The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
|
sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
33
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| structure length |
87
|
| sequence length |
87
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI3 O; 4LF8 O; 4JI0 O; 1HNX O; 2ZKO A; 1IBL O; 2UXD O; 4X62 O; 4OPH A; 1AIL A; 4JI7 O; 1R6T A; 1A32 A; 4DR2 O; 1R1B A; 4DUY O; 4JYA O; 2LW7 A; 2N74 A; 3J7A U; 1XNQ O; 1N34 O; 4LFA O; 2UXB O; 4JI4 O; 2DJV A; 2UU9 O; 4GKJ O; 4DV1 O; 4YY3 O; 3OTO O; 4DV5 O; 4DR1 O; 1D2D A; 2JRI A; 3R66 A; 1HNZ O; 4B3R O; 5IWA O; 1NS1 A; 1FJG O; 3J81 N; 1N36 O; 2FKX A; 4A5U B; 4JI1 O; 1HNW O; 1AB3 A; 4YHH O; 4JI2 O; 2UXC O; 4B3S O; 4X66 O; 4DUZ O; 5H5N A; 4X64 O; 5FLX N; 2HHH O; 2Z0A A; 2ZM6 O; 2VQE O; 1XMO O; 1FYJ A; 5IT9 N; 4DV6 O; 4DR4 O; 5A2Q N; 2UUA O; 5LMU O; 1I94 O; 1FKA O; 4JI8 O; 3SDL A; 3JAM N; 2UUB O; 4NXN O; 4DR6 O; 5LL6 Y; 5BXZ A; 4DR7 O; 1HR0 O; 4LF6 O; 3F5T A; 2DOS A; 4X65 O; 2UUC O; 4JI6 O; 4LFC O; 1X59 A; 4LF5 O; 4JV5 O; 4KHP O; 1YZB A; 3RT3 C; 5BY1 A; 4DR3 O; 3T1H O; 4K0K O; 3T1Y O; 4LF4 O; 1G1X B; 4DV4 O; 1J5E O; 1IBK O; 5LMN O; 5BR8 O; 4DV7 O; 4DV2 O; 4B3T O; 4B3M O; 4LF9 O; 4DV0 O; 4OX9 O; 1XNR O; 1IBM O; 4AQY O; 1XMQ O; 2E5L O; 4LF7 O; 1N32 O; 3M8A A; 1KUQ A; 3J80 N; 2VQF O; 2F4V O; 4GKK O; 1N33 O; 4DV3 O; 4NXM O; 1F7Y A; 4LFB O; 1XEQ A; 4JI5 O; 3O65 A; 4OPA A; 4DR5 O; 1DK1 A; 2AGA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1JJ2 U; 1HNX O; 1E79 G; 2IBZ H; 1K97 A; 4I9Q A; 4ZI7 A; 4MT8 A; 2EJ7 A; 2IW5 A; 2L6L A; 4EEQ A; 4DV0 B; 3CXH F; 4DW1 A; 3GB7 C; 1FFT B; 1R3J C; 2KB1 A; 2LFR A; 3VOU A; 5FL7 G; 1P7B A; 3CCM V; 1DGS A; 2JJ1 G; 4JYY A; 2Z3Y A; 1MOF A; 4FLY A; 3VQV A; 3B77 A; 1SQP H; 4R7C A; 3FAV B; 3ZMU A; 5KA6 A; 1PNM A; 5CB4 B; 2Q0O C; 1XL6 A; 2Q4P A; 4DV5 B; 1NVP B; 4RWU A; 1AI4 A; 5LP6 C; 3ETQ A; 5LYJ B; 4FLW A; 3KCY A; 1KKD A; 5BXZ A; 4I50 B; 5B1A B; 