The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
45
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structure length |
45
|
Chain Sequence |
EITKTLLNIRSLRAYARELTIEQLEEALDKLTTVVQERKEAEAEE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Dna binding protein
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| source organism |
Vibrio cholerae
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| publication title |
The Crystal Structure of the N-terminal dimerisation domain of VicH, the H-NS-like protein of Vibrio Cholerae
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
VicH protein
|
| total genus |
14
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| structure length |
45
|
| sequence length |
45
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-03-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | H-NS histone-like proteins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3NR7 A; 1NI8 A; 1OV9 A; 4ICG A; 2MW2 B; 1LR1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1M4U A; 4GKK O; 4Z1V A; 1YEW A; 2V7Q G; 2JJ2 G; 4O2A A; 4PA3 A; 2MK3 A; 3FB6 C; 3JAT B; 2Q5Z A; 4DV2 B; 5J2T A; 1WN7 A; 4HAM A; 4EFB A; 1SQV H; 4N23 A; 3CPW U; 2ITC C; 4MS2 A; 4LWS B; 2B9Z A; 4AQY B; 2ZXW C; 4BIO A; 1EN5 A; 5IT9 N; 4D6T H; 4JI7 B; 4CH6 A; 4JYA O; 2P5O A; 1SQP H; 1MG1 A; 3AG3 C; 3FYI B; 5K1X A; 1BHB A; 1H2S B; 3CC4 V; 2A3Q A; 4DR7 O; 2X6A A; 5HFL A; 1NH2 B; 2ZDI C; 3FB7 C; 1VF5 B; 1JQ0 A; 4O4L A; 3RVZ A; 3KKY A; 4DV1 O; 3K5M A; 1OHH G; 3TGU H; 4JAV A; 4JTD B; 2OT5 A; 2QWQ B; 3ABU A; 4TWK A; 3TCU A; 3UT5 A; 1ZL8 B; 1AIL A; 2YC0 A; 1PPJ H; 1Y74 B; 2CAZ C; 4PV1 B; 5L3C A; 1HNW O; 2Q69 A; 3T1Y O; 5CN0 A; 5A2Q N; 2EIN B; 1N32 O; 4PHZ A; 1K4D C; 3K5O A; 1TA8 A; 2EIK B; 1DLB A; 3G80 A; 2YEV B; 4QPJ A; 4WFE A; 3OEE G; 3ASN C; 1THZ A; 2GSM B; 5J2U B; 3D3Q A; 4I55 A; 2E75 B; 2DMX