The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
|
sequence length |
65
|
structure length |
65
|
Chain Sequence |
TVLHVQEIRDMTPAEREAELDDLKTELLNARAVQAAGGAPENPGRIKELRKAIARIKTIQGEEGD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
23S RIBOSOMAL RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
23
|
| structure length |
65
|
| sequence length |
65
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-09-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| U | PF00831 | Ribosomal_L29 | Ribosomal L29 protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3I55 V; 3CCL V; 3CXC U; 1VQ7 V; 1QVG U; 1R73 A; 1K9M W; 1Q81 W; 3CCQ V; 3CC2 V; 1JJ2 U; 1W2B U; 3CCJ V; 3G6E V; 1M1K W; 1YIT V; 4WF9 V; 1KQS U; 3CCM V; 2QA4 V; 3CCU V; 1VQP V; 1VQ9 V; 1YI2 V; 1Q86 W; 5DM6 V; 1K73 W; 1NJI W; 2OTJ V; 3G4S V; 1Q82 W; 4WFA V; 1M90 W; 1VQ6 V; 1N8R W; 1YJW V; 1VQ8 V; 3CPW U; 1S72 V; 4WCE V; 3CCR V; 2OTL V; 4WFB V; 1VQL V; 1VQN V; 3CMA V; 1VQ5 V; 3CME V; 3CCV V; 1YIJ V; 1VQK V; 1VQO V; 1YJN V; 3CCE V; 1VQM V; 2D3O W; 3I56 V; 3G71 V; 3CCS V; 1KD1 W; 3CC7 V; 1YHQ V; 1YJ9 V; 3CC4 V; 2QEX V; 3CD6 V; 1KC8 W; 1K8A W; 3OW2 U; 1VQ4 V; 1Q7Y W; 1QVF U; #chains in the Genus database with same CATH topology 1Y6X A; 1GKF A; 2FB5 A; 4I55 B; 4ZKI A; 4Z1V A; 4LFC B; 4TV8 A; 1FKA O; 2N74 A; 4O2A A; 2EJ7 A; 2YIB D; 3ABM C; 1N33 O; 5LHG A; 4AHC A; 1Y76 B; 3APO A; 1VQK V; 1NU1 H; 3FB6 C; 5IWA B; 5EYP B; 1Z5W A; 2BE3 A; 1R73 A; 3JAL A; 5B1B C; 3ZHV A; 2JGD A; 1AR5 A; 3AG3 B; 1M56 B; 4PA3 A; 5J2U B; 2ZNI A; 4TV9 A; 4A5U B; 4NTX A; 5BR8 O; 1NTM H; 2QKC A; 3ZMZ A; 5KAI Z; 4P9O A; 3C3T A; 4LF9 B; 4JI5 B; 3TJT A; 2XAG A; 1A32 A; 2CTR A; 1JJO A; 3KKY A; 4PA6 A; 1SRY A; 1BQ0 A; 1OHH G; 3AG3 C; 1BMF G; 1M56 C; 1IXM A; 4DV2 O; 1O9H A; 3M8A A; 2F43 G; 1GM9 A; 2YIB A; 2LP7 A; 4B3T O; 1GN4 A; 2VQE O; 1WLE A; 4B3R O; 4JI7 O; 1NR1 A; 1ROP A; 1GM7 A; 1QBZ A; 2AW9 A; 4G28 B; 3CCS V; 2A06 H; 1NVP B; 4MTG A; 5H6R A; 3APQ A; 3OR6 C; 5JQG B; 