The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
|
sequence length |
58
|
structure length |
58
|
Chain Sequence |
VLQVLDRLKMKLQEKGDTSQNEKLSMFYETLKSPLFNQILTLQQSIKQLKGQLNHILE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
PALS1-associated tight junction protein
|
| publication title |
Structural basis for L27 domain-mediated assembly of signaling and cell polarity complexes.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Protein binding/protein transport
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| total genus |
24
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| structure length |
58
|
| sequence length |
58
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-04-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | L27 domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3B40 A; 1VF6 A; 1Y76 B; 1Y74 A; 1ZL8 A; 1ZL8 B; 1RSO B; 1Y76 A; 1VF6 C; 1Y74 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SZX A; 5KLV H; 4ZOL B; 2PYJ A; 2GSM B; 2Q7G A; 4UXN A; 5K1P A; 1OCZ B; 1IXM A; 2FL4 A; 2ZIM A; 1G1X B; 4MVS A; 1GN2 A; 4N23 A; 2EIN B; 3MHS C; 4P30 A; 4DV5 B; 3HB3 B; 2AHY A; 3M8A A; 2OTL V; 3GVM A; 3K5N A; 3VQW A; 1XIL A; 1FS0 G; 4RAI A; 5B3S C; 1L0L H; 5L3C A; 1S72 V; 5CMU A; 4X1K A; 2JGU A; 4I0X B; 5EBL C; 3D36 C; 2GUZ B; 4WFE A; 1KMI Z; 4UCS A; 4HNA B; 2Y0P A; 4DW0 A; 3JAR B; 3F5T A; 3WB2 A; 3JAW A; 1V55 C; 5EYP B; 5IYZ A; 2H3O A; 3AG2 B; 4ZHQ A; 2G38 A; 1ZTE A; 1SQX H; 4KFM A; 4FMT A; 2WLH A; 3ZRV A; 1EN4 A; 3JD1 A; 5D5P A; 2B1G A; 2ZM6 B; 4D6T H; 1N34 O; 1OCZ C; 1KD1 W; 1WP8 A; 3FAV B; 4LH6 A; 3K79 A; 4PJ0 Z; 3W7X A; 2UUA B; 3C3S A; 2EIN C; 4LR3 A; 3ETD A; 1Q6U A; 5LP6 A; 1H8E G; 3BAA A; 2Q0A A; 1NTK H; 4XDK A; 4JYA O; 2OYQ A; 4DV7 O; 2GTS A; 4DV6 B; 4MVZ A; 3L74 H; 4JI3 B; 2P90 A; 4FFB B; 4CS2 A; 4Z1V A; 1SA0 B; 1JOY A; 2VWK A; 4DV4 