The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
70
|
structure length |
70
|
Chain Sequence |
MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKQVVDQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGSTLGLNIEAATHVGKQIVEKILK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the unique RNA-binding domain of the influenza virus NS1 protein.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
NONSTRUCTURAL PROTEIN NS1
|
| molecule tags |
Rna binding protein
|
| total genus |
29
|
| structure length |
70
|
| sequence length |
70
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1997-04-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3T1H O; 5LL6 Y; 2UXC O; 4NXM O; 4DR5 O; 2N74 A; 4LF4 O; 3M8A A; 4LFB O; 2Z0A A; 4B3S O; 4OPA A; 3T1Y O; 4DV7 O; 1IBM O; 1KUQ A; 4DV4 O; 4LF9 O; 4LF5 O; 4DV2 O; 4X65 O; 4DV1 O; 4JYA O; 4DUY O; 4LF8 O; 5A2Q N; 4B3R O; 1F7Y A; 1XEQ A; 2E5L O; 4X64 O; 3J80 N; 1FYJ A; 4LF6 O; 4NXN O; 1HNX O; 3J81 N; 1G1X B; 1R6T A; 3JAM N; 5BXZ A; 4JV5 O; 2FKX A; 4DR2 O; 2AGA A; 5BY1 A; 3R66 A; 4YY3 O; 4JI7 O; 2ZKO A; 4DR6 O; 4JI0 O; 2LW7 A; 3RT3 C; 4JI1 O; 3F5T A; 1IBK O; 4B3M O; 1X59 A; 1HNZ O; 2HHH O; 2DOS A; 3SDL A; 1A32 A; 5LMU O; 1R1B A; 2VQE O; 1FKA O; 1N32 O; 1D2D A; 2JRI A; 4KHP O; 4DV3 O; 1AIL A; 4AQY O; 2UUC O; 4K0K O; 5BR8 O; 5FLX N; 4DUZ O; 4DR7 O; 4JI2 O; 4LFC O; 4DR4 O; 1FJG O; 1YZB A; 5H5N A; 4JI6 O; 1IBL O; 4LF7 O; 5IT9 N; 4A5U B; 4JI5 O; 4GKJ O; 3O65 A; 2ZM6 O; 4JI8 O; 1NS1 A; 4DV0 O; 2UXB O; 2UU9 O; 4X66 O; 3OTO O; 4OPH A; 1XMO O; 2VQF O; 5LMN O; 1N34 O; 4YHH O; 1AB3 A; 4DR1 O; 3J7A U; 1J5E O; 1XNQ O; 2DJV A; 2F4V O; 4JI4 O; 2UXD O; 1XNR O; 2UUB O; 1HR0 O; 4X62 O; 1DK1 A; 1I94 O; 4JI3 O; 4LFA O; 4DR3 O; 4OX9 O; 1N36 O; 4B3T O; 5IWA O; 1XMQ O; 4DV6 O; 4GKK O; 2UUA O; 1N33 O; 4DV5 O; 1HNW O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4K0K B; 4B08 A; 3FB6 C; 1FXK A; 2AHY A; 3JD4 A; 2KQX A; 4X1I B; 3CB2 A; 1K73 W; 3L9D A; 3BFR A; 4IYH A; 5LA6 A; 1WPB A; 4DV4 