The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
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sequence length |
65
|
structure length |
65
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Chain Sequence |
b'TVLHVQEIRDMTPAEREAELDDLKTELLNARAVQAAGGAPENPGRIKELRKAIARIKTIQGEEGD'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
23S RIBOSOMAL RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
23
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| structure length |
65
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| sequence length |
65
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-09-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| U | PF00831 | Ribosomal_L29 | Ribosomal L29 protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YJN V; 1YI2 V; 1KQS U; 5DM6 V; 1VQP V; 1Q82 W; 1VQ9 V; 1N8R W; 3G4S V; 1VQO V; 1S72 V; 1M1K W; 1Q7Y W; 1VQM V; 1YJ9 V; 1M90 W; 1VQ8 V; 1VQ6 V; 1KC8 W; 3CXC U; 1W2B U; 3CCQ V; 1JJ2 U; 3CMA V; 3CME V; 1YHQ V; 1Q86 W; 3CD6 V; 1VQ4 V; 1VQK V; 3I56 V; 3CC7 V; 3OW2 U; 3CPW U; 4WFB V; 3CCJ V; 2OTJ V; 1K73 W; 3CCV V; 1VQ5 V; 1R73 A; 2OTL V; 2QA4 V; 3CCU V; 1VQN V; 4WFA V; 1VQL V; 3CCM V; 4WCE V; 1K9M W; 2D3O W; 1NJI W; 3CCL V; 3CCE V; 2QEX V; 1YJW V; 3CC2 V; 1VQ7 V; 1QVG U; 4WF9 V; 3CCR V; 3CC4 V; 3G71 V; 1YIT V; 1Q81 W; 3G6E V; 1K8A W; 1KD1 W; 1QVF U; 1YIJ V; 3I55 V; 3CCS V; #chains in the Genus database with same CATH topology 2CTR A; 3AG7 A; 3BAA A; 5LHI A; 2BTQ A; 1NTZ H; 2B9Z A; 1S3J A; 4R8C A; 2JGD B; 3CB2 A; 4B7E A; 3SYA A; 1UPG A; 3E22 A; 2EUL A; 4YXW G; 2RDC A; 4LF5 B; 5LMN B; 5L3F A; 2BOB C; 1GM7 A; 4CC6 A; 1JVM A; 4UCU A; 1VF5 B; 3QTC A; 4JI1 O; 5HFM A; 4I4T A; 4UXN A; 5B1B B; 5FLX N; 2QJ1 A; 3ZS8 C; 4DV6 B; 4OPA A; 2YSU B; 2NR5 A; 3PJS K; 2JGU A; 1Q5O A; 1DGS A; 5A2Q N; 3SYQ A; 3DC5 A; 1UJW B; 1S5J A; 5L3D A; 1HR0 B; 4KUM A; 1BQZ A; 1XL6 A; 1NBM G; 2HJD A; 4DV7 B; 2VQE B; 1URF A; 4DXW A; 4U3J B; 3G71 V; 5BMV B; 3NR7 A; 4U3F H; 2Y69 B; 2HHH B; 3FB6 C; 4P9O A; 1JFF B; 4PA7 A; 4JYA O; 1FS0 G; 5GTI Z; 1LNQ A; 1NVP B; 2H8P C; 4LBE C; 4PJ0 Z; 4WBN B; 1N32 B; 2UXB O; 4KHP O; 4JI5 O; 4OX9 B; 1SQP H; 3RYF A; 1H38 A; 1QLE C; 3JAT B; 4XDJ A; 1M93 A; 4W4K A; 1QU7 A; 4H13 B; 3QO5 A; 2Z0A A; 1S0V A; 