4JTC B; 3SJB C; 3O9O A; 4JI6 O; 5EBW C; 3LSQ A; 4U3J B; 4CS3 A; 5LXT A; 3JAR A; 2V4D A; 1O9G A; 1W0J G; 4FJC C; 4IIJ B; 3OTO B; 3CCL V; 4QGP A; 3L71 H; 3OUF A; 2AW9 A; 2F1M A; 4X8A A; 1AJQ A; 5KHJ A; 2YI8 A; 5ITZ A; 2QWP B; 3K79 A; 1K4C C; 3THO A; 3AK1 A; 1RSO B; 3JD4 A; 3CCR V; 4UCT A; 2FYU H; 4PI2 A; 1SRY A; 4H33 A; 4J7J A; 3PJS K; 3WB0 A; 3AG3 C; 3T2M A; 5FNV A; 4IYI A; 4NTX A; 2EIL B; 3ZMV A; 3OW2 U; 4ABM A; 3E8H A; 3K08 A; 5J2U B; 4O4H A; 1N0J A; 3OMI B; 1CPY A; 4GYC B; 4FLU A; 1IVS A; 2DJV A; 1Y76 A; 5KHI A; 3IC9 A; 3CHX A; 5H6Q A; 3JAT B; 4YY3 O; 2F4V B; 4DV3 B; 4O2B B; 2BTO A; 3IAY A; 4DO2 A; 2L35 A; 2Q0A A; 5D5Q A; 3N27 A; 3QO5 A; 3ZMT A; 4X66 O; 1T5E A; 4GX1 A; 1P7G A; 1M4U A; 1P4R A; 3KZI Z; 2UXB B; 3K5L A; 3QF7 A; 4DV1 B; 1Y6X A; 1N33 B; 1P84 F; 5LOV B; 3D8C A; 4FIP C; 4O4L A; 2OIE A; 1BHA A; 3MD0 A; 1I94 O; 4AIL C; 3HPL C; 1H8H G; 4LF6 O; 2EIM C; 2YXH A; 4MVS A; 1S76 D; 3X2Q C; 3L73 H; 4DR2 B; 2CDY A; 1V54 C; 3MAQ A; 2LQT A; 4KHP O; 3RYI B; 1XNQ B; 1OCR B; 2GTA A; 1VAR A; 3RYC A; 1VF7 A; 4PA7 A; 1NT2 B; 4CZZ A; 1XMO B; 1J5E O; 4FLV A; 1NH2 B; 4EB6 A; 3AG4 C; 2QTS A; 2UXX A; 1KC8 W; 5LMU B; 2EZP A; 1TA8 A; 4CBC A; 4NTY A; 1SQG A; 2WA3 A; 3ETD A; 4JAV A; 4LWS B; 2UXC B; 2VWJ A; 1IBM O; 2WPD G; 4LF7 O; 2WLK A; 4CS4 A; 2P67 A; 3ZRW B; 4TV8 B; 1FXH A; 2CH7 B; 1XEQ A; 2A0L A; 3K58 A; 1S5H C; 2Q7G A; 1ZAU A; 1JA8 A; 4DR4 B; 2M6Y A; 4HYO A; 4BIZ A; 3HB3 B; 5LA6 B; 2ZNJ A; 4MTO A; 3G6E V; 1Y67 A; 3E83 A; 5JVD A; 4GZR B; 2XT9 A; 5CA0 B; 4PHZ A; 4J80 A; 5FPO A; 1PV0 A; 2EIN B; 3H9V A; 4DR1 O; 4TUY B; 1EM1 A; 1WB8 A; 5DM6 V; 1J95 A; 1NTM H; 1OHH G; 3ABM C; 4DV4 B; 4H44 B; 4CC5 A; 4JAA A; 4ZHQ B; 5JJE B; 5JJJ B; 3IFX A; 3B8N A; 4I4T B; 3HKB B; 1I7F A; 2CTR A; 1H2M A; 1N34 B; 1Z2G A; 1MSD A; 2OTL V; 4GKJ B; 2BTQ B; 4NXM B; 1AVM A; 2YUA A; 3LSU A; 4TSF G; 3OUS A; 3PN1 A; 2WLL B; 5EBL C; 2ILM A; 2DMX A; 1SQX H; 4X1Y B; 1IDS A; 1SZT A; 