The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
59
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structure length |
59
|
Chain Sequence |
NSKQKVQMSIHQFTNICFKKCVESVNDSNLSSQEEQCLSNCVNRFLDTNIRIVNGLQNT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Tim8-Tim13 complex has multiple substrate binding sites and binds cooperatively to Tim23
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM1
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| molecule tags |
Protein transport
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| total genus |
21
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| structure length |
59
|
| sequence length |
59
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| chains with identical sequence |
D, F, H, J, L
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-03-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Mitochondrial import inner membrane translocase subunit tim13 like domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3DXR B; 2BSK A; 3DXR A; 3CJH B; 2BSK B; 3CJH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2BOC C; 3OR6 C; 2A06 H; 4F6R B; 5IJ9 A; 1S0V A; 4X8A A; 1XNQ O; 1WN7 A; 1P7B A; 2CGO A; 1YZB A; 1W59 A; 2BTQ A; 1Q6H A; 2MK3 A; 4DR4 B; 3F5W C; 3LSU A; 4AQY O; 3CRQ A; 3EHB B; 4MW8 A; 1PP9 H; 4BIZ A; 2IM9 A; 4FFB A; 3OTF A; 2ATK C; 4YY3 B; 3K59 A; 4DV4 B; 1XI1 A; 4LCU C; 1PKX A; 1R3I C; 3JAW A; 4DO2 A; 1AI5 A; 4LF7 B; 3SYQ A; 1US6 A; 2F23 A; 4MW3 A; 5EIB D; 1SQP H; 2HG5 C; 2V7Q G; 2OT5 A; 3RFR A; 5CBF A; 1YCI A; 2LGW A; 4LH7 A; 3P32 A; 4YJ2 B; 4DR6 B; 3N2G B; 4FZ0 A; 2N05 A; 5IY5 C; 4RQE A; 3AG3 C; 4UB8 Z; 4JI2 B; 2WLI B; 5A2Q N; 1DF5 A; 4E4E A; 3RVY A; 5B1A C; 3SPJ A; 4JZG A; 2GDS A; 2DMX A; 2IH3 C; 2NNU A; 2QTS A; 1SQQ H; 2V1D A; 3RYF B; 3W7X A; 1VQ4 V; 4YHH B; 1NU1 H; 2P90 A; 3QO7 A; 1XHZ A; 4RAI A; 4JI7 B; 3U0Z A; 