The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
87
|
structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
30
|
| structure length |
87
|
| sequence length |
87
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1I94 O; 4LF6 O; 4KHP O; 1N36 O; 4DV0 O; 2LW7 A; 3SDL A; 1FJG O; 4DV5 O; 1N34 O; 2UUB O; 4JI1 O; 1XNQ O; 5FLX N; 2HHH O; 1KUQ A; 2UXB O; 4JI5 O; 4X66 O; 2JRI A; 1F7Y A; 4DR1 O; 3J7A U; 1G1X B; 3RT3 C; 4LF7 O; 1XNR O; 4DR2 O; 2AGA A; 1D2D A; 2FKX A; 5H5N A; 4JI8 O; 1HNX O; 4B3R O; 1NS1 A; 1IBM O; 2UUA O; 1AB3 A; 4LF9 O; 2UXD O; 5LL6 Y; 5BY1 A; 4DUY O; 4LFB O; 4DV7 O; 1XMO O; 5LMN O; 2E5L O; 1IBL O; 4DR4 O; 3R66 A; 4JV5 O; 1R1B A; 2VQE O; 4OPH A; 4B3M O; 1DK1 A; 4DR7 O; 1A32 A; 1J5E O; 4DR6 O; 1R6T A; 4NXM O; 4DV3 O; 1AIL A; 4JI6 O; 2UXC O; 3OTO O; 4DUZ O; 2DOS A; 1HR0 O; 1FYJ A; 1FKA O; 4GKJ O; 4DV2 O; 4JYA O; 2UUC O; 4DV1 O; 5LMU O; 4YHH O; 4LF8 O; 4JI3 O; 1HNW O; 2VQF O; 4JI7 O; 2N74 A; 4JI4 O; 1HNZ O; 4LFC O; 1X59 A; 4NXN O; 2ZM6 O; 4JI2 O; 5A2Q N; 5BR8 O; 4DR3 O; 4K0K O; 1XMQ O; 4JI0 O; 3T1Y O; 4OX9 O; 1N33 O; 4A5U B; 3F5T A; 4DR5 O; 2Z0A A; 3T1H O; 4YY3 O; 4X64 O; 4B3S O; 4LF4 O; 5IWA O; 4AQY O; 3O65 A; 4LF5 O; 1XEQ A; 4DV6 O; 4X62 O; 5BXZ A; 3J81 N; 2UU9 O; 3JAM N; 2F4V O; 4DV4 O; 4OPA A; 4GKK O; 1N32 O; 3M8A A; 4X65 O; 4LFA O; 4B3T O; 3J80 N; 1YZB A; 1IBK O; 2DJV A; 5IT9 N; 2ZKO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2EJR A; 3OE7 G; 1BCC H; 2WLL A; 1BGY H; 5JQG A; 4NVP A; 4QGP A; 3UO2 A; 4I4T B; 3F7Y C; 4JI1 B; 5FNV A; 2P4K A; 1V55 C; 2GTS A; 2LW1 A; 2PI4 A; 3IC9 A; 4LF7 O; 2Y4T A; 4UCO A; 1QR8 A; 3ETD A; 1VIB A; 3CCV V; 5GTI Z; 5LL6 Y; 1RSO B; 1GH6 A; 2E5L O; 3OTF A; 4O4I A; 1IBL O; 4CS3 A; 1DK1 A; 3RYH B; 4QE7 A; 2R9R B; 4ZOL A; 2UXC O; 4OXS A; 4TV8 A; 2GDS A; 1ZL8 B; 3LSU A; 4I55 B; 4JZG A; 2QR4 A; 4ASU G; 1FFX B; 2ZD9 A; 4GKJ B; 2WLH A; 3RYI B; 1EFR G; 3M7M X; 5JVD B; 1ARO P; 