The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
28
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2UXC O; 4GKK O; 1I94 O; 3M8A A; 4LFA O; 4YHH O; 2UU9 O; 2VQE O; 4DR4 O; 2LW7 A; 4DUZ O; 4X62 O; 4NXN O; 2DJV A; 3JAM N; 1FYJ A; 1IBM O; 1AB3 A; 1N36 O; 1N32 O; 1G1X B; 4X64 O; 2E5L O; 1N33 O; 1D2D A; 4YY3 O; 4JI6 O; 5BXZ A; 4JV5 O; 4A5U B; 1FKA O; 4LF5 O; 4DV5 O; 2UUB O; 2F4V O; 4K0K O; 4LFB O; 4DV2 O; 2UUA O; 1AIL A; 1DK1 A; 4B3S O; 3J7A U; 5LMN O; 3R66 A; 4B3M O; 1HNW O; 1XEQ A; 4DV0 O; 2HHH O; 4B3T O; 4LF6 O; 4X66 O; 4DUY O; 3OTO O; 4DV6 O; 1HR0 O; 1NS1 A; 5LMU O; 1XMO O; 4LFC O; 2UXB O; 2ZKO A; 4JI5 O; 2ZM6 O; 2DOS A; 3O65 A; 5IWA O; 4OPA A; 5FLX N; 4LF4 O; 4JI7 O; 4JI3 O; 5BY1 A; 1R6T A; 4DR1 O; 3J81 N; 1XNR O; 4NXM O; 4DV7 O; 3F5T A; 2JRI A; 4JI0 O; 4DV3 O; 5A2Q N; 2Z0A A; 5BR8 O; 1A32 A; 3SDL A; 4JI8 O; 4AQY O; 1J5E O; 4LF9 O; 1HNZ O; 4JYA O; 3T1Y O; 5LL6 Y; 4DR2 O; 3J80 N; 3RT3 C; 2VQF O; 2UUC O; 3T1H O; 4DR3 O; 4OPH A; 1X59 A; 1R1B A; 1FJG O; 4DV1 O; 4DR5 O; 1F7Y A; 1XMQ O; 4JI2 O; 4JI4 O; 1XNQ O; 4DR6 O; 5IT9 N; 5H5N A; 4KHP O; 4JI1 O; 4LF8 O; 1YZB A; 4DV4 O; 1IBK O; 2N74 A; 1N34 O; 4B3R O; 2AGA A; 2UXD O; 4DR7 O; 1IBL O; 4X65 O; 1KUQ A; 4LF7 O; 4OX9 O; 4GKJ O; 2FKX A; 1HNX O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4HNA B; 5E1A C; 4O4I A; 2YDE A; 5KHI A; 3CE2 A; 3OGC C; 4X66 B; 3OTO B; 2YIB D; 4WBN B; 5KUM A; 3JSN A; 2AHY A; 4X62 O; 2DJV A; 2OT5 A; 4ZBM A; 2WWW A; 1H2N A; 5B5E Z; 2PI4 A; 5EBL C; 2Q8V A; 1U97 A; 1S5L Z; 3SPC A; 4JI6 O; 2ADQ B; 1NQT A; 2ZNJ A; 1GTO A; 4RO2 A; 3FYI B; 1N0N A; 5LXT B; 2EIL C; 4JYA B; 4QGP A; 5KA6 A; 2NN4 A; 2CAZ C; 1B3Q A; 3I55 V; 1SKV A; 2E76 B; 4MT8 A; 5J9P C; 3W7X A; 4DR5 B; 4LF6 O; 5DED A; 4CH3 A; 4FMT A; 3IGA C; 4JI3 O; 1FXK C; 3KG2 A; 4MVQ A; 3IJ4 A; 3JAS B; 4LF7 B; 2FYU H; 5H9C A; 2Z0A A; 4J80 A; 1KP3 A; 1AP6 A; 1JX9 A; 4OXS A; 4PA9 