1VQK V; 1RPO A; 2DWD C; 4JI0 B; 4X1K A; 5L3D A; 3GVM A; 1Y74 A; 3B77 A; 3ZN0 A; 5HFM A; 1IVS A; 2WWW A; 4TT3 G; 4DR5 O; 3SJC C; 3H1I H; 4UVC A; 4JI1 O; 5EBL C; 1V54 B; 4K35 A; 4OPA A; 5IYB O; 3UT5 B; 4PA7 A; 3QTC A; 3FAV A; 4P9O A; 1NTK H; 2ZNI A; 1KKC A; 4OX9 B; 2Y0P A; 1SRY A; 2X0L A; 1NJI W; 2HHH O; 1Q86 W; 1N32 O; 1XMO O; 3SGI A; 4JF3 A; 3SJB C; 4GX0 A; 3ZMU A; 4JTA B; 3WB0 A; 1ZL8 A; 4ZBM A; 1WPB A; 2E3C A; 1WP8 A; 2H94 A; 1N36 B; 2WSS G; 2BSK B; 2ILM A; 3C90 A; 3DTU B; 1JFF B; 2Q73 A; 3C3S A; 1VEW A; 5IJ0 A; 1HWY A; 3TET A; 1M56 B; 3ASO C; 1QLN A; 1QQC A; 4DRX B; 3ETD A; 4DR2 B; 2R70 A; 2WLJ A; 2HJD A; 4GUN A; 4UCS A; 5LP6 B; 1H8E G; 4E2L A; 1VQ7 V; 3D36 A; 4LF8 B; 2GUZ A; 2EJ7 A; 1FAF A; 2EIK C; 2AZ0 A; 2UXN A; 4TV8 A; 3A8T A; 4R6Z A; 4GLX A; 1M57 C; 2QSA A; 2IJK A; 1R73 A; 2QWP B; 3K08 A; 3VOU A; 3H9V A; 4RQF A; 2IJI A; 1MZF A; 4CS3 A; 4PA9 A; 1N34 B; 1O9H A; 1NR1 A; 1BMF G; 5L3B A; 3G80 A; 1I5Y A; 1P4R A; 2ZNJ A; 4YY3 O; 4DV4 O; 4WBN B; 2CH7 A; 3HKD B; 2RDC A; 4NXN B; 4TWK A; 3D36 C; 1N33 B; 4FLZ A; 4R50 A; 4DUZ B; 1W0K G; 3HKC A; 4X9Q A; 5D5P A; 4DR6 O; 3WG7 C; 2PF4 E; 1VQ9 V; 3JAR A; 3UQ8 A; 1F23 A; 2Q0O C; 3LDD A; 2F4V O; 1AR5 A; 4QJF B; 4DV6 B; 1GRJ A; 2ITC C; 4F6R A; 4YHH O; 1Z2G A; 4X64 B; 3IAY A; 1Y76 A; 3CJH B; 5LHI A; 4JI0 O; 1VQ5 V; 4I9W A; 1VF7 A; 2H8P C; 5EYP B; 3T1H B; 2JS5 A; 2FML A; 1IZ3 A; 3D3Q A; 1NT2 B; 1QLE B; 4IYI A; 1PNK A; 2A7W A; 1AP6 A; 2EIL B; 1L0L H; 3Q4H B; 2RMK B; 4J7J A; 4X88 A; 1K9M W; 4QE9 A; 3G71 V; 1BZK A; 1OCZ C; 4OX9 O; 4Z1V A; 3P3N A; 2JEU A; 5LA6 B; 1FFX B; 1H2N A; 4AI8 A; 3CRR A; 1BCC H; 4HAM A; 4JPR A; 2YIB A; 3MHS C; 4TUY A; 4O4J B; 4FJC C; 4CH5 A; 5EZY B; 2DWE C; 3A0H Z; 2DQ3 A; 2ZE5 A; 4HYO A; 1N36 O; 4XDL A; 2K9P A; 3K57 A; 3KKY A; 3AK3 A; 4DV2 O; 3H1L H; 1YJW V; 1E1R G; 2ZM6 B; 1K97 A; 3RT3 C; 4X1I B; 3UKM A; 3THO A; 4WFB V; 2LW1 A; 1OHH G; 2F95 B; 3SPH