The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
b'MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLNFFVV'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Photosystem II protein D1 1
|
| molecule tags |
Electron transport
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| publication title |
Structure of photosystem II and substrate binding at room temperature.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
22
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| structure length |
62
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| sequence length |
62
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| chains with identical sequence |
z
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-06-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Z | PF01737 | Ycf9 | YCF9 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Photosystem II PsbZ, reaction centre |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4UB8 Z; 3WU2 Z; 5KAF Z; 3KZI Z; 5E79 Z; 5KAI Z; 5TIS Z; 3A0B Z; 4IL6 Z; 4PJ0 Z; 5B5E Z; 3A0H Z; 5GTH Z; 1S5L Z; 5H2F Z; 5B66 Z; 5GTI Z; 2AXT Z; 3JCU Z; 4UB6 Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 3T1Y O; 5JQG B; 2QKS A; 2BSK B; 4FLY A; 3A8T A; 1N36 B; 2B1I A; 2NNU A; 1YIT V; 3L74 H; 4TV9 B; 1Q81 W; 1XL6 A; 1GAX A; 4C7U A; 3OEE G; 1RP3 B; 3CMA V; 4BWA A; 4PEL A; 4WFA V; 3CRC A; 1VQ4 V; 4X20 A; 1Y74 A; 3ZRW B; 1IXM A; 3C3S A; 1KUQ A; 4ZBM A; 4R50 A; 2RDC A; 1Q7Y W; 2ARH A; 3IC9 A; 4K8Z A; 5B1B C; 2LW7 A; 2NLJ C; 4LFC B; 2ZIM A; 5KHG A; 3ZIA G; 2P06 A; 2P4K A; 3K0G A; 1EM1 A; 4ABM A; 1MA1 A; 1O9G A; 2Y4T A; 4UCT A; 1JFF B; 4J80 A; 1VQ9 V; 1FXK C; 4AQY O; 4HNA A; 3N27 A; 1QLN A; 4JI6 O; 4DV1 O; 1BL8 A; 1V55 B; 2ADQ B; 1OZ0 A; 4TT3 G; 5EBW C; 3W7U A; 3K5N A; 4YJ3 A; 2E3C A; 1K4D C; 5LGU A; 3K08 A; 2DYS C; 2W6J G; 3CX5 F; 5C93 A; 1ZUQ A; 3EVK