The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
20
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sequence length |
58
|
structure length |
58
|
Chain Sequence |
MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Architecture of the Photosynthetic Oxygen-Evolving Center
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Photosynthesis
|
| molecule keywords |
Photosystem Q(B) protein
|
| total genus |
20
|
| structure length |
58
|
| sequence length |
58
|
| chains with identical sequence |
z
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-01-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Z | PF01737 | Ycf9 | YCF9 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Photosystem II PsbZ, reaction centre |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3WU2 Z; 5B5E Z; 5TIS Z; 5E79 Z; 5KAF Z; 4UB6 Z; 1S5L Z; 3KZI Z; 4UB8 Z; 3A0H Z; 5H2F Z; 3A0B Z; 5KAI Z; 5B66 Z; 5GTI Z; 4PJ0 Z; 2AXT Z; 3JCU Z; 5GTH Z; 4IL6 Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CEI A; 3AG2 C; 5FPO A; 1KKD A; 2JS3 A; 1IVS A; 3RW0 A; 5J2U B; 2EX3 A; 1E1R G; 4YY3 B; 2WSS G; 5EBL C; 5EK0 A; 1M93 A; 3N27 A; 4O4L B; 3SYO A; 3HKB B; 5LP6 C; 3IFX A; 2EIJ B; 2PTM A; 1OCR B; 3JAS A; 3ABU A; 2QJ1 A; 4G28 B; 3HKE B; 3H9V A; 3CCR V; 4IHJ B; 3PJS K; 5LOV B; 4TV8 A; 4K8X A; 4KFM A; 2DYR C; 1TAE A; 4X65 B; 5IJ0 B; 1XEQ A; 2Y0I A; 1HWY A; 3ZIA G; 2ZT9 B; 1FAF A; 2DWD C; 1EZJ A; 1L1F A; 1ZL8 A; 5D5P A; 2GV9 A; 2JEU A; 4MTO A; 5EYP A; 1IZ3 A; 3CB2 A; 4RQF A; 2N74 A; 1M1K W; 3T2M A; 3OT7 A; 1FPO A; 2ZDI C; 4LFB B; 3JAM N; 2JRI A; 1GKF A; 5FPR A; 5JQG B; 5EZY B; 2L6L A; 4CS3 A; 1QLE B; 2JGD A; 3W7X A; 3AG3 C; 2YSU B; 5KAI Z; 3RYC A; 1B3Q A; 2XAF A; 1XNR B; 1P84 F; 2JJ1 G; 3RVZ A; 4I9Q A; 1OJH A; 4PEL A; 4DW1 A; 1MAB G; 1XUQ A; 1JJ2 U; 3OFN G; 2ZR2 A; 4J9Z B; 1AR1 B; 2E5L B; 1GH6 A; 1N36 B; 3W7T A; 2K1E A; 4YIP A; 4FM1 A; 1LNQ A; 2HHH B; 1W0K G; 4B7K A; 1B04 A; 4MTG A; 3SYQ A; 1PM9 A; 4YJ3 A; 3G4S V; 4KHP B; 1F4N A; 5A9G A; 4H13 B; 5ITZ B; 3T1Y