The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
45
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structure length |
45
|
Chain Sequence |
EITKTLLNIRSLRAYARELTIEQLEEALDKLTTVVQERKEAEAEE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
VicH protein
|
| publication title |
The Crystal Structure of the N-terminal dimerisation domain of VicH, the H-NS-like protein of Vibrio Cholerae
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Vibrio cholerae
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| molecule tags |
Dna binding protein
|
| total genus |
14
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| structure length |
45
|
| sequence length |
45
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-03-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | H-NS histone-like proteins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2MW2 B; 4ICG A; 1OV9 A; 1LR1 A; 3NR7 A; 1NI8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1QR8 A; 3AG3 C; 3JD1 A; 4GCZ A; 2JIZ G; 4WBN B; 3SJQ C; 5B1O A; 2DYR C; 4FFB A; 4MVR A; 5CBF A; 3TXS A; 1Y76 A; 4H0L B; 1P7B A; 3LDE A; 2X0L A; 3UT5 A; 3F7V C; 2EIK C; 2IJI A; 4UCT A; 4Z1M G; 5BY1 A; 1IDS A; 5FPR A; 4YJ3 B; 4LFC B; 2B9Z A; 4Z1V A; 5LMN O; 2UUC O; 5IJ9 B; 1N34 O; 2Y0I A; 1MSW D; 4JZG A; 4FLZ A; 1R73 A; 4B08 A; 5LMN B; 2ZR3 A; 1HNW O; 4YJ2 A; 3ZRX A; 1SQV H; 4XBF A; 4IYI A; 1XRE A; 4U7O A; 3D36 A; 3F5T A; 1KU9 A; 3APQ A; 2BTQ B; 4LF6 B; 1QU7 A; 3BPZ A; 2N05 A; 3CX5 F; 5GON B; 5L3C A; 1U97 A; 3CCU V; 1AI7 A; 1I08 A; 1KQS U; 3BVO A; 2DJV A; 4I0X B; 4OGQ B; 1VEW A; 2QKA A; 1NR1 A; 3CRA A; 4J80 A; 2P4K A; 1XMO B; 2Y69 C; 2JEU A; 2OCC C; 4LWS B; 2ZM6 O; 1MZE A; 4UCV A; 3JD3 A; 5JJN B; 2ZKO A; 2ZM6 B; 3WB1 A; 5C8Y A; 2ZT9 B; 2WA3 A; 5B1A C; 4LFA O; 5B1B C; 2A7W A; 3I55 V; 4U3J B; 1I94 O; 3EFF K; 1OCZ C; 2QWR B; 2E75 B; 