A; 3CC7 V; 5KHJ A; 1N36 O; 1BE3 H; 3DXR B; 4BIU A; 2Q0A A; 4HAM A; 3E8B A; 1IBM B; 4ASU G; 3ZHT A; 4LNU A; 5JCO A; 3JAS A; 2WLL B; 3A0R A; 3JAL B; 3TXQ A; 3B4S A; 3G6E V; 2Q4P A; 4HYO A; 4WFB V; 4JI5 O; 3UT5 B; 1UPG A; 4LWS A; 2UUC O; 4UVA A; 1EN4 A; 5JJN B; 1I7F A; 2YSU B; 5J2U A; 4GKK O; 2BE3 A; 1KP3 A; 3CCM V; 4GYC B; 1ZX3 A; 3QVN A; 3HKB A; 4DW1 A; 1N32 B; 4LF9 O; 1ARO P; 2HFE C; 5KHI A; 1AI6 A; 3OD4 A; 2ODM A; 5EYP A; 4Q20 A; 1R3L C; 3DC6 A; 2WWW A; 1QBZ A; 2XOK G; 5EC1 C; 3JD1 A; 1KKC A; 1W59 A; 4DV1 B; 2IM9 A; 2R9I A; 1XNQ B; 4CS2 A; 3EXA A; 3WG7 B; 2YEV A; 1A32 A; 4QNH B; 1MSD A; 2W0X A; 5ITZ B; 1GH6 A; 1J5E O; 4FZ1 A; 2CTP A; 4DR5 B; 1VMG A; 2WAM A; 1XNQ O; 1EBO A; 5DM6 V; 2A06 H; 1MZF A; 3AG2 B; 5E1A C; 2EZP A; 3B40 A; 3CP1 A; 2PF4 E; 5LGN A; 2EIN C; 1Y6X A; 1BQ0 A; 2IH1 C; 3ZJZ A; 4ZOL A; 1YDX A; 1QHT A; 3X2Q B; 2X6B A; 3M99 B; 3ZRX A; 1R6K A; 3FYE B; 5KA6 A; 4DUZ B; 1FAF A; 3CC2 V; 2CAZ C; 4LF4 O; 1GN2 A; 2WLI A; 2EZO A; 1J5E B; 5H6R A; 1BMF G; 3DC5 A; 2IH3 C; 3ETE A; 5TIS Z; 4O4J A; 1SA0 A; 3JD3 A; 2JEX A; 2F93 B; 4B3S O; 4JYA B; 2EIJ B; 3H9V A; 2O57 A; 3ZMV A; 4JYA O; 5KUK A; 3QNE A; 1XMQ O; 3SDL A; 1S5H C; 1HDJ A; 5FPR A; 2WLL A; 3AG2 C; 2Q7E A; 2EIM C; 1X59 A; 1NI8 A; 3OT7 A; 5EZY B; 4DUZ O; 5BMV B; 3TK1 A; 3G4S V; 5B1A B; 5CA1 A; 4U3F H; 4FMT A; 3D3I A; 4F6R A; 5EBL C; 5J2T A; 3WFV A; 4MW3 A; 1GM8 A; 3E22 B; 4OPA A; 2HHH B; 3OUS A; 4B3R B; 3TGU H; 2JDI G; 3RW0 A; 3K04 A; 3D8C A; 2N04 A; 2QM7 A; 3R66 A; 3K57 A; 1HR0 O; 2X6A A; 2CGN A; 4TV8 B; 3H1I H; 1N34 O; 4NKG B; 1SQB H; 2B1G A; 5JH7 A; 4MTF A; 2QTS A; 1S72 V; 3FB7 C; 3KZI Z; 3STZ C; 2ITC C; 1TUB A; 4OX9 B; 2BSK A; 4NTX A; 4UCU A; 3UO2 A; 2JJ2 G; 5JWP A; 1PL0 A; 2ZE8 A; 3HKC B; 2Y0I A; 1VF5 B; 1JJO A; 3CCS V; 1BS3 A; 4ZHQ B; 2UXC B; 1SQQ H; 4QE9 A; 2ADP A; 2CH7 B; 2DQ3 A; 1Z5V A; 5IYD O; 3F7V C; 3SJA C; 4GX1 A; 2Q8V A; 5LMN O; 