The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
28
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5IWA O; 4DV1 O; 4GKK O; 4YY3 O; 1XNQ O; 1I94 O; 1N36 O; 2DJV A; 2HHH O; 1X59 A; 2ZKO A; 2UXB O; 4A5U B; 1DK1 A; 4K0K O; 5H5N A; 5LMU O; 4DV4 O; 4DR6 O; 4JYA O; 1IBM O; 3T1Y O; 4X64 O; 4DV6 O; 1XMO O; 1N34 O; 1HR0 O; 1AIL A; 5LMN O; 1XNR O; 3RT3 C; 2VQE O; 3O65 A; 2UUC O; 4NXN O; 4DR2 O; 1FYJ A; 4OPH A; 4DV7 O; 4DR1 O; 4LF6 O; 1KUQ A; 1XMQ O; 2Z0A A; 4LFA O; 4LFC O; 1FJG O; 4LF5 O; 1IBK O; 2E5L O; 3OTO O; 1N33 O; 1R1B A; 2F4V O; 4B3T O; 4JI3 O; 4GKJ O; 1HNW O; 4JI1 O; 1FKA O; 1HNZ O; 4DR3 O; 1F7Y A; 1R6T A; 1YZB A; 4AQY O; 5A2Q N; 1HNX O; 1XEQ A; 5BY1 A; 2N74 A; 4JI0 O; 4B3M O; 4JI7 O; 4KHP O; 4YHH O; 4OX9 O; 2VQF O; 3R66 A; 2LW7 A; 4JI5 O; 4OPA A; 4JI8 O; 4JI2 O; 5BXZ A; 4B3R O; 2FKX A; 3F5T A; 4DUZ O; 4NXM O; 4LF9 O; 4DV5 O; 2UUB O; 4DUY O; 1A32 A; 3J81 N; 1N32 O; 4LF7 O; 2UXC O; 1J5E O; 4LF4 O; 4DR4 O; 1AB3 A; 2UU9 O; 3JAM N; 4DV3 O; 5BR8 O; 1G1X B; 1IBL O; 4DV2 O; 2AGA A; 4LF8 O; 2UUA O; 4X62 O; 2JRI A; 3T1H O; 5FLX N; 3M8A A; 4DV0 O; 2UXD O; 3SDL A; 4DR5 O; 1D2D A; 1NS1 A; 3J80 N; 4LFB O; 4X65 O; 4DR7 O; 5IT9 N; 4JI4 O; 4JV5 O; 5LL6 Y; 2DOS A; 2ZM6 O; 4JI6 O; 4B3S O; 3J7A U; 4X66 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2K9P A; 1VQ7 V; 4PA6 A; 1XUQ A; 5GON A; 4FLT A; 5KHK A; 2FYU H; 2F93 B; 1F4N A; 3TCU A; 5KMG A; 1PD3 A; 3SJC C; 4O4H A; 1WB7 A; 3OT7 A; 2Q7H A; 3ZRW A; 2R9R B; 3O65 A; 1LNQ A; 3E8G A; 1R6N A; 5KX5 A; 1S5H C; 3A2F A; 1QR8 A; 2Q7E A; 3DGE A; 3WB0 A; 2FL4 A; 3UM7 A; 1V55 C; 1IBK O; 5CA1 A; 4K8Z A; 4JAU A; 1FXK B; 4J9Y B; 4UCT A; 1SES A; 3B4S A; 2ADP A; 1YZB A; 3H01 A; 2CK3 G; 2WLL B; 5ITZ B; 3AG1 B; 4I5S A; 1B06 A; 4X88 A; 2QEX V; 2LJ2 A; 1KMI Z; 1Q6I A; 3A0R A; 3K5O A; 2P4K A; 2ZDI C; 3JAS B; 2W6J G; 2LGW A; 2H8P C; 5DN6 G; 3QO7 A; 2IJJ A; 2FKX A; 1E1Q G; 1BHA