The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLNFFVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of photosystem II and substrate binding at room temperature.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Electron transport
|
| molecule keywords |
Photosystem II protein D1 1
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| total genus |
22
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| structure length |
62
|
| sequence length |
62
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| chains with identical sequence |
z
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-06-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Z | PF01737 | Ycf9 | YCF9 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Photosystem II PsbZ, reaction centre |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3A0H Z; 4IL6 Z; 4PJ0 Z; 5GTI Z; 2AXT Z; 5KAF Z; 4UB8 Z; 3JCU Z; 5TIS Z; 1S5L Z; 4UB6 Z; 5GTH Z; 3KZI Z; 5H2F Z; 5KAI Z; 5B66 Z; 5B5E Z; 5E79 Z; 3WU2 Z; 3A0B Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 4JV5 B; 2QKC A; 4BIU A; 4U3F H; 4QGP A; 3K0D A; 4LH6 A; 4DV5 O; 3WB0 A; 5L3C A; 5H6R A; 3ZMT A; 1FXK A; 2ITD C; 4FZ1 A; 5IYZ A; 2QM8 A; 3SDL A; 3ZMZ A; 5LGN A; 3RYH A; 2CTW A; 4LF5 B; 4O2B A; 4P2Z A; 5EBM C; 2F1M A; 4WCE V; 4JI1 B; 1LUV A; 1Q90 D; 4NB5 A; 3AG7 A; 4BR6 A; 3IGA C; 1GN4 A; 4GKK O; 5JQG B; 2NR5 A; 2ZIM A; 1BZK A; 1AJP A; 1ZX3 A; 4O2A A; 2P7T C; 3CCR V; 3K59 A; 4MVM A; 1FXK B; 3DC5 A; 4C7U A; 2XOK G; 4E4E A; 4YIP A; 4IIJ A; 3J80 N; 3ZHR A; 1GTO A; 1EBO A; 5IWA O; 1CXZ B; 1LUW A; 3GWK C; 3M7M X; 2BOB C; 4JI3 B; 4X89 A; 1SQB H; 1WA8 A; 4B7E A; 3HB3 B; 3H1K H; 5CA1 B; 1ORQ C; 2DQ0 A; 2FTK A; 1BHB A; 2XAF A; 1VF7 A; 4QPJ A; 4W4L A; 2JEX A; 1WJZ A; 1P4R A; 1IDS A; 3AG3 B; 2UU9 B; 3BVO A; 4I55 A; 4JI8 O; 4DV2 O; 1QVF U; 4KXR A; 1BMF G; 3D3I