The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
77
|
structure length |
77
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Chain Sequence |
VQMDTEEVREFVGHLERFKELLREEVNSLSNHFHNLESWRDARRDKFSEVLDNLKSTFNEFDEAAQEQIAWLKERIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Helicobacter pylori
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| publication title |
Hypothetical protein HP0062 from Helicobacter pylori
rcsb |
| molecule keywords |
hypothetical protein HP0062
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| total genus |
33
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| structure length |
77
|
| sequence length |
77
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-04-28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | HP0062-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4J41 A; 4W4K A; 4J7J A; 4J11 A; 3FX7 A; 2G38 A; 4J7K A; 4KXR A; 4IYI A; 2GTS A; 4IYH A; 4J10 A; 4J42 A; 4W4L A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3K5M A; 2B1I A; 4L8J A; 3CHX A; 2Z3Y A; 2GHY A; 1F23 A; 3FFQ A; 3N2G B; 3T1C A; 4MW3 A; 4JTD B; 1PKX A; 1EM1 A; 3N2G A; 3ZHS A; 1N4C A; 1VF6 A; 2LQT A; 3JCU Z; 3UO2 A; 1FJG O; 4Q20 A; 4DR1 B; 4TSF G; 1GRJ A; 2QKC A; 2QJ1 A; 5BZB A; 3QTC A; 2WLN A; 4RUE A; 1Y67 A; 3TJT A; 4DR5 O; 4ZBM A; 1VQ5 V; 1RP3 B; 2F66 C; 1FS0 G; 5BMV A; 4FM0 A; 1YJ9 V; 4LF7 O; 2KG7 A; 4Q6G A; 4YY3 B; 4I50 B; 4CC6 A; 3JCZ A; 2XAH A; 1N34 O; 5J2U B; 3SJC C; 4DW0 A; 3WU2 Z; 2ZNI A; 4UCT A; 5CBF A; 2QDO A; 4JYC A; 4NYK A; 3ZRV A; 4JV5 B; 1HW7 A; 3OE7 G; 1CPY A; 1N0N A; 1CXZ B; 4EFE A; 5FL7 G; 1XMO O; 3D3I A; 3K06 A; 3E8B A; 3CXH F; 3BFR A; 4EB6 B; 3JAR B; 4MVU A; 1WPB A; 3CWB H; 1R6T A; 3B8M A; 4EB6 A; 2QSA A; 2VQF O; 2WA3 A; 1S0V A; 4TUY A; 2YC0 A; 1M90 W; 2M6Y A; 4WFG A; 1N8R W; 2M7W A; 4X1K B; 5HFM A; 1FAF A; 4R6Z A; 1I94 O; 1GN4 A; 4WFF A; 4JAU A; 4OPA A; 3FX7 A; 1ZX3 A; 1VQ7 V; 1W0J G; 5GTI Z; 4O2B A; 1GN2 A; 1QR8 A; 4PV1 B; 4XDJ A; 3CE2 A; 3W7T A; 2UXD O; 3ZN0 A; 4RQF A; 2GDS A; 1XNR B; 1H2G