The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
68
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structure length |
68
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Chain Sequence |
b'SGIVQQQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARSGGRGGWMEWDREINNYTSLIHSLIEESQNQQEK'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Atomic structure of a thermostable subdomain of HIV-1 gp41.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
HIV-1 ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP41
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| source organism |
Human immunodeficiency virus 1
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| total genus |
28
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| structure length |
68
|
| sequence length |
68
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1997-07-28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3B8M A; 5HFL A; 4E2L A; 5CN0 A; 1DF5 A; 3MHH C; 1Y66 A; 2MK3 A; 4FJC C; 5KA5 A; 1MG1 A; 1QCE A; 5HFM A; 2EZP A; 1I5X A; 2EZO A; 4N23 A; 3GWO A; 3WFV A; 1F23 A; 1QR9 A; 4FIP C; 1DF4 A; 2OT5 A; 4JPR A; 1JPX A; 1Y4M A; 1I5Y A; 1K34 A; 3CP1 A; 3K9A A; 3MHS C; 3B8N A; 3M99 B; 1JQ0 A; 2EBO A; 1MOF A; 1SZT A; 4FK5 C; 4JGS A; 1ENV A; 1K33 A; 3B77 A; 1DLB A; 4N21 A; 5KA6 A; 3H01 A; 4G2K A; 4JF3 A; 2X7R B; 5CMU A; 5H9C A; 1QBZ A; 2P6J A; 3CYO A; 3P30 A; 2LP7 A; 2M7W A; 1QR8 A; 1EBO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3E8G A; 1YIJ V; 1N8R W; 4ZKI A; 3F5W C; 1WN7 A; 5KLV H; 1S72 V; 3CCS V; 1BCC H; 4TV9 A; 3BPZ A; 1SS3 A; 2UXX A; 1T5E A; 2UU9 B; 3B77 A; 2QWO B; 3CXH F; 4LBE C; 3FYI B; 3L70 H; 2BOC C; 3F7Y C; 2GUZ A; 2DW4 A; 1WPB A; 4I50 B; 3K03 A; 2K1E A; 1H2K A; 3AG7 A; 1H2N A; 2V4D A; 2AHY A; 4YIO A; 2M6Y A; 3QG5 A; 1Y4M A; 3J80 N; 1XL4 A; 2YEV B; 2ZE5 A; 4DV4 O; 2JRI A; 2WLK A; 5KX5 B; 3ZRW A; 4DR2 B; 1SZX A; 4LF6 B; 2QTO A; 4TV8 A; 5KHG A; 4I4T A; 3P3P A; 4FJC C; 2A06 H; 2JDI G; 4EB6 A; 3G6B A; 1KBH A; 2RQ6 A; 1I94 B; 1JMK C; 2PYL A; 4FFB B; 3ABK