The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
164
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structure length |
164
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Chain Sequence |
MEMTNAQRLILSNQYKMMTMLDPANAERYRRLQTIIERGYGLQMRELDREFGELKEETCRTIIDIMEMYHALHVSWSNLQDQQSIDERRVTFLGFDAATEARYLGYVRFMVNVEGRYTHFDAGTHGFNAQTPMWEKYQRMLNVWHACPRQYHLSANEINQIINA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Diamonds in the rough: a strong case for the inclusion of weak-intensity X-ray diffraction data.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Apoptosis
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| molecule keywords |
protein YfbU
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| total genus |
58
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| structure length |
164
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| sequence length |
164
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-07-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03887 | YfbU | YfbU domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix hairpin bin | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | yfbu gene product, domain 2 | yfbu gene product, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LR3 A; 1WPB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4PI0 A; 5C8Y A; 3JD3 A; 4X1I A; 4DR6 O; 2PZS A; 1OCZ C; 1GM8 A; 4GKJ B; 2HJD A; 3ABL B; 4J11 A; 2CE4 A; 3K08 A; 3RYH A; 4DV4 O; 4DV7 B; 1FXK C; 2VQE O; 4DR3 O; 4UCS A; 3W7T A; 1VQ5 V; 4HZ3 A; 1E1R G; 4YJ3 A; 1RSO A; 1MNG A; 2QE7 G; 5IDJ A; 3LNN A; 4TQD A; 4DV0 B; 3SYO A; 2QR4 A; 2DOS A; 4KUM A; 3FAV B; 1TUE B; 4I5S A; 4NB5 A; 1HNX O; 5BMV A; 5JCO A; 4XDJ A; 4LFA O; 2CH7 B; 4X65 B; 4RAI A; 3H1H H; 1OCR B; 1K8A W; 2PUS A; 4RUE A; 1PNK A; 4EKW A; 4ABM A; 4AHC A; 4CH6 A; 2Y48 A; 4QPK A; 3ZRS A; 2P90 A; 2OTJ V; 2ARH A; 1SRY A; 3KCY A; 3CE2 A; 3STL C; 2FYU H; 1OCO B; 2FML A; 4FZ1 A; 3WG7 C; 1MAB G; 2OCC C; 3BAA A; 1Y4M A; 4QNH B; 3ZRW A; 2GBO A; 3E8F A; 3ZMT A; 2D3O W; 2ZDI C; 1ZLZ A; 4GCZ A; 2ATK C; 3H1K H; 4DR6 B; 1S3J A; 5A9G A; 1AJN A; 