A; 1AJQ A; 3QF7 A; 4DR2 O; 3E8F A; 4NYK A; 1NTZ H; 4P30 A; 1V9P A; 1SQX H; 5LXT A; 2QR4 A; 4LF8 O; 2QWQ B; 1RPR A; 1MA1 A; 5CB4 A; 5IYZ A; 4H13 B; 4K8X A; 1KBH A; 4B08 A; 1R3K C; 3QNE A; 4AIL C; 2KQX A; 3DGE A; 1WA8 A; 4LNU B; 4J9Z B; 1PL4 A; 2IJJ A; 5LYJ A; 1OCC B; 5JJN B; 1N34 O; 1KP2 A; 2JGU A; 4DV3 B; 2Q68 A; 4WFA V; 4BAY A; 4FM0 A; 2OCC B; 4PJ0 Z; 1XHX A; 2YI8 A; 5CBG A; 2IU0 A; 4ZI7 A; 4UV9 A; 4PI2 A; 5LGN A; 4NXN O; 1RM1 B; 1N33 O; 4DUZ O; 4DK0 A; 3CHX A; 3CCU V; 2GV9 A; 3X2Q B; 2Y69 B; 5ITZ B; 3D8C A; 4DRX A; 4WFH A; 3JAL B; 3NR7 A; 4KP4 A; 4O4H A; 5J2T A; 3B8M A; 4X66 B; 5HFL A; 4DV6 O; 1K5Q A; 1KB9 F; 3HKE B; 1THZ A; 1MSW D; 4J11 A; 2YSU B; 3ZMS A; 4FVM A; 1Y4M A; 2LO1 A; 2UXC B; 2A0L A; 4YJ3 A; 4DR1 O; 1VQP V; 1FJG B; 1GTO A; 3S3X A; 2XT9 A; 1FPO A; 5LOV B; 1MNG A; 1R6K A; 3ABK C; 4FMT A; 1YHQ V; 4JYA B; 2BE3 A; 1G8M A; 4X89 A; 4FIP C; 4CH6 A; 3VQX A; 1KMI Z; 1XQ8 A; 1BQZ A; 4HNA B; 2YIA A; 2RQ6 A; 3OT7 A; 1K73 W; 2Q69 A; 3HKD A; 2E74 B; 4BIU A; 2DQ0 A; 3CWB H; 1EZJ A; 4OGQ B; 5GON B; 1UJW B; 4X62 B; 3OMI B; 4LH6 A; 3CMA V; 5IYD O; 3AEI A; 1XIL A; 1EFR G; 2DYS B; 4BIO A; 2CK3 G; 2BTO A; 4U3J B; 3SR2 C; 1R3L C; 4NXM B; 3BAA A; 3BEH A; 2ZE7 A; 2YC0 A; 1VQ6 V; 5L3G A; 1YSC A; 3E22 B; 2KKW A; 4I0X A; 3CJH A; 3O65 A; 2ZM6 O; 4LFA B; 1SA0 B; 2Y0I A; 3JSL A; 3SYO A; 5CA1 B; 1MAB G; 4KL1 A; 3K5N A; 2P4K A; 2JRI A; 2DYR B; 5IE9 A; 2W6J G; 1S5H C; 1XL6 A; 3QVN A; 4GX5 A; 4LF9 B; 4FK5 C; 1XMQ B; 2HVJ C; 3ZBH A; 5TIS Z; 4X1Y B; 3K06 A; 1F4N A; 1Q7Y W; 3GB7 C; 1VF6 A; 5EC2 C; 4I9Q A; 3ZHQ A; 1GAX A; 5J2U B; 2HFE C; 4P9P A; 4IT5 A; 4Z2W A; 3RYH A; 3CSX A; 1QLE C; 3MHH C; 1YXB A; 3DXR B; 1SS3 A; 1G6U A; 4J80 A; 1L1F A; 2X6B A; 3CX5 F; 2HEP A; 1DGS A; 4TV9 A; 4X1I A; 2CE4 A; 2GTA A; 1AVM A; 1VF6 C; 3M7M X; 2R72 A; 4LC1 A; 4NTW A; 3R66 A; 1EBO A; 3ABM C; 3G4S V; 1MMM A; 2N74 A; 1ZAU A; 5CBH A; 2EIJ B; 4UVA