The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
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| total genus |
28
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LF7 O; 4AQY O; 1R6T A; 4DV6 O; 2DOS A; 2DJV A; 5LL6 Y; 1FJG O; 5BXZ A; 4B3R O; 4OX9 O; 3RT3 C; 4JI2 O; 4DR6 O; 4B3S O; 4GKJ O; 5LMU O; 4DUZ O; 1IBL O; 1XNR O; 4JI0 O; 2AGA A; 1YZB A; 4DV2 O; 1X59 A; 1XEQ A; 1D2D A; 4OPH A; 4X62 O; 2VQF O; 1IBK O; 4KHP O; 1HNZ O; 4LF5 O; 1N32 O; 4JI8 O; 5BY1 A; 2Z0A A; 4LF6 O; 1HNW O; 4DR4 O; 1N36 O; 4DR2 O; 1HNX O; 1A32 A; 4X64 O; 1F7Y A; 4JI3 O; 4LFB O; 4DV0 O; 1HR0 O; 1AB3 A; 4LF9 O; 4DV5 O; 1N33 O; 4X65 O; 1IBM O; 2UUB O; 2FKX A; 4NXM O; 4GKK O; 4A5U B; 4LF4 O; 5FLX N; 4NXN O; 1AIL A; 4DV1 O; 4JI5 O; 4DR3 O; 2UXC O; 3F5T A; 4YY3 O; 1J5E O; 3OTO O; 2LW7 A; 4DUY O; 4YHH O; 2UUC O; 4JI4 O; 4DR7 O; 1G1X B; 2F4V O; 2UXD O; 3O65 A; 1N34 O; 3J7A U; 4DV4 O; 4JI7 O; 2ZM6 O; 1R1B A; 1XNQ O; 3JAM N; 2UXB O; 2HHH O; 4B3M O; 2JRI A; 4LF8 O; 4B3T O; 4LFA O; 3R66 A; 4JYA O; 3J81 N; 1DK1 A; 4JV5 O; 1KUQ A; 1XMO O; 5IT9 N; 4DV3 O; 5LMN O; 3T1H O; 4LFC O; 4OPA A; 4K0K O; 1XMQ O; 2N74 A; 1I94 O; 1FYJ A; 5H5N A; 3SDL A; 2VQE O; 4DR1 O; 2UU9 O; 1FKA O; 3T1Y O; 2UUA O; 5IWA O; 5BR8 O; 4DR5 O; 4JI6 O; 2E5L O; 2ZKO A; 3J80 N; 4X66 O; 1NS1 A; 4JI1 O; 3M8A A; 5A2Q N; 4DV7 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3WG7 C; 3RYH B; 5GON B; 4DV3 B; 5LMN B; 4D7T A; 3T1H B; 1F4M A; 2P90 A; 2JS5 A; 2Q7E A; 3CCE V; 4B3R O; 4DR6 O; 2A3Q A; 3JSL A; 2YIB A; 3HKE A; 1VQK V; 3RYI B; 4EFE A; 5B3S B; 4DV2 O; 1BSM A; 1XEQ A; 2DQ3 A; 5B1A C; 5EYP A; 2E5L B; 4L8J A; 3SPG A; 2N04 A; 2Y4U A; 2IH1 C; 2L6L A; 1HW7 A; 2CH7 A; 4YXW G; 1COW G; 3VBB A; 1A32 A; 1F7Y A; 3U10 A; 1HR0 O; 4PDL A; 4PI0 A; 4RUF A; 4Z1M G; 2BOC C; 3HR0 A; 1NH2 B; 1I0H A; 4B7K A; 4UCO A; 1EFR G; 1BCC H; 3WB1 A; 3UO3 A; 1S5H C; 4JI0 B; 4PDM A; 4CBC A; 2JGU A; 1K34 A; 