O; 2PF4 E; 2ZT9 B; 2DYS B; 3H9V A; 3L75 H; 3O9O A; 3RYF A; 5LGU A; 3B8N A; 2LO1 A; 4RQF A; 5H6Q A; 4NXN O; 4TQF A; 3ZHQ A; 4JAV A; 1JJO A; 2JS5 A; 2HLD G; 1WJZ A; 1SZX A; 3ABM C; 2A06 H; 3CYO A; 3HKC B; 1W0J G; 4DW1 A; 3ZHT A; 1XNR B; 4W4L A; 4PDR A; 4WBN B; 2QDO A; 1PD3 A; 1DTO A; 1ROP A; 2YXL A; 5KMG B; 4CBC A; 4F4L A; 1NZ6 A; 2UUA B; 1B3Q A; 3UCS C; 1N32 B; 1F23 A; 1SES A; 1NJI W; 1PP9 H; 1ZTE A; 4K0K O; 4QE7 A; 2WAM A; 1QHT A; 5FLX N; 1OCZ C; 4PEL A; 2W0F C; 2ZDI A; 3CJH A; 1NVP D; 3OT7 A; 4UCO A; 1QQC A; 4EEQ A; 2LGW A; 1Y76 B; 4A5U B; 2LQT A; 4X20 B; 1SQP H; 1NS1 A; 2WLH A; 4AIL C; 2FB5 A; 1SQQ H; 3OTO O; 4Z1M G; 2EIJ B; 5IYB O; 4AI8 A; 4PJ0 Z; 2XUM A; 5EBW C; 4O4H A; 1XOU A; 4YY3 B; 3IC9 A; 4G27 B; 1BHA A; 3F7Y C; 1XNR O; 3LNN A; 1L8D A; 1IBK B; 4B3M B; 4FM2 A; 1D5N A; 3B09 A; 3B8M A; 2JEX A; 2Q67 A; 2BOC C; 5LHH A; 2JVD A; 3MHH C; 2UUA O; 1IDS A; 3D36 C; 1QR8 A; 1N32 O; 3C90 A; 2HR3 A; 4UUJ C; 4NB5 A; 4PA4 A; 2ADQ B; 4NXM O; 5D5Q A; 3RYH A; 4JI2 B; 1NR1 A; 3ETE A; 1H2K A; 3WB0 A; 4LR3 A; 5IJ9 A; 2ITD C; 1GK9 A; 1SQB H; 3T4Z A; 1NKD A; 1XRE A; 1MG1 A; 5IY5 C; 3K0G A; 5E79 Z; 1G1X B; 3ZCC A; 3C3S A; 4NR1 A; 4GUN A; 1Y6X A; 1G4Y B; 4JYC A; 4NTX A; 4C7U A; 4YY3 O; 3APQ A; 1F4M A; 3THO A; 1NT2 B; 5KUK A; 2Q6A A; 1IBK O; 4B7E A; 2JJ2 G; 2VRZ A; 5IDJ A; 3U0Z A; 1VQP V; 3RYF B; 4B3M O; 4BIU A; 1N33 B; 3OUF A; 1K4D C; 5GW7 A; 4R8C A; 2RMK B; 3ABT A; 3STL C; 4JI2 O; 5L3E A; 4LCU C; 4DR4 O; 1E1Q G; 4L8J A; 4FFB A; 3ETQ A; 4I5S A; 5H9C A; 1GMG A; 1KD1 W; 1DGS A; 4J11 A; 3K9A A; 4TV8 A; 4GX1 A; 3E22 A; 1EN5 A; 3CHX A; 3ZMZ A; 3B40 A; 4UFZ A; 2WPD G; 4JYY A; 2XT9 A; 3DXR B; 4UV8 A; 1L0L H; 3ABL B; 2Q4P A; 1WB8 A; 1XUQ A; 1VQO V; 2GDS A; 4WF9 V; 5B1A B; 3P32 A; 1OJH A; 4WFE A; 3JSN A; 4X66 B; 1AJN A; 2LW1 A; 1SQV H; 1P7B A; 4D6T H; 1N33 O; 3QTC A; 4LH7 A; 1FD9 A; 4O4H B; 4MVR A; 4DR7 B; 1COW G; 1GN6 A; 2Z0A A; 4HNA A; 3OEE G; 4B3S O; 2OTJ V; 1I94 B; 3ETG A; 3K9S A; 2NN4 A; 1ZWI C; 4H37 A; 2UXX A; 1MSW D; 1YTF D; 4Q20 