The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
77
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structure length |
77
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Chain Sequence |
VQMDTEEVREFVGHLERFKELLREEVNSLSNHFHNLESWRDARRDKFSEVLDNLKSTFNEFDEAAQEQIAWLKERIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Hypothetical protein HP0062 from Helicobacter pylori
rcsb |
| molecule keywords |
hypothetical protein HP0062
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| source organism |
Helicobacter pylori
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| total genus |
33
|
| structure length |
77
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| sequence length |
77
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-04-28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | HP0062-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4W4L A; 4IYI A; 4KXR A; 4J7K A; 4J41 A; 4J11 A; 4J7J A; 4IYH A; 2GTS A; 4W4K A; 4J10 A; 4J42 A; 3FX7 A; 2G38 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4K35 A; 3KG2 A; 4CS4 A; 3LNM B; 4JI7 O; 1M9N A; 3FYE B; 1UFI A; 2Z0A A; 1K7D A; 4NXM O; 4I9Q A; 2WLK A; 4CBC A; 3LSU A; 4RWU A; 4B3T O; 5E1A C; 4DR7 B; 3D3Q A; 1MAB G; 2E76 B; 4NTX A; 4UV9 A; 3CCE V; 3OMA B; 1DF4 A; 1YJN V; 2VS0 A; 1Y74 A; 1H2S B; 1Y67 A; 3ZMV A; 1XMQ O; 2XAS A; 4O4J A; 3RYH A; 1D2D A; 1JJ2 U; 4UCO A; 1MMM A; 2QKS A; 3ABK C; 4BW5 A; 1BHA A; 4GCZ A; 4DV1 B; 5EC1 C; 3HKB A; 2Z3Y A; 3N2G B; 3RVZ A; 2P22 C; 4UXN A; 1KMI Z; 1AJP A; 4ZOL B; 3OUS A; 1SS3 A; 4X66 B; 1YHQ V; 3ABL B; 1JR9 A; 4GLX A; 3I56 V; 5FLX N; 1OCC B; 2Y0P A; 4DV2 B; 4LFC O; 3G4S V; 5LA6 A; 1YDX A; 1KKD A; 1NZ6 A; 2Y4T A; 4FPP A; 3B8N A; 1YEW A; 4UCT A; 2H8P C; 4TV8 B; 4FFK A; 4DV0 O; 3K5M A; 3T4D A; 4O4I B; 1MZF A; 3K03 A; 4ZKI A; 4CC5 A; 4FJC C; 1Q90 D; 4YHH O; 1VQL V; 5B66 Z; 1WN7 A; 5EBW C; 4JI3 B; 1AIL A; 1GMG A; 1MG1 A; 1ORQ C; 3FX7 A; 4CH5 A; 3BA9 A; 3RYF B; 1V9P A; 2CDY A; 4H37 A; 3CMA V; 4LC1 A; 4G28 B; 4YJ3 B; 4F6R A; 2QWR B; 1QVG U; 2VQF B; 1PNK A; 4LFA B; 2DW4 A; 2GDS A; 1NVP D; 4MVS A; 1Z5W A; 1ZAU A; 5J2U A; 4J80 A; 2HEP A; 2H3O A; 2HFE C; 5KMG B; 4AI8 A; 3TJT A; 4KUM A; 5KLV H; 5JQG A; 4DUZ B; 2KG7 A; 2P4K A; 4DRX B; 2ETN A; 1N34 O; 1GO3 F; 5LYJ A; 3X2Q C; 2X6B