The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
45
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sequence length |
103
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structure length |
103
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Chain Sequence |
b'KKLLEELETKKTTIEEERNEITQRIGELKNKIGDLKTAIEELKKAKGKCPVCGRELTDEHREELLSKYHLDLNNSKNTLAKLIDRKSELERELRRIDMEIKRL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Rad50 zinc-hook is a structure joining Mre11 complexes in DNA recombination and repair.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DNA double-strand break repair rad50 ATPase
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| source organism |
Pyrococcus furiosus
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| molecule tags |
Replication
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| total genus |
45
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| structure length |
103
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| sequence length |
103
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-03-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04423 | Rad50_zn_hook | Rad50 zinc hook motif |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix hairpin bin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1L8D A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SA0 B; 2YXH A; 4JZG A; 2Q9L A; 1VF6 A; 2LFS A; 2P7T C; 2QTO A; 2A0L A; 5B1B B; 3ZMT A; 4PD4 F; 2ZT9 B; 3QG5 A; 5LA6 B; 4X1K B; 1YIJ V; 2AXT Z; 5BZB A; 3JYC A; 1M93 A; 4ASU G; 4FLW A; 2PI4 A; 1DLB A; 1FFT B; 2KSD A; 5KAI Z; 5BMV A; 2RMK B; 1AJQ A; 1IBK B; 2F95 B; 5IYZ B; 1UPG A; 4JI5 B; 4FVM A; 2QM4 A; 2PUS A; 3CXH F; 3ZIA G; 5L3E A; 2ADQ B; 2QM7 A; 3AG7 A; 4MW3 A; 4FLY A; 2ITC C; 3K03 A; 1HNX B; 4BAY A; 4OPA A; 1VQ8 V; 3CMA V; 3Q4H A; 1HP8 A; 2Y4U A; 1ZWI C; 2E3C A; 2AW9 A; 4HNA A; 4DV7 O; 1KP2 A; 3A0H Z; 4QJF B; 4PA6 A; 1PM9 A; 4J11 A; 2Z0A A; 3L71 H; 4LFA B; 1R6N A; 1PKX A; 4O2B B; 1V54 C; 1TGO A; 1BGY H; 3UKM A; 1H8H G; 5EIB C; 3W7W A; 5H6R A; 5KMG A; 4NB5 A; 2ZR2 A; 2YEV A; 4I4T A; 1P7B A; 4EFB A; 5LMU B; 1FXK C; 1QR8 A; 2NNU A; 4DYL A; 3N27 A; 3N2G B; 2Q0O C; 5J2T B; 4Q6G A; 3VQY A; 5LHG A; 1W0J G; 2ZIM A; 5D5Q A; 2F23 A; 3FFQ A; 2EIL C; 4ZKI A; 4WFA V; 4IHJ A; 4JV5 O; 2GHY A; 4MSW C; 4YXW G; 4BW9 A; 4DR4 O; 1QLE C; 1KKD A; 3M7M X; 1VAR A; 1Y6X A; 4O4J A; 