The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
20
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sequence length |
58
|
structure length |
58
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Chain Sequence |
MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Photosystem Q(B) protein
|
| publication title |
Architecture of the Photosynthetic Oxygen-Evolving Center
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Photosynthesis
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| total genus |
20
|
| structure length |
58
|
| sequence length |
58
|
| chains with identical sequence |
z
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-01-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Z | PF01737 | Ycf9 | YCF9 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Photosystem II PsbZ, reaction centre |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3KZI Z; 5GTI Z; 2AXT Z; 3JCU Z; 4UB8 Z; 4PJ0 Z; 4UB6 Z; 5B66 Z; 3WU2 Z; 5E79 Z; 4IL6 Z; 5B5E Z; 5H2F Z; 5TIS Z; 5KAF Z; 3A0H Z; 5GTH Z; 5KAI Z; 3A0B Z; 1S5L Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 3OMI B; 2EIL C; 2ZE8 A; 4UXN A; 1VQM V; 4NTW A; 2ZXW B; 4AQY O; 3E86 A; 2XAG A; 1R73 A; 2ZDI C; 1T5E A; 2ZIO A; 5C8Y A; 2O57 A; 3QO8 A; 3JAS B; 2HKO A; 3WFV A; 4GKJ B; 3L9D A; 1E1Q G; 3K58 A; 4U7N A; 2UUC O; 4Q6G A; 2BTQ B; 5LHG A; 2QGN A; 3AG1 B; 2N05 A; 1OCO B; 3H9V A; 5IY5 B; 3OEH G; 5BR8 O; 4NXN O; 4JI4 B; 4GCZ A; 4LWS B; 2AHY A; 4X88 A; 1XEQ A; 4JI1 B; 4DR6 O; 1PD3 A; 3ABM B; 3KKY A; 4UVC A; 4JAU A; 4WCE V; 1NQT A; 1H2S B; 4J9Z B; 2DYS C; 4EB6 B; 4JI2 O; 5KHJ A; 2JS5 A; 4DR1 O; 1FFX B; 1QHT A; 1KB9 F; 2HVK C; 3ZIA G; 4P9P A; 3CX5 F; 4BR6 A; 5LGT A; 2UXD B; 4TV9 B; 1ORQ C; 1VQ8 V; 4LF4 O; 4FLX A; 3HKB B; 4JZ2 A; 3WB1 A; 3UO2 A; 3BA9 A; 2YDE A; 4BIU A; 3STL C; 5KHK A; 1WP8 A; 4X1K A; 5KHH A; 3KCY A; 2P90 A; 3ZCC A; 5EYP B; 5KUM A; 2R9R B; 2RQ6 A; 1NR7 A; 2ZE7 A; 3HKE A; 5D5P A; 1TUB B; 4RUF A; 1HNZ O; 5KUK A; 4YY3 O; 4JTA B; 4YJ2 B; 4DR5 B; 1IUR A; 3RYI B; 2OWO A; 