The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
b'PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
31
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3J81 N; 4LF9 O; 3M8A A; 4DR5 O; 1I94 O; 4X64 O; 1XMO O; 4X66 O; 4YY3 O; 2E5L O; 1XNQ O; 3JAM N; 2UXD O; 4DV2 O; 4DV0 O; 5IWA O; 4DR1 O; 2ZKO A; 5FLX N; 2JRI A; 1IBL O; 4DR3 O; 1HNZ O; 4DR6 O; 1AB3 A; 1R1B A; 4AQY O; 2UXB O; 4B3T O; 4KHP O; 2HHH O; 4B3R O; 4GKJ O; 1X59 A; 4DUY O; 4B3S O; 1F7Y A; 4LFA O; 4OX9 O; 1HNW O; 3T1H O; 1N32 O; 4OPH A; 4A5U B; 4JI1 O; 5IT9 N; 1XMQ O; 3J80 N; 4YHH O; 5BY1 A; 2UXC O; 1D2D A; 4DV7 O; 4X65 O; 1FKA O; 5BXZ A; 4DV1 O; 4GKK O; 4LF8 O; 1R6T A; 2DJV A; 4DV6 O; 1YZB A; 4LF5 O; 4LF4 O; 4DR7 O; 4DR2 O; 5LMN O; 2DOS A; 2UUC O; 2N74 A; 4DV5 O; 2UUA O; 5LMU O; 3O65 A; 2Z0A A; 4LF7 O; 1J5E O; 2FKX A; 4JI3 O; 4LFB O; 1KUQ A; 4JI5 O; 4JI0 O; 4JI7 O; 5LL6 Y; 2UU9 O; 2AGA A; 3J7A U; 4JI4 O; 3SDL A; 2VQF O; 2LW7 A; 3OTO O; 4LF6 O; 5BR8 O; 5H5N A; 3T1Y O; 4JV5 O; 1NS1 A; 2F4V O; 1AIL A; 4NXN O; 3RT3 C; 1DK1 A; 4JI2 O; 4DV3 O; 1N34 O; 1XEQ A; 4JI8 O; 1XNR O; 4JI6 O; 4B3M O; 1G1X B; 4DR4 O; 1HR0 O; 4JYA O; 4OPA A; 4LFC O; 4K0K O; 1FYJ A; 4NXM O; 4DUZ O; 1FJG O; 2VQE O; 1IBK O; 1A32 A; 3F5T A; 4DV4 O; 1HNX O; 4X62 O; 3R66 A; 2UUB O; 1IBM O; 1N33 O; 5A2Q N; 2ZM6 O; 1N36 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 5IYZ A; 1VP7 A; 2LFR A; 3H1K H; 5IJ9 B; 3K59 A; 4DV0 O; 4P2Z A; 2PYL A; 4JI2 B; 2OIE A; 3SYC A; 1V9P A; 3ZMT A; 4PDL A; 1Q7Y W; 3L71 H; 3K9A A; 2CTR A; 2RMK B; 4DUZ B; 4G27 B; 1VQO V; 3UT5 A; 1B04 A; 3ML0 A; 2DW4 A; 1N4C A; 4MVR A; 3K57 A; 5B1A C; 1V54 B; 3AG3 B; 2MK3 A; 2GTS A; 4TQD A; 4LF9 B; 1AP6 A; 1GN4 A; 4ICG A; 1MSW D; 1VQ4 V; 5D5Q A; 3OFN G; 3HKB A; 1VAR A; 2JGD A; 3GWO A; 2EUL A; 3CP1 A; 2N74 A; 4UB6 Z; 1RPO A; 2QGN A; 5B1B B; 3ZBH A; 3DGE A; 3OEH G; 3T4D A; 5D5P A; 3VQY A; 5EC1 C; 4FLX A; 1AJN A; 1YJW V; 