX2 A; 4ICU A; 3DHH C; 4MDK E; 5IOI A; 1D5Z C; 1K8R B; 5BYR A; 5BYS A; 3U4E G; 1WR6 E; 2N9K A; 2WNM A; 3AI5 A; 2N4F A; 4ASW C; 3TEW A; 3NOB A; 2G3Q B; 5IKC M; 2V1Y A; 3ZUN A; 4HKZ E; 2KK8 A; 1D6E C; 5D7G A; 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