A; 2R9A A; 4FLU A; 1IBK B; 3T1C A; 4R7C A; 1A32 A; 3QG5 A; 3T2M A; 3JAL A; 1N0J A; 1AJP A; 4PDM A; 3SYO A; 4JYA B; 4X1Y B; 2GSM B; 1ZSP A; 1FFX A; 4X62 O; 3CD6 V; 1QVF U; 3JAT A; 3RVY A; 1J95 A; 4MVO A; 1HWY A; 2YI8 A; 5KHH A; 2YUA A; 5LHH A; 5EK0 A; 4IHJ A; 4LH7 A; 2W6I G; 4O4J A; 1NH2 D; 2ZM6 O; 1Q7Y W; 3CRC A; 2YS8 A; 4XDL A; 3L72 H; 3ETG A; 1XNQ O; 1S5J A; 2QWP B; 4WFH A; 2X6B A; 4IYI A; 1E1R G; 3RYF A; 1VF5 B; 3ABT A; 3ZN0 A; 2BTQ B; 4U7N A; 1NZ6 A; 1I0H A; 4RQE A; 1E79 G; 3ZHS A; 4DR6 O; 5JQG B; 4X64 O; 1T5E A; 3IAY A; 1XNR O; 4DW1 A; 3OGI B; 3PN1 A; 1VAR A; 2IW5 A; 2P5O A; 3K08 A; 3ZS8 C; 2R70 A; 1GM8 A; 4LF9 B; 5E1A C; 3JAR B; 4I55 B; 1XMQ O; 3QO5 A; 1JJO A; 2WLI B; 1N33 O; 2F4V O; 5J2U B; 1JA8 A; 3CJH B; 1XNQ B; 2KQX A; 1ORQ C; 4Q20 A; 4L8J A; 3N27 A; 1TGO A; 4PDR A; 2BOB C; 1Y74 A; 4PI0 A; 3C3T A; 4JI7 O; 3EXA A; 5J2T A; 1MAB G; 5IJ0 B; 4DR6 B; 2WSS G; 4X64 B; 3OMI B; 1UJW B; 1XNR B; 3H1L H; 5KUK A; 4P2Z A; 4F6E A; 1QNM A; 4JZG A; 4TUY A; 1CPY A; 3IFX A; 5LGN A; 1XMQ B; 4GUN A; 3E89 A; 1N33 B; 2F4V B; 2EIN C; 3FB5 C; 4LH6 A; 1NI8 A; 1FAF A; 1URF A; 2Q9L A; 4MVQ A; 1JCH A; 4PDV A; 2AGA A; 3HKD A; 1G6U A; 4FFB B; 4JI7 B; 5FNV A; 1K33 A; 2UXD O; 3Q4H B; 4FJC C; 2EIM B; 1CEZ A; 2NR5 A; 3RW0 A; 4UV8 A; 3BHP A; 4LFB O; 1PNL A; 4DR7 O; 3H1I H; 5L3C A; 2IJI A; 1GM7 A; 3G80 A; 1I5X A; 3HKC A; 1PL4 A; 2WLH A; 3CC2 V; 1HNZ B; 4GKK O; 1GK9 A; 3BY6 A; 4Q6G A; 3SPH A; 3ZRV A; 4O4L B; 1QU7 A; 3CP1 A; 4TV9 A; 2ZDI A; 3I56 V; 2P7T C; 1YF2 A; 4A5U B; 3K5N A; 1YXB A; 3LNM B; 4GT1 A; 3FAV A; 5KX5 B; 1HDJ A; 3FB7 C; 2BOC C; 1IBM O; 4UXN A; 3D3Q A; 1Q86 W; 3JD3 A; 5L3B A; 2UXD B; 1Q43 A; 1K9M W; 4B7E A; 4LFB B; 2RN9 A; 1YIJ V; 4DR7 B; 1MZF A; 3DTU B; 2CGO A; 1K8A W; 1BZK A; 3ABM C; 1FXK C; 4X1I B; 1SA0 B; 2Z0A A; 2HJF C; 2HFE C; 4B3T O; 3VQW A; 2ZE8 A; 5L3D A; 2ZR3 A; 3SJQ C; 4FM0 A; 4U3J A; 3DXR A; 3UQ8 A; 1IBM B; 