The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
20
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sequence length |
58
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structure length |
58
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Chain Sequence |
b'MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLN'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Photosystem Q(B) protein
|
| publication title |
Architecture of the Photosynthetic Oxygen-Evolving Center
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Photosynthesis
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| total genus |
20
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| structure length |
58
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| sequence length |
58
|
| chains with identical sequence |
z
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-01-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Z | PF01737 | Ycf9 | YCF9 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Photosystem II PsbZ, reaction centre |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5TIS Z; 4UB6 Z; 5KAI Z; 5B66 Z; 5GTI Z; 3JCU Z; 3A0B Z; 1S5L Z; 3A0H Z; 3KZI Z; 5H2F Z; 4UB8 Z; 2AXT Z; 4IL6 Z; 5GTH Z; 5KAF Z; 5E79 Z; 4PJ0 Z; 3WU2 Z; 5B5E Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 3JCZ A; 3LSU A; 2A7W A; 4JI8 B; 4MW3 A; 1Z2G A; 4JI8 O; 3ETE A; 3L75 H; 1D5N A; 5EC2 C; 4MS2 A; 3S3W A; 2UUB B; 4NTY A; 1M56 C; 4AIL C; 2WLH A; 4UCR A; 1SRY A; 2UUB O; 4IYH A; 1VQO V; 3BCC H; 2WSS G; 1OCO B; 2BTO A; 2D2C B; 2Q5Z A; 1FKA O; 2W0X A; 4AQY O; 1OCZ C; 5B66 Z; 5L3G A; 1GH6 A; 4IIJ B; 4IIJ A; 1M1K W; 2DYS C; 1HR0 B; 1U97 A; 2IU3 A; 4I9Q A; 2RCV A; 4R7C A; 1BZK A; 4CS2 A; 4GYC B; 4FK5 C; 4FMT A; 2F4V B; 3FX7 A; 4CH5 A; 4O2A A; 2F4V O; 4MW8 A; 4JZG A; 4MVO A; 4MVZ A; 1EM1 A; 4UVB A; 3QF7 A; 5LHH A; 2LW7 A; 5B1N A; 1I7F A; 2Q0A A; 4H0L B; 1RM1 C; 2QTO A; 5KX5 A; 1MOF A; 3JAK B; 3JAK A; 1HNW B; 2Q6A A; 3F7V C; 3JCU Z; 1JFF B; 1HNW O; 3UKM A; 2H94 A; 2BCC H; 4LF9 B; 3L9D A; 4TV8 A; 4TV8 B; 1U96 A; 