The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
39
|
sequence length |
84
|
structure length |
84
|
Chain Sequence |
QMDTEEVREFVGHLERFKELLREEVNSLSNHFHNLESWRDARRDKFSEVLDNLKSTFNEFDEAAQEQIAWLKERIRVLEEDYLE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of Hypothetical Protein HP0062 (O24902_HELPY) from Helicobacter pylori at 1.65 A Resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Putative uncharacterized protein
|
| molecule tags |
Unknown function
|
| source organism |
Helicobacter pylori
|
| total genus |
39
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| structure length |
84
|
| sequence length |
84
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-01-20 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | HP0062-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3FX7 A; 4W4L A; 4J7J A; 4J42 A; 2G38 A; 4J7K A; 4IYH A; 4J41 A; 4J10 A; 4KXR A; 4IYI A; 4J11 A; 4W4K A; 2GTS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3H01 A; 3UKM A; 5IYZ B; 4FIP C; 1K3E A; 2XAS A; 4CH6 A; 4DV1 B; 1M1K W; 4ZOL A; 4FLY A; 2KG7 B; 5D5Q A; 1K97 A; 4UB8 Z; 5HFL A; 3ZMT A; 1AR4 A; 1NBM G; 2MK3 A; 2WLJ A; 2LFS A; 4U7N A; 4G28 B; 5IDJ A; 2QA4 V; 3BFR A; 1ORQ C; 5KUK A; 5FLX N; 4KL1 A; 3OD4 A; 4J7J A; 4L87 A; 4IT5 A; 1AI5 A; 4BIO A; 4HNA A; 1XIL A; 1F4N A; 2F23 A; 2GSM B; 1OCO B; 1VQO V; 4J9Z B; 4NVP A; 5H5N A; 1HR0 O; 1I08 A; 2D3O W; 2Z3Y A; 1DK1 A; 4FFK A; 4CS3 A; 2RCV A; 4O4H A; 5GTH Z; 5FPO A; 3K5M A; 2JGD A; 4I4T A; 1N32 O; 3CCQ V; 2XAQ A; 4DV3 O; 3T4Z A; 5ITZ B; 2A7W A; 5LOV B; 1QQC A; 1R6K A; 4KUM A; 2EIN C; 3JAL A; 2C2A A; 3CPW U; 1NH2 D; 5B3S B; 2Y0I A; 2ILM A; 2PUS A; 1S5H C; 3HKB B; 4TV8 A; 3FD9 A; 1JCH A; 3F5W C; 1JQ0 A; 4B3R O; 3MHH C; 4ZI7 B; 1VQM V; 2CDY A; 3H1K H; 1KP3 A; 5KMG A; 4X1Y B; 1PNK A; 1SES A; 2DWE C; 5JWP A; 4JAV A; 2LW7 A; 2ODM