3JSN A; 2Q68 A; 5IT9 N; 5DED A; 1IUR A; 2IJI A; 3LDC A; 1GM9 A; 1I0H A; 5IYC O; 1OCR B; 3OMN B; 5GON A; 4EEQ A; 4J7J A; 3ETE A; 4YJ2 A; 4JYA B; 3HKD A; 4WFE A; 2LFR A; 3BA8 A; 2JJ2 G; 4NTY A; 4NXM O; 2D3O W; 1P49 A; 1B06 A; 4B3S O; 1VQ5 V; 3D3I A; 2PYL A; 1ENV A; 3ZED A; 1N0N A; 3K9S A; 1M1K W; 1B6Q A; 4J10 A; 3ZN0 A; 3AK1 A; 5KHI A; 1OCZ B; 1CP9 A; 4PA3 A; 4X89 A; 1TUB A; 3JCZ A; 2X7R B; 2XND G; 3CSX A; 4DV0 B; 2ZE7 A; 4I7Z B; 1QLN A; 1WP7 A; 4DV6 O; 3T1H B; 2OCC B; 1XDC A; 2GBO A; 2UXD B; 5IJ0 A; 3G6E V; 3BAB A; 5B1A C; 2EZO A; 3OTF A; 3K5L A; 1YDX A; 1KQS U; 1DTO A; 3W7S A; 4YY3 B; 1HR0 B; 1N4C A; 4TT3 G; 1GTO A; 3HB3 B; 3H1L H; 1NVP B; 4FM0 A; 4NTX A; 3CC2 V; 1YTF B; 1AP6 A; 2M7W A; 4XDK A; 3ZBH A; 2W6I G; 3K9A A; 4WFF A; 5KX5 A; 2OYQ A; 4BIU A; 3D3Q A; 1EFR G; 1J5E O; 1O9H A; 5A2Q N; 5LL6 Y; 5CA0 B; 3DXR B; 2A7W A; 4JI6 B; 2UXN A; 4FMT A; 2ZXW B; 3A2F A; 3SPH A; 3E8F A; 4XDJ A; 1OZ0 A; 4GKJ B; 4KP4 A; 1BE3 H; 1A32 A; 1AR4 A; 1ZTE A; 4UCU A; 3AK3 A; 4CS3 A; 2UU9 O; 1N33 B; 3OM3 B; 2HJD A; 4PI0 A; 3IJ4 A; 2HR3 A; 1K8A W; 1SA0 A; 2F1M A; 2PF4 E; 3RBZ A; 2JS5 A; 4LF7 O; 3CE2 A; 5FPO A; 5J2U B; 3QVN A; 3W7U A; 1S77 D; 1HNZ B; 1E79 G; 3E8H A; 3F5W C; 5JH7 B; 4JTD B; 4JI1 O; 2YIB D; 5LA6 A; 2F66 C; 4X1K A; 2OIE A; 1GH6 A; 4GKK B; 4Z1V A; 4R7C A; 4H44 B; 3AG1 C; 4B3R O; 2PGG A; 3T2M A; 4UFZ A; 5IYZ A; 4H33 A; 2Q69 A; 3OGC C; 1GMG A; 2HG5 C; 3ETG A; 1SQQ H; 3G71 V; 4FLT A; 2PZS A; 1NTM H; 3WG7 B; 1R3L C; 3E8G A; 1NBM G; 1PNL A; 1AVM A; 1P84 F; 2Q8V A; 1XHX A; 1R6K A; 4BR6 A; 3OR6 C; 1X4T A; 2CGO A; 1XNR B; 4DV1 B; 5FLX N; 2JEX A; 1XQ8 A; 1Y67 A; 1KP3 A; 1SQG A; 4PEL A; 5JCO C; 1Y66 A; 4X88 A; 3S3X A; 4O2B A; 5ITZ B; 3CPW U; 1J95 A; 4IL6 Z; 2EIN C; 3SYA A; 5A9G A; 3RYF B; 4K0K B; 3CCR V; 2QEX V; 3H1H H; 3FYE B; 4BW5 A; 1LUV A; 4FM2 A; 2HVK C; 4CS2 A; 3N2G A; 5J2T A; 1VQ7 V; 5CB4 B; 4B08 A; 3APO A; 2F93 B; 2ZNI A; 3SYO A; 5JJJ B; 2Z5U A; 3KKY A; 2K9P A; 3T1Y O; 1AR5 A; 1WNS A; 4F6R A; 2XOK G; 2BTQ B; 4WCE V; 4PDL A; 1R6T A; 1CPY A; 1NH2 D; 1SET A; 1JFF B; 1MOF A; 1K7D A; 4JAU A; 2JGD A; 3O9O A; 3CCQ V; 3TET A; 4AHC A; 2AZ0 A; 2WA3 A; 3WFV A; 1COW G; 1NTZ H; 1IBM O; 3F7Y C; 1HNW B; 2CUG A; 4UUJ C; 3B2E E; 1RM1 C; 4DR3 B; 1Q8I A; 1JCH A; 2Q4P A; 3ABL C; 3FB5 C; 2XUM A; 4JF3 A; 3L73 H; 3MDS A; 1K9M W; 5B5E Z; 4DR7 B; 1BZK A; 3IC7 A; 3CRA A; 1H8E G; 1K97 A; 3O65 A; 5CN0 A; 1NI8 A; 3HKB B; 3ZRS A; 3WB2 A; 1EM1 A; 3MHH C; 3ZCC A; 2ADP A; 2BOB C; 3STZ C; 2XAF A; 3FX7 A; 2WPD G; 4DR6 O; 4OPH A; 4RUF A; 5LP6 A; 4UCS A; 3UM7 A; 4NTW A; 4I0X B; 3JAW B; 5LXT A; 2F4V B; 1XIL A; 3JD1 A; 2ZCE A; 5C8Y B; 3HKE B; 5C93 A; 1Q6H A; 5IYB O; 2EBO A; 5IY5 C; 2QWN B; 5CA0 A; 3DXR A; 1ZL8 B; 1Q43 A; 4ZBM A; 2YIC A; 4EFE A; 1SQF A; 1FFX B; 2EIL B; 5DM6 V; 4I4T B; 5KUK A; 5B3S C; 4LH6 A; 2WSS G; 1PNM A; 2DWD C; 4DW0 A; 3EXA A; 4BIO A; 5JQG B; 4PDR A; 3CYO A; 2O57 A; 1YSC A; 5IJ9 B; 4EKW A; 5CMU A; 3HKC B; 5JH7 A; 1GM8 A; 5EBM C; 4JYB A; 1U97 A; 3D36 C; 2WAM A; 2YIA A; 4LF6 O; 3LUT B; 3OEH G; 3MD0 A; 2D2C B; 2Y48 A; 2QSA A; 2N04 A; 2Q6A A; 2NR5 A; 3CP1 A; 2UUA B; 2JRI A; 1V9P A; 2ZD9 A; 3ABK B; 3DC5 A; 1IBL B; 3ASO C; 3I55 V; 1S72 V; 2VQF B; 1N34 B; 2DYS B; 3HKD B; 4FPP A; 4WFB V; 2L6L A; 1WA8 B; 3KZI Z; 3OUS A; 4P2Z A; 3OFN G; 2P6J A; 4DW1 A; 1OCC C; 3VOU A; 1RP3 B; 4UVA A; 1YI2 V; 4UB6 Z; 3K5N A; 4PA4 A; 1H38 A; 3AG4 C; 4B3T O; 4QE7 A; 4P30 A; 4JI8 O; 4C7U A; 1NTK H; 2P4K A; 4OX9 O; 3IGA C; 5ITZ A; 3CRR A; 2ZQM A; 2BOC C; 3B09 A; 3K04 A; 3RYF A; 5LYJ B; 2CTR A; 4TQD A; 2FTK A; 2QR4 A; 1OHH G; 1BS3 A; 2EJR A; 2UXB O; 3B8N A; 1K33 A; 4LNU B; 1XMQ O; 2CH7 B; 2R72 A; 2CGN A; 2CE4 A; 2X6A A; 1AI7 A; 3TJT A; 5EK0 A; 3ZJZ A; 1F51 A; 5KX5 B; 2OTL V; 4U7O A; 5CB4 A; 4FLV A; 1Q86 W; 2HHH O; 3B4S A; 2DW4 A; 4UVB A; 4DXW A; 5IWA O; 4YHH B; 2BTQ A; 4K8Z A; 1W2B U; 4JI3 O; 2W6J G; 4DR1 O; 4FLZ A; 1VEW A; 1JFF A; 1RFY A; 1O9G A; 3VQX A; 2R9A A; 4A5U B; 2UUC O; 4JTC B; 1I5X A; 1L1F A; 1S5L Z; 1DF4 A; 2QTS A; 2QJ1 A; 4LF9 B; 4NYK A; 4KHP B; 1L0N H; 3R65 A; 4G27 B; 2IJJ A; 1XEQ A; 1AP5 A; 1Z2G A; 1EN4 A; 4GYC B; 4YJ3 B; 4HAM A; 1Q90 D; 2FYU H; 1M90 W; 4DR2 O; 1V55 B; 3A8T A; 5LOV B; 4DV4 O; 4LFB B; 2CAZ C; 1XI1 A; 3W7T A; 3OTO O; 4L8J A; 5TIS Z; 4K3A A; 4RQF A; 3JD2 A; 3BVO A; 2EIM B; 2F43 G; 1FXH A; 2ZM6 O; 3HKB A; 3CEI A; 3ASN B; 1M56 C; 5E1A C; 2UXC O; 1AJP A; 4DUZ O; 4FLU A; 4LF8 O; 4HBN A; 2R70 A; 2MW2 B; 2FML A; 1TVK B; 4JYC A; 3F5T A; 1BQ0 A; 4I0X A; 1VQK V; 4CH4 A; 2P4V A; 3JAW A; 1NZ6 A; 2YID A; 2Y69 C; 2KKW A; 2EIN B; 1UFI A; 2A06 H; 4X9Q A; 5C8Y A; 3HKE A; 2H94 A; 1XMO B; 3SJB C; 4AIL C; 2WWW A; 3OW2 U; 5L3B A; 4AQY B; 1FXK A; 3RYC B; 1ZL8 A; 3RFR A; 5IYD O; 4DR5 O; 4FZ0 A; 1X59 A; 4JTA B; 2DYR C; 1FFX A; 5L3C A; 4X62 B; 5BR8 B; 4HZ3 A; 3IFX A; 2EIJ B; 2ZDI A; 3JAR B; 2QGN A; 1KKC A; 4MVO A; 1XBL A; 1SQB H; 5JQG A; 2JVD A; 5JJE B; 