2XND G; 5CMU A; 5LHG A; 4JI0 O; 4JI5 O; 1M56 B; 1NU1 H; 4WFE A; 4B3S B; 4IT5 A; 1P7G A; 1F4M A; 3EHB B; 2W0X A; 1WAZ A; 4LF6 O; 4O4H A; 1YSC A; 4U7O A; 5H5N A; 2Q68 A; 4LWS A; 4UUJ C; 1YHQ V; 4LH6 A; 1AIL A; 1DTO A; 5BMV A; 4TUY A; 3WB0 A; 1W0J G; 3B09 A; 3D36 A; 4B7E A; 2IW5 A; 3K58 A; 4NR1 A; 4IYI A; 1LNQ A; 1JX9 A; 4DV5 B; 1HP8 A; 2N05 A; 5CBH A; 1K3E A; 3RWR D; 1VQP V; 4ZI7 B; 2R72 A; 2R70 A; 5CA3 A; 1Y6X A; 4EB6 B; 4BIZ A; 1O9G A; 1SA0 A; 3HR0 A; 2OT5 A; 3M8A A; 4MW8 A; 2DYR B; 1XRE A; 4E2L A; 1FFX A; 4UCO A; 2HR3 A; 1AB3 A; 4AQY O; 1SC5 B; 2EIM C; 2A7W A; 2Y0I A; 3C3T A; 1QLN A; 3E89 A; 2HKO A; 1QCE A; 4GX0 A; 3UO2 A; 3Q4H A; 1V55 B; 1H8H G; 3BY6 A; 1NH2 B; 1F7Y A; 2FL4 A; 3B8M A; 3PJS K; 4JF3 A; 4NXM B; 4R7C A; 2VQE B; 5L3F A; 1NJI W; 1G4Y B; 4NYK A; 4RAI A; 2RDC A; 1FKA O; 3E35 A; 2Y69 C; 1EM1 A; 4LF8 O; 2DJV A; 5LGU A; 3ABM C; 4FFB A; 2CH7 A; 1SQB H; 2GUZ B; 4PV1 B; 5JVD A; 3RW0 A; 4D6T H; 1BCC H; 3CJH A; 1DF4 A; 3AK2 A; 1R3J C; 1UFI A; 4RQE A; 3G67 A; 3DSQ A; 2IJK A; 3JCZ A; 1DF5 A; 2ZT9 B; 1I5X A; 2ZD9 A; 2AHZ A; 2GDS A; 5H2F Z; 2EJ7 A; 2QTO A; 3WG7 C; 4Z2W A; 5B1O A; 5LA6 A; 4JI2 O; 4GKK B; 3P30 A; 3DC6 A; 4B7K A; 4DR7 B; 4H0L B; 1OJH A; 4DUZ O; 5E1A C; 1EN6 A; 4FM0 A; 2M7W A; 1VF6 C; 4QPJ A; 5KHI A; 3F5T A; 1Y66 A; 2EBO A; 1K73 W; 3CYO A; 4X1K A; 4JI3 B; 1OCR C; 1H8E G; 1WPX A; 4LF9 O; 1GMG A; 2Q0O C; 1VF7 A; 2JGD B; 1MZF A; 4LF5 B; 5FLX N; 3CCJ V; 2FML A; 1R1B A; 2WLH A; 2ZE5 A; 5B3S C; 1WNS A; 1YVW A; 2XAG A; 3APQ A; 1ZX3 A; 4B3S O; 5LHI A; 2KB1 A; 1FXK B; 2ZR2 A; 4LFC B; 4X1I A; 5KHK A; 4Z1V A; 1KP3 A; 3FX7 A; 1FJG B; 1OHH G; 4UFZ A; 3JAR A; 3ZHV A; 5BY1 A; 4ZHQ A; 2IJI A; 4FFK A; 4JZ2 A; 2XHB A; 1IUR A; 1QQC A; 2DWE C; 2Q0A A; 3JYC A; 2JS5 A; 4DR5 B; 4H13 B; 2B1G A; 3D8C A; 5CBF A; 4FVM A; 3CE2 A; 3QTC A; 1K5Q A; 5FL7 G; 3CCL V; 2QWQ B; 3QO8 A; 4DV5 O; 3ASO C; 1S0V A; 1MAB G; 4GCZ A; 2Z3Y A; 1H2G