The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
70
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structure length |
70
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Chain Sequence |
b'MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKQVVDQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGSTLGLNIEAATHVGKQIVEKILK'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the unique RNA-binding domain of the influenza virus NS1 protein.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
NONSTRUCTURAL PROTEIN NS1
|
| molecule tags |
Rna binding protein
|
| total genus |
29
|
| structure length |
70
|
| sequence length |
70
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1997-04-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1N34 O; 1FJG O; 1IBK O; 4DV4 O; 2Z0A A; 4LFA O; 1FKA O; 1NS1 A; 4B3M O; 4JI3 O; 4X64 O; 3J81 N; 5LMN O; 4JYA O; 4AQY O; 4GKK O; 3T1Y O; 4DR7 O; 1N36 O; 3JAM N; 1YZB A; 4LF4 O; 5H5N A; 4LF6 O; 2HHH O; 4LFB O; 2UUB O; 4DV5 O; 3RT3 C; 3J80 N; 2UXB O; 2JRI A; 5FLX N; 1XNQ O; 4K0K O; 2VQF O; 4DR3 O; 4X62 O; 2UUC O; 4YHH O; 1J5E O; 4JI5 O; 4DV7 O; 5LMU O; 2ZKO A; 2N74 A; 2UUA O; 5BR8 O; 5LL6 Y; 5IT9 N; 1D2D A; 3OTO O; 2UXC O; 2UU9 O; 2FKX A; 4JI0 O; 4JV5 O; 1N32 O; 1KUQ A; 1AIL A; 1A32 A; 4B3S O; 2F4V O; 3F5T A; 3O65 A; 4DV3 O; 4DR2 O; 1HNZ O; 2E5L O; 1FYJ A; 4JI6 O; 1I94 O; 1AB3 A; 4DUZ O; 4KHP O; 4A5U B; 4JI1 O; 1HNX O; 4LF9 O; 5BXZ A; 4NXM O; 3SDL A; 1F7Y A; 3T1H O; 1R6T A; 4JI4 O; 2DOS A; 4DR4 O; 4LF5 O; 4DV2 O; 3J7A U; 2VQE O; 4YY3 O; 1HNW O; 4X65 O; 4NXN O; 5BY1 A; 1N33 O; 4LF8 O; 3R66 A; 4OPA A; 4LF7 O; 4OPH A; 4X66 O; 4DV6 O; 1HR0 O; 1XMQ O; 3M8A A; 2LW7 A; 4JI7 O; 2UXD O; 4DV1 O; 4JI2 O; 1IBL O; 5IWA O; 4B3R O; 4B3T O; 1R1B A; 2ZM6 O; 4GKJ O; 5A2Q N; 1XMO O; 2DJV A; 4JI8 O; 1X59 A; 1XNR O; 4DR5 O; 1IBM O; 2AGA A; 4OX9 O; 4DUY O; 4LFC O; 4DR6 O; 1XEQ A; 1G1X B; 4DV0 O; 4DR1 O; 1DK1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2NLJ C; 4DV2 B; 2BTO A; 1KKD A; 1NS1 A; 