5L3G A; 1JCH A; 5LP6 B; 3S3X A; 1PP9 H; 2EUL A; 1YF2 A; 1LNQ A; 2ZQM A; 4FLT A; 1KKC A; 3JCZ A; 3ZCC A; 3UO2 A; 1AR1 B; 4LF9 B; 3FB6 C; 4BWA A; 1Q7Y W; 3ZIA G; 3G67 A; 3AG7 A; 3K08 A; 2ZIM A; 3ML0 A; 3ZRV A; 1VF5 B; 2XAS A; 2Q4P A; 5JWP A; 1KC8 W; 3OTF A; 2R70 A; 4OPA A; 4YY3 B; 1TAE A; 3K0G A; 3RFR A; 4JYY A; 1EM1 A; 1TVK A; 4WFH A; 3W7U A; 2DWE C; 5EIB D; 4QIW F; 3DC5 A; 4DR5 O; 1LR1 A; 4P2Z A; 1AR4 A; 2QTO A; 3L9D A; 2P4V A; 2ZIO A; 3H1J H; 5B1N A; 1S76 D; 1XMO B; 4DYL A; 1Q82 W; 3OR7 C; 4LR3 A; 1VQO V; 3AG2 B; 4GKJ O; 1FXH A; 3VQW A; 3ASO B; 3CRC A; 2GSM B; 5EYP B; 3OT7 A; 4QNH B; 1YJN V; 1N34 B; 5CB4 A; 2ZE7 A; 3X2Q B; 1D2D A; 3CXC U; 4FFB A; 4E4E A; 1PNK A; 2W6J G; 4X62 O; 1IBK O; 5JQG B; 1QVG U; 2IM9 A; 1WP7 A; 1WAZ A; 2PI4 A; 4LF7 B; 1VQ6 V; 2DYR B; 4AQY B; 4B08 A; 1OCR B; 1AVM A; 4CH5 A; 4JI2 B; 1N33 O; 1VQL V; 5LMU B; 4PA9 A; 3N27 A; 1BQ0 A; 1TUE B; 2FB5 A; 4DUZ B; 5JH7 A; 1RM1 C; 3K04 A; 2QM7 A; 4ZI7 A; 1NR7 A; 1VF6 A; 1ZL8 B; 2AW9 A; 3UM7 A; 2UXN A; 3K58 A; 1IDS A; 2HVK C; 3A2F A; 4DV6 B; 1YJW V; 1FPO A; 2GBO A; 2BTO A; 4DRX B; 2NNU A; 1SF9 A; 3B8M A; 4HBN A; 5LHG A; 4UCU A; 2QA4 V; 4LFA O; 2PZS A; 4L87 A; 1M5I A; 5J2T A; 4O4H A; 2RDC A; 1TVK B; 2RN9 A; 4HAM A; 4X20 B; 3FD9 A; 2B9Z A; 4BW9 A; 1WLE A; 3ABL C; 4CH6 A; 3GWK C; 3CPW U; 2F43 G; 1XDC A; 1Y74 B; 4X65 B; 4NKG B; 3DXR A; 2H94 A; 5L3F A; 2CE4 A; 4JI1 O; 1MOF A; 3SJB C; 4F6R A; 1R6T A; 4LH7 A; 3SR2 C; 3P3N A; 4HNA A; 1VP7 A; 4DR7 B; 5CMU A; 2Q8V A; 2FL4 A; 2DW4 A; 4LC1 A; 4UUJ C; 1ZWI C; 1OCO B; 4LH6 A; 4AHC A; 2ETN A; 1GM7 A; 2VQF O; 4KP4 A; 3CP1 A; 1N32 O; 4CS4 A; 3ZN1 A; 3ETQ A; 1VQP V; 4TV9 A; 1V55 C; 4CZZ A; 3STZ C; 4DR2 O; 2EBO A; 2W0F C; 3DC6 A; 3IGA C; 3SGI A; 2YXY A; 2K1E A; 5LBQ A; 2XND G; 2KG7 A; 5JH7 B; 2RQ6 A; 3OFN G; 4TT3 G; 2X0L A; 2LW1 A; 3B77 A; 2P4K A; 1YCI A; 2LJ2 A; 4U7O A; 1RP3 B; 4O2B B; 4JI5 O; 5B5E Z; 3CE2 A; 2C2A A; 5DEC