The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
34
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sequence length |
184
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structure length |
184
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Chain Sequence |
MQTAYVKYVDDTTGETLRQDDLHGYTDETIPYSTAEGIKKYEGDGYVLVSDGFKPGTKFGVGTPTYEVHFKHGMTHTDATDKNAEQKTVTETIHYVDENNQTVQPDSTTAVTFKRGYTTDNVTGKVVSYDPWTVDGNQADSKTFAAVPSPAVEGYTPNHQQINEFTVTPDSKDIVKTVVYVGDP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for adaptation of lactobacilli to gastrointestinal mucus.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Lactobacillus reuteri
|
| molecule keywords |
Mucus binding proteinn
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| total genus |
34
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| structure length |
184
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| sequence length |
184
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-09-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF17965 | MucBP_2 | Mucin binding domain |
| A | PF17966 | Mub_B2 | Mub B2-like domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) | ||
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4MT5 A; 3I57 A; 3NZ3 A; 2LFI A; 3LYY A; 3Q69 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2MHJ A; 4XYC A; 3NZS A; 3OWE B; 3EFC A; 2WXP A; 2KHW B; 1PGA A; 4EUT A; 2N1W A; 3KUC B; 3IVF A; 3KH0 A; 1XF5 L; 2N9X A; 2OHF A; 1SF0 A; 2LGI A; 1L6V A; 4FJV B; 2EEL A; 2W82 A; 4KIK B; 4DDG D; 2KFJ A; 2KWD A; 4LNO A; 3B2G A; 3I3T B; 2CKH B; 2V4I B; 2KMA A; 1Q10 A; 3ZO5 B; 3ZRF A; 2XK5 B; 2K0P A; 3R8B A; 1TKE A; 3OLM D; 1YJ1 A; 1WRD B; 2MJD A; 1HXY D; 3T3N A; 1FNV A; 5T8I A; 2BQQ A; 4LJP B; 4KKI A; 1DOY A; 5MPO A; 3ZKJ C; 4G3X B; 2DYB A; 1D5X C; 5CHV C; 2WXF A; 3KQ4 A; 1JWB D; 1UD7 A; 1WX9 A; 1C9F A; 1YN3 A; 1KTK A; 1ZOY B; 4L23 A; 1IYF A; 3N20 C; 2INC C; 1SIJ A; 2N9L A; 3N3K B; 1RYJ A; 2VH1 A; 1L0V B; 4WWO A; 2DZI A; 4GDL A; 1YJI A; 2BB5 A; 2EMS A; 2KC2 A; 3H8H A; 2NR2 A; 2MA9 B; 1FFV A; 1FEH A; 1I4Q A; 5E6P A; 2KT7 A; 