The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
34
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
34
|
| structure length |
88
|
| sequence length |
88
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1IBM O; 2ZKO A; 4DV4 O; 4X65 O; 4B3S O; 1J5E O; 4DV0 O; 3T1H O; 4DV2 O; 4X66 O; 3SDL A; 1X59 A; 1I94 O; 2HHH O; 1NS1 A; 4DV7 O; 2UXB O; 4DV5 O; 4OPA A; 3JAM N; 2UUA O; 4DR5 O; 1XEQ A; 4LF5 O; 4X64 O; 1KUQ A; 5LMN O; 4NXM O; 4GKJ O; 4JV5 O; 1AB3 A; 3R66 A; 4JI3 O; 4DR4 O; 2Z0A A; 4DV1 O; 2UUC O; 4KHP O; 1FYJ A; 5IWA O; 1N34 O; 1HNX O; 3J80 N; 5FLX N; 4A5U B; 4JI2 O; 4DUY O; 4JI7 O; 4JI0 O; 2UU9 O; 2E5L O; 4OPH A; 2ZM6 O; 4JI5 O; 4NXN O; 4DR6 O; 4DR1 O; 3J81 N; 4JYA O; 5LL6 Y; 1FKA O; 1HR0 O; 4JI1 O; 3O65 A; 4DV6 O; 4X62 O; 3F5T A; 4LFC O; 1N33 O; 2F4V O; 2UXD O; 5IT9 N; 4LF4 O; 5LMU O; 4JI8 O; 4B3T O; 1XMQ O; 4LFA O; 3OTO O; 4B3M O; 4DR7 O; 2JRI A; 4YY3 O; 1N32 O; 4LF8 O; 5BXZ A; 5BY1 A; 1R1B A; 2VQE O; 3T1Y O; 3J7A U; 1AIL A; 1A32 A; 2DJV A; 1F7Y A; 1HNZ O; 3M8A A; 4YHH O; 1DK1 A; 4OX9 O; 1XNQ O; 2LW7 A; 2UUB O; 1FJG O; 4LFB O; 1D2D A; 4LF6 O; 5A2Q N; 4AQY O; 1IBK O; 4GKK O; 4JI4 O; 4DR3 O; 1HNW O; 4K0K O; 2AGA A; 5BR8 O; 1N36 O; 2DOS A; 1YZB A; 3RT3 C; 5H5N A; 4DV3 O; 4DR2 O; 2FKX A; 1IBL O; 4LF9 O; 1XNR O; 1XMO O; 4JI6 O; 2N74 A; 4B3R O; 1G1X B; 4LF7 O; 2VQF O; 4DUZ O; 1R6T A; 2UXC O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3WB1 A; 2XND G; 3F7V C; 2XAQ A; 2CDY A; 3RBZ A; 4I55 A; 4JAU A; 5LP6 B; 3RYI A; 1EN5 A; 5C8Y B; 1N4C A; 2OT5 A; 3E8H A; 1BGY H; 4RQE A; 3OFN G; 1Y66 A; 2NLJ C; 2JDI G; 1IBL B; 4JTC B; 5CA1 A; 2YS8 A; 1M57 C; 3CE2 A; 2Z0A A; 1MAB G; 3E86 A; 4YHH B; 2XAS A; 3TCU A; 1KKC A; 3H01 A; 3I56 V; 1NTZ H; 2JGD A; 1OZ0 A; 1S0V A; 2L6L A; 3FYE B; 4I50 B; 4HNA B; 4GUN A; 1XL4 A; 3SYA A; 3OEH G; 2IJI A; 4GZR B; 4TV9 B; 5B66 Z; 1QHT A; 5LMN B; 4GLX A; 1Q82 W; 5L3B A; 2CK3 G; 2EIK C; 4F6R B; 