A; 1I94 B; 3JAL A; 3S3W A; 4W4K A; 1GN3 A; 4LF9 O; 3LSS A; 4IHJ B; 5J2T B; 1NR1 A; 5LL6 Y; 1ZLZ A; 3CCV V; 2YIA A; 3RT3 C; 2YID A; 1M4U A; 1VEW A; 3OE7 G; 3CRR A; 3RVZ A; 5DN6 G; 3HKC A; 2WLL A; 3EVK A; 1E79 G; 4X64 B; 3OMN B; 4U3J B; 5JVD A; 5K1X A; 1Q6H A; 2PYL A; 2JS3 A; 2UUB B; 3F7V C; 3BAA A; 2EIK B; 3ZRS A; 4ABM A; 4DR7 O; 3SYA A; 1TAE A; 4X65 O; 1ARO P; 2FKX A; 4QPJ A; 4FM1 A; 4GKK O; 3FAV A; 1IX9 A; 1OCR C; 3JCZ A; 2A06 H; 3K9S A; 3DGE A; 1OHH G; 3ABL C; 3HKD A; 1MMM A; 1S3J A; 4J10 A; 5IJ9 B; 2XTA A; 3STL C; 3SJC C; 4JV5 O; 4JYC A; 4LF5 O; 2KB1 A; 5CA0 A; 1JOY A; 1DK1 A; 1QR9 A; 3ZS8 C; 4I9W A; 3W7S A; 4GX0 A; 3K04 A; 2Q68 A; 1MSD A; 1DF5 A; 4X66 O; 3OTO O; 2JIZ G; 2V7Q G; 3HKE A; 1PM9 A; 3LDC A; 4FLU A; 3O65 A; 3CSX A; 4OPA A; 5EBW C; 5KHH A; 1PL0 A; 4TQF A; 4UCS A; 1J5E B; 3R65 A; 4FM0 A; 3CPW U; 1SA0 B; 3KCX A; 2IBZ H; 2OIG A; 3A0B Z; 2JK5 C; 5BR8 O; 1JFF B; 3ETQ A; 2F95 B; 2P4V A; 4QE7 A; 1U96 A; 3P3P A; 4JYA O; 2JGU A; 4J42 A; 5IY5 C; 3SYQ A; 1BMF G; 4U7N A; 4DR5 O; 1F7Y A; 1BCC H; 1N32 B; 4K35 A; 3T2M A; 2PY5 A; 5IT9 N; 2A9H A; 2N74 A; 2VWJ A; 1JJO A; 2QKS A; 5GON B; 2UUA B; 2YEV A; 4TV8 A; 4DR4 B; 4LF7 O; 3ZJZ A; 1FFX A; 1SET A; 4WF9 V; 1I94 O; 3O9O A; 1RM1 C; 3U11 A; 5L3F A; 1Z5W A; 3UO2 A; 2KKW A; 4CS3 A; 1YIJ V; 1Q90 D; 2W0X A; 3DSQ A; 4WFB V; 2P90 A; 4X64 O; 1OJH A; 2YC0 A; 2F43 G; 4BIO A; 5JWP A; 5IJ0 A; 2X7R B; 2UUB O; 4FK5 C; 1KC8 W; 2R9R B; 1MAB G; 1HDJ A; 4N23 A; 3SPG A; 4H0L B; 1Y6X A; 3G4S V; 3UT5 B; 3K57 A; 1XBL A; 4DR3 B; 2HLD G; 2OWO A; 1Q7Y W; 5JJN B; 2WA4 A; 4DYL A; 2GHY A; 5LMU O; 4FLV A; 1K3E A; 4Q6G A; 4F6R B; 4YJ3 A; 3LSU A; 2LGW A; 5FLX N; 4JAS A; 2WA3 A; 1N34 B; 1PNM A; 3H1L H; 3OEE G; 3G71 V; 4AQY B; 1P4R A; 5FL7 G; 3E83 A; 2DYR C; 4DO2 A; 1ORQ C; 3FFQ A; 5CBG A; 3RFR A; 3H1I H; 3SDL A; 1SES A; 4NKG B; 3WFV A; 4LFA B; 1YHQ V; 1YTF D; 4O4J A; 4X1Y A; 4D7S A; 3DXR