4JI8 O; 3G6B A; 1TUB A; 1TAE A; 4D7T A; 3CRM A; 4R50 A; 3RYF B; 4JAS A; 4P9P A; 1H8E G; 4LH7 A; 2IH3 C; 2R9A A; 3TK1 A; 2Q67 A; 1NR7 A; 3HKC A; 3SGI A; 4LF5 O; 4JV5 O; 1PPJ H; 4UFZ A; 4UVC A; 3CC7 V; 1XUQ A; 3ASO C; 3ABK B; 5KAI Z; 2GUZ A; 3ZED A; 3JYC A; 4AI8 A; 4EFB A; 4J9Y B; 2CTP A; 3CCE V; 2OCC B; 3OMN B; 3TJT A; 2HFE C; 2DWE C; 2GBO A; 2ZXW C; 2F66 C; 3ZRS A; 2UUB B; 4J7Z A; 4FLX A; 4X1K A; 1HWY A; 5IYD O; 2F95 B; 1MZE A; 3E22 B; 1JFF B; 3SYA A; 1N32 O; 5IJ0 B; 4JI5 O; 2X0L A; 3ZRX A; 2UXN A; 4FK5 C; 1FAF A; 2V7Q G; 1WJZ A; 3OFN G; 5GTH Z; 3RYH A; 2D3O W; 2YIB A; 2PZS A; 4I55 A; 3BVO A; 4MSW C; 1FFX A; 1VQN V; 4AQY B; 3OEE G; 4PV1 B; 2QWN B; 4LFA O; 3IJ4 A; 3W7T A; 5IYZ A; 3DXR B; 3UO3 A; 2NLJ C; 3SJA C; 4CH3 A; 1H2K A; 2P6J A; 1AB3 A; 5EC1 C; 5BR8 B; 4JI2 O; 2JJ2 G; 3SPI A; 1B06 A; 2QWR B; 1QVG U; 3BFR A; 1OCC C; 2B1G A; 2P22 C; 4RUE A; 2XAH A; 3BRC A; 2PI4 A; 2K9P A; 2NN4 A; 4E4E A; 4DXW A; 1XMQ B; 4HBN A; 4FMT A; 3AK3 A; 2CGO A; 4MTX A; 2WLI A; 2RN9 A; 5KUM A; 1R73 A; 4DV6 O; 2BSK A; 2YIA A; 1K73 W; 2OCH A; 4YHH B; 1E1R G; 1KB9 F; 5LP6 B; 1HR0 O; 3VQX A; 5KHH A; 1K8A W; 2Y0P A; 4JYC A; 3ZN1 A; 1R3I C; 4DR3 O; 3U0Z A; 3Q4H B; 3QO7 A; 3ZHV A; 3U11 A; 3N2G B; 4BWA A; 4X1I B; 2WWW A; 4B3M O; 2XAG A; 4OX9 O; 3E8G A; 2N04 A; 4F6R B; 4X65 B; 3OEH G; 1W0K G; 2VQF O; 1RFY A; 4N23 A; 2B9Z A; 4DK0 A; 4K0K B; 2R70 A; 1ROP A; 3T1Y B; 1Q90 D; 3UCS C; 2ARH A; 3NR7 A; 4E2L A; 2ZIO A; 5KX5 A; 4UCO A; 2BE3 A; 3AG3 B; 4DR7 B; 4TQD A; 4H13 B; 4MVZ A; 4TT3 G; 2R72 A; 4I5S A; 4JTA B; 3OM3 B; 3FD9 A; 5JQG B; 1ENV A; 3JAW B; 1PKX A; 1S77 D; 3N2K A; 3KG2 A; 1SET A; 2FB5 A; 3ZHR A; 2GDS A; 4P9O A; 4YJ3 B; 3HKD A; 2O57 A; 1NR1 A; 1WB7 A; 4O4J A; 2A7W A; 4QPJ A; 1VP7 A; 2QSA A; 4WFA V; 1YIT V; 4JAU A; 2JK5 C; 4J11 A; 4HNA A; 1BCC H; 5IJ9 A; 3BCC H; 2ZM6 O; 2DW4 A; 5F2V O; 4K35 A; 2X7R B; 4D6T H; 1S5L Z; 1M93 A; 3UKM A; 4IGG A; 4JI0 B; 5IDJ A; 3QG5 A; 