The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
31
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| structure length |
87
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| sequence length |
87
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3J7A U; 4OX9 O; 5A2Q N; 2ZKO A; 4AQY O; 4LFC O; 3F5T A; 4DR3 O; 4JI7 O; 4LF5 O; 2UU9 O; 4JI3 O; 2AGA A; 4DV1 O; 3RT3 C; 1XMO O; 4X64 O; 4OPA A; 2VQE O; 5BY1 A; 2UUA O; 4LF9 O; 4GKJ O; 4DR4 O; 4X66 O; 1XMQ O; 4JV5 O; 1R6T A; 4JI8 O; 1FJG O; 4JI2 O; 4X65 O; 2UXB O; 4JI0 O; 3T1H O; 2UUB O; 1I94 O; 3T1Y O; 4DV3 O; 5LMU O; 2VQF O; 1FYJ A; 3SDL A; 4LF4 O; 4OPH A; 5BXZ A; 4K0K O; 4JI5 O; 3O65 A; 3J80 N; 4DUY O; 1HNX O; 4GKK O; 4DV0 O; 1HNZ O; 1D2D A; 5H5N A; 2N74 A; 2HHH O; 2UXC O; 2F4V O; 1NS1 A; 5FLX N; 4B3T O; 1XNQ O; 1YZB A; 4JI6 O; 4LF6 O; 1HNW O; 4DUZ O; 1AIL A; 3J81 N; 4DR2 O; 4JI1 O; 5LL6 Y; 2FKX A; 4DR5 O; 1IBK O; 4DV2 O; 4B3R O; 1AB3 A; 4YHH O; 4JI4 O; 4LFB O; 4A5U B; 2UXD O; 1IBL O; 1A32 A; 1N34 O; 1N36 O; 1J5E O; 5LMN O; 5IWA O; 4DR7 O; 4JYA O; 4YY3 O; 4DV5 O; 1IBM O; 5IT9 N; 4B3S O; 4KHP O; 3OTO O; 4DV6 O; 5BR8 O; 1G1X B; 2DJV A; 1DK1 A; 2LW7 A; 1XNR O; 2DOS A; 2UUC O; 2JRI A; 1R1B A; 2Z0A A; 1HR0 O; 4B3M O; 1X59 A; 4X62 O; 1F7Y A; 4LF8 O; 4LF7 O; 4DV7 O; 1KUQ A; 4NXN O; 4DR6 O; 1N32 O; 3JAM N; 2E5L O; 1N33 O; 1FKA O; 2ZM6 O; 4DR1 O; 3M8A A; 1XEQ A; 4LFA O; 4DV4 O; 3R66 A; 4NXM O; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GH6 A; 2YID A; 1NBM G; 4AQY O; 4K35 A; 4DR3 O; 4DW0 A; 5JJN B; 3JAW A; 1EN5 A; 4TWK A; 3ZMU A; 4XDK A; 1WA8 A; 3U10 A; 4NXN B; 1JR9 A; 4P9O A; 1YIT V; 2UXX A; 4EFB A; 3G67 A; 3HKC B; 2FB5 A; 4TUY B; 5KUM A; 5JWP A; 1NTK H; 3K57 A; 4U3J A; 2YIA A; 1Q6I A; 3SPC A; 1ZAU A; 2OIG A; 3T2M A; 4U7N A; 2BTQ A; 1K92 A; 5J2T A; 1NVP B; 3FYE B; 5IJ0 A; 1IVS A; 4GKK O; 4FVM A; 2QKS A; 2PYL A; 3D3I A; 3CMA V; 4DO2 A; 3CPW U; 4O4J B; 2OWO A; 4NXM B; 1M93 