The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
66
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structure length |
66
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Chain Sequence |
LSRVAGLEKQLAIELKVKQGAENMIQTYSNGSTKDRKLLLTAQQMLQDSKTKIDIIRMQLRRALQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of an SspH1-PKN1 Complex Reveals the Basis for Host Substrate Recognition and Mechanism of Activation for a Bacterial E3 Ubiquitin Ligase.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
E3 ubiquitin-protein ligase sspH1
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| molecule tags |
Ligase/transferase
|
| source organism |
Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
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| total genus |
25
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| structure length |
66
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| sequence length |
66
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature |
ec
2.7.11.13: Protein kinase C. |
| pdb deposition date | 2013-11-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF02185 | HR1 | Hr1 repeat |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | HR1 repeat |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2Q0O C; 1RFY A; 4DYL A; 1CXZ B; 1URF A; 2RMK B; 1UPG A; 4IGG A; 1US6 A; 4NB5 A; 2HJD A; 4NKG B; #chains in the Genus database with same CATH topology 5B1N A; 4B3R B; 2XAH A; 3JAR B; 5FPR A; 2UXC O; 1BCC H; 3DXR A; 4J41 A; 5L3D A; 3JD3 A; 3OT7 A; 1UFI A; 1IBK B; 2V1D A; 3JAM N; 1FAF A; 2ZXW B; 2ZKO A; 2K9P A; 1RM1 B; 4FM1 A; 2LGQ A; 3BHP A; 4F4L A; 2Q6A A; 4LFB B; 4GKK B; 1JJ2 U; 4QPK A; 3G80 A; 4J7Z A; 1OCC C; 1HNW O; 4YY3 B; 2E5L O; 3P3P A; 4FLW A; 3DC6 A; 4DV5 O; 2C2A A; 1PV0 A; 1SQB H; 3N2G B; 2AW9 A; 1J5E B; 5FLX N; 4LCU C; 4TV9 A; 1O9G A; 1Z2G A; 2ZNI A; 2R72 A; 3L75 H; 3K06 A; 1KKD A; 2P22 C; 4CH5 A; 2RN9 A; 1O9H A; 2Z0A A; 3IAY A; 5KUM A; 4D7T A; 5EYP B; 1WNS A; 2Y48 A; 4CC6 A; 3LUT B; 3N2K B; 4O2A A; 4DV3 O; 5B1B C; 2YDE A; 4O2B B; 4FLZ A; 1PD3 A; 3ZN0 A; 2XHB A; 1NTZ H; 3B77 A; 3CCE V; 1M90 W; 1HW7 A; 3ABL B; 3ABU A; 4NXM O; 4UVA A; 3E8H A; 1D5N A; 5CB4 A; 1IBL O; 1W0J G; 1VQK V; 5GTH Z; 1THZ A; 5CBH A; 4F6R B; 2EIJ C; 5JWP A; 1NU1 H; 2Q73 A; 4PI0 A; 2IBZ H; 2UXC B; 4LF8 O; 2PF4 E; 3E83 A; 2A3Q A; 2AHZ A; 1MAB G; 2IM9 A; 4UVB A; 1XHX A; 