B; 3FKS G; 1XNQ O; 1QLE B; 4PA6 A; 2P4K A; 1WAZ A; 1TVK A; 2W0F C; 5EK0 A; 1QU7 A; 1IBK O; 2ZNI A; 3AG2 C; 1FFX B; 3K0G A; 2BSK B; 5LHG A; 4TV9 A; 5CA3 A; 3CRM A; 4O2A A; 1I5X A; 3OGC C; 5A9G A; 2XT9 A; 3OFN G; 4O2B A; 3JCU Z; 4XDJ A; 1X59 A; 2ZNJ A; 4JI4 B; 4TQD A; 1XL4 A; 2ZT9 B; 5LMU B; 1SES A; 4EB6 A; 1I94 O; 3W7U A; 3RYC A; 1JCH A; 4B3R B; 2XAQ A; 4G2K A; 4JPR A; 1S76 D; 2WLL A; 3I5D A; 4G27 B; 3ZHQ A; 2LO1 A; 3ZMV A; 5LHI A; 2Y69 B; 2M7W A; 1SET A; 3SPH A; 3STL C; 2CE4 A; 4FLZ A; 4MW3 A; 2IJH A; 1YJ9 V; 2HHH O; 3E35 A; 3I56 V; 1QLE C; 3E8B A; 3PJS K; 2DN9 A; 4GT1 A; 5E79 Z; 2B5U A; 1GMG A; 3ZRW B; 2EJ7 A; 4U3J A; 2Q8V A; 3L75 H; 3VOU A; 2WPD G; 3JAM N; 2RJZ A; 4ZI7 B; 5B1O A; 2FB5 A; 1N33 O; 3K3W A; 2QTO A; 3LDC A; 1YVW A; 4A5U B; 4MVU A; 4NVP A; 2JK5 C; 2LFS A; 3TGU H; 3ZBH A; 3JD3 A; 4IYH A; 4NYK A; 1Y4M A; 3M99 B; 4H37 A; 3J80 N; 1VQO V; 2V4D A; 2IH3 C; 1BS3 A; 1OJH A; 4LWS B; 2QKC A; 5KA5 A; 2X0L A; 2JRI A; 1WPB A; 1VEW A; 2E75 B; 2Y69 C; 1XHX A; 5DN6 G; 3RYF B; 3UT5 B; 5IE9 A; 2ATK C; 2AGA A; 4JF3 A; 4K8Z A; 4DV0 O; 1QLN A; 1WA8 A; 4F4L A; 2PGG A; 1V9P A; 5KMG B; 4J9Y B; 4WFH A; 1M4U A; 4GKJ B; 2F1M A; 2ITC C; 3ZMU A; 4DUZ O; 2NR5 A; 4JI0 B; 2OTJ V; 2DYS B; 4PA7 A; 1VQ6 V; 1JA8 A; 1RFY A; 3EHB B; 5EIB D; 4WFF A; 3JSL A; 5FNV B; 3CWB H; 1GKF A; 5B1N A; 4BWA A; 1FKA O; 1NQT A; 4ABM A; 4UCV A; 1URF A; 2R9R B; 1JVM A; 3A8T A; 3K57 A; 3JAK B; 4X66 O; 2GTA A; 2NNU A; 3KG2 A; 3ZX6 A; 1US6 A; 3UKM A; 4JYA B; 2OT5 A; 3NR7 A; 4DV7 B; 4QPK A; 1P7B A; 5EBW C; 3W7W A; 4F6E A; 3QTC A; 3CRA A; 2IH1 C; 5ITZ A; 2QEX V; 2IJI A; 2H8P C; 3J81 N; 2AW9 A; 2BOB C; 4DR1 O; 1XNQ B; 1Q3E A; 4GKK O; 3ZS8 C; 3CRC A; 1EN6 A; 2CTP A; 2HG5 C; 2YI8 A; 4I50 A; 4EFB A; 4FPP A; 3AK1 A; 5LHH A; 5IDJ A; 2DYS C; 5CBG A; 1IBK B; 2CGN A; 5L3B A; 5BR8 O; 1YJN V; 3HKE A; 4MVO A; 1Z5V A; 1THZ A; 3SYA A; 