The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
39
|
sequence length |
84
|
structure length |
84
|
Chain Sequence |
QMDTEEVREFVGHLERFKELLREEVNSLSNHFHNLESWRDARRDKFSEVLDNLKSTFNEFDEAAQEQIAWLKERIRVLEEDYLE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of Hypothetical Protein HP0062 (O24902_HELPY) from Helicobacter pylori at 1.65 A Resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Unknown function
|
| source organism |
Helicobacter pylori
|
| molecule keywords |
Putative uncharacterized protein
|
| total genus |
39
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| structure length |
84
|
| sequence length |
84
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-01-20 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | HP0062-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3FX7 A; 4W4K A; 4J7J A; 4J11 A; 4J10 A; 2GTS A; 4W4L A; 4J41 A; 4J42 A; 4IYH A; 4KXR A; 4IYI A; 4J7K A; 2G38 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4WF9 V; 4B3M B; 3QG5 A; 4LFA O; 3ZMT A; 5EZY B; 1PV0 A; 3RBZ A; 5L3D A; 3RYC A; 4EFE A; 4DV2 O; 3AG4 B; 3OE7 G; 3OMI B; 2AZ0 A; 2RCV A; 2PI5 A; 2UUA B; 1ZSP A; 5FNV B; 3ZRV A; 1K9M W; 4I55 A; 4LBE C; 3F5W C; 1F7Y A; 3APQ A; 3K5L A; 1BHA A; 1Z5V A; 4X1I B; 1WAZ A; 4PDV A; 3L71 H; 1JFF B; 1S72 V; 3L70 H; 4DV4 B; 1NTZ H; 3CWB H; 1BCC H; 2AXT Z; 4UB8 Z; 4DYL A; 5LMN O; 4MVR A; 4JF3 A; 2F23 A; 5LGU A; 2VQF B; 4MVM A; 1F4N A; 4FLT A; 3M99 B; 2Q7E A; 2XT9 A; 1OV9 A; 2A9H A; 3SYO A; 3CC2 V; 2P6J A; 5H6Q A; 4I7Z B; 4F6R B; 2HFE C; 5B3S B; 2ZM6 O; 5K1P A; 3RVY A; 3X2Q B; 1VF5 B; 1MSW D; 2G38 A; 4EB6 A; 1GO3 F; 4JI1 O; 5EC1 C; 1K5S A; 5KHG A; 4H0L B; 3BA9 A; 5D5P A; 2DQ3 A; 4JGS A; 3HKB A; 3E2E A; 3OEH G; 4GZR B; 4OPH A; 3GWO A; 3RWR D; 4CC5 A; 1LR1 A; 2EIM B; 1H8H G; 2DQ0 A; 2PF4 E; 1GN6 A; 3ZN1 A; 4NR1 A; 5J2U B; 3LSU A; 