3RWR D; 4G28 B; 4KHP O; 4MW8 A; 3AK3 A; 2UU9 O; 1M9N A; 5EBW C; 1KP2 A; 1QLE C; 4HZ3 A; 4DR7 O; 2WLH A; 5HFL A; 3CC7 V; 1WB8 A; 3S3X A; 3FB7 C; 2E5L B; 1HNW B; 5F2V O; 5IT9 N; 1FJG O; 1IX9 A; 1GN6 A; 4ZHQ A; 4UFZ A; 1CXZ B; 4DV5 B; 5IYB O; 1GN2 A; 1SZT A; 1H38 A; 3DXR B; 2HHH B; 1AI4 A; 3JCZ A; 2FKX A; 4RQE A; 3L70 H; 1EN6 A; 1AR5 A; 1JPX A; 2XUM A; 4UUJ C; 1PNL A; 4TV8 A; 2CTP A; 3CRR A; 4DV3 B; 4JAA A; 4J80 A; 4BIZ A; 1S77 D; 4JZ2 A; 2DWE C; 2Q5Z A; 3L9D A; 2DE0 X; 2PY5 A; 1LUW A; 1N8R W; 1AR4 A; 4NXM B; 4TV9 B; 4LF7 O; 1S76 D; 1IBL B; 2OIE A; 2JGU A; 5LL6 Y; 1EZJ A; 2DYR B; 2P67 A; 1PP9 H; 3NXS A; 3LSQ A; 4O2A B; 4LF8 B; 2ZNJ A; 3CP1 A; 4J7J A; 1YVW A; 3P3N A; 3QVN A; 1XI1 A; 4KHP B; 1R73 A; 1V55 B; 3STZ C; 2UU9 B; 1VF7 A; 3TXQ A; 3W7S A; 3BRC A; 5CB4 B; 3CS5 A; 3MDS A; 5JCO C; 4DR7 B; 2NR5 A; 3I55 V; 1FJG B; 1ENV A; 2GV9 A; 4FLT A; 3FYE B; 4YHH O; 1ZL8 A; 5KAI Z; 3CRM A; 1ZUQ A; 4JV5 O; 3AG3 C; 2YC0 A; 2R9R B; 2QKS A; 2IU3 A; 2N04 A; 1K73 W; 1S3J A; 1V9P A; 4UCV A; 3AG4 B; 2W0X A; 4JI7 O; 4B3M O; 4UXN A; 2YIA A; 3LSS A; 2V4D A; 5H6Q A; 3JAS B; 3E22 A; 4RO2 A; 5LMU O; 4H0L B; 5B66 Z; 3TJT A; 1IZ3 A; 4PJ0 Z; 4LF5 O; 5BZB A; 1G8M A; 2FL4 A; 1EN4 A; 1ZSP A; 2P7T C; 3GB7 C; 4FM0 A; 2UUC O; 4UCO A; 4LF7 B; 4IHJ A; 5B3S C; 2YEV B; 1VQ7 V; 2PZS A; 5HFM A; 3K79 A; 3SYQ A; 3ZIA G; 3BY6 A; 5IYC O; 3CCR V; 1XHZ A; 1G1X B; 1WN7 A; 1GKF A; 1SQV H; 2Q67 A; 4U7O A; 1PL0 A; 4DV4 O; 2QKA A; 1WPX A; 3OFN G; 2JEX A; 4AIL C; 3B8M A; 4C7U A; 1RFY A; 1FXK A; 4H44 B; 4MS2 A; 1YJW V; 4OGQ B; 3SGI A; 2DYS C; 3QO7 A; 1OCZ B; 3F5T A; 1EM1 A; 4WFF A; 5IJ0 A; 1NS1 A; 2Y0P A; 3HKC A; 4MTG A; 2UUB O; 3EFF K; 4YHH B; 3K5L A; 3J7A U; 4JPR A; 1VAR A; 2AZ2 A; 2EIL B; 4L87 A; 3ASN B; 1ZTE A; 3KG2 A; 3L72 H; 1QBZ A; 4JV5 B; 2XAG A; 3CX5 F; 1WAZ A; 2XAQ A; 1L0N H; 4UB6 Z; 3ABK B; 4JI7 B; 4B3M B; 3K58 A; 4P30 A; 5DED A; 5B1A C; 5LMU B; 3VOU A; 1S5J A; 3ASO B; 4DK0 A; 2DOS A; 4LF5 B; 5JJE B; 3WG7 B; 1ZL8 B; 4FIP C; 1SA0 A; 2UUC B; 2QEX V; 1VQ5 V; 2PI4 A; 2WLM A; 4UB8 Z; 1AJQ A; 3C90 A; 2OCH A; 2QKC A; 1RP3 B; 1R3J C; 2DQ0 A; 3RYI A; 1JQ0 A; 4PA3 A; 3KCX A; 4ZOL A; 4B3S O; 4DV4 B; 3E22 B; 4F6E A; 2EIM B; 4AI8 A; 1GTO A; 2CTR A; 1HWY A; 2N74 A; 3WB2 A; 3THO A; 2BTO A; 4X9Q A; 1I5X A; 1VQL V; 3RFR A; 4IHJ B; 2L35 A; 5D5Q A; 1KC8 W; 2ITD C; 3J81 N; 3OR7 C; 2RJZ A; 2UUB B; 4CZZ A; 3RT3 C; 4KXR A; 1K5S A; 1VQO V; 1H8H G; 4PDM A; 5KAF