The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| publication title |
Selection of tRNA by the Ribosome Requires a Transition from an Open to a Closed Form
pubmed doi rcsb |
| total genus |
27
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-10-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ZKO A; 1FJG O; 4DV3 O; 5BR8 O; 4X65 O; 4GKJ O; 1J5E O; 2UXB O; 4DV5 O; 4DV0 O; 2JRI A; 2HHH O; 4B3S O; 3SDL A; 4X66 O; 4JI6 O; 1XNQ O; 4A5U B; 3JAM N; 3OTO O; 4GKK O; 4LF9 O; 4B3T O; 4DR7 O; 1N33 O; 3T1Y O; 4JI4 O; 1X59 A; 4JI0 O; 1N36 O; 2E5L O; 4YY3 O; 1DK1 A; 2UXD O; 4JV5 O; 5LL6 Y; 3F5T A; 2LW7 A; 2UXC O; 3J80 N; 2N74 A; 4LFA O; 2AGA A; 1HNW O; 2F4V O; 5FLX N; 1G1X B; 1XNR O; 5LMN O; 3J7A U; 4DV6 O; 4OX9 O; 1IBM O; 4OPA A; 1XMO O; 4LFC O; 1XMQ O; 4JI3 O; 1AB3 A; 4NXN O; 2UUC O; 1IBK O; 3T1H O; 1HNZ O; 4JI7 O; 4X62 O; 2Z0A A; 2UU9 O; 4LF4 O; 1N34 O; 4NXM O; 1A32 A; 1HNX O; 1KUQ A; 4DV7 O; 2FKX A; 4JYA O; 2VQF O; 4DUY O; 4X64 O; 4YHH O; 4DR2 O; 4LF8 O; 5IWA O; 4DUZ O; 1N32 O; 1FKA O; 5LMU O; 5BY1 A; 1NS1 A; 3RT3 C; 4KHP O; 4DR3 O; 1I94 O; 4LF6 O; 4DR6 O; 2UUA O; 4JI2 O; 3J81 N; 1FYJ A; 4OPH A; 1HR0 O; 4JI8 O; 4JI1 O; 4LFB O; 2DOS A; 4B3M O; 5A2Q N; 1YZB A; 4B3R O; 4DV1 O; 1IBL O; 1R6T A; 5H5N A; 4LF5 O; 4K0K O; 3M8A A; 4JI5 O; 2UUB O; 4DV2 O; 4AQY O; 2DJV A; 1AIL A; 1D2D A; 4DR4 O; 4LF7 O; 1F7Y A; 5BXZ A; 5IT9 N; 2ZM6 O; 1XEQ A; 2VQE O; 4DR1 O; 4DR5 O; 4DV4 O; 3R66 A; 3O65 A; 1R1B A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3H1J H; 5LGN A; 2YS8 A; 2LP7 A; 1PL4 A; 3B8M A; 1SER A; 2PI4 A; 4F4L A; 4GKK O; 5JVD A; 3CCU V; 4XDK A; 1J95 A; 2GTS A; 3A0R A; 2CE4 A; 4GX1 A; 1N36 O; 1VEW A; 4YY3 O; 2XAH A; 4CH3 A; 3N2K A; 2UXN A; 4K0K B; 1I7F A; 2YIA A; 1I08 A; 3G71 V; 3JD2 A; 1KP3 A; 2QTS A; 1CP9 A; 2ZE8 A; 3IAY A; 2YXL A; 1Z5W A; 3M99 B; 4LC1 A; 5FNV A; 3ABT A; 3ZN0 A; 3ZRX A; 2HVJ C; 1K73 W; 1PP9 H; 2HJF C; 3SR2 C; 2CTW A; 1L8D A; 