2Q68 A; 1SER A; 4DR7 O; 3CC4 V; 3N2G B; 3T4D A; 3FB6 C; 2KG7 B; 1HNZ O; 2DMX A; 3MD0 A; 4DYL A; 1RPO A; 1K5Q A; 3ZN1 A; 3STL C; 2LW7 A; 3K03 A; 1OCR B; 5LHG A; 1Q3E A; 4AQY O; 1JFF A; 3K58 A; 4JI4 O; 5BMV B; 2E74 B; 1LUW A; 3LSU A; 4O4H A; 1K5S A; 4LFC B; 3HKD B; 1N36 O; 2PI5 A; 3K59 A; 3ZMV A; 1I08 A; 4FLU A; 3QG5 A; 4CS4 A; 1GM7 A; 2VWK A; 1VEW A; 1G1X B; 3E2E A; 2VQF O; 5KAI Z; 2UXC O; 4ZHQ B; 3I5D A; 4WFG A; 3K08 A; 3UKM A; 4X66 O; 3SDL A; 2HP8 A; 2ODM A; 5B1A B; 2OCC B; 1NS1 A; 2ZR2 A; 1X4T A; 1S5L Z; 3BHP A; 5GTH Z; 2V4D A; 2BE3 A; 2DWD C; 3ZCC A; 3SGI A; 1FFX A; 1NR1 A; 4DR7 B; 4WF9 V; 1R3K C; 4H37 A; 1MA1 A; 3RYF B; 1BQ0 A; 1K34 A; 1SS3 A; 3AG2 C; 5L3F A; 1HNZ B; 1BMF G; 4FLY A; 1SZT A; 4UB8 Z; 1IBM B; 4A5U B; 1FAF A; 4IIJ A; 3T4Z A; 4JI7 O; 5GON A; 3CCQ V; 3ZJZ A; 2CGO A; 4OPH A; 1ZWI C; 1N36 B; 4JYA O; 2M6Y A; 5KAF Z; 2RN9 A; 1GAX A; 2ZQM A; 4MVO A; 5J2U A; 4DR5 B; 4EFE A; 4ZIB A; 2OWO A; 3K3W A; 2QR4 A; 1QR9 A; 5LA6 B; 3JAR B; 1VQ4 V; 4MW8 A; 4NR1 A; 4B08 A; 2EIL B; 5IYZ A; 1K9M W; 2AW9 A; 4KHP B; 1OCC C; 1PP9 H; 1Q43 A; 3SJC C; 2JRI A; 3G4S V; 2XAJ A; 2RCV A; 4KUM A; 3ETG A; 4O4J A; 1ZTE A; 1NVP D; 3JAS A; 5IJ9 A; 3JSL A; 3MHH C; 2A7W A; 4FM0 A; 1ZX3 A; 3MHS C; 1IVS A; 5BZB A; 1HNW O; 5L3C A; 3JAT B; 2F4V B; 1R3L C; 5LOV B; 4CZZ A; 5EBL C; 1VP7 A; 1XNR O; 2P4K A; 2FML A; 2Q67 A; 2WLK A; 5CB4 B; 4JI7 B; 2CH7 B; 4G28 B; 4E4E A; 5LYJ A; 4D6T H; 4G2K A; 2QWN B; 4J41 A; 4JYA B; 1U96 A; 2Y69 C; 1FFT B; 1FXK B; 1WP8 A; 3LDC A; 3W7X A; 2HJD A; 3OMN B; 3AG4 B; 3N2K B; 4IHJ A; 3H1J H; 4QJF B; 1PV0 A; 3Q4H B; 2A0L A; 3ABT A; 4ZKI A; 2ZE7 A; 1KUQ A; 1I0H A; 3P3N A; 4AHC A; 5JVD A; 2E3C A; 3E83 A; 1AI5 A; 2ADQ B; 1SRY A; 4NYK A; 4LF7 B; 3JAK A; 4U7N A; 3FB7 C; 2B9Z A; 3U10 A; 2UU9 O; 1HNW B; 4JI5 O; 4K35 A; 4TUY B; 3RFR A; 4CC6 A; 3M7M X; 3GWO A; 5KHJ A; 1R3I C; 1V54 C; 5D5P A; 5A9G A; 3QTC A; 1XNR B; 4XDJ A; 1RM1 B; 4NB5 