A; 1IBM B; 1XEQ A; 3OE7 G; 1Q6H A; 3OR7 C; 4XDL A; 2ZE8 A; 5L3E A; 1V55 B; 5CBH A; 4FLZ A; 3JSN A; 4O4I A; 1NQT A; 1DGS A; 3S3X A; 3FKS G; 4OGQ B; 1GN3 A; 1QLN A; 5C93 A; 2XAH A; 4JI6 B; 1OCZ C; 1N33 B; 2IJK A; 1M90 W; 1R6N A; 3MDS A; 1E1Q G; 1W0K G; 1HP8 A; 2CH7 A; 5KUK A; 4D6T H; 1NTM H; 3ABL C; 3BCC H; 1YIT V; 2UXB B; 4H13 B; 1SES A; 5LHH A; 2A06 H; 2VQF O; 1K8A W; 4J9Z B; 3H1H H; 4B7K A; 4DW0 A; 3ZRW B; 4RUE A; 3E22 B; 1FXV A; 3G6B A; 4F6R A; 1P7B A; 1KKC A; 2EJ7 A; 1V54 B; 2Q73 A; 1I08 A; 1XL6 A; 3APQ A; 1L0L H; 4L8J A; 4ZI7 B; 4DV5 B; 2FYU H; 3CC7 V; 2AZ0 A; 3QNE A; 2W0X A; 3DXR B; 1GK9 A; 1Y4M A; 3Q4H B; 1MA1 A; 2PGG A; 4O4L B; 4I4T A; 4I50 B; 1M57 C; 1YDX A; 2YEV A; 1NTK H; 3HKB B; 4LFA B; 2PYL A; 3AG1 C; 4IYI A; 3ASO C; 2V1D A; 1IXB A; 3HR0 A; 3ETQ A; 3TXS A; 4YJ3 A; 1Y76 A; 1P84 F; 3SJB C; 4BW5 A; 3D36 A; 3QG5 A; 4WBN B; 3CD6 V; 1O9H A; 3JAR B; 3TXQ A; 4EB6 A; 3K03 A; 3SPH A; 3GVM A; 3N27 A; 4MSW C; 3ASO B; 3SPG A; 3CRQ A; 2ADQ B; 3FFQ A; 5LOV A; 1S76 D; 1PPJ H; 1HR0 O; 4ASU G; 1W59 A; 2JS3 A; 4DR6 O; 1N34 B; 3B8N A; 3W7S A; 3E8H A; 4LH7 A; 1I5Y A; 2AHZ A; 4ICG A; 4JTA B; 3RYH B; 1XQ8 A; 2Y0I A; 3CE2 A; 3UT5 B; 4DV7 O; 1FS0 G; 4G27 B; 2G38 A; 3A8T A; 3LSQ A; 4TQD A; 5EZY B; 2C2A A; 1YEW A; 2MW2 B; 2F23 A; 5B1N A; 1TVK A; 2WA4 A; 4I0X B; 5DM6 V; 1MOF A; 4K0K O; 1GN2 A; 3ABM B; 4DR2 O; 1YTF B; 4AI8 A; 1SET A; 1GKF A; 1KC8 W; 3T2M A; 2F43 G; 2ZNJ A; 1EZJ A; 5IYC O; 2GBO A; 4NTW A; 4FM2 A; 4JI5 O; 2RCV A; 3B40 A; 4LWS A; 3E2E A; 1PM9 A; 5JCO A; 2OT5 A; 5BMV B; 2DJV A; 2IH3 C; 4NTY A; 1SA0 B; 4MT8 A; 4IGG A; 3UT5 A; 5GON A; 3A0H Z; 3D36 C; 1PP9 H; 4D7S A; 2IM9 A; 2Q68 A; 2QM4 A; 5LMU B; 4DO2 A; 1BQZ A; 1WPB A; 1JVM A; 5ITZ B; 2V4D A; 2R9R B; 5JJN B; 3FB7 C; 3ZHV A; 3AEI A; 5KMG B; 4X88 A; 2QA4 V; 1DTO A; 5EIB D; 1GN6 A; 3K3W A; 3W7U A; 3LNM B; 1Y66 A; 1MSW D; 2VWJ A; 