The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
|
sequence length |
77
|
structure length |
77
|
Chain Sequence |
VQMDTEEVREFVGHLERFKELLREEVNSLSNHFHNLESWRDARRDKFSEVLDNLKSTFNEFDEAAQEQIAWLKERIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
hypothetical protein HP0062
|
| publication title |
Hypothetical protein HP0062 from Helicobacter pylori
rcsb |
| source organism |
Helicobacter pylori
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| total genus |
33
|
| structure length |
77
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| sequence length |
77
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-04-28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | HP0062-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4J11 A; 4IYH A; 2G38 A; 4KXR A; 3FX7 A; 2GTS A; 4J7J A; 4W4L A; 4J7K A; 4J42 A; 4J41 A; 4J10 A; 4W4K A; 4IYI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3N2K B; 1EN5 A; 3ETG A; 3CJH A; 5FLX N; 2E3C A; 1Z2G A; 4UVC A; 1D5N A; 4H13 B; 4XDJ A; 2O57 A; 3E8F A; 4X66 O; 3N27 A; 4LFC B; 4DV3 O; 1M90 W; 2JGD B; 2UXC B; 1SA0 A; 1VMG A; 1HNZ B; 1Y76 A; 5IWA B; 2Z5U A; 3F5T A; 2HG5 C; 3TGU H; 2JJ2 G; 2VWK A; 1T5E A; 4HBN A; 5EIB C; 2XAF A; 4F6R B; 5LL6 Y; 1S72 V; 4RQE A; 1Q6H A; 1D2D A; 4DR2 B; 1THZ A; 2WLH A; 2QKA A; 4CH6 A; 4TSF G; 2P4V A; 3HR0 A; 3E8G A; 1XIL A; 2JRI A; 1H2N A; 2BTQ B; 5B1B C; 4WFE A; 1G6U A; 4LFC O; 2UXC O; 1HP8 A; 1HNZ O; 1WPB A; 4CH3 A; 5IWA O; 2F4V B; 4N21 A; 1NH2 B; 1MA1 A; 3B40 A; 4PV1 B; 1NKD A; 1RPO A; 1IBL B; 5KAI Z; 1PPJ H; 1QBZ A; 2WLN A; 2YI9 A; 2YIA A; 5B1O A; 3P3P A; 3MHH C; 5A2Q N; 4IHJ A; 4PDV A; 2ZQM A; 3ABK C; 4DR2 O; 3EXA A; 5J2T A; 1N36 B; 3DTU B; 3THO A; 1OV9 A; 4NTW A; 1B06 A; 4TQD A; 2HR3 A; 1V55 C; 2F4V O; 1VQ4 V; 2HVJ C; 4IGG A; 3H1K H; 5F2V O; 3SYP A; 4B08 A; 1IBL O; 5CA0 B; 3ASO B; 2ZE7 A; 5H9C A; 2PF4 E; 5LHG A; 4FM2 A; 1CXZ B; 2GSM B; 3G67 A; 3K58 A; 3IC9 A; 1BE3 H; 4UB6 Z; 5B66 Z; 1VQ7 V; 4TV9 B; 1F4M A; 1K3E A; 4BIU A; 1N36 O; 1Y74 A; 3BVO A; 