The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
31
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| structure length |
87
|
| sequence length |
87
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LFA O; 1XNR O; 4DV7 O; 3OTO O; 4LF7 O; 4LFB O; 4JI6 O; 2E5L O; 4X65 O; 3O65 A; 2UUB O; 5BXZ A; 4JI8 O; 4LF9 O; 4KHP O; 4B3S O; 1IBM O; 4DV5 O; 1F7Y A; 3R66 A; 4B3R O; 4JV5 O; 1HR0 O; 1A32 A; 1R6T A; 2ZKO A; 1FKA O; 4JI4 O; 4DV2 O; 4JI3 O; 4B3T O; 4OX9 O; 3JAM N; 1N33 O; 4GKK O; 1HNX O; 4OPH A; 3J81 N; 4NXN O; 4DR7 O; 3J7A U; 4YY3 O; 4DV3 O; 2N74 A; 1N34 O; 2VQF O; 1YZB A; 4B3M O; 3J80 N; 1XEQ A; 1KUQ A; 1AIL A; 2DJV A; 2ZM6 O; 5BR8 O; 4DR1 O; 1N36 O; 2LW7 A; 4DUZ O; 1I94 O; 4YHH O; 4JI2 O; 4LF8 O; 3T1H O; 2UU9 O; 4JI0 O; 4JI5 O; 4DV6 O; 5LL6 Y; 4JI1 O; 5IT9 N; 4GKJ O; 4DR2 O; 1N32 O; 5IWA O; 5LMU O; 4DV4 O; 1G1X B; 2DOS A; 4DR5 O; 1HNW O; 2UXB O; 1FYJ A; 1XMO O; 5FLX N; 5LMN O; 4OPA A; 2FKX A; 1D2D A; 4DR6 O; 2F4V O; 3F5T A; 1AB3 A; 4LF5 O; 4JYA O; 2UXD O; 2UUA O; 3RT3 C; 1FJG O; 1R1B A; 1IBL O; 4LFC O; 1XNQ O; 2AGA A; 1IBK O; 3SDL A; 2HHH O; 4X66 O; 5H5N A; 4LF4 O; 4A5U B; 2VQE O; 5A2Q N; 4DUY O; 2UXC O; 2UUC O; 4DV0 O; 3M8A A; 4X62 O; 3T1Y O; 4AQY O; 1J5E O; 4JI7 O; 1X59 A; 1NS1 A; 2Z0A A; 5BY1 A; 4DR4 O; 2JRI A; 4DV1 O; 4X64 O; 1HNZ O; 4K0K O; 4DR3 O; 4LF6 O; 4NXM O; 1DK1 A; 1XMQ O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4H0L B; 1XI1 A; 3ABM C; 3GB7 C; 2ILM A; 2UUB O; 4OX9 B; 4B3S O; 3R65 A; 4YIP A; 4U3J B; 2YDE A; 3SJQ C; 4PJ0 Z; 2XT9 A; 2LJ2 A; 4RUE A; 4UFZ A; 4B3M B; 4LR3 A; 2RDC A; 2LGQ A; 4TQF A; 3QO5 A; 3K04 A; 5KHK A; 2YIA A; 3JD3 A; 2Q7G A; 4JI2 B; 3H1I H; 1CP9 A; 4K35 A; 2PZS A; 4FLT A; 4QIW F; 4NYK A; 1NH2 B; 1XEQ A; 4E4E A; 2ZM6 O; 5IY5 C; 2X6A A; 3BAA A; 5JJE B; 2DYR B; 2R9A A; 4GKJ O; 5JVD B; 5LMN B; 5F2V O; 5DEC A; 5B1O A; 4NB5 A; 3W7X A; 2DYS B; 1T5E A; 4H13 B; 4JYC A; 1HW7 A; 3SGI