B; 1S5J A; 2DW4 A; 4OPH A; 3THO A; 1BE3 H; 3P30 A; 2Y69 B; 3CRQ A; 1K8A W; 5JCO C; 5EYP B; 2Q5Z A; 2BCC H; 3VQY A; 4YIO A; 1I5X A; 2CTP A; 1AVM A; 3P32 A; 5B1O A; 4J11 A; 5KUK A; 5L3G A; 4W4L A; 5B1A C; 5K1P A; 1AR1 B; 4FFB A; 1P84 F; 1V54 C; 4UV9 A; 4N21 A; 5LP6 B; 1WA8 A; 1SZX A; 1XRE A; 2HHH B; 5GTH Z; 2EBO A; 4DUY B; 4RWU A; 1B06 A; 1M9N A; 1BHA A; 1KKD A; 2EJ7 A; 1Y76 A; 3CCL V; 1N32 O; 3K3W A; 3RYC A; 3AG3 C; 2JGD B; 2Y4U A; 2CTQ A; 1ZWI C; 3E8F A; 5FNV B; 1NU1 H; 1TUB A; 2UUA O; 2B1I A; 1TVK A; 1YVW A; 2EUL A; 4PHZ A; 1JCH A; 1VQL V; 1L8D A; 4X8A A; 2IH3 C; 1OCC C; 4K3A A; 2O57 A; 1WPX A; 4JI4 B; 3SPI A; 2LJ2 A; 1K34 A; 4NYK A; 2AZ0 A; 2QSA A; 3ASO B; 4DV4 B; 1K4C C; 2QM7 A; 4TV9 B; 2GV9 A; 5C93 A; 3A8T A; 2JRI A; 1ZAU A; 3ZED A; 3ETE A; 2AHZ A; 1GKF A; 4BWA A; 4PA4 A; 1S5H C; 2BTQ A; 2WLN A; 3CJH A; 2OCC B; 4E4E A; 3WB1 A; 3JAW A; 5B3S B; 1XL6 A; 3J80 N; 3STZ C; 4ZHQ A; 3K58 A; 4DR3 O; 4G27 B; 3K5L A; 4RAI A; 4RQF A; 2P4K A; 1KD1 W; 2QDO A; 2ODM A; 1BL8 A; 3G6E V; 3AG2 B; 3QNE A; 1NI8 A; 5KX5 A; 2X6B A; 5CA1 B; 1GM7 A; 4JAV A; 5H5N A; 2FL4 A; 2VWK A; 2GBO A; 4LFB B; 1O9G A; 1N34 O; 1M56 B; 4LP8 A; 4ZOL B; 3WG7 C; 3CCU V; 1KUQ A; 5ITZ B; 1Y74 A; 1GK9 A; 1D5A A; 4LBE C; 4X88 A; 1JR9 A; 3JD2 A; 3M8A A; 4PDL A; 4LFA O; 4MVR A; 4O2B A; 3A2F A; 4X1K A; 1ZUQ A; 2IW5 A; 3CB2 A; 1RPR A; 2QM8 A; 4JPR A; 2RDC A; 2RQ6 A; 2Q73 A; 2ETN A; 1ZL8 A; 2EIJ B; 5CMU A; 3CRM A; 4H13 B; 1P7B A; 2YXL A; 3ABK C; 2K9P A; 2X0L A; 1YF2 A; 3KCY A; 3CP1 A; 1AI7 A; 1AI6 A; 4GZR B; 2DN9 A; 4HNA A; 4LR3 A; 5L3D A; 5CBH A; 2M7W A; 2ZIO A; 4DW0 A; 2VQF B; 1IZ3 A; 3C3S A; 1NJI W; 4TT3 G; 2HHH O; 4WBN A; 4DUY O; 3JD4 A; 3M99 B; 4DK1 A; 2JEU A; 2DOS A; 2EZP A; 3AG1 B; 3RWR D; 1V55 C; 2P6J A; 1PNL A; 4NTW A; 2WLH A; 5KA5 A; 5EIB D; 5LXT A; 2HVJ C; 1AP5 A; 2ITC C; 2ZXW C; 1QLE B; 1WP8 A; 4CZZ A; 4G28 B; 4D7T A; 2L6L A; 3B09 A; 5GW7 A; 