The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
31
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| structure length |
87
|
| sequence length |
87
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4K0K O; 4LF4 O; 2VQF O; 4LFA O; 4YHH O; 1R6T A; 2HHH O; 4JI3 O; 5IWA O; 4DR3 O; 1FKA O; 4LF6 O; 4OX9 O; 1IBL O; 4JI5 O; 4DV0 O; 5BR8 O; 4DR7 O; 4JI7 O; 1HNZ O; 4YY3 O; 2UXB O; 2ZKO A; 4A5U B; 1FYJ A; 3M8A A; 4B3T O; 1KUQ A; 1G1X B; 4DV6 O; 4B3M O; 4NXM O; 3T1H O; 5IT9 N; 1XNR O; 5LL6 Y; 4LFB O; 2E5L O; 3F5T A; 3J81 N; 1AB3 A; 1IBM O; 4X66 O; 4NXN O; 4B3R O; 2JRI A; 2LW7 A; 5FLX N; 2VQE O; 1XMO O; 2UUA O; 1D2D A; 4LF7 O; 2FKX A; 4JYA O; 4JV5 O; 2DOS A; 2UUC O; 2Z0A A; 1N36 O; 4X64 O; 1IBK O; 2UU9 O; 1R1B A; 2UXD O; 4OPH A; 4AQY O; 2F4V O; 4GKK O; 3R66 A; 1F7Y A; 1XNQ O; 4KHP O; 4DV7 O; 3T1Y O; 4DV1 O; 3RT3 C; 4JI8 O; 4JI2 O; 3J80 N; 1DK1 A; 4DV4 O; 4DUY O; 1A32 A; 4JI6 O; 3SDL A; 2N74 A; 4JI4 O; 2UXC O; 5LMU O; 1HNX O; 4LFC O; 1HR0 O; 1N33 O; 4OPA A; 1XEQ A; 4DR2 O; 4DV5 O; 1FJG O; 4JI0 O; 4DR1 O; 3J7A U; 1I94 O; 4DUZ O; 1N34 O; 4B3S O; 5H5N A; 4DR6 O; 2AGA A; 1AIL A; 4JI1 O; 3JAM N; 1J5E O; 1X59 A; 3O65 A; 4X62 O; 2DJV A; 3OTO O; 4X65 O; 1XMQ O; 4GKJ O; 4LF9 O; 5BXZ A; 1HNW O; 4DV3 O; 4LF5 O; 5LMN O; 1YZB A; 4DV2 O; 1N32 O; 4DR4 O; 4DR5 O; 1NS1 A; 5A2Q N; 2UUB O; 2ZM6 O; 4LF8 O; 5BY1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3F7Y C; 2ZIO A; 1G4Y B; 3UCS C; 3A2F A; 4GX0 A; 3ZHU A; 4DR1 B; 1NVP B; 3NXS A; 3BRC A; 4OX9 O; 2YIB D; 2XND G; 3AK3 A; 2IJH A; 2AZ2 A; 4B3M O; 4IIJ A; 2DYR C; 3CYO A; 2A06 H; 3RYI B; 1MZE A; 3L71 H; 4MTF A; 2Q7G A; 1AB3 A; 1S5H C; 3K5N A; 2JRI A; 4I7Z B; 1SRY A; 2CTW A; 3BAA A; 1AR5 A; 1VIB A; 1NTZ H; 2F4V O; 3R66 A; 3GVM A; 4KHP O; 1QLN A; 3SPH A; 4JI2 O; 3P3N A; 5H2F Z; 1DF4 A; 2QE7 G; 2P4K A; 3TJT A; 4F4L A; 4U3J B; 4FM2 A; 1OCZ C; 3BPZ A; 4I4T A; 1Q81 W; 2HJD A; 3WB0 A; 2WAM