3WAN A; 1WRI A; 4XWT A; 5GMV A; 1CJE A; 2BBC A; 2KOX A; 2BYF A; 2KVZ A; 3L10 B; 4HRS A; 3GZN B; 3AU4 A; 4NAM A; 4YTM B; 1E9M A; 3AM9 A; 5E6J A; 2GBM A; 4GU2 A; 4A3O A; 2N9E B; 4XC2 A; 3TEX A; 4A6Q A; 3U52 E; 2UWQ A; 4EOY A; 5KHO A; 4LLG M; 3QK0 A; 2QC8 A; 3W5V B; 2ZVO A; 3PVL A; 4LDT D; 3VTW A; 3ALB A; 4CHK A; 2N9K A; 3WIM A; 3RNF C; 3SDL C; 3RNE C; 2MEK A; 2FE8 A; 5L83 A; 1VRA B; 2PMV A; 4EKU A; 2K6Q A; 3OAW A; 4K3B A; 3UQA A; 3UQB A; 4ICV A; 4RM9 A; 2JU6 X; 1T0Q C; 2RDG A; 2K5P A; 5HG2 A; 1XLQ A; 2DBY A; 2WXI A; 3NG0 A; 1OEY J; 4HWI B; 1GB1 A; 1GOZ A; 4NAW A; 4MGZ E; 3L16 A; 1MHH E; 4MSQ B; 2AQ3 B; 1NEK B; 4YWG G; 3Q8A A; 2C9W B; 3DQV A; 1HEZ E; 2LI5 A; 3ZNZ B; 3M95 A; 3Q3F A; 2J0J A; 1XD3 B; 3DCG A; 4MAC A; 3KUZ A; 1E10 A; 1HTO A; 2LJI A; 1FXA A; 3MC0 B; 1TZ1 A; 3JYU A; 3S2A A; 1TY2 A; 1TKG A; 1E7U A; 3HIZ A; 3VAW A; 1YQ3 B; 2HD5 B; 3ZRC A; 1JRP A; 2KWC A; 3U7D A; 1XXG A; 2D5G A; 4N58 A; 1GC6 A; 2MH7 A; 2W9N A; 2NCN A; 5CX3 A; 4G0N B; 2INP E; 2JX5 A; 3CF6 E; 3N1Y C; 4JX1 C; 3IT6 B; 1MHX A; 3DBR I; 1SJH D; 4F1S A; 2WWZ A; 2L00 B; 3L4P A; 4L1B A; 3VVW B; 1G6J A; 3OG5 A; 3ZJU A; 3B9J A; 2RD0 A; 4A3P A; 1RFA A; 1WZ3 A; 2KWU B; 2MBO A; 3RD2 A; 1GNU A; 3BYT B; 1WR6 E; 4ZYS A; 2KLG A; 2ZVN A; 4URK A; 4GDK B; 4JL9 A; 3HK0 A; 4W9H A; 1XEE A; 4IOI E; 5J17 A; 3ECI A; 3BVG A; 4R3D A; 1WE6 A; 3ZXR A; 3MFG A; 1TS2 A; 1VCB A; 4ZRJ A; 2C5L C; 1OQY A; 5D7G A; 2MLB A; 1IGC A; 1ZW7 A; 1WR1 A; 4G11 A; 4NJ6 A; 2K8H A; 3AE8 B; 3VDZ A; 3T9L A; 3ABV B; 3BVZ A; 2I2Y A; 4P7I A; 4DHZ E; 2UYZ B; 2WQY B; 3AE7 B; 4EZK A; 1K8R B; 5AUK A; 2KN5 A; 4II3 B; 3K9O B; 4HVB A; 2WU5 B; 2L7R A; 1T0Y A; 1T0R C; 3PRE A; 3RYT A; 3HM3 A; 1XT9 B; 4KGS A; 4HPP A; 1AN8 A; 1UEL A; 4ANV A; 1Y8R C; 1VD2 A; 4BBN C; 1P9D U; 1SGH A; 4NY0 A; 3IAM 1; 4L2Y A; 1NYR A; 1FNW A; 1R4N B; 2Y5P A; 2MX2 A; 2G9H D; 1DOI A; 1FCL A; 3ETR A; 2KTR B; 1J7A A; 1IBX B; 3A4S C; 2LHD A; 1MFW A; 2CHX A; 3U30 A; 2XEW A; 4WWN A; 2L0T A; 3U8Z A; 2XN9 C; 3IBE A; 4DK5 A; 3RCZ A; 3P4Q B; 3P63 A; 4HDO A; 4KSK C; 3L08 A; 4PS8 A; 4WJO A; 1PGX A; 3H9D A; 3P1M A; 3PHX B; 1WWT A; 1MI0 A; 3V61 A; 5BMG A; 1ZGU