A; 4X20 B; 1HWY A; 3A0H Z; 1P49 A; 5J2T B; 4DXW A; 5H6R A; 1GH6 A; 2X6C A; 3HB3 B; 2A9H A; 3ABL C; 2WA4 A; 2IJH A; 1R1B A; 3APQ A; 3T1Y O; 2Q5Z A; 4FM1 A; 2ZM6 B; 2YXY A; 3ETD A; 1SC5 B; 1ZUQ A; 4YJ3 B; 3BEH A; 1IXB A; 4NVP A; 1K8A W; 4FIP C; 3ZHR A; 1VQM V; 4EEQ A; 2AGA A; 4FVM A; 2WLM A; 5KA5 A; 3S3W A; 4CS3 A; 3ZHV A; 2UXD B; 1GM9 A; 1F4M A; 3CCU V; 3H1H H; 2YIB A; 2HFE C; 4DR2 O; 2FKX A; 1R6N A; 4I55 B; 1Z2G A; 2XAH A; 3LUT B; 1AR4 A; 1OCO C; 4B3M B; 2QWQ B; 1GN3 A; 3JYC A; 4UCV A; 2ZKO A; 4DV4 O; 3ZX6 A; 3ZMZ A; 2EIM B; 1EZJ A; 1QVG U; 3ZRX A; 2FTK A; 1H2N A; 3TXQ A; 3SPI A; 3CEI A; 3H1I H; 4X89 A; 3T1C A; 4DV7 O; 5LHH A; 1DF4 A; 1S3J A; 2V1D A; 3ZHQ A; 2UUA O; 1GM8 A; 3DTU B; 4KFM A; 2EIN B; 5DEC A; 2XTA A; 1HP8 A; 1XBL A; 1UJW B; 2QM4 A; 1WAZ A; 2Y4T A; 2X7R B; 4JI3 O; 1VQ6 V; 2LJ2 A; 2XHB A; 3UQ8 A; 5JJN B; 3E89 A; 3TET A; 1AI4 A; 3HR0 A; 3ASO C; 2IJJ A; 2YI8 A; 2JEU A; 1HR0 O; 1JJ2 U; 3ASN C; 4DR2 B; 4JAV A; 4DO2 A; 1PD3 A; 3P30 A; 4H33 A; 4X64 B; 2JK5 C; 4NXM B; 2QWO B; 1MZE A; 2LGQ A; 3SYO A; 5LGT A; 1ZAU A; 4MVZ A; 4XBF A; 4LF8 O; 5BXZ A; 4JI2 B; 4O4H B; 2HVK C; 3ZMT A; 4JI0 B; 2Z5U A; 3DXR B; 2NNU A; 3ABM C; 3JAW A; 4PA9 A; 1VQL V; 3CYO A; 4UV8 A; 1NBM G; 3HKC B; 4FJC C; 4FLV A; 4L8J A; 4GKK O; 2CAZ C; 4F6E A; 2DYR B; 2BCC H; 3E22 A; 4ZBM A; 5BR8 O; 4JI3 B; 1Y6X A; 5JH7 A; 1N0N A; 1GN4 A; 2ZDI C; 1QR8 A; 1XDC A; 3BA8 A; 3G6B A; 2VQE B; 1WB8 A; 4DUZ O; 4JF3 A; 4FFB A; 2E76 B; 4IT5 A; 4JAS A; 2ZD9 A; 4MTG A; 4DRX B; 1HR0 B; 3FD9 A; 1FFX B; 3FKS G; 4Q6G A; 4QE7 A; 3FB8 C; 1Q6I A; 3CCL V; 1FJG B; 3ZMU A; 3AG3 B; 3CCJ V; 3B09 A; 1M56 C; 3K5N A; 5JJE B; 4JTD B; 4DV5 O; 2F93 B; 2IBZ H; 1GO3 F; 3SPG A; 4IIJ B; 3D8C A; 3RN4 A; 3KZI Z; 1G6U A; 1THZ A; 1W59 A; 3UT5 B; 1XQ8 A; 2EJR A; 1JA8 A; 3FB5 C; 1HNX O; 2PY5 A; 4QIW F; 3JAL A; 4W4K A; 2E5L O; 1LUV A; 2YXH A; 1I94 B; 4R6Z A; 5BR8 B; 4UVA A; 3ZHS A; 2YXL A; 3DC6 A; 1Q86 