5AG2 A; 3CCE V; 1OCR C; 3CCS V; 4DR5 B; 1GAX A; 1NTM H; 1JCH A; 2V4D A; 1PV0 A; 1P7G A; 1VF5 B; 1XNQ B; 4R6Z A; 4QNH B; 3OM3 B; 2X7R B; 4DW1 A; 1N33 B; 4UV9 A; 1I08 A; 1VQN V; 4BIO A; 4I50 B; 4H44 B; 1KKC A; 2Y0P A; 2P67 A; 4JI5 B; 1M57 C; 3CC7 V; 2AXT Z; 3CP1 A; 4DR5 O; 1VP7 A; 2H8P C; 2QM8 A; 2ODM A; 3CS5 A; 3SJB C; 5CBF A; 5LA6 A; 1K8A W; 4MTO A; 1GO3 F; 3JD4 A; 1N33 O; 4X62 B; 2YDE A; 5FNV A; 2EZP A; 5EK0 A; 4Z2W A; 2ATK C; 5J2U B; 4B3S B; 1OCZ C; 4JI5 O; 3IJ4 A; 2DE0 X; 2LGW A; 1BGY H; 1LNQ A; 4OXS A; 1QVG U; 5EBM C; 2OTL V; 1AJQ A; 2CTP A; 1M93 A; 1Y67 A; 1U97 A; 5EIB D; 3J80 N; 4FLV A; 4LNU B; 4RO2 A; 2E5L B; 5EZY A; 4JTA B; 1K92 A; 4X62 O; 3CE2 A; 5IJ9 A; 4OPA A; 4B3S O; 2XTA A; 4A5U B; 1V9P A; 4TUY B; 1Q8I A; 2A06 H; 5D5P A; 1US6 A; 3K5N A; 4KP4 A; 3HKB B; 5JJJ B; 5LYJ B; 2PTM A; 1IBM B; 4U3J A; 2DMX A; 2E5L O; 1G4Y B; 2JIZ G; 3IFX A; 1BT8 A; 4MTG A; 5JQG A; 3OMI B; 1JQ0 A; 2IM9 A; 2Q5Z A; 2WLI B; 4MVS A; 4LBE C; 2IU0 A; 4PI0 A; 1B6Q A; 1URF A; 2QSA A; 1IDS A; 3IC7 A; 2B1I A; 1IBM O; 4FLW A; 1H38 A; 5IT9 N; 4FIP C; 3G4S V; 5DM6 V; 2Y69 B; 3JAK A; 3SYO A; 3DSQ A; 4H33 A; 3ZMS A; 3H1I H; 5L3G A; 1VF6 C; 4I4T A; 1HWY A; 2UU9 B; 4IL6 Z; 3K9S A; 2G38 A; 4ZIB A; 1YIT V; 1SF9 A; 3WB0 A; 4BR6 A; 3HKC B; 1VQL V; 2ZDI C; 1OJH A; 5KAF Z; 1YTF D; 3CJH B; 2MW2 B; 1E79 G; 1K7D A; 5LBQ A; 2XOK G; 3S3X A; 4GUN A; 1R3L C; 3JAR A; 4AI8 A; 5KMG A; 3ASN B; 4JV5 B; 2UU9 O; 1SA0 B; 1LR1 A; 5KX5 B; 1Y76 B; 3ZRX A; 3IAY A; 1WAZ A; 2X6A A; 3GB7 C; 3OMN B; 1Z5W A; 2NR5 A; 1VQO V; 2EIL B; 1Y66 A; 3RWR D; 3FB6 C; 1Q81 W; 4QE9 A; 3E8H A; 2FTK A; 4K8X A; 1NVP D; 5B1N A; 1SES A; 1SZT A; 3ASO C; 4YXW G; 4WFA V; 4U3F H; 2YI8 A; 1QHT A; 1RSO A; 2A3Q A; 2DN9 A; 4JV5 O; 1YDX A; 1UPG A; 2Q68 A; 3H1J H; 4JI8 B; 1PM9 A; 5JH7 A; 3OGI B; 4G28 B; 3X2Q B; 4WBN A; 4DR4 B; 4IHJ B; 4DW0 A; 2ZIO A; 3ZN0 A; 1EZJ A; 3PN1 A; 4J9Y B; 5JCO C; 5J2T B; 3CXC U; 3FKS G; 3JAT A; 1IVS A; 1I5X A; 1TVK B; 1IX9 A; 5L3E A; 2Y48 A; 5B1A C; 1F4N A; 4JI8 O; 4B7E A; 3KCX A; 4DR4 O; 