A; 2BCC H; 2V1D A; 5LYJ B; 3SYO A; 3W7X A; 4DV0 B; 4G27 B; 1XL6 A; 2QWO B; 1M93 A; 1AI7 A; 3TXS A; 1YTF B; 3RFR A; 4FVM A; 4FMT A; 2IJJ A; 1GN3 A; 3Q4H A; 3AG7 A; 4WFG A; 2WA3 A; 4WFB V; 3LUT B; 4K0K B; 4K35 A; 2QSA A; 3BCC H; 1IBM O; 3JD4 A; 4GKJ B; 1LNQ A; 3T1Y O; 2ZKO A; 2UUB O; 2YI9 A; 1XMQ B; 2V7Q G; 1U97 A; 4LCU C; 3G4S V; 4O4I A; 4WBN B; 1TAE A; 4JI3 O; 3NXS A; 4JI2 O; 1XL4 A; 4JAS A; 3UT5 B; 4LF4 B; 4GLX A; 3STL C; 1F23 A; 4FFB A; 2GUZ A; 3JCZ A; 1Q81 W; 2O57 A; 1V55 B; 1F7Y A; 5CBF A; 5IWA B; 1HWY A; 4HZ3 A; 3OUS A; 3K79 A; 1SQG A; 3R65 A; 4FZ0 A; 4AQY B; 1K4D C; 1IVS A; 4Z2W A; 4OXS A; 4XDJ A; 4UCU A; 2HP8 A; 3CRC A; 2Q7H A; 4GX5 A; 5EYP A; 3HKE A; 4LF8 B; 3BEH A; 2HEP A; 3JSN A; 3K04 A; 1PV0 A; 4FK5 C; 3U11 A; 1IUR A; 4UXN A; 1QR8 A; 1WN7 A; 2PGG A; 2JVD A; 5JH7 B; 2NN4 A; 1SET A; 4YHH B; 1NZ6 A; 2VWJ A; 2PTM A; 2DWD C; 1P84 F; 5LXT A; 3OTF A; 3I56 V; 2VS0 A; 3ZN1 A; 4O4L B; 1Q7Y W; 1L0L H; 2Q69 A; 1IXM A; 2XHB A; 4EEQ A; 4DUZ O; 5L3D A; 3PJS K; 3L70 H; 4QIW F; 3TK1 A; 4LF9 O; 1K9M W; 1R3J C; 3C3S A; 4LP8 A; 3FB5 C; 1P49 A; 3OAA G; 5LGU A; 1HNZ B; 5JCO A; 1AJQ A; 4CH4 A; 4D7T A; 2WLI A; 1NTK H; 2QGN A; 4JI7 O; 4XDK A; 1K7D A; 2ZCE A; 2QM8 A; 4DV4 B; 5B1B B; 4X89 A; 2DN9 A; 4J41 A; 3JAR B; 5H9C A; 4WCE V; 1VQ7 V; 3EXA A; 1IXB A; 2CTQ A; 2LP7 A; 3FB8 C; 3FKS G; 3ETD A; 4NTY A; 3UQ8 A; 3A0H Z; 5GON A; 3AK3 A; 5CA1 A; 1X59 A; 1WAZ A; 1FXK A; 2IJI A; 2NNU A; 1AP6 A; 4QE7 A; 2ZR3 A; 3IC9 A; 4TOI A; 2CK3 G; 4FM2 A; 3WG7 B; 3A0R A; 2P06 A; 3FAV A; 1Z2G A; 3ASN C; 5IYB O; 1QVF U; 4O2A A; 3B77 A; 4DUY B; 4CS4 A; 3OGC C; 3DSQ A; 4EKW A; 1KKC A; 2QTO A; 3B09 A; 2UXB O; 4X66 O; 4P30 A; 2UXC B; 4BIZ A; 5IE9 A; 2EIJ B; 3THO A; 3B2E E; 4O4H B; 3RYH A; 1XDC A; 2YIB D; 1XHX A; 4I4T B; 3UM7 A; 1KMI Z; 2ARH A; 1EN5 A; 5KHJ A; 4YY3 B; 4JI5 B; 1E1Q G; 1N33 B; 2FTK A; 2IBZ H; 4X88 A; 