The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
|
sequence length |
44
|
structure length |
44
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Chain Sequence |
EALKILNNIRTLRAQARECTLETLEEMLEKLEVVVNERREEESA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| source organism |
Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. lt2
|
| publication title |
Structural Insights into the Regulation of Foreign Genes in Salmonella by the Hha/H-NS Complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DNA-binding protein H-NS
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| total genus |
12
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| structure length |
44
|
| sequence length |
44
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-12-10 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | H-NS histone-like proteins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1OV9 A; 3NR7 A; 1NI8 A; 2MW2 B; 4ICG A; 1LR1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5BMV B; 2W6I G; 1KYO F; 2O57 A; 3CB2 A; 5B1B B; 4GCZ A; 3HKB A; 3JD3 A; 2QKS A; 2IJI A; 2QM4 A; 1M4U A; 1S0V A; 3K04 A; 4LBE C; 1W2B U; 4GX2 A; 2Q9L A; 5EC1 C; 4J7Z A; 4CH4 A; 3J7A U; 4ZIB A; 3DGE A; 1MOF A; 3F7V C; 4XDJ A; 1GM8 A; 4X20 B; 1HNW B; 2JRI A; 1YI2 V; 5EK0 A; 4JGS A; 2Q7E A; 1HP8 A; 1I7F A; 3K79 A; 4O2A A; 2VWJ A; 1COW G; 2OCC B; 1R6T A; 4RWU A; 2ZD9 A; 3K57 A; 2UXD B; 3APO A; 2EZO A; 4R6Z A; 3WB0 A; 5DED A; 1OCC C; 4LF8 O; 5GTH Z; 3B8N A; 1R73 A; 1ENV A; 2Q7G A; 2GTS A; 5EIB C; 3SPC A; 1B04 A; 2P67 A; 1FXV A; 2JDI G; 5DN6 G; 5CN0 A; 4H44 B; 4OXS A; 1AIL A; 1FPO A; 4L87 A; 2B5U A; 4WBN A; 1WPX A; 2QM8 A; 2P6J A; 2V7Q G; 1CEZ A; 4ZBM A; 5LXT B; 1H8H G; 4HNA A; 5J9P C; 2W0X A; 2F95 B; 2EJ7 A; 3E8G A; 3RN4 A; 2QM7 A; 3TXQ A; 1S3J A; 2QWQ B; 1IUR A; 4K0K O; 4KHP O; 4XBF A; 3ABL C; 4JI1 O; 