1VF6 A; 1AB3 A; 1GAX A; 1L1F A; 1AI5 A; 4DUY O; 4DV4 B; 5EZY A; 2ZM6 O; 4DR3 B; 1ZUQ A; 1FAF A; 2EIJ C; 4NVP A; 1P49 A; 2JJ1 G; 1MSW D; 3CC4 V; 2WLJ A; 3VQY A; 5F2V O; 4MVO A; 1M56 C; 5DM6 V; 2JK5 C; 3GVM A; 3K04 A; 2JGD A; 4GX1 A; 3RBZ A; 1RPR A; 1T5E A; 3OGI B; 4L87 A; 3LSS A; 2WLI A; 4GLX A; 4LFA B; 3OGC C; 1V54 B; 2Q0A A; 3CJH A; 2Y69 C; 5B1A C; 4DRX A; 1I5X A; 4BAY A; 2GSM B; 5LHI A; 2X0L A; 4X1Y A; 4TQF A; 3K5O A; 1VQL V; 3PJS K; 3ASO C; 2GTS A; 1UPG A; 4OX9 O; 3BVO A; 5IY5 B; 4CS2 A; 2Q8V A; 4UB8 Z; 2QEX V; 1AI7 A; 3TJT A; 2LFR A; 4WFB V; 4AI8 A; 1CXZ B; 1YIJ V; 1ROP A; 2ZE5 A; 1JA8 A; 1KYO F; 3DC5 A; 2BE3 A; 4DUY B; 2ZM6 B; 4X66 O; 4U3J B; 1NI8 A; 2UXC O; 3IGA C; 1RPO A; 1K97 A; 5CBG A; 1V9P A; 1MA1 A; 3OMI B; 4I0X B; 1R3I C; 2IJI A; 2VQF B; 2Q7G A; 1SQV H; 4ASU G; 3K58 A; 1BHA A; 5J2U A; 3LUT B; 4D7T A; 3JD4 A; 2QKA A; 4UXN A; 2W0X A; 1BGY H; 5LBQ A; 3MHH C; 1SC5 B; 4TV9 A; 1XHX A; 4Q20 A; 3L73 H; 2MW2 B; 1FXK A; 3BEH A; 4ICG A; 3H1I H; 4Z2W A; 1XHZ A; 4OX9 B; 3CX5 F; 4IT5 A; 5IJ9 A; 4IIJ B; 3FD9 A; 3ABM B; 3J81 N; 3VQV A; 2IU0 A; 2F93 B; 1QLE C; 2DE0 X; 2ILM A; 4G2K A; 1GO3 F; 2LFS A; 4K35 A; 4PDL A; 4LH7 A; 1JX9 A; 1GK9 A; 3LSU A; 3LDC A; 3AG3 B; 4UCT A; 4IHJ A; 1R6K A; 4CC5 A; 3JD0 A; 4BW5 A; 5IE9 A; 3ZED A; 3BHP A; 1K7D A; 3CCS V; 1NT2 B; 1WLE A; 2FTK A; 4I50 B; 2HJF C; 3BCC H; 1SQB H; 1AP6 A; 4P9O A; 5LHH A; 1S5H C; 4DR7 B; 3ZX6 A; 5B1B C; 2NLJ C; 1I7F A; 2WA4 A; 3CCM V; 2P4V A; 1Q6I A; 1FKA O; 2ZDI A; 1Q8I A; 2EBO A; 1US6 A; 3FKS G; 1YTF B; 1HDJ A; 2XAH A; 4NR1 A; 1EM1 A; 1WB8 A; 2M6Y A; 3ABK C; 1PPJ H; 2HEP A; 3RWR D; 4FLT A; 4DV6 B; 2AZ0 A; 1I08 A; 2ADP A; 1YJ9 V; 1PD3 A; 5GON B; 3K0G A; 2AHY A; 3FB5 C; 4O4I B; 1XMO O; 2Q5Z A; 3FYI B; 1IZ3 A; 2BSK A; 2YSU B; 4O4J B; 4K8X A; 1KUQ A; 2R9R B; 5H9C A; 4PEL A; 1NVP D; 2WA3 A; 3O65 A; 4DXW A; 1FJG O; 2EIL B; 1XBL A; 3D8C A; 4MT8 A; 4EFE A; 1J5E O; 1VF7 A; 2AW9 A; 4R6Z A; 2N05 A; 1XL6 A; 4MVU A; 4JI3 O; 4HBN A; 4Z1M G; 5LHG A; 5FNV B; 1DGS A; 4PA4 A; 1WA8 A; 3ZHT A; 5LA6 B; 1WJZ A; 1AR1 B; 1BT8 A; 4U7N A; 1NZ6 A; 3P30 A; 4O2B A; 5LOV A; 4ZKI A; 4J9Z B; 5KMG A; 1RM1 