2YXL A; 1Q3E A; 4WFH A; 3TGU H; 3AG3 B; 2ZXW B; 3JAL B; 4F6R A; 3EVK A; 2VQE O; 5C8Y A; 1SQF A; 5CA3 A; 1HNW B; 4JI8 B; 1AP5 A; 3RYI A; 5A9G A; 4TV8 B; 3T1H B; 4IHJ A; 3CYO A; 4MVU A; 2F66 C; 4OPA A; 1DGS A; 2AHZ A; 3QG5 A; 3JAS B; 2OT5 A; 5LMN O; 2B1I A; 2RQ6 A; 1BE3 H; 2ZD9 A; 1XNR B; 1XUQ A; 5DED A; 5EK0 A; 3OGI B; 1RFY A; 2XAJ A; 4RAI A; 4KXR A; 2EZO A; 1IDS A; 2ZIO A; 3ZHV A; 4DR4 B; 1Y6X A; 2Q7G A; 4OX9 B; 1ZL8 A; 4DK1 A; 2Q73 A; 3HPL C; 2EBO A; 4JTC B; 3K06 A; 1KUQ A; 4PA6 A; 1PL4 A; 3QO7 A; 1GM7 A; 2ADP A; 2YDE A; 4TUY A; 5KAF Z; 1V54 B; 3K0D A; 1Q8I A; 4UVC A; 1JOY A; 3APQ A; 4NTX A; 2Y48 A; 3UCS C; 1IBK B; 2AZ0 A; 4DR6 O; 1MOF A; 4MVR A; 3DC5 A; 3K57 A; 1KQS U; 2ZQM A; 5J9P C; 1CPY A; 2DOS A; 1US6 A; 1QLE B; 2LFR A; 4U3J B; 2Q6A A; 4LFC O; 2IW5 A; 1JVM A; 5EIB D; 4FPP A; 2ZDI C; 1D2D A; 2F4V B; 2JIZ G; 1HW7 A; 3BHP A; 1GO3 F; 1QR9 A; 2DQ3 A; 1M5I A; 1O9G A; 1OCC C; 2DYS B; 1VQP V; 2RNB A; 1Q5O A; 1VEW A; 2OIG A; 3ABL C; 1JJ2 U; 1AR5 A; 3AG2 C; 2P6J A; 1ROP A; 3OMN B; 4MVZ A; 3E8G A; 3P3P A; 3BAA A; 1Q6U A; 1JR9 A; 4LC1 A; 3ZCC A; 1JMK C; 3SDL A; 2KQX A; 2LJ2 A; 2QE7 G; 2FKX A; 2IM9 A; 3JAK A; 3OR6 C; 5KAI Z; 1HR0 B; 3CCV V; 2WLL B; 3N27 A; 1SQQ H; 2LGW A; 3G71 V; 4DR7 O; 5DN6 G; 2HVJ C; 5KHI A; 5C93 A; 3K9A A; 1GM9 A; 2Q67 A; 5LBQ A; 5EYP B; 5LMU O; 4B08 A; 1H2L A; 3HKE B; 3JCU Z; 1TUE B; 5H6R A; 1N32 B; 2WWW A; 4DV3 B; 4JYA O; 4X8A A; 5TIS Z; 2Q0A A; 3AG1 B; 1K4C C; 3G6E V; 3W7S A; 2YXY A; 2FML A; 2Z0A A; 5LP6 C; 3ZHR A; 5B5E Z; 4PJ0 Z; 4F4L A; 5LXT B; 4RQF A; 4J9Y B; 2CTP A; 4HBN A; 4UFZ A; 1NH2 B; 5LHG A; 3STZ C; 1YF2 A; 4GZR B; 1L1F A; 1AIL A; 2Z5U A; 1BMF G; 1S77 D; 1V55 C; 4EFB A; 2QEX V; 3ABK C; 3SJQ C; 5KX5 B; 4WBN A; 1FKA O; 4WFA V; 2A06 H; 1J5E O; 2ZM6 O; 2QR4 A; 2LGQ A; 2DJV A; 2YSU B; 5LHI A; 2OIE A; 1N0N A; 1ZLZ A; 5IYD O; 1NR7 A; 3SGI A; 3ETQ A; 