3SJC C; 1NZ6 A; 2LQT A; 5LMN B; 3K3W A; 3ZJZ A; 1Y74 B; 1FPO A; 2F66 C; 4KL1 A; 1Q86 W; 3ZHV A; 4NXN B; 4R8C A; 4PA4 A; 1R6T A; 3OEH G; 1XL6 A; 2WA3 A; 3FB7 C; 3WG7 B; 5LMN O; 5LMU B; 1F51 A; 1IXM A; 1O9G A; 4LF5 B; 1LUW A; 4YIO A; 1BZK A; 3L75 H; 1XEQ A; 3RYH A; 1NBM G; 4RQF A; 1DF4 A; 2Z0A A; 5LA6 B; 3QO7 A; 1YXB A; 4NXN O; 1PNL A; 1AI6 A; 5EC1 C; 1P4R A; 4MVQ A; 2R9I A; 2N05 A; 2HHH B; 2X0L A; 5LMU O; 4LF5 O; 3SPG A; 4LH7 A; 1NH2 D; 2KKW A; 3CRM A; 4W4K A; 4KUM A; 2QKS A; 4PHZ A; 4GKK B; 1RP3 B; 2F23 A; 3L72 H; 3K9A A; 2IU3 A; 1TGO A; 1KMI Z; 4D7S A; 4MVU A; 3BRC A; 3BA8 A; 3J7A U; 3A0H Z; 2NN4 A; 2EX3 A; 5B5E Z; 2HHH O; 3SPH A; 4LF6 B; 1GH6 A; 2R9R B; 3CRQ A; 4UUJ C; 2PGG A; 5IJ9 B; 1SQP H; 3AEI A; 3OFN G; 4UCV A; 4FLU A; 4LF9 B; 5IE9 A; 4GKK O; 2CH7 A; 4LFB B; 1BSM A; 4J80 A; 4GX2 A; 1QU7 A; 3LSU A; 4YJ3 A; 3ZBH A; 3ZRV A; 3W7X A; 4X1K A; 2Y69 C; 3CSX A; 4UCS A; 4Q6G A; 2KG7 B; 5CMU A; 5BMV A; 1N4C A; 3M99 B; 1RM1 B; 3H9V A; 3K08 A; 4LF6 O; 4K3A A; 4YY3 B; 5CB4 A; 3FAV A; 2AW9 A; 3D8C A; 1ENV A; 1W0J G; 4DRX A; 4LF9 O; 1DF5 A; 4LFB O; 3TJT A; 3A0B Z; 3S3W A; 2GDS A; 4X64 B; 4GLX A; 3FB8 C; 4CBC A; 3CCR V; 3HKD A; 4J42 A; 3ZX6 A; 1ARO P; 4EB6 A; 4J7J A; 3OT7 A; 1CEZ A; 3ASN C; 4YY3 O; 4ABM A; 3BEH A; 3L74 H; 3JAK B; 3JD3 A; 4LCU C; 3B8M A; 4GYC B; 3UCS C; 1XNR B; 4I4T B; 2EIL C; 2A79 B; 2OCH A; 5EYP A; 1YIJ V; 3LDE A; 3DXR B; 1WP8 A; 2YIB A; 4X1I B; 1GRJ A; 2YXH A; 5C8Y A; 1QNM A; 4J9Z B; 4NTY A; 5E1A C; 3JAL A; 1RPR A; 3BAA A; 4FZ0 A; 1YF2 A; 2Q8V A; 1R3I C; 3X2Q C; 1XNR O; 2CGO A; 4DV0 B; 3SDL A; 2F95 B; 1VQ6 V; 1R6N A; 1S77 D; 3L70 H; 1VIB A; 3ZMZ A; 1WA8 A; 2JS5 A; 2C2A A; 4B3M B; 2QWR B; 4P30 A; 2RNB A; 4IYI A; 4PJ0 Z; 3OR6 C; 1K9M W; 5IJ0 B; 3NR7 A; 4E4E A; 4X65 B; 1M4U A; 1PNM A; 3P30 A; 4ASU G; 1VQK V; 4CS4 A; 2HEP A; 1SZX A; 3E2E A; 4I55 A; 2W6J G; 4I9W A; 2VQF B; 2Q73 A; 2BSK B; 1B04 A; 4L87 A; 4F4L A; 2GV9 A; 4DV0 O; 1RSO B; 3KZI Z; 4JAU A; 1S5H C; 4B3M O; 2XAH A; 3PJS K; 5IYD O; 2IJJ A; 5JH7 B; 1JPX A; 2P4K A; 