4FJC C; 2Q7H A; 4LWS A; 2P90 A; 1XMO B; 3AG3 B; 4JI0 O; 3F5T A; 3VQV A; 3OR7 C; 2A3Q A; 3E35 A; 3CCS V; 2R9A A; 3QF7 A; 3SPC A; 1VQP V; 4AQY O; 2P06 A; 4FFB B; 4X64 B; 4JYY A; 4CBC A; 2GBO A; 2UU9 B; 1B04 A; 1VF6 A; 1P7G A; 1K4C C; 3X2Q B; 2QWO B; 2VS0 A; 1JVM A; 4PA6 A; 1HWY A; 4DV0 O; 1BQZ A; 4DV5 O; 1KKD A; 2PF4 E; 4DRX A; 4GX0 A; 2HHH O; 2ZNI A; 3C90 A; 1S5L Z; 3AG3 C; 3ZMT A; 4JAU A; 1G1X B; 1VQ9 V; 3AK3 A; 1LUW A; 5IJ0 B; 1TVK B; 4LP8 A; 1VP7 A; 2GHY A; 2F66 C; 3TCU A; 1NBM G; 2DW4 A; 3UQ8 A; 1WJZ A; 3OW2 U; 3T4D A; 1AI4 A; 3ZMZ A; 4JGS A; 3Q4H A; 5JCO C; 1YI2 V; 4QNH B; 1Z2G A; 3X2Q C; 1VQO V; 3R66 A; 5EBL C; 4JV5 O; 1U96 A; 3ZJZ A; 2VQE O; 2WSS G; 2QM7 A; 1A32 A; 2Q73 A; 1GMG A; 5CMU A; 2QGN A; 1GM9 A; 2GTA A; 5IJ9 B; 3CCJ V; 1BL8 A; 3JD2 A; 1D5A A; 5B5E Z; 1HR0 O; 1FYJ A; 2ADQ B; 1K7D A; 1SA0 B; 4I50 A; 3L74 H; 3ML0 A; 1JCH A; 2LGW A; 3ASO B; 2VQF O; 4JYA B; 1VQ5 V; 1HNZ O; 4NXN O; 2AXT Z; 2YUA A; 2QSA A; 1SER A; 3GWO A; 1IBL B; 3OEE G; 3T1Y O; 2F43 G; 3JAW A; 3FB6 C; 4YXW G; 4LBE C; 1B3Q A; 3OD4 A; 3O65 A; 4DV6 O; 2F93 B; 4N21 A; 4P9O A; 2B1G A; 3WB0 A; 1H38 A; 3QO7 A; 4JF3 A; 3CCM V; 3GB7 C; 3FYE B; 5L3F A; 4PHZ A; 3I5D A; 2HKO A; 4E2L A; 2XAF A; 4X1Y A; 4X1I A; 4PEL A; 2DJV A; 4J42 A; 2LJ2 A; 3CPW U; 2OT5 A; 3ASO C; 2ITD C; 3CXH F; 1N8R W; 1I94 B; 4O2B A; 2JJ2 G; 2CH7 A; 4JZ2 A; 2DYS C; 3FYI B; 4HNA B; 4X1K B; 3G80 A; 4QIW F; 4UB6 Z; 5CN0 A; 1ENV A; 2JIZ G; 3RVZ A; 5TIS Z; 2R9I A; 1KP2 A; 3CYO A; 1VQK V; 2AGA A; 2HFE C; 2G38 A; 5JJJ B; 3ABU A; 3E8G A; 3I56 V; 4AI8 A; 1Q8I A; 2XAQ A; 2QWP B; 2EZP A; 4DK0 A; 1EM1 A; 5IYD O; 2QTS A; 5EBW C; 5KMG B; 5BY1 A; 4DV5 B; 4WBN A; 1JMK C; 4N23 A; 3CCR V; 3C3S A; 1I7F A; 3ZN0 A; 3BFR A; 1JJ2 U; 5KA5 A; 1EBO A; 3RGB A; 1J5E B; 2ATK C; 2BTO A; 3TXQ A; 1Q6H A; 1AJN A; 3OGI B; 5H9C A; 1Q5O A; 4TT3 G; 4U7N A; 3ZX6 A; 3RFR A; 2L6L A; 1EN6 A; 3ZS8 C; 3LDD A; 3ZED A; 4LFC O; 1WB8 A; 