The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
|
sequence length |
46
|
structure length |
46
|
Chain Sequence |
TPVLVILLGVVGLSALTGYLDYVLLPALAIFIGLTIYAIQRKRQAD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
NMR Structure Determination of a Membrane Protein with Two Transmembrane Helices in Micelles: Merf of the Bacterial Mercury Detoxification System
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Morganella morganii
|
| molecule tags |
Transport protein
|
| molecule keywords |
MERF
|
| total genus |
13
|
| structure length |
46
|
| sequence length |
46
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-10-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF11431 | Transport_MerF | Membrane transport protein MerF |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | bacterial mercury transporter, merf |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2H3O A; 2LJ2 A; 1WAZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2X6A A; 5FNV B; 2ZNJ A; 2JS5 A; 3CS5 A; 4CH6 A; 3KZI Z; 1K7D A; 1M1K W; 1KB9 F; 4DV1 B; 2P4V A; 1EZJ A; 1THZ A; 5EBW C; 3ZHR A; 4LF6 O; 2EUL A; 1GAX A; 2UXC O; 2BSK A; 4X62 B; 4TQD A; 3UCS C; 3RW0 A; 2V1D A; 4K0K O; 1XMO B; 3FKS G; 5CB4 A; 4HZ3 A; 4B7K A; 2YUA A; 1FFX B; 4H37 A; 1UJW B; 1L8D A; 3E22 A; 1HR0 O; 4TT3 G; 2QWQ B; 5JVD B; 5EK0 A; 5JCO A; 4ICG A; 5FPO A; 3RYI B; 2WA3 A; 5KHK A; 1XL6 A; 2P22 C; 1QU7 A; 5FPR A; 1TA8 A; 3RYF B; 4FLW A; 1NJI W; 2ZR2 A; 5E79 Z; 1K34 A; 1JJ2 U; 3L9D A; 3FYE B; 4WFG A; 3T1H B; 4WFF A; 5KMG B; 4FLY A; 3RWR D; 3ZCC A; 4U3J A; 1NH2 D; 1OCR B; 3ASO C; 1F4N A; 5KAI Z; 4YIP A; 4CBC A; 1XNQ B; 1XBL A; 4DR3 B; 1BZK A; 3FX7 A; 2VRZ A; 2JJ2 G; 5KUK A; 5JCO C; 5H6Q A; 2UUB B; 1PD3 A; 2EIJ B; 4DR5 O; 4CC6 A; 1YEW A; 4BIZ A; 4PHZ A; 1SQB H; 1WPB A; 1AR5 A; 3ZHQ A; 4K35 A; 2ZM6 O; 4OGQ B; 3K9A A; 2X6C A; 1P4R A; 