A; 4JI6 O; 1W0K G; 4DR3 B; 5E1A C; 2ZNJ A; 4R6Z A; 4ZI7 B; 1OCC B; 4WFE A; 3K0G A; 1BCC H; 1H2L A; 1N36 O; 5AG2 A; 2GUZ B; 2W0X A; 3ZIA G; 5H9C A; 1BGY H; 2QM4 A; 4JPR A; 3RYI B; 3JAT B; 4DUZ B; 2DYS C; 4X88 A; 3OTO O; 1TUB B; 1Y74 A; 3ZMV A; 3VBB A; 5IYB O; 5CB4 B; 3ZHQ A; 3CRR A; 3JYC A; 4DXW A; 4D6T H; 1JPX A; 1TVK B; 1Q81 W; 3H1J H; 1MZE A; 3RWR D; 1GM7 A; 1V55 B; 1THZ A; 4TV9 A; 2CTR A; 4DR1 O; 3LUT B; 1KEC A; 2IW5 A; 5JJJ B; 3RVY A; 4YJ2 B; 3J7A U; 2P4V A; 4KP4 A; 4W4K A; 1VQ4 V; 3F7V C; 2JJ2 G; 4YXW G; 1BHA A; 1N36 B; 1AR1 B; 4WFB V; 2GDS A; 1PKX A; 2BCC H; 2X6B A; 1KU9 A; 1WAZ A; 3E8H A; 2YEV B; 3HPL C; 1AP6 A; 4DRX B; 1FD9 A; 4JI8 O; 4JI2 O; 3A0H Z; 2PY5 A; 5CMU A; 2Q7E A; 3CC7 V; 1ENV A; 1GMG A; 4DK1 A; 3JAK B; 3N27 A; 3DXR A; 1FS0 G; 4LH7 A; 3E8F A; 3JSL A; 1R3L C; 1HNZ O; 1K7D A; 1WJZ A; 2IM9 A; 2Y48 A; 4X8A A; 2HHH O; 1OCZ C; 3CRQ A; 3LSQ A; 3B77 A; 2NN4 A; 5HFL A; 3WG7 B; 3N2K A; 3W7S A; 3UM7 A; 1YJW V; 2Q6A A; 1AR5 A; 1EBO A; 2AZ0 A; 1NKD A; 3JD0 A; 2ZDI C; 1IDS A; 1B6Q A; 2FML A; 4E4E A; 4J9Y B; 3ETE A; 2WAM A; 4DW1 A; 2W6I G; 3BA8 A; 3CSX A; 4JI8 B; 1VQK V; 3Q4H A; 3BY6 A; 3E86 A; 1SET A; 3RYF A; 3ZHT A; 3TXQ A; 2JS5 A; 3OMI B; 4ZBM A; 1QLE C; 3ABL B; 3HKB B; 2Z0A A; 3K03 A; 3K9S A; 4ZHQ A; 2LFS A; 4X20 B; 2HHH B; 2K9P A; 4DR6 O; 2IU3 A; 1QLN A; 2E76 B; 2KB1 A; 1AJQ A; 2G38 A; 1M57 C; 3GWK C; 3OTF A; 1Q7Y W; 2O57 A; 3X2Q C; 2YXY A; 4BIZ A; 2DW4 A; 4FFB B; 3UCS C; 4JI7 O; 2IH3 C; 3DC6 A; 3LDD A; 1L1F A; 4UCT A; 1DGS A; 3HKC A; 1O9G A; 4PA3 A; 3SYO A; 2LQT A; 2OCH A; 3RGB A; 4FZ0 A; 1NR1 A; 3THO A; 3SJQ C; 2A0L A; 4TT3 G; 4Z1V A; 3D36 C; 1NH2 D; 3ZBH A; 2QWO B; 5LHG A; 1H8H G; 5LXT B; 2PZS A; 4Z2W A; 3AG2 B; 4MVR A; 2EZP A; 2ZXW C; 2Q5Z A; 4O4J A; 4GX2 A; 2OCC C; 2QE7 G; 3IGA C; 1NTM H; 5LA6 B; 3VQV A; 5LGN A; 3ZMS A; 2MK3 A; 3T4D A; 4ZI7 A; 3CCQ V; 3OW2 U; 4EKW A; 4JI7 B; 4UCR A; 4FLY A; 1KP2 A; 3W7W A; 4DR5 O; 2GUZ A; 2HLD G; 4D7T A; 2XAQ A; 5IYD O; 4KFM A; 3SYC A; 3RYI A; 2H8P C; 5JCO A; 3JAT A; 1SQX H; 5IE9 A; 3ASN B; 1TUB A; 4NKG B; 1H2K A; 3ICX A; 3K04 A; 5CB4 A; 3K58 A; 4I55 B; 5B1B B; 2ZR2 A; 2P06 A; 4BIO A; 5IT9 N; 5IYC O; 1I5Y A; 1TVK A; 3AG2 C; 2YDE A; 1I7F A; 3FD9 A; 1ROP A; 4WFF A; 2JRI A; 2RNB A; 1DF5 A; 3G6B A; 4BWA A; 1SZT A; 4YJ2 A; 1YXB A; 3STZ C; 3L71 H; 4YIP A; 1D5A A; 3OAA G; 4OX9 O; 3D8C A; 4DR5 B; 3ZRS A; 1NVP D; 5EYP B; 5EC1 C; 2XHB A; 4B08 A; 1DF4 A; 1R3I C; 2KKW A; 1SF9 A; 4O2B B; 2QM7 A; 3RT3 C; 3STL C; 2YEV A; 3SPJ A; 3ZRV A; 1H2G A; 2P90 A; 1R3K C; 5B1O A; 3FB7 C; 2UUA O; 4LF9 O; 2HR3 A; 3C3T A; 3L75 H; 3APQ A; 3VOU A; 5BMV B; 3JAK A; 1URF A; 3CWB H; 4X1K B; 5K1X A; 2DWE C; 4PDL A; 5E79 Z; 1Q82 W; 2QDO A; 3SYA A; 1B04 A; 3ETQ A; 3QF7 A; 1SQB H; 5J2U B; 2RDC A; 2PTM A; 1S77 D; 1QNM A; 2XND G; 4O2A B; 3CRC A; 4JYB A; 2CUG A; 2UUA B; 1J5E O; 1TAE A; 3OM3 B; 1VF6 C; 3IC7 A; 5LP6 C; 3D36 A; 3CXH F; 3AG3 B; 1QHT A; 1OHH G; 4JAU A; 4CS3 A; 3T1C A; 1KKC A; 2DJV A; 2LW7 A; 1IUR A; 2QJ1 A; 4X20 A; 2CTW A; 3QTC A; 5EBM C; 2HFE C; 2ZE5 A; 4B3M O; 2Q7G A; 4IHJ B; 5CA3 A; 3FKS G; 4X62 O; 3ABM B; 2ZM6 O; 4FFB A; 4B3S B; 1QBZ A; 1FXK B; 5DN6 G; 4UCO A; 3TXS A; 4DV4 O; 5FNV A; 4MTX A; 3TET A; 1BHB A; 1WP7 A; 1MNG A; 3ABK B; 4LF5 O; 1Q3E A; 1CP9 A; 5GTH Z; 5JVD B; 1S72 V; 1XMO O; 2YSU B; 1J5E B; 3SGI A; 5CA1 B; 4TQF A; 3ZRX A; 3CC2 V; 3BA9 A; 4NB5 A; 1I5X A; 2XAG A; 4JV5 O; 2ZD9 A; 2EIN B; 2ZE8 A; 5LXT A; 4CS2 A; 1MG1 A; 1VQO V; 5KA6 A; 2HVJ C; 3SR2 C; 3KCX A; 3T1H O; 1S5J A; 4DV3 O; 3P30 A; 2HEP A; 1ORQ C; 1GO3 F; 5KX5 B; 1F4M A; 5LA6 A; 4K0K O; 1F51 A; 4X62 B; 4DUY O; 1TA8 A; 1D5N A; 3CYO A; 1VQ6 V; 2F93 B; 2R9A A; 2ZM6 B; 3AG1 B; 4LWS B; 4MTF A; 3BEH A; 1CEZ A; 4B3T O; 3OGI B; 4X65 B; 3T1Y B; 5JQG B; 4LF5 B; 4WFG A; 5LL6 Y; 4I7Z B; 3ZED A; 3G80 A; 3K3W A; 4G27 B; 4L8J A; 1JMK C; 2B1G A; 4J10 A; 1SQQ H; 5KHK A; 3GB7 C; 1A32 A; 