3WB2 A; 3LNM B; 3ZRV A; 2VQF B; 1I94 O; 4O4J A; 2QWO B; 5L3E A; 3A8T A; 3C3T A; 4DUZ O; 1Q6U A; 2AZ0 A; 1P4R A; 3JAS B; 4JI6 O; 5CMU A; 3ZMT A; 3P30 A; 3I55 V; 5GON A; 3Q4H B; 2UUA O; 2R72 A; 2BSK B; 1I08 A; 1ZLZ A; 2ZIM A; 2EIN B; 2YS8 A; 4O4H B; 1NU1 H; 3K9S A; 1JVM A; 3A2F A; 3W7T A; 4DV5 B; 4PEL A; 3OD4 A; 2JJ1 G; 3BVO A; 3K06 A; 2HFE C; 4LFC O; 4LF4 B; 1HR0 O; 3JAK B; 4JV5 B; 1QBZ A; 5EYP A; 2Q6A A; 1XUQ A; 2LGQ A; 4MTG A; 3R66 A; 1FJG B; 1IXB A; 3JAT B; 1M56 C; 1M9N A; 1SQB H; 3EVK A; 3B2E E; 2HKO A; 4X66 O; 3AG2 B; 2P5O A; 1GAX A; 1H38 A; 1MSD A; 1Q5O A; 1ROP A; 3ASO C; 1KKD A; 4EKW A; 3K59 A; 3ZHS A; 2F1M A; 3CXC U; 5L3C A; 4CS2 A; 3ABK C; 3H1L H; 2HHH B; 3RFR A; 3JD0 A; 3W7S A; 1P49 A; 1FXK A; 1NR1 A; 1I5Y A; 2OT5 A; 4NTY A; 3JAR A; 4JI0 O; 3E86 A; 1YHQ V; 3E8H A; 1TUB B; 5CA3 A; 2ODM A; 3VQV A; 3M7M X; 4NXM B; 5JCO A; 3FD9 A; 2UXC B; 1BQ0 A; 3CHX A; 3CX5 F; 2YIC A; 3TGU H; 1KU9 A; 2XND G; 4LFB O; 2EIM B; 1GN6 A; 2X6C A; 2XAS A; 4PI0 A; 4JAA A; 1XRE A; 2NR5 A; 2ZM6 O; 3BAA A; 4PDM A; 4BR6 A; 3G67 A; 4MVZ A; 5IY5 B; 1TGO A; 3G6B A; 3J81 N; 4DRX A; 2Q0A A; 4RQE A; 1MAB G; 5CBG A; 2VQE O; 3HKB B; 2P90 A; 1N32 B; 5L3B A; 3IC7 A; 5BR8 B; 1RM1 B; 3ZED A; 4YJ2 A; 3JD2 A; 2YUA A; 2PY5 A; 4J9Y B; 1RSO A; 2EIL B; 1ZAU A; 3E2E A; 2UUC O; 2PYJ A; 4KHP B; 2NNU A; 4JYA B; 1YIT V; 1DLB A; 2CTP A; 1K8A W; 2WA4 A; 1G4Y B; 3CC2 V; 4B3R O; 1BQZ A; 1I94 B; 4FFB B; 1YXB A; 5EBM C; 1WLE A; 3JAW A; 4X9Q A; 5LGU A; 1NJI W; 1JFF A; 1XNQ O; 5J2T A; 5FL7 G; 3B8M A; 3ZMS A; 4DV0 O; 1F7Y A; 4K35 A; 1AR1 B; 1F4N A; 5CA1 B; 1XHX A; 2OTL V; 2IH1 C; 4GX1 A; 1T5E A; 4DW0 A; 1IDS A; 1QHT A; 2WSS G; 4X1K B; 4G28 B; 5DM6 V; 4G2K A; 1GKF A; 1K34 A; 3AG3 B; 3H9V A; 3UO3 A; 3LSU A; 1HWY A; 1WJZ A; 3JD4 A; 1H2M A; 1NVP D; 4YY3 O; 3A0R A; 1VQ5 V; 1UFI A; 4DV7 B; 3JAM N; 1H2K A; 2EIK B; 3ZHR A; 3JSL A; 2AHZ A; 4O4J B; 3HPL