B; 4NTW A; 1QLN A; 5LMN B; 5KLV H; 2Q9L A; 3OTF A; 5C8Y A; 4EB6 A; 4DV0 B; 1T5E A; 2KG7 A; 5B1N A; 1VQ4 V; 3ASN B; 2X7R B; 1YIJ V; 5LHH A; 2KB1 A; 1L0L H; 4WFG A; 5EC1 C; 2IJI A; 2HG5 C; 1DLB A; 4P30 A; 4X8A A; 3BY6 A; 1JOY A; 4QPK A; 1EN4 A; 3ICX A; 4JAA A; 1IBL O; 4XDL A; 1XMQ B; 3JAK A; 5EZY A; 1HP8 A; 2LO1 A; 4GCZ A; 5A2Q N; 5GTH Z; 4JV5 B; 1RSO A; 2Q67 A; 1XNQ B; 5HFM A; 2EZP A; 2IJH A; 1AI5 A; 2DJV A; 4XBF A; 3GVM A; 1NT2 B; 1WNS A; 2X6B A; 1QQC A; 3BPZ A; 3TGU H; 3OGC C; 1GMG A; 4X1Y B; 5GW7 A; 4JI4 B; 3M8A A; 3JD1 A; 1B06 A; 2BOB C; 1QLE C; 3ZBH A; 1SZX A; 2IBZ H; 4JAS A; 5KHJ A; 2ZE8 A; 3AG3 B; 4RUE A; 4DR4 O; 1TVK A; 1ZTE A; 1AR4 A; 4JYC A; 1QVG U; 1ZLZ A; 3ETD A; 2FTK A; 4Q20 A; 4ABM A; 4DO2 A; 2UUA B; 2OTJ V; 2HHH O; 3O9O A; 1QCE A; 2YC0 A; 1TUE B; 3UQ8 A; 1M57 C; 4C7U A; 1GN2 A; 1LR1 A; 3OR6 C; 2DWE C; 1ZSP A; 2AHY A; 5H6R A; 2E74 B; 2OYQ A; 3AG1 C; 1OCR C; 1SA0 B; 4X65 O; 2UXC B; 3H1J H; 4WFH A; 5H6Q A; 2Y48 A; 1THZ A; 4B3S O; 4E4E A; 4LF9 O; 1JA8 A; 3E35 A; 4LBE C; 3SPJ A; 2DYR B; 3E8H A; 1BZK A; 2XHB A; 5L3D A; 1OZ0 A; 3IC9 A; 4DV0 O; 4IL6 Z; 4OPA A; 4TV9 A; 1RM1 B; 3ZHV A; 3UT5 A; 1V55 C; 1WP8 A; 1FKA O; 1NZ6 A; 3UCS C; 3E2E A; 2JGU A; 4LFC O; 4JV5 O; 2Q5Z A; 5JH7 A; 3RYF B; 4ZHQ A; 3K5O A; 3RWR D; 4RAI A; 2CTR A; 2ZE5 A; 2AGA A; 3JD0 A; 4KXR A; 4D7T A; 4NXM O; 1VQP V; 2OCC C; 2L35 A; 2DQ0 A; 4P9P A; 1JR9 A; 2IU3 A; 1Q6H A; 3B40 A; 2XUM A; 3STL C; 1BS3 A; 5LP6 B; 1AR5 A; 4ZI7 B; 4FMT A; 4MTX A; 2EIJ C; 1MSD A; 1MZF A; 3WG7 C; 2LQT A; 1BT8 A; 2X0L A; 3QVN A; 4DV1 B; 2GDS A; 2V7Q G; 1S5H C; 5JWP A; 1EFR G; 1OCZ C; 3N2G A; 5IY5 C; 5L3B A; 1WAZ A; 1J5E O; 2F23 A; 3CWB H; 3LSU A; 5GON B; 1NBM G; 4MTF A; 4LF4 B; 2UXB O; 1VQK V; 2FB5 A; 1SES A; 1H2M A; 2YIC A; 3CC2 V; 1K4C C; 1XMO B; 4UUJ C; 2AHZ A; 3I56 V; 2WA3 A; 2WLN A; 2QE7 G; 2EIL B; 1Y4M A; 3DXR A; 4I50 B; 3ASN C; 1QHT A; 5CBH A; 1YIT V; 2HLD G; 1Y76 A; 4DR6 B; 1IXB A; 1KUQ A; 2F4V B; 1DTO A; 1JQ0 A; 3CJH A; 1FFX B; 4DR6 O; 3ZMV A; 3K06 A; 1URF A; 3JYC A; 3RYF A; 5LXT