The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
|
sequence length |
45
|
structure length |
45
|
Chain Sequence |
EITKTLLNIRSLRAYARELTIEQLEEALDKLTTVVQERKEAEAEE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Crystal Structure of the N-terminal dimerisation domain of VicH, the H-NS-like protein of Vibrio Cholerae
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
VicH protein
|
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| source organism |
Vibrio cholerae
|
| total genus |
14
|
| structure length |
45
|
| sequence length |
45
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-03-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | H-NS histone-like proteins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1LR1 A; 4ICG A; 1NI8 A; 1OV9 A; 3NR7 A; 2MW2 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2A3Q A; 4D7T A; 3W7W A; 2HG5 C; 4JPR A; 4FLW A; 1TA8 A; 4J11 A; 1TUE B; 4TUY A; 4MW3 A; 2ETN A; 5J2T A; 1NQT A; 4YJ2 A; 3ZHV A; 1JVM A; 2H94 A; 2N05 A; 1GN6 A; 1YXB A; 3Q4H B; 1NTK H; 5IJ0 A; 2PI5 A; 2CTW A; 3CRR A; 4ZHQ A; 2P67 A; 3ZN1 A; 3KCX A; 4EB6 B; 3KKY A; 5IYD O; 1MNG A; 1AJQ A; 2WWW A; 3CPW U; 4P9O A; 2ZXW B; 2A7W A; 4UVA A; 4X1I A; 3VOU A; 2IW5 A; 1SZX A; 4IGG A; 4MVQ A; 1WLE A; 2Y0I A; 5LP6 A; 4ASU G; 1M57 C; 2VS0 A; 1Y66 A; 3ABL C; 2CUG A; 4CS2 A; 3E83 A; 3CP1 A; 3AK2 A; 4JF3 A; 3UO2 A; 1RP3 B; 4WFB V; 2X7R B; 1FS0 G; 3ZIA G; 3D8C A; 5LYJ A; 3TGU H; 1Z5W A; 2A9H A; 1M5I A; 2ZDI C; 5D5P A; 3CXH F; 2JRI A; 1RM1 B; 2CTP A; 1N34 O; 2OCC B; 2DQ0 A; 3CB2 A; 3UKM A; 5CA1 A; 4NVP A; 3T1Y O; 1L1F A; 3L74 H; 3JAR A; 3T4Z A; 2UXN A; 2Q0A A; 4KP4 A; 4NTY A; 1MOF A; 4R50 A; 4QJF B; 3P30 A; 2XND G; 4UCT A; 2UU9 B; 4AI8 A; 2PF4 E; 3SPC A; 4JYB A; 1SZT A; 1UFI A; 2WLI A; 2AW9 A; 4DR4 O; 4DV5 O; 1AP5 A; 2PYJ A; 1Z2G A; 3CC7 V; 4NXN B; 3JSL A; 5BXZ A; 1M56 C; 4KFM A; 5J2U B; 5L3F A; 5E79 Z; 2XHB A; 3MAQ A; 4U7N A; 5LGU A; 4JI4 O; 4JTC B; 2DWE C; 1O9H A; 4JI6 B; 4I9Q A; 1AI6 A; 4I4T A; 1XL4 A; 4U3J B; 