The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
84
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structure length |
84
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Chain Sequence |
CKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Role of N-terminal helix in interaction of ribosomal protein S15 with 16S rRNA.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| source organism |
Thermus thermophilus
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA FRAGMENT
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| total genus |
27
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| structure length |
84
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| sequence length |
84
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-01-22 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1DK1 A; 2VQF O; 1F7Y A; 3T1Y O; 4X62 O; 4NXM O; 1HNZ O; 4DV2 O; 1AB3 A; 5BY1 A; 1I94 O; 1X59 A; 1D2D A; 1J5E O; 5BR8 O; 2UUA O; 3RT3 C; 4DV5 O; 2UXC O; 4DR4 O; 1AIL A; 4B3T O; 2DOS A; 1XEQ A; 3JAM N; 4AQY O; 4GKK O; 4A5U B; 1N36 O; 4JI8 O; 2ZM6 O; 4X66 O; 5IWA O; 5LMN O; 1KUQ A; 4DR5 O; 4OX9 O; 3J7A U; 3J80 N; 1R6T A; 4JI0 O; 2ZKO A; 4DV7 O; 3O65 A; 2E5L O; 4JI5 O; 5A2Q N; 1FKA O; 4LF5 O; 5LMU O; 1IBK O; 1IBL O; 4DR2 O; 4LF6 O; 4B3M O; 4JYA O; 4LFB O; 2JRI A; 1IBM O; 4DR7 O; 4X64 O; 4OPA A; 4B3R O; 3F5T A; 1N34 O; 4GKJ O; 2UXD O; 1FYJ A; 4DV6 O; 4B3S O; 1YZB A; 4OPH A; 2UUB O; 4LF4 O; 2DJV A; 2HHH O; 4DV0 O; 1G1X B; 1XMO O; 1XNQ O; 4JI2 O; 4JI7 O; 2F4V O; 2VQE O; 1NS1 A; 4DR3 O; 5LL6 Y; 2UUC O; 1FJG O; 4K0K O; 4JI4 O; 1XMQ O; 4LFA O; 2LW7 A; 5FLX N; 4DR1 O; 5H5N A; 2N74 A; 3R66 A; 4JI1 O; 3OTO O; 4KHP O; 1N32 O; 4DUZ O; 4DV1 O; 4DV4 O; 2AGA A; 3SDL A; 1N33 O; 4LFC O; 1HNW O; 3T1H O; 3M8A A; 1XNR O; 4JV5 O; 4YHH O; 4JI6 O; 5IT9 N; 1R1B A; 4DV3 O; 4DR6 O; 4LF9 O; 4YY3 O; 2UU9 O; 1HR0 O; 4JI3 O; 2UXB O; 4X65 O; 1A32 A; 4NXN O; 4LF7 O; 1HNX O; 3J81 N; 2FKX A; 2Z0A A; 5BXZ A; 4LF8 O; 4DUY O; #chains in the Genus database with same CATH topology 1QR8 A; 1NJI W; 3KKY A; 2WLM A; 3JAW B; 2AHZ A; 