The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
118
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structure length |
103
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Chain Sequence |
MTTFKLAACVTLNCTETRVKHCSFNITTDVKDRKQKVNATFYDLDIVPLSSSLYRLISCQTTTTEAVDAATAAKVFKQYANDNGIDGEWTYDDATKTFTVTEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The V1V2 Region of HIV-1 gp120 Forms a Five-Stranded Beta Barrel.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Light chain of anti-HIV-1 gp120 V1V2 antibody 830A
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| molecule tags |
Viral protein/immune system
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
17
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| structure length |
103
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| sequence length |
118
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| chains with identical sequence |
Q
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-03-20 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3U4E G; 4DQO C; 4YWG G; 3U2S C; #chains in the Genus database with same CATH topology 4EE2 A; 2KN5 A; 1F1H A; 1QF6 A; 3L54 A; 3NVV A; 4ZDV A; 3IG3 A; 1L4Z B; 3A1Q A; 3ONS A; 4IM3 A; 3Q3O C; 2I2Y A; 3RI7 C; 3BVZ A; 1A70 A; 2RPQ A; 4GDK A; 1WE6 A; 2WXJ A; 4KZC A; 2WQY B; 1GB1 A; 2CU3 A; 4HPM B; 3CIR B; 3NRZ A; 4AJW A; 1K8R B; 2KTF A; 1E7P B; 3RZW C; 2B76 B; 3ZJU A; 1C3T A; 3X23 A; 4I6N B; 3ZNH B; 3R66 C; 4LJP B; 5BMH A; 4MH8 A; 1YQ4 B; 3CMM B; 2YEP B; 2ZVN A; 4AUQ C; 2QC8 A; 3ZNG C; 2KZR A; 1LQB A; 4MEM A; 3OJ4 B; 2MRP A; 3JSV A; 4JGH B; 1SEB D; 1V86 A; 3MC9 A; 4XZ4 A; 5L83 A; 1RFA A; 1RAX A; 2BT6 A; 5EE9 A; 5DPW A; 4FAD A; 2J52 A; 2WX1 A; 2YLM A; 3HM6 X; 2WP9 B; 2V3N A; 3U7D A; 2C5L C; 2CKH B; 3RFZ B; 5EE0 A; 2FID A; 1DYQ A; 5CX3 A; 4LNI A; 4WAF A; 3TEX A; 3TSS A; 2IY0 B; 2Y5P A; 3WIM A; 1JWM D; 4BBN C; 1V49 A; 1HTQ A; 5D2M B; 2WWZ A; 3FKY A; 2IBI B; 1HQR D; 4IM0 A; 2E6X A; 4XC2 A; 1SIF A; 4ZHO A; 4A3P A; 3TMP B; 5HKH A; 2JY6 A; 4G3X B; 2WXH A; 2WHI A; 3PTF C; 3RZF A; 1SE3 A; 4WUR A; 2D10 A; 1FCL A; 5IO9 A; 1L5P A; 1Q5W B; 2J0J A; 3ZRC A; 2KVZ A; 1YMH E; 3X0W A; 3Q8C A; 4WJO A; 3MC8 A; 2Z8L A; 1NDD A; 1GAQ B; 2PE6 B; 2MJE A; 2GRI A; 2IZV B; 2W3R A; 1YX6 B; 1NYR A; 2BPS A; 2MHJ A; 1KFY B; 1E6E B; 1TS5 