B; 2AL3 A; 3BII D; 1CQV A; 4A9A A; 5LXH A; 2C7H A; 1D3Z A; 3URY A; 2G4D B; 1ENF A; 2L0F A; 1LO5 D; 4K7U A; 2FUH B; 4FHK A; 3UF8 A; 4IM2 A; 2L1A A; 3DPD A; 1V5T A; 2CU3 A; 3D32 A; 1UWM A; 3U7Z A; 4M01 A; 3RI7 C; 4W9D A; 2AWT A; 1WJU A; 1E5W A; 2KC1 A; 1KFY B; 2NTS A; 2LXA A; 2QMT A; 3TIX A; 2BT6 A; 2M8S A; 5C23 A; 1V86 A; 1L6U A; 2GBR A; 3IFW B; 5HFY A; 2NPT B; 1S3S G; 2QIE B; 2DYO A; 1EM7 A; 2BKR B; 3ZDT A; 1C3T A; 1KF6 B; 2VZK D; 4C4V A; 1P3Q U; 4EE2 A; 5J18 A; 1RLF A; 4WQM A; 1X1M A; 2ONQ A; 1AWD A; 2V4L A; 4XX5 A; 3AE9 B; 1SE3 A; 3RN9 C; 2HTM E; 5D94 A; 3L17 A; 1EU4 A; 1KRH A; 2W55 A; 5LLI A; 1IP9 A; 1XLN A; 1J7C A; 4K7S A; 4H2A A; 2ZPY A; 2LRW A; 1Q5W B; 5H8Y E; 4B6W A; 3OJ4 B; 1VZ7 A; 1KH0 A; 3RNG C; 5E6N A; 3Q6B A; 3NVZ A; 4DXG A; 3PLV A; 2O2V A; 3PZ7 A; 3Q8B A; 2FNJ B; 1WJ4 A; 2AX5 A; 3HVZ A; 3BYY B; 5CHF A; 2KTR A; 2L3Z A; 3QC8 B; 4I6N B; 1CZP A; 1OFF A; 3IXS A; 4US9 A; 3ZYY X; 2MWS B; 4O1N A; 2VH2 A; 1V1P A; 1ACC A; 1R4M I; 1P1A A; 1VLB A; 5IN7 A; 4FJY A; 4RMA A; 2KJ6 A; 4IDI A; 2D3C A; 1YIW A; 3Q8C A; 3I5J C; 3MC8 A; 2ZNV C; 1JW9 D; 1L2N A; 3O65 B; 1KLG D; 4E71 A; 4W9F A; 4FLH A; 1S1Q B; 1VZ8 A; 4HEA 1; 3VTV A; 3Q8E A; 4W9I A; 3UIO B; 4NPN A; 1HTQ A; 2WDT B; 1N6Z A; 5BYR A; 1I4H A; 3Q3M C; 1OEY A; 5KHQ A; 2J0K A; 1QOA A; 3QQ8 B; 4PK1 A; 1Q0W B; 1QOG A; 4GSW A; 2KFK A; 2PW9 A; 3AEF B; 1MJD A; 2H88 B; 2IZV B; 1I35 A; 3GE8 C; 4S17 A; 3L0W B; 3NS8 A; 4K1R B; 4BZA A; 2V9H A; 3VRB B; 2QSD A; 4NQK E; 3LB8 C; 5C2T B; 4TUU A; 2FCN A; 5G5G A; 3I9V 1; 2IND C; 4FHJ A; 3MTN B; 3TCA A; 2LFI A; 2BKF A; 1C76 A; 4RGM A; 3M62 B; 2L05 A; 1LM8 B; 1C4C A; 1FM0 D; 3RUL A; 4I6P A; 4C56 C; 4FAD A; 4KDI C; 1YMH E; 2JYT A; 2V3N A; 1UBQ A; 2BYT A; 3Q8F A; 1KJT A; 4J3O D; 1IUE A; 2V3P A; 2LVP A; 2NBV B; 1TY0 A; 3P4P B; 2LUE A; 3N1Z C; 3JSV A; 4DXF A; 1I7H A; 2JWU A; 3CMM B; 4IM0 A; 1J8C A; 3PO0 A; 3QA8 A; 2J42 A; 2A5U A; 2FCS A; 4GGQ A; 3DBL I; 1WYW B; 1WSP A; 2ZEQ A; 2IGD A; 1QZE A; 4A55 A; 4IWO A; 4KKJ A; 2MJ3 A; 3N32 A; 3ZIM A; 1QKZ A; 2LGY A; 2WXO A; 4PS7 A; 3QJZ A; 5HI1 A; 1V80 A; 3PSE B; 3PRM B; 1EO6 A; 1KLV A; 2N7E A; 2WS3 B; 1YN4 