The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
52
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sequence length |
174
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structure length |
174
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Chain Sequence |
AEIQQINIVGNHAFTTDELISHFQLRDEVPWWNVVGDRKYQKQKLAGDLETLRSYYLDRGYARFNIDSTQVSLTPDKKGIYVTVNITEGDQYKLSGVEVSGNLAGHSAEIEQLTKIEPGELYNGTKVTKMEDDIKKLLGRYGYAYPRVQSMPEINDADKTVKLRVNVDAGNRFY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for the interaction of BamB with the POTRA3-4 domains of BamA.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Outer membrane protein assembly factor BamB
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| molecule tags |
Protein binding/membrane protein
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| source organism |
Escherichia coli (strain k12)
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| total genus |
52
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| structure length |
174
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| sequence length |
174
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-12-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF07244 | POTRA | Surface antigen variable number repeat |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | membrane protein fhac | ||
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | membrane protein fhac |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4PK1 A; 4QAY A; 2VH2 A; 3OG5 A; 4K3B A; 4C4V B; 3NJT A; 2QDF A; 4XGA B; 3EFC A; 3Q6B A; 2VH1 A; 2V9H A; 3MC8 A; 2QCZ A; 2X8X X; 3MC9 A; 2MHJ A; 4K3C A; 4C00 A; 4C4V A; 4BZA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4W9E A; 2LVP A; 4JX1 C; 1QOA A; 1F2R I; 3ABV B; 4FJV B; 4JE3 B; 4YTP B; 1WR6 E; 2AQ2 B; 5BYS A; 5H92 C; 3LYY A; 3RUL A; 3PZ7 A; 3HVZ A; 4DHJ B; 1KRH A; 4GDK A; 1DGJ A; 1SE4 A; 2N7E A; 3URY A; 1R4M I; 2J52 A; 3APC A; 3ECI A; 2GBK A; 1RFA A; 4LJO B; 3E56 A; 4RMA A; 4W9F A; 2REX A; 4IUM B; 2OHF A; 1ET6 A; 2W82 A; 3SEB A; 1NEK B; 2BQQ A; 4C00 A; 2C7H A; 4HCN B; 4AS1 A; 2V0G A; 2DWQ A; 3ZNG C; 2VRR B; 2W3R A; 3ENE A; 4BVU C; 1IUE A; 3W5V B; 2Z0E B; 1WM3 A; 3AI5 A; 3GE8 C; 1YQB A; 1JWB D; 3RNB C; 2WU2 B; 4Q2J A; 4B95 A; 2BWF A; 3FKY A; 3QHT A; 5DCN A; 3AEF B; 3AE8 B; 1C3T A; 4LNN A; 2YEP F; 1T0Y A; 1AWD A; 4KSL C; 4KDI C; 1UGJ A; 3KUZ A; 3FC4 A; 1RM6 C; 1FCL A; 4KGR A; 1DOI