1YXB A; 1RSO A; 2ZM6 B; 3G67 A; 3TGU H; 3C3S A; 4W4L A; 4C7U A; 4HAM A; 3PJS K; 2Q4P A; 3E86 A; 1VAR A; 1KUQ A; 2Y69 B; 3FKS G; 2Z0A A; 3G6E V; 1SQQ H; 1PKX A; 3AG3 C; 1RFY A; 4BIZ A; 3A0R A; 4K8Z A; 5KX5 B; 3ZMS A; 4CH4 A; 1AVM A; 1HWY A; 4MVS A; 5EBW C; 2ZR2 A; 2BTQ A; 2BOB C; 3H1L H; 3J81 N; 2OT5 A; 1FFX B; 3LDE A; 1R3L C; 1Y67 A; 3CC7 V; 1HNZ B; 4P9P A; 1H2K A; 1MOF A; 2K9P A; 4IIJ B; 5DN6 G; 3N2K A; 1TAE A; 2UUB O; 1GKF A; 1V55 C; 3FX7 A; 4J9Y B; 1N36 B; 4LF7 O; 1IUR A; 4UVA A; 1VQ9 V; 4B3T O; 1YJ9 V; 2QSA A; 3HKC A; 3DC5 A; 2LFS A; 4TOI A; 1XL6 A; 1N34 B; 3SYA A; 3E22 B; 3BCC H; 2XHB A; 4ASU G; 1IZ3 A; 3L73 H; 4DR4 O; 1KU9 A; 5FPR A; 1FXK C; 4X20 A; 4IT5 A; 1XIL A; 1DLB A; 2ILM A; 4G27 B; 2Q73 A; 3FB6 C; 1W0J G; 1Q81 W; 1BT8 A; 4LF7 B; 4PDR A; 2V4D A; 3BY6 A; 5EIB C; 1L8D A; 2L6L A; 2V7Q G; 2LW1 A; 4UCO A; 2JGD A; 3Q4H B; 1V9P A; 4HNA A; 4X64 O; 3QNE A; 2IJJ A; 3SJB C; 1B6Q A; 1NVP D; 4DR4 B; 1JX9 A; 3T1H O; 2Y4T A; 3AK2 A; 4LFC O; 2ZNJ A; 1THZ A; 4K0K B; 3OTO O; 1PNK A; 2HP8 A; 4PEL A; 3M8A A; 1BSM A; 4P30 A; 1VF6 A; 3MHH C; 3G71 V; 4IHJ A; 4DV0 O; 3AG2 B; 4RO2 A; 2R9A A; 5HFM A; 4I0X B; 1R1B A; 2YXH A; 3K5N A; 4ZI7 B; 3AK3 A; 3CCE V; 3JD4 A; 3O65 A; 5LHG A; 4X64 B; 1SES A; 1QR9 A; 4IGG A; 2ZD9 A; 3JD0 A; 1FPO A; 1HR0 O; 3WG7 B; 4LFC B; 3RT3 C; 2QWQ B; 4ZHQ A; 5L3B A; 4GLX A; 2PTM A; 2VQE B; 4WFF A; 4DW1 A; 5ITZ B; 4TV9 B; 3ZED A; 2KG7 B; 4RUF A; 1AP6 A; 1NQT A; 2ZE7 A; 4O4H B; 1MZF A; 3S3W A; 1IBL O; 4U7N A; 3CXH F; 5CA1 B; 4DR6 O; 5IT9 N; 3D36 A; 4FVM A; 4GYC B; 4QE9 A; 3JCU Z; 5KUK A; 1VQK V; 2OCH A; 2DOS A; 3ASN B; 2CTR A; 1E1Q G; 4O4I A; 1WA8 A; 1VQ4 V; 2QJ1 A; 3VQV A; 1JCH A; 2Y48 A; 1KD1 W; 4JZG A; 4JI3 O; 3STZ C; 3OUS A; 3L72 H; 3SPG A; 4FIP C; 4KUM A; 3ETD A; 5B1N A; 2EIN B; 4L8J A; 2QKS A; 1SA0 A; 1HNX B; 1I08 A; 1IBL B; 2KSD A; 1AJQ A; 2WAM A; 1YHQ V; 2FL4 A; 1LNQ A; 4WFA V; 5IYZ B; 5CBG A; 4DR2 B; 4JYB A; 2OTL V; 2LGQ A; 3CRQ A; 4J9Z B; 1QHT A; 1GMG A; 2EIL B; 2QGN A; 4X1K A; 3ZRS A; 3ETQ A; 5IJ9 A; 1BQ0 A; 2LP7 A; 1F51 A; 3ETE A; 3C90 A; 4AHC A; 2M7W A; 2IJH A; 1XMO O; 2WLI A; 4FLX A; 2FYU H; 1IXM A; 3HKE A; 2DWD C; 1N32 O; 5JH7 B; 1DF4 A; 2EBO A; 5GON A; 4DW0 A; 5B1O A; 3ZHS A; 4J42 A; 2JS5 A; 2XUM A; 2Q69 A; 4CZZ A; 2NLJ C; 4LF9 O; 4TUY B; 2OIG A; 2ETN A; 1XEQ A; 1QLE B; 2O57 A; 3ABK B; 4U3J B; 2DYR C; 4MVQ A; 3B8N A; 2IU0 A; 4FFB A; 5JCO C; 3H01 A; 5D5Q A; 4DRX B; 4GX0 A; 5BZB A; 2JDI G; 1K34 A; 3K0G A; 5IYB O; 2VS0 A; 1TVK B; 2WLJ A; 1S5L Z; 4R8C A; 3S3X A; 3UT5 B; 1URF A; 2CH7 A; 4HYO A; 1KKD A; 1HNW B; 2OCC C; 5LA6 B; 3CD6 V; 4QNH B; 3W7U A; 3TXQ A; 2ZR3 A; 5C93 A; 3FAV B; 2YEV B; 2ZNI A; 1DGS A; 4GCZ A; 3PN1 A; 3ABM B; 4IL6 Z; 2NR5 A; 4WFE A; 2HHH B; 4I9Q A; 2A3Q A; 2ITC C; 4KP4 A; 1CEZ A; 2BTO A; 2ZXW B; 1H38 A; 4TQF A; 2EIJ C; 1R3K C; 4X66 B; 3B4S A; 3ASO B; 3FD9 A; 3H9V A; 1EFR G; 1XQ8 A; 4WBN B; 2PI4 A; 3CCQ V; 3HPL C; 4JI6 O; 1ZL8 B; 3D36 C; 4JV5 O; 1D5N A; 5A9G A; 4YY3 B; 2ZE6 A; 3CC4 V; 4X1Y A; 1RP3 B; 1GM7 A; 3QO5 A; 4PA7 A; 2XAJ A; 3CCU V; 2PZS A; 3FFQ A; 5IJ0 A; 4UCS A; 1OCZ B; 1VEW A; 2GTS A; 5LHH A; 5IY5 B; 3NXS A; 4JYC A; 5L3G A; 2Q8V A; 3ZHR A; 1AR4 A; 1US6 A; 3BAA A; 3ZX6 A; 2EX3 A; 1GN3 A; 3RYC B; 2DYS B; 3OD4 A; 3G80 A; 4OX9 O; 1RPO A; 4G28 B; 1IBM O; 4JV5 B; 4L87 A; 3KCX A; 5GTI Z; 5FLX N; 4I55 B; 1SET A; 4CS4 A; 1MZE A; 1Q5O A; 3AG1 C; 1XMQ B; 4DR5 O; 3JAK A; 4DR3 O; 4U3F H; 4B3S B; 1FKA O; 3ZRW A; 4J7K A; 4DV6 O; 2EZP A; 5B66 Z; 3E8G A; 1D5A A; 5A2Q N; 1FJG O; 3G4S V; 4X88 A; 3OR6 C; 3CE2 A; 4LC1 A; 3K9S A; 1L1F A; 1IDS A; 4Q6G A; 3IJ4 A; 5E1A C; 1IBM B; 5JQG A; 2HVK C; 5H9C A; 2VWK A; 5LGN A; 1R73 A; 2H8P C; 1KEC A; 2CK3 G; 2P67 A; 5L3E A; 1SRY A; 3CRA A; 4O4J A; 5LP6 C; 2UU9 B; 3SGI A; 4FLU