The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
115
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structure length |
88
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Chain Sequence |
TTFKLAACVTLACTRVKHCSFNITTDVKDRKQKVNATFYLYRLISCQTTTTEAVDAATAAKVFKQYANDNGIDGEWTYDDATKTFTVT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for diverse N-glycan recognition by HIV-1-neutralizing V1-V2-directed antibody PG16.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PG16 Fab Heavy Chain
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| molecule tags |
Immune system
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
12
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| structure length |
88
|
| sequence length |
115
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-16 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3U2S C; 3U4E G; 4YWG G; 4DQO C; #chains in the Genus database with same CATH topology 1I7H A; 2J42 A; 3NS8 A; 1QOA A; 4BFR A; 4EEW A; 3VQI A; 1ZUD 2; 3MJW A; 2LHD A; 3BK2 A; 2AX5 A; 1TS3 A; 4TV3 A; 4GDK B; 1UZX B; 2EMT A; 2N7J A; 4LDT B; 2EKI A; 2KNB A; 4PS8 A; 3H7S A; 3PO0 A; 3DBR I; 2FID A; 2GBJ A; 3Q14 C; 2K6Q A; 4P1B C; 3UQB A; 2WDR B; 2MJE A; 4NJC A; 2MX2 A; 4PS7 A; 3ZRF A; 4RCO A; 1ZW7 A; 2KDI A; 2KQS A; 4ZYS A; 2QIL A; 5GXG B; 4XC2 A; 1HTO A; 3VRA B; 2KTR B; 2CU3 A; 2J0K A; 2NPT B; 2KHW B; 1TJE A; 2DAF A; 3W1Y A; 4L2Y A; 4REZ A; 1LXD A; 2FCS A; 2A4Z A; 4MEM A; 1PUT A; 3ECI A; 4EZL A; 1UWM A; 3J9C A; 2WXM A; 1A70 A; 3AEG B; 2AL6 A; 4FJY A; 3H9D A; 2N1V A; 3VH3 B; 3EEC A; 3TUO A; 1YJI A; 1L6U A; 5J18 A; 1L7Y A; 1CK1 A; 2KZR A; 2L3Z A; 1NYQ A; 1LFD A; 2O2V A; 2RDB C; 1VRA B; 1BUI C; 4N58 A; 1IPG A; 4KKI A; 1M94 A; 2IND C; 4AS1 A; 4KVG B; 3WIM A; 3BWU D; 1P1A A; 3A9J A; 1HQR D; 1TS2 A; 3ZKJ C; 2ZJD A; 5J2R A; 4HDQ A; 3RD2 A; 2KYW A; 3R7Q A; 3I5J C; 2GLS A; 3RNE C; 1XO3 A; 4FAD A; 4GIV A; 2FCQ A; 2IZV B; 1VCB A; 1WIA A; 3WCQ A; 4PS3 A; 1ET6 A; 4YSX B; 4A8X C; 2JU6 X; 3PHW B; 2KVR A; 1RFK A; 2JF5 A; 2LXA