The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
b'PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
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| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
28
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI2 O; 4YY3 O; 1XMO O; 4LFC O; 4DV5 O; 1XNR O; 4DV1 O; 2UUC O; 4DR7 O; 4OPH A; 4DV2 O; 4DR6 O; 2DOS A; 2JRI A; 5H5N A; 1DK1 A; 1XNQ O; 4B3M O; 3J81 N; 4LF7 O; 4NXM O; 2ZKO A; 1D2D A; 4DUY O; 2LW7 A; 4DUZ O; 4LF4 O; 4JI1 O; 3SDL A; 1AIL A; 3T1Y O; 4LF9 O; 1AB3 A; 2UXB O; 2HHH O; 5A2Q N; 1YZB A; 1IBL O; 5IT9 N; 3O65 A; 2UXD O; 4DV3 O; 1A32 A; 4YHH O; 1HNZ O; 1KUQ A; 1N33 O; 4DV4 O; 3M8A A; 1F7Y A; 5LMU O; 2Z0A A; 4X62 O; 4DV7 O; 4DV6 O; 4DR4 O; 4LF8 O; 4JI6 O; 3R66 A; 5IWA O; 4JI4 O; 2ZM6 O; 2UUB O; 5BXZ A; 4LFA O; 1XEQ A; 4X65 O; 3J80 N; 2VQF O; 5LMN O; 4JI5 O; 1I94 O; 5BR8 O; 4GKK O; 1FJG O; 4DV0 O; 4DR3 O; 3JAM N; 1HR0 O; 2N74 A; 4B3T O; 1HNX O; 4DR5 O; 1N36 O; 2VQE O; 1G1X B; 1X59 A; 4OX9 O; 2AGA A; 1N34 O; 1FYJ A; 1HNW O; 4JI0 O; 1R6T A; 2E5L O; 1XMQ O; 4JYA O; 3OTO O; 4X66 O; 5BY1 A; 1NS1 A; 1J5E O; 1N32 O; 4JI8 O; 4AQY O; 2UUA O; 1IBK O; 2F4V O; 2UU9 O; 5LL6 Y; 1R1B A; 3J7A U; 4JI3 O; 2DJV A; 4JV5 O; 4DR2 O; 4LF5 O; 4X64 O; 2UXC O; 3RT3 C; 4JI7 O; 5FLX N; 3F5T A; 4OPA A; 3T1H O; 4B3S O; 4GKJ O; 2FKX A; 4A5U B; 4NXN O; 1FKA O; 4DR1 O; 4K0K O; 4KHP O; 4B3R O; 4LFB O; 1IBM O; 4LF6 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CCE V; 4YY3 O; 1WA8 B; 4DV6 B; 5K1P A; 4FZ1 A; 2W0F C; 5GW7 A; 3K5N A; 3HKE A; 2DOS A; 2JRI A; 4TQF A; 2WA3 A; 3Q4H A; 1QU7 A; 3J81 N; 2Q6A A; 3RVZ A; 2ITD C; 4DR2 B; 1SKV A; 2OWO A; 1KP2 A; 3ASO C; 5CB4 A; 1YZB A; 4FM1 A; 1K8A W; 2P4K A; 5KHG A; 1QCE A; 2YDE A; 2JEU A; 5LA6 A; 4EEQ A; 3SJB C; 3G6E V; 4HNA B; 2JVD A; 4HYO A; 2WA4 A; 1GN4 A; 4EFB A; 1SZT A; 3ZMZ A; 3DXR A; 4B08 A; 2YID A; 4X64 B; 1XEQ A; 4X1I B; 2UXC B; 3UM7 A; 2OIG