3EVK A; 4U7O A; 3FFQ A; 1MG1 A; 2IJH A; 2XUM A; 4YHH O; 2QWN B; 4GX2 A; 1K4C C; 5LMN B; 4MVU A; 3DSQ A; 2EBO A; 4GKK O; 1K92 A; 4DW0 A; 1VQM V; 2QWQ B; 4LF5 O; 2W6I G; 3B8N A; 4JI1 B; 2OT5 A; 2ZR2 A; 3LNN A; 1WN7 A; 2FML A; 4L8J A; 1OJH A; 4MTO A; 4D7S A; 2Y48 A; 4X66 B; 1N36 B; 1YEW A; 1E1Q G; 1SC5 B; 1EZJ A; 4HNA A; 3G4S V; 1N8R W; 5K1P A; 4FLV A; 4U3F H; 5L3G A; 2H8P C; 3NXS A; 1ZAU A; 4MW3 A; 1ZWI C; 2QE7 G; 2JEU A; 1P4R A; 3CCL V; 1N34 O; 1IBL B; 4J7Z A; 3RT3 C; 4C7U A; 1BS3 A; 1Z2G A; 2R70 A; 2ZR3 A; 4YY3 O; 2ADP A; 4UV8 A; 2QM7 A; 1R1B A; 4R6Z A; 2IW5 A; 1H8E G; 5L3F A; 1QR8 A; 4I7Z B; 4CS4 A; 3ABL C; 2JIZ G; 5CBH A; 4JAA A; 1HP8 A; 3JAR A; 3SJC C; 1NH2 B; 3WB0 A; 4TOI A; 4AQY B; 2E3C A; 2Y0P A; 3E8H A; 4UCT A; 3RYI A; 3ZN0 A; 4JYA B; 1YTF D; 5LYJ B; 2P90 A; 3CCE V; 4UVA A; 3KZI Z; 4GLX A; 1N32 B; 4LFA O; 3L72 H; 4B3S O; 2QWP B; 2N05 A; 5KA6 A; 4BIZ A; 5IJ0 B; 4DR7 B; 1BGY H; 3O9O A; 1BQZ A; 5H9C A; 1KBH A; 2OIE A; 1RSO A; 2PYL A; 4NTY A; 4Q6G A; 2WLI A; 2CGO A; 2A79 B; 2YEV B; 4FFB A; 1HNZ O; 2A9H A; 3KCX A; 1NTK H; 2WSS G; 1OCZ C; 4DR2 O; 1NI8 A; 1R6N A; 3G71 V; 4RWU A; 4EB6 B; 1X4T A; 3JSL A; 3U11 A; 3WFV A; 4YJ2 A; 4UCR A; 4I4T A; 4X20 B; 3BAA A; 1LUV A; 1JA8 A; 2YS8 A; 2BTO A; 4JZG A; 2HVJ C; 3OFN G; 4J10 A; 1FJG B; 4LF7 B; 2ETN A; 1BE3 H; 1SQF A; 2ZT9 B; 3B2E E; 4NYK A; 3ZHR A; 1ZL8 A; 1MZE A; 4QE7 A; 4FZ1 A; 4MVS A; 4ASU G; 2WA4 A; 1DK1 A; 1YDX A; 5LGN A; 5EBW C; 4FVM A; 2ZCE A; 1VIB A; 4LNU B; 4DR4 O; 4MT8 A; 3JSN A; 1L0L H; 3OAA G; 2UUA O; 2PUS A; 3QO5 A; 3TXQ A; 3L9D A; 2WA3 A; 1GK9 A; 4TQF A; 1NR7 A; 1DGS A; 1E79 G; 2ZE5 A; 3K08 A; 4W4L A; 1NS1 A; 2BOC C; 5CMU A; 1SQP H; 5KHG A; 2ZNJ A; 2XAJ A; 1XOU A; 4OGQ B; 1BL8 A; 5DM6 V; 1FXK A; 2AZ2 A; 4PHZ A; 4DUY O; 5JCO A; 2EZO A; 4MVR A; 2ZXW B; 3MHH C; 1K3E A; 3FYE B; 4YIP A; 3S3W A; 3HKB A; 4X1K B; 4GYC B; 4X89 A; 3H1K H; 4ZBM A; 3SPC A; 2UUB O; 4I0X A; 5LA6 B; 1YSC A; 3CP1 A; 4YJ3 A; 4YHH B; 3SPI A; 1M1K W; 3HB3 B; 2EX3 A; 1L1F