1K4C C; 2ZIN A; 4JTA B; 1R6N A; 2WLJ A; 4JYB A; 4K8Z A; 2A0L A; 1VF6 A; 1MOF A; 1OZ0 A; 2Y69 B; 4BW5 A; 5L3B A; 1SQX H; 2R72 A; 1AR4 A; 4FK5 C; 1AP6 A; 3RT3 C; 2QEX V; 3OFN G; 5LMN B; 4JZ2 A; 1RSO A; 3C3S A; 3EVK A; 1Q6H A; 1YVW A; 3JAW B; 4H44 B; 2YIB A; 3ZMZ A; 1VQ4 V; 5A2Q N; 4I4T B; 3CRR A; 1QLN A; 4MTG A; 3AG1 B; 3U10 A; 3R65 A; 4MVS A; 2KKW A; 4AQY O; 4MVU A; 4GX2 A; 5LA6 B; 3L73 H; 3ZN1 A; 4J10 A; 5KHJ A; 4JAA A; 4MVO A; 1RPO A; 4KXR A; 4DR5 O; 2Y4U A; 3ZIA G; 3RN4 A; 3K79 A; 1Y76 B; 2IU0 A; 3CMA V; 2XUM A; 1ENV A; 1SET A; 3K04 A; 1BZK A; 2Y69 C; 4CH6 A; 4TOI A; 3G80 A; 1PKX A; 3W7S A; 2QWO B; 4N21 A; 2ZDI C; 5JJE B; 3B40 A; 4LWS B; 1ZX3 A; 4FFB B; 1P4R A; 1YSC A; 1QLE C; 3ABL B; 3UQ8 A; 3WFV A; 1NH2 B; 1JVM A; 1S3J A; 2VWK A; 3K5L A; 1GM8 A; 2KB1 A; 4R7C A; 3DTU B; 3RFR A; 5CB4 B; 4FLZ A; 3ZHV A; 4X20 B; 1PL0 A; 2HJD A; 3AG1 C; 2IJJ A; 4DV3 B; 2OWO A; 3ZRW B; 1BGY H; 3I5D A; 2FTK A; 2UXB B; 1EBO A; 2W0F C; 3AG4 B; 3JAW A; 1QCE A; 1XNR B; 4I4T A; 1H38 A; 1E79 G; 5LP6 C; 4UV9 A; 1O9G A; 5KHH A; 4FFK A; 2IBZ H; 2ZE5 A; 5LA6 A; 1KUQ A; 5KA6 A; 4IHJ A; 2ZIO A; 1QVG U; 3RYC B; 2Y0I A; 4GLX A; 2EIK C; 1Y76 A; 3ABL C; 1N32 O; 4BIU A; 3SGI A; 4BW9 A; 5LGT A; 5FPR A; 2UUA O; 2YDE A; 1G6U A; 2CTQ A; 4L8J A; 1XMO B; 2NNU A; 4UB6 Z; 3ZS8 C; 5LHG A; 4O4L A; 3ZHR A; 4DV1 O; 3ZRS A; 1YTF B; 1OCR B; 1SQB H; 1XI1 A; 3TGU H; 4ABM A; 2LFR A; 3BA8 A; 5CB4 A; 3L9D A; 2PF4 E; 2OYQ A; 5GON A; 2B1G A; 4B08 A; 1SS3 A; 3QVN A; 5LGU A; 4HBN A; 3E86 A; 1GN6 A; 1LR1 A; 4Z1M G; 5DEC A; 3Q4H B; 3L75 H; 2JRI A; 4X8A A; 2ZR2 A; 5L3E A; 2H3O A; 1DLB A; 4MW8 A; 3HR0 A; 4DV4 B; 2ZNI A; 5L3G A; 1AI7 A; 4CC6 A; 5HFM A; 4JI4 O; 1M93 A; 5JQG A; 4X9Q A; 2UXD O; 5EBM C; 1YCI A; 3GB7 C; 4J7Z A; 2B9Z A; 1ZUQ A; 4IT5 A; 3N27 A; 3WG7 B; 2AGA A; 3FKS G; 3VQX A; 4P2Z A; 2YI9 A; 4JZG A; 2YXY A; 4ZOL B; 1MAB G; 2QM7 A; 2E74 B; 4OPA A; 1OCR C; 1Q81 W; 4MVR A; 3RYF A; 2X7R B; 3E83 A; 