2AHZ A; 3ZJZ A; 5IDJ A; 4JTC B; 4ZOL B; 3AG4 B; 4JTD B; 1SA0 A; 4BW5 A; 4O2A B; 1ARO P; 4CZZ A; 2ZDI A; 4NR1 A; 3OMN B; 3CXC U; 4J10 A; 4O4J A; 3AG3 C; 5KA5 A; 1OHH G; 3W7W A; 4U3J A; 1N8R W; 1KMI Z; 3G80 A; 4TQF A; 1QVG U; 4QE9 A; 4CS4 A; 1I08 A; 2X7R B; 4KXR A; 4O4L A; 2JS3 A; 3ABT A; 3OM3 B; 1HW7 A; 2RJZ A; 3JD0 A; 4J9Y B; 5LA6 A; 1MZF A; 2RNB A; 2KKW A; 4HNA B; 1R6K A; 3H01 A; 1K9M W; 3TXQ A; 1K73 W; 1DF4 A; 4J11 A; 3THO A; 4XDK A; 2ZXW C; 3CCR V; 3K79 A; 2V7Q G; 2XHB A; 1K34 A; 3MDS A; 3H1I H; 5FLX N; 2AZ0 A; 1VQ5 V; 2GUZ B; 1GM9 A; 1SES A; 1S0V A; 1AR5 A; 5KMG B; 4QPK A; 4UV9 A; 4MTO A; 4UFZ A; 5LBQ A; 4TOI A; 4TUY B; 1QVF U; 3AG1 C; 1IZ3 A; 1OCO C; 1SS3 A; 5IY5 C; 2R9I A; 4AI8 A; 2CGN A; 1TAE A; 1AI6 A; 2LFR A; 4D6T H; 2G38 A; 4IGG A; 4K35 A; 2OTJ V; 4LBE C; 3CJH A; 4WBN A; 4CS3 A; 3ABM C; 3AK1 A; 5LMU B; 2ZCE A; 4MTF A; 4WFA V; 1WA8 A; 3T4D A; 3SPI A; 4GKJ O; 4ABM A; 1SQF A; 4ZI7 B; 2JDI G; 2HHH B; 3QO7 A; 4YHH B; 1RP3 B; 4JI4 O; 5JWP A; 1AR4 A; 1KBH A; 3B8N A; 4AHC A; 3OTO B; 3OUS A; 4UCO A; 1WAZ A; 4X64 B; 4XDJ A; 5LYJ A; 5IJ0 B; 1R1B A; 3BRC A; 4JI1 O; 2Y48 A; 2EZO A; 1RM1 B; 4RQF A; 2UXN A; 4CC6 A; 3MAQ A; 5IJ9 B; 1H2N A; 3CRQ A; 3ZS8 C; 4BW9 A; 4EEQ A; 1RSO A; 2BE3 A; 1UFI A; 2NNU A; 4GUN A; 2Q0A A; 1AVM A; 3JAK B; 2UXD O; 3W7T A; 4FJC C; 2P67 A; 4DV3 B; 4LH7 A; 1Q90 D; 5J2T B; 5IT9 N; 1A32 A; 4TSF G; 2LQT A; 2RN9 A; 1AB3 A; 5HFM A; 1TGO A; 1R6N A; 4IYH A; 2UUB B; 4O2B A; 1M5I A; 2YXY A; 3NR7 A; 1NR1 A; 1SER A; 4CC5 A; 3ZN0 A; 1WNS A; 1SQV H; 2GV9 A; 3J7A U; 5LGU A; 1BHB A; 3JAT B; 4DR5 O; 1PL0 A; 3VQV A; 5CA1 A; 5FNV B; 4Q20 A; 3F5W C; 3APO A; 4F6R A; 4I50 B; 1L1F A; 4W4L A; 2Q7H A; 1IX9 A; 1CEZ A; 2AW9 A; 3N27 A; 3OE7 G; 2UXB O; 1Q8I A; 3ZHV A; 5GON A; 5ITZ A; 2X6C A; 2P5O A; 2BTO A; 1JPX A; 4CH3 A; 2XAH A; 1ZWI C; 1GN2 A; 4DR2 B; 5B1B B; 3FD9 A; 1M57 B; 4QNH B; 1Q6U A; 4ZBM A; 1K7D A; 1XMO B; 2QKA A; 2HR3 A; 3RYH B; 4WF9 V; 3LSS A; 5GW7 A; 4QIW F; 1K33 A; 3HKC B; 4AIL C; 5CA3 A; 3UKM A; 3FAV B; 2QM8 A; 3CCL V; 2WPD G; 1FXH A; 3H1L H; 2QKC A; 