A; 2EIN C; 4K8Z A; 3ZMS A; 5HFL A; 1BMF G; 4G2K A; 5LP6 B; 1FAF A; 2HHH B; 5CMU A; 5FLX N; 2VWK A; 2Q0O C; 3WG7 C; 2FKX A; 3ASO B; 1GH6 A; 3LNM B; 1K4C C; 2ARH A; 1JR9 A; 1M1K W; 1IBL O; 1M5I A; 3JD4 A; 1HNZ B; 1VEW A; 3EVK A; 3APQ A; 2X7R B; 1LNQ A; 3M8A A; 3G6B A; 3DXR B; 2IJJ A; 3QG5 A; 2CGN A; 4FZ1 A; 1PNM A; 1NBM G; 3AG7 A; 3ABL B; 3APO A; 2PF4 E; 4QE9 A; 4DR3 O; 3DTU B; 4ASU G; 2LW1 A; 3L74 H; 3VOU A; 3K58 A; 4WBN A; 2E5L O; 3RVZ A; 5EYP A; 5K1P A; 1EZV H; 3R66 A; 5C93 A; 4B3R O; 2YIC A; 4JAU A; 4KP4 A; 1N34 B; 4BIZ A; 3CB2 A; 2QWP B; 2ZIO A; 2OYQ A; 3N2G A; 3QO7 A; 4GKK O; 1L8D A; 4J10 A; 5IDJ A; 4JI0 B; 2OCC C; 2WWW A; 2DE0 X; 1Q5O A; 1H2K A; 4YJ3 A; 2EIJ C; 3VQV A; 1IXB A; 4WCE V; 4DV4 B; 4GYC B; 4X89 A; 3ZRW A; 3TK1 A; 2UU9 O; 5LL6 Y; 4JI1 O; 1Q82 W; 2AXT Z; 4J7K A; 3SPG A; 4GUN A; 1YCI A; 1GTO A; 2L6L A; 5IWA O; 4JYA B; 2OT5 A; 1EBO A; 1BHA A; 1XHX A; 4AHC A; 1I08 A; 4F6R A; 4JAA A; 4DR5 O; 1HNW O; 1RPO A; 1THZ A; 4NTW A; 2YI8 A; 1AP6 A; 4MVM A; 2VQE B; 2F1M A; 1Y74 A; 3OM3 B; 1AB3 A; 1R6N A; 1Q86 W; 4PDR A; 4X66 O; 4XDK A; 4X64 B; 2NR5 A; 1SA0 A; 3DSQ A; 4IIJ A; 3CME V; 1IDS A; 5A2Q N; 3SYC A; 1M57 B; 3CRR A; 2A0L A; 3JCZ A; 1YJN V; 1IVS A; 2Q7E A; 4DR4 O; 4IYI A; 4KL1 A; 4Q20 A; 5A9G A; 2EIL B; 2HJD A; 2JS5 A; 1RM1 B; 4JTD B; 5D5Q A; 1EFR G; 3GWK C; 1Y4M A; 4MTG A; 2Y4U A; 3ZHQ A; 4WBN B; 3VQW A; 1FPO A; 1MSW D; 4FZ0 A; 5EYP B; 4W4K A; 4R7C A; 3E2E A; 3W7S A; 3K0D A; 3BEH A; 4DR7 B; 4NKG B; 2P5O A; 4DV3 B; 3P3P A; 1A32 A; 4P9O A; 2PTM A; 5L3E A; 4Z1V A; 4H37 A; 1O9H A; 3UM7 A; 3LUT B; 4I0X A; 4DR2 B; 4PDM A; 5LHG A; 4X8A A; 1YJ9 V; 3ABT A; 1XRE A; 1N0J A; 3OUF A; 4YJ3 B; 1OCO B; 5JJJ B; 1V54 B; 1N36 O; 3B8N A; 1V55 B; 3UO2 A; 4DK1 A; 4YHH O; 3E8B A; 3RYH A; 1ZLZ A; 4JTA B; 1AR4 A; 2Q7H A; 3LDD A; 3ZRW B; 1F4N A; 1XMO B; 1J95 A; 3IAY A; 3E89 A; 4LH6 A; 1ZAU A; 4LF5 B; 4GZR B; 2IH1 C; 4PA3 A; 3K5L A; 3OR6 C; 