3A0H Z; 1Z2G A; 1SES A; 3JD3 A; 1L0N H; 1V54 B; 3CHX A; 1KP2 A; 1TUB B; 2EIM B; 5GW7 A; 4XDJ A; 3VBB A; 2DMX A; 4GKK B; 2HFE C; 1Q3E A; 1RPO A; 4DV2 B; 4GLX A; 2AZ0 A; 3OW2 U; 1M5I A; 4O4L B; 4HBN A; 2IU3 A; 4JTC B; 4PA7 A; 3I5D A; 1BHB A; 4FLT A; 4IYH A; 4J10 A; 1KP3 A; 1R1B A; 2W6J G; 3OFN G; 1QCE A; 2ZE6 A; 4YJ2 A; 3SYC A; 1N0N A; 5CB4 B; 4WF9 V; 4ZHQ B; 1NR1 A; 2YEV B; 4X1K A; 2D2C B; 2L35 A; 2QWR B; 4DR7 O; 5B1O A; 3HR0 A; 2FML A; 5HFM A; 5LXT A; 1V9P A; 2JGD A; 4I50 B; 3OAA G; 1R73 A; 1DK1 A; 4X1Y A; 2VQE O; 3AG7 A; 2QWP B; 4LC1 A; 2ZDI A; 5KA5 A; 2Q8V A; 4N21 A; 3SR2 C; 2UU9 B; 1EM1 A; 4LBE C; 1Y76 A; 4X89 A; 1TVK B; 1AJP A; 4JI1 B; 1FD9 A; 3SPJ A; 1NVP B; 3CCV V; 2W6I G; 3CC4 V; 3LUT B; 2PYL A; 2CUG A; 2ITC C; 1VQ4 V; 4K0K B; 5CA1 A; 5KUM A; 5H6R A; 4ASU G; 1NR7 A; 3CEI A; 3I55 V; 4TOI A; 4J11 A; 3JAR B; 1GKF A; 4YY3 O; 3ZRW A; 1HR0 B; 3ZBH A; 2Q7G A; 5IJ0 B; 1K5S A; 1OCO C; 4NXN O; 4JAA A; 1SER A; 5LMN O; 1N34 O; 1F7Y A; 4A5U B; 3S3X A; 3CCQ V; 3W7T A; 4EFB A; 4UV9 A; 2FB5 A; 1SQQ H; 2G38 A; 1ZTE A; 1Q6H A; 2Y4U A; 3TCU A; 3WB0 A; 4YJ2 B; 4X65 B; 1IXB A; 1ROP A; 3VQY A; 3W7S A; 3P30 A; 1L1F A; 4KUM A; 2Q7E A; 1QHT A; 4JF3 A; 4IGG A; 5J2T A; 5CA3 A; 2YSU B; 4MVZ A; 1KKD A; 2HJD A; 4O4I A; 3CCJ V; 4D7S A; 2E5L B; 5IYZ A; 1YF2 A; 3PN1 A; 3SJQ C; 1B06 A; 1LUW A; 1FFX A; 3ZRW B; 2LW7 A; 3JD2 A; 3E22 B; 2UXD B; 5JH7 A; 4DV0 B; 1I7F A; 3P32 A; 1NU1 H; 1QLE C; 4X1K B; 1TUB A; 5EIB C; 1QR9 A; 1S5L Z; 3SPG A; 1HNZ B; 4DV4 O; 4D6T H; 2DW4 A; 2EIK C; 2LQT A; 3X2Q B; 5L3C A; 2Y48 A; 4BAY A; 4CZZ A; 5DM6 V; 3DSQ A; 3STZ C; 4LR3 A; 5IJ0 A; 2GHY A; 4FLX A; 3LDE A; 5JJE B; 5FNV A; 4WFE A; 3HKD A; 1H2G A; 4GT1 A; 4TUY B; 4DV3 B; 5FL7 G; 2P6J A; 1K5Q A; 4IL6 Z; 3AG3 C; 3UQ8 A; 1S5H C; 1IZ3 A; 5DN6 G; 3A0R A; 4FFB B; 1R3J C; 1MAB G; 4DR2 B; 2JRI A; 2GV9 A; 3WG7 C; 3K5O A; 2A9H A; 5ITZ B; 4DUY O; 