1XI1 A; 3H1K H; 2FL4 A; 2XAS A; 2HFE C; 2IJH A; 2GSM B; 3ZMZ A; 4JI0 O; 4MTG A; 2Q69 A; 5L3E A; 3ZHS A; 3BAB A; 3D3Q A; 1K3E A; 4FFB A; 3UQ8 A; 1KC8 W; 4JI5 O; 3OGI B; 4W4K A; 1YIT V; 5J9P C; 1GMG A; 4DR1 B; 2IJI A; 2YIC A; 2HR3 A; 5H5N A; 3LUT B; 5A9G A; 2CGO A; 1ROP A; 1B3Q A; 5IYZ A; 1YJ9 V; 4WFE A; 2ZNJ A; 1VQK V; 2HHH O; 1GH6 A; 5ITZ B; 4IHJ B; 3K57 A; 4LFC O; 4JI8 B; 3K58 A; 3H1H H; 2BOB C; 1VQ7 V; 2Q68 A; 3IAY A; 4DR5 O; 3JAW A; 2CDY A; 2ARH A; 1IBK O; 2YDE A; 3IC9 A; 1M57 B; 1JFF B; 3H9V A; 3ABL B; 2QM7 A; 5CBH A; 4LF7 O; 1Q81 W; 1QR9 A; 3SGI A; 5K1X A; 1K5Q A; 1I0H A; 3MHS C; 4HAM A; 1MMM A; 1W0J G; 4B3S B; 4NTW A; 3TXQ A; 1GN3 A; 3HKC A; 4J10 A; 3U11 A; 3E8H A; 2QA4 V; 3E8F A; 2QE7 G; 1VQN V; 1R1B A; 4DV1 B; 3F7Y C; 3SYP A; 1TUB A; 1GRJ A; 1P7B A; 1Y74 A; 4UB8 Z; 3WB0 A; 1B04 A; 1KUQ A; 5LHI A; 1E1Q G; 4KUM A; 4ZI7 A; 1ZUQ A; 4TV9 A; 2UXD O; 1F4M A; 5GON A; 2HVK C; 3AG3 C; 3UM7 A; 3OUS A; 3FX7 A; 4I50 A; 3OAA G; 3LDC A; 1S5H C; 2KSD A; 4XDJ A; 3CCE V; 3T1C A; 1WNS A; 1KB9 F; 1ORQ C; 1HNZ O; 4DUZ O; 4UCS A; 1HDJ A; 3N2G B; 3CX5 F; 3FFQ A; 5B66 Z; 3JD0 A; 4CC6 A; 2D3O W; 3R65 A; 1BE3 H; 2VQF O; 1M56 B; 1VQ6 V; 1SQV H; 1BGY H; 2UXB B; 4X20 A; 1EN5 A; 5JH7 A; 3MDS A; 1FJG B; 1BMF G; 2UUA B; 2WLM A; 2ADQ B; 5LA6 B; 1FFX A; 4YIO A; 4JI1 O; 4JI2 O; 2R9I A; 4O4H A; 2Q5Z A; 1SKV A; 4QIW F; 4FLZ A; 2B1I A; 1JA8 A; 1RSO B; 4DV6 O; 1H2S B; 2R72 A; 1SA0 A; 1XL6 A; 4RQE A; 1KKC A; 3OGC C; 3ZX6 A; 2EX3 A; 3JCZ A; 2KG7 B; 5LMU B; 1OCO C; 4NXM B; 4PEL A; 3CRC A; 2B9Z A; 1NKD A; 2A06 H; 1YIJ V; 3OR6 C; 4MVO A; 1V9P A; 5JCO C; 2E74 B; 2Y48 A; 4UFZ A; 4TOI A; 1L8D A; 1GO3 F; 3JCU Z; 1FXK A; 4LP8 A; 3TET A; 3CCJ V; 4PA3 A; 2UXC B; 1KKD A; 2VQE B; 1QLE C; 4H33 A; 3CSX A; 2QM4 A; 4YHH B; 5LBQ A; 2ZM6 O; 5K1P A; 4NR1 A; 4B3M O; 5FNV B; 3UT5 B; 1S76 D; 3FKS G; 3QTC A; 5H9C A; 4FVM A; 4J7K A; 4IIJ A; 4JV5 O; 2QKS A; 3FB7 C; 3GWK C; 3K3W A; 3U10 A; 4J42 A; 4YJ3 B; 2Q73 A; 3KG2 A; 5L3B A; 1TAE A; 4W4L A; 2GHY A; 4JTA B; 3ZRW B; 3CHX A; 4DV4 O; 