3T4Z A; 2LO1 A; 5A9G A; 1GKF A; 1RSO B; 3MD0 A; 1B3Q A; 3LNN A; 5AG2 A; 4WFH A; 2EZO A; 3E8H A; 1M57 B; 2XAJ A; 3CCE V; 1PL4 A; 1H8E G; 4X64 B; 1Y67 A; 2IBZ H; 2JVD A; 4DV2 O; 1OCR B; 4A5U B; 4GZR B; 3CMA V; 1OCC C; 3ABU A; 3JCZ A; 4U7O A; 1S76 D; 3RBZ A; 3CPW U; 1AR1 B; 2Q67 A; 2ZE7 A; 5E1A C; 3EVK A; 3FD9 A; 3K03 A; 1BMF G; 1FFX B; 2UXC B; 1AP5 A; 3UO2 A; 4XDL A; 3JAS A; 4UVC A; 4LF8 B; 4ZBM A; 1P7B A; 3B2E E; 1R3L C; 2OYQ A; 4DV4 O; 3T1C A; 4FFB A; 1M90 W; 2ZKO A; 3QVN A; 1QBZ A; 3F7V C; 3SJB C; 4LFB O; 4NXM B; 3FX7 A; 2F93 B; 1V54 C; 3CCM V; 2CAZ C; 2EIN B; 4ZOL A; 4BW9 A; 2DWD C; 3HKE B; 2ADQ B; 5LP6 A; 2F4V B; 2EJ7 A; 3H9V A; 1PNK A; 2HR3 A; 3W7U A; 2HVJ C; 4PDR A; 2Q9L A; 5KMG B; 5JJN B; 4D6T H; 2QGN A; 4TSF G; 5KX5 A; 1Y4M A; 3R65 A; 1RP3 B; 2Q69 A; 2Q5Z A; 1AR5 A; 4D7S A; 2K1E A; 3CCR V; 1L0L H; 4JYY A; 3JSL A; 4R50 A; 4O4J A; 1US6 A; 5IJ0 A; 3SPI A; 3PN1 A; 4JZ2 A; 4I9Q A; 4CS4 A; 4YJ3 A; 2JK5 C; 2P4V A; 3W7T A; 4MVM A; 3T1Y O; 4NKG B; 1WLE A; 3S3W A; 5JCO A; 1YDX A; 3ZHQ A; 3JD1 A; 3CCL V; 1FJG O; 5D5P A; 2AW9 A; 3ZCC A; 3X2Q B; 3BPZ A; 1DF4 A; 1EN6 A; 2WLI B; 3I5D A; 2WAM A; 1M56 C; 3LDC A; 3D36 A; 2WLN A; 2RNB A; 4EEQ A; 2WLL B; 3SYP A; 1SZT A; 5CBF A; 2G38 A; 4GX0 A; 5LXT B; 5LBQ A; 3TCU A; 4LF4 B; 4GKJ B; 1GH6 A; 2LW1 A; 4LP8 A; 4AQY B; 1KD1 W; 1XNQ B; 1CXZ B; 1YI2 V; 4JAU A; 1VMG A; 5B1B C; 1M1K W; 3EFF K; 1SET A; 5J9P C; 1PNM A; 4DR3 B; 2HEP A; 3CME V; 2JS3 A; 3APO A; 5IYZ A; 3SYO A; 3K57 A; 2QKC A; 4X1K A; 3RYC A; 3LNM B; 3JD3 A; 5LA6 B; 1FPO A; 5ITZ B; 1Q81 W; 4TV9 B; 2UXD B; 4TUY A; 1VQ9 V; 3FB5 C; 4B3M O; 3ZBH A; 2W0F C; 5CA1 A; 1R6K A; 1JJ2 U; 2Q7G A; 3CC7 V; 3CP1 A; 1ZWI C; 1PP9 H; 4GX2 A; 4Z1M G; 3H1H H; 2X7R B; 4I0X B; 1H2G A; 3E2E A; 5IJ9 A; 5KHI A; 4JI7 O; 1ZAU A; 3JD0 A; 4OPH A; 1FD9 A; 3UCS C; 4UVB A; 4O4L B; 4RWU A; 4LF9 B; 4E2L A; 1NKD A; 1F23 A; 1K5Q A; 4LR3 A; 4YJ2 A; 1H2M A; 3LDD A; 2QTS A; 5KA6 A; 4BAY A; 5EIB C; 4YHH O; 1YZB A; 4FLX A; 1L1F A; 1DF5 A; 4DR1 B; 2NN4 A; 2DW4 A; 1KP2 A; 4TQD A; 1EZV H; 1HNW B; 5LOV A; 4K3A A; 5EZY A; 3BFR A; 1M4U A; 4LF7 O; 4JI6 O; 2AHY A; 3DSQ A; 3KKY A; 2QTO A; 2UU9 B; 1FXK A; 1F4N A; 1OCR C; 4LF6 O; 1SA0 B; 3AG1 B; 4MT8 A; 4Z2W A; 1S5H C; 4H0L B; 4MVQ A; 3NXS A; 1FKA O; 1PPJ H; 2VQF B; 1XMQ O; 2PYJ A; 5EK0 A; 4O4I B; 5FPR A; 4E4E A; 1HNX B; 5KUM A; 4X88 A; 3K58 A; 5CB4 B; 3OEH G; 2R9R B; 2GDS A; 3G4S V; 1ZL8 B; 3OMN B; 4X1Y A; 3T2M A; 2KKW A; 2ZE5 A; 3O65 A; 4RUF A; 1IZ3 A; 2F95 B; 2UXX A; 1BS3 A; 2XAG A; 1EBO A; 3HKC B; 1AJN A; 1B04 A; 1V9P A; 2HLD G; 1UFI A; 1P7G A; 2EIN C; 5D5Q A; 5TIS Z; 4PDV A; 2E5L B; 3LUT B; 5IWA O; 2QWR B; 4LFA O; 4NTX A; 1GO3 F; 2BTQ B; 1B6Q A; 1X4T A; 4HYO A; 3BA8 A; 1VQ4 V; 4PI0 A; 1J5E O; 4JI4 O; 1BCC H; 3ZRV A; 3SYC A; 1VQ5 V; 3E22 B; 4PEL A; 1RM1 B; 1MG1 A; 2EJR A; 1BGY H; 4AHC A; 1YCI A; 4NR1 A; 3N2K A; 4DV0 B; 4AIL C; 2H3O A; 3CRC A; 4I4T B; 2D2C B; 1VQ8 V; 2R70 A; 1KBH A; 2ZR2 A; 2ZD9 A; 2ZT9 B; 2BSK A; 1IBK O; 1R3J C; 1COW G; 1XOU A; 3LSS A; 3MAQ A; 4CH3 A; 1V55 C; 3ABK C; 4DUZ B; 2Q7H A; 2YXY A; 5CA0 A; 3JSN A; 3J7A U; 3DXR A; 4GUN A; 3RT3 C; 2A0L A; 3P3P A; 1JR9 A; 3E86 A; 3M99 B; 2W6I G; 5EBL C; 3A0B Z; 5EYP A; 2BE3 A; 3H1L H; 4H44 B; 1RPR A; 2FB5 A; 3RYF B; 1HP8 A; 4IHJ A; 2OCH A; 1Q8I A; 4MSW C; 4DUY O; 1I94 O; 5K1X A; 3K3W A; 1VQO V; 3WG7 B; 3M8A A; 4LH6 A; 1WPB A; 3T1H B; 1K7D A; 4K0K O; 5FPO A; 2E3C A; 5KAI Z; 3ETE A; 2Q4P A; 5KAF Z; 2AZ2 A; 2Z3Y A; 1Y6X A; 3JD2 A; 2CGN A; 4IIJ A; 3SPJ A; 2CH7 A; 2PZS A; 4MTX A; 2AXT Z; 3CSX A; 1W2B U; 3C3S A; 2GHY A; 3THO A; 4X66 B; 3IAY A; 1VEW A; 4B3T B; 3IGA C; 4FK5 C; 4AI8 A; 5JVD A; 2Y0P A; 4JI3 B; 2YUA A; 5BR8 B; 1K8A W; 3JAS B; 2LJ2 A; 2WPD G; 1Q6I A; 2ZDI C; 3F5T A; 2EIL B; 5JJE B; 1FXH A; 3HKB A; 3L71 H; 3H01 A; 4QGP A; 2W0X A; 4EFE A; 1XUQ A; 1I5Y A; 2VS0 A; 4FFB B; 1N0J A; 3K5L A; 3CCJ V; 2CTQ A; 1E1R G; 3HB3 B; 2EIJ B; 4YIP A; 3K04 A; 1P49 A; 4B3S B; 1K34 A; 2VRZ A; 1IX9 A; 1NH2 B; 4DV5 B; 4LFC O; 3TXQ A; 4ZOL B; 1SER A; 1WP7 A; 1TVK A; 3ABT A; 3CEI A; 1GN4 A; 3RVY A; 2O57 A; 5LP6 B; 1Q3E A; 4Q20 A; 1IBL B; 4DW0 A; 5H9C A; 4UB8 Z; 1R1B A; 3WB2 A; 4FLU A; 4HAM A; 4DR7 B; 3ETD A; 1K97 A; 5KX5 B; 3AG1 C; 1ROP A; 2V4D A; 3STZ C; 3JAL A; 4JV5 O; 5H2F Z; 4DR5 B; 1N34 O; 3M7M X; 2XTA A; 3ZHV A; 3FFQ A; 1XMO O; 2VWK A; 4EKW A; 3ICX A; 4O4J B; 1MSW D; 2PGG A; 5IJ0 B; 1YXB A; 4YJ3 B; 1AI6 A; 5LL6 Y; 2XAF A; 3ABL B; 5KUK A; 4X62 O; 2IM9 A; 2VWJ A; 4FLT A; 2WLK A; 3CC2 V; 2A06 H; 1NT2 B; 4JPR A; 1KKD A; 5CBH A; 4DV1 B; 2ZIN A; 4PI2 A; 2RJZ A; 4X20 A; 1YHQ V; 1VAR A; 