4LBE C; 2GSM B; 3K5O A; 3CXC U; 1QLE C; 1NZ6 A; 1SA0 A; 2YEV B; 4DUZ B; 1ZLZ A; 4O4I B; 1PL0 A; 3C3S A; 1VQ4 V; 3D36 C; 4LNU B; 1MZF A; 2EIM B; 3X2Q B; 1E1Q G; 4TWK A; 4CH5 A; 4DK1 A; 3OR6 C; 1V54 B; 3HR0 A; 4XDL A; 1GN4 A; 2LP7 A; 3TET A; 5KUK A; 2FTK A; 2CE4 A; 4IL6 Z; 4LF9 O; 4I0X A; 3AG4 B; 3JD2 A; 4FLZ A; 4PD4 F; 2HJD A; 4GT1 A; 5LHI A; 3QO8 A; 2IU3 A; 1AR4 A; 5JJN B; 1SQV H; 2OTJ V; 4TV9 B; 3B09 A; 3O65 A; 2FL4 A; 5LBQ A; 2IH1 C; 5LGN A; 4B3T B; 1XRE A; 4B7K A; 4NXN B; 3SR2 C; 1XNR B; 1YXB A; 3ABL C; 4JZG A; 5B3S C; 1OZ0 A; 3JAL A; 1SES A; 1Y74 A; 5BMV A; 1NTZ H; 4Q20 A; 3BA9 A; 2FKX A; 2XUM A; 3K0G A; 4ZKI A; 2ZR2 A; 1XHZ A; 1LR1 A; 5H9C A; 2Y4U A; 1NI8 A; 2PI5 A; 1AI5 A; 3ABM B; 2QWO B; 1V55 C; 1S0V A; 5EYP A; 3RFR A; 4UXN A; 2HHH O; 2LW1 A; 3WB1 A; 5L3F A; 1TVK B; 3BAA A; 3ICX A; 4UCS A; 1XBL A; 2ZIN A; 3W7S A; 2ZIM A; 5A2Q N; 3OGI B; 5B66 Z; 1SKV A; 2EZO A; 1FXK A; 2DOS A; 1ZL8 A; 3UO2 A; 3K06 A; 2X6A A; 1QVF U; 3H01 A; 2DYS C; 3S3W A; 4QIW F; 1BQZ A; 2C2A A; 4EFE A; 3RBZ A; 1SF9 A; 4DV7 O; 3ASO B; 4GX0 A; 1U97 A; 4UUJ C; 4FFB B; 4LR3 A; 3IGA C; 5J9P C; 2JEU A; 1K34 A; 3E8B A; 5EBM C; 1YJN V; 1OCO C; 3ABU A; 1URF A; 2QWQ B; 4JI6 B; 2N05 A; 2QM7 A; 2YID A; 2IJJ A; 2ZXW B; 4KFM A; 1B04 A; 5KHG A; 3CJH A; 1CEZ A; 3M7M X; 4LCU C; 3L72 H; 4WFF A; 3SJC C; 1VF6 A; 1Q86 W; 1F4M A; 2ZD9 A; 2ITC C; 2UUA B; 2VRZ A; 4B7E A; 1EN5 A; 3S3X A; 1R1B A; 4DUY O; 4JYA O; 1K33 A; 1L8D A; 5EK0 A; 2QA4 V; 1S3J A; 2ZCE A; 2YXL A; 4J10 A; 5JH7 A; 3A0H Z; 2YIB D; 4UVA A; 2ZE7 A; 1MAB G; 3ZHU A; 3OTO O; 4PDR A; 1BL8 A; 2BOC C; 2JRI A; 1HNZ O; 5IWA O; 1BMF G; 1X4T A; 4NTW A; 4JI1 O; 3LDE A; 2W0F C; 3OR7 C; 4JPR A; 4U7N A; 2AZ0 A; 3VBB A; 3P30 A; 4XDJ A; 2XAS A; 4QNH B; 2DE0 X; 1F4N A; 3JAS B; 4O2A B; 4YY3 B; 1OCC B; 1XHX A; 1U96 A; 3MDS A; 1F51 A; 1SS3 A; 3BAB A; 4K8X A; 4ZOL B; 1KBH A; 2KG7 B; 5GON B; 5L3G A; 1VQL V; 4J7K A; 1R3L C; 3SDL A; 3JAM N; 