2Q7G A; 1XMQ B; 4ABM A; 4LFA B; 2HVJ C; 4F6E A; 2UUA O; 3L72 H; 3DXR A; 1XI1 A; 1H2L A; 2DYS C; 5IJ0 B; 1W59 A; 5LP6 A; 4QIW F; 2VWK A; 3ZHQ A; 4FM0 A; 2DE0 X; 5E1A C; 1VQ4 V; 4PDL A; 1CEZ A; 2YS8 A; 3HPL C; 2GTS A; 3BA8 A; 4D7T A; 1J5E O; 4JI3 O; 5CB4 A; 3A0R A; 3SYA A; 3TXQ A; 2QTO A; 2LGQ A; 1J5E B; 1KYO F; 2QE7 G; 2V1D A; 3A2F A; 2OCH A; 1DK1 A; 1Q6H A; 1SQX H; 2P7T C; 4GKK B; 4TSF G; 3ZCC A; 4NTW A; 3VQY A; 4LNU A; 3ASO C; 2JRI A; 4FM1 A; 1NS1 A; 2A79 B; 1LNQ A; 2PTM A; 2AGA A; 1V54 C; 2PYL A; 2CE4 A; 3RVZ A; 2F1M A; 4FZ1 A; 3AG3 B; 4GX1 A; 3GB7 C; 2E76 B; 1RP3 B; 2Q9L A; 4I9Q A; 2KKW A; 3RYC B; 3WG7 C; 3SGI A; 3RYI A; 3OGI B; 2AZ2 A; 3HB3 B; 4O2B A; 3ZS8 C; 3SYP A; 4FLV A; 1EFR G; 2RMK B; 4UFZ A; 3CJH B; 2EIK B; 4GT1 A; 1F4M A; 2Q7H A; 4IIJ A; 1P49 A; 3EHB B; 4B3R O; 5CA3 A; 1NU1 H; 4DV5 B; 2QJ1 A; 4DUY O; 2BOB C; 1JA8 A; 4PDR A; 1PNM A; 2AXT Z; 1R6T A; 4LBE C; 4WCE V; 4NTY A; 2IH1 C; 2XND G; 3FD9 A; 4X20 B; 4PA7 A; 1S5J A; 3U0Z A; 3HKE A; 4PDM A; 1YJW V; 4WFE A; 3W7S A; 1BE3 H; 3M7M X; 4UVB A; 5F2V O; 1Q82 W; 4LF7 B; 3ZMT A; 2HR3 A; 2FB5 A; 4PA9 A; 2EBO A; 1OZ0 A; 3LDC A; 1YJ9 V; 3K59 A; 3T1C A; 3AG7 A; 4HNA A; 2HJD A; 3RBZ A; 1BGY H; 3B8N A; 3STL C; 5B1N A; 2H3O A; 4JV5 B; 4DR5 B; 2ZCE A; 1K7D A; 1JOY A; 4FZ0 A; 4JI4 O; 2Y69 B; 5KHI A; 2OCC B; 1Y6X A; 4CS4 A; 4K35 A; 1S0V A; 3KCX A; 3CCJ V; 4JI7 B; 4GKJ O; 2YXY A; 2ZR2 A; 4N21 A; 5JQG B; 2LFR A; 5B1A B; 1Q8I A; 4GKJ B; 5B1B B; 1RSO B; 2ATK C; 2XT9 A; 4FFB B; 2QSA A; 1OCZ B; 4AQY O; 4DRX A; 3CEI A; 1XBL A; 2CTQ A; 5EIB D; 3ZRW B; 3QTC A; 4UV8 A; 2DYS B; 2EIL C; 2K9P A; 2EIM B; 4NXM B; 2F4V B; 3CRQ A; 4LF8 O; 2D2C B; 1W2B U; 3SYO A; 4R8C A; 2QWN B; 4WFH A; 3JAS A; 1B04 A; 1Y66 A; 1KP3 A; 2X7R B; 3LNN A; 3OR6 C; 4ZOL A; 3UM7 A; 2RCV A; 2AHZ A; 3B40 A; 3N2G A; 2HVK C; 1L8D A; 1SC5 B; 4YHH O; 5LXT A; 4GLX A; 2ILM A; 3UQ8 A; 4D6T