A; 3T3N A; 1OQY A; 2J7Q B; 2OJR A; 2KAN A; 3NJT A; 3AMZ A; 2WX1 A; 2ICI A; 5DPS A; 1MVK A; 4ICU A; 4MGZ E; 4TQ1 A; 1I4X A; 3RNA C; 1L0V B; 1P7F A; 3U4E G; 3PS6 A; 3PRP B; 4XX5 A; 4F7Z A; 1QF6 A; 1KOT A; 1B1Z A; 1JRU A; 1L4D B; 3U8Z A; 2W54 A; 2MP2 A; 4BZA A; 2KAJ A; 4IDI A; 4D2K A; 1U4A A; 1V8C A; 3R2I A; 2KAC A; 4NNJ B; 3BVG A; 1B9R A; 3NVV A; 2MW5 A; 2MJD A; 1SE3 A; 1A5R A; 2NBU A; 4FA6 A; 3IFW B; 4MEL A; 3QA8 A; 4LK0 M; 1GB4 A; 3K9O B; 1E10 A; 5EDS A; 1RM6 C; 4RM9 A; 4JLC A; 4WIP A; 1IGC A; 4A55 A; 2JVC A; 2WXL A; 3RFZ B; 1T0Q C; 4IW0 A; 3L4P A; 2AL3 A; 2V0G A; 1HZ5 A; 4RGN A; 1FRR A; 4ANV A; 4HK2 A; 5IAA C; 2KX3 A; 2V4I B; 1WR6 E; 3RMK C; 2SEB D; 1T3Q A; 3AXC A; 2LGS A; 1JWM D; 3Q8B A; 4YL8 A; 2N7E A; 2NTT A; 5LXI B; 2XEW A; 2QHO A; 4IUM B; 4HLE A; 2KK8 A; 2BTE A; 2CJN A; 2OHF A; 2N9E B; 2RPQ A; 2WXO A; 4RF1 A; 2NCN A; 3WAL A; 3UI3 A; 5C1Z A; 2BB6 A; 3LYY A; 4RGT A; 4CYE A; 4MM3 A; 1E7V A; 1E8Y A; 4WJQ A; 3APF A; 2JXX A; 2BYF A; 2XK5 B; 4IWP A; 4ARC A; 2M0X A; 3GB1 A; 2B76 B; 5AZF A; 4DXG A; 1MI0 A; 2WXQ A; 3TEY A; 3DPD A; 3K9P B; 2L32 A; 3AE8 B; 5FK9 C; 1PYW D; 1FD6 A; 2PEA A; 1N6Z A; 2M19 A; 3OJ4 B; 5KHQ A; 1YQB A; 4YTN B; 1V5T A; 1V97 A; 1WWT A; 3BZD B; 2KTF A; 1ZP0 B; 3AE4 B; 1F52 A; 3IVF A; 2LUE A; 2WGS A; 4HPL B; 1GG3 A; 2O6V B; 3LDZ E; 4GDL B; 1N62 A; 2EEL A; 3VTU A; 3AV8 A; 3H8H A; 5CHF A; 4C7Z A; 1JW9 D; 2IGG A; 2MH7 A; 4WWN A; 4C56 C; 2NR2 A; 2G45 B; 1YOV B; 3RNB C; 1CJE A; 2N0S B; 4AWJ A; 4HJG E; 1WFY A; 3DVN U; 4YXD B; 2OJW A; 3VR9 B; 4JIO U; 1QLB B; 3BII D; 2BKF A; 1SIF A; 3QC8 B; 2LJI A; 3L16 A; 4ANU A; 3UGB B; 5G5H A; 3P2B A; 1LO5 D; 2MEK A; 1LM8 B; 3RNC C; 4DDI D; 4C00 A; 3P63 A; 3AEB B; 1IGD A; 1ZXI A; 4DXA B; 1AYF A; 2UU7 A; 5HI1 A; 3TEX A; 1YN4 A; 3VHT C; 4KIK B; 3A4S C; 2W3S A; 1NI3 A; 3VH4 B; 2PVO D; 2IGD A; 1KRH A; 2V3P A; 4EFO A; 2QJL A; 1V81 A; 3A9K A; 3L08 A; 4DXF A; 3AE3 B; 4LNF A; 5E6P A; 4W9F A; 2KO3 A; 1J19 A; 3VR8 B; 1GNU A; 1JWB D; 2GBM A; 1SXT A; 5AUI A; 3AE6 B; 2IO1 B; 2JZZ A; 3TIX A; 1UH6 A; 2DX5 B; 4JPS A; 2CHX