5B1A B; 3JYC A; 3T1Y O; 1IXM A; 2LJ2 A; 3CME V; 3CCV V; 5H5N A; 2WWW A; 3K03 A; 1TVK A; 1PP9 H; 1IBL B; 4W4K A; 3QVN A; 3F7V C; 5DN6 G; 2JDI G; 4DR3 O; 1AP5 A; 4GKJ B; 2VWJ A; 4J41 A; 4PHZ A; 4CS4 A; 4WFB V; 2YC0 A; 4NYK A; 2IW5 A; 2RCV A; 4K35 A; 5CMU A; 4H33 A; 1AI6 A; 5IT9 N; 1BQ0 A; 2JK5 C; 3RFR A; 1VQO V; 4X66 B; 3HKB A; 4DR1 B; 2ZE8 A; 3L70 H; 5JWP A; 3ASO B; 4YXW G; 4JI3 B; 2WSS G; 1AVM A; 3ETD A; 5CA0 A; 2ZM6 B; 3QO8 A; 4HZ3 A; 3P30 A; 5CA1 A; 4FFB B; 2XUM A; 2DWE C; 4N23 A; 4O2B A; 1B06 A; 3I56 V; 5CN0 A; 4IIJ A; 3W7U A; 4WCE V; 4F6R A; 2JVD A; 5LXT B; 5KAF Z; 1J5E B; 3JAS A; 4DV7 B; 1K7D A; 1JMK C; 3SYO A; 5FPO A; 1M5I A; 1XMQ O; 2YS8 A; 3FD9 A; 4FLZ A; 4DV1 O; 2AZ2 A; 2Y4U A; 3OEE G; 3JAR B; 3L74 H; 5C8Y B; 5IY5 B; 4UCO A; 3N2G A; 4DR2 B; 2ZR2 A; 4KFM A; 3ZMZ A; 1NZ6 A; 1BZK A; 3ABL C; 2ZIM A; 5EYP B; 3ABK C; 4P30 A; 3D8C A; 4LFC O; 1JOY A; 3SJB C; 1DF4 A; 1WP8 A; 2HKO A; 1SER A; 3K79 A; 1US6 A; 3UCS C; 5JH7 A; 4PI2 A; 1SA0 A; 1DGS A; 1IBK O; 4PA6 A; 5D5P A; 4HAM A; 1ZWI C; 1SES A; 4IT5 A; 3DTU B; 2KG7 B; 1W0J G; 1SQB H; 4U3J B; 1YTF D; 4EEQ A; 1U96 A; 4BW9 A; 3LNN A; 4IL6 Z; 5JJE B; 1NR1 A; 4TV8 A; 2K1E A; 2WLK A; 1N0J A; 2PY5 A; 5KUM A; 4LC1 A; 2X6B A; 1KC8 W; 2JS5 A; 3SYC A; 4JI5 O; 4K8X A; 3E8F A; 4OX9 B; 1GKF A; 3RYF A; 3ZHU A; 3X2Q B; 3OTO O; 3JAT B; 4JTC B; 5B3S B; 4JV5 O; 4LP8 A; 2F4V O; 1UFI A; 1PNL A; 4TT3 G; 1P49 A; 1V54 C; 1S5J A; 1K4D C; 3KCY A; 3RBZ A; 1FYJ A; 4MS2 A; 3CC2 V; 4DUZ O; 4I50 A; 1WAZ A; 5B66 Z; 2DN9 A; 4KHP O; 4A5U B; 4LF6 B; 2HHH B; 2EX3 A; 1R6N A; 5L3E A; 3FYI B; 5LA6 B; 4PJ0 Z; 4LF9 O; 2BTQ A; 2CUG A; 2VQF B; 1FS0 G; 2XT9 A; 2QR4 A; 4PV1 B; 1IDS A; 4LNU B; 1RSO A; 2HFE C; 4WBN B; 4I4T B; 5HFM A; 3CCM V; 4NXN O; 1VP7 A; 2R9I A; 3OUF A; 5DEC A; 4DV6 O; 3ZCC A; 1VQ9 V; 1MSW D; 2Y69 C; 4UCT A; 1VF5 B; 4FLT A; 4AI8 A; 2EIL B; 2QKS A; 1VQM V; 4JTD B; 1ZUQ A; 2JJ1 G; 1NTK H; 3ZRX A; 1GAX A; 3JAW B; 2AHZ A; 4K3A A; 1THZ A; 4IHJ A; 4JI1 B; 2RNB A; 1G1X B; 3SYQ A; 1H8H G; 4JI4 B; 1KU9 A; 2EBO A; 1OCR