1EFR G; 2ETN A; 2DQ0 A; 2Q0O C; 3OE7 G; 1GN4 A; 5CB4 B; 1VF6 A; 1H2N A; 1YJ9 V; 2A3Q A; 3SYQ A; 1BZK A; 1RM1 C; 1OCZ C; 5H2F Z; 1FXK B; 2EZP A; 2B9Z A; 3RGB A; 1IBM B; 4JTD B; 3CJH B; 3T1Y B; 3WB0 A; 3ZRW A; 2HKO A; 3FAV B; 3GVM A; 4JGS A; 1BQZ A; 4MTX A; 3ETE A; 1OHH G; 1WPB A; 1MZE A; 4JI3 B; 1S76 D; 4JI2 B; 3P30 A; 2P22 C; 4O4L A; 3N2K A; 2ATK C; 4GUN A; 2WLK A; 1BT8 A; 4JTA B; 2R9A A; 4GCZ A; 4EFE A; 2BTO A; 3RYH B; 2KKW A; 5JJJ B; 5FNV A; 1KD1 W; 2QKS A; 4ZIB A; 2K1E A; 1T5E A; 3E83 A; 1K8A W; 1W0J G; 2QTS A; 2CTW A; 1SQP H; 4IGG A; 1R1B A; 1SF9 A; 3ZN0 A; 5C8Y B; 2EIL B; 3DGE A; 3CC7 V; 2X7R B; 3ASO B; 4GT1 A; 3RW0 A; 3JAR A; 4IHJ B; 3J81 N; 4I0X A; 3TET A; 3CRQ A; 1OCR B; 4HYO A; 5L3C A; 1VAR A; 3D3I A; 5KHH A; 4JI0 O; 2AZ2 A; 2ITC C; 1AI6 A; 3P3N A; 3ZRS A; 3HKC B; 1Q90 D; 2Y69 C; 1NQT A; 1XEQ A; 4GYC B; 3ZMZ A; 1YI2 V; 1ZL8 B; 1FFT B; 5IY5 C; 1GAX A; 4LF9 B; 4RQE A; 3L74 H; 4TUY B; 3CC4 V; 3GWK C; 1B06 A; 1SS3 A; 4XDL A; 2X6B A; 2CH7 A; 4LWS B; 4Q20 A; 4JI7 B; 4O2B A; 1PM9 A; 3K3W A; 3E22 B; 1J95 A; 3RWR D; 3ZHQ A; 3AG3 C; 1N36 B; 3BA8 A; 4OPH A; 3K03 A; 1IBL B; 2QWN B; 1FAF A; 4YJ3 A; 1A32 A; 2YUA A; 3IFX A; 3CMA V; 2JK5 C; 3OTO O; 2OWO A; 1QNM A; 2DYR B; 2L6L A; 2RJZ A; 4DV5 O; 1N4C A; 5B66 Z; 4MS2 A; 2DW4 A; 2E5L O; 1FFX A; 1PPJ H; 3SPC A; 2EX3 A; 2IH3 C; 2XTA A; 3JAS A; 3H1L H; 4GX1 A; 1IZ3 A; 4J7K A; 4H33 A; 3A8T A; 3N2G B; 3L73 H; 3JAK B; 1HP8 A; 1M57 C; 2WSS G; 2UXB B; 4X66 B; 2CUG A; 4D7S A; 5DM6 V; 1K92 A; 1UJW B; 1G6U A; 1P4R A; 5LHH A; 1QVG U; 4DR5 O; 5EC2 C; 4JI6 O; 2NLJ C; 4EB6 B; 1NVP D; 4PDM A; 5LL6 Y; 2VQE B; 4NTW A; 1NR1 A; 2RDC A; 3H1H H; 2XND G; 5J2T B; 4U3J A; 1QLN A; 2CGN A; 5E1A C; 2IU3 A; 1EBO A; 4UCT A; 4TSF G; 2AHY A; 3KG2 A; 4UV8 A; 4MW8 A; 3OR7 C; 4U7O A; 4KHP O; 1HNX O; 1EZJ A; 1MAB G; 1H8E G; 4KFM A; 3T4D A; 3D8C A; 1K5S A; 2PI5 A; 