A; 1VQ7 V; 3F7Y C; 4X8A A; 2JS3 A; 3HKC A; 3N2K B; 3OE7 G; 4K35 A; 1CP9 A; 3S3W A; 4HBN A; 1N33 B; 1AVM A; 2XT9 A; 1W0J G; 4B7E A; 4E2L A; 5EIB D; 1H2M A; 4ZIB A; 5KMG A; 3OTO O; 4LF7 O; 2YI9 A; 4LBE C; 5CB4 B; 3OMA B; 5GTI Z; 1ZAU A; 1VQ9 V; 2LJ2 A; 4JI0 B; 4J10 A; 4UCT A; 4UCR A; 2FTK A; 1I5X A; 3ABL B; 3CRA A; 2QWP B; 4JZ2 A; 4YJ3 A; 1VQ4 V; 2QTS A; 3HKE B; 5JQG B; 1SQF A; 4UV8 A; 1AR1 B; 1VQ5 V; 4H0L B; 3JAM N; 4GLX A; 2HEP A; 1V9P A; 3JSL A; 1K33 A; 2V1D A; 2PZS A; 2LGW A; 4BIU A; 5IYZ A; 1XNR O; 4JI3 B; 1NVP D; 1WPB A; 5EZY B; 3APO A; 5JCO C; 2F4V O; 1V54 C; 3CCM V; 4GKJ O; 4BIZ A; 1XMQ B; 2P4V A; 2YSU B; 1P7B A; 1H2N A; 1NTK H; 1K7D A; 1E79 G; 4CS4 A; 1L1F A; 2HFE C; 4AIL C; 4F6R A; 4O4J A; 3K08 A; 5C8Y B; 4JI2 O; 4EKW A; 2G38 A; 2QGN A; 1MNG A; 3JAR B; 1AJP A; 1XNQ B; 5KUK A; 5CBF A; 5B1A B; 1XHZ A; 3AK1 A; 3CB2 A; 3ZHV A; 4OX9 B; 1WAZ A; 4CH5 A; 3WU2 Z; 4IGG A; 2QE7 G; 1UPG A; 3BRC A; 2Q67 A; 3E89 A; 1SQQ H; 4TV9 B; 5BZB A; 4FLU A; 2LW7 A; 4LH6 A; 4GX0 A; 1FD9 A; 1M57 C; 3RGB A; 3L72 H; 3CX5 F; 5FL7 G; 5BMV A; 3WB2 A; 3WB0 A; 1GN4 A; 2EJ7 A; 5LYJ B; 3T4D A; 3KG2 A; 4X66 B; 1N0N A; 3CCS V; 1G4Y B; 5EYP B; 4DV2 O; 3J7A U; 4UB8 Z; 2QKA A; 4U3F H; 4AQY O; 3ZRS A; 5ITZ A; 1Q8I A; 4J7J A; 4TQF A; 4U3J A; 2C2A A; 4JI7 O; 3IJ4 A; 4P9O A; 5L3F A; 2KG7 A; 1ENV A; 1Y76 B; 3JAL A; 1XL4 A; 3OUS A; 5H6Q A; 1AP6 A; 3HKB B; 2QWO B; 4PA4 A; 3WG7 B; 5D5Q A; 4DRX B; 2ZQM A; 1SZX A; 2KKW A; 4MSW C; 3C3S A; 5CMU A; 1R6T A; 4IIJ A; 4TUY A; 3CCR V; 2EIK C; 3K57 A; 1AR4 A; 1KC8 W; 2GV9 A; 1Q6U A; 1K8A W; 3ABM B; 2GBO A; 2JIZ G; 5B3S B; 4MVQ A; 1GM7 A; 2UU9 O; 2BOC C; 5FPO A; 4QJF B; 1IX9 A; 1FS0 G; 4I7Z B; 3K03 A; 4NXM B; 1JJ2 U; 1NVP B; 5LP6 B; 5IYD O; 2R9I A; 1F51 A; 4U7O A; 1G8M A; 2QM7 A; 4R6Z A; 4FLX A; 2HVK C; 1ARO P; 1PNM A; 1XUQ A; 3ABL C; 1N33 O; 1QCE A; 4YXW G; 4GYC B; 4HZ3 A; 1Q7Y W; 1MSD A; 