A; 3TK1 A; 4RAI A; 2RCV A; 3ETE A; 2ADP A; 3OEH G; 3FFQ A; 4P30 A; 2JS3 A; 3JAS B; 4UFZ A; 3ZMS A; 4JPR A; 4IL6 Z; 5A9G A; 3O9O A; 4TSF G; 5J2T B; 3JAK A; 4IHJ B; 4MVZ A; 1VQ4 V; 4OXS A; 3CRA A; 1Q5O A; 2ILM A; 2WLL A; 1I7F A; 4JZ2 A; 3CMA V; 4XDJ A; 3F5W C; 1NVP D; 2OIG A; 4DV3 O; 5LMN O; 3T1H O; 5L3D A; 5FNV B; 5B1O A; 2YUA A; 4D6T H; 1J5E B; 3OTO B; 2HJD A; 3ABK B; 4KFM A; 1FXK C; 1Q3E A; 1GN2 A; 3CCV V; 3OE7 G; 1S77 D; 3VQX A; 4O4I A; 2ZM6 B; 5IJ0 B; 5K1P A; 4F6R B; 1PNL A; 2E5L O; 2ATK C; 4X66 O; 2CGO A; 3T2M A; 1G1X B; 1AR5 A; 4J11 A; 2DMX A; 3ETD A; 3BA8 A; 3THO A; 3IC7 A; 3TXQ A; 3E86 A; 5B1B B; 2QWN B; 3H1I H; 1PNM A; 2EJ7 A; 4TV9 B; 1IXM A; 4JI0 O; 2IJK A; 3ASN B; 4KHP O; 1XI1 A; 1K33 A; 2OCC C; 5LA6 A; 1VQ9 V; 1IX9 A; 4DV7 B; 2CDY A; 5FPO A; 2K9P A; 3K03 A; 3AG4 B; 4LF9 O; 2NLJ C; 3ZS8 C; 5JJJ B; 3WB2 A; 1SC5 B; 3K5L A; 1N0J A; 1JA8 A; 1H38 A; 1NBM G; 4J7J A; 2W0X A; 4YY3 O; 3SYA A; 2LW7 A; 3JAK B; 4JI4 O; 4NVP A; 1VAR A; 4NTW A; 2QWP B; 5EC2 C; 2WLL B; 3HKD A; 4MTF A; 1R1B A; 3JAM N; 1YI2 V; 4R8C A; 2UUB B; 2Y69 C; 4H13 B; 4MVU A; 4UB6 Z; 2Q68 A; 1XMO O; 2JEX A; 5IT9 N; 1K3E A; 3OUF A; 2NR5 A; 4QE9 A; 1HWY A; 5KHG A; 4ZIB A; 5E1A C; 1ENV A; 4DR1 O; 3ABM B; 2P5O A; 3H1K H; 4JI7 B; 1M9N A; 3WU2 Z; 4DO2 A; 5L3E A; 2ZXW C; 3TXS A; 4LF7 O; 1RSO A; 4AQY O; 2RMK B; 3SPH A; 3E83 A; 4FZ1 A; 4TQF A; 2Y0P A; 4OX9 O; 2EIM C; 4JI2 O; 1FS0 G; 1PL0 A; 1XMQ B; 5LMU O; 1QU7 A; 1BHA A; 1H2M A; 3PN1 A; 1N8R W; 4DUZ O; 1AI4 A; 1FD9 A; 5KHJ A; 1K8A W; 5LA6 B; 4OPH A; 3A0H Z; 1Y67 A; 2E3C A; 2EIL B; 4O4L B; 1QNM A; 2Z0A A; 4K3A A; 3SJC C; 4G2K A; 2VWJ A; 3AEI A; 2AZ0 A; 1FJG B; 3KCX A; 1NTM H; 2YID A; 3ZHQ A; 1YHQ V; 4J10 A; 4E2L A; 1SA0 A; 2P22 C; 2EIK C; 1DLB A; 2QDO A; 3JAT B; 1P7G A; 2RJZ A; 5H9C A; 2YEV A; 4DR4 B; 1GM9 A; 3RW0 A; 2Y0I A; 1N4C A; 4XDL A; 4JI3 B; 1Q8I A; 2B1I A; 2F95 B; 1NVP B; 3E8G A; 3LUT B; 5HFL A; 1D5N