1EN6 A; 4B3S B; 4NVP A; 1YEW A; 2NR5 A; 5LMN B; 1VEW A; 4L87 A; 4OGQ B; 5LMU O; 1RM1 C; 4JI6 B; 2VQF B; 3CCM V; 5F2V O; 4I4T A; 4JI3 B; 2F1M A; 2YID A; 4UV8 A; 4KL1 A; 2HHH O; 4HAM A; 3E35 A; 4UUJ C; 3BEH A; 4RQE A; 2FML A; 4YHH O; 4X8A A; 4DR4 B; 1Q81 W; 3OTO O; 4X64 O; 3CEI A; 3ZRW A; 4D7T A; 2X6B A; 2DN9 A; 1NTM H; 4RUE A; 3K06 A; 4FZ1 A; 4C7U A; 2HJF C; 1VF6 C; 1EM1 A; 3LDC A; 4RAI A; 4U7O A; 4J7K A; 1JFF A; 1QR8 A; 5IYZ B; 1G6U A; 1QBZ A; 5J2U B; 4LF8 O; 3WB2 A; 2UU9 B; 2PUS A; 3A8T A; 4DV3 O; 4JYA B; 1FAF A; 1GO3 F; 4RO2 A; 4DV7 B; 3E22 B; 2C2A A; 4FLV A; 3JD3 A; 4IYI A; 5TIS Z; 4LNU B; 1WPB A; 1VQ7 V; 2IJH A; 1EBO A; 2QKS A; 2QWO B; 4X1K B; 2JGU A; 3ZHQ A; 1MOF A; 4IHJ B; 2UUB O; 1SF9 A; 3LSU A; 3HKD B; 2WLL A; 4FLU A; 1FXK A; 1HR0 B; 3ZMS A; 1LUV A; 4FM2 A; 2Q67 A; 3ZMZ A; 2ZIM A; 4K0K B; 2OCH A; 3DXR B; 1KUQ A; 4JGS A; 2CTQ A; 1Q3E A; 4KFM A; 3STZ C; 5B1B C; 2LW7 A; 1M57 C; 1CXZ B; 1ZSP A; 2WA4 A; 2LJ2 A; 1JJO A; 5B1A C; 1NVP B; 3SJQ C; 3CP1 A; 4O4J B; 3PN1 A; 4TWK A; 1MA1 A; 2E5L O; 2JGD A; 5LHH A; 5KA6 A; 1YSC A; 3D3I A; 3RYF A; 5EIB C; 3ETD A; 3BAB A; 5BXZ A; 3CSX A; 4LFC O; 1IXM A; 3K08 A; 1Y76 B; 2QWN B; 2UXX A; 5CA0 B; 3DC5 A; 4PA7 A; 4DR2 O; 3IC9 A; 4MVQ A; 1Q7Y W; 4FZ0 A; 4X1Y A; 1K5S A; 3MHH C; 4UB6 Z; 1XMO O; 3DGE A; 1M56 B; 4U3F H; 4PHZ A; 2EIJ B; 3B2E E; 5B5E Z; 3SJA C; 4DV2 B; 1B6Q A; 2IW5 A; 1E1R G; 4P2Z A; 5LP6 A; 3M7M X; 1NTK H; 3CMA V; 4BAY A; 5IYD O; 4WFH A; 4MTG A; 1N36 B; 2HFE C; 5IYC O; 5BMV B; 4ZHQ B; 1EN4 A; 4LF9 B; 2Y0I A; 1M9N A; 2IJK A; 1TVK B; 2WLI A; 1U97 A; 3BPZ A; 3K5M A; 2BSK B; 3GVM A; 3MHS C; 4WBN B; 5L3F A; 4JI6 O; 1Z5V A; 2A3Q A; 2YXL A; 1NZ6 A; 1THZ A; 1MNG A; 4JI3 O; 4PA6 A; 2LFS A; 3GWO A; 2PZS A; 2VRZ A; 5HFL A; 1LR1 A; 1U96 A; 2VQE B; 4GX1 A; 2MK3 A; 1WPX A; 4X66 B; 3CRM A; 3ETE A; 5LXT B; 3EHB B; 4DR4 O; 1TA8 A; 2QA4 V; 5JJJ B; 3JAW B; 3FB6 C; 1NT2 B; 3J81 N; 4I0X A; 5LYJ B; 3I55 V; 2E74 B; 3CCE V; 3G4S V; 4I7Z B; 1EZV H; 3SYA A; 1FFT B; 1N4C A; 4J41 A; 3WG7 B; 2ETN A; 2R70 A; 2KG7 B; 3JAL B; 4JI0 O; 3K57 