A; 1WRD B; 4H2A A; 4ARI A; 1FCC C; 4JGH B; 1WZ0 A; 4URK A; 2KFK B; 4HCN B; 3DVG Y; 2NMQ A; 3O65 B; 1I42 A; 3A1Q A; 2GBR A; 3EC8 A; 2AQ3 B; 4HKQ A; 2YEP B; 4LCD E; 2FE8 A; 1FNU A; 1D4B A; 1C1Y B; 4LJO B; 4YWG G; 1KJT A; 2NBV B; 3I9V 1; 1OTR B; 2BT6 A; 2MBE A; 3VUX A; 4AUQ C; 1YD8 U; 5JXV A; 3NUH B; 4K7U A; 4DHZ E; 3DBH I; 2W82 A; 3Q6B A; 4I6N B; 3HIZ A; 1ISN A; 1VD2 A; 1PGX A; 1FXA A; 1FEH A; 3FIL A; 1KH0 A; 1SF0 A; 1SB3 C; 3ZQ4 A; 1EU4 A; 5CHW A; 4M00 A; 1HA5 A; 4K81 A; 5MPO A; 3V6C B; 1L2N A; 3PLU A; 4HPM B; 4DDG D; 1CZP A; 1KLG D; 4GN1 A; 3T9L A; 4RGM A; 2LGD A; 3C8Y A; 2JX5 A; 2KDM A; 5BYR A; 2LI5 A; 2Y3A A; 2FUH B; 4HWI B; 5FKA C; 2D5G A; 1NYR A; 1UGM A; 3DBR B; 2JZ3 B; 5HFY A; 1T0Y A; 4JQW C; 3DCG A; 4K7W A; 2M4N A; 1OFF A; 2Z0D B; 2ZZP B; 5JHA A; 1WE6 A; 3Q3F A; 3HM3 A; 1K51 A; 4DHJ D; 2BYE A; 2G4S A; 1NDD A; 3ZJT A; 2VRR B; 2JPH A; 2K39 A; 1WM3 A; 1Q10 A; 5JHB A; 3ENE A; 1G6J A; 2VZK B; 5BYQ A; 1MFW A; 2IY0 B; 1FIQ A; 4IM3 A; 4II3 B; 4EZK A; 1IUE A; 1WGH A; 2KWD A; 4US8 A; 1S1Q B; 2L0F A; 4WJN A; 2LMC A; 2KWC A; 4W9H A; 2INP E; 3AEE B; 3PHX B; 1SE2 A; 4WAA A; 3B1L X; 1VJK A; 3GOE A; 1TBE A; 2N9L A; 3SD5 A; 2LFI A; 2AEH A; 3AE9 B; 1P0R A; 3O13 A; 1I4H A; 4MGY E; 1UBI A; 3H7P B; 4L1B A; 1J0G A; 3NZS A; 4S0R A; 1UD7 A; 1QOB A; 4OZB A; 3BVZ A; 1E8W A; 1P98 A; 4RNA A; 3QAQ A; 2LGI A; 3MC9 A; 1YJJ A; 4DHJ B; 2ASQ A; 1TTN A; 2VH2 A; 4MAC A; 1WXM A; 2ACZ B; 2DZK A; 3DHG C; 4NAW A; 4LTU A; 2E6X A; 2GOW A; 5BO4 B; 5JZE B; 4BBN F; 3C19 A; 2KWU B; 2MSE D; 1KM7 A; 2UWQ A; 3AH7 A; 3GE8 C; 3N30 A; 4EKU A; 1VZ8 A; 4OW0 A; 1V5O A; 5IO9 A; 2PE9 A; 3AE5 B; 3NHE B; 4OVV A; 2H88 B; 1FFU A; 2IGH A; 2C5L C; 1ESF A; 4KDL B; 4A3P A; 1MG4 A; 2IPK D; 3URY A; 4W9D A; 3C0R B; 4BKS D; 1DGJ A; 4WQM A; 1OEY A; 2FUG 1; 3TMP B; 1K8R B; 3IT4 B; 3NRZ A; 1PFD A; 1SIJ A; 5D2M B; 1SSN A; 1FO4 A; 3ZTC A; 3WAM A; 3QK0 A; 1I4P A; 2WU5 B; 2WXP A; 2ZCB A; 3N3K B; 3AEC B; 1KFY B; 1T0S C; 2KVZ A; 1WR1 A; 2NTS A; 5IN7 A; 3ZO5 B; 2M8S A; 4B0E A; 2Y5C A; 2BB5 A; 5EE9 A; 1TS4 A; 4RM8 A; 5DPT