W; 5FPR A; 3CSX A; 4O4J B; 4TV8 A; 5IT9 N; 4R7C A; 4DUZ B; 3DC5 A; 4X1Y A; 1FXH A; 5LBQ A; 2DYS B; 1S76 D; 3CJH B; 3STZ C; 1GN6 A; 1TVK A; 2OIE A; 3L72 H; 5HFL A; 4O4I A; 2JIZ G; 4PJ0 Z; 4J7K A; 3JCZ A; 5IJ0 B; 1IZ3 A; 2A3Q A; 3QVN A; 4TQD A; 2Q7E A; 5IE9 A; 3B77 A; 3H9V A; 5KUK A; 4PHZ A; 4JI1 B; 5LYJ B; 4K0K O; 2DOS A; 1YZB A; 2HJF C; 1EZV H; 4JZ2 A; 3WB2 A; 4R50 A; 1IBL O; 3SJB C; 5IY5 B; 2P5O A; 4I0X A; 2N74 A; 3CRA A; 4UB6 Z; 2X6A A; 1YIT V; 1WPX A; 2GUZ A; 4X1I A; 1OCZ B; 3U0Z A; 5LP6 C; 4HAM A; 2GTS A; 1M1K W; 2BTQ A; 1PNL A; 4IL6 Z; 2NR5 A; 3D3Q A; 1KD1 W; 1YJN V; 5B5E Z; 3SPH A; 4MT8 A; 3A0R A; 1TUE B; 3JCU Z; 4WFE A; 3B2E E; 3LNN A; 1XEQ A; 4JTA B; 1PL0 A; 2PI4 A; 5LMN O; 3G71 V; 1WJZ A; 1AB3 A; 4JI6 B; 3R66 A; 4GX0 A; 4OGQ B; 4FMT A; 1IXM A; 5CBG A; 2HKO A; 2YID A; 3ZRV A; 3HKE A; 2JJ2 G; 1Y67 A; 1J5E B; 3LSQ A; 3L73 H; 5B1B C; 5ITZ A; 4K0K B; 2ZXW C; 2IU0 A; 4CS2 A; 4PEL A; 2Q7H A; 1BS3 A; 2DN9 A; 5KX5 A; 5GTI Z; 1ZL8 A; 2IM9 A; 1B3Q A; 1WNS A; 1VQ5 V; 4LFC O; 2B1G A; 3ZRW B; 4I4T B; 2IW5 A; 3TJT A; 5L3E A; 1RSO B; 2EZP A; 4YXW G; 2WWW A; 3E8G A; 2EIJ B; 5BY1 A; 1QLE C; 1YEW A; 1KP2 A; 2QKS A; 1OCR C; 3L9D A; 4FFK A; 1SET A; 1DK1 A; 3CXC U; 1NVP B; 4RQF A; 3OMA B; 2ADP A; 2CE4 A; 3ABK B; 3VBB A; 3VQV A; 2E75 B; 3LDD A; 1P7B A; 4WFH A; 3QF7 A; 2HLD G; 5IDJ A; 2QKA A; 4UFZ A; 3KCX A; 1IBM O; 3RYC A; 3RYH A; 2P6J A; 4Q20 A; 2CGN A; 4LF6 B; 2NN4 A; 1IBK B; 1QCE A; 2IJK A; 1N8R W; 2QM8 A; 4R8C A; 1JPX A; 4DR5 O; 1KU9 A; 3C3S A; 2GDS A; 3ETQ A; 2ETN A; 2Y4U A; 3MAQ A; 1H2S B; 3IC9 A; 1QLN A; 4TOI A; 4KHP O; 1VF6 C; 4U3J A; 2OYQ A; 1N34 O; 3OMI B; 4X9Q A; 4MVM A; 1H8E G; 1S5H C; 2B1I A; 1QU7 A; 4TQF A; 5E79 Z; 3J81 N; 1Q81 W; 5KA6 A; 1NKD A; 4EB6 A; 3FAV A; 4ASU G; 3O65 A; 1MNG A; 3SJQ C; 3D3I A; 1VQK V; 2F4V O; 1GTO A; 2B5U A; 1H38 A; 3JAW B; 4MVU A; 2Q73 A; 4KL1 A; 5EIB D; 1Y74 B; 3EFF K; 1NJI W; 4H44 B; 4DUY B; 4KXR