A; 2QKA A; 3WFV A; 1Y76 A; 1KQS U; 3SYQ A; 1Q6H A; 1GK9 A; 4E4E A; 1S0V A; 4DV7 O; 4ABM A; 3IAY A; 1WJZ A; 3RW0 A; 4YJ3 A; 1K3E A; 4JI0 O; 1EZJ A; 3HKB B; 1FJG B; 4MW8 A; 1VQ7 V; 3SPJ A; 1J5E O; 1AJP A; 4YIP A; 2Z3Y A; 3CRR A; 3T1C A; 3FYE B; 2MW2 B; 1OCR B; 3SPC A; 4I4T A; 4IYI A; 4UVB A; 2ZIO A; 2PY5 A; 3F7Y C; 1RSO B; 1K4D C; 2X6C A; 1L0L H; 4PI2 A; 1W2B U; 1LUW A; 4UCV A; 5C8Y A; 5L3C A; 1QCE A; 3K57 A; 2ADP A; 5LYJ A; 1RM1 B; 3QVN A; 2LGW A; 1QBZ A; 1GM9 A; 5H5N A; 1OCC B; 4TT3 G; 1FXK A; 4JAS A; 3ML0 A; 1VQ6 V; 3JAR A; 1J5E B; 1BL8 A; 4KHP B; 4QGP A; 4D6T H; 1RPR A; 1NI8 A; 4NTW A; 2BTQ B; 1OCO B; 1M4U A; 3LSQ A; 4LF5 O; 5IWA O; 4JI5 O; 2V1D A; 1N0J A; 3JCZ A; 1W59 A; 4FJC C; 5BR8 B; 3W7S A; 1U96 A; 3K5M A; 5GW7 A; 4B7K A; 1VQ8 V; 3N2K B; 3IC7 A; 4FZ0 A; 3K06 A; 5IYC O; 3ZHQ A; 1K7D A; 1S77 D; 1AJN A; 4HZ3 A; 3SDL A; 5LHI A; 2ZIN A; 5CN0 A; 1NH2 D; 2JS3 A; 1FXH A; 3HKC B; 4LFA B; 1E1R G; 1MMM A; 4GT1 A; 2DJV A; 4FLZ A; 5JJN B; 4DV2 B; 2EIK B; 3K5O A; 1VQ5 V; 4PA3 A; 2A0L A; 1G8M A; 4LF5 B; 1NTK H; 5IWA B; 4X20 B; 2ODM A; 2IW5 A; 4DK0 A; 4ZIB A; 4JI2 O; 3N2G A; 1O9H A; 3E89 A; 2F43 G; 4MTG A; 2RN9 A; 3GB7 C; 4TSF G; 1B04 A; 5LMN B; 2JGD B; 1MA1 A; 1R6K A; 1KYO F; 1K4C C; 4QIW F; 5B1A C; 4HNA B; 5KA5 A; 1T5E A; 2RNB A; 1J95 A; 3A0B Z; 5K1X A; 1YEW A; 3BPZ A; 4PI0 A; 4PA9 A; 2KQX A; 4YIO A; 1YIJ V; 1AIL A; 4HBN A; 3J7A U; 2XAF A; 1CXZ B; 4GX1 A; 4JTA B; 3FYI B; 3DXR A; 3SJQ C; 3A2F A; 3K58 A; 2W6I G; 4JI2 B; 1OZ0 A; 5LMU O; 1YIT V; 4JI1 B; 2W6J G; 5CBF A; 3ABU A; 1YCI A; 4XDK A; 3ZHU A; 5LXT A; 4UV9 A; 1H2S B; 2F4V O; 2UXX A; 1Q43 A; 4RQE A; 4CS3 A; 3D3I A; 4ZHQ B; 1R3J C; 5LMU B; 2N04 A; 3WU2 Z; 4JAA A; 4D7T A; 1BS3 A; 1XBL A; 5F2V O; 1K8A W; 4RUE A; 3CRM A; 1JJO A; 3DC6 A; 1PM9 A; 4OXS A; 3SJC C; 3SYC A; 1KMI Z; 4U7O A; 2E76 B; 1N0N A; 4O2A A; 1P49 A; 2E5L O; 2UUC O; 