A; 2UXB O; 4QE7 A; 1XMO O; 1KEC A; 2PTM A; 4J11 A; 3CCJ V; 3AG1 B; 1BS3 A; 1GAX A; 3QTC A; 1FFX A; 2LFS A; 2NR5 A; 5D5Q A; 4LNU A; 5IJ9 B; 2UXC O; 2E5L B; 3DC5 A; 2JGD B; 3ZS8 C; 1Y76 A; 3CX5 F; 3HKD A; 3AG3 C; 1YIT V; 1N4C A; 2L35 A; 2VRZ A; 1M56 B; 3VOU A; 3QVN A; 5DED A; 2UUC B; 1I94 O; 4Z1M G; 4JV5 B; 4BR6 A; 4WBN A; 5LMU B; 4LWS B; 4FM0 A; 1Q6I A; 3L73 H; 4RAI A; 1S5H C; 4D7T A; 1WA8 B; 3T4Z A; 2IU3 A; 3JAR B; 4B3M B; 2GBO A; 4LR3 A; 2YSU B; 5IE9 A; 5LBQ A; 2N04 A; 3P32 A; 2P5O A; 1U96 A; 2RJZ A; 2HP8 A; 2LP7 A; 4ZBM A; 3R66 A; 3BAB A; 1B06 A; 3UCS C; 3ML0 A; 3RW0 A; 4JTC B; 1M57 C; 2FML A; 1VP7 A; 1AP5 A; 2UU9 B; 3N27 A; 1SKV A; 1XUQ A; 2EIL B; 3T1H B; 3L72 H; 2FYU H; 5DN6 G; 3K0D A; 1VF6 C; 2A9H A; 3U10 A; 1ZUQ A; 4PI0 A; 2KB1 A; 2K1E A; 2L6L A; 3ZRS A; 4MVO A; 1V55 B; 4RQE A; 1G8M A; 1SQX H; 1SQF A; 2XHB A; 3K59 A; 3TCU A; 5EYP B; 4O2B A; 4QPJ A; 5CB4 A; 1XNQ O; 2XAG A; 4FLY A; 1K4D C; 3BHP A; 1GN4 A; 2RN9 A; 1IXB A; 4K0K O; 1OCZ B; 5B1A B; 3ASO B; 3JAS A; 5LL6 Y; 4O2A B; 4TUY B; 1ZWI C; 1N32 B; 1FKA O; 1JPX A; 1DF5 A; 3FAV B; 4DR5 O; 2Q73 A; 4J7Z A; 1YJW V; 2Z5U A; 1PL0 A; 4X65 O; 4PD4 F; 5GW7 A; 1Y4M A; 3IC7 A; 1M1K W; 2QWP B; 4TSF G; 1UJW B; 1XIL A; 1QCE A; 2YS8 A; 3ZX6 A; 1TA8 A; 4LF7 O; 3JSL A; 5IYB O; 1WB7 A; 2IJJ A; 3SPJ A; 4UUJ C; 2CUG A; 3N2K B; 2PF4 E; 3FD9 A; 5B3S C; 2DYR C; 2IJI A; 2VWJ A; 2ZT9 B; 3BAA A; 4GUN A; 3K9S A; 2GSM B; 2DYS B; 3F7Y C; 5IYZ A; 3J80 N; 3OEE G; 1GN6 A; 5HFL A; 1FAF A; 1MA1 A; 3OR7 C; 1HNW B; 1XL6 A; 3RN4 A; 2PY5 A; 2EUL A; 1FXH A; 1PP9 H; 4X62 B; 3E89 A; 1NH2 D; 3J81 N; 3R65 A; 4PV1 B; 5B1O A; 1D5N A; 4KHP B; 2E74 B; 3OGC C; 1L1F A; 3HB3 B; 3IFX A; 1SQQ H; 3OR6 C; 5KA5 A; 2WWW A; 1RPR A; 4U3J B; 1WPB A; 4PHZ A; 3S3W A; 2ZM6 O; 1K33 A; 2LGW A; 2R9R B; 2IM9 A; 3ZHS A; 4CS2 A; 2XTA A; 5LMN O; 3ETQ A; 3M7M X; 4JI4 B; 3CXC U; 2BCC H; 3CXH F; 3DTU B; 1K97 A; 1VF6 A; 4TWK A; 1PKX A; 4QJF B; 4OGQ B; 2ZD9 A; 1PD3 A; 2YID A; 4IIJ A; 1YZB A; 1FS0 G; 3HKC B; 3CME V; 3JD4 A; 2YC0 A; 2AGA A; 2BSK A; 4FFB A; 2P6J A; 2IBZ H; 4OXS A; 1BT8 A; 5FPO A; 3DGE A; 2BOC C; 4F4L A; 3JAL B; 1PM9 A; 2EIM B; 3B8M A; 3HKE B; 3ABL C; 4DV5 B; 2YIC A; 5KAF Z; 1OCC C; 2H94 A; 3RFR A; 1VQ9 V; 1CXZ B; 2DJV A; 4X20 A; 2ZNI A; 3O65 A; 2LW1 A; 4JI2 B; 2W0F C; 4PI2 A; 1TVK A; 5EIB