1THZ A; 3FB6 C; 2UXD B; 2CTQ A; 1EZJ A; 3N2K B; 4L8J A; 4P9O A; 2R9R B; 4DV3 B; 1NTK H; 4DR1 B; 2E5L O; 2UXN A; 4DR6 O; 2DWD C; 1H2N A; 1PPJ H; 3WG7 C; 4U7N A; 3APO A; 5LP6 A; 2ZM6 O; 1DF4 A; 4LBE C; 1JR9 A; 3T1Y B; 3B2E E; 3MD0 A; 4JZG A; 2EUL A; 4U3J B; 1N34 B; 4PDL A; 1SA0 B; 2GHY A; 3BA8 A; 4FPP A; 3OR7 C; 4MVR A; 1R73 A; 1N33 O; 2KG7 A; 1EN5 A; 4O2B B; 1PL4 A; 3SYO A; 4B3M B; 4DV2 O; 1Y66 A; 3IFX A; 1YZB A; 4DRX B; 3BY6 A; 5AG2 A; 2DJV A; 3LDE A; 4RUE A; 4X1I A; 4JZ2 A; 1R3J C; 1WN7 A; 1B06 A; 4X62 O; 2YID A; 2AGA A; 3LNN A; 4JI7 O; 1FYJ A; 4MVO A; 4PA4 A; 1SER A; 3WB0 A; 3FYI B; 4PI2 A; 4LF5 O; 4B3T O; 1W0K G; 4RWU A; 4X8A A; 1K33 A; 3DXR A; 4BW5 A; 2Q67 A; 3F5W C; 2ZR2 A; 2EIJ C; 1VQ6 V; 2KSD A; 1SKV A; 5KHK A; 1LUW A; 3E22 A; 2GTA A; 3CXC U; 2CK3 G; 3APQ A; 1NBM G; 2LFR A; 3HPL C; 4X64 O; 1HNZ O; 4IIJ B; 4CH4 A; 3L71 H; 4EB6 A; 4F4L A; 1WP7 A; 1WNS A; 1ZL8 B; 4FJC C; 4RUF A; 4LWS B; 4UCS A; 3UO3 A; 2F95 B; 1GM9 A; 1YJN V; 4DV7 B; 4XDL A; 1SQX H; 4YIO A; 4FLZ A; 3ZMU A; 1FXK A; 1QVG U; 2EIN B; 1WLE A; 4X88 A; 3JAT B; 1TGO A; 1ZAU A; 2Z3Y A; 1JPX A; 4EKW A; 4I0X B; 1L0N H; 1L0L H; 3B8M A; 2AHY A; 4RQF A; 3OMN B; 2D2C B; 1NTM H; 1WB7 A; 3ZS8 C; 2AZ2 A; 2ZDI C; 4FM0 A; 1BHB A; 4J41 A; 1OCO C; 1XEQ A; 1I94 O; 5H9C A; 4R7C A; 4PA3 A; 1VQO V; 2RJZ A; 5LP6 C; 5HFL A; 4P30 A; 4QIW F; 3T2M A; 4AIL C; 4FLT A; 3H1J H; 1SES A; 1E79 G; 4WFH A; 4FZ0 A; 1M90 W; 2YIB D; 5B3S B; 4PHZ A; 4FFB A; 3OUF A; 5KAF Z; 2P4V A; 4O2A B; 1M93 A; 3N2K A; 1IBL O; 2Y69 C; 3KCY A; 1BQZ A; 1NH2 D; 3OR6 C; 3T1H O; 1N32 O; 1TA8 A; 2ZE7 A; 2LP7 A; 5IT9 N; 3I5D A; 4UV9 A; 3OTO B; 3HKE B; 3BEH A; 3JCZ A; 4W4L A; 1NR1 A; 2YI8 A; 4IHJ B; 4GKK B; 1FS0 G; 3S3W A; 3LSS A; 3LSU A; 1B6Q A; 1E1R G; 4LF7 O; 3AG1 C; 1BSM A; 1M56 C; 3JSL A; 4K8X A; 3SPC A; 3ZBH A; 1Y76 B; 5LP6 B; 1B3Q A; 1HNZ B; 4N23 A; 2BOB C; 3RVY A; 4O4I A; 2V4D A; 