A; 4WWM A; 2WXK A; 1DOX A; 3AED B; 2O6V A; 2R2Q A; 1MG8 A; 3TIX A; 4YXD B; 2LHD A; 4KGR A; 2KDF B; 4M01 A; 4W9K A; 2BB6 A; 4M00 A; 2R61 A; 3P4P B; 4I6L B; 2BS2 B; 2HTH A; 4RNA A; 3M62 B; 1ZXH A; 1I7H A; 1PGA A; 5LNK 1; 1V5O A; 1ISN A; 5JHB A; 1YOV B; 1IBX A; 1IYF A; 3L0W B; 3ZW3 A; 5DPR A; 2LGI A; 2IO0 B; 1V8C A; 4BBN F; 3KH0 A; 2KMA A; 1BT0 A; 1KRH A; 2L76 A; 1PQS A; 1T5X D; 3T3O A; 2LJI A; 4WAA A; 2GBM A; 1OQQ A; 3JW0 X; 4ANU A; 3V62 A; 3KYD D; 2GBN A; 3FIL A; 1WZ0 A; 3UF8 A; 3Q3N C; 2KAN A; 3KLS X; 3DBR B; 5JZE B; 3N30 A; 2D3C A; 2KC2 A; 4P1B C; 1C9F A; 3NVY A; 2WDR B; 1L7Y A; 4WQM A; 1FMA D; 1F0Z A; 2N7J A; 4MGY E; 1AAR A; 3S2A A; 5AUI A; 3AU5 A; 1D6E C; 2K8H A; 1B9R A; 1YNT E; 4A90 A; 2J0M A; 1FO4 A; 2ZNV C; 2HDE A; 2BF8 B; 5D6J B; 2D2Q A; 2LXC A; 3NOB A; 3WAL A; 1L0X B; 1JW9 D; 4NPN A; 5JXV A; 1GJZ A; 4DQO C; 2L32 A; 4IM2 A; 1EWY C; 2UWQ A; 4KGT A; 2PKO A; 5LXH A; 2MP2 A; 1VR9 A; 3OWE B; 2O2V B; 1V97 A; 4RF0 A; 2K0P A; 3UIN B; 1YQ3 B; 4C80 A; 4URK A; 3ZO5 B; 2MBO A; 1C77 A; 2PEA A; 4KKJ A; 2BTE A; 4EOY A; 2WXP A; 3AEA B; 3AE9 B; 1P3Q U; 5BYQ A; 2WXQ A; 3U30 A; 4HRS A; 3K9O B; 5G5G A; 1VZ8 A; 3TJP A; 4II2 B; 3M3J A; 3C8Y A; 3GB1 A; 1XT9 B; 2KHW B; 3HVD A; 2M0A A; 2MBE A; 2JQR B; 2KFK A; 2JXT A; 2MA9 B; 3AXC A; 2M8S A; 3VFK A; 5HFY A; 3ML8 A; 1AYF A; 1OGW A; 1UWX A; 4DHZ B; 3ABV B; 2XEW A; 3ZYY X; 3RPF C; 1K53 A; 2LVO A; 4NY0 A; 2K8C A; 1EWC A; 2FCS A; 3Q3M C; 4CYE A; 2KNB A; 3PZ7 A; 4MGK E; 1L6V A; 2LGY A; 1F77 A; 2BKF A; 4HK2 A; 2LRU A; 1I4G A; 3DOW A; 3TEY A; 1D5M C; 4M02 A; 4TV3 A; 3NS8 A; 3QJZ A; 3AN1 A; 1J0G A; 2DNF A; 1WM2 A; 2FBW B; 1WRI A; 1VRA B; 3H7S A; 2NBU A; 4L2Y A; 2Z0D B; 4GB9 A; 4P7I A; 2LMC A; 2DWQ A; 5AUK A; 3A4R A; 5LLI A; 1CK1 A; 2JPH A; 2WXO A; 2DZJ A; 4C4V A; 2KDM A; 3DWG C; 4GDL B; 3ZLZ A; 2HTM E; 3BY4 B; 4NJC A; 1ZOY B; 3APC A; 1AN8 A; 2VRR B; 5MPO A; 2C7M B; 1UWM A; 2WXL A; 5E6P A; 2V9H A; 5CHF A; 3VTV A; 3RNA C; 2K39 A; 4K7W A; 2NPT B; 4US8 A; 5G2N A; 1EM7 A; 3AEE B; 1VZ7 A; 1UGJ A; 3P4S B; 1D3Z A; 2WXR A; 1WMH B; 3MJ5 A; 3LB8 C; 1KOT A; 2WGS A; 4DHJ B; 1ZDX A; 2WXM A; 2QMT A; 1R4M B; 4JX1 C; 1SE9 A; 4PS8 A; 1FXT B; 4MGZ E; 1CZP A; 2JF5 A; 4FXC A; 3CST A; 4XYC A; 2DZM A; 1TY2 A; 4HEA 1; 4XGA B; 4E3C A; 4LNK A; 3EA6 A; 5JHA A; 1FRD A; 2KVR A; 1C4C A; 3KQ4 A; 1OQR A; 1J7C A; 3A9J A; 2VZK D; 