D; 1YXB A; 1QR9 A; 5ITZ A; 3C3S A; 3SYP A; 3B40 A; 1I5Y A; 5LGU A; 5IT9 N; 1B6Q A; 1Z5V A; 2E5L O; 4X88 A; 5IY5 B; 1AI4 A; 1Q43 A; 4GKK B; 3JD3 A; 2VQE B; 2WLL A; 3JAW A; 1VQ8 V; 3SYO A; 3K9A A; 3ABM B; 4AIL C; 3SJB C; 2QWQ B; 5JWP A; 1US6 A; 4EEQ A; 2WLI B; 2EBO A; 4QIW F; 2Y0I A; 5IYD O; 4W4L A; 3THO A; 1ZSP A; 1NTK H; 1GN2 A; 1LNQ A; 3AG1 C; 2B5U A; 2CK3 G; 2FTK A; 1AP6 A; 4E4E A; 1TAE A; 1H38 A; 3L71 H; 3E8G A; 3BRC A; 3WB1 A; 2JS3 A; 2AZ2 A; 2Y4U A; 2DWD C; 3L74 H; 2UXN A; 2UU9 O; 5JVD B; 1BL8 A; 1QNM A; 4DV7 B; 2JGU A; 1M56 C; 4J41 A; 4LF9 O; 1SA0 B; 1L0N H; 4D6T H; 4O4H A; 5B5E Z; 3N2G A; 2BTQ B; 1VEW A; 3BVO A; 2HLD G; 4L8J A; 1K3E A; 1BQ0 A; 4FMT A; 4ZOL A; 4DUY O; 2G38 A; 4JYY A; 4I7Z B; 3K5L A; 1BE3 H; 1FXK B; 4JYA B; 5BY1 A; 4F6E A; 2Q7G A; 1F51 A; 4EB6 B; 2W0X A; 4UB6 Z; 3FKS G; 1GH6 A; 2NLJ C; 4GKJ O; 4IGG A; 4JYB A; 4MVR A; 2CGO A; 1GM8 A; 3CCS V; 4NYK A; 3CWB H; 4MTO A; 4JI8 B; 3CJH A; 1IBM O; 2UXD O; 1AJQ A; 2OTJ V; 3B2E E; 3O9O A; 2ZIO A; 1ENV A; 3UQ8 A; 4FZ0 A; 2ZIM A; 2YXY A; 5LHI A; 4LF4 O; 4OPH A; 3RYF A; 1DLB A; 4JYC A; 1FFT B; 2ZIN A; 3QO8 A; 5FNV B; 4AHC A; 5H2F Z; 2EIL C; 4DV3 O; 4CH3 A; 4YJ3 A; 3BFR A; 3ZCC A; 1MSD A; 2CGN A; 3BY6 A; 4UFZ A; 3SPI A; 4JI5 O; 1K34 A; 3AK2 A; 1V55 C; 4P9P A; 2WLN A; 1AI7 A; 3TK1 A; 3JAT A; 3S3X A; 4DV6 B; 1OJH A; 1KP3 A; 5KMG A; 2CAZ C; 3QO7 A; 4AQY O; 1HDJ A; 1SQV H; 2LW7 A; 4PDL A; 5IWA B; 1QLE C; 4RO2 A; 5GON B; 1F4N A; 3CYO A; 4JAA A; 4DRX A; 5KHG A; 3H1L H; 2AHZ A; 2HHH O; 1OCZ C; 5B1A C; 3ASO C; 4TOI A; 1P7B A; 1W0J G; 4HYO A; 4OX9 O; 4HNA B; 4I4T B; 4DV4 O; 3ZRX A; 5IJ9 A; 4FM1 A; 2E3C A; 1AVM A; 4DYL A; 1WP8 A; 2JGD A; 1MOF A; 3APQ A; 1EFR G; 3B4S A; 3DSQ A; 5DM6 V; 2Q67 A; 5L3C A; 3CRR A; 4I55 B; 3FB5 C; 3LSS A; 1DTO A; 4LF8 O; 2LFR A; 2XUM A; 3AG7 A; 1BSM A; 5B1N A; 3FFQ A; 4W4K A; 4K8Z A; 2CTQ A; 4LWS A; 5CA1 A; 2F23 A; 2DYS C; 5EIB C; 1WAZ A; 1XNR B; 3Q4H A; 5EBM C; 1WA8 A; 1BCC H; 5A9G A; 1JJO A; 2QDO A; 3ABT A; 4NXN O; 3JAR A; 1A32 A; 2F95 B; 3K58 A; 5H9C A; 4YY3 B; 4DV5 O; 1VMG A; 4JF3 A; 4B3R B; 2IW5 A; 4NKG B; 1X59 A; 4LFB B; 4PA6 A; 4IL6 Z; 1GK9 A; 4UV8 A; 1SER A; 4X64 B; 4UVB A; 2Q69 A; 3VQY A; 3MDS A; 1R3I C; 3E22 B; 3OW2 U; 3D36 C; 4LF5 O; 1XQ8 A; 2JJ2 G; 1IBK B; 1TGO A; 4WFA V; 4X1I A; 2GUZ B; 3UM7 A; 