A; 1Z5V A; 2B9Z A; 4B3T B; 4KHP B; 2ILM A; 1KUQ A; 1YI2 V; 3J7A U; 4P9O A; 2ZR3 A; 3VQV A; 3ETE A; 2WA3 A; 3K79 A; 4PA3 A; 1ZSP A; 4LH7 A; 1KEC A; 5LP6 B; 2BTQ B; 3UQ8 A; 2VRZ A; 3B40 A; 2GBO A; 3Q4H B; 3R65 A; 4I55 B; 4MW3 A; 1B06 A; 4OPA A; 1F23 A; 4NXM O; 3E83 A; 3JD3 A; 2VQE O; 2A79 B; 5LHH A; 1THZ A; 5EYP A; 2NLJ C; 1BT8 A; 1N0N A; 4J9Z B; 4YXW G; 2YXH A; 3ZRV A; 3QF7 A; 2CH7 B; 1GAX A; 1KMI Z; 1PL0 A; 4TV9 A; 5KX5 B; 3FB8 C; 5JVD B; 5L3E A; 4UCV A; 3JAM N; 2VQF B; 2P4V A; 3CJH B; 3THO A; 1RP3 B; 2WLJ A; 2ZXW B; 2W6I G; 2YID A; 2WLK A; 4I4T B; 2DYS C; 1WN7 A; 4JV5 B; 3CSX A; 2IBZ H; 2PY5 A; 4JI8 B; 1XNR B; 3SPH A; 3MDS A; 1KB9 F; 5KLV H; 5EIB D; 3JAK B; 2XAF A; 4KUM A; 2YI8 A; 4NTX A; 1ROP A; 2GSM B; 4KL1 A; 3F7Y C; 4FZ1 A; 1K33 A; 1XI1 A; 3CHX A; 1IBM B; 2M6Y A; 3E86 A; 3A0H Z; 1N33 B; 2X7R B; 4NTY A; 4UVA A; 2XAJ A; 4GKK O; 1KU9 A; 2DQ3 A; 2FTK A; 1FAF A; 2X6A A; 4DR7 O; 3AG2 C; 3OUS A; 1ZL8 B; 3AEI A; 1IBL B; 3ZJZ A; 1P7B A; 4MS2 A; 1LUW A; 4YJ2 B; 4KXR A; 2R9R B; 4JI3 O; 3E22 A; 3OMN B; 4JAV A; 1ENV A; 3L72 H; 1EZV H; 4IHJ B; 3CC2 V; 1XMQ B; 3CMA V; 3A2F A; 3OGI B; 2K9P A; 5LOV A; 3G4S V; 3OE7 G; 5EZY A; 4GX2 A; 3OUF A; 1WA8 A; 2R9I A; 4LFC O; 5CN0 A; 1FJG O; 4PDV A; 4BR6 A; 1OCO B; 3N27 A; 1K4D C; 1SZT A; 2AW9 A; 4NKG B; 1J5E B; 2QSA A; 4X20 B; 3LNN A; 4PD4 F; 1MA1 A; 1SER A; 4DR5 O; 3W7U A; 3DC5 A; 2P7T C; 3ZCC A; 4NTW A; 1H2N A; 3OMA B; 3A8T A; 3BRC A; 2Y4U A; 1OCZ C; 2LJ2 A; 1RM1 C; 2EIK C; 1JOY A; 4B3T O; 4KHP O; 1B3Q A; 1AI4 A; 5IYD O; 5JQG B; 1D5N A; 2CTW A; 1HR0 B; 4WFH A; 3D3I A; 1QR8 A; 1VIB A; 1COW G; 2WA4 A; 5IT9 N; 4Q20 A; 3KCY A; 4LF6 B; 3JAS A; 2QE7 G; 1EZJ A; 3ZMV A; 5J2U A; 1XL4 A; 4X64 B; 4IIJ A; 3UO3 A; 2ARH A; 5EYP B; 3E8H A; 4J9Y B; 5L3B A; 4DR6 B; 4QIW F; 4MVU A; 1YDX A; 2UXB B; 4X1Y B; 1Q5O A; 1WJZ A; 1XOU A; 3CRQ A; 2QA4 V; 1QLE C; 4G2K A; 1S72 V; 1SQQ H; 2EZP A; 5IY5 B; 3P3N A; 