4WBN B; 2B9Z A; 5FNV A; 1R6N A; 4EFE A; 1Q5O A; 1XQ8 A; 4G28 B; 4O4J B; 3AG4 C; 1SRY A; 4AHC A; 3K5O A; 1DK1 A; 4IIJ A; 1ZLZ A; 2JGD A; 1U97 A; 4GT1 A; 3UKM A; 2Y69 B; 4KXR A; 2WLH A; 3IAY A; 4E2L A; 1F7Y A; 1I94 B; 4PDV A; 4WF9 V; 4GX5 A; 4QE7 A; 1VQ5 V; 4K0K B; 3HR0 A; 5FNV B; 3LNM B; 1BCC H; 1FJG B; 3FB8 C; 1OCR C; 3OE7 G; 4DV5 B; 1MAB G; 5J2T B; 1S5L Z; 2XHB A; 4UB8 Z; 4YHH O; 2VWJ A; 4JI2 B; 2PI4 A; 1PKX A; 4FVM A; 3CRA A; 2KKW A; 2PTM A; 2Z5U A; 3KG2 A; 1XMO B; 4QJF B; 1COW G; 4NXM B; 4IYH A; 1D5N A; 2F1M A; 3VQX A; 3ABM B; 2HG5 C; 1ROP A; 2EJ7 A; 1JJ2 U; 4GX2 A; 1DTO A; 1GRJ A; 5BR8 B; 4WCE V; 3O65 A; 3CCQ V; 4FFB B; 1P4R A; 3N2G B; 1SF9 A; 2YDE A; 1YVW A; 3OGC C; 4TUY B; 1Q86 W; 1KU9 A; 3N2G A; 2VQF O; 3H1L H; 4XDK A; 2RNB A; 5IYC O; 2LO1 A; 2C2A A; 2FKX A; 4NR1 A; 2Q0O C; 1R3I C; 4JGS A; 2EX3 A; 4DV5 O; 2JGU A; 2W0F C; 2IU3 A; 1JMK C; 4DV0 O; 3CRR A; 2EIK C; 1SZX A; 1O9H A; 1BHA A; 3ZN1 A; 5IJ0 B; 5KHH A; 4Z1M G; 4AI8 A; 2YEV B; 3AG3 C; 1MNG A; 3JAW A; 4RO2 A; 2ZR3 A; 2A7W A; 1QVF U; 4R6Z A; 3EHB B; 4XBF A; 2UXB O; 2GUZ A; 2R70 A; 1F4N A; 3BPZ A; 3LSQ A; 4WFE A; 3CJH B; 5JVD B; 4JI2 O; 1KKD A; 5GON B; 5LHH A; 2PUS A; 1NQT A; 4DV0 B; 3G67 A; 4YJ3 B; 1F4M A; 3CE2 A; 3ZCC A; 2CTR A; 2E5L B; 3R65 A; 1TVK B; 1AI4 A; 4H44 B; 3LDC A; 1Q3E A; 5KLV H; 2WLI B; 4FIP C; 3VBB A; 5J2U B; 5L3F A; 3CPW U; 3GVM A; 5IWA B; 3AG3 B; 2ZQM A; 3JAL A; 1JA8 A; 3CD6 V; 3CRM A; 3KCX A; 3K9S A; 1URF A; 5J9P C; 3RYF A; 3GWK C; 3ZMS A; 3AK3 A; 4LH6 A; 2QGN A; 1XRE A; 4QPK A; 5KX5 B; 1M57 B; 4BW9 A; 2UUA O; 5IWA O; 5B3S C; 5KUM A; 1KEC A; 3QTC A; 3OEH G; 2CH7 A; 3SPG A; 2XAJ A; 3U11 A; 2RN9 A; 2ZNJ A; 2ZXW B; 3BAA A; 3RYC B; 3K0D A; 1Z5W A; 1EFR G; 4I0X A; 2JIZ G; 4LF8 B; 1NU1 H; 4PA7 A; 4X1Y B; 3J81 N; 2Q9L A; 3TCU A; 2XUM A; 4MVQ A; 5JJE B; 2P67 A; 3ETD A; 2OTL V; 3MDS A; 1VQP V; 1FXK B; 5LMU O; 3RN4 A; 1WA8 B; 3CME