A; 4U3J A; 4I50 B; 4X1K A; 1WB8 A; 1NI8 A; 3RYF B; 1KUQ A; 4UB8 Z; 4UV9 A; 2VQF B; 5H6R A; 3UKM A; 1N32 B; 3CHX A; 3OUS A; 4DR3 B; 5KMG B; 1H2L A; 4UV8 A; 1PL4 A; 2VS0 A; 1K5S A; 3L74 H; 4I4T A; 1VEW A; 4MTX A; 4JTC B; 1VQ7 V; 3FB8 C; 4J7Z A; 3FAV B; 4J9Y B; 1I5X A; 3BAA A; 4JZG A; 4DK0 A; 3J80 N; 1K97 A; 4B3T B; 1F51 A; 1E79 G; 4JI5 B; 2DJV A; 1F4N A; 5J2U B; 2IH3 C; 1W2B U; 2MK3 A; 3F7V C; 3UCS C; 1OCC B; 4FIP C; 4JGS A; 1M57 B; 4MVQ A; 1VQ5 V; 1SKV A; 1M1K W; 3B4S A; 5J9P C; 4G27 B; 4I9W A; 5IYB O; 4CH3 A; 3ICX A; 4LWS A; 1W0K G; 2PYL A; 1QQC A; 5B3S C; 5CA0 A; 1ARO P; 2V4D A; 1PM9 A; 4PHZ A; 5IDJ A; 1SA0 B; 4ZHQ A; 5C8Y A; 1M56 B; 3SJA C; 4LF4 O; 2YEV B; 1SQV H; 1XNR B; 4WFE A; 4QGP A; 1GAX A; 3CCL V; 4EB6 A; 4X66 B; 1YTF D; 2PF4 E; 3K0D A; 2LGQ A; 2FTK A; 3SYC A; 1J5E O; 3OTO O; 4DUY O; 4FVM A; 4YHH O; 3CYO A; 4IGG A; 1N36 B; 4WFF A; 5JQG A; 4U3J B; 1VIB A; 3DTU B; 4YJ2 A; 4X1K B; 2ZM6 O; 4XBF A; 2CTR A; 4PV1 B; 1F23 A; 2DWD C; 2QSA A; 1YEW A; 1SQX H; 3ZHV A; 1IBM B; 1BGY H; 4TQD A; 5LP6 C; 3L71 H; 4H37 A; 3IJ4 A; 4I4T B; 4FLY A; 4KHP B; 2XTA A; 5B1A B; 1Q86 W; 4JAS A; 2GTA A; 5LOV A; 4FPP A; 3ZX6 A; 4UCT A; 2HLD G; 2UUC B; 1GMG A; 1JJO A; 1Y4M A; 1KEC A; 2F4V B; 2ZDI A; 3QVN A; 5LXT A; 1KKD A; 1ZL8 A; 3AG3 B; 3WB0 A; 3MAQ A; 2ZE8 A; 4DW0 A; 2ZT9 B; 1NS1 A; 5KUK A; 1AJP A; 4DRX A; 4MVM A; 1Q6I A; 4DV7 O; 2OTL V; 3VOU A; 4C7U A; 3CCJ V; 4ZBM A; 1SS3 A; 1SQP H; 1JPX A; 4JI4 B; 4TV8 A; 2E76 B; 5CA1 A; 3APQ A; 2QKS A; 2EIJ B; 4IT5 A; 2OT5 A; 4X20 A; 4XDK A; 3A8T A; 4LWS B; 4NTX A; 2UUA B; 4BIU A; 4LNU A; 1HNZ O; 3AG2 C; 2IJI A; 5BY1 A; 5CA0 B; 3SPC A; 1Y76 A; 1W0J G; 1Y74 A; 2OCH A; 1K5Q A; 1BL8 A; 4ZHQ B; 1XUQ A; 5LYJ A; 5C8Y B; 3X2Q C; 2BTQ A; 2ITD C; 1QHT A; 2EIN B; 4MVO A; 4X89 A; 3D36 A; 1QBZ A; 2YSU B; 1SET A; 3LNN A; 1BT8 A; 4MVS A; 2UUB O; 3SYO A; 4EB6 B; 4DR1 B; 4PA7 A; 2ZE5 A; 3ZRW A; 3CCU V; 4MW3 A; 4JF3 