1MZF A; 1QHT A; 1WB8 A; 5LXT A; 2Z0A A; 4TQF A; 1S5L Z; 2H8P C; 4EFB A; 2ZR3 A; 1YSC A; 4CH4 A; 3CCL V; 1SQX H; 3JD3 A; 3IJ4 A; 4FM0 A; 4AQY B; 4P30 A; 1XNQ B; 4LFA O; 2RMK B; 3ETQ A; 3JAT B; 1Q5O A; 2ZIM A; 3N2K A; 5LHH A; 2XT9 A; 5CBF A; 3AG3 B; 4WFG A; 3G6B A; 2QWR B; 4PJ0 Z; 4JYY A; 3M99 B; 1YI2 V; 5CA0 A; 3A2F A; 4GKJ O; 4I55 B; 2C2A A; 1I5Y A; 3AK3 A; 4DV3 B; 1YEW A; 2ZE6 A; 3JAM N; 3E35 A; 2UUC O; 4BIU A; 1FAF A; 4OPA A; 5L3C A; 4DR3 O; 3CJH A; 3LSQ A; 2X6C A; 4TQD A; 1NZ6 A; 3SPH A; 4JAU A; 3E89 A; 4ZOL A; 2IU0 A; 3ZMV A; 4K3A A; 1GN2 A; 1R3J C; 4B3R O; 3ZMS A; 3K0G A; 4ZIB A; 3ABM C; 1I08 A; 2JVD A; 1N33 B; 2AZ2 A; 2AXT Z; 1NI8 A; 4IYI A; 1IBL O; 1XNR B; 2DJV A; 3RBZ A; 2GV9 A; 4O4L B; 2OIG A; 4Z2W A; 4GT1 A; 2PTM A; 2DYS C; 1V54 C; 1OCO B; 4DO2 A; 1G8M A; 4FZ0 A; 1HWY A; 3K0D A; 2ZKO A; 5BR8 O; 3B77 A; 2WLL A; 5KX5 B; 1HNX B; 2DW4 A; 3QO8 A; 1NR1 A; 3B4S A; 1CP9 A; 1QLE B; 2E76 B; 3FAV B; 2Q7E A; 1KMI Z; 2NNU A; 4LNU A; 2F23 A; 4OX9 B; 1E1R G; 3LNM B; 1CEZ A; 3OTF A; 4O4I A; 2YXH A; 5HFL A; 3OW2 U; 2A0L A; 2WLK A; 3ETG A; 2AZ0 A; 1RM1 C; 1XMO O; 4FZ1 A; 2O57 A; 4R6Z A; 2EJR A; 1RFY A; 2FKX A; 1JR9 A; 4MW8 A; 1VP7 A; 4RAI A; 2ZIO A; 3JD4 A; 4BAY A; 3C3T A; 3ZED A; 4QNH B; 4AIL C; 3K9S A; 2Q67 A; 1Z5V A; 1SQP H; 4BW5 A; 1WPX A; 2LJ2 A; 4C7U A; 3SYQ A; 1UJW B; 1VQO V; 4UV9 A; 1ZSP A; 2YI8 A; 5JQG A; 1TVK B; 3H1I H; 2LP7 A; 5C8Y A; 2QTO A; 3OT7 A; 5AG2 A; 1O9G A; 4X64 B; 3JD1 A; 4JAS A; 5EZY A; 2DOS A; 2QSA A; 4DXW A; 1S3J A; 3EFF K; 5HFM A; 1W59 A; 2CK3 G; 3LSS A; 1KU9 A; 3JYC A; 1XQ8 A; 1XUQ A; 4HYO A; 2ATK C; 4E2L A; 3RT3 C; 1XHZ A; 2QM8 A; 1PNM A; 1VF6 C; 5IJ9 A; 1Y67 A; 2Q4P A; 4UVC A; 1LNQ A; 1H38 A; 4X1K B; 2YS8 A; 3ABK C; 4DR2 O; 1AP6 A; 1M1K W; 4MVS A; 4X65 B; 5JVD B; 5B1O A; 5LL6 Y; 1NVP B; 2IH3 C; 4FMT A; 5BMV B; 2JEX A; 3ABM B; 4RWU A; 4JAV A; 3SYO A; 1K5S A; 1NTM H; 4JI3 O; 3Q4H A; 1IBM B; 5DED A; 4QPJ A; 2WLJ A; 3WB2 A; 4ICG A; 1WAZ A; 1Q6U A; 2DYS B; 1NVP D; 1V54 B; 1VQ4 V; 4EB6 A; 3LSU A; 3K5L A; 1SRY A; 