3RN4 A; 1WPB A; 4PHZ A; 3R66 A; 1P4R A; 2C2A A; 1ZUQ A; 1NR1 A; 2PGG A; 2JVD A; 3OD4 A; 5DED A; 4FK5 C; 4FLZ A; 4NXM O; 3FYI B; 1DTO A; 1YTF B; 3UT5 B; 3BPZ A; 1I5Y A; 4FMT A; 2L6L A; 3FYE B; 4N21 A; 1HW7 A; 4B3T B; 4KL1 A; 3L9D A; 5H9C A; 4DV3 O; 1IBL O; 4PJ0 Z; 5B1A C; 3CCU V; 3OMA B; 5IYZ A; 4LWS A; 2KG7 A; 4K3A A; 3AG2 B; 4WFA V; 3A0H Z; 1H2K A; 1YHQ V; 4MTO A; 2X0L A; 5EYP B; 5KAI Z; 1BSM A; 4I50 A; 3WG7 B; 4UB6 Z; 4FVM A; 1SQP H; 4TV8 A; 2Q6A A; 2QKA A; 3ABK B; 2DYS B; 1RP3 B; 1VQ6 V; 2EZO A; 1WP8 A; 4H13 B; 4TSF G; 4ABM A; 4YJ3 B; 3ETD A; 3STZ C; 4NXM B; 3K59 A; 5JCO A; 2G38 A; 3BEH A; 1QVG U; 4RAI A; 1VQK V; 1LUV A; 3AG4 B; 5H6R A; 3GWK C; 4UCR A; 1PV0 A; 4DV3 B; 2Y0P A; 1IBL B; 3LSS A; 1W0K G; 1ZX3 A; 2UXN A; 1TVK A; 3ZRX A; 1CP9 A; 2D2C B; 4ICG A; 4IL6 Z; 5LMN O; 2ZNI A; 3THO A; 2PI4 A; 5EC1 C; 4KP4 A; 4I7Z B; 4X1K B; 4MTF A; 4XBF A; 4CC5 A; 1M56 C; 3W7X A; 1Y74 B; 4LFC O; 1L0L H; 1COW G; 2Q7G A; 3CYO A; 1FJG O; 2QSA A; 1GTO A; 3EHB B; 1Q5O A; 3U11 A; 2P4V A; 3TXQ A; 2R9I A; 2PF4 E; 1R6T A; 2EZP A; 3BVO A; 4TOI A; 4AQY O; 3L74 H; 5BY1 A; 3CMA V; 1K97 A; 4TUY B; 2LFR A; 1RM1 B; 2A0L A; 2Q0A A; 3CHX A; 1Q90 D; 5LMN B; 4YJ2 B; 4D7S A; 4Z1V A; 2QWR B; 2BSK B; 4X66 B; 3B77 A; 3ABL C; 4LFC B; 4OGQ B; 1FJG B; 1V55 B; 1Z5V A; 1JMK C; 4LP8 A; 2NLJ C; 3SYQ A; 5BR8 O; 1FXK A; 4AQY B; 1NTM H; 3ASO B; 2JEX A; 1YTF D; 2WLL A; 4RUE A; 3G67 A; 4LR3 A; 2ZXW B; 3QTC A; 5LBQ A; 1XQ8 A; 4J11 A; 1KP3 A; 5LXT A; 3E86 A; 4IIJ A; 5CB4 B; 2Z3Y A; 2RNB A; 5EIB C; 1VF7 A; 3FAV B; 2P06 A; 3L71 H; 4DV1 O; 4EKW A; 2Q68 A; 2Y4T A; 2ZKO A; 5BR8 B; 4UVB A; 2AZ2 A; 4KUM A; 1JVM A; 1GM9 A; 1KC8 W; 1S3J A; 2Y0I A; 3OAA G; 4QPK A; 5HFM A; 2XUM A; 5E79 Z; 1L8D A; 3ZHV A; 3L75 H; 3APQ A; 4DR2 O; 3RYH B; 4RQF A; 4DV7 O; 4MS2 A; 1JX9 A; 4IT5 A; 1SQB H; 4DV1 B; 4JI3 O; 2KB1 A; 1SER A; 4LNU B; 3KCY A; 4B08 A; 3JAK B; 4DR3 O; 1F7Y A; 