The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
34
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sequence length |
90
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structure length |
90
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Chain Sequence |
VELRPLIGLTRGLPPTDLETITIDAIRTHRRLVEKADELFQALPETYKTGQACGGPQHIRYIEASIEMHAQMSALNTLYSILGFIPKVVV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of the Quorum-Sensing Protein Tram and its Interaction with the Transcriptional Regulator Trar
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR TRAM
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| molecule tags |
Transcription repressor
|
| source organism |
Agrobacterium tumefaciens
|
| total genus |
34
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| structure length |
90
|
| sequence length |
90
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| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-11-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF09228 | Prok-TraM | Prokaryotic Transcriptional repressor TraM |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | HR1 repeat |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1US6 A; 1URF A; 1UPG A; 4IGG A; 4DYL A; 1RFY A; 2RMK B; 4NKG B; 2Q0O C; 1CXZ B; 4NB5 A; 2HJD A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1PNK A; 4UCO A; 3HR0 A; 2YXY A; 1XMO O; 1JPX A; 2GHY A; 2GUZ A; 4LC1 A; 2Z3Y A; 3I55 V; 4J9Y B; 3L73 H; 1N33 O; 3PJS K; 1WP7 A; 1RPO A; 4MVR A; 4RAI A; 3ZHS A; 3HKC B; 3BA8 A; 2M7W A; 2ZE6 A; 3SJB C; 2BTQ A; 4IIJ B; 1VF5 B; 3STL C; 2FTK A; 1S76 D; 2E3C A; 3N2G A; 1A32 A; 4I0X A; 1QR8 A; 2LW1 A; 4GKK B; 2Z5U A; 3G67 A; 5EC1 C; 2E5L B; 1XNR O; 4DV2 B; 4IHJ A; 3ZX6 A; 5CA1 B; 2D2C B; 2N05 A; 5DN6 G; 3C3T A; 2P90 A; 5EBL C; 1VEW A; 4DR4 B; 4MVQ A; 3A0R A; 3ZMU A; 2UXB O; 2A79 B; 3OR6 C; 1PL4 A; 1U96 A; 3X2Q B; 1O9H A; 1MOF A; 2AHZ A; 3K57 A; 2WLJ A; 3D36 A; 2Q5Z A; 1X59 A; 4JI2 O; 3ASO C; 4LF8 O; 4MVS A; 3B77 A; 4WBN A; 4LF7 B; 1ZL8 B; 1ZTE A; 1BHB A; 1Y4M A; 3OGI B; 4HBN A; 2ZKO A; 2HVK C; 1Y6X A; 4R7C A; 2BE3 A; 3TJT A; 1M57 C; 3CCM V; 3OW2 U; 4LFB O; 2A7W A; 4J9Z B; 2P7T C; 1L0L H; 2F4V B; 2HHH O; 4OPH A; 4YJ3 A; 3IC7 A; 5B3S B; 3KKY A; 1VQN V; 1XHX A; 2WLL A; 2CH7 B; 3K79 A; 4DR5 O; 4QIW F; 1XMO B; 5IYZ B; 5B1O A; 2R72 A; 2VRZ A; 1YIT V; 3RT3 C; 3E89 A; 5L3G