The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
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sequence length |
69
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structure length |
67
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Chain Sequence |
AQITGRPEWIWLALGTALMGLGTLYFLVKGMGVPDAKKFYAITTLVPAIAFTMYLSMLLGYGLTMVP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Three-dimensional structure of (1-71)bacterioopsin solubilized in methanol/chloroform and SDS micelles determined by 15N-1H heteronuclear NMR spectroscopy.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Photoreceptor
|
| source organism |
Halobacterium salinarum
|
| molecule keywords |
BACTERIORHODOPSIN
|
| total genus |
23
|
| structure length |
67
|
| sequence length |
69
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1993-10-11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1BHB A; 1BHA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2ZR2 A; 3PN1 A; 3UQ8 A; 1IX9 A; 1VF5 B; 2E76 B; 3D3I A; 4GKK B; 5DN6 G; 4LF7 B; 4DV0 O; 2K1E A; 4JI0 B; 4UB6 Z; 2MK3 A; 1JR9 A; 1TUB B; 1QHT A; 1KUQ A; 1NTZ H; 2DMX A; 3ZED A; 2BE3 A; 5IY5 C; 2Z5U A; 4LFA O; 1GTO A; 1FFX A; 1K5S A; 4NXN O; 1XBL A; 5K1P A; 2PZS A; 4E4E A; 4PDV A; 4DUY B; 3CWB H; 3GB7 C; 1M57 C; 4XDL A; 4I9Q A; 1RSO A; 4DRX B; 1AR4 A; 2ILM A; 2UUC O; 4Z2W A; 4DR1 B; 1VQP V; 3DC6 A; 1VQK V; 4UCU A; 3CRQ A; 1Q5O A; 1NBM G; 1AI5 A; 1K8A W; 2FTK A; 5C93 A; 1SQX H; 1JVM A; 4JI6 O; 3VQY A; 3FB8 C; 3JAK A; 5LBQ A; 1IXB A; 4O2B B; 4O4L A; 1SRY A; 1DGS A; 3ZMS A; 1SQP H; 4DV4 O; 4K0K B; 2F43 G; 1FD9 A; 1JCH A; 3A0H Z; 1OHH G; 1OZ0 A; 2RN9 A; 5EIB D; 4PI2 A; 3K79 A; 2VRZ A; 1H2N A; 3ZHR A; 1PP9 H; 2NR5 A; 2WLI A; 4NYK A; 1I5X A; 2A06 H; 3R65 A; 3ZMV A; 3CCL V; 3T1H O; 2R9I A; 2N74 A; 1RPR A; 5GW7 A; 1WPX A; 2IU3 A; 4UV8 A; 4G28 B; 4H0L B; 3ETQ A; 1BCC H; 4LH6 A; 4I55 B; 1ZL8 B; 2DOS A; 3UM7 A; 3AK3 A; 1IBL O; 1JMK C; 2UXX A; 3SYC A; 3TK1 A; 2YIB A; 2LJ2 A; 3E22 B; 2L6L A; 3B09 A; 1FAF A; 1MSW D; 3K5O A; 3AEI