A; 5L95 C; 4USA A; 2G3Q B; 2ZVO A; 3AE5 B; 2IO3 B; 4IWP A; 3WAO A; 4A3P A; 4AJY B; 3Q3F A; 2D5G A; 1KJT A; 3ONS A; 2CS4 A; 3VAW A; 4MJS A; 2XK5 B; 2QSD A; 3W1S C; 3S2A A; 2XBB C; 2LRW A; 2M0A A; 3EGR A; 2PKO A; 3NZ3 A; 3ZDM C; 3NVZ A; 3SU8 X; 1ISN A; 1V97 A; 4N58 A; 2KTR A; 2Z0D B; 4HRS A; 2LVO A; 2CHZ A; 4MT5 A; 5IN7 A; 4K7W A; 3DBR I; 4P6V F; 2L32 A; 1WZ3 A; 1Q0W B; 1IGC A; 1GNU A; 4ZOH C; 4HKQ A; 3A33 B; 3WAM A; 2M0X A; 3NUH B; 3LB8 C; 4JL9 A; 4LNK A; 4W9D A; 1I4Q A; 2V1Y A; 2K5P A; 2N1V A; 2WGS A; 1YJ1 A; 1L5P A; 1V5O A; 3Q8C A; 3D32 A; 3L16 A; 1C1Y B; 2I1K A; 3V61 A; 5HFY A; 3NZS A; 1TY2 A; 5LLI A; 1YOV B; 3FIL B; 3M63 B; 2PIA A; 5C1Z A; 3VUW A; 1G6J A; 3MTN B; 4WJO A; 1V9J A; 3AXC A; 1TTN A; 3V60 A; 3R7R A; 2L3Z A; 1FMA D; 2QCZ A; 3HK0 A; 4GOC A; 2HJ1 A; 5IA7 A; 1NBF C; 1YNT E; 3ZGZ A; 2OJW A; 2KDB A; 2WXK A; 4OZB A; 1I7H A; 5LNK 1; 3AEE B; 5FR3 A; 2L7R A; 1WE6 A; 1TGZ B; 2GBR A; 3QWZ B; 2LHD A; 4M8M A; 1TS2 A; 1ZE3 D; 3KVF B; 2MJD A; 3M95 A; 2YLM A; 2Z59 B; 5J18 A; 1ZXI A; 3O65 B; 1E7P B; 2RR9 A; 2KNB A; 1M4V A; 2WNM A; 1DOY A; 2CHX A; 1CMX B; 1RRB A; 3EFU A; 4PK1 A; 4LJP B; 2VH2 A; 4DXA B; 3A4S C; 3ALB A; 1HQR D; 2LRU A; 5D2M B; 2BW2 A; 1QF6 A; 3IVF A; 3BZD B; 3B08 A; 2A5U A; 1FCC C; 2R2O A; 2CJO A; 4DXF A; 4J3O D; 3PT2 B; 2BGF A; 2DYO A; 2M1M A; 4LNO A; 2LGD A; 3C0R B; 4QAY A; 4K81 A; 3KWL A; 2JX5 A; 2NTT A; 4US9 A; 2QDF A; 5D6J B; 2VZK D; 2JF5 A; 4US8 A; 3UF8 A; 2CKH B; 3KUC B; 1HA5 A; 2ZVN A; 5E6O A; 4D2K A; 1EU3 A; 5C23 A; 2BT6 A; 1C4C A; 1L0Y B; 1VZ8 A; 2Y3A A; 4ANU A; 5HKH A; 4ANW A; 2KFK A; 4B0M A; 4J6I A; 2WXL A; 4RGM A; 1LGR A; 2K0P A; 3L13 A; 2D3B A; 3H1U A; 5G2N A; 4HCP B; 1LM8 B; 3RCZ A; 4AJW A; 4LLG M; 1Z5S B; 2RDH A; 1FIQ A; 4JLC A; 1V1P A; 2BS2 B; 3R66 C; 4JIO U; 3A9J A; 2RDG A; 4ICU A; 1HXY D; 2O6V B; 2WXJ A; 3HUI A; 3RPF C; 4A8X C; 3N1Z C; 4ACF A; 1MVK A; 4HRO A; 1AYF A; 1ZP0 B; 4G0N B; 2IO2 B; 3X0W A; 2D07 B; 3PTF C; 3Q3M C; 4YTN B; 5CHF A; 2HE7 A; 3PLU A; 4REZ A; 5DPW A; 3ETR A; 3Q8B A; 3VUY A; 2JZZ A; 5DPS A; 2WLB A; 2C60 A; 1P7F A; 2V9H A; 3TBL D; 1PYW D; 4EOY A; 2IGG A; 3H7P A; 4WWM A; 2E6X A; 1FNW A; 3JSV B; 1GOZ A; 2EMS A; 3I63 C; 2UWQ A; 3ZRC A; 2JQR B; 3BIN A; 3ZYY X; 5BMH A; 5EE1 A; 1Q10 A; 4PYU A; 4FUL A; 4II2 B; 3GOE A; 1WE7 A; 1EUV B; 4GSW A; 3W1S A; 4DHZ B; 4W9G A; 2WX1 A; 3MFG A; 2GLS A; 1TKG A; 4G11 A; 5AZH A; 2PVG C; 2IPK D; 2GMI C; 2MP2 B; 2AQ1 B; 4YTM B; 3BWU D; 3IBE A; 3E9S A; 4ZRK A; 2LUM A; 4M0W