Z; 4AQY O; 4W4K A; 4QE9 A; 4FPP A; 3TGU H; 1Q43 A; 1FXK B; 4FK5 C; 3Q4H B; 4CS4 A; 3MHH C; 3JSN A; 3H1I H; 2W0F C; 2EBO A; 4FLY A; 3RW0 A; 1NQT A; 4IYI A; 1AB3 A; 3HKC B; 1GH6 A; 4PA4 A; 4DV2 O; 1YTF B; 2DYR C; 4ZKI A; 5KX5 A; 4DV7 O; 1K9M W; 1NBM G; 1RSO A; 1WP7 A; 1N34 O; 1QVF U; 2H94 A; 4EB6 A; 1CPY A; 5JVD A; 3JAK A; 2DW4 A; 4JTA B; 1MOF A; 4PA7 A; 1EN5 A; 5B1B B; 3FB8 C; 2XAJ A; 4HYO A; 2WA4 A; 1XQ8 A; 5J2T A; 2IJJ A; 3HKE A; 3LNN A; 1V55 C; 2MW2 B; 4JTC B; 3ZRV A; 3P32 A; 3CCU V; 4B3S B; 3ZMT A; 2GBO A; 3RYC A; 1K5Q A; 1A32 A; 1VQ8 V; 4UV8 A; 1YEW A; 3AEI A; 2E74 B; 2FTK A; 1SA0 B; 1BT8 A; 3L71 H; 2E76 B; 1AI7 A; 3B40 A; 2ITC C; 3IGA C; 1WB7 A; 2Q4P A; 3FB6 C; 5IDJ A; 3CB2 A; 4JYA O; 1DK1 A; 2D3O W; 3VBB A; 1VP7 A; 4FMT A; 4DRX A; 3RYI B; 3AG4 C; 4ZOL B; 1DGS A; 1QLE B; 4AQY B; 5EZY A; 2YI9 A; 3ZJZ A; 1CP9 A; 3DTU B; 3HR0 A; 1US6 A; 4LNU B; 2BCC H; 3HKD A; 4J10 A; 2W6J G; 4PHZ A; 2Q0A A; 1IXM A; 4J11 A; 2UUA O; 1S5H C; 4JAU A; 1M5I A; 2OTL V; 2QA4 V; 4A5U B; 3M8A A; 4X8A A; 4DV2 B; 4WCE V; 2DJV A; 4DV7 B; 3D36 C; 1N34 B; 2ILM A; 3RVY A; 4KFM A; 4X20 B; 1KYO F; 1DF4 A; 1MSD A; 1H2N A; 1V54 C; 3KKY A; 1GM9 A; 4MSW C; 4HAM A; 1YHQ V; 3FKS G; 5CBG A; 1L8D A; 4R7C A; 4XDJ A; 2O57 A; 1KEC A; 5KX5 B; 4DR4 B; 3JAT A; 1RSO B; 2Q69 A; 2ZR2 A; 5B5E Z; 4P9P A; 4EB6 B; 1KKC A; 2A0L A; 3JAK B; 2EIL C; 3ASN C; 3ZCC A; 4DYL A; 4I50 A; 5J2T B; 3OD4 A; 2ZE5 A; 3HPL C; 4GUN A; 4D6T H; 3CD6 V; 3HKE B; 4JYA B; 1EZV H; 2XT9 A; 3B8N A; 3U0Z A; 4I9W A; 1SET A; 4R6Z A; 3ABK C; 3H1K H; 5CA0 A; 2JIZ G; 3AG2 B; 5EBL C; 5EK0 A; 3RYC B; 4I0X A; 3WB0 A; 4UCR A; 3OMA B; 1K8A W; 1GO3 F; 3D3Q A; 3ETQ A; 4UCS A; 4JAV A; 3G71 V; 2F95 B; 4TUY A; 5H9C A; 2Y4T A; 4X66 O; 1RPR A; 2EZP A; 1Q82 W; 1XBL A; 3JD0 A; 2IJI A; 2X0L A; 3ML0 A; 4DRX B; 2DQ3 A; 1BQ0 A; 3OUS A; 3JD2 A; 1TA8 A; 5EZY B; 4UV9 A; 5LA6 B; 3U10 A; 4X64 O; 1ZWI C; 4DR5 O; 1NH2 B; 2HVK C; 3MHS C; 4O4H A; 1W0K G; 3A0H Z; 1SQF A; 1YXB A; 3S3W A; 3HKD B; 4BIO A; 2LJ2 A; 3EXA A; 4DO2 A; 5B3S B; 3QF7 A; 3G67 A; 2CTW A; 1OCR B; 1XDC A; 4FZ0 A; 1G6U A; 1VQP V; 1K7D A; 3CRC A; 5KHI A; 2ETN A; 2IJH A; 3CWB H; 3M7M X; 4Z2W A; 1FXK C; 5KA5 A; 3CJH A; 3PN1 A; 2DYS B; 5K1P A; 4DK1 A; 1K3E A; 2WLK A; 3HKB A; 4N23 A; 5IY5 B; 5LGN A; 5CA1 A; 3JAT B; 1BGY H; 4I50 B; 5J2U A; 4X66 B; 1TUB A; 3FB5 C; 3AG1 C; 1N4C A; 1KD1 W; 3K0D A; 3RYH A; 4MTF A; 5GON A; 5EC2 C; 3H1L H; 5CA0 B; 