2JIZ G; 4EB6 B; 3JAR A; 3JD2 A; 4GYC B; 2V7Q G; 1YSC A; 4B3R B; 3K5L A; 3K04 A; 5FPR A; 5IY5 B; 2OTJ V; 4J41 A; 2XAG A; 4RAI A; 1DF5 A; 2YID A; 1SS3 A; 1K73 W; 1JFF A; 3QVN A; 1ZL8 B; 3CRA A; 4I50 A; 3G4S V; 2ZE7 A; 1OHH G; 3OUS A; 4B3S O; 5KAF Z; 4LFC O; 3IC7 A; 1YXB A; 5JWP A; 2E5L B; 4NXN O; 1SC5 B; 4DRX B; 1JR9 A; 2QTS A; 4W4K A; 3HKD B; 4WBN A; 2QSA A; 1XOU A; 3ASN B; 4X1Y A; 3CB2 A; 1KD1 W; 3RYF A; 1VQP V; 4MVR A; 4NR1 A; 1ENV A; 2GDS A; 4CH3 A; 4DV6 B; 4X1Y B; 2WLN A; 2YEV B; 4BIZ A; 2YDE A; 4P9P A; 2YUA A; 4I4T B; 4J7Z A; 2WA3 A; 4DR5 O; 2JJ1 G; 4H0L B; 4O4J A; 2AW9 A; 3LSS A; 1GO3 F; 3ABL B; 3G80 A; 3BAB A; 2UUB O; 3K0G A; 3KCY A; 3OM3 B; 5L3B A; 2LGW A; 3WB1 A; 4UVA A; 1Y67 A; 2Y69 B; 4MVU A; 3JAM N; 4FLX A; 2P67 A; 1SQG A; 2BSK A; 2PTM A; 1N8R W; 2PY5 A; 2WWW A; 2AGA A; 5E1A C; 4QNH B; 3FD9 A; 2LJ2 A; 4E2L A; 4RQE A; 3L75 H; 4LF7 B; 3JCZ A; 2YI9 A; 2PI4 A; 2EIJ B; 4DXW A; 2L35 A; 2R9I A; 4PA7 A; 4MW3 A; 2NN4 A; 2WLJ A; 2Q5Z A; 4I9W A; 4PJ0 Z; 4JYA B; 1DLB A; 4FIP C; 4X66 O; 4LFB B; 1XRE A; 2QKA A; 1S72 V; 2DQ3 A; 4LFB O; 2WAM A; 4DR7 O; 4QPK A; 1QLE B; 2W6I G; 4DR7 B; 2CE4 A; 1PL0 A; 4JI5 B; 2Q67 A; 4BWA A; 1KMI Z; 5BR8 O; 1THZ A; 2GTA A; 2QTO A; 1RSO A; 1W0J G; 1TVK B; 3ML0 A; 2DN9 A; 4NVP A; 3L72 H; 2BOC C; 4U7O A; 2P06 A; 5LMU O; 2VQE O; 5EZY A; 2O57 A; 2N04 A; 3M99 B; 1R6K A; 3MAQ A; 1AI6 A; 3CCQ V; 3KKY A; 2QM7 A; 1G8M A; 4IL6 Z; 3N2G B; 3FYI B; 4X8A A; 4X20 A; 1NS1 A; 1M5I A; 3C3S A; 4DRX A; 4B3R O; 2DWD C; 2NLJ C; 2IW5 A; 5LOV B; 3H1L H; 3JAK B; 4DUZ B; 2XHB A; 1IX9 A; 5BY1 A; 2QJ1 A; 2ATK C; 2BTQ A; 1JFF B; 4DV1 B; 4Z1V A; 4K8X A; 4MVQ A; 2X0L A; 4DW1 A; 4JAA A; 2HHH O; 2ADP A; 1KUQ A; 3FAV A; 2HFE C; 2AHY A; 4DR4 B; 4B3M B; 4O2A B; 3NXS A; 1QQC A; 1IVS A; 3L9D A; 1QVG U; 5ITZ A; 4WFF A; 5E79 Z; 1BE3 H; 2JDI G; 3N2K A; 4DR5 B; 4HBN A; 4ZI7 A; 3LSU A; 4MVS A; 