A; 5LGU A; 2PYJ A; 1OCR C; 3U0Z A; 4B7E A; 4YJ2 B; 2BCC H; 3B09 A; 4JAU A; 1Q90 D; 4GYC B; 2EZO A; 1DF5 A; 4GX0 A; 2UXD O; 3N2K A; 3CCR V; 2OWO A; 5AG2 A; 1AP6 A; 3BPZ A; 4PDV A; 2PI5 A; 4JI7 O; 1FFX B; 4OX9 B; 1S5L Z; 1MAB G; 4X8A A; 4DXW A; 1R6N A; 2QM4 A; 5IYZ A; 3H9V A; 5KAI Z; 5LOV B; 3GWO A; 4NXM B; 4GKK B; 3H1L H; 3JD4 A; 3BCC H; 3ZHT A; 2A79 B; 1RPR A; 2N05 A; 1FFT B; 5LXT B; 2IJH A; 4K0K O; 1SQQ H; 1XMQ O; 2QM8 A; 4O2B A; 3JD2 A; 3WFV A; 1LUV A; 4R6Z A; 3LDC A; 3B8N A; 1N0N A; 3E22 B; 2GDS A; 3JAS A; 1NR1 A; 3HKB A; 1S0V A; 4IHJ A; 5A2Q N; 4TV8 B; 4MTG A; 1B3Q A; 2DOS A; 5CA1 B; 1SER A; 1CPY A; 1IVS A; 4CS2 A; 1FJG O; 4QPJ A; 1WPX A; 1GH6 A; 5GTI Z; 2Q6A A; 2IW5 A; 2HFE C; 3LNM B; 4LNU B; 5FNV A; 3FX7 A; 1Y76 B; 3D36 C; 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4MVR A; 1JFF B; 3HB3 B; 3I55 V; 3ASN C; 1S3J A; 3E8B A; 2A06 H; 1IBM O; 3W7T A; 1FXK B; 2HR3 A; 4MT8 A; 3FKS G; 3AG4 C; 4R7C A; 5LGN A; 1BZK A; 1Z5V A; 3JAL B; 1V54 C; 2Q0O C; 2UUC O; 1HNW B; 3ZMU A; 5HFM A; 2F4V O; 1WA8 B; 3BHP A; 3AG1 C; 4O4L A; 4P9O A; 3BFR A; 2HHH O; 4ASU G; 2LO1 A; 2Q7H A; 5H6Q A; 5JVD B; 3JAW B; 1R3K C; 2QKA A; 2HEP A; 2LP7 A; 3B2E E; 1FAF A; 5EZY B; 1UJW B; 3LSQ A; 2E74 B; 3ZMV A; 3KKY A; 1HNZ B; 2B1G A; 4GX1 A; 3ZBH A; 5EBW C; 2CGN A; 4IYH A; 1WJZ A; 1HP8 A; 5KUM A; 3SDL A; 4P9P A; 2YI9 A; 3JAT A; 3OW2 U; 1GTO A; 5DM6 V; 4N23 A; 2UUA O; 4WBN A; 3W7W A; 2BSK B; 3CC2 V; 2ZKO A; 1GRJ A; 1OZ0 A; 1XBL A; 2F1M A; 3G71 V; 4I7Z B; 2ARH A; 1WNS A; 2AXT Z; 3ABM C; 2KQX A; 2YIC A; 3QTC A; 2JIZ G; 4I50 A; 3JD0 A; 1L8D A; 4FM1 A; 4ZKI A; 3C3T A; 3RYF A; 2UXD B; 2CTP A; 2VQE B; 2BOB C; 3T1C A; 4DW1 A; 5KMG A; 1NZ6 A; 3JD3 A; 4TOI A; 2PTM A; 3LDD A; 4J7K A; 2QGN A; 2LQT A; 3FAV A; 3EHB B; 4PA6 A; 3K57 A; 2JK5 C; 4TUY A; 3R65 A; 4O4J B; 1OHH G; 2M7W A; 3KCY A; 5FL7 G; 1AP5 A; 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