A; 3F7V C; 1COW G; 5LMU B; 1XOU A; 1MMM A; 4GT1 A; 4DO2 A; 5D5P A; 4TOI A; 4UVA A; 3RYC A; 1CEZ A; 1FS0 G; 4IT5 A; 4X1Y B; 2BTQ A; 1S77 D; 1AI7 A; 3C3T A; 2QKC A; 4J7J A; 3AG7 A; 2HFE C; 4EB6 B; 4MTG A; 3CXC U; 2VQF B; 1SZT A; 4O4J B; 1Y67 A; 4AHC A; 4D6T H; 1I08 A; 5EZY B; 2XAQ A; 4QE7 A; 2QWR B; 5LXT A; 3W7X A; 2B1I A; 4CH4 A; 5LYJ B; 2Y48 A; 2IU0 A; 1JOY A; 5CN0 A; 4E2L A; 1F23 A; 4CS3 A; 5GTI Z; 4GLX A; 4OPA A; 4AI8 A; 3A0B Z; 1NI8 A; 2IJI A; 3K58 A; 4X64 O; 1VF7 A; 1FJG O; 1OCZ B; 3BFR A; 4ZHQ A; 1Q90 D; 4QIW F; 2X7R B; 3JAT B; 1XL6 A; 1KQS U; 5IYZ B; 5DM6 V; 2E74 B; 4CH3 A; 5LOV B; 3DXR A; 2JJ2 G; 5CA3 A; 4Q20 A; 2JK5 C; 3G6E V; 4GKK O; 5KX5 B; 3OUF A; 3E35 A; 5JH7 A; 4LF7 O; 3K03 A; 2CTW A; 4IGG A; 4DR4 B; 4PDL A; 3MHS C; 2VWK A; 2GUZ A; 3SPG A; 2YI8 A; 4UCR A; 3I56 V; 3T1Y O; 2CH7 B; 1PPJ H; 4WF9 V; 4JAS A; 2DJV A; 4DUY O; 2QJ1 A; 5CB4 B; 4QPK A; 2BOB C; 2R9A A; 2W0F C; 5BXZ A; 4DR1 O; 3LNN A; 1NR1 A; 1HDJ A; 1S76 D; 4RWU A; 2ZT9 B; 5LL6 Y; 3CCR V; 3H1H H; 1WLE A; 1V54 C; 4WFG A; 2LP7 A; 1MSD A; 3SDL A; 1K4C C; 4PI0 A; 4UXN A; 4L87 A; 1EM1 A; 4K8Z A; 1CP9 A; 2ZXW C; 5KHK A; 2DQ3 A; 2ZE8 A; 3RVY A; 1WB7 A; 3CCU V; 2YXY A; 1XNQ B; 5KUM A; 5IT9 N; 1OCC B; 1MNG A; 2ZKO A; 3KKY A; 4LFB O; 2H3O A; 2JEU A; 2O57 A; 3CRR A; 1I94 O; 2AHY A; 3SYO A; 1NQT A; 1N33 O; 5L3B A; 1N36 O; 2FML A; 3CPW U; 3ZMU A; 2XT9 A; 2EX3 A; 2R70 A; 4DR2 B; 1KC8 W; 4LF8 B; 2A0L A; 1WB8 A; 3O65 A; 3W7S A; 2UUB B; 4FFB A; 3AG3 B; 2DYS B; 3ABL B; 3OR7 C; 1JX9 A; 1JFF B; 1HNX B; 2BSK B; 3ABT A; 2DWD C; 4I0X B; 4AQY O; 4BW9 A; 1KD1 W; 3T2M A; 1IVS A; 2WA4 A; 3L70 H; 1SQG A; 3CRM A; 3TXS A; 4LF9 B; 1YXB A; 3RFR A; 2Q69 A; 2F1M A; 4LWS A; 2KB1 A; 1VQ4 V; 4YJ3 A; 4GKJ B; 2Z0A A; 4FK5 C; 4QPJ A; 4X1I B; 3CYO A; 2F93 B; 1ZWI C; 1NT2 B; 4MVS A; 2OIG A; 1L8D A; 4JTA B; 3CCS V; 1Q6H A; 3H01 A; 2QWN B; 1AR1 B; 1F51 A; 2VQE B; 3JAL A; 1QCE A; 1VQN V; 2QTO A; 1R3I C; 1VQ6 V; 4NTY A; 4DV6 B; 4A5U B; 3GWO A; 4B08 A; 4MW3 A; 1P7G A; 5ITZ B; 3RYH B; 4N23 A; 5J2T A; 2GV9 A; 3N2K A; 3VQW A; 1U96 A; 4AIL