2LQT A; 1UFI A; 4F6R B; 4YJ2 B; 2L35 A; 2XAS A; 3ZJZ A; 4WF9 V; 4DR6 O; 2F23 A; 1QR8 A; 2CTW A; 1Y74 B; 4DV0 B; 3IGA C; 4AQY B; 1XNQ O; 3OMI B; 4D6T H; 3G80 A; 4D7T A; 1CXZ B; 5DN6 G; 2ZNI A; 1FXK C; 2P67 A; 1SA0 B; 4IIJ B; 3F5W C; 1XMQ B; 2JGD A; 1Q6H A; 4FLZ A; 1AJQ A; 1WNS A; 4JI6 B; 1DF5 A; 5EC1 C; 2LO1 A; 1NU1 H; 2GHY A; 3ZRX A; 1VQO V; 1SKV A; 4IT5 A; 2LGW A; 4PI2 A; 4JI4 B; 5BXZ A; 1S5J A; 3W7T A; 1QNM A; 4P2Z A; 3JAK A; 3CCV V; 2FYU H; 3OD4 A; 2ETN A; 2MK3 A; 1Q43 A; 4JYB A; 4B3T O; 1VF6 A; 3FAV A; 3B8M A; 4QPK A; 4UCO A; 1VIB A; 3QO8 A; 4I0X B; 4P30 A; 2CE4 A; 3ETE A; 4WFB V; 5H6Q A; 1XDC A; 1I94 O; 4LF8 O; 2Y4T A; 4ICG A; 3HKE A; 2UXB B; 4QJF B; 5KUM A; 1W59 A; 5BZB A; 2QSA A; 2FML A; 1GO3 F; 3QVN A; 4CS2 A; 4R6Z A; 3BRC A; 1GAX A; 1Y76 A; 4NTX A; 2KSD A; 1FYJ A; 4BAY A; 4JPR A; 4LP8 A; 1PNK A; 3K5O A; 3F5T A; 1NTZ H; 1ORQ C; 1OHH G; 5EIB D; 3OR7 C; 2OWO A; 4W4L A; 1KMI Z; 4O2A A; 5FL7 G; 2UUC O; 4X62 O; 2QM8 A; 5B1B B; 2JJ1 G; 2XAG A; 2JGD B; 3MHH C; 4MVU A; 1AR5 A; 1WLE A; 3CE2 A; 2H8P C; 2RN9 A; 4JI8 B; 1I7F A; 4LF9 B; 5B1N A; 4LBE C; 2XOK G; 2WPD G; 1VF5 B; 3DC5 A; 2CGO A; 1S5H C; 2Y0P A; 1XOU A; 4TT3 G; 2OTL V; 1QU7 A; 4DV2 B; 4LFB O; 2W0X A; 2OTJ V; 3F7Y C; 3E8F A; 4CH6 A; 4CS4 A; 2IW5 A; 1TAE A; 1NT2 B; 2E75 B; 4JV5 O; 4P9P A; 3N2K A; 3ZED A; 1FKA O; 3IFX A; 1VMG A; 1XIL A; 3BFR A; 3JAW A; 4JGS A; 2QKA A; 3FB7 C; 4LH7 A; 4QNH B; 1VQM V; 1PPJ H; 4JI3 O; 2DW4 A; 2ZT9 B; 1N33 O; 5CB4 A; 1HNX O; 2WA4 A; 5BR8 B; 3CCE V; 3ZMT A; 3FB6 C; 3FAV B; 2F43 G; 1EN4 A; 3FB8 C; 2G38 A; 1NTM H; 3H9V A; 1VQ4 V; 5HFM A; 1OCC C; 3THO A; 1N32 B; 4TOI A; 4DXW A; 3MAQ A; 3K0G A; 3ABK B; 2X0L A; 3LSS A; 1M56 B; 4DV6 O; 4BIO A; 4XBF A; 1BZK A; 3HKE B; 2A3Q A; 4DK0 A; 5L3B A; 4I9Q A; 5KA6 A; 2UXD B; 3HPL C; 2Y0I A; 3JD1 A; 4FFB A; 3AG2 B; 1Y76 B; 5L3F A; 1ZL8 A; 4LC1 A; 1L1F A; 3FFQ A; 1YTF B; 2ZR2 A; 2UUA O; 2WLH A; 1FJG O; 2ZCE A; 