A; 1OJH A; 3SPG A; 1VQ9 V; 5CA1 A; 5IYZ A; 4IYH A; 4B7K A; 2H3O A; 4DUZ O; 1L0N H; 3ASN B; 4BIZ A; 5BZB A; 1PV0 A; 5D5P A; 4DK1 A; 3JAS B; 2NLJ C; 4MTO A; 2XAJ A; 3OTO O; 1HDJ A; 1VF7 A; 3JAW A; 4GKJ O; 2XAH A; 3BHP A; 1E1Q G; 3T1C A; 2ZE5 A; 5LMN O; 2PF4 E; 4FVM A; 1TA8 A; 4DUY B; 4LR3 A; 4JAV A; 2UXC B; 1GO3 F; 1R3I C; 4LWS B; 1SQQ H; 3TGU H; 3SPJ A; 3AG2 B; 1BE3 H; 3RFR A; 3HKC B; 3ASN C; 1QNM A; 5JJN B; 2OCC B; 2CTR A; 3DC5 A; 4DW0 A; 4N21 A; 2Z3Y A; 1ZUQ A; 4D7T A; 3IGA C; 4K8X A; 2EZP A; 4CH5 A; 3CCQ V; 5LP6 B; 2IJK A; 3UKM A; 1JR9 A; 2Y4U A; 5DN6 G; 1LUV A; 4LF9 B; 3A0B Z; 3DTU B; 3JCU Z; 1AI7 A; 4O4I B; 5KHG A; 4LFB O; 4DO2 A; 5B3S C; 1Y4M A; 4BIO A; 2OCC C; 2LW1 A; 3OW2 U; 2Q6A A; 2W6I G; 4X66 O; 3I55 V; 4NXN O; 4MVR A; 4K0K B; 1R3L C; 2VQE O; 4LF7 O; 1THZ A; 3ASO C; 3ICX A; 2W0F C; 5LP6 C; 1IBK O; 1MA1 A; 4JTD B; 4LH7 A; 2HEP A; 5FL7 G; 4CH3 A; 4AIL C; 4WFE A; 4UXN A; 4ZOL B; 4F6R A; 2EJ7 A; 2QM4 A; 1KU9 A; 3CJH B; 1KMI Z; 2Q8V A; 5B1O A; 5C8Y B; 1KP3 A; 4BIU A; 4PDL A; 4TV9 A; 2QTO A; 3ZBH A; 3CC7 V; 4EB6 B; 4DR1 O; 1JVM A; 1SA0 B; 3AG1 B; 5EZY A; 1XRE A; 2ZR2 A; 2EIK B; 3O65 A; 2DQ0 A; 4IHJ B; 1JX9 A; 4O2B B; 3JD1 A; 3H01 A; 5BXZ A; 3ZS8 C; 5CB4 A; 5KMG A; 3WG7 B; 4KL1 A; 4H13 B; 2GDS A; 1R3J C; 3RYC B; 1NS1 A; 5GW7 A; 4N23 A; 3ZMV A; 3AG1 C; 5BMV B; 2PZS A; 2ILM A; 3HPL C; 3L73 H; 2PGG A; 4K3A A; 5FNV A; 2ZE8 A; 5H6R A; 3U0Z A; 2ZM6 B; 2WWW A; 1AI4 A; 2WLH A; 3ML0 A; 4PA3 A; 2JS3 A; 2Z5U A; 1J5E B; 3SR2 C; 4UCS A; 3WG7 C; 1XMQ B; 2LJ2 A; 3ZRS A; 2IH3 C; 2ZDI C; 1AP6 A; 1I08 A; 2YEV A; 3Q4H A; 2FTK A; 1D5A A; 2R9I A; 4LF5 B; 3BVO A; 4JZG A; 1S72 V; 2YUA A; 1KBH A; 4H0L B; 3RYF B; 2ZNJ A; 3JAT A; 1GN2 A; 1OCC C; 3ZIA G; 3P32 A; 2UXD O; 3E8F A; 4J7Z A; 3STL C; 1VQN V; 2JDI G; 4K35 A; 1W59 A; 1VP7 A; 3ZMZ A; 4DUY O; 3TCU A; 3FB8 C; 3FYE B; 1QVG U; 4LNU A; 2UXC O; 3LSU A; 2GBO A; 4CS4 A; 1XOU A; 1XHZ A; 3HKB B; 