A; 2ZD9 A; 1SC5 B; 2WLH A; 2QKS A; 1DF4 A; 5CB4 A; 4LFC O; 4P2Z A; 5JCO C; 1MMM A; 4PHZ A; 2C2A A; 1QQC A; 2LFS A; 2AW9 A; 1Q43 A; 4BW9 A; 4OX9 B; 3TGU H; 2IH1 C; 1AR4 A; 5IYZ B; 2FB5 A; 1VQK V; 4ZOL B; 4X9Q A; 3PJS K; 5IYZ A; 1M56 C; 4I7Z B; 3H01 A; 3ZRS A; 1PNM A; 2ODM A; 2VQE O; 4UB6 Z; 4DR7 B; 2BOC C; 4DUZ O; 3FD9 A; 1QVG U; 2XAQ A; 3SYO A; 3ZS8 C; 2WLK A; 2X6C A; 3FB8 C; 2E3C A; 2DMX A; 3ABK C; 3D3Q A; 2EIN C; 2YI9 A; 3G80 A; 3HKC B; 5LYJ A; 3BAA A; 4UCO A; 3Q4H A; 3SJQ C; 5JJJ B; 2OTJ V; 1H2K A; 2ZXW C; 4H44 B; 5EK0 A; 2ZKO A; 2EIJ C; 1BGY H; 4O4H B; 5LMN O; 3WB0 A; 3FAV B; 1K9M W; 3APQ A; 2P7T C; 2F4V O; 4GX2 A; 4MVM A; 4X66 O; 1KB9 F; 3IJ4 A; 2Y0I A; 4KP4 A; 1TUB B; 2OCC B; 4UCU A; 3CD6 V; 2V7Q G; 5GTH Z; 3ABL B; 3SPI A; 2HEP A; 1O9H A; 1U97 A; 2Q67 A; 2Z0A A; 1Q5O A; 1S3J A; 4NTX A; 1Z5V A; 4O4I B; 3RYI B; 4MVS A; 2CGN A; 1KU9 A; 1PM9 A; 4NB5 A; 2X0L A; 1F4N A; 5CN0 A; 4IYI A; 1GN6 A; 2R9I A; 4I0X B; 4LNU B; 1AI6 A; 3T1H O; 5IJ0 B; 3CCS V; 1I0H A; 1JMK C; 4LNU A; 5LOV B; 2EJ7 A; 3JAK A; 3KKY A; 3TXS A; 3HR0 A; 4P30 A; 3D36 C; 2CTQ A; 5KMG B; 2UXB B; 3IAY A; 2QTO A; 3CJH B; 5F2V O; 4DV2 O; 3R66 A; 3TET A; 4DRX B; 4BIZ A; 1PNL A; 3EXA A; 4JI3 B; 4HZ3 A; 1Q6H A; 1WNS A; 3EFF K; 2ITC C; 1LUW A; 3OGC C; 1VF6 C; 3T1Y O; 3RFR A; 1BS3 A; 2RN9 A; 3OR6 C; 2GTS A; 4JI7 O; 1UJW B; 1Q3E A; 4LF4 B; 3IGA C; 5IT9 N; 4FIP C; 3G71 V; 2YIB A; 2LO1 A; 2RNB A; 1PNK A; 3JD4 A; 1OCR B; 1Y74 A; 4MS2 A; 1JFF A; 3HKB B; 1M57 B; 2Q7E A; 4JAA A; 2YIB D; 4B3T O; 3HPL C; 3QO7 A; 1HP8 A; 4JF3 A; 1SS3 A; 2WPD G; 4U3F H; 4U7O A; 4X65 B; 1MSD A; 4XDL A; 3OM3 B; 3CCE V; 5IYD O; 4WF9 V; 3CCM V; 3QG5 A; 2ZIN A; 5LP6 B; 4LFB O; 2X6B A; 2CTW A; 5IWA O; 3CB2 A; 1AI4 A; 2BTO A; 3BA9 A; 2G38 A; 4NXM O; 4K8Z A; 4U3J B; 4W4K A; 1RM1 B; 2EIL B; 4O4L B; 3K0G A; 3L74 H; 1AI7 A; 1S77 D; 1Y76 B; 1K92 A; 3N2K B; 1GM7 A; 3AG3 C; 3CP1 A; 5LL6 Y; 5GW7 A; 2WLL A; 3LDE A; 3OUS A; 4BAY A; 3N2K A; 4TQD A; 4PD4 F; 3SJA C; 2AHY A; 1XMQ B; 1D5N A; 2CUG A; 1SQX H; 1B04 A; 1N0J A; 3JAM N; 1R3K