3VOU A; 2H8P C; 5GTH Z; 2XAQ A; 2KQX A; 4LF9 O; 3RVZ A; 1ZAU A; 4MVU A; 2BTQ B; 2BTQ A; 4FJC C; 5B1A C; 3ZJZ A; 4BW9 A; 3LNN A; 1J5E B; 2DOS A; 3IFX A; 4TV9 B; 4TV9 A; 2Y48 A; 1KD1 W; 4NXM B; 3K57 A; 3JD3 A; 1W0J G; 3LUT B; 3ZRV A; 4HNA B; 1RPR A; 3H01 A; 4WFA V; 3OM3 B; 1K33 A; 1ARO P; 3OT7 A; 4YIP A; 3H1H H; 4B3S B; 5J2T A; 4FFB B; 4FFB A; 1NKD A; 1FXV A; 4B3S O; 2JGU A; 3CXH F; 1XMO O; 2QKA A; 2NLJ C; 3J7A U; 1MAB G; 3LDE A; 2Q7G A; 3B09 A; 3MHS C; 3D36 C; 1FXH A; 1N33 B; 1ORQ C; 2L6L A; 4JI4 B; 1BS3 A; 1XI1 A; 1MSW D; 1N33 O; 4Z1V A; 4JI4 O; 4JV5 B; 5B1B C; 2ODM A; 2BE3 A; 5BZB A; 4B7E A; 1H2G A; 2R70 A; 4KL1 A; 1N32 B; 1XBL A; 4X1Y A; 1N32 O; 2QJ1 A; 2E76 B; 3AK3 A; 1RSO B; 3JSL A; 4PI0 A; 3W7S A; 1SA0 B; 1SA0 A; 3RN4 A; 4DYL A; 4X89 A; 1B6Q A; 2QKC A; 5EIB C; 2N05 A; 2RQ6 A; 4D6T H; 3SYQ A; 4MSW C; 3A0B Z; 1KYO F; 3D3Q A; 5AG2 A; 4BR6 A; 3ASN C; 1GAX A; 2EIL B; 3E2E A; 2DQ3 A; 1UPG A; 3L71 H; 1G8M A; 2UXC O; 1YI2 V; 1OCR B; 3FYE B; 5H9C A; 2WLN A; 3WFV A; 5HFM A; 3RGB A; 4WFH A; 3A0H Z; 3ETQ A; 5JQG B; 5JQG A; 2W6J G; 2XAH A; 2RMK B; 1SZT A; 5LL6 Y; 1US6 A; 1QVG U; 4LF6 O; 1SQX H; 4FZ0 A; 4OGQ B; 4IHJ B; 4IHJ A; 3UT5 B; 3UT5 A; 3RYI B; 3RYI A; 4CBC A; 3BAA A; 4E2L A; 2LP7 A; 1YF2 A; 2IJJ A; 4H13 B; 2X6C A; 2X0L A; 3G80 A; 2RN9 A; 4LCU C; 4MVR A; 5DEC A; 1LR1 A; 4P2Z A; 4NVP A; 3ZBH A; 3ZMZ A; 4JZ2 A; 5IYC O; 4YXW G; 4XDK A; 2ZXW C; 1G1X B; 4JI5 B; 1NI8 A; 4PA9 A; 1I08 A; 2EIJ B; 2YXH A; 4O4H A; 3CX5 F; 4O4H B; 2GSM B; 3HKC B; 3HKC A; 3JD1 A; 4GZR B; 5JVD B; 3VQW A; 5JVD A; 1Q6H A; 2Y0P A; 1LNQ A; 3IC9 A; 1T5E A; 1QCE A; 3ASO B; 3AK1 A; 2L35 A; 2VQE B; 2YID A; 2QM4 A; 2VQE O; 2Y4U A; 3TET A; 2QTS A; 1HWY A; 2EZP A; 2C2A A; 5H6R A; 3OMN B; 4B3R O; 2P22 C; 5KHJ A; 3OE7 G; 4WFF A; 2AXT Z; 1VQM V; 1W2B U; 4O4J B; 1YCI A; 4K8Z A; 4DK0 A; 1HNX B; 3X2Q C; 1UJW B; 3B77 A; 3B40 A; 5IY5 C; 3BHP A; 2ZE5 A; 1HNX O; 1CXZ B; 2LFS A; 2NNU A; 1O9G A; 1QLE B; 3ZRS A; 2JGD B; 1TVK A; 4LFC O; 3G6E V; 2AZ0 A; 3AK2 A; 4X20 A; 3ZMV A; 4DV5 B; 4OPH A; 3K08 A; 1JVM A; 4DRX B; 1Q7Y W; 3ICX A; 1KP2 A; 3W7X A; 5EZY B; 