5EBM C; 1P7B A; 1H8E G; 5B1A B; 4BW9 A; 4I0X B; 1JMK C; 3A8T A; 4LWS A; 4X64 B; 4NYK A; 4DR5 B; 1MZE A; 2F43 G; 5FPO A; 2HFE C; 3BPZ A; 1YCI A; 1QU7 A; 4JAS A; 5KUK A; 2IW5 A; 1BHA A; 4Q20 A; 2ZDI C; 4GT1 A; 2ZD9 A; 3H1H H; 1QQC A; 2ADP A; 2HG5 C; 3CE2 A; 1YIT V; 4LR3 A; 3VQX A; 4J7K A; 4NTY A; 2X7R B; 3W7T A; 2JRI A; 4O4H B; 3TCU A; 2D2C B; 2XND G; 2LQT A; 1F4N A; 3NR7 A; 2CUG A; 4IIJ A; 1KP3 A; 2PI5 A; 3W7W A; 3CCM V; 2XAF A; 4MT8 A; 2VQE O; 4LFA O; 2HEP A; 3G6B A; 1SZX A; 4X88 A; 1W2B U; 3D36 A; 1MZF A; 2WLI A; 5JQG A; 2CK3 G; 2Q7H A; 1NTK H; 2AXT Z; 2Q7E A; 3QTC A; 3W7U A; 1VF6 C; 1TUE B; 3CJH B; 3P30 A; 3OTF A; 1WP8 A; 3QNE A; 3LDD A; 1XNQ O; 2ZR3 A; 3AK1 A; 3HKB B; 4ZI7 A; 4GCZ A; 2AGA A; 2QWQ B; 4UVC A; 2CDY A; 2DMX A; 3CXH F; 3L73 H; 2HJD A; 1Y74 A; 1NT2 B; 5J2U B; 1TUB B; 1X4T A; 5IYZ A; 3E86 A; 4I5S A; 1E1R G; 4CH4 A; 3RYH B; 5GON B; 2HVJ C; 2CAZ C; 2R70 A; 1NKD A; 4FM2 A; 5IJ9 A; 3AG2 C; 1PKX A; 1K34 A; 4LWS B; 4D7S A; 4O4I A; 3K9A A; 4FJC C; 3ZRS A; 2CGO A; 3CXC U; 2UXD O; 5CBF A; 3E2E A; 4PA6 A; 1K92 A; 3BFR A; 2VQE B; 2ZE8 A; 4LFA B; 3F5W C; 1VIB A; 1FFT B; 2QWO B; 3R65 A; 3G6E V; 1R6K A; 1ZX3 A; 3FFQ A; 2VWJ A; 3CRA A; 3TET A; 2QTO A; 4DR3 O; 2K1E A; 4ZHQ B; 4B7K A; 1I0H A; 2AHY A; 1FKA O; 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1NZ6 A; 3VQV A; 2IH3 C; 2RQ6 A; 3T4D A; 4JYB A; 1ORQ C; 4NTX A; 5JJN B; 4MVU A; 2FML A; 4DR6 O; 2NNU A; 2Q8V A; 4PA9 A; 2JK5 C; 2B1I A; 2ODM A; 1HP8 A; 3OTO B; 5A2Q N; 1NJI W; 3OGC C; 3T4Z A; 1G4Y B; 2XAS A; 3SYO A; 3JAL A; 4PI2 A; 3SPJ A; 3SJC C; 1WA8 B; 1SQQ H; 1AP6 A; 3VQY A; 1U97 A; 1VF6 A; 4YJ3 B; 4JI5 O; 2FB5 A; 4MW3 A; 4X1Y B; 1LUV A; 4DR2 O; 2EJ7 A; 5KMG B; 2VQF O; 4B08 A; 5IJ0 B; 4DUZ B; 5LP6 A; 4DR1 B; 3CCL V; 3U11 A; 2P4K A; 1Q8I A; 3O65 A; 5TIS Z; 2HKO A; 3K9S A; 4WBN A; 1Y76 A; 3H01 A; 2G38 A; 3AG1 B; 3E8G A; 4FFK A; 1OV9 A; 2E75 B; 3E8F A; 3CPW U; 2H3O A; 3ZHV A; 4DV6 O; 2HP8 A; 3I56 V; 2WA3 A; 4EFB A; 2Z3Y A; 3OMN B; 5BXZ A; 4QIW F; 1Q7Y W; 1XMO O; 2CE4 A; 4K0K O; 1K33 A; 1IXB A; 2R9A A; 4DR6 B; 1SES A; 5ITZ B; 1AI5 A; 4OX9 O; 3GVM A; 3ZMV A; 4QPJ A; 2WLJ A; 3D8C A; 2M7W A; 2QTS A; 4RWU A; 2JJ1 G; 1WPB A; 5LOV A; 3AK2 A; 5CMU A; 4NVP A; 4JI5 B; 2JGD A; 5L3F A; 1JFF A; 2OWO A; 2PTM A; 1VQN V; 4DR2 B; 4BIU A; 2RCV A; 3BA9 A; 2VQF B; 3SPI A; 4KUM A; 4X1K A; 1GM8 A; 1IDS A; 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