C; 2GV9 A; 5E1A C; 4BW5 A; 4LF7 B; 2NN4 A; 2X0L A; 2KG7 A; 1WB8 A; 2OCH A; 4DV3 O; 1FFX A; 3E35 A; 1L1F A; 5GON B; 2WLI B; 1VF6 C; 3CPW U; 1QU7 A; 4HYO A; 2ZDI A; 3SPI A; 4B3T B; 2R9A A; 4JI0 B; 4CH3 A; 2XAQ A; 3KZI Z; 3BA9 A; 3ETG A; 4ZHQ A; 3N27 A; 2ZKO A; 3SPG A; 1IXM A; 4JI3 O; 4O2B A; 1EFR G; 1SET A; 3W7W A; 1M57 B; 4JZ2 A; 3RWR D; 5IYZ A; 1PNL A; 3K3W A; 3RBZ A; 4CS3 A; 3K08 A; 1AI6 A; 4NVP A; 3MDS A; 1V9P A; 2N05 A; 2YID A; 1KD1 W; 3ZRW B; 1V55 C; 3JD1 A; 1DF4 A; 4KFM A; 5LP6 A; 5IJ0 A; 3G80 A; 3RYH B; 2ZT9 B; 2WLN A; 4DV2 O; 2K1E A; 2VQE B; 1FS0 G; 3LSS A; 4ZI7 A; 1E1R G; 5FPR A; 2XAJ A; 5FLX N; 2OIE A; 3SPJ A; 2P4V A; 1OJH A; 5C8Y B; 4TSF G; 1HNX B; 1KEC A; 4JI2 B; 2LFR A; 1YF2 A; 1NZ6 A; 4FJC C; 5BXZ A; 2W0F C; 2E3C A; 1WAZ A; 1EN4 A; 1L0N H; 3CCR V; 4O4L A; 2N74 A; 2ZXW B; 2KB1 A; 3UM7 A; 2OIG A; 1W0K G; 1OHH G; 2QE7 G; 5JH7 A; 2F93 B; 1EM1 A; 4LH6 A; 3R65 A; 3OEE G; 4NTW A; 5KA6 A; 4X62 O; 1WN7 A; 2DYR C; 4PA6 A; 1AP5 A; 3K58 A; 1X59 A; 2JS5 A; 1IBL B; 3B09 A; 2ARH A; 3H1K H; 2UXB O; 4U7O A; 1IZ3 A; 4DRX B; 2QWR B; 4DV0 B; 1PD3 A; 1B3Q A; 4QPK A; 3K5N A; 2DYR B; 4X64 O; 2ZE7 A; 4DR2 B; 4EB6 A; 4B3M O; 3PN1 A; 2YIB A; 3JAL A; 2PGG A; 3A0B Z; 2WWW A; 4OX9 B; 4I5S A; 4KUM A; 2AW9 A; 5KX5 A; 4X65 O; 5A9G A; 2XT9 A; 1AJN A; 4MW3 A; 4TQF A; 3SPH A; 3E89 A; 1NQT A; 2QKA A; 3DSQ A; 3AG1 C; 1CXZ B; 5K1P A; 1DK1 A; 3L73 H; 2A9H A; 5LYJ A; 1U96 A; 3EHB B; 4PJ0 Z; 4IT5 A; 4LF5 B; 3X2Q B; 2JEX A; 2YEV A; 2Q68 A; 4YIP A; 1IBM O; 3JAW B; 3D36 C; 4N21 A; 2IW5 A; 4JI4 B; 3G71 V; 5D5Q A; 3E22 B; 3EXA A; 2R9I A; 4DR3 B; 1S76 D; 2Z3Y A; 3OT7 A; 1BMF G; 1VQO V; 1PNM A; 1XBL A; 1ZX3 A; 2JEU A; 2DN9 A; 4AI8 A; 1NTZ H; 3T1C A; 2YI8 A; 1Y74 A; 2QWN B; 4I9W A; 2RCV A; 3ZS8 C; 1MA1 A; 2ZE6 A; 4GKJ O; 1VQP V; 2YDE A; 2EIJ C; 3CCE V; 3CME V; 5LMU O; 2HEP A; 2DYS B; 4JI7 O; 3FKS G; 1N33 O; 3FAV A; 2F4V