C; 4DV7 O; 4GX2 A; 2NLJ C; 4B3R B; 2W0X A; 1SER A; 4JTD B; 1TGO A; 3WB0 A; 2NNU A; 2D3O W; 1YF2 A; 1DF5 A; 4TWK A; 1DK1 A; 4JAU A; 5A9G A; 4NKG B; 3HKC B; 3AG4 B; 4HAM A; 3OUS A; 3NXS A; 1SKV A; 3S3W A; 4DV0 B; 1MZF A; 2DYR C; 4JI4 O; 5DEC A; 2GTA A; 2ZNJ A; 5H5N A; 2RQ6 A; 3ZMZ A; 4JI7 B; 3B8M A; 4UCV A; 3BPZ A; 4WFE A; 3A0R A; 1M1K W; 2Q67 A; 1NTK H; 2ARH A; 4H37 A; 4FVM A; 4LFA B; 1JA8 A; 4ASU G; 2WLJ A; 3IGA C; 4NXN B; 3AG2 B; 2ZCE A; 4H44 B; 4LNU A; 3K9A A; 3EVK A; 1WPB A; 4RQF A; 3JD1 A; 1R6K A; 4J9Y B; 3SJC C; 3ZRW A; 5J2U A; 2WLK A; 1GH6 A; 1EFR G; 1SES A; 3BCC H; 4JI6 B; 4DR5 O; 1N0J A; 2UUA O; 4FLX A; 1XEQ A; 2P06 A; 4R6Z A; 3CCM V; 2P5O A; 1HNZ O; 2YI9 A; 3RN4 A; 1AP6 A; 3LDD A; 4DV4 B; 3JD3 A; 3K5N A; 1RM1 C; 1SQQ H; 4YXW G; 3K5M A; 3D3Q A; 2QR4 A; 1J5E O; 4U3J A; 1K97 A; 3DC5 A; 2E3C A; 4I5S A; 4BW5 A; 4U3F H; 4YIP A; 3T1H B; 2DE0 X; 1KYO F; 2WLL B; 2ADP A; 1VQ9 V; 1W2B U; 1VQO V; 3BRC A; 4F4L A; 2OTJ V; 3WG7 C; 2FB5 A; 1R3L C; 2UU9 O; 2LFS A; 1Z5V A; 3TCU A; 3J7A U; 3LDC A; 1PKX A; 4NVP A; 4WBN B; 1AJQ A; 4F6R A; 3M8A A; 3A8T A; 2UUB O; 1NZ6 A; 2OTL V; 4TV8 B; 3G71 V; 3RYI B; 1I7F A; 2PGG A; 1IBL B; 1HNX O; 2JGU A; 4JI8 B; 1V55 B; 3CC2 V; 3APQ A; 3ABU A; 4LF9 O; 4BIU A; 1N34 B; 2RJZ A; 3H9V A; 4K8X A; 1OV9 A; 1URF A; 4O4I A; 1OCZ C; 3OE7 G; 3U10 A; 2H8P C; 4F6E A; 1LUW A; 2F4V B; 4FZ0 A; 2JGD B; 2Y69 B; 2QM8 A; 1QBZ A; 5B1N A; 3IAY A; 4RQE A; 1Y66 A; 2E5L B; 4DR7 O; 2XAF A; 3ASN C; 4GZR B; 2B5U A; 2QTS A; 3CHX A; 1PL0 A; 3FX7 A; 3W7U A; 3HKD A; 1SF9 A; 3LSQ A; 5JQG B; 3OAA G; 2PI5 A; 3QO8 A; 5FNV A; 4DV6 O; 1KP2 A; 1BHB A; 1PM9 A; 1AVM A; 3ZRX A; 4UB8 Z; 5CBH A; 1EBO A; 5C8Y A; 4X64 B; 1LNQ A; 1FJG B; 3U11 A; 4B3R O; 1WA8 A; 2AZ0 A; 4GX5 A; 5B1B C; 1QNM A; 2LGW A; 3ZN0 A; 5FLX N; 2JJ1 G; 2HR3 A; 3ZBH A; 1HR0 B; 1WNS A; 5IJ9 A; 1WN7 A; 4I50 A; 4IHJ A; 3JD0 A; 3Q4H A; 1O9G A; 5IJ0 B; 3K59 A; 4OGQ B; 5JJN B; 1KKC A; 1B06 A; 3CCV V; 4YJ3 B; 1YDX A; 2YXH A; 3FFQ A; 4JI5 O; 5K1X A; 2CTQ A; 5FL7 G; 2P22 C; 1BGY H; 2UXN A; 5LA6 B; 1G4Y B; 1KKD A; 