4TWK A; 2YEV B; 4WFG A; 4YIP A; 4CS4 A; 4CZZ A; 3N2G A; 3F5W C; 3FYE B; 1N33 B; 3VQW A; 1IXM A; 4JI0 B; 1GO3 F; 1AVM A; 5EC2 C; 4GT1 A; 4X64 O; 2P7T C; 3K5O A; 1OCC B; 4WBN B; 4I55 B; 5CN0 A; 3IGA C; 4DW1 A; 1NH2 D; 3K08 A; 3P3N A; 3F7Y C; 1F51 A; 2ITC C; 4DV6 B; 3D3I A; 3RVY A; 4QPK A; 4TV8 B; 5B1B B; 1D5A A; 5LXT B; 3T1H B; 2A9H A; 1YF2 A; 3BY6 A; 2DJV A; 2ZE6 A; 4RQF A; 1FFX B; 4I7Z B; 1Q7Y W; 1I0H A; 2XAG A; 3D8C A; 4B3M B; 5BMV B; 4KP4 A; 4B7K A; 2W6J G; 2XAS A; 3O65 A; 1MSD A; 3ZMV A; 3GWK C; 4X1I A; 1EM1 A; 1FD9 A; 1Q3E A; 1UFI A; 2Q67 A; 2QDO A; 1DTO A; 2EIJ C; 1PPJ H; 2IJH A; 2DYR B; 2Q0O C; 3OMN B; 1I94 B; 1SQG A; 2Q5Z A; 2EZP A; 3CRC A; 2B1I A; 2EX3 A; 2F93 B; 5D5Q A; 3IC9 A; 4YJ2 B; 5KHK A; 2EZO A; 3B2E E; 2HLD G; 3E22 A; 4D7T A; 4FMT A; 5KUM A; 2OIG A; 5C93 A; 2F1M A; 1PNK A; 2A7W A; 3ETG A; 2LGQ A; 1XNR O; 4WBN A; 4FZ1 A; 4I55 A; 2FML A; 2BSK A; 1NJI W; 3ASN B; 2YXH A; 3O9O A; 1R3J C; 2UUC O; 2H94 A; 4TV8 A; 4Q6G A; 1MSW D; 4HNA B; 2RCV A; 1BHA A; 1VQL V; 3CD6 V; 2AXT Z; 4D6T H; 1FFX A; 1N36 B; 4YY3 B; 4IYH A; 2FKX A; 2P6J A; 5CA1 B; 1SES A; 1BS3 A; 3OT7 A; 4X88 A; 5BMV A; 4DUY O; 2DW4 A; 1RM1 B; 4RWU A; 4LF4 B; 2ILM A; 3G6E V; 5IDJ A; 1HNX B; 1X4T A; 3H1I H; 1S72 V; 1VQP V; 1FYJ A; 4LNU B; 3UT5 A; 2QSA A; 3LSQ A; 4DR3 B; 5B3S B; 3AG3 B; 3AG2 B; 1QQC A; 4RQE A; 2QKS A; 4YJ2 A; 3APO A; 3SYQ A; 1FPO A; 4NVP A; 5IYD O; 3JAL A; 4DV2 O; 4WFE A; 1COW G; 3RWR D; 3ASN C; 4FLX A; 1S0V A; 3OGI B; 4DR1 O; 4DV4 O; 2K1E A; 3F7V C; 2UUB B; 2CAZ C; 3OD4 A; 5IYC O; 5BR8 O; 4DR4 B; 2WLH A; 1P84 F; 2JGD B; 3LDE A; 2ZR3 A; 3SJB C; 3OTO O; 3CC2 V; 4R50 A; 3T1Y O; 3X2Q B; 2UXX A; 5CBF A; 2M6Y A; 5AG2 A; 2ZT9 B; 3CCE V; 2YSU B; 3ZED A; 3CX5 F; 4I5S A; 4AQY B; 1H2S B; 1VQK V; 3EXA A; 2FL4 A; 4O4H A; 3ASO C; 3AEI A; 3AG3 C; 4IIJ B; 2PZS A; 4DR5 B; 2WLL B; 3G67 A; 2BOB C; 4CC5 A; 3MAQ A; 3CS5 A; 1LNQ A; 4LNU A; 1NTM H; 1Y67 A; 2V1D A; 4DK0 A; 1HNZ O; 