A; 1N33 B; 3K03 A; 2DYS C; 1E1Q G; 1YVW A; 1SZT A; 4I9Q A; 2KG7 A; 5LOV A; 5TIS Z; 2JVD A; 5LGT A; 4LNU B; 4TSF G; 4O2A B; 4PD4 F; 2A06 H; 1QVG U; 4TQF A; 1XNQ O; 2HP8 A; 3BHP A; 3G4S V; 3Q4H B; 2HKO A; 1GM8 A; 5FPO A; 1XNR B; 4LBE C; 1JR9 A; 1YTF D; 2BSK A; 1W0K G; 4G2K A; 3TGU H; 2PGG A; 2YIB A; 4F6R B; 1YTF B; 4B3S O; 4FM2 A; 1SQF A; 1WPX A; 1P4R A; 2BCC H; 3T1C A; 4BR6 A; 2JRI A; 3RFR A; 4X20 B; 1J5E B; 1AIL A; 4JI2 B; 1HNW O; 3T1H O; 1I5X A; 3BRC A; 2K1E A; 3E8B A; 5BR8 O; 3OM3 B; 2ZIN A; 4FLZ A; 1R73 A; 3IJ4 A; 2CGN A; 4FPP A; 1VF7 A; 3AG2 C; 2OCC C; 4K0K B; 1SQX H; 1NBM G; 4UVC A; 1XHZ A; 4R50 A; 2ZDI A; 4EFB A; 2HHH B; 2CAZ C; 3TET A; 4AIL C; 1JA8 A; 3CCU V; 3DGE A; 4MW8 A; 1OJH A; 4FLU A; 1GH6 A; 3J81 N; 4DR5 B; 4LF9 B; 5C93 A; 5KA5 A; 5IJ0 A; 4D6T H; 1D2D A; 2A3Q A; 3F7V C; 2IJH A; 5LYJ B; 1OCO C; 1LNQ A; 3ASN C; 4PDR A; 5JQG A; 1VMG A; 2AZ0 A; 1SQQ H; 4JAS A; 2RQ6 A; 1HR0 O; 4XBF A; 4DV3 O; 1XI1 A; 1PM9 A; 2XOK G; 5LXT A; 1OCZ C; 1WJZ A; 1NJI W; 2YI9 A; 4JAA A; 3J7A U; 2PI4 A; 3FAV A; 5KHI A; 4PA3 A; 2YS8 A; 4DRX B; 2RJZ A; 2UXD O; 1M9N A; 2ETN A; 1QU7 A; 4B3S B; 4AQY O; 5D5Q A; 4MTX A; 1N32 O; 1MNG A; 1RPR A; 3CC4 V; 2AHY A; 3ABK C; 4B3T O; 1FAF A; 1R3K C; 4UVA A; 5D5P A; 1MAB G; 4X1I B; 3GWK C; 1R1B A; 5IJ9 A; 1B04 A; 1VF6 C; 2XND G; 1HNW B; 4RUF A; 3T1H B; 4H0L B; 3RWR D; 3CWB H; 4CS2 A; 1NTK H; 3AG1 B; 1N34 O; 5L3F A; 2Q68 A; 4U3J B; 1MMM A; 1AP5 A; 1XUQ A; 1F4N A; 1OCC B; 1HW7 A; 1ZLZ A; 1PPJ H; 2E74 B; 3B09 A; 2GSM B; 1XQ8 A; 4DR7 B; 1FD9 A; 2ZXW B; 4JPR A; 1DTO A; 4U7N A; 1K4C C; 2UU9 O; 2LJ2 A; 3GWO A; 3AG3 C; 4MT8 A; 4JV5 O; 4X65 B; 3DC6 A; 4I50 B; 4GZR B; 4DV1 O; 4K3A A; 4ICG A; 4JI4 O; 2EIK B; 3OFN G; 3EXA A; 2LQT A; 1HR0 B; 4J7Z A; 4DV3 B; 4DR6 O; 3D8C A; 1UPG A; 3P3P A; 4QJF B; 3OUS A; 4DYL A; 2Q7G A; 3JAW B; 3W7U A; 1LUW A; 5EC2 C; 4Z2W A; 5BZB A; 3AK1 A; 3VQX A; 1SES A; 2UXD B; 1YCI A; 2DWE C; 4AQY B; 5FNV A; 3U0Z A; 3JAR B; 1KP3 A; 1N32 B; 5CA0 B; 1BS3 A; 3D36 C; 3ZIA G; 5BMV A; 4B3T B; 3WG7 C; 4WFA V; 5JJJ B; 1B3Q A; 4O4J A; 4PA9 A; 5EIB D; 1VQP V; 1EFR G; 2Q7E A; 4R6Z A; 1Q6U A; 3BAB A; 5JVD B; 1F23 A; 3L72 H; 3ETE A; 1ARO P; 4ZI7 A; 1M56 B; 1FS0 G; 1DF4 A; 3SPC A; 2DWD C; 4EKW A; 1V54 C; 1L1F A; 4JF3 A; 4JYA B; 1VQ8 V; 4YJ2 A; 3H1K H; 4J7K A; 4OPA A; 2KQX A; 5LA6 B; 2QR4 A; 1JOY A; 4KHP B; 1MA1 A; 4FLT A; 2JGU A; 1CPY A; 1FFX B; 2Y69 B; 3B8M