4CH4 A; 2FML A; 3F5W C; 4GKK B; 1X4T A; 1AIL A; 2EZP A; 2UXX A; 1RPR A; 2IBZ H; 4JI4 B; 3JD0 A; 2A79 B; 2H94 A; 1Y74 B; 1R3L C; 1Y74 A; 2HR3 A; 1EN6 A; 3AG2 B; 4R50 A; 2WLL A; 5LGT A; 5LMN B; 5GON B; 1IBL B; 5B1B B; 2IU0 A; 4ZBM A; 1QR9 A; 5IWA B; 4PD4 F; 1H2N A; 3ZED A; 1AJQ A; 3J81 N; 1PKX A; 1XHZ A; 2FKX A; 3EXA A; 4OPA A; 5D5Q A; 4JI3 O; 1OCR C; 4OXS A; 2OCC C; 5JH7 A; 4CH6 A; 1US6 A; 1AR5 A; 1HNX B; 1WP8 A; 3CWB H; 2F4V B; 4IT5 A; 4YHH O; 3CCU V; 1EM1 A; 1JPX A; 2KSD A; 3T1Y O; 2Q4P A; 4X65 O; 2PF4 E; 1DK1 A; 1WAZ A; 1FYJ A; 5EBL C; 4DV2 B; 1K9M W; 1OV9 A; 3JAW A; 4DR1 O; 1IBM O; 4NTX A; 5IJ9 A; 4LF9 B; 3FAV B; 3OT7 A; 2QKS A; 1GRJ A; 1NU1 H; 3B2E E; 1ROP A; 1VEW A; 4ZKI A; 2ZR3 A; 1E79 G; 4PI2 A; 3JAW B; 3JD4 A; 3DC6 A; 5BR8 B; 4JF3 A; 1IUR A; 1R1B A; 3RW0 A; 3ZMV A; 2P5O A; 2BTQ B; 4OPH A; 1QLE C; 4JI6 O; 2UUC B; 3B4S A; 3NR7 A; 3G67 A; 3A0B Z; 1EFR G; 3JAL B; 2AZ2 A; 3HKC A; 2XAS A; 3RYC A; 5LXT A; 1BHA A; 5CA0 A; 5FL7 G; 2HKO A; 1PNM A; 4I9Q A; 1Z2G A; 5LP6 B; 3K79 A; 3CCL V; 1WLE A; 4AQY B; 4TV9 B; 3CRM A; 4AIL C; 1SKV A; 4H33 A; 1F4M A; 3Q4H A; 1EN4 A; 1Q3E A; 3R65 A; 2ZCE A; 4DV1 O; 4KFM A; 2D2C B; 5H9C A; 4JAS A; 4PDL A; 1TA8 A; 1OCZ B; 4JAV A; 4HNA B; 2XND G; 1G1X B; 1DF4 A; 1SQF A; 4YIO A; 4B08 A; 5B1O A; 4B3M O; 2WLH A; 1BSM A; 2KG7 B; 3E22 A; 5B3S C; 4UVB A; 3OTF A; 3E8B A; 3QO8 A; 3ZRW A; 3IAY A; 3K06 A; 4FM1 A; 4PDV A; 2CGO A; 1OCR B; 1RP3 B; 1Q8I A; 3OMN B; 4UB8 Z; 1VQ9 V; 5B66 Z; 4EFE A; 3T1H B; 2RNB A; 3AG2 C; 4I0X A; 3ZN0 A; 3SGI A; 4WF9 V; 3ZX6 A; 2P4V A; 5IYB O; 1FPO A; 3JAK A; 3U11 A; 1NH2 B; 2Y69 C; 1N4C A; 3OEH G; 2EIM B; 3E89 A; 3ZRX A; 3FYE B; 1VIB A; 5DED A; 2ITC C; 4J7K A; 1NR7 A; 2UXD O; 1K34 A; 1H2G A; 3BPZ A; 4YHH B; 2UXD B; 3SPC A; 4I55 B; 1BGY H; 3X2Q C; 2UU9 O; 2LW7 A; 4JI8 B; 2YS8 A; 4HAM A; 4JPR A; 1JA8 A; 2DE0 X; 3CSX A; 1V9P A; 4R6Z A; 