4I55 A; 4X1Y B; 5B1A B; 1G4Y B; 5BZB A; 3ZX6 A; 2EUL A; 4JV5 B; 2JEX A; 3GWO A; 3T1H B; 4DV3 B; 2ATK C; 1EZJ A; 3L9D A; 3SYP A; 1BL8 A; 4WBN B; 1BZK A; 2XT9 A; 1ZSP A; 2H94 A; 3BVO A; 1FPO A; 4K0K B; 4O4I B; 1PL0 A; 4R8C A; 4DUY B; 4F6R A; 4QPK A; 2CE4 A; 4NXN O; 2OTL V; 4YY3 B; 2XUM A; 4I4T B; 1FKA O; 5EYP A; 3FB6 C; 5H6Q A; 4PA6 A; 1FXV A; 1Q8I A; 1M1K W; 1US6 A; 4K3A A; 2CTQ A; 4I5S A; 2WA3 A; 3DGE A; 4MS2 A; 1TGO A; 1YVW A; 2Z3Y A; 2PI5 A; 5IDJ A; 1VP7 A; 4JGS A; 5BMV A; 3RW0 A; 3TJT A; 3HB3 B; 2F95 B; 2IJK A; 1P49 A; 1XL6 A; 1JJ2 U; 4X1K A; 2UXB O; 4JI3 B; 2WA4 A; 3AG4 B; 3PN1 A; 3QO7 A; 3W7X A; 4LF4 O; 2L35 A; 4NVP A; 5EIB D; 1N4C A; 4YIO A; 1D2D A; 3WB2 A; 2DYR B; 5L3G A; 5J2U A; 1TUE B; 1PNK A; 3MD0 A; 4MVM A; 2W0F C; 4O2A A; 3A8T A; 4DUZ O; 2KSD A; 3ZS8 C; 3CD6 V; 5GTI Z; 4I50 B; 4LH6 A; 4AIL C; 3SJA C; 4AI8 A; 4CZZ A; 1R6K A; 3BHP A; 1R73 A; 3LNN A; 4ZKI A; 5CA0 B; 2UXB B; 3I56 V; 2K1E A; 3JAL B; 3AG4 C; 3ASO B; 1VAR A; 5IJ9 B; 1IBK B; 4IHJ A; 1EFR G; 3UO3 A; 3ZRW B; 4LF4 B; 1YJ9 V; 4U7O A; 4I9Q A; 1W0J G; 5TIS Z; 1XDC A; 2V7Q G; 3F5W C; 1YHQ V; 1FXK A; 4KUM A; 4LF8 O; 3B2E E; 3CB2 A; 3A0R A; 1IBM B; 3P3P A; 4P9P A; 1XEQ A; 1RM1 B; 3DSQ A; 4LFA O; 2RQ6 A; 5JVD A; 3G71 V; 2JIZ G; 1SC5 B; 1KKD A; 3H9V A; 5CA1 A; 2P67 A; 1VQM V; 1QR9 A; 1SQG A; 1ARO P; 2IU0 A; 4WCE V; 2OT5 A; 2QKC A; 1YJN V; 2QGN A; 2XAS A; 4GUN A; 5D5P A; 1XMQ O; 2ITD C; 3ASO C; 1MOF A; 2HP8 A; 5KX5 A; 2EBO A; 3B8M A; 2UU9 B; 4K8Z A; 2RN9 A; 2R70 A; 4JTA B; 1NJI W; 3CJH B; 1OCC C; 3B8N A; 3ABT A; 3D3Q A; 2A7W A; 5EBW C; 1BQ0 A; 1BS3 A; 4LWS A; 3O65 A; 4LF8 B; 2YC0 A; 2A3Q A; 2EIK B; 2DMX A; 5KMG B; 4DV0 O; 5JCO C; 5JQG A; 4X66 B; 1IX9 A; 1WP8 A; 3GVM A; 2XAF A; 4GZR B; 4LFA B; 2Y0P A; 4FIP C; 3L72 H; 4YJ3 B; 5IY5 B; 2GSM B; 5EZY B; 4X1Y A; 4I9W A; 4YHH O; 1Z5W A; 2QWR B; 2ETN A; 1BE3 H; 1V55 C; 3UT5 B; 2V4D A; 4XDJ A; 1GTO A; 4IYH A; 5IWA O; 3EVK A; 1XMQ B; 