2L05 A; 3ZNZ B; 2ZEQ A; 4AP4 C; 2KQ7 A; 3SU8 X; 2KJH B; 4XE0 A; 1TKY A; 1C76 A; 3M63 B; 3NVW A; 5CHW A; 2N0S B; 2NBW B; 4BAX A; 2Q5W D; 4MAC A; 3N3K B; 1D4B A; 3P2B A; 3GZN B; 1XXG A; 3W1S A; 1F2R C; 2BVC A; 2GMI C; 3BVM A; 1MVK A; 2ZCC A; 4YL8 A; 1WJ6 A; 4M0W B; 1KLG D; 3UQB A; 2W54 A; 1TKG A; 2D3G A; 2CJO A; 5G55 A; 3CWI A; 4NAM A; 1WY8 A; 2OOB B; 4E74 A; 2N7D A; 4BKG A; 3BYY B; 4KZ0 A; 3RCZ A; 1RRB A; 2XK5 A; 1C4A A; 1IGD A; 3BZD B; 1WX9 A; 2PJH A; 4KV2 A; 3AMZ A; 2IO2 B; 2WU5 B; 1N60 A; 3KW5 B; 4N6E B; 2FCN A; 1WI0 A; 3WA0 A; 2KWC A; 3MP9 A; 3PS6 A; 1WFY A; 1JRU A; 2QIL A; 4HKZ E; 2WDV B; 3TEW A; 4B95 A; 3VDZ A; 4YT0 B; 1FEH A; 2L3Z A; 1ROE A; 4LNF A; 4IWP A; 2RMM A; 1DOY A; 3A4S C; 4S0R A; 1TBE A; 4K7U A; 1V1P B; 1SBB B; 1VLB A; 2SAK A; 2KX3 A; 2LVP A; 4JL9 A; 4XWW A; 3J9C A; 4AQ7 A; 1KJT A; 3VUY A; 4ZYS A; 3UI3 A; 2A5U A; 1OEY A; 3ZQ4 A; 4ARC A; 1I4P A; 4HDQ A; 4XDC A; 4YTN B; 2W55 A; 4P6V F; 1ESF A; 1K51 A; 2JRH A; 1ZUD 2; 1YX5 B; 3AH7 A; 1ZKH A; 1FM0 D; 2KWD A; 1GOZ A; 5BYR A; 4AWJ A; 4GXB A; 3GOE A; 1WGD A; 2M56 B; 4ITK A; 2INC C; 1F9J A; 3DHH C; 3EUB 2; 2LWP A; 2LZ6 A; 4P1C C; 3EGR A; 3NUH B; 3P63 A; 3R2T A; 1TS2 A; 1HTO A; 5CHV C; 4DDI D; 2LD9 A; 2KC1 A; 2GBJ A; 1HEZ E; 2FUG 1; 1SIJ A; 3Q6B A; 2KKC A; 3ZKJ C; 3AI5 A; 2LFI A; 4HXD A; 4LJO B; 1STE A; 1N6Z A; 2FCM A; 3U8Z A; 4BOZ B; 2MX2 A; 2WXF A; 3QQ8 B; 1LFD A; 1WM3 A; 2DYM A; 2PIA A; 2QCZ A; 2WNM A; 4KVG B; 1PGB A; 4OVZ A; 3E56 A; 4WWN A; 2N1V A; 2CHW A; 2REX A; 1SGH A; 4ICV A; 4PYZ A; 2DYB A; 3VTU A; 3AEG B; 5D7G A; 4F8C B; 1FD6 A; 2KFJ A; 2HE7 A; 3URY A; 2D11 A; 1PGX A; 2LGD A; 4UDU C; 5TR5 A; 1NBF C; 2YEP F; 4RM8 A; 1JWA D; 5FKA C; 1ZGU B; 1UZX B; 4OZA A; 3A1Q B; 4MSM B; 4A8X C; 2NTS A; 1NYQ A; 1I4R A; 1H4R A; 1SE2 A; 2ZPY A; 3I63 C; 2J42 A; 2JWU A; 1SJH D; 1GNU A; 4GGQ A; 1ZW7 A; 3U52 E; 4ZRJ A; 2J0K A; 1A5R A; 2L0F A; 3DVG X; 1P98 A; 1YN3 A; 3PRE A; 4I6P A; 3N1Y C; 3P4Q B; 2ICI A; 1GG3 A; 4B9K A; 3SHQ A; 3KWL A; 5GXG B; 2N4F A; 2VH1 A; 3SR6 A; 3FC4 A; 1FXI A; 3GP7 A; 5E6O A; 3I3T B; 2NTT A; 1WGG A; 3P42 A; 3ZDM C; 2KQ4 X; 3JSV B; 3PLU A; 4A55 A; 4FJY A; 2FCQ A; 1EU3 A; 1IP9 A; 5EDS A; 2C7H A; 1XEE A; 2IGG A; 2L7R A; 4Q2J A; 3ZTC A; 1TGZ B; 3BK1 A; 3R7R A; 2L00 B; 2D3B A; 4OVV A; 1HZ6 A; 2BB5 A; 1FFV A; 2VH2 A; 2RDH A; 3TCA A; 1JWB D; 1ZDV A; 3B2F A; 2IJ0 A; 