H; 4K0K O; 3UO3 A; 1SQQ H; 5L3E A; 2YEV B; 3CCL V; 3JAT A; 2ZDI C; 1COW G; 1YHQ V; 4ZI7 A; 3RYH A; 5IDJ A; 5LGN A; 4FLX A; 2WPD G; 3ASO B; 1QHT A; 5LBQ A; 2NLJ C; 4JYY A; 4JI5 O; 1S77 D; 4F6R A; 1WLE A; 3VOU A; 4O4L A; 1V54 B; 3JAL B; 4DV0 O; 4NVP A; 2Q0O C; 3FB7 C; 3SJB C; 5H2F Z; 1HW7 A; 5JJJ B; 4BAY A; 1M56 B; 3SDL A; 3OM3 B; 3WG7 B; 4RUF A; 1YCI A; 4PA4 A; 4LFB B; 3Q4H B; 3SJC C; 1P84 F; 2KB1 A; 1F4N A; 3T1Y O; 4E4E A; 5LA6 B; 1I5X A; 3BY6 A; 2FTK A; 2Q67 A; 1AR5 A; 5CA0 B; 4LF9 B; 3OEH G; 3JD0 A; 5L3B A; 3T1Y B; 2EIJ C; 1M5I A; 4JYB A; 1M1K W; 2IJJ A; 3H9V A; 4IHJ B; 4PI2 A; 1FFT B; 1VQ7 V; 2EZP A; 5KX5 A; 2Y48 A; 1TVK B; 1Q5O A; 4CS3 A; 5IYZ B; 5CA1 A; 1O9H A; 2HFE C; 3RYF B; 1O9G A; 1PPJ H; 2CUG A; 2CH7 A; 4X1K B; 4JAU A; 5JJE B; 3JAR A; 4DR1 O; 1JVM A; 4J42 A; 2C2A A; 4FFK A; 2VQE O; 4R7C A; 1YTF B; 4FVM A; 4TQD A; 2ZNJ A; 2YIB D; 5FL7 G; 2LP7 A; 3TK1 A; 2IW5 A; 1B06 A; 1OCO B; 1FXK C; 2QKC A; 1XNR O; 4L87 A; 2FYU H; 4FK5 C; 5BMV A; 1ZAU A; 5KAF Z; 1XNR B; 4I50 B; 4LCU C; 4J9Z B; 4DK1 A; 4NKG B; 4YIO A; 2P5O A; 4TV8 A; 1SRY A; 5EYP A; 3JSN A; 4U7N A; 2YXH A; 4X62 O; 1AI6 A; 3BFR A; 4UB8 Z; 1A32 A; 3U11 A; 3E8B A; 3L71 H; 2LW7 A; 1GKF A; 2LQT A; 4X62 B; 4DR2 B; 4ZHQ B; 3K9A A; 3D8C A; 1M90 W; 5EBL C; 3S3W A; 1YF2 A; 4DYL A; 3HKB B; 4Z2W A; 4UCS A; 3BEH A; 1ZSP A; 1BHA A; 4UVC A; 2EIL B; 1GH6 A; 1SQF A; 3UKM A; 4KP4 A; 4IIJ B; 2CTP A; 4JI1 O; 4PDV A; 2ZD9 A; 1HWY A; 3MAQ A; 1GM7 A; 3N2K A; 5JCO C; 5J2U B; 4X66 B; 4L8J A; 2F66 C; 1NTM H; 1MNG A; 2HLD G; 4UV9 A; 5LYJ B; 1AP5 A; 1SF9 A; 3E22 A; 2RNB A; 3A0H Z; 5HFL A; 1U96 A; 4JI8 O; 1H2S B; 2A06 H; 3HKC B; 1H2N A; 3HR0 A; 3P3P A; 5IYB O; 4JI8 B; 3ETQ A; 1SQG A; 3WFV A; 5LMU O; 1HR0 O; 1WB8 A; 5B3S C; 5LMU B; 4KHP O; 2XAF A; 1D5A A; 1YTF D; 2QGN A; 2PUS A; 2X6A A; 3CD6 V; 4RQE A; 3WB0 A; 3ZX6 A; 5CMU A; 3JCU Z; 3MD0 A; 3A8T A; 