2LP7 A; 2YIA A; 3ML0 A; 1M1K W; 1O9H A; 2XAJ A; 4H0L B; 2BTQ A; 1R73 A; 1MZE A; 3KG2 A; 1W59 A; 2JEU A; 2QE7 G; 3ZBH A; 2ZNJ A; 3K5M A; 1YCI A; 4DR2 B; 4DV7 B; 3WB1 A; 2KG7 B; 2Q0O C; 2ILM A; 1N32 O; 3JAR A; 2HJD A; 4I55 A; 4JI3 B; 4ZOL A; 3QO8 A; 4I50 B; 4DR3 B; 3G4S V; 1RPO A; 4J42 A; 1RFY A; 4CH6 A; 4AHC A; 2IBZ H; 2W0X A; 3CRA A; 2R72 A; 2XAS A; 2JRI A; 2N05 A; 3F7V C; 5FLX N; 4JPR A; 3CWB H; 4EB6 B; 3BA8 A; 5CMU A; 4D6T H; 1SZT A; 4QGP A; 2QA4 V; 2CTQ A; 1G8M A; 1XBL A; 3WFV A; 4JI4 O; 4P30 A; 2BCC H; 1MG1 A; 2WA4 A; 2L35 A; 2M7W A; 3SYP A; 2A3Q A; 1K3E A; 2EJ7 A; 1NVP B; 2DJV A; 1N32 B; 2XTA A; 2QM4 A; 3K3W A; 2PYJ A; 4CC6 A; 1GMG A; 5FPO A; 4DV6 O; 4QNH B; 1Z5W A; 4FFB A; 2QWO B; 2LO1 A; 4U7O A; 3HKB A; 4LC1 A; 5FPR A; 5K1X A; 3QF7 A; 2ZR2 A; 4JAS A; 3Q4H A; 4JI4 B; 1AI6 A; 2YI9 A; 4LF6 O; 4QPJ A; 4NKG B; 4RWU A; 4LF5 O; 3OTO O; 5L3G A; 4WFF A; 1P84 F; 1N4C A; 2HVK C; 3CS5 A; 4HNA A; 2CE4 A; 3ZMS A; 3CPW U; 3SJB C; 1K7D A; 1RM1 C; 1SKV A; 4O4L A; 1N8R W; 1XEQ A; 4PA9 A; 5TIS Z; 4JI0 O; 1M57 C; 3ZHT A; 1K92 A; 4DV6 B; 2CGN A; 1IXB A; 5DM6 V; 5H6Q A; 3ASN C; 4JAA A; 5LHG A; 3ABM B; 4LF6 B; 3DSQ A; 5KA5 A; 4J9Z B; 1BQZ A; 2YEV A; 4LF5 B; 1BS3 A; 3T4Z A; 2PZS A; 4X1I A; 3OTO B; 4DUY O; 1SA0 A; 3ASO C; 2UU9 O; 1G1X B; 5L3E A; 1BQ0 A; 3E22 B; 3L70 H; 2HKO A; 5LXT B; 4JI0 B; 4IIJ B; 2P6J A; 2ZXW C; 2A06 H; 1PNM A; 3FB8 C; 4F4L A; 2Y69 C; 3ETE A; 3CRQ A; 4WFB V; 1BCC H; 5BZB A; 1F23 A; 4JAV A; 1MSD A; 2OT5 A; 4UV9 A; 3W7T A; 4B3S O; 2CTW A; 5C93 A; 5IWA O; 1WJZ A; 3NXS A; 4UUJ C; 1U97 A; 1QBZ A; 1Y66 A; 4DUY B; 3UT5 A; 2UU9 B; 2CDY A; 3H1H H; 1GN4 A; 5B1A B; 2F43 G; 1PL0 A; 1SS3 A; 4YIO A; 4RUF A; 5GTH Z; 3GWO A; 1R3I C; 4DO2 A; 4DW0 A; 3ZHR A; 5CN0 A; 4C7U A; 1YJN V; 5EYP A; 3SPC A; 3CB2 A; 3KCX A; 4JF3 A; 4KFM A; 4I0X B; 2QDO A; 4ZI7 A; 5IWA B; 4W4K A; 2YIB A; 3BFR A; 4YJ3 A; 2DWE C; 1W0J G; 1NQT A; 