2Q0O C; 4YJ3 B; 2EIL B; 3E35 A; 4IHJ B; 5JH7 B; 4LC1 A; 3W7W A; 4GX5 A; 1JQ0 A; 1VQM V; 5KUM A; 4LNU A; 1Q7Y W; 2DOS A; 5A2Q N; 2JVD A; 3CCS V; 2KG7 A; 1KB9 F; 3ZCC A; 1Q5O A; 3HPL C; 1JCH A; 1XNR O; 1F23 A; 5CBF A; 4YJ2 B; 1WNS A; 5HFL A; 3ZMU A; 1XNR B; 2DYR C; 1H8E G; 2P6J A; 4HNA A; 5HFM A; 3BFR A; 2UXB O; 3ETD A; 1H38 A; 3OUF A; 1VQ6 V; 3K9A A; 4UCO A; 4N23 A; 1XI1 A; 4PA6 A; 2GUZ B; 1BL8 A; 2WPD G; 1R6T A; 1XDC A; 1XNQ O; 3BA9 A; 4FJC C; 1D5A A; 2Z5U A; 5CA0 B; 4B3S B; 4CC6 A; 2QWO B; 4GX1 A; 1JMK C; 3CCM V; 5CMU A; 4DV3 O; 3ZIA G; 4NXN B; 2CTP A; 4PV1 B; 2LO1 A; 5B3S B; 4UXN A; 4FM0 A; 2JRI A; 3P3P A; 2ILM A; 4YY3 O; 5KX5 A; 1WPX A; 1I5X A; 1KP3 A; 3RFR A; 1CP9 A; 2YSU B; 2R72 A; 3OR6 C; 4FFB A; 1H8H G; 2B1G A; 2ZR2 A; 1K7D A; 4FK5 C; 5K1X A; 4YXW G; 3CC4 V; 1AVM A; 3N2G A; 5H5N A; 2ZDI A; 4RWU A; 3T1H O; 2BE3 A; 4X9Q A; 1QU7 A; 1LR1 A; 4X62 B; 2YIA A; 2UUB B; 2JGD A; 3AG4 B; 3ABU A; 3IC9 A; 4FPP A; 1N36 B; 4X62 O; 4DK1 A; 2H3O A; 4JZG A; 2YXL A; 1N36 O; 2L6L A; 3JD1 A; 4MTX A; 5KLV H; 3W7X A; 1KYO F; 3G6E V; 3JAS B; 4O4H B; 1HR0 B; 2CUG A; 3A2F A; 4EKW A; 2EJR A; 4RUF A; 5DN6 G; 4DR6 B; 4TQF A; 5H6Q A; 3WB2 A; 3AG4 C; 1IXM A; 3VQW A; 1IZ3 A; 5K1P A; 1VQN V; 3IJ4 A; 4QJF B; 5KMG A; 1AI4 A; 1AI5 A; 4B3T O; 2OYQ A; 1S5L Z; 4X1I B; 2FL4 A; 3THO A; 4J11 A; 2UUA B; 2R70 A; 2HJD A; 3K58 A; 4KUM A; 2UUA O; 1GH6 A; 4K0K B; 1YI2 V; 1Q81 W; 1PV0 A; 2ZIN A; 4JYA O; 3ZBH A; 1K92 A; 3JAT B; 1SZX A; 4DV0 B; 4PA3 A; 3RBZ A; 2Y0P A; 1TUB B; 1RM1 B; 4J42 A; 2JGU A; 4XDK A; 1VP7 A; 2AXT Z; 3BAA A; 1ZUQ A; 3LDC A; 4GX0 A; 1M1K W; 2WLI A; 3SYC A; 3ZHT A; 4KHP B; 1QNM A; 4TUY A; 1W2B U; 4KHP O; 2EIN B; 3RWR D; 4PDM A; 2P4K A; 5EK0 A; 2YIB A; 4FFK A; 3ABK C; 1KEC A; 1NKD A; 2QWR B; 3L71 H; 2RDC A; 4DR3 O; 1S77 D; 3I5D A; 1AP5 A; 4XDJ A; 1VQL V; 4LBE C; 3OFN G; 4J9Y B; 5EC2 C; 3C90 A; 4LR3 