C; 4B3R O; 4HBN A; 1XNQ O; 4PI0 A; 5C8Y A; 4B7K A; 3X2Q C; 1H8H G; 1EN6 A; 2MK3 A; 2YXY A; 5LXT B; 2AGA A; 5CA3 A; 1VQK V; 1G1X B; 4DO2 A; 4O4L A; 3T1C A; 1NZ6 A; 3TXQ A; 2EX3 A; 3SPH A; 3CCE V; 1I5Y A; 4LF5 B; 4P9O A; 3W7T A; 4TUY B; 1KYO F; 3R66 A; 1I0H A; 4R7C A; 1BHB A; 3CEI A; 5L3C A; 4B3S O; 4YHH O; 5LP6 A; 3JAW A; 1GAX A; 2LW7 A; 1OCR B; 1JQ0 A; 4W4L A; 4X64 B; 4JZG A; 2YSU B; 5IY5 B; 4G2K A; 1N34 O; 4JF3 A; 1GM8 A; 4K8Z A; 3LUT B; 3PN1 A; 1MAB G; 3P30 A; 1XRE A; 3E22 A; 1NS1 A; 4AQY B; 2QM4 A; 2Z3Y A; 2A79 B; 4J7Z A; 2HVK C; 1JPX A; 3CD6 V; 1Q43 A; 4DV2 B; 2YUA A; 4R8C A; 4J7J A; 3LSS A; 2E5L O; 2JS3 A; 1QNM A; 5J2U A; 3ZHR A; 3FAV B; 1EFR G; 3IGA C; 3VOU A; 2UXB B; 3M7M X; 2QWP B; 2BCC H; 3MD0 A; 3CX5 F; 1GN3 A; 3RW0 A; 3ZIA G; 3JAL B; 2OIE A; 3ASO C; 4ABM A; 1W2B U; 3N2G A; 3OW2 U; 4PDR A; 4F6E A; 4DR1 O; 1NTK H; 3CRQ A; 1FXV A; 3OTO O; 2R9R B; 5LMN B; 1DK1 A; 5BMV A; 4QJF B; 1HR0 B; 3OR6 C; 1TUB A; 3ETD A; 3STL C; 4NYK A; 4ZI7 B; 4NTX A; 2EIN B; 2OCH A; 3OD4 A; 3NXS A; 3WB2 A; 3SJA C; 4X20 B; 4MS2 A; 1AI5 A; 3CC2 V; 2N74 A; 2Q0A A; 2E75 B; 4EKW A; 2GBO A; 3HKE B; 3ZHQ A; 4B3T O; 2ARH A; 2QJ1 A; 2HVJ C; 2P4K A; 2OIG A; 1XHX A; 5B1O A; 1VIB A; 1D5A A; 4FPP A; 5IDJ A; 5LA6 A; 4PA3 A; 4UCV A; 3U11 A; 2B1I A; 1ARO P; 2WLL A; 1FFX B; 5DEC A; 4I0X A; 2DYR B; 2FYU H; 2YIB A; 5L3F A; 3L75 H; 1GM7 A; 1WJZ A; 1GTO A; 4D7T A; 3RYC A; 4RQE A; 1NU1 H; 2LJ2 A; 4HNA A; 4LF9 O; 3JAM N; 1TAE A; 1FXK A; 4DUY B; 1VF6 A; 4FIP C; 4X9Q A; 1M93 A; 1VP7 A; 4G28 B; 1SF9 A; 2KSD A; 2AZ2 A; 4I4T B; 4JYA O; 1SA0 B; 5KHH A; 1CXZ B; 4EB6 B; 4MT8 A; 3SPI A; 1ZLZ A; 4X1K B; 1VMG A; 2ZE7 A; 5TIS Z; 2CK3 G; 5BZB A; 5LHG A; 4DV3 O; 3UM7 A; 1Q82 W; 1K4C C; 4LF8 B; 2WLI B; 4X65 O; 3J81 N; 3UT5 A; 1NTM H; 4DR4 O; 5C8Y B; 3CSX A; 4KP4 A; 1B6Q A; 4ASU G; 1K5S A; 5KAF Z; 4DYL A; 2C2A A; 3W7U A; 5LGN A; 2PI5 A; 1R3I C; 2FKX A; 2PYJ A; 1Q6I A; 2ZDI A; 5KUM A; 4WFH A; 1QR9 A; 3ZHV A; 2NLJ C; 1BSM A; 4WCE V; 3FYE B; 1MOF A; 1VEW A; 2WLM A; 3N27 A; 1SQB H; 3P3N A; 2GDS A; 2F66 C; 5LP6 B; 4GZR B; 