A; 2CU1 A; 1V6E A; 4BKS A; 4HJK A; 4JGH B; 3T3O A; 2WXH A; 1RWS A; 4YXD B; 4M8M A; 3KYD D; 3NRZ A; 4OHJ A; 2YEP B; 1STE A; 2GMI C; 3SHQ A; 3QHT A; 2FCQ A; 4CQN A; 2WDV B; 4ZHO A; 4TV3 A; 1XLO A; 2KQ4 X; 4YSY B; 3ZDM C; 1WY8 A; 4MGI E; 2DHZ A; 4KVG B; 3ZXV A; 2RPQ A; 4M00 A; 3LDZ E; 4MH0 E; 1WXV A; 3NVY A; 3PGE A; 1I4P A; 3VRA B; 1WE7 A; 2Z0E B; 4LJO B; 2QJL A; 2EMT A; 2GRI A; 3WCQ A; 5D3D A; 2JRI B; 4GIV A; 4WUR A; 2CJN A; 2RGF A; 1H4R A; 2J52 A; 2UU7 A; 3H7P A; 3GB1 A; 3MHS D; 1L4D B; 4FA6 A; 1N5X A; 3A9K A; 2G3Q B; 3V05 A; 5JHA A; 2G45 B; 4IWP A; 3DBH B; 2M56 B; 1K51 A; 1UF0 A; 4ACF A; 1SSN A; 2MSE D; 4C7Y A; 3A9J B; 4ZDV A; 5AZF A; 2MBB B; 3RUI B; 2K1F A; 3K9P B; 1I4G A; 1WGH A; 3VH4 B; 2M0X A; 2ZW1 A; 4MSM B; 2PVG C; 1SE2 A; 4BOZ B; 4BFR A; 1EWC A; 2O6V A; 4HKQ A; 4RFB A; 2K8B A; 1WXS A; 4EEW A; 1VJK A; 3P4R B; 3A1Q B; 3RMK C; 3R2T A; 3R7Q A; 4DDI D; 2LMC A; 4ZHP A; 2JXT A; 2KLC A; 3PS6 A; 3NZU A; 1I4X A; 3I63 C; 1PFD A; 2W3R A; 1XCQ L; 1SJE D; 2LXC A; 2LUM A; 4YT0 B; 2W3S A; 4ANW A; 2M1M A; 3JW0 X; 4LNF A; 2AL6 A; 1NVI D; 4RF1 A; 4C80 A; 2MQJ A; 1H8C A; 1ZP0 B; 2IGH A; 4NZL B; 1J0G A; 3IAS 1; 2N9P C; 2M4N A; 2LWP A; 2QEJ C; 2D2Q A; 1EF5 A; 3SFE B; 1OQQ A; 4ANU A; 2BPS A; 1OTR B; 1E6E B; 2B3A A; 2MBE A; 3PT2 B; 1ZDV A; 5CTR C; 2WXL A; 4ZYN A; 3AEB B; 2IY1 B; 3PLU A; 1EWY C; 1TS5 A; 4KSL C; 4BKS D; 4A8X C; 2WX0 A; 4DBG A; 4HCN B; 1E8X A; 4KIK A; 1EUV B; 3C19 A; 4ITK A; 2BVC A; 3J9C A; 2D10 A; 3Q3J A; 3EEC A; 4MEL A; 4MGK E; 1E0Z A; 4YSZ B; 4HDQ A; 2XK5 A; 4AWJ A; 2KAJ A; 2JQR B; 1TBE A; 5D6J B; 3VR9 B; 3ZNH B; 5GXG B; 3SFD B; 1FXT B; 3N9Y C; 1RRB A; 4ZOH C; 3GOE A; 3NJT A; 3PHW B; 3LYY A; 2YLM A; 2ASQ A; 2KMM A; 1ZKH A; 2EKE C; 3AED B; 4ZRI A; 3LXF A; 2BTE A; 1U4A A; 4DHJ B; 2OOB B; 1P7E A; 2DLB A; 1QQR A; 3QAR A; 2IO1 B; 2PJH A; 4ZRP A; 3DVG Y; 2K6D B; 1WGD A; 3QWZ B; 2MCN B; 1WX7 A; 4N9F 4; 1GAQ B; 1EU3 A; 2WNM A; 4RM8 A; 3APF A; 3RT3 B; 3VUW A; 1XLP A; 1J19 A; 5EDS A; 2WXR A; 2JT4 B; 4ZRK A; 3P42 A; 2O6V D; 3ZJT A; 3MJ5 A; 1R4M B; 2D3A A; 4TMA B; 2BS3 B; 5EE0 A; 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