1WJZ A; 1WP7 A; 2JEX A; 2XAG A; 3K0G A; 1Y4M A; 1DLB A; 2WLL A; 4B3M O; 5E79 Z; 4X65 B; 5J2U A; 1F4M A; 4CBC A; 4DR6 B; 1KBH A; 4JI4 O; 2E76 B; 1N8R W; 3CRM A; 3BRC A; 4LF5 B; 1EM1 A; 3T2M A; 4R8C A; 3WB1 A; 2PI4 A; 4DXW A; 3ZRW B; 4DR1 O; 4I9W A; 3VQW A; 2Q7E A; 3FYI B; 3QNE A; 1BL8 A; 2ZR2 A; 3JAT A; 4PA3 A; 3N2K B; 3BVO A; 4JZ2 A; 1YIT V; 1AI4 A; 3CRA A; 4J80 A; 1YEW A; 3LDC A; 2QM7 A; 5CBG A; 5JCO C; 2YXH A; 4DV7 O; 4B7E A; 4LFB O; 1FS0 G; 1ARO P; 5KX5 A; 2EIM B; 5FNV B; 5FPR A; 4DR7 B; 1XRE A; 1QU7 A; 4B3T B; 4PD4 F; 1R3K C; 2W6I G; 2WA4 A; 4IIJ B; 5LMU B; 1KEC A; 1S0V A; 4X1K A; 3CCJ V; 3ZX6 A; 5B1A B; 1QCE A; 4P9P A; 3D36 C; 2EIK C; 1KU9 A; 2R72 A; 3SJB C; 4Z1V A; 1NT2 B; 3DC6 A; 2Q4P A; 3LSS A; 2PY5 A; 4I0X B; 1YHQ V; 4X20 B; 5CB4 A; 3SJC C; 1GN6 A; 2BE3 A; 2X6A A; 4LH7 A; 3ABT A; 1MZF A; 4IL6 Z; 2YID A; 2UUC O; 4JYY A; 5LGT A; 1AB3 A; 3ABM C; 3CJH A; 4IYH A; 2MW2 B; 3ZHT A; 3OW2 U; 2H94 A; 4IYI A; 4NXN O; 2OCC C; 3E86 A; 1GH6 A; 3OEH G; 3CME V; 1XOU A; 4JPR A; 4K8Z A; 4GKK O; 1J5E B; 2ZM6 B; 3QF7 A; 3J80 N; 2CH7 B; 3M99 B; 2FYU H; 3K5O A; 4O2B B; 2AXT Z; 5D5P A; 1G8M A; 1R3L C; 4JI1 O; 2UU9 O; 2E74 B; 1I94 O; 4YJ3 B; 4BWA A; 3ASO C; 3JYC A; 1IX9 A; 3FB6 C; 1DF4 A; 1XI1 A; 5IJ0 A; 1D5A A; 4PV1 B; 3M8A A; 3H9V A; 2IU0 A; 2DE0 X; 3FB7 C; 1YCI A; 1BCC H; 1FFX B; 5KUM A; 5GTI Z; 4QJF B; 2M7W A; 2ZE7 A; 1XNQ B; 5CMU A; 3U10 A; 4NYK A; 3HKC A; 3CCR V; 3IC7 A; 4I55 B; 1OJH A; 2X6C A; 1L8D A; 1SER A; 1OCO C; 3VQY A; 4K0K O; 5IT9 N; 1GMG A; 1VMG A; 4FLV A; 3VBB A; 3L72 H; 4I5S A; 3SPG A; 3IGA C; 1N34 O; 2N74 A; 2A0L A; 4BW5 A; 3LNN A; 5L3F A; 2E3C A; 4BIU A; 3ZED A; 2YEV B; 1RPR A; 4LWS A; 2H3O A; 4K3A A; 1KKD A; 3E22 A; 4F6E A; 3O65 A; 3H1J H; 4UVB A; 5B1O A; 1Q43 A; 3RT3 C; 1R3I C; 4PI2 A; 1VF7 A; 2H8P C; 4R7C A; 5B3S C; 1SQX H; 4O4J A; 1B04 A; 3CCS V; 1TGO A; 2OCH A; 1W0K