2YS8 A; 1CEZ A; 3CC7 V; 4UB8 Z; 4B3T B; 2FYU H; 3SDL A; 4DK1 A; 4B3T O; 1OCO B; 1Y4M A; 5K1P A; 3RYC B; 1WPX A; 1YJ9 V; 4JAS A; 2P90 A; 4FZ1 A; 4MSW C; 2LP7 A; 1NTM H; 5EZY A; 4AI8 A; 1OZ0 A; 3GB7 C; 3K79 A; 1JCH A; 3OMA B; 5B1B B; 1XMQ B; 1DTO A; 2EIL C; 3ZHV A; 3EHB B; 3SJA C; 4DUZ B; 1B04 A; 4NYK A; 3RYH A; 2IH3 C; 1Q7Y W; 4YJ3 A; 4AIL C; 1NH2 B; 4I4T B; 1ZUQ A; 2XOK G; 1Q8I A; 4GX5 A; 4MT8 A; 4CH4 A; 1W2B U; 1I08 A; 1P49 A; 2XHB A; 4LF8 B; 4JV5 O; 4JV5 B; 3J81 N; 1ARO P; 1KC8 W; 4MTG A; 1HP8 A; 5B3S B; 5CBG A; 3A8T A; 4UVA A; 1X59 A; 5J2U B; 2BOC C; 4MS2 A; 5EIB D; 1J95 A; 4IIJ A; 4JI5 B; 1FXK A; 1L0L H; 1BQ0 A; 4AQY O; 2PTM A; 2LGQ A; 1XNR O; 1W0K G; 5LYJ A; 4DO2 A; 1VP7 A; 3BEH A; 1N4C A; 3CXH F; 4K3A A; 1YIJ V; 4PJ0 Z; 1Y76 B; 2HLD G; 5LYJ B; 4I55 A; 3CCS V; 5LMU B; 5IWA B; 1JVM A; 4TV8 A; 4JYA O; 3K58 A; 4YHH B; 1YDX A; 1WAZ A; 2Y0P A; 4LF4 O; 1HDJ A; 2LGW A; 4FLV A; 1IBL B; 3SPI A; 4LP8 A; 1QR8 A; 4JYB A; 4DR5 B; 4JPR A; 4NR1 A; 2W0X A; 3E8H A; 2CDY A; 1GM9 A; 4EB6 B; 4CH5 A; 1M9N A; 4J7J A; 1K73 W; 3MD0 A; 3AEI A; 4X20 B; 1XI1 A; 2YDE A; 2UUA O; 3TXQ A; 2IU0 A; 4UB6 Z; 1HW7 A; 4JZG A; 1PL4 A; 2JVD A; 1VQ8 V; 4DRX A; 1GTO A; 3JAR A; 3R66 A; 1XOU A; 2LO1 A; 1MZF A; 4B7E A; 2XT9 A; 3BRC A; 1I5Y A; 4QE7 A; 1YZB A; 2Q67 A; 1P7G A; 4PDM A; 4J7K A; 1SQG A; 1G8M A; 4B3R B; 2WPD G; 4LCU C; 4O4J B; 4DR2 O; 4X1I A; 1HNX O; 1VQ6 V; 2IJK A; 1VIB A; 3E86 A; 1QVG U; 3W7W A; 3AK3 A; 3E35 A; 2Z5U A; 1JQ0 A; 4X64 O; 4KFM A; 4NB5 A; 4X64 B; 1S3J A; 1Y74 B; 3MHS C; 2IJH A; 2EZO A; 3CRC A; 2AW9 A; 3ZRX A; 2QA4 V; 4DV5 O; 1AJN A; 4I9W A; 1P7B A; 4I9Q A; 1WB8 A; 2CK3 G; 1K33 A; 3HKC B; 3CMA V; 3OGC C; 1E1Q G; 1VAR A; 2RDC A; 2ZDI C; 1AI6 A; 1I5X A; 4Z2W A; 2H8P C; 2WLJ A; 4QNH B; 4KHP O; 3O65 A; 2QTS A; 3C90 A; 1AI5 A; 2B1I A; 2BE3 A; 4B3M B; 5LGU A; 4LF9 O; 3ETQ A; 3BAA A; 4LF9 B; 4DV7 B; 1M93 