A; 4EKW A; 1ZL8 B; 2LGQ A; 3K58 A; 2JIZ G; 2X6A A; 5FPR A; 2Y69 C; 4AI8 A; 3P3N A; 4DRX B; 2E3C A; 3WU2 Z; 3RYH A; 1RFY A; 2XHB A; 2P90 A; 4PJ0 Z; 1H2S B; 2HG5 C; 4YJ3 B; 4DW0 A; 3ZIA G; 1P7B A; 1GM8 A; 3F7V C; 3ZHT A; 4JAV A; 1SQB H; 2EIK C; 5LBQ A; 4QIW F; 2BSK B; 1XNQ B; 5H9C A; 3VOU A; 3AK3 A; 3N27 A; 4CC6 A; 1Q43 A; 1F51 A; 1ORQ C; 4X89 A; 3SJC C; 1QR9 A; 2HKO A; 3AG3 C; 2CE4 A; 2Q73 A; 4H33 A; 4X88 A; 3BPZ A; 1O9H A; 3HKD B; 1OCC C; 4JGS A; 1SES A; 1XMO O; 4MVR A; 4AIL C; 1DF4 A; 1GN3 A; 4X8A A; 4C7U A; 3BHP A; 1Q6U A; 4X20 A; 5H5N A; 4Z2W A; 4I55 B; 4Q6G A; 4LF7 O; 5K1X A; 1D2D A; 4HZ3 A; 4NTX A; 2B9Z A; 3A0H Z; 4JI1 O; 1QHT A; 3JAT B; 4UFZ A; 3TXS A; 2NNU A; 1CXZ B; 5B1O A; 3ZHV A; 1ZUQ A; 2N05 A; 4R6Z A; 2E5L B; 1A32 A; 1H2K A; 2IU0 A; 1BHB A; 1J5E B; 2O57 A; 2IJH A; 2RN9 A; 1PP9 H; 1JFF B; 1F7Y A; 2EIN B; 2X6B A; 4PDR A; 4JTD B; 4DV6 O; 2ITC C; 3CWB H; 2JK5 C; 4F6E A; 4ZKI A; 2A0L A; 4JV5 B; 1J95 A; 4P30 A; 1XHX A; 2Y4U A; 4RO2 A; 2CUG A; 2DYR B; 1SZX A; 2N74 A; 1PL0 A; 2XOK G; 4LH7 A; 1R73 A; 2H3O A; 5BMV B; 2CH7 B; 1Y74 B; 1GMG A; 5BY1 A; 2ZD9 A; 4MW8 A; 4CZZ A; 3JD2 A; 2EIL B; 1M56 B; 3ZRV A; 1WP8 A; 1S77 D; 1KMI Z; 3L72 H; 1E1Q G; 3B77 A; 2UUC B; 1QQC A; 3P3P A; 2E76 B; 3VQV A; 4PA3 A; 4X64 O; 4ZHQ A; 2UXC O; 3OTF A; 1H38 A; 4B3M B; 5FLX N; 1VMG A; 1ZLZ A; 3AG7 A; 2B1I A; 2FYU H; 4O2A B; 2ADQ B; 2QWP B; 3SPG A; 1Q6I A; 2UXB B; 5JVD A; 1FKA O; 3RW0 A; 5IY5 C; 2R9I A; 2ETN A; 4N21 A; 3ZHR A; 4WBN A; 3AG4 C; 4PV1 B; 2QKC A; 5KMG B; 5IYZ A; 5FL7 G; 3LSU A; 3HKC A; 4X62 B; 1HW7 A; 5L3E A; 1WJZ A; 2IJI A; 2GSM B; 3DTU B; 3RWR D; 2F43 G; 2YXL A; 3UT5 B; 1XNQ O; 3RYC A; 4PA7 A; 4DV0 B; 1HR0 B; 1B06 A; 1K97 A; 3ZRW A; 3WB2 A; 4DR5 B; 1R6N A; 5JH7 B; 2ZE6 A; 3N2G B; 2EIM B; 1Q3E A; 4IYI A; 2JS3 A; 4JI0 B; 4FFB B; 4W4L A; 1KC8 W; 1ZAU A; 4J9Y B; 3CRQ A; 3ZN0 A; 1T5E A; 4WFE A; 2RCV A; 1YXB A; 5LHI A; 2R9R B; 4O4J B; 1BZK A; 2LGW