B; 4ZHQ A; 4LF5 B; 5EC1 C; 5B1B B; 3A2F A; 4O4L A; 1ENV A; 5LHI A; 5FPR A; 2P4V A; 3MD0 A; 3LDE A; 2JS3 A; 3STL C; 1KB9 F; 3E89 A; 1QCE A; 1H2G A; 1N4C A; 3APO A; 4JAS A; 3RVY A; 1Q3E A; 4JI2 B; 1GM7 A; 3K08 A; 4BWA A; 2Q73 A; 1XUQ A; 3U10 A; 1YI2 V; 4P9P A; 2OIG A; 1XNR B; 1Y4M A; 1QQC A; 2Q4P A; 3RYC A; 1XL4 A; 3VOU A; 5IJ0 B; 4DR6 B; 4PDV A; 1M57 B; 2IJJ A; 2YIC A; 4JYY A; 1V55 B; 2X6A A; 1GN2 A; 1GTO A; 1COW G; 4L87 A; 1SKV A; 5BMV B; 1M4U A; 2QA4 V; 2ZT9 B; 5HFL A; 1PNK A; 1AB3 A; 5CBH A; 1B04 A; 1LUW A; 4QE9 A; 3F7Y C; 3G4S V; 2F1M A; 4G28 B; 4UV8 A; 1OJH A; 3GB7 C; 1K73 W; 4DR4 O; 1H8E G; 1AJQ A; 4YHH B; 2W6I G; 1IX9 A; 4HYO A; 5L3C A; 1R6K A; 2VQE O; 2PYL A; 2E74 B; 4N21 A; 5J2T B; 4TV9 A; 4EB6 A; 2B1I A; 3BA9 A; 3JAL A; 3HKC B; 1EBO A; 3RVZ A; 3TK1 A; 5LP6 A; 1YJ9 V; 2XND G; 3K57 A; 2YI8 A; 4CH5 A; 4EKW A; 1XMO O; 1IBM O; 2KQX A; 2Q67 A; 3K5M A; 5GON A; 4TUY A; 2EIN B; 2QM7 A; 1BSM A; 4I9Q A; 4H0L B; 1VQ5 V; 4JV5 B; 3OR6 C; 2GTS A; 3CRR A; 1FXK B; 1WA8 B; 5IYC O; 3E86 A; 1BHB A; 1HR0 B; 3AEI A; 3H1H H; 4PA9 A; 3CHX A; 3T1C A; 2MW2 B; 4G2K A; 5KMG B; 1XNQ O; 4UCV A; 4YJ2 A; 4JI8 B; 1QU7 A; 3ZED A; 3E83 A; 4PDL A; 4E4E A; 4JAA A; 4NXN B; 1G8M A; 1ROP A; 2ZE6 A; 4DV6 B; 5KAI Z; 1WP7 A; 1N34 B; 1GH6 A; 1P7B A; 2Q5Z A; 4FLV A; 2P22 C; 3ML0 A; 1GO3 F; 2QM4 A; 4GX0 A; 3JAK B; 3CJH B; 3HKD B; 1MNG A; 2OCH A; 4JYA B; 2AW9 A; 3CS5 A; 4LFB B; 4O2A B; 2V1D A; 4O4I A; 3SPG A; 2XOK G; 4HNA B; 3BHP A; 2DOS A; 2RMK B; 4AIL C; 5JJJ B; 4K0K B; 1SQF A; 3ABM B; 4FK5 C; 3BFR A; 1FXV A; 4DV2 O; 1ZLZ A; 3PJS K; 3DC6 A; 4OGQ B; 3WG7 B; 4FLY A; 1P4R A; 3IGA C; 2IJK A; 5BR8 B; 2EIJ B; 1I5Y A; 2YXY A; 1EN5 A; 2UXC B; 1IBL O; 1URF A; 3JD1 A; 3MDS A; 2QEX V; 3DXR B; 4LR3 A; 4GKJ O; 5LYJ B; 1W59 A; 4ZI7 B; 1IZ3 A; 3CRQ A; 4L8J A; 2QWQ B; 3AG4 B; 1SZT A; 2DYR B; 3L73 H; 2ADQ B; 4I0X B; 3EXA A; 1ARO P; 1KP2 A; 4CH6 A; 3K06 A; 3FX7 A; 4DR1 O; 5C93 A; 2YEV A; 2OCC B; 3W7T A; 4FIP C; 4JI3 O; 4J9Y B; 1SZX A; 2N04 A; 5EZY B; 2M7W A; 4WFE A; 3Q4H A; 2AZ0 A; 