1AR4 A; 4X62 B; 4ZHQ B; 3ABU A; 1NTK H; 2ZIN A; 2N74 A; 4B3M O; 4UCU A; 3AK1 A; 1XI1 A; 3STL C; 2KSD A; 3CCS V; 3OMN B; 3SPI A; 2LW7 A; 3HB3 B; 1YVW A; 4HZ3 A; 2ZM6 B; 2AZ0 A; 1GN3 A; 4ZOL B; 1SQX H; 1FPO A; 1M56 B; 4BR6 A; 3K0D A; 4X1K A; 4DV5 O; 5LYJ B; 2P67 A; 2QTO A; 4FPP A; 4LF7 O; 2JDI G; 2FTK A; 4DK0 A; 4PEL A; 4B3M B; 5B1B C; 2WLM A; 2A9H A; 2ZE6 A; 1SF9 A; 1DGS A; 4B7K A; 4U3F H; 3ZMZ A; 1IX9 A; 2EBO A; 4BIU A; 2P90 A; 2CTR A; 2EIL B; 3UO3 A; 2EIJ C; 4MTX A; 4YJ2 A; 2YC0 A; 3D3I A; 3U0Z A; 3J7A U; 2BSK A; 4DV5 B; 3ABL B; 3OGC C; 1JPX A; 4YY3 O; 4MVU A; 2AXT Z; 4LF7 B; 1BGY H; 4QIW F; 1WB8 A; 3HKB B; 3RBZ A; 5KA6 A; 2WA3 A; 1VF6 C; 4K0K O; 3VQV A; 5H5N A; 3ZMV A; 4Z2W A; 3LSU A; 5EBL C; 3ZJZ A; 1AI7 A; 1ZTE A; 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1AVM A; 3HKE B; 1FD9 A; 1WLE A; 1BL8 A; 3ETQ A; 1XOU A; 3BAA A; 3E83 A; 2ZE5 A; 4YHH O; 4DV4 B; 1Q6U A; 5JJJ B; 5LP6 C; 3N2G B; 3TJT A; 4G27 B; 1HR0 B; 1N34 B; 4NB5 A; 1YEW A; 3CCJ V; 3FFQ A; 4DK1 A; 4OPA A; 4I9Q A; 4NVP A; 1YSC A; 4JI2 O; 3CEI A; 3AEI A; 4KXR A; 3W7W A; 2ZQM A; 3FB6 C; 2JGU A; 3LSQ A; 2UUB O; 1K5S A; 4EFB A; 4FLX A; 3MDS A; 3K04 A; 4TT3 G; 3ZRS A; 4LF4 O; 4GKJ B; 3CCR V; 5CBH A; 3E35 A; 1JFF A; 1M90 W; 2UUA O; 4YHH B; 2EIL C; 1M57 B; 3LUT B; 3VOU A; 1Y4M A; 1D2D A; 3A8T A; 5GTI Z; 1ZAU A; 3OEE G; 1EN4 A; 4JI2 B; 2V7Q G; 3RVZ A; 3ASN B; 1QLE C; 2V4D A; 2EJR A; 4FIP C; 1JR9 A; 2IU0 A; 4XDK A; 3JAW B; 2GTA A; 3JCZ A; 2UUB B; 2KKW A; 3RGB A; 4DRX A; 4R50 A; 2D3O W; 4YIP A; 1VQ8 V; 4LF4 B; 2UXB O; 1MNG A; 2B9Z A; 4EFE A; 1VQP V; 5A9G A; 3BA9 A; 4MTG A; 3E22 A; 2UUA B; 3WU2 Z; 1BMF G; 4QE7 A; 1TUE B; 2V1D A; 2MK3 A; 2Y69 B; 1KKD A; 4YXW G; 1AJN A; 4NXN O; 3LDE A; 1YJW V; 1QR9 A; 5LA6 B; 1D5A A; 2YDE A; 1ROP A; 1VQN V; 3JSN A; 4XDJ A; 4J41 A; 4MT8 A; 3UO2 A; 1YIT V; 2PUS A; 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