G; 4AI8 A; 3DXR A; 3BPZ A; 3MHS C; 3HR0 A; 3E8H A; 3M7M X; 1KP2 A; 3VQV A; 2ITD C; 4LF8 O; 1L0N H; 4RUF A; 1H2S B; 1HDJ A; 1KC8 W; 3ZMS A; 4YXW G; 3CWB H; 1AJP A; 1NI8 A; 1VQ6 V; 3N2G A; 1Q82 W; 2QWQ B; 4DR2 O; 2A79 B; 4TQD A; 5J2U B; 1PKX A; 4QE9 A; 3ZHS A; 3A2F A; 4NXM O; 4JV5 O; 2UXD O; 4D6T H; 1QBZ A; 1W2B U; 2ZDI A; 1COW G; 2IJH A; 3LDD A; 2YIB A; 1R73 A; 5JQG B; 1GTO A; 3CCM V; 1WNS A; 3JD2 A; 3SPI A; 4EB6 A; 1NTM H; 3E2E A; 1GRJ A; 3RBZ A; 1LUW A; 3QO8 A; 2LO1 A; 3PN1 A; 4DV5 B; 3WFV A; 2BSK A; 2E5L B; 4B3S O; 4B3R B; 3JAT B; 1S5J A; 5J2T A; 5JVD A; 4DV4 O; 4TV9 B; 1VF5 B; 5CBH A; 4X64 O; 3AK1 A; 5DEC A; 1H2K A; 1BHA A; 4QPK A; 3UO2 A; 5H6Q A; 4DV6 O; 2ADQ B; 3SPH A; 2WAM A; 2WLH A; 3ZBH A; 1VF6 C; 4LF7 O; 3CRR A; 2QKA A; 5LP6 A; 3F5T A; 4X1K B; 4ZBM A; 3H1I H; 4DR5 B; 1PD3 A; 1PL0 A; 2YIA A; 3U0Z A; 4FLZ A; 1N0J A; 2HJD A; 2IJK A; 4DV2 O; 1YIJ V; 3C3T A; 3AK2 A; 3ZRX A; 2HLD G; 4A5U B; 5EZY B; 1NVP B; 2PZS A; 1TVK A; 2VQF O; 1THZ A; 4QPJ A; 1G4Y B; 3OMA B; 2L35 A; 3TCU A; 3CXC U; 2UUB B; 1WP8 A; 1Y76 A; 1UFI A; 2OTL V; 1N33 O; 1QHT A; 1XMO O; 5JJE B; 4KHP B; 1HNX B; 4X1I B; 3ETG A; 1SQV H; 4B7K A; 2AW9 A; 4WFF A; 2GTA A; 1RSO B; 4TQF A; 4MSW C; 1CP9 A; 1WA8 A; 1WB8 A; 2VWK A; 3SYC A; 4BAY A; 4CS2 A; 5B1A C; 4UB6 Z; 2ZE6 A; 3CB2 A; 2HHH O; 4B3M B; 1SRY A; 3JSL A; 3P32 A; 5B1B C; 3ICX A; 5FL7 G; 5IJ9 B; 4IIJ A; 2XAH A; 5IJ0 B; 2Q5Z A; 3MD0 A; 4OX9 O; 5CA0 B; 3E8F A; 4LFA O; 2BTQ B; 2ZE8 A; 4I9Q A; 1B6Q A; 3T1C A; 5BR8 O; 3F7V C; 2QWR B; 2WLN A; 5EC1 C; 4X20 A; 4DR1 B; 2P4K A; 3I5D A; 2R9R B; 3WG7 C; 3EHB B; 1UPG A; 3IJ4 A; 1Q6I A; 2R70 A; 1E1R G; 4N21 A; 1IBK O; 2UUA O; 4U3F H; 2M6Y A; 4X62 O; 4ABM A; 3WU2 Z; 2JJ2 G; 4DUZ B; 3LSU A; 4H0L B; 3L9D A; 4DV7 B; 2YS8 A; 4LFB B; 4FLT A; 4K8X A; 2EIJ C; 2F4V O; 5AG2 A; 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