4O4L A; 2VQF O; 1IX9 A; 3U0Z A; 4TV8 A; 2ITC C; 1U96 A; 2CUG A; 4JV5 O; 5LYJ B; 1I5Y A; 4DV1 B; 4FJC C; 3JD4 A; 4ZIB A; 3BA9 A; 2EX3 A; 4CH6 A; 2Y69 B; 4JI8 O; 2NNU A; 4J41 A; 4J7Z A; 1XNR O; 4AQY B; 1J95 A; 3ABL C; 3AG1 B; 4F6E A; 1Q82 W; 2YS8 A; 1VQ8 V; 4P30 A; 4O2A A; 3OD4 A; 3LDD A; 1IBM O; 4GT1 A; 5KHJ A; 1N33 O; 3ZMZ A; 2E74 B; 2WPD G; 5C8Y A; 4YY3 O; 3FD9 A; 5IYB O; 2QWN B; 1QVG U; 4DYL A; 1YIJ V; 1FXH A; 2OWO A; 1IBL O; 4OXS A; 4UCT A; 2RNB A; 3K3W A; 3NR7 A; 5CB4 A; 3LDC A; 5J2T B; 2QR4 A; 4BIU A; 3WG7 B; 1KKC A; 4I5S A; 1IVS A; 4AIL C; 4X88 A; 4HNA B; 2XAS A; 1X59 A; 3M7M X; 3JAL A; 3STZ C; 4JYA B; 3F5W C; 1ZLZ A; 2XUM A; 4I7Z B; 4I0X B; 1XMQ O; 1PNK A; 4ZKI A; 3JAT A; 2UUB B; 2BOB C; 3P32 A; 2IJJ A; 3TET A; 1JFF B; 1OCR B; 1PV0 A; 1TUB A; 1CEZ A; 3ZRW A; 2PI5 A; 3RYF A; 3K04 A; 1GRJ A; 5EIB C; 3IGA C; 5IJ0 A; 5IWA B; 1HNZ B; 3O65 A; 4U3J A; 1J5E O; 1PNL A; 3G6B A; 3H01 A; 5B3S B; 3FAV B; 4JTD B; 1FXV A; 3N2K B; 2JGU A; 2OTL V; 2XAQ A; 2AGA A; 1EN5 A; 1YCI A; 1HW7 A; 2XT9 A; 2OIG A; 3CX5 F; 4WBN B; 3SJA C; 1OCC C; 3SPJ A; 3GVM A; 3DTU B; 4PA6 A; 4I9W A; 2VWJ A; 5ITZ B; 1NI8 A; 2L6L A; 1GN3 A; 3JD0 A; 2EIJ B; 5FPO A; 1HR0 O; 2WWW A; 3SGI A; 4DO2 A; 5EBL C; 4BAY A; 3JAS B; 3ASO B; 2EIN C; 2G38 A; 5GTI Z; 2BSK A; 4XDL A; 1K5S A; 3LNM B; 3ZMU A; 1VQ5 V; 4X64 O; 4KP4 A; 1AI7 A; 1Z2G A; 3RYH B; 4UCR A; 5JH7 A; 3OTO B; 3X2Q B; 3W7T A; 1AI6 A; 2XAH A; 4N23 A; 1G8M A; 3W7X A; 1EFR G; 3DXR A; 2JRI A; 1AR4 A; 1KQS U; 1I0H A; 4DR6 O; 3ABK C; 3SR2 C; 2UXB O; 1Q8I A; 2N04 A; 3CC7 V; 1NT2 B; 2PTM A; 2GTA A; 4B3M B; 4YJ3 A; 4OGQ B; 2Q6A A; 3K0G A; 2YDE A; 2P22 C; 1SZX A; 1YF2 A; 2AHY A; 3STL C; 3ABU A; 1WB7 A; 1BHA A; 1MMM A; 4X65 O; 4FLU A; 4DV1 O; 3BAA A; 1I7F A; 4CS4 A; 3MHH C; 3L75 H; 4RWU A; 3CCR V; 2QM8 A; 4DRX A; 4GZR B; 5EC2 C; 4DR3 B; 2ZE8 A; 3RYC A; 4MTO A; 3K5N A; 4WFF A; 2YIA A; 4PJ0 Z; 5BZB A; 3HB3 B; 2F66 