3JSN A; 2NN4 A; 5JQG B; 3UCS C; 1PV0 A; 4JV5 B; 4PA7 A; 4A5U B; 4I4T A; 4QJF B; 5FNV B; 5B3S B; 1XEQ A; 4X62 O; 5J2T B; 4EFE A; 4JTC B; 4B3S B; 1HR0 B; 4EFB A; 1XDC A; 3E8H A; 5B1B B; 3L72 H; 3A0H Z; 3J80 N; 5LA6 A; 1QNM A; 3BAA A; 1HNZ B; 2Y48 A; 1WPB A; 4UCS A; 3KKY A; 2WA4 A; 1G6U A; 4GX5 A; 4GYC B; 2YIB A; 4LNU B; 3B8M A; 3T1Y B; 2YIC A; 2H94 A; 2EIM B; 1XNQ O; 2Q9L A; 4BIZ A; 5FLX N; 1N34 B; 1BT8 A; 4ZOL B; 1DF4 A; 3H1L H; 4UXN A; 2Q0O C; 1Q81 W; 2JRI A; 4UCU A; 5B3S C; 1ZL8 A; 4I55 A; 3FB5 C; 4H0L B; 1FFX A; 3QTC A; 1OCR B; 5CA0 A; 3RYI A; 1WNS A; 4UFZ A; 5JVD A; 4G27 B; 3JSL A; 5B1B C; 2ZCE A; 3OEH G; 2QM4 A; 4PDM A; 4DYL A; 4LWS B; 2UUA O; 4MT8 A; 2UXD O; 2HVK C; 4UVA A; 4UV9 A; 2CE4 A; 4ZI7 A; 5LHI A; 1BZK A; 2V1D A; 4FFB A; 1HW7 A; 2GV9 A; 4MSW C; 4FLY A; 1S72 V; 2EIM C; 2WLJ A; 2ZE8 A; 4C7U A; 3JD3 A; 4DUZ O; 3MHH C; 4DV3 B; 5B1A B; 1QVG U; 1PD3 A; 2QKS A; 3G6E V; 5JCO A; 2CGO A; 5A9G A; 1I08 A; 2KB1 A; 3TGU H; 1HNW O; 3ZHS A; 1NR1 A; 3GVM A; 4WCE V; 1PKX A; 1QVF U; 1NKD A; 1OCR C; 1X59 A; 4PA4 A; 4FM1 A; 1YEW A; 5A2Q N; 4DR3 O; 2ZE7 A; 1PP9 H; 4DRX B; 2B1I A; 3K57 A; 1H2M A; 3CSX A; 2AHZ A; 2KG7 B; 2GUZ B; 5IWA O; 1R6K A; 1R3I C; 4QPK A; 4NKG B; 4MW3 A; 3SJA C; 2F4V O; 1Z5V A; 1V54 B; 3WFV A; 1YXB A; 1FAF A; 4MVS A; 4EEQ A; 3HKE A; 4CS2 A; 5B1A C; 4GKK B; 4X65 B; 1AR4 A; 1EZJ A; 4FFK A; 1LR1 A; 1VF6 C; 4UV8 A; 1KYO F; 1YVW A; 1HDJ A; 4X8A A; 4JI1 O; 3DGE A; 2Y69 C; 2BOB C; 5IJ9 A; 2JGD B; 1WB7 A; 3FFQ A; 4D7S A; 2BCC H; 2E3C A; 1SA0 A; 2HG5 C; 3E8F A; 1SET A; 3MHS C; 3AG7 A; 4GX2 A; 4G28 B; 2Q69 A; 1OJH A; 1YDX A; 1V54 C; 1NS1 A; 4E4E A; 1IUR A; 2PGG A; 1HNX B; 4RAI A; 3JD0 A; 4LFB O; 1Q43 A; 1SES A; 1Y6X A; 1XUQ A; 3B2E E; 4J11 A; 5IYB O; 1SC5 B; 1R6T A; 3CX5 F; 5DEC A; 1WA8 A; 4L87 A; 2YEV B; 1UJW B; 1N0J A; 1NZ6 A; 1QLN A; 4XDJ A; 3QO5 A; 4JTA B; 4JYB A; 1MA1 A; 1Q3E A; 5KHG A; 3OMI B; 4GKJ O; 4X1I B; 4XDK A; 