A; 3SPC A; 2UU9 O; 4JYA O; 1OCR B; 4FFB A; 2CTR A; 2OT5 A; 3T2M A; 5H5N A; 4DV7 O; 2ODM A; 2HVJ C; 4Z1V A; 1BS3 A; 1VQN V; 1D5N A; 5EZY A; 4NTY A; 3ZBH A; 5DED A; 5EBM C; 3RGB A; 1OCZ B; 3QG5 A; 4X1I A; 2CDY A; 3W7U A; 1HR0 O; 3W7X A; 3OD4 A; 2CAZ C; 4PA4 A; 3U11 A; 1KYO F; 5BZB A; 4K0K O; 4MVS A; 1WJZ A; 4DV1 B; 2K9P A; 3E8F A; 4PDM A; 4X9Q A; 1SQQ H; 4JAS A; 2CH7 B; 2DE0 X; 2HEP A; 1P7G A; 1Q6I A; 2FTK A; 2B1I A; 4JI8 B; 2PY5 A; 1G4Y B; 2PYL A; 4HYO A; 3ZHT A; 1F7Y A; 5KAI Z; 4R7C A; 5ITZ B; 1GM8 A; 2W6I G; 2YEV A; 2F95 B; 4PD4 F; 1IVS A; 3B4S A; 5JCO A; 1KKC A; 2WLJ A; 4UB8 Z; 4DR3 B; 4GKK B; 3MD0 A; 1OZ0 A; 2RCV A; 4LFA O; 3L71 H; 4CH6 A; 3DC6 A; 1ZTE A; 3WB0 A; 4X20 A; 3LSQ A; 1SQP H; 3EFF K; 4H44 B; 3N2G B; 4JF3 A; 5EBW C; 1K92 A; 4EFB A; 1BE3 H; 4B7E A; 3IC7 A; 3SYQ A; 4DV2 O; 1P49 A; 2KQX A; 3ABU A; 2FYU H; 4MVM A; 1PV0 A; 2F93 B; 3EVK A; 1DK1 A; 1Q43 A; 1ZL8 A; 2Q73 A; 4X65 B; 1NJI W; 2V4D A; 1IBK B; 4LF9 O; 3E83 A; 4ASU G; 3T1H B; 4MSW C; 5KAF Z; 2QTS A; 3CYO A; 1W0J G; 3E2E A; 3T4Z A; 2EJ7 A; 2W0F C; 1VMG A; 3CHX A; 1ZLZ A; 2ZNJ A; 3RYC B; 1M90 W; 3K3W A; 3ZMT A; 1K8A W; 3WG7 C; 4MW3 A; 2VQE O; 2ILM A; 5CB4 A; 4FVM A; 4GZR B; 1WB7 A; 2IH1 C; 3ZHS A; 4X66 O; 3ASO B; 3UT5 B; 3ZN1 A; 4LP8 A; 4DUY B; 2L35 A; 3AK3 A; 3Q4H B; 2L6L A; 1NBM G; 1YIT V; 2WLK A; 4UCS A; 2Y0P A; 5E1A C; 1KKD A; 2DW4 A; 1F51 A; 4IIJ A; 4ZIB A; 1CP9 A; 3N2K B; 3ZX6 A; 2Q4P A; 3SYC A; 4KUM A; 3LUT B; 3B77 A; 5JQG A; 1YJN V; 1VF7 A; 4B3M B; 1BL8 A; 2DQ3 A; 3CE2 A; 1QQC A; 2Z0A A; 4NTX A; 4YIO A; 1R3I C; 1OJH A; 1G8M A; 4JAA A; 1Y74 B; 2WLN A; 1I7F A; 5JH7 B; 1XMQ B; 1H2G A; 4CS2 A; 4I9W A; 3RVY A; 1GRJ A; 2UUA B; 2NLJ C; 1QLE B; 3HB3 B; 1X4T A; 1B06 A; 1NI8 A; 1WB8 A; 5D5Q A; 2D2C B; 4KHP B; 1S3J A; 1PM9 A; 1PL4 A; 2ARH A; 1MZE A; 4DV1 O; 1PNK A; 4JI5 B; 1VP7 A; 3JAR A; 5JVD A; 2XND G; 5EK0 A; 5H2F Z; 4OXS A; 4DRX A; 4DYL A; 3FX7 A; 1BHA A; 4JYY A; 3TK1 A; 2IJI A; 4JI8 O; 3BCC H; 1ENV A; 3K03 A; 3X2Q B; 4GT1 A; 5KHI A; 5C93 A; 2IU3 A; 2OIG A; 5FPR A; 1WP7 A; 2OTL V; 4F6E A; 2W0X