A; 2ZNJ A; 3JD3 A; 2A79 B; 3UO3 A; 1QVF U; 2DJV A; 1F7Y A; 1GKF A; 3M8A A; 3QO7 A; 1SA0 B; 2ARH A; 3N27 A; 5LXT B; 1GMG A; 4UCO A; 5LGN A; 5C93 A; 1D5A A; 1K4D C; 4X1K B; 5LMU B; 4JYY A; 1N34 B; 2ZE6 A; 2ZDI A; 4PI0 A; 3DGE A; 1XMQ B; 2YIB D; 1NQT A; 4YY3 B; 1JVM A; 2XUM A; 3TXS A; 4LF7 O; 2YEV B; 1Q7Y W; 4CBC A; 1JJO A; 5EBM C; 2Q0O C; 2QWP B; 1IDS A; 1F4N A; 4EFB A; 1CP9 A; 3RVZ A; 3AG2 B; 4LNU B; 1SQV H; 5EZY B; 1DLB A; 2OTJ V; 3QO5 A; 2IH3 C; 1NU1 H; 1MSD A; 4DV3 B; 2N05 A; 4BW5 A; 2K9P A; 3WFV A; 3C90 A; 4O4L A; 4PDR A; 3AG1 B; 3HKB B; 2P7T C; 1LR1 A; 3IC7 A; 2W0F C; 2FB5 A; 5FL7 G; 4WFA V; 2GBO A; 4XDL A; 2ZM6 O; 1RM1 C; 3I55 V; 4X1Y B; 2HHH B; 2EBO A; 2ZE5 A; 1BQZ A; 1OCC B; 4RWU A; 4YJ2 A; 2ZE8 A; 3G67 A; 3SJA C; 4LF5 B; 3B8M A; 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1BT8 A; 4UXN A; 5BMV A; 3OE7 G; 1GN2 A; 2Q0A A; 1FJG O; 1OCO B; 2WSS G; 1M5I A; 1FD9 A; 1U97 A; 1LNQ A; 4LH6 A; 1JFF B; 2HR3 A; 2QTO A; 1BZK A; 2PZS A; 3OTO B; 3ZN0 A; 2MK3 A; 1N32 B; 3AG3 C; 1COW G; 1R6T A; 2QWR B; 1P84 F; 3H1K H; 3CC7 V; 1AI6 A; 3S3X A; 3CRR A; 4JYC A; 1KQS U; 3DSQ A; 2PF4 E; 5JJJ B; 2WLH A; 1I94 O; 3VQX A; 1TGO A; 4P9P A; 3A8T A; 4U3J B; 3OUF A; 1I7F A; 4RO2 A; 2F95 B; 1K7D A; 1K4C C; 4FLZ A; 1AR5 A; 4O2B A; 3LNM B; 1H2M A; 5KHG A; 4EB6 B; 1VF6 A; 3EHB B; 3FAV B; 3E8F A; 1Q90 D; 2F23 A; 1L1F A; 1YTF D; 4DV2 B; 1XHZ A; 4UCS A; 4FK5 C; 1JOY A; 1VQN V; 2XAG A; 3HPL C; 1NT2 B; 4AIL C; 4BAY A; 5GON B; 3JAR A; 4JI1 O; 3K9A A; 2ZNI A; 4BIU A; 1OJH A; 1FPO A; 4OXS A; 4K8Z A; 2PYJ A; 1AJP A; 5J2U B; 4MTF A; 3IAY A; 1SQX H; 5IWA B; 5DM6 V; 4BWA A; 5KMG A; 4J10 A; 5IYZ B; 1B04 A; 1R3J C; 3WG7 C; 4DR6 B; 3JAT A; 1KBH A; 5K1P A; 4I9W A; 4LFB O; 2GV9 A; 5LOV A; 5A2Q N; 1E1R G; 2Y0I A; 1UPG A; 4I7Z B; 5IY5 C; 1F23 A; 1TA8 A; 3JAS B; 4J7J A; 3CP1 A; 5H9C A; 3K5M A; 3LDE A; 2CH7 A; 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