4PDR A; 4UUJ C; 5LBQ A; 4GZR B; 5DED A; 1Q6I A; 3J80 N; 2PI5 A; 3W7X A; 2JRI A; 2HVJ C; 3SJQ C; 1AI7 A; 1FFX B; 3K5L A; 1J5E O; 4I55 A; 4DV7 O; 4CZZ A; 1O9G A; 3ZBH A; 2P6J A; 5LP6 C; 4D7S A; 2EUL A; 3JD2 A; 4FM0 A; 4DV0 B; 4XBF A; 2ZNJ A; 1O9H A; 4R6Z A; 3U0Z A; 3BEH A; 4DR2 O; 2GV9 A; 2V7Q G; 4UV9 A; 4DK0 A; 1WN7 A; 1LR1 A; 2RQ6 A; 3JAW A; 4GX1 A; 4JTA B; 5KX5 B; 4B7K A; 2QM8 A; 1BQZ A; 2HJF C; 3TCU A; 4MVQ A; 3ZRS A; 4X1Y A; 3ASN C; 1R3J C; 4LBE C; 3B40 A; 4FLX A; 2BSK A; 2HVK C; 2Z5U A; 2WLI A; 2G38 A; 2DQ3 A; 1NR7 A; 4OPA A; 1KYO F; 3TJT A; 2UUA B; 3QO5 A; 2WAM A; 4O4H A; 1VIB A; 1BGY H; 1VQK V; 1FAF A; 2YID A; 4NKG B; 3E8H A; 5GW7 A; 1I94 B; 4Q20 A; 5LOV B; 3ZHV A; 1WLE A; 2OTL V; 1OCO B; 4OX9 O; 3MHH C; 2Q7E A; 2CTW A; 1XRE A; 4X1I A; 2QWN B; 3OMN B; 3HR0 A; 1JFF A; 4D7T A; 3ABT A; 4MVO A; 2IH3 C; 5CB4 A; 2LW1 A; 4RUE A; 5KHI A; 1GRJ A; 4DR7 O; 3THO A; 2F23 A; 4MVR A; 4LF6 O; 2HHH O; 4LWS B; 4FVM A; 2W0F C; 1Y66 A; 5AG2 A; 2VQF O; 3AK2 A; 4LH6 A; 3FAV A; 4O4J B; 1K97 A; 3G71 V; 3HKE A; 2UXN A; 3LDC A; 3APQ A; 2QGN A; 3RYH A; 4DXW A; 3OE7 G; 3QO7 A; 4OXS A; 1Y67 A; 2HEP A; 2OTJ V; 4TWK A; 3VQV A; 2NNU A; 1AR5 A; 4DRX B; 1I08 A; 4UVC A; 4RO2 A; 2ZXW B; 3C3T A; 4ZBM A; 4ABM A; 3AG2 C; 2JGD B; 1M56 C; 1MOF A; 5B3S C; 4QIW F; 1MZE A; 4JI1 O; 2P5O A; 3SJA C; 4XDJ A; 1QLN A; 4JI4 O; 5JCO A; 2IH1 C; 2OYQ A; 4LF5 O; 3ZRW B; 2ZQM A; 3G6B A; 4Z1M G; 1Y74 B; 4X1K B; 1FXK A; 3E22 B; 2DMX A; 3UO2 A; 1OV9 A; 4FFK A; 2XAJ A; 4JI2 O; 2WLL A; 4NTW A; 1TUB B; 3BVO A; 3L71 H; 3CRA A; 2WA3 A; 2UXX A; 3G67 A; 2CH7 A; 2GDS A; 1WB7 A; 1HNZ B; 1WPX A; 5A2Q N; 2OIE A; 1K4C C; 3KCX A; 5H6R A; 1XNR O; 2EZO A; 2JGU A; 5L3D A; 5IJ9 B; 2XAG A; 1QLE B; 4DR6 O; 2YSU B; 3LNM B; 1OCC B; 1DK1 A; 1JA8 A; 3FB6 C; 2PGG A; 4X20 B; 1JQ0 A; 4E2L A; 2XAF A; 3ZMU A; 4YJ3 A; 2HG5 C; 4I9W A; 1NH2 D; 1L8D A; 3H1K H; 2YI9 A; 1IUR A; 1Y76 B; 3OR7 C; 3B8N A; 1KEC A; 4JGS A; 5IYZ A; 1GN4 A; 3IAY A; 3FB7 C; 2Q7H A; 2GTA A; 3E2E A; 4YHH O; 3BY6 A; 4NTY A; 4ZOL A; 3UO3 A; 2JEX