The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
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sequence length |
65
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structure length |
65
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Chain Sequence |
b'TVLHVQEIRDMTPAEREAELDDLKTELLNARAVQAAGGAPENPGRIKELRKAIARIKTIQGEEGD'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
23S ribosomal rna
|
| publication title |
An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
23
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| structure length |
65
|
| sequence length |
65
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-12-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| V | PF00831 | Ribosomal_L29 | Ribosomal L29 protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2D3O W; 3CCR V; 2OTJ V; 1YJ9 V; 1Q82 W; 1K9M W; 4WCE V; 3G71 V; 3CCM V; 3CCV V; 1VQK V; 1R73 A; 1Q81 W; 1S72 V; 3CCJ V; 1VQ7 V; 1YI2 V; 1VQP V; 2OTL V; 1VQN V; 5DM6 V; 3CCS V; 1YJN V; 1VQ5 V; 3CCE V; 3CCQ V; 1VQ6 V; 3OW2 U; 3G6E V; 3CME V; 1NJI W; 1KD1 W; 1JJ2 U; 3CC7 V; 1KC8 W; 3CC4 V; 1W2B U; 3CC2 V; 1Q7Y W; 3CPW U; 3CMA V; 1M90 W; 1QVF U; 1M1K W; 4WFA V; 3G4S V; 1N8R W; 1K8A W; 2QA4 V; 1QVG U; 1K73 W; 3CXC U; 1VQM V; 3CCL V; 1YJW V; 1KQS U; 3I55 V; 3I56 V; 1VQ8 V; 1YIJ V; 4WF9 V; 4WFB V; 1YIT V; 1VQ4 V; 1VQ9 V; 1VQL V; 2QEX V; 3CD6 V; 3CCU V; 1VQO V; 1Q86 W; 1YHQ V; #chains in the Genus database with same CATH topology 2OYQ A; 1H2N A; 2A9H A; 3K0G A; 3P32 A; 2WLI B; 3SJQ C; 2K1E A; 1XIL A; 3G6E V; 3OW2 U; 2R9A A; 2GDS A; 5K1X A; 1P4R A; 2JS5 A; 3E8F A; 3CX5 F; 3G4S V; 1GM7 A; 2GSM B; 4DUZ B; 1AR4 A; 1WP8 A; 2YEV A; 1IBL O; 2HJD A; 3DTU B; 1I08 A; 4LNU B; 4P9O A; 4HZ3 A; 1F4N A; 4YJ2 B; 1ZWI C; 3BEH A; 3TK1 A; 3I5D A; 4GX1 A; 1B3Q A; 5K1P A; 5H6R A; 4X65 O; 4JI8 B; 2DWE C; 3B2E E; 4TOI A; 2QM4 A; 4F6R A; 1IXB A; 4MVU A; 5JCO C; 2EIL C; 1R6T A; 5BMV B; 3ETG A; 2ADQ B; 1HNZ B; 2IJK A; 1B04 A; 4EB6 A; 3IFX A; 3QTC A; 3DGE A; 2IU0 A; 3FB5 C; 