4WBN B; 1L1F A; 4CS3 A; 2XAG A; 4X65 O; 2E74 B; 4MVO A; 2IBZ H; 1FAF A; 4NYK A; 4O2B B; 2IH3 C; 2VQF O; 4RWU A; 2L35 A; 2WWW A; 3JAT B; 1EN4 A; 3OW2 U; 3CC2 V; 4X88 A; 3WG7 C; 2Q0O C; 4ZI7 A; 3N2G B; 2FKX A; 5LP6 A; 4XBF A; 1Z5V A; 4U7O A; 1IZ3 A; 3K79 A; 3G6E V; 3CCQ V; 4X8A A; 3ZRW A; 4UV8 A; 5LHH A; 2A7W A; 5GTH Z; 1BHB A; 2Y4U A; 1WB8 A; 1V54 B; 5CA1 A; 3CCJ V; 1L0L H; 2WPD G; 1SQV H; 4LC1 A; 5H6Q A; 3GVM A; 2QA4 V; 2HLD G; 3VQX A; 2ZT9 B; 3I55 V; 3K5M A; 4JI6 B; 4O2A B; 1DTO A; 3JAW B; 3OTF A; 2QE7 G; 1RFY A; 4UB8 Z; 2HVK C; 5L3B A; 1NS1 A; 2Q4P A; 1FYJ A; 2N04 A; 4JTD B; 1H8H G; 5K1P A; 2QTO A; 5CA3 A; 3H1L H; 3VQY A; 2IW5 A; 1LUV A; 3OUF A; 2Q0A A; 4OPH A; 3RYF A; 3Q4H A; 1YCI A; 2Q6A A; 1YVW A; 4X20 B; 2VS0 A; 3UO3 A; 4JI6 O; 3B09 A; 4AHC A; 4UCO A; 4J10 A; 2LFR A; 2PI5 A; 1K34 A; 3G80 A; 3ZRS A; 4FLY A; 3K0G A; 1RM1 C; 4ICG A; 3DC6 A; 2W6I G; 4WF9 V; 4LFA B; 3UQ8 A; 1SQX H; 2ZR3 A; 3K03 A; 4QJF B; 1M1K W; 5FPR A; 2K9P A; 5EC2 C; 4DV1 B; 4JPR A; 2LW7 A; 4J11 A; 3T2M A; 2YC0 A; 1E1R G; 2CTQ A; 1NJI W; 3JCU Z; 1NTK H; 4IT5 A; 3ZHQ A; 3ABU A; 3SPJ A; 3UT5 A; 2KB1 A; 3AK1 A; 4I0X A; 1DK1 A; 2ADP A; 1DGS A; 3QF7 A; 3HPL C; 4X1K B; 2WAM A; 4D6T H; 4LFA O; 4JYB A; 4IYH A; 1WLE A; 4DYL A; 3CD6 V; 4PA7 A; 3OD4 A; 3ETE A; 4DV1 O; 2QWP B; 3FAV B; 1FKA O; 1AIL A; 3ABT A; 1DLB A; 1M56 B; 3APQ A; 1JFF B; 5LGT A; 5GON B; 3OTO B; 3BFR A; 1X4T A; 2RMK B; 2P6J A; 3HKD B; 4EB6 B; 1ZAU A; 3OE7 G; 1NU1 H; 2ZM6 B; 2N74 A; 2XAQ A; 3E22 B; 5IDJ A; 1BQ0 A; 4BW9 A; 1J95 A; 1KD1 W; 3R65 A; 1N0J A; 1P84 F; 3OTO O; 3LSS A; 5LXT A; 3W7S A; 2JEX A; 1SC5 B; 2CTR A; 4OGQ B; 2ZD9 A; 4ZHQ A; 3CMA V; 4JI0 B; 5C93 A; 4QPK A; 5ITZ A; 1NR1 A; 4IIJ B; 5C8Y B; 4HZ3 A; 4CS2 A; 3B77 A; 2ZM6 O; 4GX1 A; 3LNM B; 4O4I B; 3OMA B; 5LOV A; 1SRY A; 2XND G; 2OIG A; 1EN6 A; 3ZHT A; 3ZIA G; 1S76 D; 2ETN A; 4X1Y A; 2QTS A; 2AZ0 A; 4JI0 O; 1MOF A; 1H2S B; 2WLM A; 3FFQ A; 1QLE B; 2CGN A; 1QR9 A; 3L9D A; 1JR9 A; 1TUB B; 1M5I A; 3M7M X; 1P7B A; 1GKF A; 3RFR A; 4CC5 A; 2D3O W; 