4DXW A; 2Q73 A; 4LF5 B; 5GTH Z; 1S5H C; 1AVM A; 2QM8 A; 3F5W C; 4TUY A; 3QNE A; 4JI6 O; 3DC5 A; 4LH6 A; 3UCS C; 2QWO B; 4P9P A; 3W7T A; 4JAV A; 4RUE A; 1F23 A; 1SA0 A; 1QLE C; 4CBC A; 3OTO B; 4JF3 A; 1KEC A; 4A5U B; 1AI4 A; 1EN6 A; 3VBB A; 3JSL A; 1HP8 A; 2LFS A; 4LC1 A; 5EBM C; 3AK1 A; 2ETN A; 1K5S A; 4DR3 O; 2BSK B; 3JCZ A; 5JVD A; 5JWP A; 2DN9 A; 3ETD A; 3IJ4 A; 1AB3 A; 4DV6 O; 2WLI A; 5LHH A; 2YSU B; 1BCC H; 2DWD C; 2ZIO A; 3SYQ A; 2EUL A; 1FXK B; 2WLJ A; 4OX9 O; 3ZHR A; 4BIZ A; 2ITD C; 1IX9 A; 2Z0A A; 5LL6 Y; 5LOV A; 2XOK G; 1N33 O; 2W6I G; 2Y4T A; 2EJ7 A; 1CP9 A; 2GV9 A; 3CCS V; 1Y4M A; 3BA9 A; 3RWR D; 1OCC C; 3FB5 C; 2IJK A; 1BHB A; 4JTD B; 4F6R B; 4DV1 O; 5JH7 A; 2IH3 C; 4HYO A; 4QE7 A; 4DV1 B; 4WFG A; 2UUC B; 1N34 B; 1MOF A; 4H37 A; 1FFX B; 3IC7 A; 4QNH B; 1AP6 A; 1XHX A; 1HNW B; 1WPX A; 4O4H B; 2PYJ A; 3K06 A; 3FB8 C; 1N0N A; 1M57 C; 4NR1 A; 1EZJ A; 4PJ0 Z; 5H6Q A; 4IGG A; 4CC5 A; 1R6K A; 1BQZ A; 3ZRV A; 1E1R G; 4O2A A; 4NXN O; 1KKD A; 3E89 A; 4HZ3 A; 4MVM A; 4TV9 B; 3K04 A; 3CC2 V; 4G2K A; 2WLK A; 4JYA O; 3JYC A; 4Q6G A; 2E3C A; 4PV1 B; 4AIL C; 4E2L A; 1WAZ A; 3BRC A; 4RWU A; 2X6C A; 2HHH O; 2GUZ A; 3L73 H; 3JAK B; 3R66 A; 1VQO V; 3G6B A; 2NR5 A; 4X1I A; 3CPW U; 1WN7 A; 3SPC A; 4EEQ A; 1YIT V; 1THZ A; 5EZY A; 5B3S B; 4DO2 A; 2XHB A; 1ZL8 B; 2WLL B; 4C7U A; 1I94 B; 5FNV B; 3LSU A; 2EIM C; 2QM7 A; 1Z5W A; 2UUA B; 3M8A A; 3CCM V; 4B7K A; 1HNZ O; 2VQF O; 3ABK C; 3QO5 A; 1NT2 B; 1DLB A; 2QEX V; 4I55 A; 5KMG A; 2RQ6 A; 2UXN A; 1WP7 A; 1J95 A; 3CSX A; 4PA6 A; 5KLV H; 2XAG A; 4DV2 O; 3ML0 A; 4JI3 B; 3D36 C; 4WFB V; 3RN4 A; 3JAM N; 1QLE B; 2QWP B; 2HG5 C; 4GYC B; 2Q4P A; 4YY3 O; 3H1I H; 1N8R W; 4DR6 O; 1XUQ A; 3BCC H; 4BIO A; 3AK2 A; 4DR7 O; 4J7Z A; 3K79 A; 3QG5 A; 2JGD A; 4O4I A; 1TUB B; 3OFN G; 2QTS A; 2PI5 A; 4DR6 B; 2YIC A; 4MVO A; 1PL4 A; 1YI2 V; 4DR7 B; 5LGU A; 3THO A; 3N2K