A; 3CEI A; 3CCV V; 4XDJ A; 4ZIB A; 3CME V; 1I7F A; 3FAV A; 1ZUQ A; 2EIL B; 4LBE C; 3CRC A; 3RYH B; 1M93 A; 4QNH B; 5IJ9 B; 2V7Q G; 3TJT A; 5LP6 A; 4HYO A; 1W2B U; 2ZXW B; 1VF6 A; 2PGG A; 1NBM G; 2N04 A; 2WWW A; 2HKO A; 1TUE B; 3UT5 B; 1XL6 A; 2X6C A; 3JD0 A; 5A9G A; 5CBH A; 4NVP A; 1Q8I A; 3SDL A; 3SJA C; 1BQ0 A; 5BMV B; 1PPJ H; 1AJQ A; 3R65 A; 4DR7 O; 2IJK A; 4DV2 B; 4ZHQ B; 3TET A; 2OIG A; 4X64 B; 4WCE V; 4UCR A; 1H2S B; 3E8B A; 2L35 A; 1S77 D; 5B3S B; 4LWS A; 3SPJ A; 1P4R A; 4JPR A; 3OEH G; 1RPO A; 2HHH B; 4TV8 B; 3SYP A; 2NNU A; 3MHS C; 3RVZ A; 2PYJ A; 4TOI A; 1GN2 A; 3H1I H; 4TWK A; 1GH6 A; 3FB5 C; 4OPA A; 4DV7 O; 1KUQ A; 4WFA V; 3ASN B; 1OCO C; 3N2K A; 4DV2 O; 4BWA A; 4RAI A; 2DQ0 A; 5DM6 V; 4X64 O; 1VQ5 V; 2QM4 A; 1SRY A; 3NR7 A; 1QLE B; 2DYR C; 2ZE8 A; 3ZRW B; 4JAA A; 2LFS A; 2DE0 X; 4HNA B; 3ICX A; 5GTI Z; 2ZNI A; 3W7X A; 2QM8 A; 2ETN A; 3CSX A; 4H33 A; 4I55 A; 1VQN V; 4H13 B; 3OMN B; 2HHH O; 3FAV B; 2EBO A; 1BGY H; 3KKY A; 5LHG A; 1A32 A; 3AG2 B; 2OCH A; 2DWD C; 3GB7 C; 3BHP A; 3ZMS A; 1Q6U A; 2P6J A; 4LF4 B; 1N0J A; 4LF5 B; 2A79 B; 5EBM C; 3Q4H B; 2HVJ C; 1OZ0 A; 3D3Q A; 3CC4 V; 3QNE A; 4R6Z A; 2R72 A; 2MK3 A; 4FLV A; 4U7O A; 1U97 A; 3AG3 C; 5FL7 G; 5GON A; 3TK1 A; 1TGO A; 2M6Y A; 4FLZ A; 3SPC A; 2YDE A; 2Q9L A; 3LUT B; 2A9H A; 3PN1 A; 3VBB A; 3JAR A; 4J7Z A; 2ZE5 A; 1YXB A; 2CGN A; 1S76 D; 1SF9 A; 3VQW A; 4JI5 B; 1YJ9 V; 1XHX A; 3DSQ A; 1RSO B; 1Z5V A; 3JCU Z; 2F66 C; 3K3W A; 2HJF C; 4TQD A; 4DO2 A; 3HKE A; 2ZNJ A; 3JAT A; 2LP7 A; 4LWS B; 3H1J H; 4PDM A; 2DN9 A; 4LF4 O; 1FJG B; 2VWK A; 2ZR3 A; 3FB8 C; 2CGO A; 4X1I A; 4LF5 O; 2YI8 A; 4FVM A; 3LDC A; 5CBF A; 1XMQ B; 4MVM A; 1XEQ A; 3ASO C; 2ODM A; 4IYI A; 1AI5 A; 2YIA A; 3N27 A; 5EYP A; 3VQY A; 1EFR G; 2QTO A; 1KKD A; 5JJE B; 4RQE A; 3CRM A; 4O4J A; 2P22 C; 1YSC A; 1S0V A; 3JAS B; 2P7T C; 2UUB B; 1L0N H; 1F4N A; 1NR7 A; 4CS3 A; 3HKC A; 3T1C A; 3N2K B; 1MA1 A; 2D2C B; 4DR3 B; 2B1G A; 1MSD A; 3DGE A; 4GKK B; 5KMG A; 4F6E A; 1VEW A; 2EIN B; 2JRI A; 1RM1 