4XDL A; 4I55 B; 1BL8 A; 4W4L A; 3K57 A; 1FFX A; 5FL7 G; 4JI4 B; 4NKG B; 3CCL V; 3ABL B; 1WP7 A; 3K04 A; 1FD9 A; 2WLK A; 1SQQ H; 1Q5O A; 1V54 C; 1N8R W; 1OHH G; 4MVM A; 3RYC A; 1ROP A; 4FMT A; 3BHP A; 1G8M A; 3WB1 A; 2ZIM A; 4PDL A; 1ZL8 A; 1XOU A; 1YJW V; 3ETD A; 1JJO A; 1ZSP A; 3QO5 A; 1K4C C; 2ZNJ A; 4JI4 O; 4MTX A; 2ZCE A; 4CC6 A; 3K59 A; 4JYC A; 4JAV A; 3ZHU A; 3D3I A; 4TV8 A; 3ZRW B; 2AHY A; 2YS8 A; 3RBZ A; 3CHX A; 2BOC C; 3CME V; 3A8T A; 1I0H A; 3ZMT A; 3RVZ A; 2V1D A; 4MT8 A; 3K5L A; 2YID A; 5EBW C; 3D3Q A; 1F7Y A; 2PI4 A; 5GTI Z; 4UXN A; 3T1H B; 1ZUQ A; 1YJ9 V; 4O4H A; 4F6R A; 1N0N A; 1Y4M A; 1YZB A; 2M6Y A; 3T1Y B; 2R72 A; 4RUE A; 5BY1 A; 2ZDI A; 2IJH A; 2ZXW B; 3SJA C; 1Q82 W; 2JDI G; 1N34 B; 3QVN A; 1B3Q A; 4G2K A; 3SYQ A; 5J9P C; 3F5W C; 1Q90 D; 3T1H O; 1MMM A; 5L3D A; 2EJR A; 2H3O A; 2P22 C; 3JAM N; 3T1Y O; 4FVM A; 3MDS A; 4WCE V; 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4TWK A; 1PKX A; 2CAZ C; 3D36 A; 1AI4 A; 2Q7E A; 3CCV V; 4PA6 A; 2ILM A; 3W7T A; 5B3S B; 4MW8 A; 2LJ2 A; 5IYZ A; 5E79 Z; 2E75 B; 1VQP V; 1SET A; 3SYA A; 4YHH O; 2XAJ A; 2DWE C; 2B1G A; 1Q6U A; 1AVM A; 3BA9 A; 2LFS A; 3JAR B; 5KMG B; 4HAM A; 5L3C A; 3LDD A; 4NXM B; 4UCT A; 2VWJ A; 5HFL A; 1SQF A; 2VRZ A; 2UXD B; 4CZZ A; 3E86 A; 4NVP A; 3RYC B; 2P7T C; 1NI8 A; 1VF7 A; 3M8A A; 3QTC A; 1KEC A; 3UKM A; 4DR6 B; 4H0L B; 3VOU A; 4EFE A; 5BZB A; 4YJ2 A; 1GM8 A; 3RW0 A; 3HKE A; 2V7Q G; 3NXS A; 2EIN B; 4BAY A; 1KKD A; 2GTS A; 2BTO A; 4LR3 A; 3ZHS A; 3BPZ A; 3HKC A; 4NXM O; 2UXD O; 2RQ6 A; 2ZXW C; 2DYS B; 2F1M A; 4JZG A; 2QDO A; 2DQ0 A; 2YEV A; 5H6R A; 3RGB A; 4F6E A; 1CP9 A; 2YSU B; 2UXX A; 2UUC B; 1MSD A; 2XHB A; 2DJV A; 2YIB D; 2PYL A; 4DR6 O; 3A2F A; 3AG7 A; 1WJZ A; 2QWN B; 1S3J A; 1UJW B; 1COW G; 5KX5 A; 3SJQ C; 4OX9 B; 3FD9 A; 1AB3 A; 4RAI A; 4GZR B; 3I5D A; 4O4H B; 3ETQ A; 2UXN A; 3C90 A; 3AG1 B; 1VQ8 V; 3EFF K; 5LHI A; 2UUC O; 3LNN A; 3AG3 C; 5DEC A; 1J5E B; 1WPX A; 3H1H H; 1K97 A; 1U96 A; 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