3QG5 A; 3JAW B; 2CH7 B; 3P32 A; 4JI0 O; 1NS1 A; 5GON A; 1F4N A; 4BW9 A; 3OUF A; 1BZK A; 1UFI A; 1HP8 A; 5JJE B; 3JD3 A; 3ZRW A; 1N34 B; 2X0L A; 3IGA C; 1F4M A; 4WCE V; 4HYO A; 4JI3 O; 5LOV A; 4ZI7 A; 3ZJZ A; 4PA6 A; 3D8C A; 5KX5 A; 4D7T A; 2OYQ A; 3M8A A; 1IXM A; 2PGG A; 5BXZ A; 1Q81 W; 1XMQ O; 4JTA B; 2X7R B; 4PA7 A; 3JD1 A; 4UVB A; 2VQF B; 2EBO A; 2BTQ B; 3FAV B; 5KAI Z; 2Q8V A; 3LDD A; 2EIM C; 2JGD A; 2XAF A; 1K97 A; 3EFF K; 5CA3 A; 2EZP A; 1XNQ O; 1SC5 B; 2NLJ C; 3LUT B; 4I9Q A; 1G6U A; 4FM0 A; 3K58 A; 1GO3 F; 4FLT A; 4OX9 O; 1VIB A; 3WB1 A; 4MTO A; 1B6Q A; 2CTP A; 3SPJ A; 1O9G A; 4TV8 A; 5H2F Z; 1JA8 A; 5BY1 A; 4YIO A; 1ROP A; 2B1I A; 1R1B A; 4ZOL A; 1FFT B; 3OT7 A; 1JFF A; 2W6I G; 4L8J A; 4WFH A; 2B5U A; 5B1B C; 3H1I H; 3THO A; 4X66 O; 1SA0 A; 4PDM A; 1PV0 A; 4DYL A; 2IBZ H; 4I0X A; 1FJG B; 3B40 A; 3ZHQ A; 4BW5 A; 3W7T A; 3ZMT A; 3SPG A; 4E4E A; 2BSK B; 4DW1 A; 3HKD A; 5L3D A; 4OPA A; 4JYC A; 1H2K A; 1VF6 C; 1PD3 A; 5KHH A; 2WLI A; 1BS3 A; 5LMN B; 5LGN A; 3GWO A; 1G1X B; 4EEQ A; 2NR5 A; 3U10 A; 1RPR A; 3GB7 C; 2E76 B; 2OCH A; 2QA4 V; 3CCV V; 4H33 A; 2OCC B; 1GN3 A; 1TVK B; 2ZXW B; 1DTO A; 4C7U A; 1NU1 H; 3CCE V; 2HLD G; 1SQB H; 2VWK A; 3JAK A; 1HWY A; 4DR1 B; 3OD4 A; 1GKF A; 2LO1 A; 1RM1 C; 3QO7 A; 3AG3 B; 2IJH A; 3A0H Z; 3W7X A; 1BQ0 A; 1OCZ C; 5CBG A; 2P6J A; 2NNU A; 1GMG A; 4LFA B; 4L87 A; 4JAA A; 4X1I B; 3ML0 A; 2ZE6 A; 1I0H A; 5DED A; 1VQL V; 2V4D A; 1R6K A; 1TAE A; 4KFM A; 1S5L Z; 4NXM O; 3TJT A; 1AI4 A; 3K9A A; 4X89 A; 4DR3 B; 3G6E V; 2YS8 A; 3PJS K; 3LNN A; 1BHA A; 1B06 A; 5DN6 G; 1EBO A; 3ETG A; 2H94 A; 4UUJ C; 1KUQ A; 5GW7 A; 4RQF A; 3B2E E; 2Y69 C; 3FD9 A; 3JD0 A; 2P7T C; 2N04 A; 1TUB B; 4J41 A; 2ILM A; 5E1A C; 4G28 B; 5KHK A; 4RWU A; 1VP7 A; 1R73 A; 2WPD G; 4B7K A; 3K59 A; 2M7W A; 2RQ6 A; 1N8R W; 5H6R A; 1NR1 A; 3NXS A; 3CME V; 3M7M X; 2GUZ B; 1JR9 A; 1YJN V; 1VEW A; 3E22 