5EZY A; 3UO3 A; 3N2K A; 4N21 A; 2YSU B; 2F93 B; 1BHB A; 3D3I A; 5KA6 A; 2GUZ A; 2LFR A; 4QE7 A; 1ZUQ A; 3AG4 B; 3ZRW A; 5JWP A; 1F4N A; 5LP6 B; 5LP6 A; 1DLB A; 4X62 B; 1JPX A; 4X62 O; 2DWD C; 1V55 C; 4ZI7 B; 1F51 A; 1VQK V; 1A32 A; 4KHP B; 5H5N A; 3JD4 A; 3OGI B; 3STL C; 2EZO A; 1R1B A; 3HR0 A; 2MK3 A; 3G71 V; 1KKD A; 2B9Z A; 3QO5 A; 4P30 A; 2DW4 A; 2KG7 B; 1XQ8 A; 2ZE7 A; 2JK5 C; 1M90 W; 5CA3 A; 1M93 A; 5LBQ A; 4LNU B; 4LNU A; 2CH7 B; 2CH7 A; 5IYZ A; 1KC8 W; 1I0H A; 4DR2 B; 1GK9 A; 1P84 F; 1RP3 B; 4U7O A; 1AB3 A; 3OGC C; 4XDJ A; 1F7Y A; 2A06 H; 4DR2 O; 4XBF A; 3FAV B; 3FAV A; 4DR1 B; 2UXX A; 4DR1 O; 1GM7 A; 2HEP A; 4BIU A; 3TGU H; 2X7R B; 1MZE A; 1FXK C; 3T2M A; 4YY3 B; 2EIK B; 4UFZ A; 3LSS A; 4BW5 A; 2ITC C; 5LHG A; 3CCQ V; 1Y67 A; 1Q43 A; 3AG2 B; 4JI2 B; 1WPX A; 2ZDI C; 3K58 A; 5LOV B; 3FYI B; 1R6T A; 1SS3 A; 2GV9 A; 1W59 A; 2XAF A; 3JAW B; 1S0V A; 1Q6I A; 4CH3 A; 4DUY B; 1AP6 A; 1AR5 A; 2E5L B; 4DUY O; 1FPO A; 1K5S A; 1GMG A; 4G28 B; 1WN7 A; 3STZ C; 3CRA A; 1I94 O; 1IVS A; 5KUK A; 3CPW U; 2F43 G; 4MTX A; 3IC7 A; 1RFY A; 1SES A; 5KHH A; 4WFG A; 1PKX A; 2CK3 G; 1PPJ H; 1GTO A; 5E1A C; 4FLZ A; 1Q5O A; 2OCH A; 3WG7 C; 4R6Z A; 4H37 A; 5BMV B; 3ABL C; 4GX0 A; 2ADQ B; 2IJK A; 1GM8 A; 3ZX6 A; 1VF6 A; 2OIE A; 5FPR A; 4FM1 A; 1XHZ A; 3ABM C; 1THZ A; 4NYK A; 4N23 A; 5EK0 A; 1TUE B; 1JX9 A; 4ZOL A; 4JYY A; 3A0R A; 4JI1 B; 2WLM A; 2ETN A; 1K4D C; 5EBM C; 1BCC H; 4PA7 A; 4QPJ A; 3K5M A; 2GTA A; 3BFR A; 2KB1 A; 2UXN A; 1QQC A; 3QTC A; 3ZS8 C; 3OD4 A; 4K35 A; 3QO8 A; 4QIW F; 5IWA B; 3FKS G; 5BR8 B; 1AJN A; 1L0N H; 1N36 B; 5IWA O; 1EN5 A; 5LMU B; 2WLK A; 3E8H A; 2RNB A; 3T1C A; 2KSD A; 2EIM B; 4UV8 A; 5CMU A; 1CPY A; 2Q73 A; 4JAA A; 5DED A; 1NVP D; 4DR3 B; 4PDV A; 4UB6 Z; 5B3S B; 4LF7 O; 4PA3 A; 4ZHQ B; 3O9O A; 1XHX A; 5K1X A; 1URF A; 2ILM A; 3SGI A; 3HPL C; 4I4T A; 4FM2 A; 2Q9L A; 2N74 A; 3T4Z A; 1OJH A; 2Y69 B; 4FLV A; 2OIG A; 4X1I A; 1G4Y B; 2WA3 A; 2HKO A; 3K3W A; 4HAM A; 4YJ3 B; 2W6I G; 4DUZ B; 1XUQ A; 1X59 A; 2DN9 A; 2P06 A; 2HP8 A; 3OMA B; 1N0N A; 3HKD B; 2QDO A; 4CS4 A; 3HB3 B; 5JH7 A; 1XOU A; 4O4I B; 