B; 4DR6 O; 4FLX A; 3JYC A; 5LHH A; 2KG7 B; 4X1Y B; 2GDS A; 1I5X A; 4B3S B; 3CRC A; 1HNZ O; 2XAG A; 2X6A A; 3O9O A; 3ZHT A; 2F43 G; 4FZ1 A; 2ETN A; 2UUB O; 3T4D A; 1B06 A; 4LFA B; 2XTA A; 3J80 N; 4DW1 A; 1M1K W; 4XDL A; 1VQM V; 2B1I A; 4TQD A; 1MZF A; 2ZR2 A; 4K3A A; 3OTO O; 4MTX A; 5KUM A; 1XEQ A; 3CRR A; 3SYQ A; 3TJT A; 4TV9 A; 2YI9 A; 5B1B C; 4Z1V A; 5IJ0 B; 3MAQ A; 1FAF A; 4DR1 O; 3C90 A; 1VQ8 V; 2VWK A; 4RUF A; 1M90 W; 2B1G A; 4BW9 A; 4ZI7 B; 3T1Y O; 2JGD B; 3BCC H; 2QR4 A; 3FB7 C; 5EZY B; 2OWO A; 2IU0 A; 4NR1 A; 1IX9 A; 3CJH A; 3E8B A; 1VQ9 V; 2OCC C; 3CCQ V; 4O4L B; 4LP8 A; 5L3G A; 4FLY A; 4Q20 A; 5JH7 B; 3UT5 A; 4BIO A; 2RNB A; 3FYI B; 2LP7 A; 4JYC A; 3SYP A; 3RYI A; 5LHG A; 1GRJ A; 3QTC A; 4K8Z A; 4PI2 A; 4LF9 B; 2WLL A; 1J5E O; 1NS1 A; 4MTO A; 4PDV A; 2PZS A; 1L8D A; 1JX9 A; 3U10 A; 1ZTE A; 1ORQ C; 1VQN V; 3N2K B; 4OPH A; 3QO8 A; 3FFQ A; 2EBO A; 1JPX A; 3L70 H; 4DUY O; 1XNR B; 4IHJ A; 1G1X B; 2ADP A; 4EB6 B; 4GT1 A; 4JPR A; 1OCO B; 1XI1 A; 2HLD G; 3BRC A; 4FFK A; 4X8A A; 4I0X B; 4NKG B; 5KA5 A; 4U3F H; 5KX5 B; 4PDR A; 4LNU A; 3KCX A; 4P30 A; 1NTK H; 1US6 A; 1NTM H; 4LWS A; 1OCR B; 2Z0A A; 3AG7 A; 4GKK B; 1K5S A; 1E1Q G; 3VQW A; 3ASN B; 4J41 A; 4WFB V; 2OYQ A; 3OMA B; 4NXN B; 3W7U A; 2YEV B; 2EIN C; 1FYJ A; 1SF9 A; 4DR5 B; 1BGY H; 4J10 A; 4UVA A; 1N34 B; 2YXL A; 1TUE B; 1QNM A; 5H5N A; 5LMN O; 4QJF B; 1KQS U; 1KMI Z; 4R50 A; 5KHK A; 2Y0P A; 1ZUQ A; 2UXX A; 3OUS A; 4TWK A; 1G6U A; 5ITZ A; 3OTO B; 1GN4 A; 4O4I B; 3VBB A; 4CZZ A; 1THZ A; 2B9Z A; 3OEH G; 2CH7 A; 1GMG A; 4I4T A; 3AG2 C; 4UXN A; 4UV9 A; 2KQX A; 3VQY A; 2WLM A; 3CRM A; 1IBK B; 4KP4 A; 4IGG A; 4DXW A; 1XMQ O; 1PKX A; 5CBF A; 2DWD C; 2AXT Z; 5CB4 A; 2BCC H; 3DXR A; 4TUY A; 1BS3 A; 1VQL V; 2LFS A; 1D2D A; 3T1Y B; 4L8J A; 2AGA A; 2ATK C; 5CBH A; 1P7G A; 4YJ3 A; 2FKX A; 4C7U A; 1S5L Z; 5IYD O; 4ZOL A; 1VF6 A; 4MVQ A; 3RVY A; 