5KHI A; 4DR4 B; 5CBF A; 3D3Q A; 4K35 A; 4WF9 V; 2GDS A; 2BTO A; 2HR3 A; 1TUB A; 3FFQ A; 2KQX A; 1WLE A; 5B1A B; 1KQS U; 5BMV A; 2DWD C; 5EC1 C; 2X6A A; 1D5A A; 4UCO A; 1AI5 A; 2DE0 X; 1NR7 A; 2YI9 A; 4GX2 A; 4JI8 O; 3QNE A; 4B3M O; 3BCC H; 2HHH B; 1W0J G; 3H1L H; 2EIL B; 3O65 A; 1PNL A; 3CS5 A; 5LGT A; 4GCZ A; 1JPX A; 4O4J A; 5D5Q A; 4ZKI A; 3W7T A; 1XMO O; 4B3S O; 3NXS A; 1N33 B; 5C93 A; 5KUM A; 3B8M A; 5H6R A; 5C8Y B; 4AHC A; 1VQ8 V; 4WBN A; 1S5L Z; 4NXM O; 1EFR G; 2ZDI C; 4I9Q A; 3AK2 A; 2YIC A; 3ASN B; 5LMN O; 3OMA B; 2MW2 B; 3JAW B; 1AJN A; 5FLX N; 2LP7 A; 4PD4 F; 5B1B B; 5B1A C; 5EBM C; 3OMN B; 2NN4 A; 2QSA A; 1K9M W; 2E3C A; 4PHZ A; 1HW7 A; 1QHT A; 3IC9 A; 2CTR A; 1R73 A; 4O4H A; 1NTM H; 5EC2 C; 4ZBM A; 5JJJ B; 5E1A C; 4L8J A; 3OW2 U; 5L3E A; 5KA6 A; 4JTA B; 3SPC A; 3T1Y O; 1K33 A; 2EIL C; 1N4C A; 1SQV H; 4AIL C; 3CC2 V; 1OCC B; 3CCE V; 4WFB V; 1S3J A; 2GV9 A; 5IJ9 A; 2LQT A; 4UVC A; 3ABK B; 5HFM A; 4L87 A; 3ZCC A; 3ETQ A; 1M1K W; 3BHP A; 2WLI A; 3FB6 C; 4YY3 O; 3RVZ A; 3BY6 A; 3OAA G; 3VQY A; 1YDX A; 2Q0O C; 4B08 A; 4ASU G; 1I5Y A; 2JVD A; 1BSM A; 3SJQ C; 3T1H O; 3JYC A; 1DK1 A; 3OUS A; 5LBQ A; 1NH2 D; 1YTF D; 1SQP H; 3ZJZ A; 2R9A A; 5B1B C; 1BQZ A; 3GB7 C; 3HKD A; 4Z1M G; 4JI5 B; 1NBM G; 2HEP A; 4R50 A; 2HP8 A; 1XMQ B; 4QNH B; 2JJ2 G; 1F7Y A; 4B3T B; 2XAH A; 4X20 A; 5EZY A; 2N74 A; 5LP6 C; 1OCC C; 4GKK B; 1B6Q A; 1AP5 A; 3QF7 A; 5CA1 A; 3U10 A; 1UJW B; 2UXB O; 4O4I A; 3CB2 A; 3IGA C; 3ZRX A; 2N04 A; 4UCR A; 3T4Z A; 4KUM A; 1AP6 A; 4GX1 A; 1HNZ B; 1ZLZ A; 4JZ2 A; 4NTW A; 4AQY B; 1TAE A; 2YSU B; 4DV3 O; 2PF4 E; 4KP4 A; 3KZI Z; 3D3I A; 4MT8 A; 2HJF C; 4RUE A; 3ETE A; 4HZ3 A; 1NVP B; 3FYI B; 4R7C A; 1RM1 C; 3T1C A; 5LXT A; 4X62 B; 3CRQ A; 1BMF G; 3E22 A; 2P4V A; 4LFA O; 4X1I B; 2WWW A; 4DR3 O; 4UFZ A; 1JJO A; 2R72 A; 1COW G; 4CBC A; 3JAT A; 4JI8 B; 1K5S A; 4IHJ B; 