3IBE A; 4ICU A; 2N9L A; 5DPS A; 3PVL A; 2G3Q B; 1QKZ A; 1NEN B; 3AE2 B; 5KHQ A; 4CHK A; 2LGS A; 2MWS B; 3A9K A; 4LNN A; 3Q2A C; 1TZ1 A; 2Y5B B; 1OTR B; 1CMX B; 3DVN V; 3ZVV A; 4C7Z A; 5BYS A; 4FHK A; 5H8Y E; 2JT4 B; 1E7U A; 3AE6 B; 4N58 A; 3K9P B; 2R2O A; 1PFD A; 1WXS A; 5HHD G; 4KIK A; 4PS7 A; 4J3O D; 4BFR A; 2PW9 A; 3APD A; 1JML A; 1T6B X; 3V61 A; 2IDY A; 2JZP A; 2FUH B; 4IUM B; 1CJE A; 3KYC D; 4KX6 B; 1VZ6 A; 4GLS C; 5D3I B; 4YSY B; 2KQS A; 4FUL A; 1EF1 A; 1L6U A; 2JZ3 B; 2MBB B; 4DHJ D; 3GE3 C; 3BWU D; 4MSQ B; 4ZHP A; 2DX5 B; 1F52 A; 2N9X A; 2J4X A; 4ZRK A; 2KDI A; 5LXI B; 3T9L A; 1SSN A; 2CS4 A; 1T3Q A; 3VUX A; 4B0E A; 4PS3 A; 5C1Z A; 2LJ5 A; 3VXW A; 3W5V B; 2M19 A; 4LDT B; 4WWO A; 3NVZ A; 4LTU A; 4BKT A; 1EU4 A; 3ZGZ A; 3PT2 B; 2D5G A; 1E7V A; 2O2V A; 2SEB D; 3MFG A; 4YWG G; 2JVC A; 3DCG A; 3DBL I; 2MQJ A; 3M95 A; 3IAM 1; 3ZXR A; 2EMT A; 2DLB A; 2K22 A; 3QWZ B; 1Q10 A; 1WIA A; 3FIL B; 3AE7 B; 1OEY J; 1NVI D; 4BVU C; 1T0R C; 1N5W A; 1MI0 A; 4W9D A; 1H8C A; 4R3D A; 4ZYN A; 2HJ1 A; 5HG2 A; 1ACC A; 5J2R A; 4NJ7 A; 2OJW A; 3OLM D; 1E9M A; 2N1W A; 1WZ3 A; 2WYQ A; 1WJU A; 1WYW B; 2FE8 A; 2KO3 A; 5AZG A; 3AEC B; 1RM6 C; 4GU2 A; 4W9L A; 4EFO A; 2DYO A; 1ZPS A; 1P1A A; 1WXV A; 3PLV A; 2ZCB A; 3BVG A; 2L1A A; 4G50 A; 3C0R B; 1JWS D; 3W5U B; 2KDE B; 1PUT A; 5CTR C; 3Q8F A; 2AYO B; 3DHI C; 3Q3J A; 1J8C A; 2Z59 B; 1B1Z A; 2W3S A; 1I35 A; 2NVU I; 1IPG A; 2WXG A; 4L1B A; 2BGF A; 3P1M A; 2GLS A; 2DAJ A; 5HI1 A; 1QIL A; 4W9G A; 1WR1 A; 4II3 B; 3VRB B; 5C2T B; 1C4P A; 3VVW B; 1RFK A; 1TS4 A; 2MP2 B; 1R4N I; 1V9J A; 3AEF B; 3EFC A; 3SFD B; 3SDL C; 2J53 A; 4EUT A; 4CQN A; 1GC6 A; 3ZTD A; 1WE7 A; 3B2G A; 2JUO A; 2OJR A; 1KLV A; 2K8B A; 4WIP A; 1BML C; 2WU2 B; 3R8B A; 4ANX A; 1UGM A; 4MT5 A; 4MM3 A; 1WWT A; 2KAJ A; 2ACZ B; 2OHF A; 1QOG A; 1SB3 C; 2DAF A; 3SEB A; 2ZJD A; 2KFK B; 2NPT A; 4H2A A; 4HPL B; 2BS4 B; 1VD2 A; 4RGO S; 3H8H A; 1XLO A; 1LXD A; 1NI3 A; 2QJL A; 1XF5 L; 1ET6 A; 1C79 A; 1WMH A; 3C19 A; 4US9 A; 4GN1 A; 2L52 A; 4FHJ A; 4TSS A; 1J7A A; 3IXS A; 2MBH A; 3H7P B; 5BO4 B; 4FA6 A; 4JWU C; 4XDD A; 4AJY B; 1MFW A; 1ZP0 B; 3QK0 A; 4HVB A; 1QOF A; 2X8X X; 4AOF A; 2EKI A; 2MJD A; 2PE9 A; 2IGD A; 3NS1 A; 4E71 A; 2J7Q B; 3FAH A; 4G11 A; 3LDZ E; 3Q3F A; 2RDB C; 1Z2M A; 4F1S A; 2LEK A; 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