4O4I A; 4B7K A; 5B5E Z; 1WP7 A; 1BQZ A; 1BGY H; 3K5O A; 3VBB A; 5CA0 B; 2V4D A; 5CA0 A; 2OTL V; 5L3D A; 3CCR V; 4PV1 B; 4JGS A; 1XRE A; 4TWK A; 3MD0 A; 4K0K B; 4DV4 B; 4OX9 B; 3AG3 C; 1V54 B; 1M57 B; 1GRJ A; 3SDL A; 4OX9 O; 2BSK B; 2BSK A; 2HJD A; 3FD9 A; 2JVD A; 1OHH G; 4LP8 A; 5J2U B; 5J2U A; 2XOK G; 5GTI Z; 4LFB B; 1MSD A; 3T1H B; 3T4D A; 1HR0 O; 2EIN C; 4DK1 A; 4ICG A; 4O2A B; 4NXN B; 3CCS V; 5LMN B; 1IBM B; 4NXN O; 5LMN O; 5KAI Z; 5KX5 B; 2LJ2 A; 2IM9 A; 1AI7 A; 4RAI A; 2R9R B; 4LR3 A; 3L70 H; 3GWO A; 3HKB B; 3HKB A; 4PHZ A; 4DW0 A; 2WA4 A; 2XHB A; 1VQ9 V; 4UCO A; 2DYR B; 4FLY A; 1H2N A; 1JA8 A; 4QJF B; 3DSQ A; 2IH3 C; 1J5E O; 1QU7 A; 3TCU A; 3A8T A; 4NXM O; 2ZNJ A; 1S77 D; 5C8Y B; 5C8Y A; 5IYB O; 3A2F A; 2QA4 V; 1BHA A; 3WB0 A; 3KKY A; 1FS0 G; 3OR6 C; 5DN6 G; 2QM8 A; 5J2T B; 3K5L A; 1BT8 A; 1KEC A; 3JAS A; 4G27 B; 4XDL A; 1P49 A; 2NR5 A; 4PDL A; 1ZWI C; 2Z0A A; 3THO A; 1H8H G; 4GT1 A; 2ZT9 B; 4KUM A; 5LHI A; 3ZED A; 2LQT A; 2FKX A; 5KHG A; 1WJZ A; 4Z1M G; 4X8A A; 1WAZ A; 4UB8 Z; 5LGT A; 5LGU A; 1IZ3 A; 3L72 H; 3PJS K; 3TXS A; 4GUN A; 4JV5 O; 2BOC C; 4FVM A; 4JI0 B; 4X1Y B; 4C7U A; 4JI0 O; 2GTS A; 1MG1 A; 1TGO A; 2FL4 A; 1NVP B; 4OXS A; 1D2D A; 1H38 A; 1FFT B; 3FB7 C; 2OWO A; 2AHY A; 1SER A; 1YSC A; 4B08 A; 1K97 A; 2A0L A; 4LFA B; 2AW9 A; 2XUM A; 2OCC C; 4LFA O; 1XEQ A; 2LGW A; 2PY5 A; 3CME V; 2B1G A; 3E8B A; 4UVA A; 5KHI A; 1NH2 B; 2CTR A; 3F5W C; 1NJI W; 4YJ2 B; 4YJ2 A; 2XND G; 4P9P A; 4MTG A; 3B4S A; 2P4K A; 4A5U B; 1VP7 A; 2A9H A; 4PA6 A; 4TSF G; 1HW7 A; 4MTF A; 5LGN A; 4PDR A; 3CXC U; 2VQF B; 4X9Q A; 1MA1 A; 2VQF O; 4EFB A; 3C90 A; 4TOI A; 1QR8 A; 3KG2 A; 1Q8I A; 2PYL A; 1J95 A; 1NR7 A; 4PI2 A; 4J10 A; 2CTW A; 4MVM A; 3E35 A; 4TQD A; 1PV0 A; 1H2K A; 5J9P C; 1AJQ A; 2UXD B; 1N8R W; 2YI9 A; 2WLJ A; 3SYA A; 4DO2 A; 3E86 A; 5F2V O; 1QVF U; 4OPA A; 1KKC A; 1GN2 A; 1YTF B; 3CS5 A; 1SQB H; 4X64 B; 1M56 B; 2ITD C; 4X64 O; 2EJR A; 3K9A A; 1IXM A; 2JEU A; 1OCZ B; 4F6E A; 2DE0 X; 4DR7 B; 1JOY A; 2ARH A; 4DR7 O; 3JAM N; 1NR1 A; 1P7B A; 2DYS B; 4JI5 O; 3DC5 A; 4J9Y B; 2EIN B; 3KCX A; 2E3C A; 2H3O A; 