A; 2DNF A; 2INC C; 4G3X B; 1C79 A; 1FCL A; 2KJ6 A; 2DZJ A; 4HRO A; 1WX8 A; 2MCN B; 2CHW A; 4FXC A; 1JML A; 1AW7 A; 4MGK E; 4KSK C; 1TKE A; 4ICV A; 2KDB A; 3X23 A; 2JYE A; 4E71 A; 4FN2 A; 3ZNZ B; 1FNV A; 2KTR A; 3V61 A; 2I1K A; 3VVW B; 1F9J A; 3KWV A; 3UIO B; 3SU8 X; 2D3A A; 1FPY A; 1DOX A; 2K5P A; 3NS1 A; 3A9J B; 4F8C B; 3PVL A; 3RT3 B; 1JRO A; 4BKS A; 1J7B A; 4B9K A; 2HJ8 A; 5GMV A; 5FR3 A; 3JVZ X; 4W9I A; 1EUV B; 3PZ7 A; 1K53 A; 2PE6 B; 1HEZ E; 3AM9 A; 4K7S A; 2QC8 A; 3GZN I; 1L6V A; 1FXT B; 1AWD A; 3ZYY X; 4JX1 C; 1C4C A; 3WAN A; 4WWM A; 3UF8 A; 3L54 A; 5IOI A; 2Z0E B; 2KT7 A; 2BBC A; 3TBL D; 3LJ3 A; 1RFA A; 4E74 A; 1WSP A; 2HJ1 A; 2G9H D; 4XDD A; 1BT0 A; 3U7D A; 5E6N A; 1ENF A; 3DBS A; 4E3C A; 1XCQ L; 3RNG C; 2NS5 A; 4XZ4 A; 4DBG A; 1V49 A; 3BIN A; 4JWU C; 3KUZ A; 5G2N A; 4KGR A; 2NBW B; 3ABV B; 3AUL A; 1GB1 A; 5H92 C; 4Q2J A; 2JRI B; 4OVU A; 2DHZ A; 2AQ2 B; 1YNT E; 1PDX A; 2ZW1 A; 3E56 A; 2FAZ A; 2KC2 A; 1Y8R C; 3P4Q B; 2GRI A; 3SR6 A; 4M01 A; 4MJS A; 2BS4 B; 1YN3 A; 4CO7 A; 1FM0 D; 3B08 A; 1ACC A; 4WUR A; 2AQ1 B; 4GSW A; 4ASW C; 4A3O A; 4BKG A; 2L7R A; 3OLM D; 3BK1 A; 2ZW0 A; 2KOX A; 5IP4 D; 2KC1 A; 2MLB A; 4WAF A; 3MHS D; 2L05 A; 3APC A; 2MBB B; 4FHJ A; 2LGX A; 4K3C A; 3ZDT A; 1IBX A; 1S3S G; 1YIW A; 4EE2 A; 4AOF A; 3VDZ A; 2WWZ A; 2BPS A; 1L5P A; 3QJZ A; 1WXQ A; 2KQ7 A; 2L1A A; 2MRP A; 1V1P A; 1DOY A; 1VZ6 A; 1H4R A; 4IM0 A; 3SDL C; 3R66 C; 2K9X A; 3PRM B; 3Q8E A; 1BML C; 1OQR A; 4HEA 1; 1FNW A; 2LVP A; 2FIF A; 2ZVO A; 3AE2 B; 2R2O A; 4AJW A; 3ZJU A; 5I4D A; 3MTN B; 2N4F A; 3KLS X; 1YX5 B; 3P42 A; 1QOG A; 2IO0 B; 2KLG A; 1P9D U; 2JWU A; 2RDH A; 3TSS A; 2K22 A; 3V05 A; 3KYC D; 5DCN A; 1C3T A; 3KH0 A; 3AE7 B; 3Q3M C; 1R4M I; 4WJP A; 4A6Q A; 2QSD A; 4YSY B; 4I6L B; 3N1Z C; 2FBW B; 2KLC A; 5HG2 A; 2M0A A; 2K8H A; 4LNN A; 1Q5W B; 2JYT A; 2IBI B; 2IJ0 A; 1P7E A; 4ZHP A; 2XNA C; 4I6P A; 1ET9 A; 4KGS A; 4GOC A; 1XF5 L; 4M02 A; 3ZGZ A; 1N5X A; 1F77 A; 2J0J A; 4P1C C; 3DBH B; 1L4Z B; 3Q8C A; 2QMT A; 3DBL B; 5IA7 A; 2V3N A; 4HJK A; 4ITK A; 1E8X A; 1KTK