V; 2XTA A; 3HKB B; 3ETG A; 1IXB A; 2IJK A; 2K9P A; 2Q73 A; 1Z2G A; 3SYQ A; 3ZN0 A; 4JYB A; 4IHJ A; 3ZMT A; 2E75 B; 5LA6 A; 3BHP A; 3E89 A; 4MTX A; 3SYC A; 3OM3 B; 3QF7 A; 2HJD A; 3ZRW A; 4X64 B; 4X66 B; 1AJP A; 4Z1V A; 1HW7 A; 4BIO A; 1SZT A; 2WLM A; 4P9P A; 1H38 A; 4HNA B; 1AP6 A; 1KBH A; 2QM8 A; 4JI6 B; 2QM4 A; 2DYS B; 3D3Q A; 3GB7 C; 4DV7 O; 1I5X A; 1HWY A; 4DO2 A; 3OTO O; 4J7K A; 2IU0 A; 4DR7 B; 4FLV A; 2P22 C; 1BZK A; 2ZT9 B; 1KMI Z; 4K35 A; 2YIC A; 2L35 A; 5IY5 C; 2EIM B; 2LW1 A; 3JAR A; 4PA6 A; 4YY3 O; 4DR3 O; 4JTD B; 1S5J A; 1QR8 A; 2NR5 A; 2HKO A; 3FFQ A; 4DR3 B; 4J7Z A; 4O4L A; 4J11 A; 3DTU B; 3RYH B; 2A0L A; 1DF5 A; 1Y76 A; 4NXN B; 3CC4 V; 1MZE A; 4HZ3 A; 3E83 A; 4DK1 A; 5LHI A; 2WA3 A; 3OGI B; 4NVP A; 1K3E A; 3JD2 A; 4NTY A; 1FFT B; 1VP7 A; 3A0B Z; 4JAA A; 1JQ0 A; 4CS4 A; 4LF6 O; 1OV9 A; 2UUB B; 4L87 A; 5IYZ A; 5F2V O; 1OCC C; 4LFB B; 4JAU A; 3ZHU A; 5BY1 A; 1XIL A; 4JI4 B; 1ENV A; 2VQE O; 1HP8 A; 4ICG A; 2PZS A; 4LP8 A; 4CBC A; 2UU9 B; 4GX0 A; 4DV4 B; 3FAV B; 2WLK A; 1RSO A; 1XDC A; 1M57 C; 2PGG A; 4FLW A; 5LMU B; 1FXH A; 5BZB A; 1KD1 W; 1GN6 A; 4H0L B; 4JAS A; 3CCL V; 4MSW C; 2D3O W; 1FFX B; 2IBZ H; 4Z2W A; 2XT9 A; 2DQ0 A; 1NT2 B; 5L3B A; 1GN3 A; 1M4U A; 5KMG A; 2WLN A; 2JS3 A; 2ZKO A; 4UVC A; 3UQ8 A; 1MOF A; 2DOS A; 1V54 C; 2PYL A; 4KFM A; 1OCZ B; 4DR7 O; 1NTZ H; 3TET A; 2UXC O; 2EBO A; 1H2M A; 2VRZ A; 1ZSP A; 3A2F A; 1W0J G; 2JVD A; 2DMX A; 2FML A; 2IJH A; 5GTH Z; 1EZV H; 2AHZ A; 4X62 B; 1NVP D; 4JI0 B; 3J7A U; 1LUV A; 2ZNI A; 2DYR C; 3JCU Z; 1GO3 F; 5CBG A; 2F66 C; 4NXN O; 2Q6A A; 4B7K A; 1XBL A; 1UFI A; 5K1X A; 3JAR B; 2YC0 A; 1KYO F; 2XND G; 5CB4 B; 5C8Y B; 3JSN A; 3K58 A; 4JI3 O; 5CA1 B; 2ZE5 A; 4JTA B; 2GTS A; 3RBZ A; 4U7O A; 3JAM N; 4GLX A; 2GUZ B; 1AIL A; 4LF9 B; 3DSQ A; 4JPR A; 4GZR B; 4LF7 B; 4X1I B; 3T4D A; 4UCO A; 3CWB H; 4KHP O; 3QO5 A; 2ETN A; 2XAG A; 4JYC A; 4YXW G; 