A; 4YHH B; 3EFF K; 3K9A A; 4LF7 B; 1YTF D; 1N34 O; 4R50 A; 1OCC C; 2DMX A; 2P4K A; 1BHB A; 2CTW A; 3J81 N; 5LBQ A; 4B3T O; 3A8T A; 2QGN A; 4YXW G; 2X6A A; 1XNR O; 1HR0 O; 1VF5 B; 5K1X A; 4DUZ O; 1IX9 A; 5TIS Z; 2ZR3 A; 4I55 A; 2LP7 A; 5JJN B; 5H5N A; 2ZQM A; 4CS4 A; 2ZXW B; 3C3S A; 5E1A C; 4TUY B; 1Y74 A; 2LGQ A; 1RP3 B; 1M4U A; 4TQF A; 2LJ2 A; 5IWA B; 3FB6 C; 1HNW O; 1IBM B; 1Z5W A; 5KHI A; 3CHX A; 4D7S A; 5HFL A; 3SJB C; 1D5A A; 3L75 H; 3JSN A; 1FXK A; 3E86 A; 1UFI A; 2KQX A; 1EM1 A; 1AJN A; 2DW4 A; 1G1X B; 3B4S A; 2OCH A; 1PP9 H; 1XQ8 A; 2RNB A; 1Q6U A; 2PI4 A; 5LXT B; 3J80 N; 1RM1 C; 3OM3 B; 2OT5 A; 3OUF A; 4UVC A; 4EEQ A; 3K08 A; 2QKS A; 3E83 A; 4YIO A; 3MAQ A; 1GN6 A; 1SET A; 5LL6 Y; 1G6U A; 3I5D A; 4TT3 G; 3M99 B; 2GUZ B; 2Q8V A; 4JI8 O; 4GKJ O; 4G27 B; 3OAA G; 3RBZ A; 1N33 O; 4JI8 B; 5EBW C; 2HJF C; 3MHS C; 1KQS U; 4J7J A; 4R6Z A; 1M57 B; 4MVM A; 1N32 O; 1YZB A; 4FJC C; 4YHH O; 1VIB A; 2P67 A; 4ASU G; 4FLV A; 3BHP A; 5BMV B; 4ZBM A; 3ZRW A; 1XOU A; 3G71 V; 2WLM A; 1NH2 D; 3FYI B; 1K5S A; 1F51 A; 3JCU Z; 5IYZ A; 4F6E A; 1N8R W; 3OTO B; 4AI8 A; 1I5Y A; 3ZHT A; 4TV8 B; 2ZIM A; 3AG7 A; 1FD9 A; 3FAV B; 1H2N A; 3BEH A; 4UCV A; 4PDR A; 3WB0 A; 2FYU H; 3HKC A; 1WPB A; 2ILM A; 4J10 A; 4CH5 A; 2UUC B; 2R9R B; 1MA1 A; 3EVK A; 2JEX A; 4DRX A; 4X1K A; 1YF2 A; 1B6Q A; 3K5N A; 1PV0 A; 4LH7 A; 4LC1 A; 4WFA V; 1JPX A; 2QTS A; 4CH3 A; 1QR9 A; 1TA8 A; 1F23 A; 3ZHS A; 2GUZ A; 3ABL B; 2Q68 A; 1R3K C; 3GB7 C; 1XL4 A; 5B66 Z; 3AK2 A; 2ZKO A; 4O4H B; 2YIB D; 1SC5 B; 5BZB A; 5CA1 B; 1OCZ B; 1ZWI C; 4O4J A; 5IY5 B; 2EIM B; 3WU2 Z; 2CK3 G; 3LDE A; 3K0G A; 1WJZ A; 3R66 A; 5BMV A; 3BRC A; 3E22 B; 3HKE A; 4K8Z A; 1EN6 A; 3X2Q C; 5ITZ A; 1AP5 A; 3OMN B; 4I0X B; 2UUB B; 3T1C A; 3BA9 A; 2ADQ B; 1AI4 A; 2XTA A; 5KX5 A; 5IYC O; 1PL0 A; 2LW1 A; 2FL4 A; 1K73 W; 2YIB A; 1SZT A; 1D2D A; 1FXH A; 2HJD A; 1WA8 B; 2V4D A; 4JTD B; 1BE3 H; 4BR6 A; 1VF6 C; 1HW7 A; 3SYC A; 2CTP A; 3W7S A; 1S3J A; 4UCU A; 3CS5 A; 4FK5 C; 3SJQ C; 3P32 A; 2RCV A; 2ZNJ A; 4P2Z A; 2LFR A; 1EZV H; 