A; 1ORQ C; 1VMG A; 1SF9 A; 5JQG A; 2JEU A; 4WF9 V; 3GWO A; 3P3N A; 3CRC A; 1XI1 A; 1TA8 A; 3STZ C; 1R3K C; 4CS3 A; 4DV3 O; 5EC2 C; 1S5L Z; 2O57 A; 2EIK B; 1JPX A; 5LYJ A; 4AQY B; 3CEI A; 3CCJ V; 2QWP B; 1HWY A; 3EVK A; 4DO2 A; 1VAR A; 4DYL A; 1GK9 A; 5EBW C; 4CBC A; 2EJ7 A; 2PZS A; 1L1F A; 3ZMV A; 1G4Y B; 4ZKI A; 1CXZ B; 1H2N A; 1JR9 A; 4Q6G A; 4QPK A; 5BY1 A; 3N2K A; 3R66 A; 5LMU B; 3LUT B; 4RAI A; 3ZMT A; 2A79 B; 1HR0 O; 5FNV B; 4DR7 B; 2MK3 A; 5LGT A; 1FXH A; 2CTR A; 2ZNI A; 4QGP A; 2E3C A; 5EBL C; 2K9P A; 3H1J H; 4JI8 O; 4TQF A; 2GHY A; 2B9Z A; 5JVD A; 3OM3 B; 3ZHS A; 1WNS A; 2JJ2 G; 2R70 A; 1N34 O; 1RM1 B; 2LGQ A; 1M9N A; 3ZHQ A; 1BL8 A; 4JYA O; 2B1G A; 1VQ8 V; 4DK1 A; 4D6T H; 5JCO C; 4LFB O; 3P3P A; 2Q6A A; 4K0K O; 1SQP H; 2E75 B; 3E8G A; 3OGI B; 3T4D A; 1FXK C; 4I5S A; 4DR5 B; 3I55 V; 2QTS A; 1QHT A; 4DUY B; 2YIA A; 4FPP A; 5BR8 O; 1CEZ A; 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1I94 O; 1YEW A; 3HKB B; 1XHX A; 3AK3 A; 1N36 B; 3FB8 C; 5LXT A; 3K3W A; 1F7Y A; 3JSL A; 1E79 G; 2XAH A; 1P7G A; 5KUK A; 2UUC B; 5CA1 B; 4O2B B; 1D5A A; 3BRC A; 3JCU Z; 2EIM C; 3JAR A; 3TXS A; 1BT8 A; 5C8Y A; 4FZ0 A; 2LFS A; 4OPH A; 1WB8 A; 5FL7 G; 1JJ2 U; 4IIJ B; 5E79 Z; 5CBG A; 1Q43 A; 4F6R B; 2X7R B; 4MSW C; 3KKY A; 3H9V A; 3JAS B; 5EYP A; 1S3J A; 1VF6 A; 1LNQ A; 1Z5V A; 3H01 A; 4KUM A; 1ZSP A; 4JI6 B; 1PL0 A; 4F4L A; 1X59 A; 2DE0 X; 2KKW A; 2AXT Z; 2L35 A; 1ZTE A; 5EBM C; 3N2G B; 1M93 A; 3LSS A; 4NXM B; 3E35 A; 3CE2 A; 2WA4 A; 1AR4 A; 2KG7 A; 2KSD A; 3D3Q A; 4U3J A; 3DSQ A; 2WPD G; 5L3F A; 1HNW B; 3S3X A; 3IC9 A; 5GTH Z; 2LO1 A; 2R72 A; 5JH7 B; 4PEL A; 4TQD A; 1SA0 B; 4FM1 A; 2QE7 G; 2IU3 A; 2LFR A; 1KQS U; 3ICX A; 4B3R B; 3JAT A; 3K5O A; 1PD3 A; 3VBB A; 1SET A; 2OT5 A; 2Z3Y A; 4TV8 B; 3JD0 A; 2EJR A; 1DF5 A; 1KD1 W; 1Q81 W; 3AK1 A; 1AIL A; 4QPJ A; 1A32 A; 4DV4 B; 1NT2 B; 4JAU A; 3RYF B; 4PDM A; 1N8R W; 3VQW A; 5LA6 A; 1HNZ O; 2ODM A; 1YSC A; 5B1A C; 1I7F A; 2DQ0 A; 4TSF G; 5B1N A; 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