A; 1HR0 B; 2R9R B; 4PDV A; 1H2M A; 4UCU A; 4B3R O; 1VP7 A; 1NVP D; 1VQO V; 1FJG O; 1SET A; 4LNU A; 2WLL A; 3H1H H; 3KZI Z; 3CCM V; 4G27 B; 3SPG A; 3K03 A; 1IBK B; 1K34 A; 3T2M A; 4DW1 A; 2OTJ V; 1Z5V A; 3CCJ V; 5B1O A; 4JYA O; 4C7U A; 4LFC B; 4IHJ B; 1R6T A; 1BQ0 A; 2UUC B; 4ZHQ B; 3FKS G; 3B8N A; 4O4L B; 4XBF A; 4JTC B; 3JAT B; 2WA4 A; 4ZIB A; 3J81 N; 5A9G A; 2ZKO A; 3K5L A; 2QDO A; 1K4D C; 3CC4 V; 4X62 O; 5FNV B; 4IYH A; 4D7S A; 1S5L Z; 3CCE V; 1XL4 A; 1BT8 A; 2XHB A; 3LDC A; 4FLX A; 1J5E B; 5KX5 B; 2Y4U A; 2IW5 A; 1NTM H; 4XDJ A; 1VF5 B; 3FB5 C; 5CA0 A; 3HKE A; 4QPK A; 2HR3 A; 4OPH A; 2C2A A; 2OCC C; 2YIC A; 4LFA O; 4MVO A; 3CYO A; 3TJT A; 2QEX V; 2QM8 A; 4NR1 A; 2Q67 A; 5C8Y A; 2XUM A; 3ZJZ A; 1Q5O A; 2ZR3 A; 4BW5 A; 2NLJ C; 1NQT A; 1N4C A; 3RYC A; 4HNA A; 4LF9 O; 1NH2 D; 1ARO P; 1F4M A; 2X6C A; 2QA4 V; 2CTW A; 1PV0 A; 4UCR A; 4TSF G; 3CC7 V; 1RP3 B; 3UO3 A; 3CXC U; 1WP7 A; 5DEC A; 2D3O W; 2PYJ A; 4PDL A; 1S77 D; 1IXM A; 1KC8 W; 2XAJ A; 1L0N H; 1LUW A; 2B5U A; 1AR4 A; 1OCR B; 5LHH A; 1SF9 A; 4MVU A; 3STL C; 3ABL B; 5LMN B; 4JAU A; 3OEE G; 2JGD B; 1F7Y A; 1KKD A; 1H2G A; 3L70 H; 3AG2 C; 5B3S B; 3B4S A; 4J7K A; 3OE7 G; 5CA1 A; 3OTO B; 2XAQ A; 4MVS A; 3CB2 A; 3JAS B; 1IBL B; 1VQN V; 1DTO A; 3A2F A; 5KHG A; 3K0D A; 3KCY A; 1UFI A; 3AK2 A; 1HR0 O; 5BXZ A; 5FPR A; 1FXK B; 3TGU H; 4O2B A; 1GK9 A; 3HKB B; 4WFG A; 3JSN A; 3VBB A; 5JVD B; 4N21 A; 4MSW C; 1LUV A; 2OIE A; 1J95 A; 1IBK O; 3SYC A; 4LWS B; 1PPJ H; 2GSM B; 5J2U A; 3K5M A; 4TQD A; 2Z5U A; 4I50 B; 3CCV V; 5DED A; 2QWN B; 3MDS A; 2YEV A; 1K7D A; 4LFC O; 4ICG A; 2VQF B; 1M5I A; 4IIJ A; 4NVP A; 2UUC O; 2KG7 B; 3DXR A; 1YEW A; 2DYR C; 3BPZ A; 1JA8 A; 4X20 B; 2VRZ A; 1PNL A; 2WA3 A; 2GTS A; 2RCV A; 1GN4 A; 2ARH A; 2ZIO A; 1J5E O; 1ROP A; 3K79 A; 4FLY A; 3OD4 A; 2EIM C; 4DV7 B; 4A5U B; 5J9P C; 2NR5 A; 4UVB A; 4HZ3 A; 2YIB D; 2HJF C; 4I4T B; 4DV5 B; 3JCU Z; 