A; 4H37 A; 1M9N A; 3QO7 A; 4O4J B; 3CCJ V; 2Q7G A; 1AP6 A; 4LNU B; 1RPO A; 3CX5 F; 1Z5V A; 3CXC U; 4PA9 A; 3H9V A; 1KP2 A; 2BTO A; 3JYC A; 4JI2 B; 2IH1 C; 4WFG A; 3CS5 A; 2GSM B; 4LF8 O; 3HKE B; 1MZF A; 2YI8 A; 1SRY A; 1XNQ B; 1MNG A; 2NNU A; 5LGU A; 3FX7 A; 3PJS K; 1H2S B; 3A0R A; 3E86 A; 4LFC B; 3UO2 A; 1UJW B; 1VAR A; 3CMA V; 4K8Z A; 1E1R G; 2Y4T A; 1N0N A; 4EFB A; 2EIL C; 2XAJ A; 3FB6 C; 2HJF C; 1R3J C; 3L74 H; 2YXH A; 4WFH A; 5KHK A; 2JJ2 G; 1S3J A; 3OMA B; 3LDD A; 4I5S A; 2ZXW B; 3CCV V; 5IDJ A; 1HNZ O; 1HNZ B; 4GZR B; 1K4D C; 3VQY A; 1K3E A; 4CC5 A; 2CGN A; 2DYR B; 5J9P C; 3K5N A; 5CB4 A; 4F6R B; 2GTS A; 2PYJ A; 4Z1M G; 4GX2 A; 1AJN A; 1Y6X A; 3KCX A; 4L87 A; 2EX3 A; 3JSL A; 2ZKO A; 1GM9 A; 4JI4 O; 2N05 A; 1PL4 A; 3LDE A; 4TSF G; 5IY5 C; 1M93 A; 5LMN O; 3KZI Z; 5KAI Z; 1KKD A; 5FPO A; 3H1I H; 3F5T A; 1AI7 A; 5IYD O; 2WLM A; 4A5U B; 3ZHQ A; 1HW7 A; 1R3K C; 3U0Z A; 4JV5 O; 2ZE5 A; 2PI5 A; 4KL1 A; 1K33 A; 2E76 B; 1UFI A; 1SF9 A; 1ZSP A; 1X59 A; 2ZIO A; 1SQQ H; 4Q20 A; 1B04 A; 1XMO B; 1R3I C; 5IYZ B; 2R9A A; 5EYP A; 3CRR A; 1KQS U; 2JEU A; 4JYY A; 1VQO V; 4O4H A; 3ZRS A; 1JJ2 U; 3JAS A; 2EIM C; 1B3Q A; 5C8Y A; 5F2V O; 3AK2 A; 2WLK A; 4LF9 O; 1HWY A; 1Q43 A; 4TUY B; 2YXY A; 4LP8 A; 3P30 A; 1HNW O; 1XMQ B; 4QIW F; 2Z0A A; 1J5E B; 2RJZ A; 2YIC A; 3ZJZ A; 1VF6 A; 1J5E O; 3MD0 A; 4K3A A; 4TV8 A; 2EIJ C; 3UO3 A; 2VQE B; 3BY6 A; 3O9O A; 3OEE G; 2ZNI A; 4JI7 O; 5L3D A; 3CRC A; 5CA1 A; 4U7N A; 1Y76 B; 2XTA A; 3G71 V; 2GHY A; 3X2Q B; 1SQV H; 1KU9 A; 1BCC H; 4NXM B; 3PN1 A; 4P9O A; 1ARO P; 4PHZ A; 3P32 A; 5J2T A; 3RYI B; 1OCC B; 3OAA G; 4JI2 O; 5LHG A; 4X64 B; 2EIK B; 1VQK V; 5EYP B; 1K5S A; 1FJG B; 1D2D A; 1N32 B; 4TOI A; 4CS4 A; 2A9H A; 4JYB A; 2HHH B; 5H2F Z; 4D7T A; 1N32 O; 2MK3 A; 5LYJ A; 2HG5 C; 5EIB C; 2F66 C; 4HZ3 A; 4DV4 B; 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