5EZY A; 5JH7 B; 4GUN A; 5CBG A; 3OMN B; 2B9Z A; 1HR0 O; 4BIU A; 4ZI7 B; 1NTK H; 2P7T C; 2DYR B; 1XEQ A; 1Q82 W; 4LF4 O; 4DR1 B; 2HHH B; 2ZE8 A; 5IYC O; 3K5N A; 2UUB B; 1XI1 A; 2JJ2 G; 2RN9 A; 3ZHQ A; 1K73 W; 3K9A A; 2A3Q A; 4H33 A; 2RQ6 A; 3ZJZ A; 4DR7 O; 4PDL A; 1FFT B; 2Y4T A; 4DV1 B; 4P2Z A; 3OM3 B; 1MMM A; 2ZKO A; 2QGN A; 3F5W C; 2UXD O; 2EIN B; 3CXH F; 1SQG A; 2GHY A; 4LF6 B; 3ZMT A; 1XBL A; 1W2B U; 1MZF A; 3JSL A; 1MAB G; 4FJC C; 5IJ9 B; 3BPZ A; 3HKE B; 1X4T A; 3ZRW A; 4B08 A; 3RVY A; 3O9O A; 4LH6 A; 1NZ6 A; 3K5L A; 1N33 B; 1L0N H; 2LGW A; 4DV6 O; 1KYO F; 2EJR A; 2WLJ A; 2H94 A; 2X0L A; 3FB7 C; 2HVK C; 1FS0 G; 2DN9 A; 3K57 A; 4X89 A; 4JI0 O; 1H2S B; 4AQY O; 3OTO O; 1JJO A; 2XAF A; 1I5X A; 1QR9 A; 4RAI A; 2VWJ A; 2XTA A; 2UUA B; 1NH2 D; 3AG7 A; 4FLW A; 3J81 N; 1ENV A; 3JAK A; 3CRR A; 2YS8 A; 4HNA B; 4DV7 O; 1CP9 A; 3L71 H; 2CTQ A; 3OMA B; 3CCS V; 5IE9 A; 3AK3 A; 1QVF U; 4NTX A; 3JAL B; 4X88 A; 2ARH A; 4ZIB A; 4LF8 O; 4WFB V; 4TV8 A; 4IIJ B; 1H8E G; 1NTZ H; 2VQE O; 1IUR A; 4CH5 A; 1Q43 A; 4R7C A; 1Q3E A; 1VQ7 V; 5CN0 A; 4GZR B; 4JAV A; 2BTQ B; 1Y74 B; 1JJ2 U; 3MHS C; 1Z2G A; 2YI9 A; 3ASO B; 4JI6 O; 1Z5V A; 1N36 B; 1XOU A; 4TWK A; 4DUY O; 1I5Y A; 3H1H H; 2A06 H; 4WFH A; 3QG5 A; 3B40 A; 1MSD A; 1KKD A; 2YUA A; 2QTS A; 1K3E A; 3UT5 B; 1IX9 A; 4B7E A; 3ASO C; 1BT8 A; 2MW2 B; 4TQD A; 1SQB H; 3W7U A; 2Y4U A; 1EZJ A; 4NVP A; 5JQG B; 3R65 A; 2EIJ C; 3AG2 B; 4TQF A; 1ZSP A; 1PPJ H; 4IL6 Z; 5JJN B; 3L70 H; 3T1C A; 5DN6 G; 5LHG A; 3E89 A; 1U96 A; 2Q68 A; 4A5U B; 2P67 A; 3H9V A; 4G27 B; 1NR1 A; 2ZR2 A; 1TUB A; 3H01 A; 4CZZ A; 2CDY A; 1I94 B; 4QE7 A; 5IYD O; 1NT2 B; 4DV0 B; 3CRM A; 4BIO A; 4X9Q A; 3T1Y O; 1SQP H; 3ZMS A; 2ZM6 B; 1XL6 A; 1TAE A; 3AG4 B; 3CJH A; 1FXH A; 2WA4 A; 5A9G A; 1FXK A; 4FLY A; 1WB8 A; 4NTW A; 2N74 A; 4JYC A; 3ZMU A; 2IJH A; 4TUY A; 3P3P A; 2UXB B; 2DE0 X; 1GRJ A; 4MVQ A; 2AHZ A; 4J80 A; 3S3X A; 4WFF A; 3AG3 C; 4NXM B; 4B7K A; 1WB7 A; 2JGD B; 5LGT A; 4X66 B; 4I4T B; 2B1I A; 5A2Q N; 3B8N A; 2L35 A; 4B3M B; 3H1I H; 5L3F A; 2E75 B; 