A; 3AG4 C; 4NB5 A; 4CH5 A; 1YIJ V; 1GH6 A; 4OPH A; 4DR3 O; 4GKK O; 1VIB A; 3E8H A; 4FLY A; 4UCR A; 3ABK B; 4I55 B; 4O4H A; 1FXV A; 2B9Z A; 4ICG A; 4PDL A; 1QNM A; 3B40 A; 4E4E A; 1VQK V; 1KEC A; 3P30 A; 3JAS A; 3F7V C; 2HG5 C; 4PDR A; 1N0J A; 2BTQ A; 2CK3 G; 2YS8 A; 1NH2 D; 3DSQ A; 3G6E V; 2P6J A; 2IBZ H; 2XAF A; 2JRI A; 4LWS A; 1AIL A; 1IBK O; 1SKV A; 3K5N A; 3ASO C; 5BY1 A; 1URF A; 3T1H O; 2UXC B; 4DV0 B; 4LF6 B; 2ATK C; 4YJ3 A; 1VQ4 V; 1D5A A; 1YF2 A; 4EB6 A; 2PYJ A; 3C3T A; 3AG2 B; 4UCT A; 1FFX A; 2DYR B; 3QVN A; 2ZQM A; 1H2L A; 3LDE A; 4OPA A; 3VBB A; 3RBZ A; 3RT3 C; 1B3Q A; 2EIM B; 2YUA A; 1PNM A; 2E3C A; 1H2M A; 1JQ0 A; 1US6 A; 1F4M A; 1XHZ A; 5L3B A; 1KD1 W; 2M7W A; 1VQO V; 2GSM B; 3FB8 C; 1Y67 A; 2VWK A; 3HKB A; 5IYB O; 3E8B A; 2P22 C; 1SQX H; 2XT9 A; 1VQ9 V; 3FYI B; 3ABL B; 2ADP A; 1L8D A; 1I94 B; 1JJ2 U; 2E76 B; 5EYP A; 1W2B U; 1ROP A; 2HP8 A; 3JD1 A; 4N23 A; 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3E89 A; 1X59 A; 2EIM C; 1SA0 B; 3BAA A; 3RFR A; 4K8Z A; 3B8M A; 1PKX A; 1GN4 A; 2EIK B; 2X6A A; 2Q7G A; 3CRC A; 1HNW B; 2UXC O; 2H3O A; 3A2F A; 4DV0 O; 2YSU B; 4LF6 O; 1O9H A; 2EUL A; 4U3J B; 2Y4T A; 2F66 C; 2FL4 A; 2ITD C; 4LR3 A; 3K5O A; 4QGP A; 4O4L B; 1AR1 B; 2R72 A; 4FK5 C; 4JI2 B; 5LA6 B; 2LO1 A; 3L72 H; 4O4I A; 3CCV V; 3D8C A; 3K9A A; 1RPR A; 4G27 B; 4FLZ A; 3JAK A; 2YI9 A; 1AP5 A; 2EX3 A; 5A2Q N; 2QDO A; 1W0K G; 2XAS A; 1AJP A; 2DMX A; 1SC5 B; 2DWE C; 5J2T A; 3J80 N; 2QTO A; 4KP4 A; 3GB7 C; 1P84 F; 5AG2 A; 4RWU A; 1XIL A; 2ZD9 A; 3A0B Z; 2DYS B; 3ETG A; 1GK9 A; 1VF6 A; 1IXB A; 1V54 B; 3SPH A; 2HJD A; 2Y69 B; 2BCC H; 3ZRX A; 4MVO A; 3UM7 A; 1N33 B; 3W7S A; 5L3E A; 4CBC A; 3OGC C; 4B3S O; 1DLB A; 3T1C A; 1I0H A; 5LMN O; 2Q6A A; 3CJH B; 5FNV A; 5A9G A; 5GTH Z; 4I50 A; 5DEC A; 4UCV A; 2VQF O; 1WA8 B; 4FLT A; 1QU7 A; 1JX9 A; 4DO2 A; 4DR7 O; 2ZE5 A; 3ASN B; 1SQB H; 1D2D A; 1BGY H; 3JSL A; 1S5J A; 5H9C A; 2AGA A; 2KB1 A; 1NTZ H; 1SZX A; 2IJJ A; 1N32 O; 3K59 A; 1IBL B; 2AXT Z; 2NN4 A; 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