B; 5CA1 A; 1Z5W A; 4PD4 F; 3E8F A; 4XBF A; 5J9P C; 3HKD A; 1FJG O; 4GX2 A; 1MAB G; 1WP8 A; 4FZ1 A; 1KKC A; 4I55 B; 1Y76 A; 2GTA A; 4TUY A; 3HKB B; 4OPH A; 2ZCE A; 2XOK G; 2H8P C; 4FLT A; 1KP2 A; 1CP9 A; 3AG4 B; 1TAE A; 2DJV A; 1M4U A; 3MDS A; 5HFL A; 4UCT A; 2UUB O; 2GHY A; 4U3J A; 1YDX A; 3D36 A; 4UVA A; 4DR3 O; 2K9P A; 4GKK O; 1EBO A; 1OV9 A; 2OCC C; 3OFN G; 3JAR B; 4ABM A; 1FFT B; 5FPO A; 3UKM A; 4U7N A; 1MZF A; 1XL4 A; 2V1D A; 2CTR A; 4MVU A; 4PA3 A; 1YIT V; 2Y48 A; 4GKJ B; 4QJF B; 1KB9 F; 5IJ0 A; 3ZMT A; 1IZ3 A; 4TSF G; 2ZD9 A; 4JAS A; 4FLX A; 2A3Q A; 4MVS A; 3HKE B; 3JAT B; 1PL0 A; 4I4T A; 5JQG A; 3WFV A; 3F5W C; 3RYC A; 5BXZ A; 3M7M X; 2AGA A; 1FPO A; 4X65 B; 1HP8 A; 2OTL V; 5JCO C; 2EUL A; 4DV6 B; 3BY6 A; 4YJ2 A; 2BTQ A; 4JZG A; 5EYP B; 5EBL C; 2QWN B; 3ABM B; 1MZE A; 3LDE A; 3W7W A; 2XAQ A; 2F23 A; 2KG7 B; 4O4J B; 2Q7G A; 3OTF A; 4BIO A; 3A8T A; 3OMI B; 3ZN0 A; 3T1Y B; 4GX5 A; 1GO3 F; 2WLJ A; 2H94 A; 1YZB A; 2IU3 A; 1VF7 A; 5DED A; 4GKJ O; 4GLX A; 1PV0 A; 4BW9 A; 1M9N A; 2MW2 B; 2HP8 A; 1M90 W; 1OCZ B; 1WN7 A; 3VOU A; 4MVZ A; 2ZR2 A; 5CA1 B; 4YHH O; 4FFK A; 1S72 V; 3DXR A; 1VQ9 V; 3SGI A; 2RQ6 A; 2CH7 A; 3HKD B; 4ZI7 B; 3IGA C; 4JI7 B; 2EJ7 A; 1BL8 A; 4EFB A; 2E74 B; 4R50 A; 3FYI B; 1LNQ A; 4TUY B; 4DV6 O; 2Q69 A; 3CRQ A; 4UB8 Z; 3K04 A; 2YXY A; 2IW5 A; 1V54 C; 2UUC B; 4YJ3 A; 1YCI A; 3FKS G; 3EFF K; 1GM7 A; 4Z1V A; 2B9Z A; 4QE9 A; 1H2G A; 2YIB D; 3ZBH A; 3T1Y O; 2AW9 A; 4U3J B; 1VQK V; 4G28 B; 1AP5 A; 3CCU V; 1UPG A; 3RYI A; 2Q5Z A; 2E75 B; 4XDL A; 1TA8 A; 4YIO A; 1BT8 A; 3DTU B; 3SPI A; 1S3J A; 1UFI A; 1I0H A; 4LFB B; 4PDL A; 1J5E B; 1OCR B; 3CCL V; 4BW5 A; 5J2T A; 2Q73 A; 1SQF A; 5BY1 A; 1NTM H; 2P67 A; 4JI7 O; 1K97 A; 5IY5 B; 5IJ0 B; 3QO5 A; 1EN6 A; 2LW7 A; 1I5Y A; 1KP3 A; 3UT5 A; 4I4T B; 5JQG B; 1PNK A; 1FAF A; 2M7W A; 3ZRS A; 3RYC B; 5BMV A; 3JCZ A; 1KC8 W; 3BCC H; 3KZI Z; 2UUC O; 4KP4 A; 4UB6 Z; 3X2Q C; 3UQ8 A; 1YEW A; 1VQL V; 2L6L A; 1M57 C; 3EXA A; 5IT9 N; 5CA3 A; 2KKW A; 4ZHQ A; 4PI0 A; 2B5U