4UCU A; 3SPI A; 3AEI A; 1OCR B; 2ZIN A; 5L3B A; 1M9N A; 2LFR A; 2RDC A; 1H2S B; 4IGG A; 1WLE A; 2EIM C; 1FJG B; 3JAL B; 5L3D A; 3JAM N; 2XTA A; 2CE4 A; 3FD9 A; 4LF9 O; 4W4K A; 1TAE A; 4D7S A; 3ABT A; 2HR3 A; 1SZT A; 3CCR V; 1M90 W; 4X1I B; 5A2Q N; 1OCR C; 4HZ3 A; 5BY1 A; 1RPR A; 2VWK A; 4K0K O; 3ZMU A; 1K33 A; 4MTX A; 2AZ0 A; 1VQ8 V; 5IJ0 A; 1KC8 W; 2YI9 A; 1E79 G; 4FFK A; 3CRR A; 1WP7 A; 3N2G A; 2CUG A; 1I7F A; 2WLN A; 3L72 H; 3GB7 C; 3LDE A; 3CE2 A; 3E2E A; 3CXH F; 4MSW C; 1GMG A; 2QDO A; 4FPP A; 4DV2 B; 5KHH A; 3SJA C; 3CRC A; 4DR5 B; 2UUB B; 3H9V A; 5HFL A; 4LF4 B; 1XL4 A; 2Z0A A; 2E75 B; 4JI3 B; 4G27 B; 4K8Z A; 4UVA A; 4LF6 B; 1BCC H; 1UPG A; 2QKA A; 4P30 A; 5J2U A; 3RT3 C; 3DSQ A; 3DXR A; 1CEZ A; 5JVD A; 4GX5 A; 5K1X A; 3SDL A; 5DEC A; 4JPR A; 2GV9 A; 1VQM V; 1VQO V; 1HNX O; 2HJF C; 2F93 B; 1N4C A; 2E3C A; 1NTK H; 4E4E A; 3KCY A; 2XAQ A; 3R65 A; 3BEH A; 1SER A; 3OT7 A; 5LGU A; 1AIL A; 5JH7 B; 3M99 B; 1J5E O; 5LXT B; 1X59 A; 1U96 A; 1BHB A; 3RYI A; 5J2T B; 1XMQ O; 1LUW A; 3CCU V; 3SYO A; 1AJQ A; 4LF5 O; 5GON A; 4QPK A; 4I0X B; 5LYJ B; 5IDJ A; 4JI4 B; 4AHC A; 5EBL C; 4EKW A; 2YXY A; 5KAF Z; 2QWP B; 4F6E A; 1KQS U; 2A79 B; 1VMG A; 1F4N A; 2Q7E A; 3E22 B; 3FB5 C; 2YIC A; 3MAQ A; 1FD9 A; 3VBB A; 1DF5 A; 4J9Z B; 3TXS A; 4U3J A; 3OEH G; 3K03 A; 4NTW A; 3M8A A; 1WPX A; 5DM6 V; 4TWK A; 3EFF K; 3P30 A; 4X1K B; 2A3Q A; 1IZ3 A; 3QNE A; 3W7U A; 3JYC A; 3CPW U; 1QVF U; 3ZJZ A; 3IAY A; 3BY6 A; 3JAS A; 4TQF A; 3N27 A; 1ZTE A; 4LFA B; 4R6Z A; 1HW7 A; 4DR3 B; 1FAF A; 4O4J B; 4LWS A; 4L8J A; 3CME V; 2ZIM A; 4LBE C; 5L3F A; 4RQF A; 1DK1 A; 1FXH A; 1G6U A; 2H94 A; 4X89 A; 3HKC A; 4WBN B; 2QR4 A; 3SYA A; 4GZR B; 3CCV V; 1K5Q A; 2UXX A; 5LP6 A; 4FLZ A; 1S77 D; 2ZXW B; 2F43 G; 3SGI A; 4JZ2 A; 4O4I A; 4DV7 B; 2HVJ C; 4G28 B; 1CP9 A; 3WB1 A; 3AG4 B; 1L1F A; 3OR7 C; 3EVK A; 5IE9 A; 1GAX A; 3A0R A; 1KYO F; 1PL4 A; 4DV2 O; 2WLL B; 2P5O A; 3H1I H; 