A; 1P84 F; 2DYS B; 3L70 H; 2ZXW C; 1Q6I A; 1IZ3 A; 1RM1 B; 4GKK B; 4FIP C; 1B06 A; 4TV8 B; 3FD9 A; 3L74 H; 4O2A B; 3DTU B; 5CA3 A; 4QE9 A; 1K33 A; 1SER A; 4K8Z A; 1YXB A; 4LF8 B; 5LP6 B; 1VQ7 V; 3CRQ A; 4GKJ B; 3N2G B; 3ZS8 C; 4DRX A; 2UXB B; 1CEZ A; 2DYS C; 3RFR A; 1RM1 C; 5GTH Z; 1AJN A; 3F7Y C; 1JFF A; 2W0X A; 4WBN A; 4J7K A; 3JAL B; 2JGD B; 2IBZ H; 2QSA A; 3Q4H A; 4JYC A; 3AK3 A; 1N0J A; 1R3L C; 4UV9 A; 4TV9 B; 1SZT A; 3T1Y O; 4D6T H; 2EIJ B; 5FPR A; 5LP6 C; 4EFE A; 4KP4 A; 3T4D A; 2GTA A; 4LF6 B; 1AIL A; 5B1O A; 1KC8 W; 4DV1 O; 3CXH F; 3W7W A; 1WJZ A; 1URF A; 4WFE A; 3CCJ V; 2GTS A; 3HKD A; 1FYJ A; 2BOB C; 2ZIN A; 2NR5 A; 4G2K A; 4LFC O; 1W0K G; 3ZHT A; 2EIJ C; 1JCH A; 4K8X A; 4DR6 B; 4P2Z A; 5KHI A; 5IWA O; 3RYC A; 3QG5 A; 1NH2 D; 1LNQ A; 5DN6 G; 1IDS A; 2Q0O C; 1WB8 A; 3RW0 A; 3LSU A; 5IYC O; 2DYR B; 2QKA A; 2AXT Z; 2F1M A; 3ETG A; 4JYB A; 4PJ0 Z; 3OTO B; 1S5J A; 3AG1 B; 4LF9 O; 4JI5 O; 4OXS A; 2QGN A; 3JAW B; 3K03 A; 1VF7 A; 3UQ8 A; 4RUF A; 1MSD A; 3E8G A; 2F66 C; 2QA4 V; 1S3J A; 2ZDI C; 1QCE A; 1HNZ B; 1I7F A; 5JH7 A; 3WB2 A; 1IBM B; 3AG1 C; 3ASO B; 4BAY A; 2YI9 A; 4HNA B; 5LXT A; 3H1L H; 4TSF G; 1KD1 W; 2C2A A; 4DV5 B; 1S76 D; 2H3O A; 1R3K C; 3SYA A; 3SDL A; 4LFB B; 3QTC A; 3E8F A; 4QIW F; 1J95 A; 1W59 A; 4R50 A; 4RUE A; 4RAI A; 3ASO C; 3LSS A; 4B3M B; 4RO2 A; 2JGU A; 3ZIA G; 1R6T A; 3B09 A; 1OZ0 A; 2OTL V; 4JTD B; 4Q20 A; 5LMN O; 4K0K B; 3ABT A; 4H37 A; 2IH3 C; 2Q0A A; 3RN4 A; 1QNM A; 4JI1 O; 2GBO A; 2YDE A; 1XI1 A; 3L71 H; 1V9P A; 3VOU A; 4X66 O; 3QO7 A; 1N36 O; 1DTO A; 2JJ2 G; 4ZOL A; 5JJJ B; 3JAR B; 2P6J A; 1IX9 A; 1T5E A; 3RYI B; 4PDV A; 1Q3E A; 4X20 A; 4EEQ A; 3M99 B; 4MVM A; 1QR9 A; 1GN3 A; 1OCR B; 2E75 B; 1SQG A; 2LQT A; 4LH7 A; 2Q5Z A; 1IBL O; 1RPR A; 2ZE8 A; 1G4Y B; 1N0N A; 3J80 N; 2Y0I A; 4AI8 A; 3A2F A; 3JAS A; 1S5L Z; 1RSO B; 2WLI B; 4UXN A; 1OCR C; 5IDJ A; 4FFB B; 3BRC A; 1LR1 A; 1XHX A; 2QTS A; 5GON A; 2Q7E A; 1VQN V; 4LWS A; 1Y74 A; 1EFR G; 4LNU A; 1G1X B; 1L8D A; 3G6E