3KZI Z; 1E79 G; 5JJE B; 1CEZ A; 1LUW A; 5IJ9 B; 1LUV A; 5IJ9 A; 3CC7 V; 1JMK C; 1ZX3 A; 3WB1 A; 1RM1 B; 1AR4 A; 3K04 A; 4NTW A; 3LDC A; 3K9S A; 4DXW A; 1VQN V; 2HVJ C; 5ITZ A; 5ITZ B; 4UCV A; 4U3J B; 4U3J A; 4X65 B; 4W4L A; 1R3L C; 1S3J A; 5B1A B; 4DV3 B; 5EC1 C; 4MT8 A; 1S76 D; 4QE9 A; 1GM9 A; 4JTC B; 4FIP C; 3ABK C; 1E1Q G; 4JAV A; 1B04 A; 3DXR A; 3DXR B; 4MVS A; 4PEL A; 5JCO C; 1Q86 W; 2OT5 A; 1XDC A; 3IJ4 A; 5D5P A; 4J80 A; 4WF9 V; 2DMX A; 1K34 A; 4AHC A; 1TVK B; 4GKJ B; 3SPH A; 1Y74 B; 1Y74 A; 4X20 B; 3ZHR A; 1AI5 A; 1SQV H; 1NQT A; 4DV5 O; 3D36 A; 2IJH A; 3N27 A; 3OMI B; 3FB5 C; 3N2K B; 1COW G; 3BA8 A; 1FJG B; 3RW0 A; 1K9M W; 5B1B B; 2GUZ B; 2ZCE A; 4JI3 B; 3ZRW B; 4JI7 B; 1OCC C; 2JJ2 G; 2YI8 A; 1HNZ B; 3CCV V; 3K5N A; 4JYA B; 2YUA A; 2EBO A; 3QO7 A; 4EB6 B; 4EB6 A; 2F1M A; 2YEV B; 2YEV A; 3K59 A; 2CDY A; 2JS3 A; 3ZMS A; 4KHP O; 2N04 A; 3G67 A; 2QWQ B; 3EHB B; 3ETD A; 3VQY A; 5FNV B; 5FNV A; 1N4C A; 1HP8 A; 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1S72 V; 5H2F Z; 4ZOL B; 4JI6 B; 3W7U A; 1EN4 A; 4TUY B; 4TUY A; 4JI1 O; 2EX3 A; 4GKK B; 3IAY A; 1F4M A; 5DM6 V; 2QM7 A; 4I55 A; 4I55 B; 1NTK H; 4RQF A; 3E83 A; 3TK1 A; 3RYF A; 2YXY A; 4LH7 A; 4WFB V; 4I50 B; 4I50 A; 5KUM A; 3BRC A; 4DV6 B; 2K1E A; 4JTD B; 4DV6 O; 2YIB A; 3O65 A; 1IBK B; 5LXT B; 5LXT A; 5BR8 O; 3X2Q B; 2JIZ G; 1N36 O; 5KAF Z; 2P5O A; 5IY5 B; 4J41 A; 4UVC A; 4ZKI A; 5LMU O; 1XNQ B; 1H2S B; 1K73 W; 5JCO A; 2Q67 A; 3Q4H A; 3OUF A; 4ASU G; 4DR3 O; 1KMI Z; 2ZKO A; 1CP9 A; 4U3F H; 2AZ2 A; 1H8E G; 4NKG B; 4I4T B; 4B3T B; 1VQP V; 1XIL A; 4NB5 A; 3DC6 A; 2JRI A; 4I0X B; 4I0X A; 4B3T O; 2GBO A; 2P67 A; 4DR5 B; 2EUL A; 2Q0O C; 4CH4 A; 3OR7 C; 1NH2 D; 4X1I B; 4DV0 B; 4UXN A; 2LGQ A; 4BWA A; 1BQ0 A; 1ROP A; 2DWE C; 3W7W A; 1M4U A; 1WNS A; 2CE4 A; 5CN0 A; 5FPO A; 4BIZ A; 4QGP A; 3IGA C; 4RQE A; 1AI4 A; 1XL4 A; 4ZIB A; 4DUZ O; 4PJ0 Z; 5JH7 B; 1V55 B; 4DV1 B; 4H33 A; 3SYO A; 2EIL C; 1Y4M A; 3ZHT A; 5EYP B; 5EYP A; 2UUC B; 4JF3 A; 2CUG A; 3L73 H; 4O4L B; 4O4L A; 1OCR C; 3CCE V; 2UUC O; 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