C; 2AZ0 A; 3VQX A; 1GN3 A; 2QA4 V; 2VWJ A; 2PI5 A; 4EEQ A; 3RYF B; 4JI1 O; 5JQG B; 1AB3 A; 1OHH G; 4CH4 A; 1FFT B; 3JD1 A; 2P4V A; 2EBO A; 3SPH A; 2PGG A; 2OYQ A; 3E35 A; 5B1A C; 5KUM A; 5BXZ A; 2P90 A; 1MG1 A; 1IX9 A; 4LF5 O; 3B40 A; 3WB1 A; 2JS5 A; 3QVN A; 3ZMU A; 1GM9 A; 1SQQ H; 2Q4P A; 1YJW V; 4I5S A; 3BVO A; 1NBM G; 2F43 G; 4KHP B; 1IBK B; 5KUK A; 4K35 A; 1ZSP A; 4LWS A; 3E83 A; 1B06 A; 3G6E V; 1N33 B; 1JR9 A; 2YXH A; 5DED A; 2MW2 B; 4X64 B; 4J11 A; 3JAW B; 4DR4 B; 3JYC A; 4I55 B; 3H1I H; 3HKD A; 3RN4 A; 5J2T A; 3M99 B; 1IBL B; 1H8E G; 3L75 H; 3JAL A; 2HKO A; 2ETN A; 4J80 A; 1Q6U A; 1W2B U; 2NLJ C; 3AK2 A; 4BR6 A; 1ENV A; 1YJN V; 4CS4 A; 4ABM A; 4PEL A; 4ZI7 B; 1IVS A; 3ML0 A; 4ICG A; 5DN6 G; 1SKV A; 1DF5 A; 4HYO A; 3X2Q C; 2DWD C; 2HJF C; 2IJK A; 3OFN G; 3H1J H; 5HFL A; 2XOK G; 4X1I B; 3JD3 A; 1GK9 A; 4DO2 A; 3FB7 C; 1SQV H; 4WFE A; 4B3S B; 2ATK C; 3ABL C; 2VS0 A; 3KG2 A; 4O2A B; 2JGD A; 1WA8 B; 5JH7 B; 2EX3 A; 1KYO F; 2W0X A; 3KCY A; 5L3C A; 3CCJ V; 5IY5 C; 5JVD A; 2QTS A; 5EYP B; 1XUQ A; 4D7T A; 5KX5 A; 1M56 B; 3N27 A; 3L71 H; 3O9O A; 4DXW A; 3UT5 B; 4LC1 A; 1NVP B; 1NR7 A; 2JK5 C; 4GKJ B; 1FPO A; 4TV8 B; 1BQZ A; 1JPX A; 3T2M A; 3VQY A; 1NH2 B; 2A79 B; 2LW1 A; 3ABK B; 1GMG A; 4YJ3 A; 4FLZ A; 2H3O A; 1D2D A; 1R1B A; 4LF7 B; 1BE3 H; 2JVD A; 5DEC A; 2OTL V; 1N34 B; 1VF5 B; 2D3O W; 4F4L A; 3ZRW A; 3L70 H; 2HHH O; 1AP6 A; 4GKK O; 2E5L O; 2QWR B; 2ITD C; 3H1H H; 1VQ8 V; 5KLV H; 1KMI Z; 5B1B C; 1ZLZ A; 4X62 O; 1S5H C; 2CTR A; 1XMO B; 2WAM A; 1RPR A; 2QEX V; 4X88 A; 3SYA A; 3UO3 A; 1K73 W; 4I4T B; 2WWW A; 4R50 A; 3SPG A; 1OCR C; 2VQF B; 3CX5 F; 3BPZ A; 4D6T H; 4Z1M G; 3DC5 A; 4PA9 A; 1NJI W; 5B5E Z; 5EC1 C; 4ASU G; 1Z2G A; 1VQN V; 4PI2 A; 2O57 A; 2BSK B; 1H2L A; 2K9P A; 1FFX B; 2DJV A; 5B66 Z; 5CA0 B; 4DV0 O; 4TT3 G; 1F7Y A; 3SPC A; 3W7U A; 3K9A A; 1YIT V; 2UUB O; 1JA8 A; 1E1Q G; 3HKE B; 2UXC B; 3CC2 V; 2FL4 A; 2EZP A; 3HKE A; 4IIJ A; 2DE0 X; 4DR6 O; 2H94 A; 2UU9 B; 3A0R A; 3BA8 A; 2QE7 G; 3RVY A; 2RJZ A; 5EZY A; 1N32 O; 1G8M A; 4LFC B; 4FMT