B; 1Y74 A; 3GWO A; 1KP2 A; 3SPH A; 1VF5 B; 3RGB A; 2YDE A; 1M56 C; 2CTR A; 3FAV A; 5IE9 A; 1GM9 A; 1US6 A; 3RVY A; 4EB6 B; 4RQF A; 3CCE V; 5AG2 A; 2E5L O; 1VF6 A; 3K5N A; 1NH2 B; 2RN9 A; 1K4C C; 1GAX A; 1VMG A; 5J2T B; 5TIS Z; 1RPO A; 1Q90 D; 1NTZ H; 1SER A; 1JJO A; 1OCC B; 2XAH A; 1GM8 A; 4B3R B; 1H2G A; 1S72 V; 3ABU A; 4DUY B; 4QPJ A; 2P6J A; 1PP9 H; 3ZMZ A; 5LHG A; 4O4J A; 5DN6 G; 5LP6 C; 1B6Q A; 2QWQ B; 2GBO A; 2YI9 A; 4I5S A; 1G6U A; 1NVP B; 4BIU A; 3CMA V; 1SQB H; 3E8H A; 4EKW A; 1N4C A; 1WA8 A; 2RJZ A; 1FXV A; 3HKD A; 1R3K C; 1M57 B; 2UXC O; 3CCQ V; 2W6J G; 1TGO A; 1BQ0 A; 1OCO C; 5ITZ A; 4X9Q A; 5LHI A; 1JFF A; 2IU0 A; 3M99 B; 5IWA O; 2XUM A; 3CC7 V; 4ZBM A; 2P4V A; 1PNL A; 1AJQ A; 2R9A A; 5DED A; 2F93 B; 1NR7 A; 3CC4 V; 2YUA A; 4EFE A; 3J81 N; 1UFI A; 3AG4 C; 3H1K H; 2CTW A; 3G67 A; 3MDS A; 1YZB A; 4K3A A; 4JI4 B; 2ODM A; 3FKS G; 4X1Y A; 3JAW B; 1GTO A; 3G6E V; 2PF4 E; 3FYI B; 1QVG U; 2KG7 A; 2QA4 V; 3X2Q C; 4FLY A; 1DF5 A; 1JCH A; 3RW0 A; 5IYD O; 1Y76 B; 1E79 G; 2Q7E A; 1JR9 A; 2Q69 A; 1L0L H; 2X6B A; 2FL4 A; 3DSQ A; 1TA8 A; 4AQY B; 3UT5 B; 1XNQ O; 4GX2 A; 4BWA A; 1XNQ B; 4LF8 B; 3ABK B; 2LJ2 A; 1NH2 D; 4I4T A; 2ZQM A; 2R9I A; 3UO2 A; 3NXS A; 3WU2 Z; 4FIP C; 4YJ2 B; 4YHH B; 4J7K A; 3J7A U; 4QPK A; 1GRJ A; 3MHH C; 3CWB H; 2N04 A; 4H33 A; 1XQ8 A; 1L1F A; 3D3I A; 1G4Y B; 1SZT A; 4K0K B; 1R1B A; 2OWO A; 3D3Q A; 3B77 A; 1VQ9 V; 3AEI A; 3CXC U; 4WBN A; 2Q0A A; 1XEQ A; 3GVM A; 1NVP D; 2ADP A; 2V4D A; 4JGS A; 4PEL A; 3K5L A; 1FKA O; 4LR3 A; 1VIB A; 1JX9 A; 4QJF B; 1K73 W; 1TAE A; 4XDJ A; 4YXW G; 4JI5 B; 4ASU G; 3B8M A; 3CYO A; 4DV0 B; 3A0B Z; 4WFA V; 2Q8V A; 1RPR A; 4UCR A; 4UVA A; 3OE7 G; 2LW1 A; 2VRZ A; 1JMK C; 4YJ3 A; 4LF4 O; 4MSW C; 4DV3 O; 5IJ9 A; 1WNS A; 5C8Y B; 2XAJ A; 3B4S A; 5CBG A; 3KKY A; 5EZY B; 4PD4 F; 1FD9 A; 3DXR B; 2DW4 A; 2BTQ A; 2HKO A; 1IXB A; 2QR4 A; 5KAI Z; 