1ZTE A; 2EIJ C; 3CEI A; 2IJH A; 3OMA B; 3TET A; 1SF9 A; 1WLE A; 4FPP A; 2UUA B; 1VQM V; 4JI3 B; 3IFX A; 2UXD B; 4O2B B; 2CH7 B; 3ZRV A; 3W7U A; 1JX9 A; 2KQX A; 1B6Q A; 3RN4 A; 4NTY A; 5KLV H; 4YY3 O; 2HJF C; 4X64 O; 1YTF D; 2DN9 A; 1N33 B; 4DR5 B; 5BXZ A; 1NJI W; 2UU9 O; 2CUG A; 4FZ0 A; 4NB5 A; 5EC1 C; 5JJN B; 1M9N A; 5KHI A; 4DV4 B; 2P7T C; 3ETQ A; 3ZRX A; 2ZDI C; 1JFF A; 5LOV A; 4WBN B; 1YTF B; 1GN2 A; 3UM7 A; 4DR3 B; 2LW7 A; 5BMV A; 4ZKI A; 4JYC A; 5IWA B; 1V9P A; 3UT5 B; 4CH3 A; 3TJT A; 3WB1 A; 5IE9 A; 3ZHQ A; 3RVY A; 2XAS A; 4JI5 B; 3CCE V; 2F4V B; 1XNR O; 3AG2 C; 4I0X A; 2Q67 A; 2WLM A; 2Q7E A; 4R50 A; 1KMI Z; 5EZY A; 1YCI A; 1YHQ V; 4JAV A; 3ASN B; 5EC2 C; 1AR5 A; 3K59 A; 2QKA A; 3N27 A; 1AB3 A; 3CB2 A; 1CPY A; 2DQ0 A; 4B3R B; 3CME V; 3SPG A; 2P22 C; 2P6J A; 2YIB D; 5J2T A; 4DV7 B; 2ZXW C; 4P2Z A; 5LYJ B; 1SZT A; 1I5X A; 3FKS G; 4DR7 B; 3OTO O; 1S0V A; 1Q6I A; 4P30 A; 4OGQ B; 5LA6 B; 4JYA O; 4YJ3 B; 2RQ6 A; 2MK3 A; 3ETE A; 5EYP A; 4O4H A; 4DXW A; 2AZ0 A; 4LNU A; 3ZHT A; 2W0X A; 1RPO A; 3PJS K; 1VF7 A; 4LFB B; 3D8C A; 1G8M A; 3K5O A; 4J7K A; 2P4V A; 3ASN C; 1H2G A; 4B7E A; 2KSD A; 1M93 A; 3LDE A; 4EB6 A; 3E8B A; 4JAA A; 3ZIA G; 4BWA A; 2N05 A; 2RJZ A; 2WLI B; 3AK2 A; 5CA0 B; 5F2V O; 3CWB H; 3I55 V; 3C3T A; 5LHG A; 3JAK A; 4CZZ A; 4X88 A; 5HFL A; 1PNM A; 2E74 B; 4LFA B; 2PUS A; 1I94 O; 1M90 W; 1F23 A; 3AG4 B; 4KHP O; 4ZI7 B; 2CDY A; 1G4Y B; 2W0F C; 4LF6 B; 4YY3 B; 3G4S V; 3H01 A; 1KKC A; 4O4L B; 5GON A; 1KP3 A; 5KHH A; 3DC5 A; 5LXT A; 4J80 A; 2UXB B; 2A06 H; 2Z3Y A; 5KHK A; 4O2A B; 1SQX H; 4GZR B; 4PDR A; 4HZ3 A; 3STL C; 3EXA A; 5CBG A; 2BTQ A; 2ZIM A; 3CC7 V; 1Z5W A; 4QE9 A; 4I5S A; 2EZO A; 2HEP A; 1THZ A; 2MW2 B; 1IVS A; 2KG7 A; 3SJB C; 2GUZ A; 5K1P A; 1TUE B; 3AG4 C; 1J5E O; 3L71 H; 1Y76 B; 4BIU A; 4JAS A; 3A2F A; 4WF9 V; 3EVK A; 1H2N A; 2O57 A; 2NLJ C; 4JI6 B; 1XNR B; 4D7T A; 4RWU A; 3HKE B; 1JPX A; 1RPR A; 2BOC C; 