4DR5 O; 2UUB O; 4LFC B; 4W4L A; 1G8M A; 1XI1 A; 1AP5 A; 4FK5 C; 5JWP A; 4GLX A; 4LF4 O; 2CGN A; 1JJO A; 4UCO A; 2KKW A; 4JI3 O; 4ZI7 B; 4LF6 O; 2B9Z A; 1ORQ C; 3BCC H; 3A0H Z; 3CHX A; 3CJH A; 2JGU A; 5C8Y A; 3OAA G; 2WA3 A; 4EB6 A; 2DYR B; 4JYC A; 1Z2G A; 3E86 A; 3N2K B; 1Q6U A; 1SA0 A; 1QQC A; 1JFF B; 1Y74 B; 4BAY A; 3AK1 A; 4FM1 A; 5KA5 A; 5FLX N; 1NH2 D; 1RSO A; 3K9A A; 3H1K H; 3H1L H; 4IHJ A; 2PUS A; 1YXB A; 4O2B A; 1FFT B; 3ZN0 A; 3QVN A; 2QWN B; 1V9P A; 3RYC A; 4DR7 B; 4CC6 A; 4B3T B; 2XHB A; 1TUB B; 5BMV A; 4JI4 O; 4I50 B; 1OCZ B; 1FS0 G; 2NNU A; 1IUR A; 3KCX A; 4WFH A; 1XEQ A; 1H38 A; 4UB8 Z; 1IDS A; 3ABL C; 1JOY A; 4JYA B; 4JV5 B; 3ZN1 A; 4DV5 B; 4Q20 A; 3G4S V; 2BSK B; 3JSN A; 4AQY B; 3MHH C; 4FLX A; 2LP7 A; 3RW0 A; 1AJP A; 1XNQ B; 4QGP A; 1US6 A; 1SKV A; 4QE9 A; 3KG2 A; 2ADP A; 2NN4 A; 4DV4 B; 4DYL A; 4FFB B; 3RYF A; 1PM9 A; 4RWU A; 4DK0 A; 2EZO A; 1HNW B; 2QKC A; 5L3G A; 3CRQ A; 2JJ1 G; 4LFA O; 4ABM A; 4GT1 A; 1R73 A; 1N34 B; 4DR3 O; 2JEU A; 1L8D A; 1Q43 A; 4JGS A; 4QE7 A; 1L0L H; 4CC5 A; 3IJ4 A; 4Z1M G; 1KUQ A; 3S3W A; 4B08 A; 5LL6 Y; 2LGQ A; 4CS3 A; 5B3S B; 1NU1 H; 4LCU C; 5KX5 B; 4WFG A; 1BSM A; 1FFX B; 2CK3 G; 2KG7 B; 3JAL A; 3IFX A; 3ASO B; 2DOS A; 1SZX A; 5B1A B; 2UXN A; 5CMU A; 1R6N A; 3MHS C; 4I9W A; 1MSD A; 1IBL B; 4DV7 O; 4FMT A; 4X1I A; 1JJ2 U; 4LP8 A; 5LGN A; 3TET A; 1EBO A; 4Z1V A; 4DV6 B; 4LFC O; 3E8G A; 3HKE B; 1GN6 A; 1OZ0 A; 5B1A C; 4WFF A; 2RQ6 A; 4R8C A; 1X4T A; 4O4L B; 2IM9 A; 3O9O A; 4XBF A; 1K8A W; 1OHH G; 4UV9 A; 3E89 A; 2WA4 A; 1MMM A; 2DQ3 A; 4YXW G; 2ZE6 A; 1BHA A; 2RMK B; 2YID A; 5EC1 C; 2YXH A; 3U11 A; 2ETN A; 3DC6 A; 4MVQ A; 4NYK A; 3CCL V; 3EXA A; 5LMU B; 1H2N A; 5DED A; 1ENV A; 2QEX V; 2QM7 A; 2F66 C; 1N32 B; 1MSW D; 1YHQ V; 1OV9 A; 1N8R W; 2WLM A; 1PNL A; 1FKA O; 1RPO A; 4O2A B; 2VQF B; 4FLW A; 4DR7 O; 3SPC A; 4MTG A; 1P49 A; 4A5U B; 5IYD O; 4B3T O; 5EK0 A; 1G1X B; 2DE0 X; 2K1E