A; 2Z5U A; 1EFR G; 5D5Q A; 2EUL A; 2X6A A; 1AR1 B; 1TVK A; 4J7K A; 4BIO A; 4B3R O; 4WCE V; 4MTO A; 1LR1 A; 2VQE B; 4DUZ B; 2VWK A; 4E4E A; 3ZHV A; 3KCX A; 3RWR D; 1E79 G; 1SF9 A; 4JI8 O; 3ZMZ A; 3DSQ A; 4JYB A; 1IBM O; 3CME V; 4JI2 O; 5BMV B; 1SQF A; 2KG7 B; 4YJ2 A; 3FYI B; 1V54 C; 1I5Y A; 3GVM A; 4WFH A; 2FTK A; 4J9Z B; 4NVP A; 3ZN1 A; 1QVF U; 1Q90 D; 4JI6 O; 3RW0 A; 1ZL8 A; 1VQ9 V; 5LMN B; 1D5A A; 5KHK A; 1SZT A; 1MOF A; 2ZIM A; 3NXS A; 1SQP H; 3I55 V; 2F4V B; 2BTQ A; 4F6R A; 4X66 B; 4X1Y A; 2KKW A; 2PY5 A; 5LXT A; 3K9S A; 4DR3 O; 1CP9 A; 1COW G; 2JIZ G; 1W59 A; 1NQT A; 4I9W A; 3AG3 B; 3SYQ A; 4TUY B; 4LH7 A; 2OCH A; 3AK1 A; 3MD0 A; 1VQM V; 3OD4 A; 2R9R B; 1XQ8 A; 1P4R A; 3ZCC A; 3JAT A; 1V9P A; 1GAX A; 2QM7 A; 4LF8 O; 1X59 A; 4LF9 B; 3L73 H; 3SJB C; 1YVW A; 4R8C A; 1RFY A; 4NTW A; 1LNQ A; 4FVM A; 4RAI A; 4HNA A; 3JAS B; 3S3X A; 2YIA A; 2OT5 A; 3T1H B; 2UUA O; 3ABT A; 3JAS A; 4O2B B; 2Q6A A; 3CMA V; 4G27 B; 1TGO A; 4FM1 A; 2ZE5 A; 1JVM A; 1L0L H; 1DTO A; 1XL6 A; 4N21 A; 5CB4 B; 1J95 A; 4DV2 B; 1XDC A; 5B1A B; 5L3B A; 4FLV A; 5LGU A; 2WLI A; 2DW4 A; 3E8F A; 4FFK A; 3ZMS A; 5LMU B; 4JGS A; 3ETE A; 4D7S A; 3SR2 C; 1SQG A; 1WAZ A; 1M9N A; 4WFA V; 3T1Y B; 4XDK A; 3KZI Z; 2F95 B; 4OGQ B; 3SGI A; 1KP3 A; 4RQE A; 4JI7 B; 2X7R B; 2ZNJ A; 1Q86 W; 1Q81 W; 3STL C; 4BW5 A; 4MSW C; 1Y6X A; 1L1F A; 4GZR B; 3D8C A; 2N05 A; 1G6U A; 5LYJ B; 1XHZ A; 4CH6 A; 4MW8 A; 1HNW O; 3Q4H B; 4B3T B; 3ASO C; 1EN6 A; 3CCL V; 1P49 A; 1WB8 A; 4J42 A; 4GUN A; 1VMG A; 3E86 A; 4FZ1 A; 1OCC C; 2ZIO A; 2YEV A; 4ZKI A; 2QWQ B; 3X2Q B; 5L3G A; 4NXM B; 5LHH A; 1PPJ H; 4YHH B; 2HFE C; 5CBH A; 2L35 A; 2LJ2 A; 5C8Y B; 3CCR V; 3OMN B; 1SQB H; 5LA6 B; 5C8Y A; 4PJ0 Z; 5LA6 A; 1I5X A; 4KXR A; 4AIL C; 3R65 A; 2GV9 A; 2OIG A; 3DXR A; 3ZHU A; 2LFR A; 2JRI A; 1NR1 A; 4CC5 A; 4GYC B; 5IY5 B; 4DR2 O; 3EHB B; 1AP5 A; 2GSM B; 3MAQ A; 3ASN B; 1MAB G; 3ABU A; 4TQF A; 1KP2 A; 3H1L H; 1JX9 A; 2Q69 A; 4DUY O; 3OEH G; 4IT5 A; 2E74 B; 1ARO P; 3JAK B; 4BWA A; 1WJZ A; 4JI1 B; 3ZRX A; 1KQS U; 1RSO A; 4G2K A; 