4EB6 A; 3CCL V; 4NYK A; 2XT9 A; 5GTI Z; 4MVQ A; 2BCC H; 3A2F A; 3SPI A; 4U7O A; 4O2A A; 2BOC C; 2P5O A; 2GUZ A; 1XOU A; 4JYA O; 4F6R A; 2HEP A; 4J11 A; 3PN1 A; 2WLN A; 2V4D A; 3X2Q C; 4LF8 O; 5IJ0 B; 1MMM A; 3SYP A; 2CGO A; 1YJW V; 2Q69 A; 4WFB V; 3TK1 A; 4OGQ B; 1OCZ B; 2MW2 B; 4JI8 O; 2HR3 A; 2JEX A; 4B3M O; 2LO1 A; 1JJ2 U; 2HP8 A; 4R6Z A; 2JS5 A; 1IBL O; 2EUL A; 3UO3 A; 4E2L A; 1Q86 W; 2F66 C; 1TUE B; 1XQ8 A; 5B66 Z; 2XAJ A; 4UCO A; 4BR6 A; 1XDC A; 2QJ1 A; 3WB2 A; 4XBF A; 4WFA V; 1L0N H; 5GW7 A; 4NR1 A; 5KHG A; 4IIJ A; 4UCS A; 2WLL A; 2OTL V; 1N32 B; 3T2M A; 3CRM A; 3AK2 A; 4O4J A; 3SDL A; 1OHH G; 2UUA B; 3ICX A; 1VQN V; 2E3C A; 2A3Q A; 4GX0 A; 4F6E A; 2JIZ G; 1FS0 G; 3HPL C; 1B04 A; 4DV5 B; 2E5L O; 4IGG A; 3OR6 C; 5JH7 A; 5IYB O; 2HHH B; 5IYZ B; 4JV5 O; 2UXC O; 1TVK B; 2M7W A; 3SPG A; 1S5H C; 4FLU A; 5LBQ A; 5IJ0 A; 1RSO B; 1Z2G A; 5L3F A; 3ZHS A; 2GTA A; 1VQ5 V; 2EIM B; 1VF5 B; 2WSS G; 4TV9 A; 5IJ9 B; 4DRX B; 3LDC A; 4U7N A; 3RYH B; 3ZMT A; 4LF4 O; 2H8P C; 2DE0 X; 3HKD A; 1HNX O; 3CP1 A; 4JI4 B; 1IX9 A; 4AHC A; 5CBH A; 2UXD B; 1VF6 C; 4FLV A; 2P22 C; 1NVP B; 2QM4 A; 5IY5 B; 3P3P A; 1Q82 W; 2Q0A A; 5LMU O; 5EIB C; 1IXB A; 2IJK A; 4DR3 O; 3JSN A; 2CH7 B; 3T4D A; 3H9V A; 2K9P A; 2NN4 A; 3RW0 A; 4JGS A; 4JI1 O; 2EJ7 A; 4C7U A; 3CCV V; 2NR5 A; 1M1K W; 1H8H G; 2IH3 C; 2UUB O; 4RAI A; 5IYZ A; 4DR4 O; 4MVM A; 3QTC A; 1TVK A; 1ARO P; 1R1B A; 1HW7 A; 1GM9 A; 2WA3 A; 3JCU Z; 3QO7 A; 1EZV H; 1N0N A; 4PV1 B; 4X64 B; 1N0J A; 5IJ9 A; 4DRX A; 3IC7 A; 4LH7 A; 2PGG A; 1OV9 A; 3E8B A; 3RYH A; 4H33 A; 4J9Z B; 4IHJ B; 1SZT A; 3EFF K; 2OCH A; 1R6K A; 3CRA A; 4UVB A; 3OEH G; 5J2U A; 2ITD C; 4GZR B; 2IH1 C; 1VQ8 V; 3K57 A; 3ZCC A; 1SQV H; 3L72 H; 5LOV B; 2CH7 A; 1Y74 B; 2V7Q G; 4O4L B; 4J7J A; 4TT3 G; 4GCZ A; 1IBK O; 4KUM A; 3U11 A; 5FL7 G; 5C8Y A; 4FLY A; 2WLM A; 4XDL A; 1YEW A; 2ZE7 A; 5GON B; 1Z5V A; 1S5J A; 2NLJ C; 3ZX6 A; 2VWJ A; 1RP3 B; 3ZMU A; 1V54 B; 