3CCJ V; 4JI7 O; 4PEL A; 3FB7 C; 3HKB B; 1OCC C; 1F4N A; 4I4T A; 4LFC O; 1GK9 A; 3T1Y B; 4KP4 A; 1YVW A; 1X4T A; 3SJB C; 3TXQ A; 2EIK B; 1K4D C; 2CE4 A; 2HHH O; 2GBO A; 5H2F Z; 3C90 A; 1Y74 B; 1VP7 A; 4ZI7 B; 1P49 A; 3K08 A; 2EIL C; 4QNH B; 2CK3 G; 4FZ1 A; 2AGA A; 5B3S C; 2PYL A; 2IJJ A; 4LC1 A; 2WA3 A; 1MA1 A; 3K3W A; 5KAI Z; 4PA9 A; 1TVK B; 5LHG A; 2XOK G; 4P9O A; 2HP8 A; 3UT5 A; 2R72 A; 5E1A C; 5B5E Z; 4MVR A; 1KMI Z; 3ASO B; 4GCZ A; 2HEP A; 1NJI W; 1OCO C; 3RYF B; 3CX5 F; 1K3E A; 2EIN B; 2RNB A; 5EYP B; 4LF5 B; 3ABM C; 2EIM C; 5L3F A; 4LFB B; 4FFK A; 3CEI A; 3GWK C; 1D5A A; 1I94 B; 3BHP A; 3T1C A; 3N2G B; 2PUS A; 4BAY A; 3ZHQ A; 3RWR D; 2V4D A; 3CRA A; 1L1F A; 1N33 B; 1H2L A; 1N36 B; 3CD6 V; 3X2Q B; 3OGC C; 4JI8 O; 1FKA O; 4LF6 O; 4ICG A; 1ZAU A; 4J42 A; 1AI6 A; 2CGN A; 1JQ0 A; 1S0V A; 1FPO A; 1ROP A; 4KL1 A; 5GON B; 1N34 O; 5LP6 B; 4KXR A; 1Y76 A; 3QNE A; 1SA0 A; 3B4S A; 2XND G; 2X6A A; 1YZB A; 1XHZ A; 1VQ5 V; 1H8E G; 4TSF G; 3HKE A; 4BIO A; 1UJW B; 2RCV A; 4AQY B; 1VQM V; 3G80 A; 2HJF C; 2F4V O; 1R6N A; 4FLV A; 4PA3 A; 1EZJ A; 3KG2 A; 5EK0 A; 4DUZ O; 1YEW A; 2IH3 C; 4JTC B; 2E5L O; 3WB2 A; 1QLE B; 1MAB G; 4JYA O; 3K06 A; 3E89 A; 1BHA A; 2ZE6 A; 1K73 W; 1M90 W; 3SJA C; 1FXV A; 3CJH A; 2GSM B; 4LP8 A; 2EZO A; 3N27 A; 4XDK A; 2QGN A; 2YEV B; 3B77 A; 2WPD G; 4TV9 A; 4ZOL B; 5KLV H; 1K9M W; 2XTA A; 5IYB O; 4X20 B; 1K33 A; 1NVP B; 1I0H A; 3BVO A; 3JAR A; 1NR7 A; 2HKO A; 4TUY A; 1FXK B; 3S3X A; 1YJ9 V; 3O9O A; 3FAV A; 3U0Z A; 1O9H A; 2YDE A; 1DF4 A; 2HG5 C; 5LGN A; 2ZNI A; 4B3T B; 3LSU A; 1Q43 A; 2YS8 A; 4DXW A; 4HNA B; 4B3M O; 3JSL A; 2KG7 B; 2EUL A; 4IIJ A; 1MOF A; 1OCR B; 1HR0 O; 2A9H A; 2HVK C; 4DW0 A; 2XAS A; 1M93 A; 1GM8 A; 4DV7 B; 2P4V A; 2RDC A; 4EKW A; 4U7O A; 3UO3 A; 1LUV A; 4MTO A; 2F66 C; 4O4H B; 3QTC A; 3AK2 A; 3VQX A; 4DK1 A; 4X1K A; 2Q0A A; 4DR6 O; 3E8H A; 5CMU A; 5EC2 C; 1TAE A; 2UXC O; 5D5Q A; 3F5T A; 3CXH F; 5JVD B; 4JI4 B; 4P30 A; 3WFV A; 2Y0P A; 2QDO A; 4MTX A; 1K34 A; 3BY6 A; 3MD0 A; 1F4M A; 3CME V; 5CA1 B; 1VQ8 V; 3JD4 A; 3SJQ C; 3G4S