A; 2MK3 A; 1PNM A; 1AP6 A; 3K0G A; 2A06 H; 3VQV A; 1I94 O; 3CC2 V; 3CWB H; 3WG7 B; 1JA8 A; 2R9A A; 5BY1 A; 4LFC B; 4LWS A; 2F23 A; 4F6E A; 1M56 B; 2BTO A; 1WA8 A; 3OR6 C; 3L72 H; 4JI3 O; 4QJF B; 4E2L A; 1AR4 A; 3WB1 A; 2EIN B; 3KKY A; 2P06 A; 3E8F A; 1ZWI C; 1GMG A; 4LF6 B; 2HKO A; 2BTQ B; 2QR4 A; 3JCZ A; 2N74 A; 1JJO A; 4U3J B; 1IUR A; 3RT3 C; 4X62 O; 3K03 A; 3RVZ A; 3OUF A; 1XMO O; 5EYP B; 2ZR3 A; 3LNN A; 3CME V; 5D5P A; 4IIJ B; 1SRY A; 1GN3 A; 1OCC C; 4DR6 B; 3ABK C; 1Q5O A; 2WAM A; 2Z0A A; 2UXN A; 1T5E A; 5CBF A; 2ZE5 A; 4JYA B; 4YHH O; 2XUM A; 4L8J A; 2H94 A; 4UXN A; 3ZED A; 4PI0 A; 4J80 A; 1JOY A; 2OCH A; 1SQF A; 2B1G A; 3KCY A; 1GRJ A; 1SZT A; 3E8G A; 3JAT A; 4WBN B; 3JD1 A; 2XAJ A; 3QO8 A; 1M57 C; 3CYO A; 1J5E O; 5D5Q A; 1BSM A; 3VQW A; 5JH7 B; 1Q90 D; 2HP8 A; 1MA1 A; 3K0D A; 3E8B A; 1VQO V; 2P5O A; 2BTQ A; 3OGI B; 4WFH A; 2GBO A; 1AR1 B; 2UUA B; 2IH1 C; 2YXY A; 1F51 A; 4YXW G; 3F5W C; 4K8X A; 2IW5 A; 3HPL C; 1BE3 H; 5J2T B; 4I55 B; 2PI4 A; 2GTS A; 2NNU A; 4Q6G A; 2KG7 B; 1QBZ A; 2WLI B; 1WA8 B; 3J7A U; 2QTO A; 1VQK V; 4L87 A; 5KLV H; 3H9V A; 1EN6 A; 2AGA A; 1GH6 A; 1HNZ O; 2ZQM A; 4IYI A; 5C8Y B; 4EB6 A; 1VMG A; 2WWW A; 1X4T A; 3RFR A; 2CTR A; 5B5E Z; 3JD0 A; 4PV1 B; 5BXZ A; 2YXL A; 4DV3 O; 4FMT A; 3ABM B; 3T1C A; 5H2F Z; 1GN6 A; 1G4Y B; 5EBM C; 1YTF D; 2WLH A; 4JI6 B; 3RYI A; 1KQS U; 4AHC A; 4PDR A; 3JSL A; 4X9Q A; 3JCU Z; 5JWP A; 1QLN A; 5BR8 B; 1EBO A; 1M4U A; 1ZL8 B; 1RM1 C; 3TGU H; 1B3Q A; 1XHX A; 2A7W A; 4IT5 A; 4JYC A; 2Q9L A; 1KKC A; 3JAM N; 5KHJ A; 3JD4 A; 3ZHT A; 4J41 A; 4BW5 A; 3JSN A; 2KG7 A; 4RQF A; 2NN4 A; 4OX9 B; 1OHH G; 4O4L A; 3ETD A; 3HKD B; 4JI3 B; 2JGD B; 3EFF K; 1WNS A; 3CCE V; 4FFK A; 4DUZ O; 5J2U A; 2EJR A; 1IBM O; 3DXR B; 2OIE A; 3OTO B; 3THO A; 4NXN B; 3CRR A; 3PJS K; 2PY5 A; 4X20 A; 2P7T C; 3WU2 Z; 2B9Z A; 2EIM C; 4HAM A; 1H38 A; 1BT8 A; 1SZX A; 4YJ3 