3AEI A; 3ZHR A; 1VQN V; 1IZ3 A; 1W2B U; 5CN0 A; 4LC1 A; 3M7M X; 4YIP A; 3CEI A; 4EFB A; 3T4Z A; 1N0J A; 1P7G A; 2P90 A; 4DR6 B; 3OW2 U; 5EZY A; 5A2Q N; 1Y4M A; 4J7J A; 3MAQ A; 3P30 A; 3BRC A; 2Q5Z A; 1PV0 A; 3ETQ A; 4RQE A; 4CC6 A; 1YXB A; 2OCC B; 4I4T B; 3RYC A; 5BR8 O; 1D2D A; 5JCO C; 4I55 A; 1Q43 A; 4BAY A; 2QR4 A; 1T5E A; 3QO7 A; 4TOI A; 1P7B A; 4OPH A; 1K7D A; 1NVP B; 3Q4H A; 1K9M W; 4YJ2 A; 2Y4U A; 3THO A; 1AR5 A; 3STL C; 1K8A W; 5EIB C; 1RM1 C; 1Q8I A; 4U3J A; 2Y0P A; 2CDY A; 4X20 B; 2GV9 A; 2Q68 A; 5LBQ A; 3I55 V; 4B3S B; 5B5E Z; 4I50 A; 4MVZ A; 3WU2 Z; 3ABK C; 4N21 A; 2CTW A; 4TQD A; 4G27 B; 4NXM O; 3ASO B; 1UJW B; 4F6E A; 1VQL V; 2A3Q A; 1SC5 B; 1PM9 A; 4UCV A; 1OCR B; 2CE4 A; 1SQV H; 3OFN G; 4UXN A; 3UCS C; 2EIL C; 1K5Q A; 2MW2 B; 1N0N A; 5EBM C; 5BMV A; 1AJQ A; 1S3J A; 4LF6 B; 1AI7 A; 4F6R B; 4BIZ A; 3F7Y C; 4DK0 A; 5JVD A; 3G80 A; 4LNU B; 1WP8 A; 1F51 A; 4LH7 A; 3FKS G; 2P7T C; 3SJQ C; 3WB2 A; 3ZHV A; 1MG1 A; 2Q7G A; 2OYQ A; 1HNW B; 4DV4 O; 2QKC A; 2HP8 A; 5CB4 A; 4GCZ A; 4PD4 F; 5LHG A; 5IYZ B; 2FTK A; 3CS5 A; 2X6C A; 3ASO C; 2YXL A; 1XUQ A; 2ZM6 B; 4J10 A; 4P2Z A; 5B66 Z; 1ORQ C; 5L3D A; 2FL4 A; 1M1K W; 1I08 A; 1V54 B; 3A0H Z; 3B09 A; 3ZRS A; 1B04 A; 1V9P A; 5CA0 A; 4NTW A; 1BT8 A; 2MK3 A; 3JAS B; 1L8D A; 1RSO B; 1GM7 A; 2OT5 A; 3U0Z A; 2YIA A; 2QSA A; 4LFC O; 3ASN C; 1S76 D; 4MS2 A; 5FPO A; 4MW8 A; 1EN6 A; 4X9Q A; 5ITZ A; 1SS3 A; 3P3N A; 1XMO O; 4FM2 A; 2N05 A; 4QGP A; 4B08 A; 4MT8 A; 2H3O A; 1CP9 A; 2UU9 O; 2GSM B; 3JAT A; 2BTO A; 3PN1 A; 4O4H B; 4I9W A; 1PNK A; 3S3X A; 3K5L A; 4BR6 A; 4CH6 A; 4ZOL B; 4LFB O; 5L3G A; 2QDO A; 2OCH A; 1MMM A; 2QWR B; 1X4T A; 3HKE A; 5EIB D; 2XAQ A; 2QE7 G; 3JAW B; 4H37 A; 4O2A A; 2CUG A; 2RMK B; 4UB6 Z; 1AR4 A; 1E1Q G; 4LF8 O; 4D6T H; 3W7X A; 1P49 A; 1TAE A; 3F5T A; 4J9Z B; 2N74 A; 2YXH A; 2VQF B; 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