A; 3K5L A; 3U11 A; 4JTD B; 4O4I A; 4JV5 B; 4X1K B; 2HVJ C; 3MHH C; 4DV1 B; 4HYO A; 1AI4 A; 4JZG A; 3ZHR A; 5B1N A; 4IYI A; 2UXC O; 1XOU A; 3CCL V; 3VQY A; 2PY5 A; 1SET A; 3K5M A; 2ODM A; 3RYH A; 1PL0 A; 1GN4 A; 1YDX A; 3DXR A; 1HNX O; 5GTI Z; 1IBM B; 2ZE7 A; 3ETG A; 3WFV A; 4B08 A; 1P84 F; 2GTA A; 4PHZ A; 3MAQ A; 1TVK B; 1KC8 W; 1RFY A; 1IVS A; 1QBZ A; 4L87 A; 3WB0 A; 2JJ1 G; 5GON A; 5J2U A; 1KKC A; 2CE4 A; 2WPD G; 4I55 B; 1SRY A; 2ATK C; 3M99 B; 2QA4 V; 1RM1 B; 5J2T B; 2X0L A; 1AR5 A; 2EIL B; 3ZRX A; 1NKD A; 4EEQ A; 4DV4 O; 2ZDI C; 5KHK A; 1DGS A; 2Q67 A; 4O4H A; 1Q8I A; 5K1P A; 3K58 A; 3HKB A; 1ENV A; 1GMG A; 4LF6 O; 4FFB A; 1X4T A; 3HKC A; 2Q0A A; 1VQL V; 4IYH A; 2X6C A; 3ASO B; 2UXC B; 4WFH A; 2ITD C; 2PUS A; 3GVM A; 2RMK B; 1R6K A; 3RVY A; 4DV7 O; 3JAK B; 1HNX B; 4X88 A; 1JFF B; 1YXB A; 5CA1 A; 4DR2 O; 3K5O A; 4RQE A; 2P6J A; 5LMU O; 5IDJ A; 3MDS A; 4GKK O; 1HP8 A; 3CJH B; 4TQD A; 1XDC A; 4PA7 A; 2CDY A; 3UT5 A; 1Z2G A; 4JTC B; 2F43 G; 4UXN A; 3E35 A; 4KFM A; 4O2B B; 3SPJ A; 3E22 B; 4N23 A; 2ZD9 A; 3FB7 C; 4NKG B; 1AI6 A; 2QWP B; 2MK3 A; 3ZJZ A; 5KLV H; 3ABM C; 1FXK C; 2DYS B; 4YIP A; 2W6I G; 4B7E A; 4CC6 A; 1OCR C; 5B1A C; 3RGB A; 2VQE O; 3QVN A; 4NTX A; 4DV4 B; 4LF7 O; 2A0L A; 4ZHQ A; 2PYL A; 2IU0 A; 2XAQ A; 3ZMT A; 4ABM A; 4BW9 A; 3W7T A; 1NR7 A; 3FX7 A; 2EBO A; 2F4V O; 4C7U A; 5IYZ A; 3KZI Z; 1BHA A; 5LGU A; 2LGW A; 1KEC A; 5IE9 A; 1S3J A; 2BOC C; 3ZN0 A; 3OGC C; 1BSM A; 5KHJ A; 5KUK A; 1QLN A; 5IYC O; 3JAT B; 2IJI A; 4PI0 A; 4PV1 B; 2P4K A; 5E79 Z; 3ZMS A; 4DV7 B; 3AG7 A; 3K08 A; 3OMI B; 2FYU H; 4XDK A; 1EZJ A; 3LSQ A; 4P30 A; 1EM1 A; 3AG2 B; 2OCC B; 1RP3 B; 4DR2 B; 3EFF K; 4WF9 V; 5LMU B; 2EIJ C; 2LO1 A; 1BZK A; 1I5Y A; 4F6R A; 2OWO A; 1H2G A; 2M6Y A; 4QPJ A; 4FM1 A; 2X7R B; 4JAU A; 2CTW A; 2CGO A; 3K9S A; 2P22 C; 4TV8 B; 3ZRW A; 4CH3 A; 4JGS A; 2NNU A; 4X64 O; 4JI5 B; 3OEE G; 5CN0 A; 1THZ A; 5H6Q A; 2CK3 G; 3BAA A; 1OCO B; 2EJR A; 2YSU B; 2BOB C; 1I0H A; 5DEC A; 4BIO A; 2PI5 A; 4TUY B; 1J5E O; 2BTO A; 3CD6 V; 2L35 A; 1DLB A; 2QEX V; 3M7M X; 2VQE B; 5LP6 C; 2JIZ G; 1VQ6 V; 1OCZ B; 3RYF A; 3EHB B; 3C3S A; 1HWY A; 1NTZ H; 4PA6 A; 1Q81 W; 1O9G A; 4K0K O; 5A2Q N; 3JAL A; 3RN4 A; 3W7X A; 4KP4 A; 2D3O W; 2AXT Z; 4ZBM A; 2PF4 E; 5LYJ A; 3H1L H; 3CRA A; 2HJD A; 3ABK B; 3VQW A; 4LF9 O; 4LWS B; 3SDL A; 2FB5 A; 2B5U A; 1TUB A; 2UXX A; 1N36 B; 1TAE A; 3T4Z A; 1ZWI C; 2CTQ A; 3G6B A; 3I56 V; 3B40 A; 4PEL A; 5CBH A; 1QCE A; 5K1X A; 3SJA C; 3E2E A; 3L70 H; 5J9P C; 2Q4P A; 4NR1 A; 3RYC B; 3AEI A; 4I4T A; 4MS2 A; 4DK0 A; 5CB4 B; 1IBL B; 3CC2 V; 4J10 A; 3CCE V; 4JZ2 A; 2LFS A; 4CZZ A; 4ASU G; 4TV9 B; 2OYQ A; 3P30 A; 2KB1 A; 4Z1V A; 3VQV A; 3C90 A; 4GLX A; 2DYR C; 3AG3 B; 3G71 V; 1HDJ A; 4TOI A; 4X64 B; 4RO2 A; 2ZNJ A; 1QNM A; 2F95 B; 2DN9 A; 1V9P A; 1CXZ B; 1Z5V A; 4JYC A; 3HB3 B; 4NTW A; 1V55 C; 3N2G B; 1SZX A; 2DE0 X; 2W0X A; 5ITZ A; 2JGD B; 2FKX A; 4LF4 O; 4KUM A; 5EYP A; 5KHH A; 2Y48 A; 2W6J G; 2FML A; 5KA6 A; 2GDS A; 3WU2 Z; 1SF9 A; 2N74 A; 1PNL A; 2L6L A; 2DJV A; 3DC5 A; 2OT5 A; 3FB8 C; 1K9M W; 4H44 B; 2F1M A; 3N2K A; 1K5Q A; 4I50 A; 1I94 B; 4DR7 O; 3OTF A; 4FLW A; 4NTY A; 3THO A; 4N21 A; 5JJE B; 2WAM A; 3WG7 B; 1R3I C; 2YIC A; 1S0V A; 3JAM N; 4X65 O; 4WBN B; 3FYI B; 4ZOL A; 1COW G; 1PNM A; 3CS5 A; 1AB3 A; 1BQ0 A; 3UKM A; 1IUR A; 1XBL A; 3G6E V; 1Q6H A; 4EB6 A; 5HFM A; 3L9D A; 1V54 B; 1RSO A; 3NXS A; 4NXM O; 5FL7 G; 4YJ3 B; 2WLH A; 1AJP A; 1WAZ A; 3AK2 A; 2AZ2 A; 2K9P A; 3JAR A; 2WLL B; 1YJW V; 5KX5 B; 3CRR A; 1NH2 D; 2KSD A; 2ZR2 A; 3ZHU A; 3DSQ A; 1BCC H; 5JVD A; 1Y67 A; 1SC5 B; 2ADP A; 1FPO A; 2YI8 A; 4LF5 O; 3BFR A; 2GTS A; 3ZBH A; 4JI8 B; 1SQP H; 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2DQ0 A; 3OMN B; 2DW4 A; 2ZM6 B; 2WLI A; 1L0N H; 1VQ5 V; 2Q7H A; 3ABM B; 1FXK B; 4AI8 A; 3JD1 A; 1R3L C; 4LCU C; 1K92 A; 1YEW A; 3CRQ A; 1Z5W A; 1OCR B; 2V7Q G; 1PKX A; 3T1Y O; 5IWA B; 4JI0 B; 3LDE A; 1KU9 A; 1GK9 A; 3H01 A; 1YSC A; 2X6A A; 5DED A; 3CJH A; 1YJN V; 2B1G A; 1SQG A; 4X62 B; 3A0H Z; 1JMK C; 3FKS G; 1G6U A; 2GBO A; 3O65 A; 4MTG A; 2QM8 A; 5KAI Z; 4HAM A; 4WCE V; 2X6B A; 5C8Y A; 1WN7 A; 2QM4 A; 4GCZ A; 1H2S B; 3ZHQ A; 1NU1 H; 4LFA B; 4J7J A; 1TGO A; 3MHS C; 3W7S A; 3ZN1 A; 2HR3 A; 1PP9 H; 5B5E Z; 4DV0 O; 1OCC C; 4A5U B; 1SQV H; 4D7T A; 2IJJ A; 1KKD A; 4QGP A; 1Y66 A; 3VOU A; 4FFK A; 1D5N A; 3WB2 A; 2Z0A A; 2YUA A; 4JI7 B; 2EIJ B; 4JYY A; 1DF5 A; 1S5L Z; 2VQF B; 2QGN A; 3JAS A; 3FB5 C; 3ABT A; 2EIM C; 3H1I H; 1EN5 A; 3JD0 A; 4B3R O; 1FYJ A; 3QF7 A; 3UM7 A; 2ZE8 A; 4GX0 A; 4O4J B; 4GX5 A; 1P7B A; 3BPZ A; 3K0G A; 2C2A A; 2XAH A; 3HKE B; 3S3X A; 4ZI7 B; 1VQO V; 4FIP C; 1W59 A; 2YEV B; 4RUE A; 2JEU A; 4IIJ A; 3T1Y B; 1I08 A; 2NLJ C; 2O57 A; 4YJ2 B; 5LP6 B; 1QLE C; 4DUZ B; 4QE7 A; 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