A; 5IT9 N; 2XOK G; 1AR4 A; 2AHZ A; 1MNG A; 1BL8 A; 3QO7 A; 3L75 H; 5GTI Z; 5JCO A; 4MW8 A; 2QA4 V; 1BQZ A; 3JD4 A; 3VOU A; 1H2G A; 2HP8 A; 2WLI B; 5JH7 A; 5LXT A; 4IL6 Z; 5J2T A; 4JYA O; 3AG3 B; 4PEL A; 4JV5 O; 1OCC B; 2IJJ A; 1R6K A; 2ARH A; 2EBO A; 1R3K C; 4AQY O; 4LF8 O; 2AHY A; 3G67 A; 3ZCC A; 1XNQ O; 4I0X A; 5LYJ A; 5BR8 B; 1Y76 B; 2M6Y A; 2HLD G; 5EIB D; 1YJ9 V; 4DV4 O; 3CRM A; 3SJB C; 3G6E V; 1S0V A; 1H2M A; 1P84 F; 3OEE G; 3E22 A; 1J95 A; 1K3E A; 3K04 A; 3ZMS A; 4KP4 A; 5JJE B; 3SJQ C; 3AG3 C; 3B2E E; 1YIJ V; 4X20 B; 1GM9 A; 4X1Y B; 1YTF B; 1VF6 A; 1N34 O; 3CC2 V; 1BQ0 A; 2GUZ B; 2EIM B; 4DXW A; 3ZHS A; 2XT9 A; 3K5O A; 1SQV H; 4X1K A; 3L74 H; 3IC7 A; 4TOI A; 3C90 A; 3STZ C; 1SQB H; 2LQT A; 4PI2 A; 3OGC C; 3U10 A; 5KHJ A; 4X62 B; 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2F23 A; 1OCO C; 1P4R A; 3JD0 A; 1XIL A; 1N33 B; 4UCV A; 1VQ4 V; 2R72 A; 4IYI A; 2A9H A; 2BTQ B; 4ASU G; 1I5X A; 3ABU A; 2YS8 A; 3M7M X; 2OYQ A; 2ITD C; 5BR8 O; 1TUB A; 5CA3 A; 4I50 A; 4BR6 A; 4PI0 A; 4WFB V; 4X65 B; 3HB3 B; 3W7S A; 4DV3 B; 2V4D A; 1U97 A; 3WB2 A; 2VRZ A; 2DW4 A; 3HKD B; 4KXR A; 2P90 A; 3K0D A; 5IY5 B; 2R9A A; 1VQ7 V; 2QKS A; 2BSK A; 3ZRW B; 4HYO A; 1V55 B; 2OTL V; 2O57 A; 2N04 A; 3UO3 A; 2WSS G; 1SQP H; 2HHH B; 5IWA B; 2E74 B; 4JI5 B; 4DV0 B; 4FFB A; 3ABK C; 3FAV B; 2X6A A; 3CCS V; 2PYJ A; 3J80 N; 2MW2 B; 4BW5 A; 4NXM B; 5IY5 C; 1M1K W; 1TVK B; 1EZJ A; 2Q69 A; 5HFM A; 3QF7 A; 1V55 C; 3OM3 B; 4DR2 O; 2B1I A; 5LOV B; 3PJS K; 1FJG O; 4UVB A; 4B3R B; 4OGQ B; 3JSL A; 1B04 A; 4PD4 F; 1VQK V; 3X2Q C; 2KSD A; 2UU9 B; 4GKK B; 2ITC C; 5KLV H; 1W0J G; 4MVZ A; 5FPO A; 4DV1 B; 5JQG B; 1JQ0 A; 1M57 C; 1PPJ H; 1FFX A; 5CBF A; 2KG7 A; 1YZB A; 4NTX A; 4UCT A; 2B5U A; 3ETD A; 3GWO A; 2Q7H A; 1DGS A; 1K5S A; 3FB7 C; 4J10 A; 4MT8 A; 5EBM C; 1H2L A; 1CPY A; 4DRX B; 3AK2 A; 1WA8 B; 1R6T A; 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