1H2K A; 1K4D C; 3VBB A; 4JYB A; 1N36 B; 1R73 A; 2QTS A; 1D5N A; 4Q20 A; 5JQG B; 4BW5 A; 2QR4 A; 4JI4 O; 2R70 A; 4DV4 O; 1Y66 A; 3JAS A; 3QG5 A; 2QKC A; 4WCE V; 4J7J A; 2WPD G; 2X6C A; 2JJ2 G; 4IHJ A; 4RQE A; 5J2T A; 1ZSP A; 3IFX A; 4MVZ A; 4B3T B; 1QVG U; 4ASU G; 4LFC B; 1BQ0 A; 1FD9 A; 4LF5 B; 4U3J A; 1XNR B; 1THZ A; 1VIB A; 1PPJ H; 2LW1 A; 3ABM B; 1L0L H; 2VRZ A; 3OTF A; 4LFB O; 3CCM V; 4D6T H; 3D36 A; 1US6 A; 3UO3 A; 3ZHT A; 4PD4 F; 2QWR B; 1QHT A; 3B8N A; 3VQW A; 2DYS C; 3JD1 A; 1VQ4 V; 5EK0 A; 1HNW O; 4PA7 A; 4UCU A; 4O4L B; 3HKB B; 4U7O A; 3D3I A; 3JSL A; 4WFG A; 4Z1V A; 5IJ9 A; 3ICX A; 5KAF Z; 5BR8 B; 1Y67 A; 2LO1 A; 2Y0I A; 3CME V; 2HVK C; 3CHX A; 1M57 C; 3CCR V; 3E35 A; 3APO A; 5CA3 A; 1NH2 D; 1O9H A; 4CBC A; 4YJ2 B; 4JTA B; 2QWO B; 3RYF B; 3JAR B; 1Q81 W; 1LR1 A; 3HR0 A; 5BZB A; 3ML0 A; 1PV0 A; 2VQF O; 2QTO A; 2PZS A; 1PNK A; 3BCC H; 3ZMS A; 2XOK G; 4MS2 A; 2Q0O C; 1K7D A; 4ZI7 B; 5LHI A; 4X1I B; 2X6A A; 4JTD B; 4UVA A; 2R9A A; 4FIP C; 4BIU A; 1Z5V A; 1OCZ C; 3AG4 B; 3MHS C; 4MVM A; 1SA0 A; 2AGA A; 4J7Z A; 3L70 H; 4B3S B; 4PDR A; 1JFF A; 1YI2 V; 1GRJ A; 1KB9 F; 1FFT B; 4R8C A; 5E79 Z; 1GN6 A; 5H6Q A; 2WLM A; 3E22 B; 1CXZ B; 3Q4H B; 3RGB A; 1QNM A; 2QA4 V; 3GWK C; 2CH7 B; 3FD9 A; 1OCO B; 1BHB A; 2ZM6 B; 3RYI B; 2DE0 X; 1N36 O; 3ZBH A; 4DV7 B; 2ZNI A; 3N2K B; 1XL4 A; 5GON A; 2CK3 G; 1YJW V; 5IYZ B; 2YIB A; 2EZO A; 4HBN A; 4RUE A; 2JEX A; 3MD0 A; 1VQM V; 3LSQ A; 4I4T B; 3MAQ A; 5IDJ A; 4HZ3 A; 2PUS A; 3SJQ C; 5LMU B; 1SQP H; 2ZDI A; 1XEQ A; 1CPY A; 5JJJ B; 3X2Q B; 2Q67 A; 2AW9 A; 2QGN A; 4B3T O; 4UFZ A; 4LFC O; 5KHG A; 3CXH F; 4LF8 B; 1XNR O; 3A0R A; 3TET A; 2Q7G A; 4EFE A; 1BZK A; 2Q4P A; 1EZJ A; 4FLX A; 3ZMU A; 1EN6 A; 3CC7 V; 3UT5 A; 1VQ7 V; 4I7Z B; 2IJI A; 2Q0A A; 4MVS A; 2IJH A; 3N2G B; 1XUQ A; 3BA9 A; 1LUV A; 2JS5 A; 2E74 B; 3SR2 C; 4F6R A; 2GUZ B; 1M93 A; 1XIL A; 2Y48 A; 3BFR A; 3SYO A; 