4JI3 B; 5GTI Z; 3KG2 A; 3LNN A; 4JV5 O; 1M56 C; 1OCZ C; 3X2Q B; 5H6Q A; 1MSD A; 1N4C A; 4JI8 O; 2IU0 A; 2P22 C; 3E22 B; 4W4K A; 3G4S V; 1KP2 A; 2W6J G; 4HZ3 A; 4ZHQ A; 3FKS G; 3AK2 A; 4PHZ A; 2CAZ C; 1YI2 V; 1ZUQ A; 4DV4 B; 2ZM6 O; 1DTO A; 3OEH G; 2VS0 A; 4CS2 A; 1Q8I A; 2CTP A; 5J2U B; 3DC5 A; 4K0K O; 3R65 A; 1YSC A; 2W6I G; 5CA1 A; 2JEU A; 4JAA A; 1J95 A; 1K8A W; 3DSQ A; 1NBM G; 1YEW A; 4MW8 A; 1X4T A; 1AR1 B; 4IT5 A; 5EC1 C; 3HKC A; 2OYQ A; 1AJP A; 4CH4 A; 1S3J A; 1XNQ B; 1WP7 A; 2DQ0 A; 3N2G B; 1KUQ A; 1Q81 W; 2Y69 C; 3C90 A; 4OX9 O; 3KCX A; 4NTW A; 4DR3 O; 2CGN A; 1TUB B; 1ENV A; 4RAI A; 3U10 A; 1EN4 A; 1BQZ A; 2EUL A; 4UB8 Z; 1EM1 A; 2Q67 A; 3O9O A; 1FKA O; 3JAS A; 1X59 A; 4YJ3 A; 3LDE A; 4KL1 A; 1PNL A; 4H13 B; 1KQS U; 5CB4 B; 1E1Q G; 2CUG A; 3CRC A; 2JK5 C; 3T1Y B; 3LDD A; 3ZRV A; 1XBL A; 2VQE B; 3TK1 A; 5JJN B; 1L0L H; 1N0J A; 4XDJ A; 3ASO B; 4LH6 A; 5LMU O; 2E3C A; 3RGB A; 4J9Z B; 4NXM B; 2RNB A; 1YXB A; 3RYC B; 2DWD C; 3WFV A; 3ML0 A; 1YJN V; 1J5E O; 4EEQ A; 3JD3 A; 3U0Z A; 4JI7 O; 3SPC A; 4RUE A; 1O9G A; 2F4V O; 1BHA A; 3BY6 A; 4HNA B; 1BQ0 A; 3CME V; 3PJS K; 5F2V O; 4KHP O; 5K1P A; 3GB7 C; 1IBM O; 4PDV A; 5CMU A; 2YC0 A; 2E5L B; 1CP9 A; 1SRY A; 2BE3 A; 4JI1 O; 3AG2 B; 2XUM A; 4FLV A; 3SYQ A; 3AG1 C; 1SES A; 5LYJ A; 3E89 A; 2WLN A; 3CPW U; 5JCO A; 4LNU B; 2WA4 A; 4EFB A; 1YDX A; 1RP3 B; 1Y67 A; 1ORQ C; 2HEP A; 3QTC A; 2BTQ A; 3BCC H; 1XMO B; 2Q69 A; 3SYP A; 3UT5 B; 5ITZ A; 4QE7 A; 4Q20 A; 1F4M A; 2ATK C; 2EZP A; 4TT3 G; 4PD4 F; 1JFF B; 3I56 V; 2A9H A; 3RN4 A; 4WBN A; 1WPX A; 4IGG A; 1TVK A; 1Y76 B; 4UVC A; 1EN5 A; 3D8C A; 4BIO A; 3RBZ A; 2EIN C; 2LGQ A; 4XBF A; 4KXR A; 1QR8 A; 2VWK A; 4B3T B; 3ZMV A; 1IVS A; 4JAS A; 2ZXW B; 1N33 B; 3T2M A; 4ZOL A; 4BIZ A; 1ZTE A; 1IBK O; 4LFC O; 4X8A A; 5IJ9 A; 1VF5 B; 3N2K A; 2EIL C; 3ABT A; 3TGU H; 3T1H O; 2QE7 G; 1K9M W; 3VBB A; 4P9P A; 2W0F C; 2YS8 A; 4DV6 O; 1LUV A; 3FB5 C; 1N32 B; 5K1X A; 5J9P C; 3LDC A; 1RSO A; 1WB8 A; 3OMI B; 4IHJ A; 5B5E Z; 4O4I B; 2ZIN A; 2ADP A; 1VQ7 V; 2Z5U A; 4K35 A; 2DYR C; 1GKF A; 1YCI