4O4I B; 5KMG A; 3OEE G; 4DUY O; 1G1X B; 1WA8 B; 1KB9 F; 1WN7 A; 2QA4 V; 2F4V B; 4BIU A; 2LQT A; 4XDJ A; 4YHH O; 4EEQ A; 5AG2 A; 2B1G A; 5DM6 V; 1I5Y A; 3E35 A; 3NR7 A; 4H33 A; 3JAL A; 2UUB B; 2IJI A; 5CB4 B; 3H1K H; 4UFZ A; 1V54 C; 1Q6I A; 1SA0 B; 1OHH G; 1ZUQ A; 4YJ2 A; 5J2T A; 3OMA B; 4B3T B; 3K08 A; 4WCE V; 4X62 O; 1IX9 A; 1N4C A; 5JCO A; 3AG1 B; 4X1K B; 4GKK O; 3BVO A; 5EBM C; 5IJ9 B; 2UXB O; 1VF7 A; 4YHH B; 3D8C A; 3VQW A; 1K97 A; 2WLI B; 4KL1 A; 2IM9 A; 4X89 A; 2W0X A; 3HKE B; 1EN4 A; 4I50 A; 1S76 D; 4BW9 A; 3THO A; 5GON B; 1M1K W; 4K3A A; 3BFR A; 1P7G A; 3CYO A; 1SQX H; 3RYF A; 2P5O A; 1WB8 A; 2WLK A; 3RYI A; 4R6Z A; 2Y0I A; 2YI8 A; 5B1B B; 1BMF G; 1XDC A; 3RYH A; 3ZJZ A; 4I5S A; 1M57 B; 2D2C B; 1YF2 A; 3T1H B; 4QJF B; 5BY1 A; 3H1H H; 2EJ7 A; 1M56 B; 3LNN A; 1N33 O; 4DUZ O; 1IXB A; 2QE7 G; 3QO7 A; 4FFB B; 3ABL B; 3OTO B; 4JTC B; 1N8R W; 1B3Q A; 1BZK A; 2GHY A; 4LF4 O; 2F1M A; 2YI9 A; 2YXL A; 3CCR V; 4DV0 B; 2A79 B; 2CH7 B; 3AK1 A; 4Z1M G; 2JK5 C; 1AR5 A; 1AI7 A; 3JSL A; 1GM8 A; 4LWS A; 4JI8 O; 2XAQ A; 1EZV H; 2R72 A; 4J7J A; 1HR0 B; 1NZ6 A; 3JAT A; 4N21 A; 2GBO A; 4DUZ B; 1N33 B; 3LSS A; 1AP5 A; 4LF6 O; 1GN2 A; 1VQP V; 1BGY H; 4MTO A; 4ZBM A; 2XTA A; 4Q20 A; 3OFN G; 4LF4 B; 3JAM N; 2XAG A; 4DR6 B; 1NVP B; 1DF5 A; 1YJW V; 1SC5 B; 4JYY A; 1ZX3 A; 5KHK A; 2LFR A; 1F23 A; 1EM1 A; 3R65 A; 3OW2 U; 1SF9 A; 1QVG U; 4LFB O; 3AG4 C; 3I56 V; 3FB8 C; 4F4L A; 4JI3 B; 1IBK O; 2ADQ B; 5HFL A; 4LF6 B; 5KHH A; 1AR1 B; 4X1Y B; 5BMV B; 1YTF B; 4H13 B; 2LJ2 A; 3ZN0 A; 1KC8 W; 4AQY O; 5IJ0 B; 3HKD A; 3UKM A; 4BR6 A; 1Q6U A; 1WP7 A; 5LP6 A; 4PJ0 Z; 3RVZ A; 4QPJ A; 3CCL V; 1M5I A; 3QTC A; 3UO2 A; 4NB5 A; 5TIS Z; 3EHB B; 1XMO B; 2YIC A; 1IBK B; 5B3S C; 1PD3 A; 3UCS C; 3CS5 A; 2RJZ A; 3F5T A; 3CCV V; 1ZAU A; 2YS8 A; 3JAK B; 2QWR B; 4LR3 A; 3X2Q C; 1N32 B; 4JI4 O; 3ZRW B; 3OT7 A; 4AQY B; 3OMN