3ZMV A; 5BMV B; 3LDE A; 2OTL V; 4I50 B; 3TXS A; 3SPH A; 3U10 A; 1M5I A; 3ZN1 A; 2CTW A; 4F4L A; 3OR7 C; 4LH6 A; 3FB6 C; 4ICG A; 1AJN A; 3CD6 V; 2FB5 A; 5EBM C; 2EIM B; 3DXR A; 3LNN A; 4CS2 A; 3UCS C; 4UV8 A; 4DUZ O; 1VF6 A; 4NTY A; 3S3X A; 3TJT A; 5A9G A; 2R72 A; 1XI1 A; 2W6I G; 5EYP A; 2W6J G; 3PJS K; 1YSC A; 1K92 A; 3RYH B; 2UXX A; 2IJK A; 3CRA A; 1VQ8 V; 4PI2 A; 5B66 Z; 2OCH A; 4EB6 B; 3FKS G; 3E89 A; 4H33 A; 4I0X B; 3LDD A; 1G4Y B; 2JDI G; 1H2L A; 4H37 A; 4P30 A; 1HNZ B; 1BT8 A; 4B3S O; 2IM9 A; 5L3B A; 4UXN A; 1W0K G; 5LP6 A; 3SGI A; 4I9Q A; 2ZE7 A; 4QIW F; 3B4S A; 1BS3 A; 1M56 C; 3OUS A; 3QO8 A; 3ZHS A; 1NH2 B; 2ZM6 O; 2YSU B; 3OR6 C; 1VP7 A; 3AK2 A; 2JGD A; 1H2G A; 2EIL B; 5LBQ A; 5JH7 B; 4DV7 O; 3RN4 A; 3E2E A; 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2Q7E A; 4TOI A; 2ATK C; 3GVM A; 2FML A; 3U0Z A; 1R1B A; 2BE3 A; 2ZCE A; 1H2M A; 4GX2 A; 1IBM B; 2E3C A; 3UM7 A; 1N33 B; 1FXV A; 1NVP D; 2RN9 A; 1WB8 A; 1QQC A; 4DV5 B; 5CBF A; 4FLY A; 1QR8 A; 4TWK A; 4DV2 B; 5KMG B; 3K0D A; 1AI5 A; 1IDS A; 3CCS V; 4K8Z A; 1RP3 B; 1HNX O; 3VQX A; 4LNU B; 2EJR A; 2UU9 O; 4B7K A; 2WLI B; 1F4N A; 3W7W A; 2AXT Z; 2C2A A; 2PTM A; 1LNQ A; 1HWY A; 1DTO A; 5JQG A; 4DR1 B; 4IYI A; 5H2F Z; 1D2D A; 2ZIM A; 5DEC A; 3FB8 C; 2G38 A; 2F4V O; 3G6B A; 3WU2 Z; 4BR6 A; 1HNW B; 3ZHQ A; 1RM1 B; 1AIL A; 4JYY A; 3KKY A; 1F51 A; 4PV1 B; 5EZY B; 1QLN A; 4Z1M G; 3R66 A; 2R9I A; 4B3M O; 1PD3 A; 2E75 B; 3AK1 A; 1VQO V; 1AJP A; 4X20 B; 2WLJ A; 4LF4 O; 5BY1 A; 3K08 A; 3J81 N; 3TK1 A; 3F5T A; 3BPZ A; 2Q6A A; 2KG7 B; 1IVS A; 3MDS A; 3EXA A; 1EBO A; 5KHK A; 2EIK C; 3AEI A; 4UCR A; 2F93 B; 2B1G A; 3IAY A; 3D36 C; 4O4L A; 3MHH C; 4LWS B; 3HKB A; 2UUC O; 3T1H O; 2XAF A; 5CB4 B; 2RNB A; 4X89 A; 2GDS A; 1YTF B; 4O4H B; 4EKW A; 3IC9 A; 2GTA A; 1XHZ A; 2DYR B; 5FPR A; 4JI1 O; 2DWD C; 3ZRW B; 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