4DV3 O; 3J7A U; 5IJ9 A; 4F6R B; 4JI7 B; 4WBN B; 1QNM A; 3HKC A; 1L0L H; 3OGI B; 3FKS G; 2W0X A; 4XBF A; 2JGD B; 4JI2 B; 4JZ2 A; 3CJH B; 4U7N A; 4CBC A; 3THO A; 3B77 A; 1KU9 A; 3AEI A; 3FB6 C; 1IXM A; 4NVP A; 3BPZ A; 3MHS C; 4IYI A; 3RVZ A; 1Q6U A; 4B3M O; 1Q82 W; 2UUB B; 1SC5 B; 1XHZ A; 5J9P C; 4I50 A; 3ZMZ A; 3X2Q B; 3ZHT A; 4NKG B; 1N36 O; 2YUA A; 4GCZ A; 1NQT A; 1NJI W; 4MTX A; 4NXN O; 4GZR B; 3ZMS A; 1WA8 A; 3BRC A; 4H37 A; 4X66 O; 1LNQ A; 1NKD A; 3ETD A; 3RGB A; 3G80 A; 4ICG A; 1K5S A; 3SJC C; 1U96 A; 4D6T H; 3L74 H; 3JSL A; 3CWB H; 2WLN A; 2DQ3 A; 2HVJ C; 2DE0 X; 3H01 A; 4YHH O; 2VWK A; 2HLD G; 5LP6 B; 3P32 A; 1VF7 A; 2Q5Z A; 1QU7 A; 4LFC B; 5LYJ A; 4DV5 O; 5LXT B; 4J7K A; 2B1I A; 3K08 A; 1PP9 H; 4LNU A; 4KUM A; 4N21 A; 2CH7 A; 3E83 A; 4X64 B; 4IYH A; 5IE9 A; 3S3W A; 1M57 B; 2LJ2 A; 4LFB O; 2ETN A; 4PV1 B; 4X1I B; 1Q3E A; 1VQO V; 4X65 B; 1IBK O; 2IBZ H; 4JI5 O; 2AGA A; 1JJ2 U; 1VP7 A; 2E74 B; 4I9Q A; 2WLK A; 1EZV H; 3LDD A; 5BXZ A; 2EIK B; 2RQ6 A; 1VQ6 V; 4EB6 B; 3K06 A; 1YIT V; 1HNX O; 1YZB A; 1Q81 W; 4YJ3 A; 1FAF A; 4W4K A; 5DEC A; 4DUY B; 3CCM V; 1BHA A; 2XAH A; 3ASO B; 2RCV A; 4UCV A; 1WPB A; 5LOV A; 2Y4T A; 2YI9 A; 4UXN A; 2VS0 A; 1US6 A; 1I94 B; 4LFA O; 2XAG A; 1FJG B; 3QO8 A; 1KBH A; 3K58 A; 3BA9 A; 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1SZT A; 3E22 A; 1HW7 A; 2NLJ C; 1JR9 A; 2Y69 B; 2WA4 A; 5BY1 A; 4GKJ O; 4CC5 A; 1GN6 A; 4LF5 B; 2GDS A; 4X8A A; 4E4E A; 4NR1 A; 1N33 O; 1QR9 A; 3ZRW A; 3ZHR A; 1V54 B; 2ZE8 A; 2DQ0 A; 1F7Y A; 2C2A A; 1GAX A; 3CCS V; 1OCZ C; 1HNZ O; 3U10 A; 1H2N A; 1W59 A; 3TGU H; 3EVK A; 1GM7 A; 5KA6 A; 1FXK B; 4GKK O; 4IT5 A; 3QF7 A; 3J80 N; 4X1I A; 1WN7 A; 1W0K G; 2OCC C; 2CK3 G; 4JGS A; 5H6Q A; 2Q0A A; 1GK9 A; 1S5H C; 2B9Z A; 2CTQ A; 3TXS A; 1QLE B; 1BSM A; 2X0L A; 1OJH A; 1AI4 A; 5EZY B; 1ZX3 A; 2PY5 A; 2ILM A; 3C3T A; 3L9D A; 4HYO A; 4I9W A; 4EB6 A; 3QO5 A; 3RW0 A; 3OEE G; 2ATK C; 1PL0 A; 2H3O A; 3CCE V; 1OCO C; 4OGQ B; 5CBG A; 1XNR O; 2YS8 A; 5KHH A; 4DV1 O; 2GTA A; 1JPX A; 2ZXW C; 3BAA A; 2OWO A; 2HJF C; 5D5P A; 3CRM A; 4DV7 B; 2XAJ A; 4CH6 A; 1VIB A; 4Z1M G; 4YIP A; 3WB0 A; 3UT5 B; 3UCS C; 1DK1 A; 3TK1 A; 4I50 B; 2EUL A; 1N8R W; 1P4R A; 4JAA A; 4K0K O; 3R66 A; 2XHB A; 1YJN V; 2Y0P A; 4PA9 A; 2DOS A; 1NU1 H; 3JD3 A; 4R6Z A; 1MSD A; 1IX9 A; 2ARH A; 1QHT A; 1ORQ C; 2Y0I A; 1PL4 A; 1BCC H; 4X1Y A; 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