A; 1GTO A; 2H8P C; 4UVA A; 4X1Y B; 1N34 O; 3BCC H; 1WP8 A; 3K9S A; 3UO2 A; 5DEC A; 3AG4 B; 2ODM A; 5CA1 B; 2CDY A; 3HR0 A; 1Q43 A; 2LW1 A; 2QM8 A; 1XHX A; 3BHP A; 1TUE B; 1K92 A; 2L6L A; 2VQF O; 1SRY A; 5FPR A; 3QNE A; 2RCV A; 4TT3 G; 4H13 B; 1Q6I A; 1SQX H; 1YCI A; 3CCL V; 4ZHQ B; 2ZT9 B; 4DUY B; 4JAS A; 1IBK B; 4QE9 A; 4J42 A; 1V54 B; 3CJH B; 3ETQ A; 3OEH G; 2OTL V; 3SGI A; 3O65 A; 2W0X A; 4JGS A; 1WA8 B; 3TXS A; 2RNB A; 2DQ3 A; 1WPX A; 1J5E B; 3Q4H A; 4LF6 B; 5LXT B; 4UCO A; 3FB8 C; 1S5J A; 4X62 B; 4AHC A; 3ZHR A; 2UUB B; 4MW3 A; 4I5S A; 2P4K A; 3W7S A; 2YIC A; 1YIT V; 3JAT A; 1BMF G; 4WFA V; 1X4T A; 4W4L A; 5J9P C; 4LWS A; 2JVD A; 1HNX B; 2DE0 X; 2FB5 A; 1FJG O; 5LGT A; 2X6B A; 4MTX A; 2OCC C; 1M57 B; 4JYY A; 4IYH A; 4YJ2 B; 5FNV B; 3CC7 V; 2HG5 C; 2HVJ C; 4XDJ A; 5LMN O; 2P90 A; 1EM1 A; 2VS0 A; 1OCR C; 3L74 H; 1FXK C; 1XBL A; 1RSO B; 4R7C A; 1ORQ C; 5LHH A; 4DR1 O; 4LF8 B; 2Q4P A; 5JVD A; 3CCQ V; 1ZL8 A; 5JJN B; 2ZD9 A; 1Y74 A; 2L35 A; 3DTU B; 4CH3 A; 3RYH A; 5EK0 A; 3ZBH A; 3UO3 A; 2KSD A; 3E86 A; 4MVZ A; 4MW8 A; 3KCY A; 2PY5 A; 1M90 W; 1H2G A; 3ZHU A; 1YJW V; 4LFA O; 2UXC B; 5L3B A; 1GAX A; 1DF5 A; 4FIP C; 1RP3 B; 2YEV A; 1S72 V; 3N2G B; 2MW2 B; 1XEQ A; 2IW5 A; 4DR3 O; 3VQV A; 3G6B A; 1L8D A; 2EZO A; 4DUZ B; 3N2K A; 1NI8 A; 3FX7 A; 5C93 A; 1DF4 A; 5B66 Z; 3UT5 B; 1S5H C; 2OIE A; 1AJQ A; 1URF A; 2R70 A; 4LFC B; 4NVP A; 5IWA B; 4NKG B; 4UXN A; 3JAS B; 5LGU A; 1U96 A; 3JCU Z; 2JDI G; 3C90 A; 4TSF G; 1MMM A; 3HB3 B; 5CB4 A; 4HNA B; 1ZLZ A; 1BGY H; 4J11 A; 2WA3 A; 2ZM6 B; 1VQN V; 1R3I C; 4EB6 B; 3E35 A; 3OMI B; 4WFF A; 5KHG A; 3K5N A; 2E74 B; 3AG4 C; 2F66 C; 3HKE A; 4IT5 A; 3DC5 A; 5JQG A; 4FLW A; 3DXR B; 2QKS A; 1Q6H A; 2ZE7 A; 5IJ0 B; 2P67 A; 4UV9 A; 1KU9 A; 1B04 A; 2ZIN A; 2UUC B; 4ICG A; 3EHB B; 1FPO A; 4ZBM A; 1BE3 H; 3FYE B; 4IL6 Z; 5EZY A; 4KL1 A; 1XRE A; 3MD0 A; 4RUF A; 1K73 W; 3OW2 