2Q7H A; 3VQW A; 4KP4 A; 1NKD A; 4WBN A; 4Z1M G; 2YID A; 2KKW A; 2PGG A; 4NR1 A; 1K3E A; 4DK0 A; 2IJJ A; 2UU9 B; 4JI6 O; 2CE4 A; 2IW5 A; 3BCC H; 3H1H H; 1H8H G; 5IE9 A; 4MVS A; 1US6 A; 4JI1 B; 5FLX N; 3CCQ V; 4ZOL B; 1Z2G A; 2PI5 A; 2QKC A; 5EIB D; 5BY1 A; 1COW G; 2ZXW C; 1K9M W; 1IBL B; 3ZHU A; 2OWO A; 2B1G A; 2VQF O; 4HNA A; 2B1I A; 3F5W C; 3N2K B; 1LUV A; 3RVY A; 4H0L B; 2H8P C; 5C8Y B; 2F66 C; 4JI1 O; 1R73 A; 1YTF B; 3P3N A; 1QVF U; 2CH7 B; 3U11 A; 3RN4 A; 4X1I A; 1O9G A; 1F4M A; 1XHZ A; 4NTX A; 4B3R O; 5E79 Z; 1VQ9 V; 1VQ7 V; 4TWK A; 4UB6 Z; 3SJC C; 1ARO P; 4FFK A; 1CEZ A; 1W0J G; 4FLT A; 3T1H O; 2K9P A; 4DR7 O; 3D3Q A; 3ETG A; 2YIA A; 1DK1 A; 3K3W A; 5KHG A; 2QWR B; 4PDL A; 2R70 A; 3ZRV A; 4FZ0 A; 2BTQ A; 2EZO A; 3UT5 B; 2WWW A; 2XAH A; 4FVM A; 1VMG A; 1WLE A; 2XND G; 4FM0 A; 2QA4 V; 3G6B A; 4J80 A; 1NVP B; 4MVQ A; 2QWQ B; 4FZ1 A; 5AG2 A; 1YI2 V; 4ZOL A; 1HNX O; 4UFZ A; 3APQ A; 2BSK A; 2OIG A; 5GTI Z; 4QE7 A; 3ZN1 A; 1GAX A; 4JI3 O; 3ZRS A; 3CCJ V; 2QM7 A; 2NNU A; 3FFQ A; 1YCI A; 2LFS A; 2Q4P A; 2LW7 A; 3D3I A; 3F7Y C; 2BE3 A; 3KCY A; 1BQZ A; 1IDS A; 3SGI A; 3CX5 F; 1AJQ A; 2YEV B; 3VOU A; 4X1I B; 2JIZ G; 3K0D A; 5H9C A; 3X2Q B; 3OEH G; 3K5M A; 1K7D A; 3OEE G; 3OMI B; 4B3R B; 2QTO A; 1DF4 A; 2XT9 A; 2ATK C; 4UB8 Z; 3AG1 B; 4U3J A; 2IJK A; 3B8N A; 5JJJ B; 2CUG A; 1KBH A; 1CXZ B; 4DR1 O; 2UUC O; 5DN6 G; 4RO2 A; 4HBN A; 4NVP A; 1FFX A; 1XIL A; 3CCE V; 4DK1 A; 4DR2 O; 3ABT A; 3ZED A; 2Q0O C; 1N36 O; 4UCO A; 3MHH C; 3IGA C; 4LNU A; 2BSK B; 5DM6 V; 5KMG B; 2ZCE A; 3RYI A; 4MVZ A; 5LHI A; 3JAR B; 3EXA A; 5BR8 B; 1VQN V; 1GTO A; 4X20 B; 2DN9 A; 2OCC B; 4XDK A; 3ASO C; 3MD0 A; 4QJF B; 1VF7 A; 5KUM A; 3WG7 B; 4DV4 O; 3ZX6 A; 3QNE A; 1SQB H; 4H44 B; 1N0J A; 2WLI B; 4JTC B; 5IWA O; 1D5N A; 2QWN B; 1ZUQ A; 2P22 C; 3M7M X; 1N33 B; 2YDE A; 2Z0A A; 5B1A B; 2VS0 A; 4NTY A; 2HP8 A; 5L3E A; 3P30 A; 4JI7 O; 2IH3 C; 5CA0 A; 2Q73 A; 1M90 W; 1JFF A; 4F6R B; 5IDJ A; 3JAT A; 4JAU A; 5D5Q A; 3A2F A; 3D36 C; 3CRQ A; 1YEW A; 3C90 A; 4A5U B; 3THO A; 2F95 B; 