A; 5JCO A; 3J80 N; 2XAG A; 2Y69 B; 4UCS A; 3G6B A; 3OW2 U; 1PNM A; 3ZN1 A; 5IJ9 A; 2JGD B; 3W7W A; 1THZ A; 2OCH A; 3H1L H; 2VQE O; 1G1X B; 3JAR A; 1BSM A; 4NXN B; 4XDK A; 1N0J A; 4K3A A; 4BW5 A; 2E5L O; 1HDJ A; 3ZS8 C; 4DK0 A; 4B3R B; 4WFA V; 1FPO A; 3JD4 A; 3ABL C; 1J5E O; 1FXV A; 1Z5W A; 2BE3 A; 1VQP V; 4PDV A; 3WFV A; 4NR1 A; 2UU9 O; 3ZHU A; 5H6Q A; 1KYO F; 4JV5 O; 3KZI Z; 1Q8I A; 2PTM A; 1CPY A; 4HNA A; 1GN2 A; 2JS5 A; 3ZED A; 4FLY A; 2EBO A; 4FJC C; 2F95 B; 1L1F A; 3AG3 B; 2FKX A; 2ILM A; 3AK2 A; 2PYJ A; 1XRE A; 1ZL8 A; 1BCC H; 4LR3 A; 1OCC B; 2P5O A; 4OX9 B; 3D36 A; 1PPJ H; 1N33 B; 4N23 A; 2UXN A; 3FKS G; 4I0X A; 1FXK A; 1Z2G A; 1AI5 A; 1WLE A; 3JSL A; 2UUC O; 4JI6 B; 1WPX A; 3HR0 A; 3T4Z A; 2QWN B; 2CGN A; 4CH6 A; 1LUV A; 5LMN B; 2IH3 C; 4JI5 B; 1RM1 C; 4R8C A; 4B3M O; 2HR3 A; 1ZX3 A; 2ZKO A; 4CH5 A; 3THO A; 1TVK B; 3ABU A; 1D5N A; 1DF5 A; 4UCV A; 2UXB O; 1S3J A; 1GAX A; 5B1B C; 4GYC B; 2GTA A; 3O65 A; 1Y76 B; 4NTW A; 3SPJ A; 5EZY B; 3QVN A; 4RQE A; 3K0D A; 4PDL A; 1NH2 B; 3OTO B; 5LXT A; 1H2M A; 1AR4 A; 1SER A; 2Z0A A; 4X62 O; 4U3J A; 3OEH G; 3JAW B; 3QO5 A; 4O2B B; 1AP5 A; 3MD0 A; 5LYJ B; 2WLK A; 4IHJ B; 4CH4 A; 3C3S A; 4DV0 O; 4H37 A; 5KX5 B; 1HR0 O; 4DR5 O; 1VF6 A; 5IE9 A; 1M1K W; 2Y0P A; 1N34 O; 4B7K A; 4JI0 O; 1NU1 H; 3E8B A; 3DSQ A; 1AR1 B; 3JAT A; 1SRY A; 1X4T A; 3LNM B; 2IW5 A; 1U97 A; 2K9P A; 2XUM A; 5IJ0 B; 1WAZ A; 3OMN B; 1MNG A; 2VRZ A; 4PEL A; 3OGI B; 5L3B A; 3OUS A; 1BGY H; 1M57 C; 2XAF A; 1AI7 A; 3BEH A; 1NH2 D; 2VWJ A; 3T1Y B; 4P9O A; 4NXN O; 4P2Z A; 3AG4 B; 3MHS C; 1VAR A; 1GK9 A; 1MAB G; 4J41 A; 4O4L A; 4B3R O; 5JJE B; 2DWD C; 3CE2 A; 5EBM C; 2CH7 A; 4FFK A; 1HP8 A; 4JTA B; 3LDD A; 5DM6 V; 3HKB B; 4K35 A; 3OT7 A; 4JI4 B; 4D7T A; 3SYO A; 1Y67 A; 3ABT A; 3CC4 V; 4GKK B; 3OMI B; 3L9D A; 3E89 A; 5EYP A; 1SET A; 3CJH B; 4IIJ B; 1K7D A; 2EZO A; 2AZ2 A; 1BHA A; 5KAI Z; 4PA9 A; 4UCT A; 1CEZ A; 1VEW A; 4XBF A; 3RVY A; 