2A3Q A; 4IIJ A; 4X64 B; 3RYI B; 4LF9 B; 3HKC A; 4DW1 A; 1FD9 A; 4H0L B; 1PP9 H; 2UXC O; 1NKD A; 1IUR A; 5JQG A; 1PM9 A; 1XMO B; 3TJT A; 1WA8 B; 2X6C A; 1WNS A; 1R3K C; 2XND G; 1EN5 A; 1K73 W; 4NXM B; 3DXR B; 1EZJ A; 3OE7 G; 1XI1 A; 1HNX O; 4CH6 A; 1KUQ A; 4DR7 O; 3C90 A; 4JV5 O; 4X1Y B; 1NT2 B; 2ZE6 A; 5LMN B; 1PD3 A; 5A2Q N; 2BTQ A; 4JI1 O; 2KG7 A; 3U11 A; 5J2T B; 2UU9 O; 1PNM A; 4NTY A; 3BEH A; 2CUG A; 5CB4 A; 1NJI W; 1RSO A; 2HVK C; 2Q5Z A; 3G71 V; 3UCS C; 4YJ3 A; 4YJ2 A; 1N0N A; 3RYH A; 3DC5 A; 5FL7 G; 3ZMT A; 4BW9 A; 1YTF B; 4HYO A; 3SYQ A; 4KL1 A; 3DGE A; 3E86 A; 4C7U A; 4TSF G; 2UXD O; 2Y48 A; 2NLJ C; 5JVD B; 3Q4H A; 4PI2 A; 2QKA A; 1F51 A; 3ZRS A; 4LFB O; 1R6N A; 3SJA C; 4J42 A; 3CCS V; 4GLX A; 4K8X A; 2CAZ C; 3QO8 A; 2IW5 A; 3E83 A; 5GTH Z; 3F7Y C; 1TGO A; 1G4Y B; 3OMI B; 1F4N A; 4J11 A; 3JAL B; 3LDD A; 4PDV A; 1VF7 A; 1Y76 B; 1QVG U; 2E5L O; 4LF8 O; 4GUN A; 3CJH A; 2A0L A; 1M56 C; 3A0B Z; 3H1J H; 3CCL V; 1Z5W A; 3L71 H; 4QPJ A; 1DF4 A; 1LUW A; 1B04 A; 2ODM A; 3U0Z A; 1XL6 A; 5JCO A; 3SYO A; 1OCO B; 2Y4T A; 1BT8 A; 2PY5 A; 2F4V O; 3APO A; 1YIT V; 1JJ2 U; 5KX5 B; 4YHH O; 3RT3 C; 1YZB A; 1MSW D; 1O9G A; 4QGP A; 2VQF O; 3HR0 A; 4CZZ A; 5J2U B; 3CXC U; 4FIP C; 1WB7 A; 3TXS A; 2W0X A; 4K0K O; 5H6Q A; 4DV3 B; 1SQQ H; 1HDJ A; 2ZIN A; 1M90 W; 5JH7 B; 1IBL O; 3JAS B; 2QM7 A; 2X7R B; 1VQM V; 2ZE8 A; 4DR2 B; 1H2K A; 2MK3 A; 2ZR2 A; 3D8C A; 5LOV B; 4WBN B; 4FLV A; 4DR3 B; 3ZHR A; 2P7T C; 3WU2 Z; 2UUC O; 4O4L A; 4TV8 A; 3DTU B; 2VWJ A; 1CEZ A; 3B77 A; 3A2F A; 2AZ0 A; 2GBO A; 1OCO C; 1Q6I A; 1PL0 A; 3H1H H; 2CH7 A; 3OUF A; 1K34 A; 2P67 A; 3K9S A; 4JAS A; 3OT7 A; 5L3G A; 1N0J A; 3OM3 B; 2YIA A; 2EUL A; 3S3W A; 2ZR3 A; 4F6R B; 1V54 B; 5IYC O; 3CSX A; 1PKX A; 5LYJ B; 2YUA A; 4O4H B; 5FPO A; 3THO A; 4BIZ A; 1GN4 A; 1JQ0 A; 5CA0 B; 4I9W A; 4LNU B; 4I55 B; 4GYC B; 2ZD9 A; 4DR7 B; 3RW0 