4LFC O; 5B3S C; 5JWP A; 1Q7Y W; 1JX9 A; 1ZX3 A; 4I7Z B; 1Y66 A; 2LP7 A; 4CH5 A; 4O2A B; 5CBF A; 1NZ6 A; 1PM9 A; 3OTO B; 1SZT A; 1G4Y B; 4ZOL A; 4X65 B; 4JF3 A; 3SPC A; 3TJT A; 1AVM A; 3EXA A; 4FLU A; 2BTQ A; 3A0R A; 1TUE B; 5IJ9 A; 5C8Y A; 4RWU A; 5CA1 A; 1D2D A; 4C7U A; 4QE7 A; 5KLV H; 2CTP A; 5KHH A; 4FM2 A; 2AZ2 A; 1S77 D; 3ZHT A; 2HJF C; 4F4L A; 1YHQ V; 1UJW B; 2E74 B; 4TUY A; 4UB6 Z; 1D5A A; 2XUM A; 2LFR A; 4HYO A; 3TGU H; 2R9R B; 5L3C A; 3CYO A; 1PD3 A; 1R6T A; 1SQQ H; 3C90 A; 2HG5 C; 3N2K B; 3K3W A; 3JAW B; 3TXS A; 2ADQ B; 3ZHR A; 5CB4 B; 1OCZ B; 1RSO A; 2QWO B; 3RVY A; 1Q8I A; 2KG7 A; 4ZHQ A; 3D3Q A; 5BMV A; 4MVR A; 1NKD A; 2ZXW B; 1MNG A; 4PA7 A; 3LDC A; 2A79 B; 1P49 A; 4DR1 O; 4OGQ B; 3RGB A; 2CK3 G; 5ITZ A; 3TXQ A; 2EIJ B; 5CBG A; 2B5U A; 2HR3 A; 3OW2 U; 2ATK C; 1JVM A; 1W2B U; 3T4Z A; 2VRZ A; 4J9Z B; 1IBK B; 2PI5 A; 2W6I G; 4FFB B; 4LF4 B; 1ZL8 B; 4UCT A; 4ZBM A; 3CCL V; 2YIB D; 3G4S V; 4DUY B; 4UV9 A; 1AJP A; 3S3X A; 1KC8 W; 2DWE C; 4JI7 B; 1P7G A; 2P4K A; 2GUZ A; 3ZRV A; 2XTA A; 5L3D A; 1NH2 D; 3Q4H A; 4K0K B; 4FLV A; 5IYD O; 3D36 C; 1XQ8 A; 1OCR B; 4X1K A; 1WAZ A; 2EJ7 A; 4FLW A; 3CRM A; 1SC5 B; 4KHP B; 4ZOL B; 1IBM B; 3CRA A; 2OIE A; 4TV8 A; 4NXM O; 2BTQ B; 3IC7 A; 5IJ9 B; 5C8Y B; 5CA1 B; 3GVM A; 4LF7 O; 3JD0 A; 1AJN A; 1RFY A; 1BSM A; 4TUY B; 2YXH A; 2D2C B; 4YXW G; 4LWS A; 4AIL C; 3AG3 C; 5EK0 A; 3CHX A; 5GTI Z; 1QLE B; 1XHZ A; 1YSC A; 1AI6 A; 2YC0 A; 1MZE A; 3AG4 B; 3T1H B; 1RSO B; 2YI9 A; 4ZHQ B; 2KG7 B; 3RWR D; 1EN5 A; 3CJH A; 5BMV B; 3WB0 A; 2YID A; 2QTS A; 4H33 A; 2PYL A; 1PV0 A; 2FL4 A; 1AIL A; 3ZMZ A; 4DUZ O; 3SYA A; 1GN2 A; 4WFF A; 2Q5Z A; 1B3Q A; 2V7Q G; 2JK5 C; 5ITZ B; 1DF4 A; 1N0N A; 4UCV A; 5JQG A; 1SS3 A; 3UCS C; 2Q6A A; 5FPR A; 1BS3 A; 1F4M A; 3ASN B; 4X88 A; 4KXR A; 2DQ0 A; 1BT8 A; 2UXC B; 1VAR A; 2QTO A; 5JCO A; 2XHB A; 2QM7 A; 4GLX A; 2P7T C; 2QJ1 A; 3T1C A; 2ZD9 A; 2GUZ B; 5IJ0 A; 1SRY