4IYH A; 4O2A A; 5H6R A; 1PD3 A; 1N33 O; 4I7Z B; 2L35 A; 4XDJ A; 2MW2 B; 4NB5 A; 4X1Y A; 1I7F A; 3LUT B; 4DV7 O; 3CXC U; 2A3Q A; 4JI6 O; 2Z5U A; 2E74 B; 5IYD O; 2Q7G A; 2YEV A; 3BY6 A; 3TK1 A; 5KMG A; 3L74 H; 5LMN O; 4JI5 O; 2EJR A; 2WSS G; 2P6J A; 3IJ4 A; 1K5S A; 2QKA A; 5JWP A; 3ZMS A; 3FB8 C; 3B40 A; 2PY5 A; 4K8Z A; 3UT5 A; 4IGG A; 3VQW A; 3OTO O; 4JTC B; 5FNV B; 3G71 V; 2A7W A; 4G27 B; 1AJN A; 3N2G A; 3AG2 C; 4QJF B; 3UKM A; 4Q20 A; 5LL6 Y; 4FFB A; 1TGO A; 2UXX A; 2M7W A; 1B6Q A; 1YSC A; 4DYL A; 3CB2 A; 1YF2 A; 4QPJ A; 3ZCC A; 1MA1 A; 4TV8 B; 4LWS A; 5L3F A; 2JJ2 G; 4TT3 G; 4X1K B; 4ZI7 B; 4O4J A; 1FFX A; 5LP6 C; 3U0Z A; 1EN5 A; 1FS0 G; 2HHH B; 2A79 B; 1IBL B; 1KB9 F; 1OCR C; 3A8T A; 5ITZ A; 4LFB O; 1CP9 A; 1W59 A; 1O9G A; 4J11 A; 3ABK C; 1GO3 F; 1SF9 A; 2BTQ A; 1IVS A; 1JPX A; 5KLV H; 1JOY A; 1W0J G; 1Q7Y W; 5B1A B; 2KG7 B; 1RM1 B; 3S3X A; 4ZOL B; 4O4I A; 3ML0 A; 3A0R A; 2QWQ B; 1SQG A; 2DW4 A; 2Q9L A; 2QM4 A; 5J2T B; 4B3T B; 1EZV H; 3T1Y O; 1YIJ V; 2P4V A; 3DGE A; 3JAL B; 4QGP A; 3STZ C; 5A2Q N; 4DK1 A; 1H8H G; 3FAV A; 2ZE7 A; 2P67 A; 1IBK B; 4JAA A; 5LHH A; 3SYP A; 4J7K A; 4MVS A; 4YJ2 B; 4JI4 O; 1NKD A; 3MDS A; 5LGU A; 2UUB O; 2PYL A; 4E2L A; 1JR9 A; 2AHZ A; 4GKK O; 4BW9 A; 2IBZ H; 2XAH A; 5IYB O; 3I56 V; 2YIB D; 2HFE C; 1LR1 A; 2HJF C; 1I0H A; 3H1H H; 4CBC A; 4U7N A; 3L73 H; 3F7Y C; 1IBM B; 1TVK A; 2R72 A; 1SC5 B; 2L6L A; 4LFC B; 2ARH A; 4BIO A; 2F66 C; 1NVP B; 5EZY A; 2WLI B; 4EB6 A; 5C93 A; 5JQG B; 5TIS Z; 1G8M A; 1M57 B; 4DXW A; 5KHK A; 2YXH A; 1BL8 A; 4NXM B; 3JAW A; 2JEX A; 2YIC A; 2ZXW B; 4DR3 B; 4IHJ A; 4FLZ A; 2UXD B; 4JAS A; 4UVC A; 2LW1 A; 3RYF A; 5LGN A; 5L3C A; 4AHC A; 3U11 A; 1VQO V; 4KFM A; 1L0L H; 1MMM A; 1R6K A; 5KUM A; 1EZJ A; 5EC2 C; 3BAA A; 3E8F A; 2Q4P A; 1N0N A; 3K0G A; 2ZR2 A; 1VQ8 V; 1EN6 A; 4CH3 A; 1NBM G; 3EFF K; 1EN4 A; 3OGC C; 2HHH O; 1SA0 B; 4PHZ A; 2LQT A; 1IBL O; 2GBO A; 1KEC A; 1HNW B; 2H8P C; 