1ZLZ A; 1IBM O; 3S3X A; 3VBB A; 4BWA A; 3F7Y C; 4J7K A; 1MMM A; 4W4L A; 1JMK C; 1RM1 C; 1N4C A; 1QR8 A; 2IW5 A; 2YS8 A; 4YY3 O; 5KHG A; 5KHK A; 1PM9 A; 2KG7 A; 4ZKI A; 1LUW A; 4I55 A; 4JI1 B; 4GLX A; 4DRX A; 1AP6 A; 3CCU V; 2GUZ A; 5IYZ B; 3B8N A; 1BHB A; 4BR6 A; 4X1K B; 5CBG A; 3RYI A; 4LWS A; 3RYC B; 1W59 A; 2XAQ A; 2XAS A; 1FXV A; 1SQB H; 1JCH A; 1FFT B; 1YJ9 V; 2ILM A; 1HWY A; 3OR7 C; 4TUY B; 1OV9 A; 1MNG A; 2LP7 A; 3ETG A; 3ZMS A; 5CA1 B; 3MDS A; 2QSA A; 4JYA B; 3ASN C; 4Z1V A; 2ZE8 A; 4C7U A; 4FFK A; 1JX9 A; 1N33 O; 4F6E A; 1KEC A; 5IJ9 B; 3F5W C; 2UXB B; 1J95 A; 3SJA C; 3FYE B; 4X89 A; 4KHP B; 4ABM A; 2YXH A; 1AIL A; 2UXC O; 3ETQ A; 4JI5 B; 5IE9 A; 4JI8 O; 3ZHU A; 1F4M A; 4YJ2 B; 4KXR A; 3WG7 C; 2RN9 A; 1AI4 A; 2QWN B; 3AK2 A; 1DLB A; 1WB8 A; 1YTF D; 1ZX3 A; 5LOV B; 1H2K A; 4PHZ A; 5EZY B; 3AEI A; 3EXA A; 1OCZ C; 2M6Y A; 2F4V O; 2YEV A; 1FXK B; 2XT9 A; 4IYH A; 4DV2 B; 5K1P A; 1GN6 A; 4DV3 O; 1NTM H; 4R6Z A; 4D7T A; 1Y76 A; 2A9H A; 1E1Q G; 2IH3 C; 1HNZ O; 1GAX A; 2DYS B; 4JZG A; 5LGN A; 1K5S A; 4J7J A; 4X1Y B; 3OE7 G; 3U10 A; 5LHG A; 4Q6G A; 4DV4 B; 1K9M W; 3G80 A; 1D5A A; 4FLY A; 5B1O A; 4WF9 V; 1GRJ A; 2EIJ C; 2EIM B; 1NR7 A; 4J9Y B; 2DJV A; 4LFB B; 2ATK C; 3N27 A; 1SQF A; 2P5O A; 1R6N A; 3CXC U; 4PA3 A; 4FLW A; 1I08 A; 4FVM A; 1OJH A; 1MZF A; 2NNU A; 3CYO A; 3IFX A; 1XRE A; 5H6Q A; 2Y48 A; 5KHH A; 3E35 A; 4OGQ B; 4HBN A; 3AG2 C; 5C8Y A; 2GSM B; 1RFY A; 2P6J A; 3N2K B; 3JAW A; 2ZE6 A; 2N04 A; 2OWO A; 4NTW A; 2JS5 A; 1D5N A; 3D3Q A; 4AQY O; 1ARO P; 1BQ0 A; 2ARH A; 4DR2 O; 2PUS A; 4QJF B; 1OZ0 A; 2BSK B; 1EN5 A; 1ZUQ A; 3HKD A; 2ZR3 A; 2CGO A; 4MW3 A; 3ABL C; 2ZXW B; 3T1Y B; 1F51 A; 2LFS A; 4J10 A; 3J81 N; 4X9Q A; 2Q8V A; 4X65 O; 4O2A A; 4MVZ A; 3CRR A; 4PA9 A; 1VQ6 V; 1WN7 A; 3B4S A; 4JI2 O; 1FJG B; 1QR9 A; 5CA0 B; 1GK9 A; 4FPP A; 5IY5 B; 4QE7 A; 3DXR B; 5KA5 A; 3O9O A; 2QDO A; 4DK0 A; 3D36 C; 1Q43 A; 1N36 O; 2CE4 A; 1N0N A; 4KP4 A; 2P90 A; 4GKK O; 1F7Y A; 5EYP B; 2EBO A; 4PA4 A; 4IHJ B; 2Y69 C; 3B40 A; 2JRI A; 4UCT A; 4LNU A; 1YEW A; 5JH7 A; 3OEE G; 2PYL A; 2OIG A; 2Q6A A; 1YF2 A; 2X0L A; 1GMG A; 4WFF A; 4GX5 A; 3ZMV A; 2A7W A; 1SQX H; 1S5L Z; 1TGO A; 3QO7 A; 3ML0 A; 3K5O A; 4IIJ B; 3TET A; 4DR1 O; 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