A; 3GS2 A; 2MHJ A; 1M4V A; 1WE7 A; 3NZ3 A; 1T5X D; 3M62 B; 1NEK B; 2KWV B; 3HM6 X; 2X38 A; 3W1S C; 4FBJ B; 5D6J B; 4GMV A; 2LJ5 A; 1Q1O A; 2ZPY A; 4US9 A; 3DQV A; 1I4R A; 2V3S A; 4MSQ B; 4XDC A; 4AP4 C; 3W2D A; 2K1F A; 1LGR A; 1TGZ B; 5DPR A; 3UIN B; 3A9K B; 3JYU A; 3SEB A; 3CIR B; 1SGH A; 3IG3 A; 4BOS C; 2ZVN A; 3VAW A; 3M3J A; 1TYG B; 1E5W A; 4HVB A; 3N1X C; 2PPH A; 2Q5W D; 3A33 B; 1IP9 A; 2D3C A; 1WJ4 A; 1V80 A; 2GBK A; 1RYJ A; 1WX7 A; 3M63 B; 2FCN A; 4KV2 A; 4GXB A; 3B9J A; 2HTM E; 4FJZ A; 4MH8 A; 4KZC A; 2D3B A; 3P1M A; 1RAX A; 2WYQ A; 2WXH A; 4JL9 A; 1Z5S B; 5EE3 A; 3PTF C; 3A1Q B; 2ONQ A; 2CU1 A; 4J6I A; 2CS4 A; 3JW0 X; 1JCK B; 5E6O A; 2WDV B; 2MBH A; 2FCM A; 2JQR B; 4NQK E; 1FRD A; 1UUP A; 2RD0 A; 1UGJ A; 2BWF A; 2LUM A; 3NG0 A; 3KWL A; 4EZJ A; 4NJ7 A; 4XE0 A; 1BXT A; 3JSV A; 1YX6 B; 1PQS A; 4IWQ A; 3FIL B; 3I63 C; 4FUL A; 4M8M A; 1UEL A; 4ZRK A; 2LD9 A; 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4JE3 B; 3RUI B; 2M56 B; 4KX6 B; 2REX A; 3AED B; 3VUW A; 3OG5 A; 3MP9 A; 1SJE D; 2C7N B; 2CHZ A; 2C7M B; 2MBO A; 4LDT D; 1HE8 A; 4DHZ B; 2QCZ A; 3GZN B; 3Q8A A; 3T3O A; 3Q3O C; 1QOF A; 3NY5 A; 1XEE A; 4HKZ E; 5C2T B; 1GAQ B; 3MFG A; 2N1W A; 4IC7 B; 4GGQ A; 3DVG X; 3H7P A; 1QT9 A; 4PYU A; 1IYF A; 2WX0 A; 2JRH A; 4QAY A; 2ZEQ A; 2V1Y A; 5D3I B; 4LNK A; 4GB9 A; 2PJH A; 2N9P C; 1EF5 A; 2BW2 A; 5CHV C; 4M0W A; 5EE1 A; 3IAS 1; 4C4V A; 3DDC B; 2G1E A; 3BYY B; 4HDO A; 5CTR C; 3UIP B; 1HZ6 A; 5AEK B; 1X1M A; 4B0M A; 3W1S A; 2RDG A; 3RN9 C; 4UDU C; 3Q2A C; 4OHJ A; 3VTW A; 1V9J A; 1NI2 A; 2L52 A; 1UF0 A; 1JRP A; 3V3X A; 2CR5 A; 4GDK A; 2WDT B; 3N32 A; 3EFC A; 1N5W A; 4WQO B; 4FHK A; 1YMH E; 3MHZ A; 5AZH A; 2JZP A; 4DQO C; 4MT5 A; 3VRB B; 3BYT B; 3Q3J A; 4C7Y A; 2W55 A; 4IG7 B; 4KZ0 A; 4WWP A; 4PT5 A; 2O2V B; 2Y5P A; 3ZW3 A; 3PPA A; 2MA9 B; 3LXF A; 1MPE A; 2M1M A; 1D5Z C; 4NY0 A; 2BWE S; 2CJO A; 1E0Z A; 2GB1 A; 1UBQ A; 3RZW C; 2BYV E; 2NPT A; 1XLQ A; 1C76 A; 2C7H A; 2KJR A; 3PT2 B; 2J52 A; 2KQ4 X; 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