1VF7 A; 2UU9 O; 4TV8 B; 4KXR A; 4AHC A; 4LF5 B; 3EVK A; 4JI7 B; 1D5N A; 1QR8 A; 3L70 H; 3AG2 C; 2N74 A; 2RJZ A; 4NXN O; 2ZR2 A; 5B1B C; 1N36 B; 3ZRS A; 1E79 G; 5EYP B; 2EIN C; 4WFH A; 1QCE A; 4X1Y B; 1J5E B; 3HKB B; 3ZHR A; 1OV9 A; 3KCY A; 4JI6 O; 4FLV A; 1ARO P; 4JZ2 A; 2Q7G A; 1LUV A; 4WFA V; 3VQV A; 3ML0 A; 1YJW V; 1F4N A; 4LF8 B; 4CC5 A; 3RWR D; 1N8R W; 2QWN B; 3K03 A; 1JPX A; 4ZBM A; 4DR1 O; 3ZRV A; 4X8A A; 3D36 A; 2XTA A; 1I7F A; 1I94 B; 5B5E Z; 2ITC C; 4DR7 O; 3S3X A; 1U96 A; 4L87 A; 2X6B A; 4GCZ A; 4DV0 B; 3I5D A; 1SES A; 3RYH B; 3O9O A; 3OFN G; 3A0B Z; 2JDI G; 2JK5 C; 4JI8 O; 5J2U A; 2QKC A; 3BVO A; 5B1N A; 1IUR A; 3W7T A; 1MSW D; 4TSF G; 1CPY A; 2Q8V A; 3LDE A; 4PDL A; 1HP8 A; 2K9P A; 2RNB A; 1YZB A; 4U3J A; 4X62 B; 3E22 B; 1R73 A; 5KA5 A; 1D5A A; 3ABK B; 3JAK B; 4PA6 A; 1BS3 A; 2P7T C; 4B3S O; 4DR6 B; 2W6J G; 3OTO B; 3ABU A; 5JJN B; 2YEV B; 4DV1 O; 3C90 A; 3B2E E; 2LFS A; 4Q20 A; 4PI0 A; 4X89 A; 5LGT A; 4NB5 A; 2BTQ B; 3T1Y B; 4QE7 A; 4A5U B; 4HBN A; 3ASO C; 5ITZ A; 2DN9 A; 3L75 H; 2WLN A; 4IHJ A; 2PYL A; 4CH3 A; 4R8C A; 5JJJ B; 5B3S C; 1H2L A; 2Z5U A; 4P2Z A; 4DV5 B; 3SDL A; 2OTL V; 1KBH A; 3APO A; 1Q43 A; 4I9W A; 3K5O A; 3AG2 B; 1JFF A; 2Z3Y A; 4GX1 A; 3VQW A; 3JAS B; 3M8A A; 1WP7 A; 5B1B B; 2Y4T A; 1Q86 W; 5GTI Z; 1KP3 A; 4DV7 B; 2UXB O; 2QEX V; 1VF5 B; 2EIN B; 2FYU H; 3WU2 Z; 1FJG O; 2UUA O; 2ZDI A; 5IE9 A; 2DMX A; 1RPR A; 4XDL A; 1Q3E A; 1S72 V; 1QBZ A; 5D5Q A; 1S77 D; 1P84 F; 3RN4 A; 4F4L A; 1W0K G; 3H01 A; 3ZMT A; 4UCR A; 1XMQ O; 1SC5 B; 3SPG A; 1V55 C; 3G67 A; 1HNW B; 3ZHU A; 1AB3 A; 4J80 A; 3QVN A; 1OHH G; 5FPR A; 3BHP A; 4Z1V A; 3HB3 B; 1VEW A; 5LMU O; 4NXM O; 5EBW C; 1GM9 A; 1WA8 B; 2GBO A; 3A0H Z; 2F95 B; 1JX9 A; 1BZK A; 4PHZ A; 3N2G A; 4FJC C; 5H6R A; 4J9Y B; 3RVZ A; 1WJZ A; 5IY5 C; 2UUB B; 3L73 H; 2UXC O; 2VQE O; 4YY3 B; 4B3T B; 2GTA A; 3TCU A; 1VQM V; 3ZHQ A; 4YHH O; 4PDR A; 3SYC A; 3VQX A; 2E5L B; 5H6Q A; 2F93 B; 3ZCC A; 4RQF A; 5LA6 A; 2PI4 A; 2ZIN A; 1VIB A; 2YID A; 3EHB B; 1EBO A; 3MHH C; 2NR5 A; 