V; 2HKO A; 4KUM A; 4W4K A; 1KB9 F; 4YJ2 B; 3K9S A; 3JD1 A; 1K73 W; 4I4T B; 4PD4 F; 4I9Q A; 2QJ1 A; 2Y69 C; 2X0L A; 5KHK A; 4AQY O; 1PPJ H; 1UFI A; 1YTF B; 4FM2 A; 4F4L A; 4JAU A; 1M4U A; 2PI5 A; 1N32 O; 2OYQ A; 2HG5 C; 3F7V C; 3ZED A; 3MDS A; 4DR7 O; 1ZL8 B; 2CE4 A; 4JAV A; 2V4D A; 2EIM B; 3ZMT A; 1H2G A; 1TUE B; 2ARH A; 2DW4 A; 1SQV H; 4DV7 B; 1VAR A; 3ABM B; 3P3P A; 5KX5 B; 3AEI A; 4NXM O; 2MK3 A; 1DF4 A; 5DEC A; 2XND G; 2AHZ A; 3W7S A; 3SPJ A; 3F5W C; 3W7T A; 2EIM C; 5F2V O; 3IFX A; 1ZTE A; 2F93 B; 2B9Z A; 5B1B B; 5LHI A; 4FLY A; 4GT1 A; 3DC6 A; 2JS3 A; 1YIJ V; 4JI0 B; 4LF7 O; 1FJG O; 3FKS G; 1FXK B; 5LP6 A; 3N2G A; 4OX9 B; 3E22 A; 1BT8 A; 1PM9 A; 2BCC H; 2CTW A; 2WLJ A; 4G27 B; 3HKB B; 1XNR B; 4FLU A; 4WFG A; 1UJW B; 1B04 A; 2Q4P A; 4I0X B; 4YJ3 B; 1FXK C; 2GUZ A; 3UKM A; 5JCO C; 4JI6 B; 3AG4 B; 3F5T A; 1H2N A; 2HLD G; 5IY5 B; 1ZX3 A; 1AI4 A; 5BMV A; 3CC2 V; 2RCV A; 2CTP A; 2FYU H; 3CSX A; 1PL0 A; 4D7T A; 2VQF B; 4DRX B; 3CRM A; 2LJ2 A; 3AG4 C; 3JCU Z; 3D3Q A; 4CH6 A; 1JFF B; 4WBN B; 4PA7 A; 3OMI B; 3Q4H B; 2EIK B; 5IY5 C; 1AP6 A; 2AZ0 A; 3A0B Z; 4IGG A; 2GSM B; 4JI3 O; 2WLH A; 3ML0 A; 2ZDI A; 1Q86 W; 4DV6 B; 3OMA B; 2W0F C; 1JQ0 A; 2IU0 A; 3J81 N; 2IU3 A; 2JVD A; 4LF4 B; 2HJF C; 3HKD B; 4FM1 A; 2EIK C; 2UXC B; 3JAW A; 4PA9 A; 1MAB G; 4X1Y A; 1FS0 G; 1Y66 A; 3CHX A; 2IJK A; 3K3W A; 1XNQ B; 1VMG A; 1XEQ A; 2ZIM A; 4LF8 O; 4GKJ O; 4FFK A; 5E1A C; 3RYC B; 5EZY B; 2XT9 A; 2UXB O; 5B3S B; 4J41 A; 2IJJ A; 3ZRX A; 3QF7 A; 3QVN A; 5B1N A; 3CMA V; 2Y4T A; 5ITZ A; 1XIL A; 2IJI A; 3T1C A; 4DUZ B; 5LGT A; 4JYY A; 1WPB A; 1PNL A; 2YUA A; 4GZR B; 3TET A; 4LF6 O; 4DW1 A; 3ABL B; 5B3S C; 1Z5V A; 1FXH A; 4RQE A; 4XDL A; 3ABK B; 3JAK A; 4BIO A; 3ZMV A; 3CRR A; 4IYI A; 3RYH A; 3GVM A; 3U0Z A; 1VQ5 V; 4DYL A; 2QWR B; 3C3S A; 2DN9 A; 2GV9 A; 2YXH A; 5JH7 B; 2Q8V A; 1HNW O; 4OPA A; 1Y4M A; 1FXV A; 3IC9 A; 1WAZ A; 5LXT B; 3ABK C; 4DR6 O; 5CBF A; 1U96 A; 4I9W A; 2Z0A A; 2K1E A; 2YIA A; 4PI0 A; 3SYQ A; 4X1I A; 3X2Q