A; 2N04 A; 3SYQ A; 1Q90 D; 1KP2 A; 4I5S A; 3RYF A; 4MTO A; 3Q4H B; 4YJ2 A; 3T1Y O; 2Q9L A; 4LFA B; 1XNR B; 1GM7 A; 4X1K B; 4F6E A; 2P4V A; 2ZIN A; 5CBH A; 2IH3 C; 3ZS8 C; 3ZCC A; 1HR0 B; 4TV8 B; 4UVC A; 3CSX A; 1I5Y A; 1P7B A; 1NJI W; 1W0K G; 2DYR C; 2PYJ A; 4FK5 C; 1S0V A; 2Q8V A; 5B1A B; 2P6J A; 2DYS C; 1F7Y A; 1NTK H; 2EBO A; 4NXN B; 4YY3 B; 5CA3 A; 4LWS B; 3STL C; 2VQF B; 4WFA V; 5LP6 C; 4OX9 O; 2RJZ A; 3E83 A; 3PN1 A; 3ASO C; 3QTC A; 3I56 V; 3ZHS A; 2WAM A; 1OV9 A; 3J7A U; 3H1H H; 4JI5 B; 1QR9 A; 2AW9 A; 2WLN A; 3D8C A; 4FIP C; 1FXH A; 4JAV A; 4B3M O; 3G6E V; 5JH7 A; 3CJH B; 1JOY A; 4DO2 A; 2ITC C; 4JI2 O; 3P3N A; 1ZWI C; 1KD1 W; 3HKB A; 3KG2 A; 5DM6 V; 3ABL C; 3OTF A; 2A7W A; 3X2Q B; 4UV8 A; 1LUV A; 1Y6X A; 1YDX A; 3AG1 B; 4MTF A; 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1J5E B; 2AGA A; 5J2T A; 2CUG A; 2Y69 B; 4DV1 B; 3IC9 A; 2HVK C; 2X6B A; 1Z5V A; 4EB6 A; 4GX0 A; 2VQE O; 2HEP A; 2OCH A; 1M4U A; 4LF6 B; 2EIK B; 3H01 A; 1KYO F; 3L70 H; 2UUB B; 4X64 O; 1P4R A; 4LNU B; 3VQX A; 4FM1 A; 4B3S B; 1R3I C; 3E8G A; 1CEZ A; 1OCO C; 1JQ0 A; 1KB9 F; 3CX5 F; 2M7W A; 5KHI A; 1V54 C; 2H3O A; 1I5X A; 4X1I A; 1V55 C; 2C2A A; 3CCM V; 2WLM A; 5E1A C; 3SJB C; 1GM9 A; 3K06 A; 1VQ5 V; 3CCU V; 1DLB A; 3W7U A; 1QCE A; 4DRX B; 1Z5W A; 2BE3 A; 3SYP A; 5H2F Z; 5GON B; 4Q6G A; 5LHI A; 4UCS A; 2GTS A; 3HR0 A; 2OIG A; 1Q6I A; 3B2E E; 2ZM6 B; 3OMA B; 4FVM A; 1M90 W; 4WFG A; 3BPZ A; 3J81 N; 3CC4 V; 3DGE A; 4DR7 O; 4DV3 O; 3WB1 A; 3CXC U; 4I55 A; 4GX5 A; 1TUB A; 4GKJ B; 1MA1 A; 3F7V C; 3I5D A; 4FMT A; 4NVP A; 1KUQ A; 1QVF U; 2F66 C; 1R3K C; 1US6 A; 2EIM C; 4EFE A; 3ABM B; 4PHZ A; 4DR2 O; 4PA9 A; 3K57 A; 1KKC A; 1E1Q G; 3UQ8 A; 2NNU A; 2WLI B; 1IBL B; 2HFE C; 3A8T A; 2BSK B; 2H94 A; 3H1J H; 2D3O W; 1XMO O; 4GT1 A; 2RCV A; 1VQ8 V; 3AEI A; 2RMK B; 4LF5 O; 1GK9 A; 2UXX A; 1SER A; 5J2T B; 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