3SYA A; 1ZL8 B; 4KHP B; 1RSO A; 3QG5 A; 2ODM A; 2P4V A; 4JYA B; 1XDC A; 1R3K C; 2JS3 A; 3F5W C; 2P4K A; 1BT8 A; 3RYF B; 3ZN0 A; 5EIB C; 2KG7 A; 2F1M A; 1OCR C; 4DW1 A; 3SR2 C; 3K79 A; 4LF4 B; 3FYI B; 4UUJ C; 5KUK A; 3PN1 A; 3AG7 A; 1AI4 A; 1JQ0 A; 3FB6 C; 4K8Z A; 1SQF A; 4Q6G A; 2JGD B; 1CXZ B; 4K35 A; 2YI9 A; 5FPO A; 1J95 A; 4G27 B; 4AQY O; 3ASO B; 1XNQ O; 3CCU V; 2QR4 A; 2DE0 X; 1YF2 A; 1PPJ H; 2JEU A; 5FNV A; 3UT5 A; 5B3S B; 1ZTE A; 1L0L H; 4N21 A; 4FLU A; 4PDV A; 3CME V; 2OYQ A; 5E1A C; 4DV3 O; 1QLN A; 1JJO A; 1AVM A; 3RYC B; 3E8B A; 4YJ3 A; 1FFT B; 2MK3 A; 3DXR B; 1QU7 A; 5LOV B; 3GWO A; 3ZRW A; 3QNE A; 1ZAU A; 4JI1 B; 4MT8 A; 4X66 B; 2LW1 A; 4DYL A; 2XUM A; 4PA4 A; 3AK1 A; 1W2B U; 3ABT A; 4U3F H; 4O4J B; 1P7G A; 3JD2 A; 4UCV A; 3CD6 V; 4WBN B; 4X88 A; 3TXS A; 2EIJ C; 4NYK A; 3JAT A; 1GK9 A; 1KP2 A; 3OEH G; 3BEH A; 2DQ3 A; 1V55 B; 4LCU C; 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1MG1 A; 3ETE A; 4GKK B; 3QO5 A; 1P4R A; 2QJ1 A; 1TGO A; 1DK1 A; 1RPO A; 3DSQ A; 4X65 O; 2KQX A; 3J81 N; 4RUF A; 2ZCE A; 3K5N A; 1QVF U; 2EIL C; 2RDC A; 1VQ8 V; 1MA1 A; 3SJB C; 2EUL A; 3JSN A; 1KEC A; 2EBO A; 4KL1 A; 2EIJ B; 4K8X A; 1IBM O; 3CRM A; 1XOU A; 1YDX A; 1TVK A; 3DC5 A; 4UXN A; 2YIA A; 4LFB B; 1US6 A; 1K33 A; 2FB5 A; 4FIP C; 4FK5 C; 4QE9 A; 4CS4 A; 3DTU B; 2BTO A; 3THO A; 2Q9L A; 3BPZ A; 2Q6A A; 1AIL A; 1BCC H; 3L72 H; 4UCU A; 1FPO A; 3FYE B; 4CH6 A; 4FM1 A; 4LF9 B; 3RYI B; 3ZHT A; 3ZMU A; 2B1G A; 3P32 A; 1MZE A; 4LF5 O; 4F6E A; 4JI7 O; 3FD9 A; 2BSK B; 5BZB A; 1N32 B; 1QNM A; 3GVM A; 4LH6 A; 4X1K A; 5F2V O; 1N36 O; 3T1H B; 2OT5 A; 3J80 N; 1PNL A; 1DF4 A; 4HNA B; 3D3I A; 2AHZ A; 4LBE C; 3W7X A; 2EIK C; 2EIM B; 5JVD A; 1N4C A; 4BW9 A; 5BMV A; 3OD4 A; 1Y76 B; 1FXV A; 4PD4 F; 4PI2 A; 4O2A B; 4FFK A; 4CZZ A; 5LMN B; 5KHH A; 3CYO A; 5GTH Z; 3I56 V; 2QWP B; 3MD0 A; 1XRE A; 1IX9 A; 3J7A U; 1PNK A; 4IT5 A; 4RUE A; 1ZX3 A; 1OCC C; 4TUY B; 3W7U A; 5J2T B; 4LF8 O; 4YJ2 B; 1AI5 A; 1Q8I A; 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