C; 1M9N A; 1K92 A; 2H3O A; 4FM2 A; 3ZMS A; 5KHG A; 2OCC C; 1HDJ A; 4DXW A; 5E79 Z; 3CCS V; 1XIL A; 2D3O W; 4LNU B; 2BOC C; 4ABM A; 2Q69 A; 5IYZ B; 3FKS G; 3BCC H; 4MVO A; 4WFG A; 4JYA O; 4X9Q A; 4LF4 B; 1S76 D; 4DR2 B; 1XHZ A; 2LQT A; 4FLT A; 3B8N A; 5GON A; 4PDM A; 4IGG A; 4J7J A; 4GX1 A; 4H44 B; 2CE4 A; 2UUB O; 3MD0 A; 4B08 A; 1TUB B; 1H2M A; 4TSF G; 3ZRW B; 1G6U A; 3RYF B; 4JI7 B; 1KBH A; 4ZOL A; 3C90 A; 2PGG A; 5IWA O; 1M90 W; 4I50 A; 3UT5 B; 4WCE V; 1HNZ O; 2HEP A; 4P9P A; 1TGO A; 1ZWI C; 1R6N A; 5JCO C; 1N8R W; 4TT3 G; 4UCU A; 5B66 Z; 4D7S A; 1GKF A; 1T5E A; 3HKB B; 1L8D A; 1NTZ H; 1GM8 A; 5CA1 A; 1R6K A; 3A0R A; 5KUK A; 2YIB A; 3ZX6 A; 2F1M A; 1N36 B; 3E8G A; 4DV6 O; 2VWK A; 1Q43 A; 4U3F H; 2YXY A; 2AZ0 A; 2NN4 A; 3JAW A; 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1GK9 A; 4O2B A; 3SPI A; 4X66 B; 3SYP A; 4LF4 O; 4DR2 O; 3N2G A; 2YIB D; 1O9H A; 3T1C A; 3CEI A; 2OTJ V; 2KG7 A; 1V55 C; 5GTH Z; 4B3R B; 5KA6 A; 5LA6 B; 3SJC C; 3I55 V; 3ZN0 A; 3CXC U; 2WLL A; 4JI7 O; 3JCU Z; 1H2L A; 3TCU A; 3E8B A; 5H6R A; 3K5M A; 2GV9 A; 2MW2 B; 4F6R A; 4YY3 B; 3RYI A; 1ARO P; 1H2S B; 2HLD G; 1NS1 A; 1R3I C; 2V7Q G; 3SYQ A; 4UV9 A; 2X0L A; 4X1K B; 3ZHT A; 1Y76 A; 2K1E A; 1FD9 A; 2Q5Z A; 2Y0P A; 3ZHR A; 1G1X B; 1ZTE A; 4GUN A; 3ETQ A; 1ZAU A; 3LSU A; 4O4J A; 5CA1 B; 1M5I A; 3U11 A; 1FYJ A; 3QVN A; 3LDE A; 1VQN V; 2IH3 C; 3L74 H; 1PD3 A; 3BEH A; 5EK0 A; 4QPK A; 4LF7 B; 3MAQ A; 2EIL C; 1N36 O; 1KKD A; 2CGO A; 4BW9 A; 5B1A B; 4GYC B; 4JI4 B; 5JCO A; 4X1I B; 1PNM A; 3OR6 C; 1Q6U A; 1WB8 A; 2PZS A; 1BL8 A; 1AR1 B; 1OCC B; 1QR9 A; 3JAR B; 3CCV V; 3CC4 V; 1DLB A; 2X6B A; 4ZHQ B; 3QNE A; 1BQ0 A; 3L70 H; 4DUY O; 5IJ9 A; 4JTA B; 3SJQ C; 3AG4 C; 1HNW O; 3T1H O; 2JEU A; 4FLW A; 2X6C A; 4YHH O; 3IAY A; 2LP7 A; 5K1X A; 2UXC O; 2EIN B; 2IJH A; 2W6J G; 4DV7 O; 1NVP D; 3H9V A; 3CCE V; 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