1NQT A; 5LXT B; 4JI8 O; 3EVK A; 3H1L H; 3WG7 C; 1Y4M A; 4ZOL A; 1Q86 W; 4TV9 A; 4O4L A; 5CBH A; 4F6R B; 4CS4 A; 4J7Z A; 3P3N A; 2CUG A; 2P22 C; 1HNZ O; 4FPP A; 3JAS A; 3CPW U; 1I0H A; 1Y66 A; 2ZCE A; 3BRC A; 3RYF B; 3J7A U; 1BHB A; 4JAS A; 1LR1 A; 1IBK B; 4LFB B; 1FYJ A; 2PYL A; 3L75 H; 3K79 A; 1YJN V; 4DRX A; 2H3O A; 1ZUQ A; 2HLD G; 3CME V; 4FM2 A; 1Q7Y W; 2WLM A; 4MVM A; 2HHH O; 3B8M A; 4KP4 A; 2WLN A; 1YJW V; 5L3B A; 1HNX B; 2UXC O; 3SJC C; 2N04 A; 4WFE A; 2ITD C; 5ITZ A; 5EBL C; 3JAR B; 4O2A A; 1MOF A; 2ZXW B; 5H5N A; 4I55 A; 4KUM A; 1PKX A; 5LP6 B; 3CCJ V; 1YI2 V; 1P7B A; 4YJ3 B; 1K4D C; 5DM6 V; 5B66 Z; 5H9C A; 4DV1 O; 1E1Q G; 4ZBM A; 3ZRV A; 3R66 A; 4L8J A; 1PNL A; 2YDE A; 2ZD9 A; 2ZXW C; 3EHB B; 4U7O A; 1BL8 A; 5HFL A; 3W7S A; 4OGQ B; 5LP6 C; 4RWU A; 3BAA A; 1ARO P; 1NU1 H; 3E22 B; 1LUV A; 4MS2 A; 3TCU A; 4H13 B; 1V54 C; 1XUQ A; 5CA1 B; 4DK1 A; 4O2B B; 2F1M A; 4PHZ A; 3RT3 C; 4PD4 F; 1CXZ B; 3A0R A; 1N33 O; 3JD3 A; 5GON A; 3N2G A; 4PJ0 Z; 4P30 A; 4WF9 V; 2JEU A; 1ZX3 A; 4LC1 A; 3C3S A; 3HKB A; 3ZX6 A; 4XBF A; 4WBN A; 5KHI A; 1PNK A; 1XHZ A; 4AIL C; 5B5E Z; 1DK1 A; 1V55 C; 2V1D A; 1JFF B; 2YIB D; 5IYZ A; 2VWK A; 4J9Z B; 3FKS G; 2NLJ C; 4GCZ A; 1VIB A; 1Q5O A; 3WB1 A; 4UCS A; 1M9N A; 1MG1 A; 2IM9 A; 3L73 H; 2DYS B; 4QNH B; 2GBO A; 1E1R G; 4DV5 O; 2B5U A; 4TV8 B; 2PYJ A; 1M1K W; 3WB0 A; 4YXW G; 3CXC U; 3ABK B; 2DYS C; 2QM7 A; 4LH7 A; 4Q6G A; 4X1I A; 3BVO A; 1BZK A; 2WAM A; 3CS5 A; 5L3C A; 1S5H C; 4B3T B; 4XDK A; 2CH7 A; 1EBO A; 4IGG A; 5KA5 A; 1YEW A; 1BQ0 A; 1YSC A; 2ATK C; 3SPH A; 1S76 D; 3OE7 G; 3C3T A; 4MVO A; 4BAY A; 3W7W A; 1R3L C; 4CH6 A; 4DV2 O; 4LF5 B; 1OCC B; 3HB3 B; 3LUT B; 2KQX A; 2KG7 B; 4DR3 B; 3FAV A; 3RGB A; 5IY5 B; 4JF3 A; 1VQL V; 4CH3 A; 4UUJ C; 1YF2 A; 4RQF A; 2E3C A; 1KB9 F; 3GWO A; 5FL7 G; 3K58 A; 3SJB C; 4K3A A; 4DV0 O; 5GW7 A; 2QWQ B; 3LSU A; 5JWP A; 3ZRX A; 1J95 A; 2R72 A; 4JTC B; 1H2L A; 3RVZ A; 1N8R W; 2O57 A; 3CJH B; 4EKW A; 4W4K A; 2DWD C; 5CA3 A; 1WA8 A; 5KUK A; 4TUY B; 4I9Q A; 4O4J B; 3JAT A; 1XMQ B; 3ML0 