B; 2UXD B; 3OTO O; 1K4D C; 5L3E A; 1VQ4 V; 1OCZ B; 4JV5 B; 5KAF Z; 5JVD A; 3NR7 A; 4GX0 A; 1JJ2 U; 2P67 A; 2LGW A; 3ZHQ A; 1US6 A; 4I5S A; 1XHZ A; 3X2Q C; 4CH5 A; 5JJE B; 3CCR V; 5LBQ A; 3ASN B; 3BVO A; 4FZ0 A; 2JJ1 G; 1IBM O; 2PY5 A; 5J9P C; 4NXM B; 4ZOL B; 2A7W A; 1HR0 B; 4DV5 O; 3L75 H; 3H9V A; 4WF9 V; 4LFB O; 3DXR B; 4X65 B; 3ASN C; 3ICX A; 3VQY A; 1R6K A; 1DLB A; 4B3M O; 1K5S A; 3E2E A; 3MAQ A; 1WB7 A; 5A9G A; 2CUG A; 2QWO B; 3FYI B; 3ZBH A; 2YIC A; 1YCI A; 2N04 A; 2D2C B; 3JAS B; 2JDI G; 3K79 A; 1MA1 A; 4K0K O; 1MMM A; 1KMI Z; 1JPX A; 1Q6U A; 3OEE G; 1SF9 A; 3K5L A; 2EIL B; 5GON B; 3CCU V; 1OCC B; 2OCH A; 1XDC A; 2CTQ A; 1HDJ A; 4LWS B; 1AI7 A; 1Y74 B; 1H2L A; 2AGA A; 5KX5 A; 5KUK A; 4X64 B; 5CA1 A; 1XL4 A; 2XTA A; 3BCC H; 4B08 A; 4GCZ A; 1PL4 A; 1JOY A; 5H5N A; 2EIL C; 1OCC C; 2ITC C; 4QJF B; 3OT7 A; 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3UCS C; 2AHY A; 5D5P A; 4KXR A; 3TCU A; 4JI6 O; 3VQV A; 4NB5 A; 1KEC A; 3D36 A; 2QKS A; 3KG2 A; 2KG7 A; 3K06 A; 5HFL A; 4X1Y B; 1Y67 A; 3OTF A; 2PYJ A; 1KYO F; 3O65 A; 1YJW V; 1EN4 A; 2V1D A; 3TGU H; 2JRI A; 4DK1 A; 3RVZ A; 3EXA A; 1HW7 A; 2VQF O; 4LC1 A; 5BXZ A; 3CEI A; 1E1R G; 2KSD A; 1TVK A; 3CC7 V; 4F6R A; 1K34 A; 3SYC A; 5IJ9 A; 3T2M A; 2F4V O; 5ITZ B; 5C93 A; 2EIN B; 3HKE A; 1M5I A; 5FPO A; 2GDS A; 2F95 B; 1RP3 B; 1ZSP A; 5K1X A; 4DO2 A; 4ZI7 A; 1BCC H; 3ZCC A; 2JS5 A; 5LMU B; 4DV6 O; 3BA8 A; 2Q6A A; 3G6B A; 3I56 V; 4LF4 O; 2Y4U A; 3JAK B; 2UXC O; 3AG7 A; 4O4H A; 2EIN C; 2VRZ A; 3RYH B; 1SA0 A; 4DV3 B; 1QVF U; 4JI8 B; 5EBM C; 5CB4 A; 2P22 C; 1EN6 A; 2RN9 A; 4P9P A; 1FFX A; 4XDK A; 2WWW A; 1XNQ O; 5TIS Z; 1VQ8 V; 1P7B A; 1GM8 A; 3I5D A; 2RNB A; 2LW1 A; 3SGI A; 2ATK C; 1CP9 A; 2PTM A; 3JAT A; 4HAM A; 1RPO A; 1YHQ V; 2FTK A; 2V7Q G; 4X1I B; 3DXR A; 4J80 A; 1QVG U; 4DUZ O; 2QM4 A; 2O57 A; 5LL6 Y; 3CB2 A; 4NKG B; 1M93 A; 5JVD B; 1QLE B; 3ETD A; 2Z5U A; 4J9Y B; 3CE2 A; 4XBF A; 4F6E A; 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