2XAJ A; 4K3A A; 4NXM O; 3WG7 C; 4XDK A; 4I4T A; 3E22 B; 3K0G A; 4MW8 A; 4MT8 A; 2FML A; 1K9M W; 1VF6 A; 2CTP A; 3CJH B; 1ZUQ A; 2Q7E A; 3JD1 A; 1LNQ A; 3N2K B; 4UXN A; 2QDO A; 4GKK O; 2AZ2 A; 3JAL B; 2EIJ B; 2F43 G; 4UB8 Z; 4OX9 O; 2YIB D; 1AP6 A; 3ASN C; 4FFK A; 3AK2 A; 2CTQ A; 4LFA B; 1WB7 A; 2L35 A; 3ZHS A; 2E5L O; 5J2U A; 2Q7G A; 4PI0 A; 4MTG A; 1VQL V; 4UV9 A; 2EIL B; 4FLY A; 1DF4 A; 4X64 O; 1QVF U; 4OGQ B; 4TV8 B; 5IY5 C; 3EXA A; 4GKJ O; 2YEV B; 2UUB O; 1JR9 A; 1KB9 F; 1G1X B; 5IYB O; 1MZE A; 2K9P A; 3B8M A; 3BA8 A; 5JVD A; 2R72 A; 5KMG B; 2GV9 A; 2Y4U A; 5L3F A; 4IYI A; 3JAW A; 4X62 B; 3E22 A; 3CRR A; 4DV2 B; 1SF9 A; 3CJH A; 2ZT9 B; 4JI1 O; 4BIU A; 4N21 A; 1KBH A; 1RM1 B; 2UUA B; 4DK1 A; 4DV1 O; 1YJW V; 1K73 W; 3D36 A; 3N2K A; 4YHH O; 4NTW A; 4FK5 C; 2FB5 A; 2P6J A; 4BIO A; 3JAL A; 3M7M X; 2GUZ B; 2R70 A; 1R1B A; 3P3P A; 1XIL A; 5DEC A; 5GW7 A; 3K79 A; 4WFF A; 4DV7 B; 4NXN O; 1W0K G; 3G6E V; 1KYO F; 1JCH A; 4GX1 A; 1S77 D; 1YXB A; 1GH6 A; 4MTF A; 2A7W A; 2IH3 C; 4B3M B; 2QA4 V; 3BRC A; 1FS0 G; 1NT2 B; 4TV8 A; 1QBZ A; 1N34 B; 3F7Y C; 2YEV A; 2ZDI C; 1XL6 A; 1FXH A; 1AIL A; 3OAA G; 3OGC C; 5LGN A; 3JCU Z; 1VQ7 V; 5KMG A; 5LHH A; 4TOI A; 1OCC B; 1Q6H A; 3X2Q B; 2OCC B; 4GX0 A; 3ABL C; 3BHP A; 4PA9 A; 1AI6 A; 2BOB C; 3R65 A; 2JIZ G; 3CSX A; 3EHB B; 3WU2 Z; 3H1H H; 5A2Q N; 1FKA O; 1SZX A; 2BSK B; 5KLV H; 4LFC B; 1KP3 A; 4TUY B; 1OCR C; 4B3R O; 2GUZ A; 4MVR A; 3G4S V; 3H1L H; 1R3J C; 1HR0 B; 1EN4 A; 4BWA A; 3KCY A; 1FD9 A; 5KHK A; 1H2K A; 2XAQ A; 4H37 A; 1AR4 A; 3LNN A; 4R6Z A; 5LP6 C; 2VQF B; 3T1Y B; 4QJF B; 4N23 A; 5EZY B; 3JSN A; 3RFR A; 3H9V A; 4DUZ O; 2DQ0 A; 3JAK B; 1EM1 A; 2DQ3 A; 2KSD A; 2QJ1 A; 3OD4 A; 3LNM B; 3DXR B; 2ZR3 A; 5CB4 B; 2GDS A; 4ZIB A; 3JD0 A; 1XHX A; 3M99 B; 1H2L A; 2JK5 C; 1YTF D; 3WB0 A; 1GK9 A; 2Q68 A; 3ABM B; 3SJA C; 2PYL A; 5TIS Z; 4GYC B; 3BCC H; 2EIN B; 3BAB A; 4QNH B; 2BSK A; 3BEH A; 3Q4H B; 4TUY A; 4CS4 A; 4Z1V A; 1URF A; 2LFR A; 3RYF B; 1K5S A; 2XOK G; 5LMN B; 4FLV A; 1R73 A; 4FLW A; 2N04 A; 2Q9L A; 2P5O A; 1FXK C; 2PI5 A; 4RO2 A; 3RYH B; 4A5U B; 2ZNJ A; 5B1N A; 4JI8 O; 3FAV