B; 4I4T A; 4LF8 O; 3FB6 C; 1FAF A; 3H1I H; 1Q43 A; 3JAW A; 1K8A W; 1RSO A; 3N27 A; 1PPJ H; 2E3C A; 3OT7 A; 3FB7 C; 5CN0 A; 3G6B A; 3OEH G; 4MTO A; 4X66 O; 3ABK B; 1N34 B; 4LWS B; 1M56 C; 1IDS A; 2JDI G; 3ZMZ A; 1CP9 A; 3HKE A; 1AIL A; 4U7N A; 4J42 A; 1LUV A; 1XEQ A; 3K9S A; 5DED A; 2OTL V; 2XAG A; 3S3W A; 4UCV A; 4JI4 B; 1V55 B; 2PUS A; 4FIP C; 4WFA V; 3T1H O; 4BR6 A; 2QWO B; 2ZCE A; 2RN9 A; 3CB2 A; 2OTJ V; 5BMV A; 1FXK C; 2B5U A; 5IE9 A; 3X2Q C; 5LOV B; 1VQ9 V; 1BGY H; 4DR3 O; 1GN4 A; 1AP5 A; 5LHI A; 2LFS A; 3GVM A; 5KAF Z; 1JX9 A; 1PL0 A; 1VQL V; 1NVP D; 2AXT Z; 3ML0 A; 4PA6 A; 1KYO F; 3AG3 B; 5CA1 B; 4RQE A; 3OUS A; 3P3P A; 2F4V B; 3QVN A; 1N33 O; 3CRQ A; 2ZE8 A; 1AVM A; 3K06 A; 2XAH A; 1XRE A; 3ZMV A; 3D36 C; 4ZBM A; 2YIC A; 2DWE C; 1NQT A; 4X1Y B; 4P9P A; 4O4I B; 2HVK C; 3ZRS A; 4MW8 A; 3VOU A; 2BSK B; 2Q6A A; 1YI2 V; 1N36 B; 3B09 A; 1HNX B; 3B8N A; 2M6Y A; 5CMU A; 4DXW A; 2FKX A; 4TWK A; 1SC5 B; 1FKA O; 2MW2 B; 2YID A; 4B3M O; 1DGS A; 3BHP A; 4X8A A; 3E2E A; 3U0Z A; 1WJZ A; 4MVO A; 1VF5 B; 4DR7 B; 4KP4 A; 2DWD C; 1I94 B; 1XUQ A; 1S0V A; 2Q0A A; 4DR1 O; 1ZL8 A; 3LSQ A; 3AG1 B; 1K4C C; 2QSA A; 1IBK B; 2AHY A; 3B77 A; 4TUY A; 3P3N A; 2ZE7 A; 4QE9 A; 1YXB A; 2E76 B; 1BHA A; 2UU9 O; 4DV6 O; 2R70 A; 2E75 B; 4AQY B; 3LDD A; 3HKC A; 5KX5 B; 2IJI A; 2JJ1 G; 2JS3 A; 1VF7 A; 3VQX A; 4EEQ A; 5HFL A; 2F43 G; 4LFC O; 2OCC B; 2HHH B; 1TVK A; 3RN4 A; 2RNB A; 3ZMU A; 3SGI A; 4DR4 O; 3LNM B; 3QO5 A; 2Q68 A; 1US6 A; 4JI5 O; 4JAU A; 2A79 B; 4X66 B; 1O9G A; 3RBZ A; 4H13 B; 4NKG B; 1K9M W; 3ZHU A; 4FM0 A; 1K92 A; 2YIA A; 1EFR G; 3DTU B; 3B40 A; 3KCX A; 1AI7 A; 2GSM B; 3G80 A; 4FM1 A; 4U7O A; 5KHI A; 1J5E B; 5LMU O; 3ZMT A; 3LSU A; 1Y6X A; 4DR6 O; 3OR7 C; 3E89 A; 1LR1 A; 1FPO A; 4LH6 A; 3CE2 A; 4LF5 O; 3CCL V; 1SA0 A; 2XTA A; 2UXB O; 2Q7H A; 1K3E A; 2ZD9 A; 3C3S A; 1IBL O; 2E5L O; 2CH7 A; 1FXV A; 2GTA