4DR4 O; 2UUB B; 4K0K B; 4UB6 Z; 1QCE A; 2A3Q A; 3LSS A; 2WPD G; 3CEI A; 2AZ2 A; 4KUM A; 3GWO A; 2O57 A; 2IU3 A; 4KHP B; 5KUM A; 5KAI Z; 1NI8 A; 1BHA A; 4IHJ A; 4O2A A; 4PA3 A; 1JJ2 U; 4ZHQ A; 3CRC A; 4O4L A; 4LF7 O; 2OYQ A; 3ASN C; 3JAT A; 2K1E A; 3BAB A; 5KA6 A; 1JPX A; 5KHJ A; 1IBM B; 2AW9 A; 4DUY B; 2NN4 A; 5KHI A; 1KYO F; 3ZMZ A; 2DN9 A; 3E8H A; 3ZRW A; 1H2K A; 4JI2 O; 4LF6 B; 3WFV A; 4D7T A; 3U10 A; 1K33 A; 3K0G A; 1YF2 A; 4CS2 A; 4JI3 B; 1FS0 G; 4J10 A; 5LMN O; 1Y6X A; 3MAQ A; 4JI7 O; 1JVM A; 2P5O A; 2ZT9 B; 4FLU A; 4QNH B; 3SPC A; 4PA6 A; 3G6B A; 4DV1 B; 3APQ A; 3I5D A; 1XDC A; 2F66 C; 4GYC B; 3ZMT A; 2CTQ A; 2JEX A; 3OTO O; 1JX9 A; 1B06 A; 1IBL O; 3WB2 A; 1P7G A; 1QR9 A; 2HVK C; 3ZS8 C; 1VQL V; 4YIP A; 1JQ0 A; 1Q3E A; 4J42 A; 4FLV A; 3ZRS A; 2ZXW B; 3AG1 B; 1XNR B; 1AP5 A; 1SQG A; 1COW G; 1SQV H; 3I55 V; 2ADP A; 3K58 A; 3N27 A; 3CME V; 4YJ2 A; 3N2G A; 4LFB B; 1OCO B; 2Q7G A; 4EEQ A; 3PN1 A; 2WLN A; 2WLI A; 2DOS A; 3HR0 A; 3RYF A; 4Z1M G; 4WFE A; 1IUR A; 2M7W A; 2VQF O; 3S3W A; 3G67 A; 1V55 B; 2JGD A; 3L71 H; 4UCV A; 1XRE A; 4MTX A; 2AGA A; 1W0J G; 5KUK A; 1SES A; 1LR1 A; 4RUF A; 3JAS A; 3M8A A; 3UT5 A; 3F5T A; 2EX3 A; 2Q7E A; 4DR7 B; 1BGY H; 1PD3 A; 4DV7 O; 4PV1 B; 1ENV A; 1AIL A; 2MW2 B; 3LSQ A; 4KFM A; 1GM8 A; 3AK1 A; 2F43 G; 2XAS A; 4DV5 O; 3HKB A; 3ML0 A; 2UUB O; 5K1X A; 3D3I A; 5JVD A; 3FD9 A; 4UFZ A; 3MD0 A; 1D2D A; 4CC6 A; 1I94 B; 5LL6 Y; 4LWS A; 1JCH A; 1YTF B; 1CXZ B; 1NS1 A; 1AI4 A; 1GN2 A; 4X65 B; 4KHP O; 4O4I B; 5L3C A; 2BSK A; 1HDJ A; 1KP3 A; 1V54 C; 4UXN A; 5C93 A; 2Z0A A; 1K8A W; 1JFF A; 3FYE B; 2VWJ A; 2CDY A; 1AJP A; 2VWK A; 5EK0 A; 4DUY O; 3N2K B; 2XAG A; 1KD1 W; 3OM3 B; 4PEL A; 4YXW G; 3OMA B; 2ITD C; 1FXH A; 5LP6 A; 3ETQ A; 1KUQ A; 2UXB B; 1KQS U; 3AG4 B; 2CAZ C; 4JI3 O; 4X64 O; 5L3E A; 5E1A C; 5E79 Z; 4F6E A; 3EFF K; 1T5E A; 1XEQ A; 3K3W A; 3B2E E; 3BVO A; 2IH1 C; 4ASU G; 