1WB7 A; 4B7E A; 2ODM A; 2CGN A; 1N34 B; 4P9O A; 2QWP B; 1URF A; 5EIB D; 4LF6 O; 5JJN B; 4HAM A; 2WAM A; 4JI2 O; 4UVA A; 2X0L A; 5IE9 A; 1DF4 A; 2FB5 A; 4RO2 A; 2QWN B; 5JQG B; 2JJ2 G; 4DO2 A; 1PNL A; 1ROP A; 2CTP A; 2UUC B; 3FFQ A; 3OEE G; 3OTF A; 3SJQ C; 4JAS A; 3AK3 A; 2R70 A; 2YIB D; 3ETE A; 1AI5 A; 1XEQ A; 2LJ2 A; 4Z1V A; 1QHT A; 3RYF B; 1ZTE A; 1K92 A; 1SKV A; 1TUB B; 1K34 A; 3WB1 A; 4DUY B; 1UJW B; 4QPJ A; 4DV0 O; 4DV5 O; 3BAB A; 5LOV A; 4JTD B; 1GK9 A; 5GTH Z; 1Y74 A; 2HHH O; 2QTO A; 3OGC C; 1V54 C; 4A5U B; 1NR1 A; 3N2G B; 4U3F H; 4FM2 A; 4W4L A; 4B3T O; 3QNE A; 2F23 A; 3JCZ A; 3AG4 C; 4MVZ A; 4LP8 A; 2JEU A; 1NU1 H; 2XOK G; 4DV2 B; 1VQ7 V; 3D36 A; 1XL6 A; 2F4V O; 2HG5 C; 1M56 B; 4DR1 B; 3FB8 C; 4O4I A; 2XAF A; 4LFC O; 4PA4 A; 1YXB A; 4UVC A; 5ITZ A; 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4GYC B; 1XMQ B; 3ZJZ A; 2E5L B; 1E1R G; 1Y6X A; 5B1B C; 1M9N A; 4NB5 A; 2YUA A; 2X6A A; 1CEZ A; 4I0X A; 4JV5 B; 3CE2 A; 3SPC A; 2UXC B; 3LSS A; 4FZ0 A; 5IWA O; 1YTF D; 2R9R B; 4YJ3 A; 1XIL A; 5KLV H; 1OCO C; 3JD3 A; 3BRC A; 1TGO A; 3TCU A; 1HR0 O; 2EIN C; 1IVS A; 4J80 A; 1SQF A; 5L3C A; 2DYR C; 5H5N A; 2XHB A; 1QR8 A; 3K0D A; 1M57 B; 4O4H B; 3JAK B; 3K06 A; 1S77 D; 1V9P A; 2D2C B; 1R73 A; 3OE7 G; 3CXC U; 3HKB A; 3SYO A; 1B06 A; 1PD3 A; 1M4U A; 4PDM A; 3CJH A; 3KCX A; 1FXK B; 2ZIM A; 5BZB A; 4WFH A; 2R9I A; 3CC4 V; 2WLI A; 1NBM G; 4EB6 B; 1V55 B; 2EIL B; 5LMU B; 4FM1 A; 3RGB A; 3JAM N; 4HYO A; 4TUY B; 1PNM A; 4O2A B; 4QE9 A; 4Q20 A; 3LSU A; 4JI1 B; 2GUZ B; 2DQ0 A; 4F6R B; 4B3S B; 1SC5 B; 5LL6 Y; 4G2K A; 4LR3 A; 3STL C; 3CEI A; 4BWA A; 2KG7 A; 5B1N A; 1MG1 A; 1M57 C; 2PI5 A; 1RM1 C; 2GDS A; 1L1F A; 4MT8 A; 1THZ A; 1FXK C; 3BEH A; 2PYL A; 2ZD9 A; 3CYO A; 1M5I A; 3QF7 A; 2QKA A; 1PM9 A; 1V55 C; 2EIL C; 3JAK A; 1H2M A; 5B3S C; 2WPD G; 3AG2 C; 1GRJ A; 2WLK A; 4G28 B; 1FXK A; 3KZI Z; 4JF3 A; 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