4UCV A; 2Q0O C; 4O4J A; 2LGW A; 3A8T A; 4PDM A; 3OAA G; 2IJH A; 3LSU A; 2ZM6 B; 4KL1 A; 3B09 A; 3HB3 B; 1KEC A; 2P67 A; 4UB8 Z; 4QPJ A; 4GX0 A; 2XT9 A; 2EIM C; 3RYH A; 1EZJ A; 2WA4 A; 5B1B B; 3JSL A; 1SER A; 1XNR O; 1Y66 A; 3WB2 A; 4MTF A; 4RWU A; 4QPK A; 3O65 A; 2PZS A; 2YSU B; 5H6Q A; 2ZT9 B; 4P9P A; 1Y74 B; 1GTO A; 1PL4 A; 2OIE A; 3OTO O; 1JFF B; 1BHA A; 1GO3 F; 5CA1 A; 2QM8 A; 2YXY A; 3BRC A; 4GT1 A; 1HR0 B; 3ZBH A; 2B9Z A; 2PYJ A; 1R6K A; 1QR9 A; 1YIJ V; 3FYE B; 3B8N A; 3ABM B; 1XOU A; 5C93 A; 1XNQ B; 1K5S A; 1VIB A; 3H9V A; 3BAB A; 3ETQ A; 5JJE B; 1FD9 A; 1FXH A; 3P30 A; 5B1O A; 3AG1 C; 5J9P C; 2OWO A; 1XHX A; 1VQO V; 4ZHQ A; 5IYC O; 3J81 N; 4EFB A; 2B1G A; 1YXB A; 3OGI B; 1GKF A; 1ZAU A; 4QGP A; 4JI0 O; 3QO8 A; 4TOI A; 2WLL B; 1J5E O; 2JJ1 G; 4DV3 O; 2QKA A; 2QM4 A; 3BY6 A; 3E8G A; 1JCH A; 4F6E A; 4J10 A; 2CE4 A; 1B6Q A; 3SDL A; 3VBB A; 1S76 D; 4PA4 A; 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2YXL A; 1JJ2 U; 1LUV A; 1K5Q A; 5KX5 B; 4UVB A; 3ASN C; 1FJG B; 3F7Y C; 2JEU A; 5FNV A; 3K08 A; 5CA3 A; 2WLJ A; 1U96 A; 3ZHR A; 1P84 F; 4JI8 B; 4JYY A; 4FLU A; 4DR5 B; 4JI2 B; 4YJ3 B; 1KUQ A; 3ASO B; 3ZIA G; 1WP8 A; 2UXX A; 2F93 B; 2Y4T A; 2JEX A; 4UFZ A; 4JI6 B; 3ZRW B; 1OCC B; 4LR3 A; 1QLN A; 3ZJZ A; 1AJP A; 2PI4 A; 4PDV A; 1PP9 H; 2EIK B; 3CRQ A; 3GWO A; 2XAS A; 5IDJ A; 4TV9 A; 1KKD A; 1M1K W; 1KD1 W; 2FYU H; 3RBZ A; 3K03 A; 3IC9 A; 4WBN A; 2BCC H; 2W0F C; 4DR3 B; 4LCU C; 3JSN A; 1TAE A; 1M93 A; 1NH2 D; 1YHQ V; 3A0B Z; 4JI5 O; 1UPG A; 1YDX A; 4FLT A; 1KC8 W; 2GUZ B; 1NTM H; 4LF8 B; 4JZ2 A; 3J80 N; 2ZE7 A; 2GUZ A; 1MNG A; 4X64 O; 3ABM C; 1I94 B; 1QHT A; 5KAI Z; 3E89 A; 2UUA B; 4IIJ B; 3UKM A; 1SA0 A; 4MVZ A; 1BSM A; 4IHJ A; 3MDS A; 3K5L A; 1OCO C; 1VQ4 V; 2UXD B; 5EZY B; 3M7M X; 3ICX A; 4JYA O; 2XUM A; 4IL6 Z; 4DV6 O; 3LSS A; 3AG7 A; 2E75 B; 4B3M O; 2H8P C; 1TVK B; 2QGN A; 5CMU A; 3B4S A; 5H6R A; 2CGO A; 4PI0 A; 3K0D A; 1H2S B; 4RUF A; 4LF6 O; 4TWK A; 1IZ3 A; 1PD3 A; 4GX5 A; 3P3P A; 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