3NXS A; 5LBQ A; 1GH6 A; 4R8C A; 3SDL A; 3AEI A; 4MSW C; 2EIM C; 3KG2 A; 4QGP A; 1QLE B; 1XHZ A; 1ZL8 A; 4AQY O; 1WA8 A; 1JA8 A; 1KBH A; 4CH6 A; 3FB6 C; 5IY5 C; 1UJW B; 2D2C B; 5KHJ A; 4TV9 B; 3ICX A; 4W4K A; 1HW7 A; 1YZB A; 4QPJ A; 4QIW F; 3BEH A; 4TOI A; 1O9G A; 1Y6X A; 1RM1 C; 4CC6 A; 1X4T A; 4GZR B; 2XAF A; 5KHH A; 5JQG B; 1SQF A; 4FPP A; 1KC8 W; 4LF8 B; 1H2S B; 2CTQ A; 2M7W A; 5L3D A; 4FM1 A; 1YJ9 V; 1K5Q A; 2EIL C; 4IIJ B; 4TV8 B; 1SA0 A; 4JI5 O; 1JR9 A; 1VIB A; 2R9R B; 3OTF A; 3PJS K; 2IJJ A; 1Y76 A; 3FX7 A; 2QDO A; 3RYC A; 5H6R A; 2JGU A; 2X6B A; 3CCS V; 3UT5 B; 4DK1 A; 1NI8 A; 3SJQ C; 2QTS A; 4DR4 O; 3HKD A; 5HFL A; 4OGQ B; 4HZ3 A; 1YCI A; 2WLL B; 5H9C A; 1Q86 W; 4K0K B; 1AP6 A; 2P22 C; 1WNS A; 3HR0 A; 4O2A B; 4JI1 B; 2CGN A; 2G38 A; 4JF3 A; 4DV1 O; 4DR7 O; 3OR7 C; 4P9P A; 2FTK A; 4FM0 A; 4DUZ B; 3ZRX A; 4JI6 B; 3CE2 A; 3AG3 C; 2HVJ C; 2UUA B; 3UKM A; 2DWE C; 1YJN V; 1FD9 A; 1GK9 A; 3KCY A; 3KKY A; 5DEC A; 2PI5 A; 4P9O A; 1Y67 A; 1K3E A; 2E76 B; 2EIK C; 5A2Q N; 5LL6 Y; 4AHC A; 3IJ4 A; 4WBN B; 1DTO A; 3RT3 C; 3T1H O; 1VQK V; 1KKC A; 4X1I A; 5B5E Z; 2MK3 A; 3RVZ A; 3L71 H; 4LFC B; 4HNA B; 3DC5 A; 1HR0 B; 4PA7 A; 3AK3 A; 3HKC A; 5LGN A; 4YHH O; 2CDY A; 2RDC A; 3ETQ A; 4WFG A; 1QQC A; 3H1H H; 5K1X A; 3DTU B; 3S3W A; 5C93 A; 4X66 B; 4QE7 A; 4JYY A; 4I55 A; 1ZSP A; 1MG1 A; 4KXR A; 1QR9 A; 3D36 A; 4X89 A; 1SS3 A; 4QE9 A; 2PYL A; 4DK0 A; 1M57 C; 2FML A; 4DO2 A; 1RPR A; 4PHZ A; 2HG5 C; 2WA3 A; 1JMK C; 5EBL C; 4F4L A; 1W59 A; 5B3S B; 4MVR A; 5KAF Z; 2YC0 A; 2BTQ A; 1SQQ H; 1Q43 A; 2CH7 B; 1PP9 H; 4I7Z B; 1NBM G; 3ZN1 A; 4UV8 A; 4W4L A; 4LFB B; 5JJN B; 4I9Q A; 5EYP B; 4JYB A; 2Y4T A; 2LW1 A; 2ZM6 B; 4PDL A; 4OPA A; 4WFF A; 1EBO A; 3AG4 B; 1BCC H; 2IM9 A; 2UXN A; 4YJ3 B; 1WPB A; 2GHY A; 3CC4 V; 3OE7 G; 3CD6 V; 2FL4 A; 1GM7 A; 4ZKI A; 1D5A A; 4F6R A; 4ASU G; 3LSQ A; 4ZOL B; 1QCE A; 3ABU A; 3CXH