V; 1VAR A; 4DW1 A; 1BSM A; 4O2A B; 3FYE B; 1M56 B; 1XDC A; 1GRJ A; 1VQ7 V; 1AP5 A; 4L8J A; 3H1I H; 1OJH A; 2Q8V A; 4D7T A; 5BMV A; 2VS0 A; 4ZIB A; 2L35 A; 1QR8 A; 1S5L Z; 2LW7 A; 2Q5Z A; 3JAS A; 4GX1 A; 3P32 A; 3JCU Z; 4DR5 B; 4JYB A; 2UUA B; 5KAF Z; 1SET A; 1HNZ B; 2W6I G; 5LGU A; 4LF5 O; 3P3N A; 3LNM B; 3OMI B; 3HPL C; 5EIB C; 4J7Z A; 4CC5 A; 1AI4 A; 4KUM A; 4B7E A; 3K0G A; 3WB1 A; 2Y69 C; 3G6B A; 1ZSP A; 1KB9 F; 3FYI B; 3H1J H; 1J5E B; 1M4U A; 1GMG A; 4J9Z B; 5CA0 A; 4R50 A; 1FFX B; 1IDS A; 1ZTE A; 3B2E E; 5IY5 B; 5JJJ B; 2OYQ A; 4YY3 O; 3APO A; 3JYC A; 3RBZ A; 1XL4 A; 2OWO A; 2UU9 B; 1RSO B; 1XIL A; 3QF7 A; 4XBF A; 3OTO O; 1U97 A; 5FPR A; 1M57 B; 1TUE B; 2AW9 A; 3MHH C; 2OCH A; 2Y0I A; 5BZB A; 3JAK B; 1L0N H; 2ATK C; 1WJZ A; 1H2M A; 4O4L B; 2WAM A; 4DK0 A; 3FD9 A; 3E86 A; 2W6J G; 2IW5 A; 4YJ2 A; 2CGO A; 3OFN G; 3E83 A; 5DED A; 1CPY A; 1RFY A; 4ABM A; 3D8C A; 4MVM A; 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3SPC A; 4X9Q A; 2GUZ B; 1JPX A; 2JEX A; 3E8B A; 5L3E A; 5B66 Z; 4FLT A; 1YSC A; 1FYJ A; 4X1Y A; 4GUN A; 4W4L A; 1MZE A; 2A79 B; 4EB6 A; 5KHI A; 4YHH O; 1K7D A; 4O4J A; 1QLN A; 1AB3 A; 1XMO O; 5EZY A; 4R8C A; 1VQL V; 3K5L A; 4NTW A; 5KHH A; 5LYJ A; 2B1G A; 1FXK C; 4LF6 B; 1WAZ A; 4CBC A; 2YIB D; 1P7B A; 4NXM O; 4X62 O; 4JPR A; 4X88 A; 3KCY A; 1V54 B; 1BQZ A; 2RMK B; 4FLZ A; 5FPO A; 3F5W C; 2EZP A; 3ETE A; 2OCC B; 3JCZ A; 3CCQ V; 2N04 A; 4DV1 B; 1FFT B; 3AG1 B; 5KA5 A; 1GAX A; 3FB5 C; 4DUZ B; 3JAT A; 2ZXW B; 1D5N A; 1SC5 B; 5IYZ A; 5LOV A; 1BZK A; 5LMN B; 4JYA B; 4PA7 A; 5BY1 A; 1S72 V; 2EJ7 A; 2XAG A; 5KX5 A; 4X89 A; 2P7T C; 3B8N A; 4UVB A; 4FMT A; 3CMA V; 3ML0 A; 2Q73 A; 2IJK A; 1BT8 A; 2LQT A; 5KHJ A; 1XMQ O; 5KHG A; 2P4K A; 1THZ A; 1PNL A; 5B1A B; 2CH7 A; 4LH7 A; 4DR3 O; 3EHB B; 4FFB B; 5CB4 A; 2GTS A; 1SQB H; 1I5Y A; 3QVN A; 2ADQ B; 4B3M B; 1ORQ C; 3BAA A; 4U7N A; 4RO2 A; 4EFE A; 1S5H C; 4JZG A; 3MDS A; 4LWS B; 2LW1 A; 1CXZ B; 3SPJ A; 2CTP A; 2Q7H A; 4JI3 O; 4FM2 A; 1SQV H; 4DV5 B; 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