A; 3OEE G; 2YXL A; 1JX9 A; 1S5J A; 4LF6 O; 5IYD O; 1AJP A; 5DED A; 1VMG A; 4IGG A; 4JI1 B; 2UU9 B; 2ILM A; 1ZL8 A; 3FB7 C; 1BE3 H; 3L72 H; 2OCC B; 2K1E A; 2QWN B; 4RQE A; 1GAX A; 1MSD A; 2LW7 A; 1K4D C; 1XQ8 A; 4X89 A; 4QE9 A; 2K9P A; 1UPG A; 2Q9L A; 1JFF A; 2RCV A; 5IWA O; 3D36 A; 3RBZ A; 4MVR A; 3ASO B; 4JI6 O; 1AI7 A; 2QWQ B; 2UXX A; 4GX5 A; 2OIE A; 3SDL A; 2VS0 A; 1OHH G; 1V54 C; 5GON A; 4OXS A; 4I4T A; 1E1Q G; 4JI7 O; 2D3O W; 4UVB A; 4W4L A; 3N2K B; 4JZG A; 2JJ1 G; 2CTQ A; 4ZOL A; 1M93 A; 4BIO A; 3R65 A; 2A06 H; 4FK5 C; 3AG7 A; 3QO5 A; 4CH5 A; 5L3D A; 4LF4 O; 1VF6 A; 1N34 B; 1AR4 A; 2CDY A; 1E79 G; 1IBM O; 3RGB A; 4EKW A; 2UXN A; 4DV2 O; 1TA8 A; 2IU0 A; 4TQF A; 3IAY A; 1XBL A; 2W6I G; 4UUJ C; 1GTO A; 2CK3 G; 5LGN A; 2OCC C; 1AR1 B; 2YXY A; 2WLM A; 2YXH A; 4TUY B; 1FJG O; 3RVY A; 1OV9 A; 4FM1 A; 2W6J G; 3G67 A; 5B66 Z; 1BHA A; 4R8C A; 2Q68 A; 2JIZ G; 2FTK A; 4LBE C; 5F2V O; 3HKB B; 3ZHU A; 4I0X A; 2GUZ A; 1Z2G A; 3ASO C; 4LFC O; 1TUE B; 2WAM A; 2F4V B; 4KHP O; 2EZO A; 2XAG A; 4HNA A; 2JDI G; 3E22 B; 3JAR A; 1Q6H A; 5KHG A; 1Y66 A; 5EYP A; 1QVF U; 3E2E A; 2XAS A; 2JGD B; 1H2N A; 2VQF B; 2X6B A; 1I0H A; 5LA6 B; 2DJV A; 4PDR A; 3UM7 A; 2BE3 A; 4K0K B; 1R3I C; 1FXK B; 4MSW C; 4Q6G A; 2FML A; 2A9H A; 3H01 A; 1ROP A; 2QJ1 A; 1IBL B; 3FAV A; 4MTO A; 1MMM A; 1VQL V; 4PDL A; 4ZIB A; 1I94 B; 5BY1 A; 4DXW A; 2F93 B; 1SQG A; 4JAV A; 2DWE C; 4U3F H; 3ZN0 A; 3K5L A; 4UB8 Z; 1ZAU A; 4QE7 A; 3CCQ V; 4J41 A; 1MA1 A; 3TCU A; 1HWY A; 1YSC A; 3B4S A; 3QG5 A; 4FLT A; 5IYB O; 3CCM V; 3H1K H; 2ZIO A; 4R6Z A; 1SA0 A; 2YIB A; 1Q7Y W; 4GZR B; 2F43 G; 3SPG A; 4JGS A; 4I7Z B; 1CPY A; 2GHY A; 5KAF Z; 2HFE C; 1YIJ V; 2YS8 A; 4PA9 A; 1FFX A; 2BSK A; 1M57 B; 1W0K G; 4X1K B; 1H38 A; 2LW1 A; 1XOU A; 1FXK C; 4OPA A; 1J95 A; 3CHX A; 4LP8 A; 2IJK A; 1K7D A; 2DQ0 A; 2QWR B; 3TK1 A; 2Q6A A; 1MNG A; 4GX0 A; 