2AZ2 A; 2D2C B; 3EHB B; 4X66 B; 1S5J A; 4WBN B; 1EFR G; 2EIJ C; 1NQT A; 3CEI A; 3MHH C; 2Y4T A; 3P3P A; 3KCX A; 3H1J H; 2Z5U A; 4IHJ A; 3MHS C; 1JJO A; 3AG2 C; 5B5E Z; 1Q6H A; 2CTQ A; 2JGD A; 3ASN C; 3CMA V; 1I94 B; 1L1F A; 1CXZ B; 2R9R B; 2W0X A; 4WF9 V; 3RVY A; 2F43 G; 1LUW A; 1KKC A; 3EFF K; 2F23 A; 4R6Z A; 2ITD C; 1LNQ A; 2IJH A; 3HKE A; 1K92 A; 1MSW D; 4JZ2 A; 2VS0 A; 1N33 O; 3JAK A; 5CA1 A; 4JI3 O; 4LF8 O; 2HVK C; 1K4D C; 3G67 A; 1SER A; 1PNL A; 1NBM G; 3H1K H; 3L75 H; 1BHB A; 3K59 A; 4DR2 O; 1IBM B; 1XNQ O; 4FZ1 A; 3LDC A; 3LUT B; 2JVD A; 3FX7 A; 2F93 B; 3NXS A; 1WNS A; 1QR9 A; 4XBF A; 4FPP A; 3AK2 A; 1OCZ C; 5JWP A; 3A8T A; 1N36 O; 2KKW A; 2EUL A; 4PDV A; 2ZR3 A; 3I5D A; 2UXC O; 1R6N A; 3JSN A; 4L87 A; 5KLV H; 5KMG A; 4KP4 A; 3APQ A; 2P06 A; 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4LFC O; 5LXT B; 3JAR B; 4IIJ A; 1EZJ A; 1UFI A; 4FM2 A; 1BQ0 A; 1WPB A; 3OGC C; 5KAF Z; 5LMN O; 2YIC A; 5BR8 O; 4I9W A; 1BT8 A; 2DYS B; 2Y69 C; 3SYQ A; 2EIK C; 3WB2 A; 1YJW V; 1VQ7 V; 3RWR D; 1N4C A; 2G38 A; 1HR0 B; 3T4D A; 5ITZ B; 1RSO A; 1WP7 A; 3CS5 A; 1XMQ O; 3W7U A; 1LUV A; 3C90 A; 3SPJ A; 4GKK O; 5JCO A; 1OCO B; 1GO3 F; 1RM1 C; 4DR3 B; 1KU9 A; 3I56 V; 4DR5 O; 3K5N A; 1IBL O; 4N21 A; 5FNV B; 1THZ A; 5J2U A; 1KP3 A; 4YIO A; 4X9Q A; 1ZTE A; 4PA3 A; 1Y66 A; 3ZBH A; 1M90 W; 2LW7 A; 4O4H B; 3JAT A; 1O9H A; 2UU9 O; 2VQF B; 3E86 A; 3ABT A; 4O2B A; 1Y76 B; 1K7D A; 3K9A A; 1IXB A; 1Q6U A; 4BIU A; 4A5U B; 4DW0 A; 5DEC A; 4UB6 Z; 3FB6 C; 1JOY A; 5DED A; 1VQ5 V; 1I08 A; 2LFS A; 5E1A C; 2FML A; 2NNU A; 1GRJ A; 1PM9 A; 3F7V C; 2E5L B; 1BZK A; 2X6B A; 3K0D A; 2QR4 A; 5LOV A; 3CRC A; 5BZB A; 3AG1 C; 4P30 A; 1YTF D; 4R8C A; 2AHY A; 2RDC A; 4TOI A; 2ZT9 B; 4O4L B; 3STZ C; 2GTS A; 2DQ0 A; 3LNN A; 2E75 B; 1KD1 W; 2UXD B; 4DR7 O; 1QNM A; 5LHG A; 3P32 A; 4JI7 B; 5E79 Z; 2UUC O; 3SPH A; 1K5Q A; 3RYI A; 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