U; 5LHI A; 1N36 B; 4DR2 B; 4BWA A; 1FFX A; 1QNM A; 4FVM A; 2M6Y A; 4O2B B; 1PKX A; 1GN2 A; 2UXN A; 3G71 V; 3CCJ V; 2HJF C; 3B8M A; 1XMO B; 2RJZ A; 5C8Y A; 2HR3 A; 2VRZ A; 3H1H H; 4DV7 B; 2DJV A; 4DUY O; 1IBK O; 2XAH A; 3JAR A; 1SES A; 2AXT Z; 1QHT A; 3CSX A; 2WLH A; 3QF7 A; 4MT8 A; 3P3P A; 1EFR G; 1US6 A; 2ARH A; 4CZZ A; 1OCC C; 1LNQ A; 2Q9L A; 5LA6 B; 4FZ0 A; 4FM1 A; 4TV9 A; 3I55 V; 1SQG A; 1J5E O; 3RYI B; 2EIM B; 2IM9 A; 4LF6 O; 3EXA A; 1W0K G; 1I5Y A; 2H3O A; 3CRM A; 4X62 O; 3L71 H; 2HHH B; 1XIL A; 2UUB O; 5LYJ A; 4GX2 A; 4AI8 A; 2Z3Y A; 1S0V A; 3UKM A; 2AHY A; 3AG1 C; 2IJI A; 1Z5V A; 5EC2 C; 4LF9 B; 1HNX O; 5JJJ B; 3UQ8 A; 4WFB V; 1KQS U; 1L0N H; 4NTW A; 4I4T B; 3CRC A; 3K0D A; 3L9D A; 2F93 B; 4DXW A; 1Y76 A; 1AI6 A; 5B1B B; 3HKB A; 4DRX A; 5IJ9 A; 1YZB A; 1JVM A; 5JH7 A; 3A0B Z; 1K9M W; 1I94 B; 4N21 A; 1DK1 A; 1H38 A; 2YID A; 4UB6 Z; 2WWW A; 4ASU G; 2AZ0 A; 4JPR A; 4LF8 O; 4GUN A; 5H5N A; 1AR5 A; 3ICX A; 3SYQ A; 1W59 A; 5IY5 B; 4X1K B; 4FLY A; 1OCO C; 2UXC O; 1Q90 D; 2WLN A; 2DYR C; 5JWP A; 3B8N A; 2QWN B; 4XDK A; 3SPC A; 1KP3 A; 3ZRX A; 4Z1M G; 2K1E A; 1RM1 B; 4O4I B; 5LP6 A; 3RYC B; 2F43 G; 4F4L A; 1HDJ A; 4K8X A; 4DUZ O; 2Q0A A; 2Q7H A; 1OCZ B; 4UVC A; 1D5A A; 2LP7 A; 4JI6 B; 4LFC O; 3IC7 A; 5IWA O; 2CGO A; 3T1C A; 3CYO A; 1AJN A; 2Z5U A; 4UCV A; 3JAW A; 4IHJ B; 2CH7 A; 1XI1 A; 3T2M A; 1S3J A; 3KCX A; 2ZM6 O; 2UXX A; 3C3T A; 5CA0 A; 1QQC A; 2O57 A; 3QTC A; 2HKO A; 1YTF D; 1GN6 A; 4QNH B; 4DR4 B; 3J80 N; 2Y69 B; 3DGE A; 3K0G A; 2AW9 A; 4FLZ A; 3I5D A; 2BCC H; 4B3R B; 3BAA A; 1QR9 A; 2BE3 A; 2YUA A; 2W0F C; 3VQY A; 2IJJ A; 3LSU A; 1NR7 A; 1Y67 A; 5DM6 V; 1WLE A; 1N36 O; 3ZMZ A; 3RWR D; 4DR2 O; 4JI8 B; 4ZKI A; 2PYL A; 3B77 A; 4PDR A; 4JF3 A; 4X65 B; 2BTQ A; 1KKD A; 3IFX A; 2Q68 A; 5KA5 A; 3D36 A; 4Z2W A; 3D3I A; 1XMO O; 3JCZ A; 2ATK C; 1EZJ A; 2YIA A; 4XDL A; 1Z5W A; 4DV3 B; 4DV7 O; 