3LDC A; 1PKX A; 2JGU A; 4RQF A; 4ABM A; 2P7T C; 1N32 B; 3B09 A; 2UUA B; 2BTO A; 4GX5 A; 1OCZ C; 3QG5 A; 4NKG B; 4JI3 B; 3IFX A; 3ASN C; 1ZSP A; 2GUZ B; 3I5D A; 2IM9 A; 2Q7H A; 1XBL A; 4TUY A; 3CCL V; 3ETD A; 3HPL C; 3W7U A; 2R9A A; 4JAU A; 4B3T O; 2LP7 A; 1WNS A; 5L3D A; 1XOU A; 2YI8 A; 4I50 A; 2Q67 A; 1F23 A; 2AXT Z; 3ZBH A; 4ZIB A; 1Q81 W; 5LOV B; 1YJ9 V; 2ZR3 A; 4J80 A; 3CPW U; 3AG2 B; 4UV8 A; 1GN6 A; 5B3S C; 3E8H A; 3N2K B; 2QWR B; 1IBK O; 3OUF A; 1NTZ H; 4R7C A; 4Z1M G; 2W6J G; 5DEC A; 2X6C A; 1S0V A; 1E1R G; 4DR2 O; 3W7X A; 1FXH A; 5HFL A; 2QSA A; 5GON B; 4MVM A; 3K5L A; 1TUB B; 4DUZ B; 3JD1 A; 1QR8 A; 1S5L Z; 3B8N A; 1OCR B; 4WCE V; 2R70 A; 4ASU G; 3ABK B; 2NLJ C; 1R3I C; 1IBM O; 3B8M A; 4FLW A; 4U3F H; 1Q86 W; 4LFC O; 3CD6 V; 4GCZ A; 3TGU H; 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1JQ0 A; 4X1I A; 1M5I A; 4DUZ O; 2HJD A; 5JQG A; 3E35 A; 1P4R A; 1NTK H; 4TV9 B; 2MK3 A; 3CCU V; 4DRX A; 1KKC A; 4X66 B; 3QO7 A; 1NT2 B; 2DE0 X; 3ZJZ A; 4MTG A; 3ZRS A; 1OCZ B; 3LDE A; 1YDX A; 2OTJ V; 1RP3 B; 4YJ3 A; 2ZNI A; 3ASN B; 3HKE B; 3OEE G; 1V55 C; 3Q4H B; 2WLL B; 4KUM A; 5BXZ A; 1P84 F; 4JI7 B; 3NR7 A; 1VQN V; 1BMF G; 5EIB C; 1GRJ A; 2BSK A; 5CB4 B; 1KKD A; 2DQ3 A; 1EM1 A; 5HFM A; 4H13 B; 4MTX A; 2DYS C; 2PI4 A; 1U96 A; 1FYJ A; 1H2N A; 1BS3 A; 1SQQ H; 5B3S B; 1Y4M A; 4NVP A; 4KHP B; 1NS1 A; 2CTQ A; 2QR4 A; 1Q5O A; 1KBH A; 1SA0 A; 3ZMV A; 2P22 C; 1UFI A; 1M4U A; 3DXR B; 3HKD A; 3IAY A; 3K79 A; 1IUR A; 1WP7 A; 4I9Q A; 4DV2 B; 4DR6 B; 3E83 A; 2E75 B; 4RWU A; 2AW9 A; 5JCO C; 3BCC H; 1S76 D; 4I55 A; 1R3K C; 4X65 B; 4UXN A; 1VP7 A; 2CK3 G; 3RYH B; 3EXA A; 3JAK B; 4DV3 B; 3RGB A; 4UB6 Z; 1US6 A; 4JPR A; 3L70 H; 4IT5 A; 2YS8 A; 3FD9 A; 3DC6 A; 2RMK B; 2H94 A; 4B7E A; 1JFF A; 3RFR A; 4TWK A; 3A2F A; 3SPH A; 5LOV A; 2QWO B; 5KUK A; 3FYE B; 2WLM A; 2WLJ A; 5EBW C; 4D7S A; 5IY5 B; 2OTL V; 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