A; 4NXM O; 1NR7 A; 1Y76 B; 1K7D A; 5FNV A; 1TUE B; 3LNM B; 4MW8 A; 1R6N A; 1AI4 A; 4X66 O; 4PDV A; 3VQY A; 4JAU A; 4QPJ A; 4ABM A; 4B3M O; 2X6C A; 4ASU G; 2MK3 A; 4CC5 A; 5LMN O; 4GKK B; 4UCR A; 2Q7G A; 4UV9 A; 1VQN V; 3HKD A; 2PZS A; 4NR1 A; 3CRC A; 3K5M A; 1WJZ A; 3FFQ A; 1O9H A; 4UCV A; 4X1Y A; 1OCZ B; 1Q8I A; 5H6Q A; 4UVA A; 2YIA A; 1SA0 A; 3CE2 A; 1GO3 F; 4B3S B; 3ABM C; 3GB7 C; 2NN4 A; 2IW5 A; 1RM1 C; 1VAR A; 4ZHQ A; 1QNM A; 2A7W A; 3RYI A; 3CCQ V; 1IBK O; 4LFB O; 1JOY A; 1Y6X A; 3ZN0 A; 5LA6 B; 1OJH A; 2P6J A; 1QVG U; 2RMK B; 4D6T H; 4JI7 B; 3CP1 A; 2AXT Z; 2EUL A; 4RQE A; 2Y0P A; 5LGU A; 3G71 V; 1HNX O; 1W0J G; 3ETD A; 4NXN B; 4TSF G; 4R6Z A; 4O4H A; 3Q4H B; 5C8Y A; 4K8X A; 1FJG B; 2YXL A; 2YIB A; 1SES A; 1BE3 H; 4D7T A; 1WLE A; 2ODM A; 5KAF Z; 5BY1 A; 5B1A B; 3TXS A; 3U11 A; 3K5O A; 1M4U A; 1SF9 A; 1Q6U A; 1VQP V; 1G4Y B; 1E79 G; 1X59 A; 3ABL B; 4NB5 A; 4JI5 O; 4DR6 B; 5B1A C; 5J2T A; 4X20 A; 3GVM A; 2PI5 A; 4K0K B; 2UXN A; 3CD6 V; 1AI7 A; 5KMG B; 2FKX A; 3OR7 C; 2DJV A; 3A8T A; 3N27 A; 4UCU A; 2XOK G; 1W59 A; 3CEI A; 1HNW B; 3VBB A; 3KKY A; 1DGS A; 2CGO A; 2Q5Z A; 4JI4 B; 2JK5 C; 2DYR C; 4B3R B; 4K35 A; 3CC4 V; 5B3S B; 3RBZ A; 4JYB A; 4X1K A; 1AB3 A; 3DXR A; 3HR0 A; 3PN1 A; 4EEQ A; 1ZL8 B; 2BOC C; 1VP7 A; 2HP8 A; 1F7Y A; 4MTO A; 2E74 B; 3U0Z A; 4FLX A; 1R73 A; 1GMG A; 4DR5 B; 2VRZ A; 3BY6 A; 1YTF D; 5IJ0 B; 2D2C B; 3TXQ A; 1FXV A; 3ZHS A; 4OPH A; 1YIJ V; 3VOU A; 2EIN C; 5LGN A; 4FZ1 A; 1G1X B; 3QVN A; 4LCU C; 1XDC A; 1FFX A; 4L87 A; 4JV5 B; 1QCE A; 2Q0O C; 4LF9 B; 2GUZ A; 4FFB A; 1WP7 A; 3K3W A; 4O4I A; 3CWB H; 3AK2 A; 3ICX A; 3ETQ A; 4RO2 A; 3WFV A; 2YC0 A; 2M7W A; 2EBO A; 3RFR A; 4IHJ B; 4PA7 A; 1S77 D; 1SER A; 4LF5 O; 4I0X B; 1N0J A; 1JCH A; 4UVB A; 4JGS A; 4DW1 A; 4J42 A; 2GV9 A; 2DQ3 A; 2JIZ G; 2IJJ A; 5BZB A; 2KKW A; 2FTK A; 5DED A; 1V9P A; 3CC7 V; 4U3J A; 2FL4 A; 3K59 A; 2LFR A; 3L72 H; 1RSO B; 3ZHV A; 1ORQ C; 4YHH B; 1FPO A; 3B4S A; 2UU9 B; 1N34 B; 5CMU A; 5CBF A; 2Z0A A; 2V7Q G; 1VF5 B; 1JVM A; 2ZDI A; 1N4C A; 1TA8 A; 4HBN