3IAY A; 3MDS A; 1HNZ B; 4X88 A; 4GCZ A; 3FFQ A; 4GX1 A; 4MVS A; 5LOV B; 3CC2 V; 3L75 H; 1WJZ A; 5KX5 B; 3AG7 A; 3R65 A; 4MTF A; 3SJB C; 4KP4 A; 2F95 B; 3RT3 C; 3VQX A; 3VOU A; 1O9H A; 1ZTE A; 2EJR A; 2Y0P A; 4JZG A; 2IH1 C; 1EN6 A; 1K5S A; 2YIB D; 2FKX A; 1L0L H; 3CHX A; 3DC6 A; 4LF9 O; 1NKD A; 3BEH A; 2BSK A; 4YHH B; 3ZMV A; 2EUL A; 1XL6 A; 3RYF B; 1R3L C; 3SYC A; 5IYB O; 1LUW A; 4I50 B; 2BTO A; 3FB5 C; 4WFG A; 3ZRV A; 1P4R A; 2Z0A A; 4TV8 B; 4FFB B; 4MVM A; 4NTY A; 1WP7 A; 2BOB C; 2A7W A; 2YDE A; 5IY5 C; 1TVK A; 1I94 O; 1PNL A; 3RN4 A; 4G2K A; 4LC1 A; 3MAQ A; 3ZMU A; 4FPP A; 3BA9 A; 2DWD C; 3F7V C; 1YTF B; 3HKD B; 3M99 B; 1RFY A; 2ZDI A; 3JD2 A; 2LQT A; 1OCR B; 4X1I A; 3B4S A; 1FXK B; 1Y6X A; 3ZS8 C; 3SJA C; 3VBB A; 4K0K B; 5EBM C; 2XAQ A; 5KHJ A; 2UXB B; 1N0J A; 4TQD A; 3GVM A; 4I9W A; 3U11 A; 3F5W C; 4DW0 A; 2R72 A; 3WFV A; 4NYK A; 4JI6 O; 3E2E A; 4MVU A; 4IYI A; 1TUB A; 2JGU A; 5IYC O; 3B09 A; 3CEI A; 4TOI A; 1IXB A; 2N74 A; 4JTC B; 3CWB H; 1AI5 A; 2GDS A; 1Q5O A; 2JEU A; 3L73 H; 2AZ2 A; 4LF5 B; 1KB9 F; 4P9P A; 5L3E A; 3X2Q B; 4DR4 O; 2GUZ A; 2Y4T A; 3GWK C; 4X64 B; 4CS3 A; 2CTR A; 4LNU B; 1P7G A; 1D2D A; 2JS5 A; 4B3R O; 4X1Y A; 1DGS A; 2ETN A; 2Y48 A; 4X20 B; 4CBC A; 1IVS A; 1VQP V; 1RPO A; 1BQZ A; 4O4H B; 4U7N A; 2WLL B; 3ZMS A; 2XTA A; 2GHY A; 1Y66 A; 2QEX V; 3J81 N; 4JI8 O; 1BSM A; 4JI1 B; 2Q6A A; 4LCU C; 3FKS G; 2RDC A; 4QIW F; 1M56 B; 2DOS A; 2KQX A; 3E22 B; 3RFR A; 5KAF Z; 5HFM A; 1F7Y A; 5JCO A; 4DV3 O; 1HNZ O; 3TK1 A; 2DW4 A; 3CJH A; 3P30 A; 2Y0I A; 1ZX3 A; 2CK3 G; 4JV5 B; 4EFE A; 1XOU A; 1QLN A; 1WA8 A; 1CXZ B; 1JCH A; 1OV9 A; 3OFN G; 1IUR A; 1AB3 A; 3ETE A; 2ZIO A; 1V55 C; 5LXT A; 1NJI W; 2HP8 A; 5BR8 B; 1KP2 A; 2ADP A; 3RW0 A; 1IBL B; 1AI7 A; 2UUA B; 4GT1 A; 3ZCC A; 1TGO A; 1JOY A; 4WBN B; 1OCC B; 4B3M B; 4UCU A; 3STL C; 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