3T1Y B; 3PJS K; 1VF7 A; 1RPO A; 3ZHV A; 4WFB V; 4HAM A; 1R6T A; 1SZX A; 1GRJ A; 1M93 A; 1ZLZ A; 3A8T A; 1HR0 B; 2O57 A; 3BEH A; 3CPW U; 3ZHT A; 1BHB A; 3CB2 A; 1R1B A; 4TV9 A; 2EIM C; 3OFN G; 1XHZ A; 1WP7 A; 2ZDI C; 1SES A; 3A0B Z; 3ZN0 A; 2UUB O; 1QQC A; 1R3K C; 1I5X A; 2UXX A; 1HNZ O; 2X6A A; 4O2A A; 4LF6 B; 5J2T B; 4TUY A; 5B1B B; 2X0L A; 2OTL V; 4J7J A; 1H2G A; 2OT5 A; 3SR2 C; 4JTD B; 3ZED A; 4DO2 A; 4X1Y A; 3STL C; 1EZV H; 5HFM A; 2E75 B; 4MS2 A; 2PYL A; 5AG2 A; 4YJ2 B; 5L3B A; 4R6Z A; 1NKD A; 1WB8 A; 1H2K A; 1HP8 A; 4FLT A; 3RYC B; 4TQF A; 3ZMU A; 1EN4 A; 4IHJ B; 5JJE B; 2F1M A; 4FLX A; 2OYQ A; 4PDR A; 5IY5 C; 4DXW A; 1FJG O; 1Y74 B; 2ARH A; 3K5N A; 4I50 B; 2QE7 G; 4DV7 O; 3ABM C; 1ARO P; 4JI1 B; 1H8H G; 2P4V A; 2JRI A; 3KCX A; 4DR3 O; 3CCR V; 1KUQ A; 3SPC A; 2HVK C; 3G6E V; 2V4D A; 1KBH A; 1XHX A; 2UUA O; 2YI8 A; 4BIO A; 2ZE5 A; 4IYI A; 4N21 A; 2Y69 B; 4JTA B; 3AG4 C; 2YEV B; 1AJN A; 1VQ7 V; 2AZ0 A; 5CBH A; 1Q3E A; 3D36 A; 4U3J A; 1O9G A; 2JEU A; 4WFE A; 1Q86 W; 2Q5Z A; 1VIB A; 5LXT B; 1S5L Z; 3W7S A; 3L70 H; 4YIO A; 2B9Z A; 3HKC A; 3EVK A; 3E2E A; 4MT8 A; 5LHG A; 1NI8 A; 4PJ0 Z; 4DR6 B; 4CZZ A; 1Q81 W; 4DR4 B; 2M7W A; 3F5T A; 4F6R B; 1SQG A; 5J9P C; 4UCV A; 2JIZ G; 4MVU A; 1Q6H A; 2RNB A; 2Q68 A; 3HKE A; 1FXK C; 2ZDI A; 2B1I A; 1K8A W; 3LDE A; 4I0X B; 4DV6 O; 1K4C C; 5A2Q N; 5LHH A; 4CC6 A; 3E83 A; 1K5Q A; 1QR8 A; 4DR1 O; 1BMF G; 2F4V B; 5JQG B; 1HNX B; 2KG7 B; 2P06 A; 1LUW A; 5LP6 B; 3RVY A; 4O4L B; 4DR7 O; 3RGB A; 3T2M A; 2Q7E A; 1XEQ A; 4JZ2 A; 3JD1 A; 2QWO B; 1N36 B; 2GTA A; 4KP4 A; 4R7C A; 2CH7 B; 3IC9 A; 2Q4P A; 1JFF B; 1GM9 A; 1VQP V; 3G6B A; 1JVM A; 4BWA A; 4DV1 O; 1K9M W; 5CBG A; 1J5E B; 3MD0 A; 1ZL8 A; 4JI6 B; 2R70 A; 1V54 B; 1BGY H; 4UCS A; 4LBE C; 2PUS A; 1WLE A; 5IJ0 B; 2HR3 A; 2WLI A; 2WLJ A; 1RFY A; 1TUB B; 4X66 O; 3K04 A; 3KZI Z; 2QKC A; 4DW1 A; 3VQV A; 4H33 A; 4A5U B; 2QA4 V; 4DV2 O; 4FLZ A; 4B3S B; 1I7F A; 2DQ3 A; 2AXT Z; 2OCH A; 5JH7 B; 3JCU Z; 4JI7 B; 3G80 A; 1P7G A; 5BZB A; 2WLM A; 4NXM B; 3RWR D; 1H2L A; 4K3A A; 4Q6G A; 1FD9 A; 2AHY A; 2DN9 A; 4CH6 A; 1R6N A; 4X64 O; 4B3T B; 1NS1 A; 5H5N A; 4X89 A; 4JI3 O; 4Q20 A; 4P30 A; 1KB9 F; 4UB8 Z; 2Q6A A; 2XT9 A; 4FLW A; 5JVD A; 1XMQ B; 4B7E A; 2HKO A; 4Z1V A; 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