A; 1EN4 A; 5LOV A; 1D5A A; 1K34 A; 4JI3 B; 4UB6 Z; 3RYH B; 1ZTE A; 3N2K A; 4IYH A; 1XMQ O; 1DF4 A; 4NYK A; 1YXB A; 2IH3 C; 5FPR A; 2ETN A; 2QJ1 A; 2GTS A; 3FB6 C; 2Y69 B; 3W7X A; 5EK0 A; 1H8H G; 1AJP A; 1YHQ V; 3FB8 C; 5FNV B; 3SPJ A; 1HDJ A; 4YIP A; 5DEC A; 5CB4 B; 1KEC A; 2YI8 A; 4R8C A; 4GYC B; 2DOS A; 5J2U B; 1QHT A; 2P5O A; 1AP6 A; 4DR2 B; 4GKK O; 4MTF A; 4PI2 A; 5JVD A; 3OGI B; 1XNR B; 5LYJ B; 1WN7 A; 4QGP A; 1VQ8 V; 1M5I A; 1KU9 A; 3AG2 C; 1NTM H; 1B6Q A; 1JA8 A; 3ZHU A; 1D2D A; 3CCV V; 3K03 A; 3E8H A; 3HKC A; 2LP7 A; 4B3S O; 2PUS A; 1J5E B; 2ZNI A; 3B09 A; 5J9P C; 3ZMZ A; 1IDS A; 3SYO A; 3AG4 C; 1LNQ A; 5BR8 B; 5IDJ A; 4J7K A; 1WAZ A; 1IBM B; 4I50 A; 2AZ2 A; 3T2M A; 5EYP A; 2C2A A; 4JI7 O; 4EFE A; 3F7Y C; 4DUZ O; 2HEP A; 4UCT A; 2UUC B; 1BSM A; 1A32 A; 2CE4 A; 3D3I A; 4DV4 B; 3D8C A; 2YEV B; 1HP8 A; 3P30 A; 1AI5 A; 3JD2 A; 2FYU H; 2R9I A; 3IC7 A; 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4OX9 B; 1KUQ A; 1YIT V; 2YIC A; 3HPL C; 1WPB A; 3KZI Z; 1YJ9 V; 5KHK A; 1HR0 B; 4ZI7 A; 3NR7 A; 3JSN A; 2UUA O; 1SQF A; 2H8P C; 2LW7 A; 4I5S A; 2DQ0 A; 2L6L A; 1GKF A; 3RW0 A; 3ZBH A; 2BSK A; 4WFA V; 2QR4 A; 3OEE G; 2Q0A A; 3ZHT A; 2Q4P A; 3JAK B; 1I7F A; 2EIM B; 2LFS A; 5AG2 A; 4PA9 A; 4I9W A; 4YHH O; 4Q20 A; 2UU9 O; 4JZG A; 1N34 O; 3JD0 A; 4JYA B; 2QWR B; 4LF7 B; 4UXN A; 3CC2 V; 4IT5 A; 4JPR A; 3CHX A; 3OAA G; 2F23 A; 5D5P A; 1SQV H; 3CRQ A; 4JI3 O; 1YCI A; 2UXD B; 3I56 V; 1NI8 A; 1EN6 A; 1FKA O; 1EZV H; 2DMX A; 1N36 O; 1SET A; 2K9P A; 3CCM V; 1L0L H; 5IJ9 A; 4BW9 A; 3ABK C; 2JVD A; 4BW5 A; 1BQZ A; 3OT7 A; 2YID A; 3ZED A; 4PEL A; 4JTD B; 3S3W A; 1ZLZ A; 3SYA A; 2N05 A; 2Q7E A; 3QO7 A; 4XDL A; 4CBC A; 1AI6 A; 5EIB C; 2P4K A; 1SKV A; 1WNS A; 5L3D A; 1XNR O; 4WCE V; 2JRI A; 1OCC C; 1I94 O; 1RPO A; 4JI0 B; 4AQY B; 1TUB B; 3CCE V; 1M57 B; 1JPX A; 4FVM A; 5IY5 C; 5LHI A; 3ASN B; 4GKJ B; 2ZM6 O; 1XHX A; 4H0L B; 1J5E O; 1FXK B; 1M57 C; 1PM9 A; 4UV8 A; 1IXM A; 2UXB O; 3CRA A; 3ASN C; 3JAL A; 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