A; 1QT9 A; 2NVU I; 1I42 A; 2DHZ A; 1EWY C; 1VRA B; 1J0G A; 3ML8 A; 2NBV B; 3JW0 X; 3MC8 A; 3N1Y C; 2GOW A; 2LEK A; 2WYQ A; 1J8C A; 4IDI A; 3Q3N C; 5JHB A; 3A4R A; 1WX8 A; 2FIF A; 2O2V A; 4BOS C; 4XDC A; 3VTW A; 3RD2 A; 3VRB B; 1WGH A; 1JWU D; 4N59 A; 3Q8E A; 2DZJ A; 1CJE A; 1WXM A; 4CHK A; 2INN E; 1TJE A; 3PGE A; 1HZ6 A; 2DAJ A; 2CU3 A; 1ENF A; 2Y5P A; 1UUP A; 1YQ3 B; 1J7C A; 3HM3 A; 4ZHO A; 3APF A; 3P63 A; 1T3Q A; 3DHH C; 4GDL A; 2V4I B; 2ZJD A; 2MHJ A; 3L17 A; 5KHO A; 4GMV A; 3BVG A; 1XLQ A; 3R7Q A; 2MRP A; 2IY0 B; 1D6E C; 3TEX A; 1D5M C; 3I5J C; 4S0R A; 1T0S C; 3U30 A; 2G1E A; 1LQB A; 2D2Q A; 2GI9 A; 4OVU A; 2WXQ A; 1UGM A; 2KVR A; 2LUE A; 2MJ3 A; 3ZDT A; 3TUO A; 1B9R A; 1RYJ A; 2FUG 1; 4K3C A; 4LNI A; 1D5Z C; 3MP9 A; 1PGA A; 1OQY A; 3QA8 A; 4HKZ E; 4C7Y A; 1F77 A; 1WMH A; 2BS4 B; 4WJP A; 4K7U A; 1SBB B; 2DNF A; 2ZEQ A; 2BTE A; 4WQM A; 3K9O B; 4LCD E; 1WGY A; 1N60 A; 4EKU A; 2DYB A; 1YN4 A; 4N9F 4; 2G4S A; 2ZPN A; 1SIF A; 3PVL A; 2J0M A; 1K8R B; 3Q3O C; 1SE2 A; 1YJI A; 4NJC A; 2IY1 B; 3A9K A; 2NBU A; 2N1W A; 1HTO A; 3H7S A; 1HEZ E; 2MSE D; 4NQL B; 3EFC A; 4ZYS A; 3U52 E; 4HPM B; 2J0K A; 3BYT B; 3PHX B; 4A3O A; 1XT9 B; 1Y8R C; 2AWT A; 5JHA A; 2K6D B; 1IPG A; 2PPH A; 2XN9 C; 3W9C B; 2PLP A; 2AEH A; 3NVY A; 4C4V A; 3U2S C; 4XWT A; 3PRZ A; 3NZU A; 5AUI A; 1C4A A; 3P1M A; 1KLV A; 2LXC A; 1SXT A; 1JWS D; 4NAW A; 4HLE A; 2ZNV C; 3UQB A; 2GBN A; 1OEY A; 2K8H A; 2WXN A; 1WY8 A; 3U4E G; 2AL6 A; 1UBQ A; 4FHK A; 1VR9 A; 1GJZ A; 1IGD A; 1MJD A; 3NJT A; 1F52 A; 4B0E A; 1T6B X; 1K50 A; 3Q6B A; 4IM0 A; 3RI7 C; 3RZF A; 3NRZ A; 2HJ8 A; 1CK1 A; 3PRE A; 1IBX B; 1KF6 B; 3KH0 A; 2BYT A; 3L10 B; 1K52 A; 1NDD A; 3EEC A; 2N9P C; 2WXR A; 2LZ6 A; 2HTM E; 2PMV A; 4KZC A; 3T8M A; 2IO1 B; 1BML C; 2JY6 A; 2D10 A; 3ML9 A; 4ZRQ A; 5D94 A; 2C7M B; 3B0A A; 1XLN A; 2PE9 A; 1FRR A; 1FNV A; 1XD3 B; 2ASQ A; 4WWP A; 2AL3 A; 3QCA A; 2KJH B; 3ZJV A; 3TIX A; 2LFI A; 4AOF A; 4DQO C; 2MH7 A; 2MLB A; 4FA6 A; 1Z2M A; 3IFW B; 2G9H D; 1OGW A; 2JYE A; 3AE7 B; 4TQ0 A; 3ZQ4 A; 3AU4 A; 4RGN A; 2AX5 A; 3AEG B; 2MBB B; 5BMG A; 3GS2 A; 2IGD A; 1TYG B; 2W9N A; 1K51 A; 3QAR A; 3Q3J A; 1FM0 D; 1R7S A; 1WH3 A; 4EFO A; 1WXV A; 2WP9 B; 4RM8 A; 1T0Q C; 3PV1 A; 2K1F A; 3QK0 A; 2KDE B; 4RGO S; 3L4P A; 1E90 A; 2NMQ A; 3DOW A; 1L4D B; 3L0W B; 2MBE A; 5BYR A; 2WXH A; 3QX1 A; 4HK2 A; 2QMT A; 3AED B; 3I9V 1; 1C79 A; 3NVW A; 3EA6 A; 4HJG E; 2BS3 B; 3SFE B; 2Y5B B; 1QKZ A; 1WYG A; 2HDE A; 2LGY A; 1OTR B; 2Y5C