5GON A; 5LP6 B; 2KSD A; 1D2D A; 1S76 D; 4X64 O; 3VQW A; 4J11 A; 4PI0 A; 4ZKI A; 4MW8 A; 4I0X A; 2DQ3 A; 2IM9 A; 2N74 A; 3ZHT A; 4GX0 A; 4W4K A; 3ZBH A; 5CB4 B; 4DR1 B; 3ASN C; 1F7Y A; 2VQE B; 2ITC C; 1IUR A; 3CE2 A; 4LWS A; 2UU9 O; 1BT8 A; 1P4R A; 2XTA A; 4KUM A; 2B1I A; 1K3E A; 3ABM B; 3ZED A; 1OCR C; 3ZMU A; 3OR7 C; 4TOI A; 4LNU B; 4XDK A; 5FPO A; 3AG4 B; 4U3J A; 4B3M O; 4G28 B; 1PM9 A; 4MVS A; 3ZRS A; 1W0J G; 4XDL A; 3CRC A; 5IJ0 A; 1HNX O; 1RM1 C; 1YJN V; 1OJH A; 3QF7 A; 3X2Q B; 2PI4 A; 2A0L A; 3RYI B; 5KA6 A; 4O2B B; 4OPA A; 4B3S O; 1H8E G; 1K4D C; 1XDC A; 3ETE A; 3T4Z A; 1OV9 A; 2OIG A; 3DTU B; 4U3F H; 3JD2 A; 3S3X A; 1IBK O; 2UUB O; 4WFF A; 1IZ3 A; 5EK0 A; 1GK9 A; 3OT7 A; 1I5Y A; 1IBK B; 1KD1 W; 4JI1 B; 5A2Q N; 2ZE8 A; 3LDD A; 2WLN A; 4CH6 A; 3FX7 A; 5KHG A; 1NBM G; 2QDO A; 1R3L C; 1MG1 A; 3PJS K; 3HKE B; 3ZJZ A; 5IY5 C; 4UB6 Z; 3J80 N; 1D5N A; 3L9D A; 1QVF U; 4JZ2 A; 3LSQ A; 2JDI G; 1ARO P; 2KQX A; 3CB2 A; 4DV7 O; 1KKC A; 3W7U A; 2FKX A; 3RYC A; 1EZV H; 2R72 A; 4HNA B; 4JI0 O; 3G4S V; 4DV7 B; 1HR0 B; 4CH3 A; 3QO8 A; 2MK3 A; 3CRM A; 2P22 C; 2EZO A; 4UCU A; 4KHP B; 4RAI A; 1AR4 A; 1VP7 A; 4X65 O; 3CJH A; 5FLX N; 2CK3 G; 2IBZ H; 4KFM A; 1H8H G; 5K1X A; 3K5O A; 2F43 G; 3ZHU A; 3BAA A; 3TJT A; 3KCY A; 2UXD O; 2YID A; 1XOU A; 3K58 A; 2ZNI A; 1NJI W; 1KMI Z; 5KHK A; 1VQM V; 2JVD A; 4KXR A; 1Q3E A; 4X20 A; 3G80 A; 4OXS A; 2BE3 A; 1GN4 A; 1CPY A; 3K3W A; 1OHH G; 4JI6 B; 4DRX B; 4J41 A; 4JAA A; 2EIN B; 1DF4 A; 5H5N A; 3FFQ A; 1MAB G; 3SR2 C; 3L75 H; 1WJZ A; 1IBL O; 4JI2 O; 1SS3 A; 2UXB O; 5B5E Z; 2LO1 A; 3JAS B; 4DR3 B; 2JJ1 G; 4X89 A; 2M6Y A; 4ZOL B; 3E2E A; 1Z5V A; 2DOS A; 3N2G B; 1WPB A; 3CXH F; 3P30 A; 5LXT B; 2ZE5 A; 3ASN B; 1V55 C; 4DUZ O; 4MW3 A; 2ZXW C; 2H8P C; 4DV6 B; 3PN1 A; 2JS5 A; 4BR6 A; 3N27 A; 1N32 O; 2PGG A; 3JAT B; 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