C; 2BTQ B; 3CCQ V; 1N36 O; 1F4N A; 5CBH A; 1W2B U; 1IBK O; 3K9S A; 3ICX A; 3ETQ A; 5LXT B; 5CMU A; 1JCH A; 3JAS A; 2ZNI A; 4DV1 O; 3HR0 A; 4FFB A; 4X62 B; 4DR4 O; 1JR9 A; 3AG4 C; 3CRR A; 3A0R A; 4P2Z A; 1NH2 B; 3BRC A; 2DYR B; 3CWB H; 1HWY A; 1FXV A; 1VQM V; 1QVF U; 5LYJ A; 4U3J A; 1XMO B; 5ITZ A; 1IBM O; 4YJ2 B; 5CA1 B; 2H3O A; 1PL0 A; 4UCV A; 2UUA B; 1X59 A; 4DR2 O; 5IYD O; 2YI8 A; 1ZX3 A; 5LMN B; 3CCR V; 4I7Z B; 2PYJ A; 3K0D A; 4XDK A; 3U11 A; 2JGU A; 3ABU A; 4HYO A; 1DLB A; 1J5E B; 1BHB A; 4Z1V A; 4IL6 Z; 3HB3 B; 3T1C A; 1JVM A; 4DW0 A; 5LP6 B; 2CGN A; 3ZMZ A; 3ZMS A; 2F1M A; 4FMT A; 1VMG A; 1THZ A; 2ZIM A; 4LF5 O; 3JCZ A; 4NTX A; 4MTG A; 5IYZ B; 2XND G; 1NJI W; 3GWK C; 1VAR A; 3H9V A; 2PYL A; 2ZD9 A; 2M7W A; 5FL7 G; 1IBK B; 3CSX A; 2YEV A; 3E35 A; 4UCU A; 2XAG A; 4PDM A; 4DR4 B; 3A2F A; 3ETE A; 5CA0 A; 1KBH A; 4B3R O; 3N2G B; 4TOI A; 2CTP A; 3TXS A; 4I55 A; 3CCJ V; 1IXB A; 3X2Q B; 3H1J H; 1TVK A; 2W6J G; 5J9P C; 1IBM B; 2LQT A; 3F7V C; 1QHT A; 2IU3 A; 4JYC A; 2WLL B; 1JMK C; 4LCU C; 2KSD A; 1QR8 A; 5EBW C; 4JTD B; 4CH3 A; 4X64 O; 3WB0 A; 1XIL A; 3SDL A; 4LF6 O; 5D5Q A; 2WPD G; 3KKY A; 2EIN C; 2XAF A; 4IGG A; 2VWJ A; 3AK1 A; 1B6Q A; 5JQG B; 2WLM A; 1L0L H; 4R50 A; 4TUY B; 3AK3 A; 2ITC C; 1QLN A; 1IUR A; 1GM7 A; 1OCC C; 3NR7 A; 3KCX A; 2ODM A; 4PDV A; 3K59 A; 3IC7 A; 3ASN B; 1G8M A; 4H44 B; 1PV0 A; 1XNQ O; 2OCH A; 3UCS C; 2GDS A; 3DGE A; 4QE7 A; 4WFE A; 2E75 B; 5D5P A; 2QJ1 A; 2LJ2 A; 3JAR A; 1G6U A; 1L8D A; 1VQ8 V; 4NYK A; 5JVD A; 1SER A; 3OUF A; 4MSW C; 1VQN V; 3L70 H; 4B3R B; 1IXM A; 2JEX A; 2KB1 A; 2R9I A; 3B4S A; 1O9H A; 4J7Z A; 4L8J A; 5KA5 A; 1ZL8 A; 3DSQ A; 1SQX H; 1MMM A; 2HLD G; 2KG7 B; 3BY6 A; 3K79 A; 3AG2 C; 4QPJ A; 2IH1 C; 5DED A; 2X7R B; 4FM1 A; 4LF4 O; 4K3A A; 4X64 B; 4LF6 B; 2HFE C; 1HNW O; 1WP8 A; 2EIK B; 1AVM A; 5KUM A; 1OV9 A; 1PNM A; 2XAS A; 2IH3 C; 2D2C B; 3RYC A; 2WSS G; 4ZBM A; 3K9A A; 4I4T A; 4MTO A; 4PA7 A; 5EBM C; 3O9O A; 2HVK C; 4YY3 B; 5E1A C; 1V55 B; 5J2T A; 4ZOL A; 5HFM A; 2VRZ A; 3FB8 C; 3ABL C; 1F23 A; 4RUF A; 1M93 A; 3G6E V; 3U10 A; 3JAK B; 5KHK A; 3ZHV A; 2F23 A; 1QU7 A; 1W59 A; 1DF5 A; 4AIL