A; 2HLD G; 1DF4 A; 3FB6 C; 3ASN C; 2QKA A; 3UKM A; 3K5L A; 4CC6 A; 4R6Z A; 2L35 A; 4DUZ O; 1W0J G; 2VRZ A; 1ZX3 A; 2D2C B; 1H2S B; 1AJQ A; 5L3B A; 3CJH A; 1EBO A; 5CA1 B; 1XEQ A; 3OTF A; 2FTK A; 2UXD O; 3JAR A; 4CZZ A; 4MVR A; 5LHH A; 5IWA O; 2H8P C; 2HJF C; 2FB5 A; 3DTU B; 1M56 B; 1OCZ B; 4RO2 A; 1N36 B; 2F1M A; 5IYD O; 4JI4 O; 4DR4 B; 2QKC A; 1S5H C; 4UCT A; 3B2E E; 1VQ5 V; 1MZF A; 1OZ0 A; 1B3Q A; 3A8T A; 4U7O A; 5LOV A; 4E4E A; 4I7Z B; 2ADQ B; 3EHB B; 3ZHU A; 2WA3 A; 1JCH A; 2EJR A; 1HNZ B; 4GLX A; 1HDJ A; 1R6N A; 4X62 O; 2UUB O; 4U3F H; 1P7G A; 2EIM C; 3H1I H; 4YJ3 B; 1GMG A; 3A0R A; 4QE9 A; 3WU2 Z; 2CH7 A; 3W7X A; 1BS3 A; 1KD1 W; 5BR8 B; 4DRX A; 1P49 A; 3SYC A; 5EYP A; 4RWU A; 4LF7 B; 3AG4 B; 4Z2W A; 4O4H A; 4FK5 C; 2Y69 B; 2JEX A; 4GKK B; 3UCS C; 4BR6 A; 5LP6 C; 4KUM A; 3RYH B; 2F43 G; 3ZN0 A; 4IYI A; 3HPL C; 5E79 Z; 4LFA O; 1BMF G; 2LGW A; 1YTF D; 4B3M O; 4F6R B; 2UXC B; 2RN9 A; 2IJK A; 1XOU A; 4X1Y B; 2E74 B; 3RYI A; 4B7E A; 1OCO C; 4J7K A; 4AI8 A; 3MHS C; 4JZ2 A; 4PDM A; 4K0K B; 4BAY A; 1Q86 W; 3H01 A; 3FX7 A; 2JVD A; 2WWW A; 3Q4H A; 2YXL A; 3B8N A; 3HKB B; 3HKD A; 3DXR A; 3E8B A; 4DR6 O; 1H38 A; 3K5O A; 4LR3 A; 2EZO A; 1PNM A; 4LWS A; 5B1A B; 2IH1 C; 1KKC A; 2BTQ B; 3SYA A; 1K34 A; 4OX9 B; 1LR1 A; 3EVK A; 4JYY A; 4DR3 B; 1WA8 B; 3FFQ A; 3JCU Z; 2EIK B; 2WLH A; 2UUC B; 1RPO A; 1YVW A; 3DGE A; 2F93 B; 1FJG O; 1H8E G; 3IC7 A; 1R3K C; 4YJ2 A; 4OPH A; 4O2A A; 3ZJZ A; 1OJH A; 2UXN A; 4BW5 A; 3OAA G; 2HHH O; 4H33 A; 4DV7 O; 3AG1 B; 4P30 A; 4X66 B; 3BA8 A; 3K57 A; 1AJN A; 1FPO A; 3L71 H; 4JTD B; 4CH6 A; 1XMQ O; 5FPR A; 4ZOL B; 1GN6 A; 2Q4P A; 3JAT A; 1AI6 A; 2YIB D; 4JI2 O; 3K59 A; 3OT7 A; 4G27 B; 1NR7 A; 4J11 A; 4MVZ A; 5IJ9 B; 1NJI W; 5LMU B; 4QPJ A; 3H9V A; 4OXS A; 2ZE8 A; 2RCV A; 5BY1 A; 3BRC A; 1BT8 A; 3CS5 A; 3K79 A; 4IIJ B; 1ROP A; 1QLE B; 4UV9 A; 4MTO A; 4UFZ A; 1J5E B; 1AR4 A; 5EBW C; 4JI7 B; 5LGT A; 4CC5 A; 1JR9 A; 2F4V B; 3VQY A; 3SPG A; 4KHP B; 5HFL A; 1IBM B; 3JD0 A; 4WFB V; 1R6T A; 3K9S A; 3ICX A; 4JI6 B; 3FD9 A; 4JI1 B; 3ZMU A; 1VQ6 V; 5JWP