3DC5 A; 1YJN V; 3BAA A; 3K59 A; 1L0N H; 1K4D C; 3RYH B; 5LGT A; 1HDJ A; 1EN5 A; 4LNU B; 3ML0 A; 3TXQ A; 2VWJ A; 2B9Z A; 1BSM A; 3ZMT A; 5J2U A; 1Q7Y W; 4NKG B; 3LSQ A; 4NXN O; 2RQ6 A; 1OCC B; 3JSL A; 2Y69 C; 1PL4 A; 3CXH F; 4O4L A; 4DV3 B; 1P4R A; 2F4V O; 2W6I G; 3B2E E; 3VQV A; 1MZE A; 4DR3 B; 3H1I H; 1PNM A; 3JAS B; 4JYA O; 5EIB C; 3Q4H A; 3K9S A; 3C3T A; 5DEC A; 1YSC A; 2WLH A; 2Y4T A; 3ASO B; 3UKM A; 3OMA B; 4JZ2 A; 3SR2 C; 3TET A; 3AG4 B; 2F93 B; 1J5E B; 1H8E G; 2Z3Y A; 3OTO O; 3CD6 V; 4I9W A; 1KD1 W; 1YHQ V; 5H2F Z; 3U0Z A; 5B1B C; 3KCX A; 4PDV A; 4X62 O; 5JQG A; 2QM8 A; 4CC5 A; 2ARH A; 1P49 A; 5LYJ A; 4I7Z B; 2M6Y A; 2UXC O; 5LGU A; 4DV7 B; 4L87 A; 3CPW U; 4U3F H; 4DR2 B; 1BL8 A; 1IBK O; 4R7C A; 1KYO F; 2YI8 A; 3BVO A; 1HNW B; 2Y0P A; 1MMM A; 1AVM A; 4KUM A; 3ETQ A; 1JX9 A; 3R65 A; 1N0N A; 3LUT B; 3J7A U; 1QR8 A; 1UPG A; 1R6T A; 1GO3 F; 4LWS B; 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1V54 B; 3ZMU A; 2GHY A; 3AG4 C; 4DV5 B; 2E5L O; 2VQF B; 2WLL B; 5B1B B; 2PF4 E; 4NYK A; 4X66 O; 1NI8 A; 2VRZ A; 2D3O W; 4IGG A; 1K8A W; 4LF5 B; 1X59 A; 2R72 A; 5B3S C; 2P5O A; 4GYC B; 1FXV A; 5CBG A; 5IYB O; 3W7U A; 4KL1 A; 3ZN0 A; 2EUL A; 3LDC A; 4ZI7 A; 5LGN A; 1H2L A; 4FM2 A; 2YUA A; 4TQD A; 1SKV A; 4JI2 B; 3CRC A; 4HNA B; 2HR3 A; 4YJ3 B; 4Q6G A; 4GX5 A; 4WFF A; 1W59 A; 2ZE7 A; 1WN7 A; 3BA8 A; 5IYD O; 2YXY A; 4WCE V; 5LMU O; 3DSQ A; 1AB3 A; 1N4C A; 4EFE A; 4O2A A; 3CC7 V; 3E89 A; 4FLY A; 2Z5U A; 2PYL A; 4DR3 O; 1XL6 A; 1S0V A; 2E75 B; 3G80 A; 3JAK B; 4DV3 O; 2BTQ B; 2HEP A; 4O4I A; 1M56 C; 4U3J B; 1R1B A; 2WLL A; 1SQV H; 2MW2 B; 4XDJ A; 3CJH B; 3F5T A; 1NTM H; 4DR5 B; 2AZ0 A; 1FYJ A; 1O9H A; 4JI5 B; 1KC8 W; 4UVB A; 4YJ2 B; 2JK5 C; 1AI7 A; 1VF6 A; 1K5Q A; 3O65 A; 1QBZ A; 2W0X A; 4IYI A; 3U10 A; 3K57 A; 1NS1 A; 1I08 A; 4MVR A; 4DUY O; 2A7W A; 4BWA A; 1SQF A; 1TVK B; 3CRA A; 2OIE A; 5KMG A; 5LA6 B; 4OX9 O; 3VQX A; 4MS2 A; 4WFE A; 1XDC A; 5LMN O; 3H1L H; 4AHC A; 4G2K A; 2WLK A; 4LFA O; 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