A; 1YSC A; 1YHQ V; 1MSD A; 3LDC A; 3EVK A; 3IAY A; 4ZOL A; 3M8A A; 3E83 A; 5BMV B; 3G4S V; 2O57 A; 1F23 A; 5KHH A; 1QNM A; 3H1K H; 5H9C A; 1EZV H; 1TGO A; 4HNA B; 1YTF B; 1S72 V; 4R8C A; 4WCE V; 3U10 A; 1SET A; 5E1A C; 4DV2 O; 2WLI A; 4GKK O; 5LA6 A; 2AHZ A; 1XL4 A; 4H33 A; 4KL1 A; 3AK1 A; 3JAK A; 2VWK A; 3HB3 B; 4JI0 B; 4TSF G; 4JI0 O; 1SKV A; 3ETE A; 4U3F H; 1QLE B; 1YJN V; 2IBZ H; 4JTA B; 1HNW O; 1NT2 B; 4O2B B; 3T2M A; 3AG4 C; 1AI4 A; 1BL8 A; 4JI6 O; 1EN5 A; 4GX0 A; 3DC6 A; 3Q4H B; 4F6R B; 1ZAU A; 5J9P C; 4RO2 A; 3D3Q A; 4GKJ O; 1Q81 W; 3I56 V; 1H2N A; 1NTZ H; 4NTX A; 3BY6 A; 5KMG A; 1MSW D; 2FL4 A; 1NS1 A; 4JZ2 A; 1M90 W; 1QQC A; 2LFR A; 1FS0 G; 2DYS C; 4DR1 B; 3ZMS A; 4MTF A; 3QF7 A; 4G27 B; 1EN4 A; 4FLU A; 4O4H B; 2YC0 A; 4WFB V; 2ZKO A; 1KUQ A; 4IHJ A; 4OX9 O; 4NVP A; 4R6Z A; 4GX1 A; 4R50 A; 1JFF B; 1KEC A; 2CTP A; 3OTO O; 3N2G B; 2ZXW B; 5A9G A; 3F5T A; 3FFQ A; 1W59 A; 2UUC O; 4LNU B; 4MVS A; 4JI2 B; 2LW1 A; 2ZIN A; 2V4D A; 3B4S A; 4YY3 B; 5L3E A; 2F66 C; 4GUN A; 2Q5Z A; 4W4L A; 3K59 A; 2KQX A; 4LFB B; 5LGN A; 5B1A C; 5IYC O; 3L70 H; 3TJT A; 4E4E A; 5LMN B; 3L71 H; 4DK0 A; 4J9Y B; 3T1Y B; 2VWJ A; 1OCZ B; 2DYR B; 2QKC A; 2X7R B; 4H0L B; 4ZHQ A; 1JPX A; 1VEW A; 4PD4 F; 4PEL A; 1ZLZ A; 2PF4 E; 2YEV A; 3GWK C; 4X65 O; 5B3S C; 2EBO A; 2WLL B; 4UFZ A; 4JI7 O; 1H2S B; 3SYO A; 4FZ0 A; 1S76 D; 2IM9 A; 2X6B A; 5B66 Z; 3SYP A; 4LF5 B; 2KB1 A; 1Z5V A; 2Q69 A; 2P4K A; 2Q4P A; 5LGT A; 2CAZ C; 1Q86 W; 4OPH A; 3GWO A; 2JK5 C; 2UXD O; 4QGP A; 2DN9 A; 3WFV A; 4PDV A; 2LJ2 A; 1K4D C; 1OCR C; 1P84 F; 3IGA C; 2CTW A; 4PA9 A; 4O2A B; 4DV4 B; 3RYC A; 1PNL A; 5IT9 N; 4UVB A; 1CXZ B; 2YXH A; 4RUF A; 5LXT B; 2JGU A; 5LL6 Y; 1FFT B; 3ZS8 C; 2DJV A; 2DQ3 A; 2W0F C; 3B2E E; 4NTW A; 2EIN C; 1HWY A; 3M99 B; 3BPZ A; 5LA6 B; 4Z1M G; 3ZRV A; 3K5N A; 2QM4 A; 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