A; 4YJ2 B; 3UM7 A; 2BTQ B; 3CCJ V; 4X9Q A; 4Z2W A; 1KBH A; 4EKW A; 2N05 A; 2QWO B; 4FJC C; 4DR2 B; 3JAW A; 3J7A U; 1J5E O; 3RVY A; 2R9I A; 3JYC A; 4TT3 G; 4CH4 A; 4IHJ A; 4FLY A; 3CXC U; 1FXK C; 5B66 Z; 5L3C A; 5B1O A; 1HW7 A; 4FMT A; 5KHK A; 2X6B A; 3T2M A; 2EIK C; 2QSA A; 4N21 A; 2FL4 A; 2HVK C; 2WLN A; 1VMG A; 4PA7 A; 5LMU B; 2Q7H A; 4NTY A; 4DV3 B; 2F43 G; 1AR5 A; 2CH7 B; 3CS5 A; 5EIB D; 2CTQ A; 1XBL A; 1P7G A; 3SYA A; 3OM3 B; 2CDY A; 3CWB H; 4AHC A; 3CRR A; 3SJQ C; 4O2A A; 3K0D A; 2UXN A; 2E76 B; 3K5N A; 2VQF B; 4DYL A; 1P49 A; 1Q3E A; 1FYJ A; 3W7U A; 4YJ3 B; 1N34 B; 1PL4 A; 3S3W A; 4DW0 A; 3CCR V; 2F1M A; 4G2K A; 3OR6 C; 4O4L B; 3ZRW A; 4WFH A; 2W0X A; 5C8Y A; 4DR2 O; 1QLN A; 3RYI B; 4JI3 B; 5TIS Z; 2RN9 A; 1YI2 V; 2FTK A; 2ZDI C; 3TGU H; 4J9Z B; 3G67 A; 4F6R B; 5JVD A; 2LFR A; 4WFB V; 3CC2 V; 5B1A C; 5LMU O; 5HFM A; 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3U10 A; 1YF2 A; 3N2G A; 1R3K C; 5C8Y B; 2JDI G; 4P30 A; 4KXR A; 2HFE C; 2QGN A; 4OGQ B; 2GBO A; 4JTA B; 1T5E A; 2P90 A; 1BE3 H; 4J42 A; 5JVD B; 4DV0 O; 3FX7 A; 4BAY A; 1DF5 A; 3G6B A; 4X89 A; 2H3O A; 3HKB A; 3TXS A; 2OWO A; 1P84 F; 2GUZ B; 1H38 A; 3JAK A; 4N23 A; 1Y74 B; 1QLE C; 3FFQ A; 2AZ0 A; 1SA0 B; 3BPZ A; 2R70 A; 4JI1 B; 4B3T O; 2R9A A; 4GX0 A; 5E1A C; 1WA8 B; 2PTM A; 3T1H O; 5EC2 C; 4CZZ A; 1IUR A; 3E89 A; 3HB3 B; 2F4V B; 3AK3 A; 1R73 A; 5EK0 A; 4P2Z A; 4FIP C; 4LFC B; 1B6Q A; 2WLL A; 1XI1 A; 2CUG A; 4CC6 A; 1H8E G; 1IX9 A; 5LP6 C; 1VQM V; 3LSU A; 3E86 A; 3ZED A; 3H1L H; 1VF6 C; 1Q5O A; 5CA0 A; 4NTW A; 3J80 N; 1XMO B; 3AG7 A; 3QO7 A; 4PA6 A; 2JEU A; 4I50 B; 2YS8 A; 5KX5 A; 2BOB C; 1WNS A; 4JZ2 A; 2F95 B; 3JAM N; 3S3X A; 3ASO B; 1HR0 B; 4LF9 B; 3R66 A; 3M99 B; 1V55 C; 2ZKO A; 4LFA B; 4O2B B; 1TUB A; 2Y4T A; 4JI1 O; 5IWA B; 2PZS A; 2IJJ A; 3HR0 A; 1TVK B; 3ZS8 C; 5D5P A; 3G71 V; 3T4D A; 3K03 A; 3BRC A; 3E83 A; 2IJI A; 3K59 A; 1UJW B; 4QIW F; 1ZSP A; 2KG7 A; 5LBQ A; 4DRX B; 1CEZ A; 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