A; 3GP7 A; 4KIK A; 3RNG C; 4RGT A; 4KVG B; 1UF0 A; 2KJR A; 4WH4 A; 2PTL A; 4E74 A; 2N0S B; 5AUK A; 3I57 A; 1KTK A; 3T3N A; 1HTQ A; 4YSZ B; 2WXM A; 1F1H A; 2DZI A; 4MH0 E; 1F2R C; 3AMZ A; 4W9J A; 4HDO A; 3NOB A; 1XF5 L; 4IC7 B; 4W9I A; 2QIL A; 1NI2 A; 1XO3 A; 1KH0 A; 4AP4 C; 1HZ5 A; 1ZDX A; 3U7Z A; 1C78 A; 3DHG C; 5J2R A; 3IXS A; 2BWE S; 5HG2 A; 2EEL A; 4NZL B; 4OVZ A; 1UBI A; 2LGI A; 1KOT A; 2V3N A; 2BKR B; 3AEC B; 4L23 A; 1P9D U; 2SEB D; 2WWZ A; 2KZR A; 1I35 A; 3CSF A; 3V6C B; 3N32 A; 1E7V A; 2C7N B; 3H9D A; 2KX3 A; 4PS3 A; 2WHI A; 4RFB A; 3W2D A; 4LDT B; 2RGF A; 1S1Q B; 4W9K A; 2J53 A; 4PT5 A; 1TIF A; 3HVD A; 2RPV A; 2MCN B; 2KMA A; 3PRP B; 2KX0 A; 5FKA C; 1I4X A; 3SFD B; 4C80 A; 4GN1 A; 3BYY B; 3MC9 A; 4AUQ C; 1GB4 A; 1AAR A; 2C9W B; 1MHX A; 3Q2A C; 5CX3 A; 4A55 A; 3OG5 A; 4BBN F; 3TEZ A; 3DDC B; 2LGS A; 1N61 A; 4MEL A; 1L4Z B; 2R2Q A; 3VH4 B; 2VH1 A; 3PO0 A; 2LMC A; 3UQA A; 4II3 B; 4WJQ A; 1R4N B; 2E3T A; 2K39 A; 3P4S B; 4F1S A; 3IHP C; 3QC8 B; 2W54 A; 3J9C A; 1JW9 D; 2NBW B; 4P1C C; 1UWM A; 3EHV A; 1L7Y A; 2WXF A; 1ROE A; 2WXG A; 4MSQ B; 2L1A A; 5BYQ A; 2CHW A; 2KN4 A; 1SGH A; 3OJ3 A; 1WXQ A; 1WJ4 A; 4G3X B; 4IM2 A; 3DQV A; 1KLG D; 1HE8 A; 4HWI B; 4MGZ E; 3AE4 B; 2WX0 A; 2MX2 A; 3TMP B; 3RMK C; 1C77 A; 1MI0 A; 4TSS A; 1WRI A; 2KFK B; 3PLV A; 2DZM A; 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2IO0 B; 1TT5 B; 4JQW C; 4KZ0 A; 3AEB B; 1SE3 A; 1WSP A; 1WGR A; 1D4B A; 1N62 A; 1OEY J; 4JPS A; 1YIW A; 3NS1 A; 4C56 C; 4MGI E; 3R2T A; 2D3C A; 1QQR A; 2OED A; 4MDK E; 5IKC M; 2IBI B; 1KLU D; 5LXH A; 1DYQ A; 2ON8 A; 3DVN V; 5CHW A; 3B2F A; 3BVZ A; 3TJP A; 2WQY B; 1GPX A; 1L0X B; 2KT7 A; 1ZKH A; 2JXX A; 4HPL B; 3RZW C; 1PFD A; 3A1Q B; 3AM9 A; 1RAX A; 5EE0 A; 2KWD A; 1WXA A; 5CTR C; 4FHJ A; 4E3C A; 2X38 A; 2RMM A; 3KUD B; 2PW9 A; 4IM3 A; 3U7D A; 1VZ7 A; 4HJK A; 1XXG A; 3V3X A; 3BII D; 2NR2 A; 4RF0 A; 4IWO A; 2JT4 B; 1QLB B; 4KKJ A; 2NCN A; 2N7D A; 3CMM B; 4XC2 A; 4XGA B; 1FXA A; 3LJ3 A; 1WJN A; 1YX6 B; 4GIV A; 4H2A A; 1MHH E; 1V5T A; 2D3A A; 2YVC A; 2X8X X; 3RNE C; 5D7G A; 4CQN A; 1SIJ A; 2PVO D; 2WXI A; 3T3O A; 5AEK B; 4GGQ A; 3DBL B; 2GBM A; 1QZE A; 4K3B A; 1JWA D; 3H8H A; 3IT6 B; 3WAP A; 4F7Z A; 4WAA A; 3R3M A; 1P1A A; 1V86 A; 3ZLZ A; 1XQQ A; 5LXI B; 4ARC A; 2YEP B; 1WMH B; 4NJ6 A; 4RNA A; 1UZX B; 2EKE C; 1N5W A; 3HIZ A; 5FR6 A; 1TZO A; 1C4P A; 1VJK A; 4L1B A; 1CQV A; 2KAN A; 4YSX B; 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