F; 3D3Q A; 2ZXW C; 1EZV H; 5LA6 A; 1H8E G; 3ZCC A; 5EBW C; 3W7X A; 3CRA A; 4UCU A; 3APQ A; 4H13 B; 2N04 A; 1NKD A; 4PA4 A; 1FXK B; 1NH2 D; 3CCV V; 3JAR B; 2QEX V; 4DR4 B; 4JI8 O; 1WA8 B; 4U3J A; 2UUC B; 4DV6 O; 1XDC A; 5LOV A; 4JTD B; 3CCJ V; 1YVW A; 1OZ0 A; 5BMV A; 3P3P A; 2UU9 O; 4B3R B; 1KP2 A; 1AR4 A; 3UO2 A; 1I0H A; 2BOB C; 1XNQ B; 1S5J A; 3SJC C; 2C2A A; 4RUE A; 4MS2 A; 2GBO A; 3LNN A; 4YJ2 B; 3ZN0 A; 1MNG A; 5H2F Z; 3RYF A; 1XOU A; 2WAM A; 1SQX H; 1VQ6 V; 5IYC O; 3MHH C; 1Z5V A; 1RSO B; 2JJ2 G; 3X2Q C; 1Q81 W; 1JCH A; 1JQ0 A; 3HKD B; 1XL6 A; 4YHH B; 4YY3 B; 3H1J H; 3CRQ A; 2A7W A; 3IC9 A; 3WG7 B; 3C3S A; 3IAY A; 3LUT B; 3D3I A; 1BHA A; 1ZWI C; 2A3Q A; 1ARO P; 3M8A A; 2QTO A; 1TVK A; 1PPJ H; 1Z2G A; 4JTC B; 4DV3 B; 2CGO A; 1SZX A; 2IBZ H; 1JFF B; 2BOC C; 5J2T B; 1QVG U; 1NH2 B; 2RJZ A; 3D8C A; 2LO1 A; 1HNW O; 1NT2 B; 4FK5 C; 4PA9 A; 4MVU A; 2DYS C; 4JI3 B; 2F23 A; 4IYI A; 5J2U A; 3FYE B; 3K9A A; 2GSM B; 1R3I C; 2UXD O; 1N36 O; 3BA8 A; 3HKC B; 3RW0 A; 2AZ2 A; 4H33 A; 4BAY A; 4D6T H; 3Q4H A; 4LF6 O; 4DV2 B; 2R70 A; 2EUL A; 3VOU A; 4LR3 A; 3OUF A; 3ZMZ A; 3OFN G; 3LDC A; 3UQ8 A; 4WFA V; 1XQ8 A; 5GTI Z; 1FFT B; 1FFX B; 2Q67 A; 2ILM A; 1GN2 A; 2ADQ B; 3F5W C; 3JAK A; 1BL8 A; 1N0J A; 3ZMV A; 1SRY A; 4ZHQ B; 3STL C; 2A79 B; 3A0H Z; 4O2B B; 2WLK A; 2AHY A; 3LDE A; 5IYZ B; 4NYK A; 2YIB D; 1CP9 A; 1EZJ A; 3CS5 A; 4X62 B; 2YIA A; 5KHG A; 5JVD A; 3U0Z A; 1V54 B; 4CH5 A; 4FZ0 A; 1XL4 A; 4PV1 B; 4LC1 A; 3ABM B; 4UB8 Z; 2PTM A; 3L9D A; 1NR7 A; 5LP6 B; 2UXB B; 1K92 A; 3FB5 C; 2HJD A; 4I50 A; 2JVD A; 4DV5 O; 1SC5 B; 4D7T A; 1TUB A; 5LA6 B; 2HVK C; 3N2G A; 4X64 B; 1VQ4 V; 3ML0 A; 1OCZ B; 1Q3E A; 4LF4 O; 4B3M B; 2Y0I A; 3SGI A; 1Y4M A; 1FJG O; 2V1D A; 2IH3 C; 4X65 B; 4PA3 A; 4U3J B; 3OAA G; 3E83 A; 1SQG A; 5LOV B; 2QKC A; 3GWK C; 3BY6 A; 3TK1 A; 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