4LF6 B; 4IYI A; 5IYZ B; 2C2A A; 4BW5 A; 1WJZ A; 4OX9 O; 3K06 A; 4ZHQ B; 1AR5 A; 5JWP A; 4D7T A; 3EXA A; 1LR1 A; 1MG1 A; 1ENV A; 3CYO A; 1NU1 H; 4DV0 B; 3R66 A; 3ZHS A; 1EM1 A; 3CJH B; 5IWA B; 2YEV A; 2F95 B; 2L35 A; 1BHB A; 2O57 A; 5LP6 B; 1EZV H; 4JI6 B; 3CME V; 1WB8 A; 1K4C C; 4RUF A; 4DK1 A; 3ZRW A; 1KC8 W; 2AZ2 A; 1SKV A; 1Q86 W; 1B3Q A; 4FLX A; 4DUZ B; 3G6B A; 5TIS Z; 4ZI7 A; 3T2M A; 5BZB A; 2ZE5 A; 3OGI B; 4JI7 B; 1VP7 A; 2XOK G; 1M57 C; 4MVQ A; 1UFI A; 1SZT A; 2F23 A; 5BXZ A; 4J7J A; 5H9C A; 4G28 B; 1TVK B; 4LF4 B; 5JJN B; 1IBM B; 5EIB C; 4DV2 B; 4JI2 O; 5B5E Z; 1Y74 A; 1LUV A; 1SQB H; 4LWS A; 5KAI Z; 1RM1 B; 1FPO A; 2WA3 A; 1VQN V; 4X66 B; 4TV9 B; 3AG3 B; 2R9I A; 3GWO A; 4O2A B; 3JD2 A; 4UCU A; 2KKW A; 3RYF A; 3UT5 A; 3RWR D; 4O2B B; 1QNM A; 1K8A W; 1Q8I A; 3OD4 A; 2IM9 A; 3MHH C; 2ARH A; 1GRJ A; 1R3J C; 3BFR A; 2RQ6 A; 4FZ0 A; 5DEC A; 1QR9 A; 1K5Q A; 1PV0 A; 4EB6 B; 2QA4 V; 5KMG A; 3RYC B; 2P06 A; 2E76 B; 3E89 A; 3BVO A; 4K3A A; 4LFC B; 4DR1 B; 4NR1 A; 2WLL B; 4KHP B; 4JYB A; 1VQ7 V; 4MTG A; 3TET A; 2QWP B; 5GTI Z; 2RMK B; 1H2M A; 3AG1 B; 1JMK C; 5LGU A; 4O4L B; 4P9P A; 1ZSP A; 4DRX A; 5FPR A; 1P7G A; 5BR8 B; 2R70 A; 1WN7 A; 1XNR O; 4CH3 A; 2HLD G; 3WG7 B; 3K03 A; 4X9Q A; 1D2D A; 4BAY A; 2JS3 A; 3FB5 C; 4U3J B; 2EZP A; 3I55 V; 4MS2 A; 3P3P A; 1RP3 B; 3JAK A; 4EFE A; 1PNK A; 4JYY A; 3ABU A; 2YDE A; 1YCI A; 4PV1 B; 1AI6 A; 2QTS A; 3AG3 C; 1XHZ A; 1W2B U; 1GH6 A; 2JEX A; 3IC7 A; 1IXB A; 4DR5 O; 5LMU O; 3L9D A; 2OCH A; 4OPH A; 5IJ0 A; 4B3M B; 4P2Z A; 3B40 A; 4B3R O; 4PDM A; 1G6U A; 1ZL8 B; 1DGS A; 2A79 B; 3KCX A; 2YIB D; 2Z5U A; 2QE7 G; 1VQK V; 3AG1 C; 3LNM B; 4B3S B; 4UV9 A; 1XRE A; 3B09 A; 4JTC B; 2WSS G; 2WLK A; 3ZMZ A; 1IZ3 A; 4XBF A; 3K5M A; 2Q7H A; 2ZDI A; 2QR4 A; 3WG7 C; 3OR7 C; 1AB3 A; 3M7M X; 4KXR A; 4J10 A; 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