C; 4F6R A; 1B3Q A; 2A06 H; 1URF A; 1XNQ B; 1N0J A; 2A7W A; 4O4L A; 4YJ2 A; 3T1Y O; 1Y74 B; 4WFA V; 2Y4T A; 3DXR A; 5L3E A; 1Q90 D; 3HKD A; 2Z3Y A; 3D36 C; 5FPO A; 1GN2 A; 3JSL A; 4RQF A; 2OIG A; 1AJP A; 1R73 A; 2CGO A; 4X20 A; 4CH4 A; 3K5N A; 2Y0P A; 3ZS8 C; 4IYI A; 5CB4 B; 3CXC U; 1OCR C; 5BR8 O; 5LP6 A; 3Q4H A; 3JAW A; 3OMN B; 4OGQ B; 1HNW B; 1SQP H; 2OWO A; 3T4Z A; 3OT7 A; 2Q7E A; 3J7A U; 2UXX A; 4ZHQ B; 5JH7 A; 1QR9 A; 4MTF A; 3CYO A; 1OCO C; 1FXH A; 2XAJ A; 3RYF A; 4ZI7 A; 1BZK A; 2VQE B; 1F7Y A; 5L3B A; 3FFQ A; 2R9A A; 3OTO O; 5BZB A; 1VEW A; 3GB7 C; 4BIZ A; 2C2A A; 5EIB D; 1SET A; 3CCE V; 4B3S O; 2ZCE A; 4HNA A; 5KA6 A; 5JJJ B; 3W7W A; 3TCU A; 3I5D A; 1DF4 A; 2QWO B; 1Q81 W; 5EIB C; 1Z5W A; 1GM9 A; 4EEQ A; 1YIT V; 1WPX A; 1VQP V; 1KP3 A; 2VS0 A; 1U97 A; 4JI6 O; 1GH6 A; 2YID A; 3D3Q A; 3T1Y B; 1HNX B; 3T4D A; 3CC2 V; 2E5L O; 1HW7 A; 2KKW A; 1KMI Z; 1NU1 H; 3UO2 A; 5DN6 G; 1M4U A; 3DTU B; 1CPY A; 3GWO A; 4MVR A; 4UFZ A; 4BW9 A; 1E1Q G; 1ZWI C; 4PHZ A; 4Q6G A; 3VBB A; 1SZT A; 1V54 C; 3B8N A; 3KZI Z; 5B1O A; 2UXB O; 2K1E A; 3H01 A; 3IC9 A; 4AQY O; 2KQX A; 5BR8 B; 4TUY A; 4JV5 O; 3K5L A; 1HR0 O; 3TK1 A; 4LNU B; 5IY5 C; 5CN0 A; 3L71 H; 1S76 D; 1S77 D; 4MTX A; 2QKC A; 5FLX N; 2YXH A; 2AHZ A; 3JAL B; 3CHX A; 1QNM A; 1AI6 A; 4JI7 O; 3JAT A; 2HVJ C; 1H2S B; 4B08 A; 1YHQ V; 3OTO B; 3FYE B; 3WB2 A; 1PM9 A; 1K5S A; 2WLK A; 1W0K G; 3HKE B; 4MVQ A; 3W7X A; 2IW5 A; 4X1K A; 1AR5 A; 2DN9 A; 5KX5 A; 3FX7 A; 4J7J A; 5EYP B; 1JJ2 U; 2UXD O; 3C90 A; 1VQ6 V; 1NTK H; 3OW2 U; 3E89 A; 4UV9 A; 4DO2 A; 3SYQ A; 4QE9 A; 2OYQ A; 3TET A; 3HKB B; 4N21 A; 1TUB B; 1Y76 B; 2ZIN A; 3DC6 A; 4DR5 O; 3WU2 Z; 1D5N A; 2FKX A; 1JPX A; 2JRI A; 3EXA A; 2PI5 A; 1WP7 A; 3UT5 B; 1B06 A; 1PL4 A; 3N2K B; 4UCR A; 4GKK O; 1NBM G; 2UXB B; 2LW7 A; 3K06 A; 2AGA A; 2DYS B; 4JYA O; 4AQY B; 1SKV A; 1UJW B; 1FFX B; 2Q6A A; 3UO3 A; 2EJR A; 4JZG A; 2N04 A; 3B2E E; 1XEQ A; 2QTO A; 1GMG A; 4LWS B; 4XDL A; 3ABM C; 2B9Z A; 2B1I A; 1YF2 A; 3B09 A; 2ZNJ A; 4JI7 B; 4JAA A; 1BSM A; 3FAV A; 4X66 B; 1XNR O; 1F4M A; 2UXC B; 3D36 A; 2IM9 A; 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