1VIB A; 3VQW A; 5C8Y B; 5KHJ A; 4WBN A; 4CC6 A; 2GHY A; 4O4I A; 3OE7 G; 2N05 A; 2QR4 A; 3ZN0 A; 4UB6 Z; 4HZ3 A; 1IBL B; 1YEW A; 2FL4 A; 2OIE A; 3CS5 A; 4I4T A; 1X59 A; 3L74 H; 2ZT9 B; 4DV0 B; 2XTA A; 3OEE G; 2QEX V; 4LF7 O; 2Q8V A; 1JFF B; 2Q0A A; 4RQF A; 2CGO A; 3K06 A; 1WNS A; 3JSN A; 3K5M A; 3JD2 A; 2ZE7 A; 3C90 A; 5L3E A; 2WLN A; 1COW G; 4DV6 B; 1XOU A; 4ZOL B; 5KAI Z; 3LNM B; 5A2Q N; 2ZKO A; 2EIM B; 4HBN A; 4RAI A; 1XRE A; 4YHH B; 2CTP A; 1V54 B; 2AGA A; 1YF2 A; 1GK9 A; 3ZMT A; 1K3E A; 5IWA B; 2NLJ C; 5LHI A; 3N2G A; 1S76 D; 3WG7 C; 1VF5 B; 3EFF K; 3JAS B; 3OUS A; 1OCR B; 3RVZ A; 5L3D A; 3APO A; 3NR7 A; 1FFT B; 3OT7 A; 4CH3 A; 5LMU O; 2QSA A; 3MHH C; 2N04 A; 4E2L A; 1Q6H A; 4JAV A; 1EM1 A; 4O4H B; 4I0X B; 2ARH A; 4FLX A; 1CPY A; 4TUY A; 4LF7 B; 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1ZTE A; 4UVA A; 5B1B C; 5EZY A; 4ZIB A; 4PDR A; 3M99 B; 3I55 V; 2R72 A; 3WU2 Z; 2B9Z A; 3UT5 A; 1FAF A; 4DV1 B; 4JI5 B; 5LGT A; 1QU7 A; 2PYJ A; 2Q9L A; 4FLT A; 1G6U A; 4OGQ B; 2LGW A; 1NU1 H; 2WLK A; 2JGU A; 4DR7 O; 4JYA O; 5IYZ B; 1OZ0 A; 4DV5 O; 1KD1 W; 4H44 B; 5KHI A; 4B3S O; 4MTO A; 3E22 B; 5KHG A; 5LOV B; 4MVQ A; 1DK1 A; 1AJN A; 4LFB B; 3JAR B; 1JFF A; 3VQX A; 1Q43 A; 2QA4 V; 1AVM A; 2QWN B; 2ITC C; 1GAX A; 2QTS A; 3JAW B; 3H1I H; 4ZOL A; 1GRJ A; 2E5L O; 3SPI A; 2A06 H; 2VS0 A; 4JTD B; 2YIB D; 2EJR A; 1WLE A; 2ADQ B; 3R66 A; 3HKB A; 4JTC B; 5DM6 V; 1XNR B; 3I5D A; 1L0L H; 1SQV H; 4Q20 A; 1HW7 A; 1SA0 B; 5J9P C; 1VQN V; 2ILM A; 2JS3 A; 4FLZ A; 5J2T B; 1MSD A; 4DR7 B; 4JYA B; 3ZN1 A; 3ETD A; 1YCI A; 4DV5 B; 4X9Q A; 5FL7 G; 5GW7 A; 4O4H A; 4X65 O; 4I0X A; 4N23 A; 1HDJ A; 3T1Y O; 5GON B; 2EIL B; 3WFV A; 1PNM A; 2JDI G; 1AI6 A; 3SDL A; 3K08 A; 4KXR A; 1Y66 A; 3J80 N; 4H37 A; 1M5I A; 2E5L B; 2WLL B; 1Y76 A; 1K73 W; 3AG3 C; 3ZMZ A; 1W2B U; 2JGD B; 4JI0 B; 4LNU B; 3HR0 A; 1YTF D; 1P4R A; 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