A; 5CBF A; 1IXB A; 3CJH B; 4JTC B; 1FXK C; 2LQT A; 1VF6 C; 3D3I A; 3E8H A; 5A2Q N; 4JAU A; 2EIL B; 3D36 A; 5GON A; 2WAM A; 3AG2 C; 1THZ A; 1VAR A; 1SQQ H; 4O2B A; 1AP6 A; 1PP9 H; 1IBL O; 3B40 A; 4TV9 B; 3I55 V; 4LCU C; 3TCU A; 1IX9 A; 3GWK C; 4GCZ A; 1OV9 A; 2QKS A; 3ZCC A; 3OUF A; 2GUZ B; 1R3J C; 2ZT9 B; 1VQ8 V; 2GTA A; 1AI7 A; 3ASN B; 4P2Z A; 2JGD A; 4X89 A; 4FLU A; 3LSU A; 1W59 A; 2MW2 B; 2ZQM A; 5EK0 A; 5KUK A; 1D2D A; 2DN9 A; 1OCC C; 3KKY A; 2PTM A; 3BHP A; 3ZRW B; 4BW9 A; 1NVP D; 2ZDI C; 3OGC C; 1WLE A; 3ZMT A; 5FNV A; 2Q7E A; 4WF9 V; 3CCM V; 2E76 B; 4TV8 B; 4LFC B; 4DV0 B; 1F7Y A; 1S5L Z; 4JAV A; 4JI0 B; 2R72 A; 2ZXW C; 4LF4 O; 1ZSP A; 2JIZ G; 1LUW A; 4O4H B; 1XI1 A; 3WB1 A; 3BAA A; 4MVQ A; 3APO A; 1PV0 A; 4Q6G A; 2YXH A; 1UFI A; 1YZB A; 3W7S A; 1R73 A; 3JYC A; 1KU9 A; 3VQX A; 4LH7 A; 3SJB C; 3OE7 G; 1PNK A; 1RFY A; 5EC2 C; 1F4N A; 4FFK A; 4CS4 A; 4DV1 O; 1QU7 A; 2EIM B; 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1B04 A; 1L1F A; 3RVZ A; 1W0K G; 4X64 O; 1SQV H; 3APQ A; 4O2B B; 4PA6 A; 4I50 A; 1WAZ A; 4B3S B; 2B9Z A; 4YHH B; 3C3T A; 4N21 A; 1K73 W; 5KHJ A; 3D3Q A; 3G6E V; 5LA6 B; 4H44 B; 2YEV A; 2WLL B; 1N34 B; 5B1A C; 4I0X B; 2XAS A; 2XAH A; 5KX5 A; 1FJG B; 5E1A C; 2JGD B; 1PL0 A; 4U7N A; 1VQO V; 1H2M A; 4DV7 B; 2UXB O; 3ABM B; 2EIK C; 2BSK A; 2X6C A; 4PEL A; 2YI9 A; 2Y0I A; 3K08 A; 1FXK B; 4FFB A; 2RJZ A; 1XMQ B; 1S76 D; 4PA9 A; 1K7D A; 5EZY A; 4FLT A; 5FNV B; 1G8M A; 1S77 D; 3H1K H; 1IUR A; 2Q6A A; 2KG7 A; 3SDL A; 4CH3 A; 2ILM A; 1AIL A; 2ZKO A; 4I9Q A; 3BVO A; 1VQ9 V; 5LXT A; 4KFM A; 1SZT A; 4NVP A; 2Y0P A; 3RT3 C; 1GK9 A; 2W0X A; 3OFN G; 1Q6U A; 3A2F A; 4JTA B; 2ODM A; 4DR1 B; 2B5U A; 1NI8 A; 3OTO B; 5IYZ A; 2EIJ B; 1QLE C; 2V1D A; 1XL6 A; 4ZBM A; 4JPR A; 2ZCE A; 1M57 C; 1L8D A; 1OCC B; 1JA8 A; 2OTL V; 1GM9 A; 4JYB A; 5J2T A; 2HG5 C; 4DXW A; 2RMK B; 5B1B C; 5B1N A; 1V9P A; 3WB0 A; 2AW9 A; 1P4R A; 5H6R A; 4E2L A; 5KHI A; 1PM9 A; 4H0L B; 2IH3 C; 3ZS8 C; 4R50 A; 4WFG A; 4DW1 A; 2XAQ A; 4LP8 A; 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