4PD4 F; 3NXS A; 3STZ C; 3OGC C; 1VMG A; 1QHT A; 5DN6 G; 1SQQ H; 2IJJ A; 2FYU H; 3T4Z A; 2DWD C; 1R3L C; 3JAL A; 2DQ3 A; 4JI2 O; 3EHB B; 4J41 A; 2D3O W; 2JGD A; 3O9O A; 2X7R B; 4B3S O; 4K0K B; 3N2G A; 3OTO B; 1NT2 B; 4Z2W A; 5IYZ B; 1KC8 W; 1AP6 A; 1DGS A; 2ZIN A; 2DYS B; 5KX5 A; 2ZE5 A; 4JPR A; 1M1K W; 4K3A A; 1H2K A; 3L75 H; 4DO2 A; 4GLX A; 3KZI Z; 1N34 O; 1Y4M A; 2RNB A; 4X20 A; 3ABT A; 2W6I G; 4MTX A; 1WA8 B; 2YEV A; 2YI9 A; 4H44 B; 2ZDI A; 5JWP A; 3SPH A; 3BA8 A; 3PN1 A; 3BY6 A; 4DR2 O; 5CBH A; 4HYO A; 4TSF G; 1QLE C; 1UFI A; 3JCZ A; 5DM6 V; 3CMA V; 4KHP B; 1D5N A; 5LGN A; 1FD9 A; 2B5U A; 3IAY A; 2Q0A A; 1MOF A; 3WU2 Z; 3RWR D; 3KG2 A; 1NTM H; 4DV3 O; 1XOU A; 2JJ1 G; 4KP4 A; 3IGA C; 1Y67 A; 5J2U A; 1R6N A; 4WFG A; 4O4J B; 2QWQ B; 1B06 A; 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4JI3 O; 3D3Q A; 3APQ A; 3ZCC A; 1SS3 A; 1WP7 A; 1Y74 B; 1VQ7 V; 1NQT A; 5EBM C; 1BE3 H; 3K03 A; 1N33 O; 1M4U A; 4DR5 O; 4O4L A; 2EIK B; 5GON B; 1ZUQ A; 1XHZ A; 5IDJ A; 5LXT B; 4J7J A; 1WAZ A; 4O2A A; 3OFN G; 1OCZ B; 4CS4 A; 3B09 A; 4DV4 O; 1U97 A; 1AP5 A; 2QM8 A; 2BTQ B; 3SYP A; 4CH5 A; 3RBZ A; 2Y69 B; 2YXH A; 2ZE6 A; 1IBK O; 5KAF Z; 1PNL A; 3K3W A; 3RYF A; 3SJC C; 3QG5 A; 1SQG A; 2VWJ A; 4B08 A; 4ZIB A; 2UXX A; 5J9P C; 1TUB A; 1K3E A; 1TGO A; 1SZX A; 4AHC A; 4JTD B; 1ZWI C; 4PDV A; 1Y76 A; 2X6A A; 3A0R A; 1PL0 A; 1LUV A; 4WFH A; 4JI5 O; 5KA6 A; 4X66 O; 2EIK C; 3ZHR A; 1F7Y A; 3OM3 B; 1ZX3 A; 4K35 A; 4L8J A; 4B3T B; 1P4R A; 4FM0 A; 1D2D A; 4H37 A; 1OCZ C; 3OMN B; 4PI0 A; 4WFE A; 4B3R O; 3JAL B; 2YS8 A; 3CP1 A; 4DW0 A; 4DW1 A; 1I5Y A; 1K73 W; 4F4L A; 4DV7 O; 4WFF A; 1S76 D; 3WG7 B; 1S3J A; 3N2G B; 4TQF A; 2ZQM A; 4DR7 O; 3SGI A; 4NXM O; 2YC0 A; 2EIJ B; 2PYL A; 4W4K A; 1MSD A; 4CC6 A; 4B3M B; 5IYZ A; 1OHH G; 2BE3 A; 4DR6 B; 3E22 A; 2F95 B; 3B4S A; 3SYQ A; 3A8T A; 2LFR A; 1AR1 B; 2R70 A; 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