4DV1 O; 1IX9 A; 3T1H O; 5LMU B; 4CC5 A; 3CD6 V; 3SJQ C; 1M56 C; 2KB1 A; 5IY5 B; 2BTQ B; 3AG3 B; 3A0B Z; 2JIZ G; 1SZT A; 4H44 B; 5JQG B; 1QHT A; 5LP6 C; 4WBN A; 1U96 A; 3T4Z A; 2A9H A; 5GTH Z; 1I08 A; 1XNR O; 1GKF A; 3HPL C; 4ZOL B; 4FFB B; 5BZB A; 1XOU A; 1M4U A; 3J80 N; 4LFB O; 3W7W A; 5LHG A; 2YXY A; 4U3F H; 2PZS A; 3ZN1 A; 4J9Y B; 2V4D A; 1SQB H; 2XAH A; 3P3P A; 4PDR A; 2PY5 A; 4MVR A; 1N8R W; 4GKJ B; 2GBO A; 1K3E A; 4LP8 A; 3W7U A; 1Y66 A; 5L3F A; 3ZHR A; 1G1X B; 1WB8 A; 5EYP A; 4EB6 B; 1WJZ A; 4RWU A; 4JGS A; 1W2B U; 3G6E V; 4B7E A; 3OGC C; 3TCU A; 3E86 A; 5B1B B; 3Q4H A; 5H5N A; 4DR7 O; 5FPO A; 1Y74 B; 1PL0 A; 1M90 W; 5F2V O; 4U7N A; 2X6A A; 2IBZ H; 4AQY B; 3CRA A; 4B7K A; 3CCR V; 5LA6 A; 1FFX A; 3BY6 A; 3KG2 A; 1K4C C; 2UUA B; 2EIN B; 2PI5 A; 3L73 H; 4FLW A; 3FAV B; 4DV3 O; 1I94 O; 3ASO B; 2YDE A; 4O4J A; 2LW7 A; 3OW2 U; 1SQF A; 5KMG B; 4X65 O; 2LGQ A; 5EZY A; 2B1I A; 2E76 B; 2DJV A; 3L9D A; 2E5L B; 1MZE A; 3B09 A; 3OUF A; 2EIL C; 2PGG A; 2EIK B; 1QVG U; 4DK1 A; 5IDJ A; 1ZL8 B; 3FB8 C; 4JAV A; 1L8D A; 2QKA A; 2CUG A; 2FL4 A; 3JYC A; 2Q9L A; 1BS3 A; 1WPX A; 1M57 B; 3DC6 A; 1BSM A; 1I0H A; 1SER A; 2W0X A; 2UXB O; 4X66 O; 5IJ0 B; 4TOI A; 1TVK B; 3K9S A; 3RYI B; 1NH2 B; 2UXC O; 2QE7 G; 4MTF A; 3BFR A; 2EUL A; 3CCQ V; 2WLK A; 1PNM A; 3K5O A; 4MVQ A; 2GUZ B; 4UV8 A; 3CP1 A; 5LGT A; 4ZKI A; 4JI4 B; 4TV8 B; 3B40 A; 1JMK C; 2DE0 X; 1ORQ C; 2N04 A; 1S5J A; 1X59 A; 1R3J C; 1OJH A; 2B9Z A; 2W6I G; 2L35 A; 1Q82 W; 5JCO A; 3OEH G; 1CP9 A; 2WLH A; 1RFY A; 1Q6U A; 5K1P A; 1UPG A; 1NBM G; 4P2Z A; 5ITZ A; 3OR7 C; 1Q6I A; 1YJ9 V; 2QGN A; 1WNS A; 2CH7 B; 3JAL A; 4PHZ A; 4QE7 A; 3IFX A; 3K04 A; 1YIJ V; 1OCC C; 4NXM O; 3O9O A; 1IDS A; 3HB3 B; 5IYC O; 3HKC B; 4WCE V; 4RUE A; 3T1Y B; 3P30 A; 1VMG A; 3ZMV A; 3JAR B; 4GKJ O; 5H6R A; 2HLD G; 1TA8 A; 2AXT Z; 3E8G A; 1MOF A; 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