B; 2B1I A; 2UXD O; 3OAA G; 4DV1 O; 1O9G A; 1M90 W; 5JWP A; 5KA6 A; 4DV3 O; 4LF9 B; 4RWU A; 2IH1 C; 2AHZ A; 2EIM C; 1JA8 A; 2ZE5 A; 4R50 A; 5ITZ A; 4QPK A; 4JI7 O; 5JQG B; 4RAI A; 2GTA A; 3JAS A; 3B40 A; 2X0L A; 2JRI A; 3CSX A; 4O4J B; 4CH3 A; 1NS1 A; 3M7M X; 2NNU A; 3AG3 B; 1GRJ A; 4PV1 B; 1Y76 B; 3IC9 A; 1VQM V; 1YI2 V; 3B2E E; 2HEP A; 1KBH A; 1JQ0 A; 3SYP A; 4FLY A; 1S5H C; 4R7C A; 4YJ3 B; 3AG7 A; 2Y69 C; 3CRC A; 2OTJ V; 5FL7 G; 4DXW A; 1XI1 A; 2XAS A; 4BWA A; 2YID A; 1V55 B; 1G4Y B; 2M6Y A; 4CBC A; 4I4T B; 4JI7 B; 1PP9 H; 1ZTE A; 2WLH A; 3JSN A; 2Q9L A; 4JZ2 A; 2YUA A; 4Z2W A; 3VQX A; 3JYC A; 3AEI A; 1EBO A; 1SQF A; 1FFT B; 1G6U A; 5C8Y B; 4CC6 A; 5LYJ B; 2AHY A; 1Y74 A; 2YC0 A; 2F95 B; 1M9N A; 2YXY A; 3K0D A; 3OM3 B; 4NXM O; 1FXK B; 3JAR B; 2ARH A; 2JIZ G; 4LNU A; 1TA8 A; 1H8E G; 4FM0 A; 4PA4 A; 4JI6 B; 3OGC C; 3BAB A; 2PUS A; 1FYJ A; 3U10 A; 3ICX A; 2F93 B; 4RQF A; 4MW3 A; 1QNM A; 1XUQ A; 2Q67 A; 4TV8 A; 2A06 H; 3U11 A; 2P06 A; 5KLV H; 3C3T A; 4X65 O; 4FMT A; 4DO2 A; 4NXM B; 1W0K G; 5EYP A; 2QEX V; 4YXW G; 3CME V; 2DE0 X; 2ITD C; 4NVP A; 4BAY A; 4IYH A; 3I5D A; 5EK0 A; 3BHP A; 5LL6 Y; 4OX9 B; 4LH7 A; 4LF8 O; 4AI8 A; 3SR2 C; 4I9W A; 4UCU A; 3KG2 A; 3JD1 A; 4PDM A; 1XRE A; 4LH6 A; 1NJI W; 3BEH A; 4DR5 B; 4DR3 B; 1XNQ O; 4EB6 B; 3N2G B; 4GKJ O; 4DV6 B; 3B09 A; 3JD2 A; 4O2B A; 2IH3 C; 1NR7 A; 4CH5 A; 3AG2 C; 4A5U B; 3ZMZ A; 5IYD O; 2Q0O C; 2JVD A; 2FML A; 2XOK G; 1SQP H; 2YSU B; 2HVJ C; 4X9Q A; 3N27 A; 3H1J H; 2QM7 A; 1MSD A; 4MVO A; 3WG7 C; 1SQB H; 3L74 H; 3DXR B; 3QF7 A; 3IGA C; 3E8H A; 2P4V A; 4DV7 B; 2CE4 A; 2Y4U A; 2UUA O; 4JI0 B; 3STL C; 3W7X A; 1JR9 A; 1Y66 A; 2A7W A; 5LXT B; 3ASN C; 4FK5 C; 1YVW A; 2ZDI C; 5LOV A; 1Q90 D; 1H2L A; 4DV4 O; 3BRC A; 4TQD A; 2QTO A; 3OR7 C; 1QVF U; 1X4T A; 2VQF O; 3HB3 B; 3EXA A; 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