B; 1SS3 A; 2ETN A; 3CCS V; 4JYA B; 2Q0A A; 1XL4 A; 5EZY A; 2QM8 A; 1NTK H; 3KCX A; 3A0B Z; 4NTX A; 3JAK A; 3K3W A; 5KA5 A; 3DXR A; 5CB4 A; 1AJP A; 3L72 H; 1JJ2 U; 1FYJ A; 1WJZ A; 4RUE A; 1S72 V; 4LF4 O; 2Z3Y A; 4FIP C; 5EC1 C; 2P90 A; 5EIB D; 2Y4T A; 4I0X B; 4ZHQ B; 2VQE O; 2QKA A; 3G71 V; 1M5I A; 2CE4 A; 3VQW A; 3Q4H A; 2IH1 C; 2V7Q G; 2VRZ A; 5FLX N; 1JJO A; 3IFX A; 3B09 A; 3E8F A; 3OMI B; 3RYF A; 1XQ8 A; 1F23 A; 3L71 H; 1V55 C; 2AGA A; 3SDL A; 2Q0O C; 3AG2 B; 1L1F A; 2X0L A; 3AG1 B; 4JF3 A; 4YY3 B; 4AQY B; 3RYH A; 4JV5 O; 1U97 A; 3RVZ A; 4UVA A; 1SQP H; 3FAV A; 3E89 A; 5B1O A; 5JWP A; 4E4E A; 3IAY A; 2UXB O; 2FYU H; 1S76 D; 1JX9 A; 5J9P C; 5LGU A; 4G2K A; 3AG3 B; 4JYC A; 1IXB A; 2OYQ A; 2DE0 X; 1K33 A; 5BR8 B; 5B3S B; 4Z2W A; 1JVM A; 1YCI A; 3DC5 A; 1AB3 A; 1B06 A; 1GM7 A; 4WBN B; 1SQX H; 3ABK B; 3RT3 C; 1PP9 H; 3ABT A; 2HHH B; 1Y74 B; 3ETD A; 1PM9 A; 4DV0 B; 4I0X A; 4YJ2 B; 4ZHQ A; 4LP8 A; 4CS3 A; 1J95 A; 2DWD C; 2IM9 A; 3JAR B; 4PV1 B; 2D2C B; 2B1G A; 2OTL V; 2LW1 A; 2ZM6 O; 5CA0 B; 1N4C A; 1XOU A; 3JSL A; 4K0K B; 5KA6 A; 4JI0 O; 2NNU A; 1NR7 A; 3SPG A; 2DYR C; 4WFG A; 1N32 B; 1KMI Z; 4OXS A; 1M93 A; 3CC4 V; 2WA4 A; 2KKW A; 2JEX A; 5L3E A; 1R6K A; 2QWO B; 3UM7 A; 4CH4 A; 1EZV H; 1M9N A; 1NVP B; 2XHB A; 3DC6 A; 3P30 A; 3ZBH A; 4J9Z B; 2ZE7 A; 3CWB H; 2RCV A; 2BOC C; 1M57 B; 4WBN A; 2WLJ A; 2EIM C; 3RWR D; 2MW2 B; 3CRA A; 3ZRV A; 1JFF B; 3G67 A; 4X1Y B; 3IGA C; 3OT7 A; 4F4L A; 1M56 B; 2UXC B; 1Y74 A; 1O9H A; 1RPR A; 2BCC H; 3ZHQ A; 3UT5 B; 4YJ2 A; 3T1H O; 1K97 A; 3T2M A; 4TQD A; 3VQV A; 5EBW C; 1WLE A; 1ZAU A; 1VQP V; 2MK3 A; 5CA0 A; 4BW5 A; 2H8P C; 3ZIA G; 5KX5 B; 2WAM A; 4B08 A; 4X65 O; 3K0D A; 4I55 B; 4MSW C; 5BMV B; 3ZHU A; 2WA3 A; 3ZN0 A; 4LF8 O; 4FVM A; 5DED A; 2C2A A; 2QM4 A; 1P4R A; 2ZE5 A; 3JD4 A; 3AK3 A; 4MVM A; 3ZRS A; 3VQY A; 1AR1 B; 3IJ4 A; 3F5W C; 4QE9 A; 4B3T O; 4MVS A; 1XEQ A; 1BQZ A; 1S5J A; 1NTZ H; 4F6E A; 1U96 A; 2GBO A; 2IU3 A; 2EZP A; 4J11 A; 5LMU B; 4DYL A; 1BT8 A; 3AG7 A; 3O65 A; 4DR7 B; 1JFF A; 4IT5 A; 4X1Y A; 2UXX A; 4KHP B; 1V54 B; 2V4D A; 1LUV A; 2QKS A; 1DLB A; 1OCO C; 2W0X A; 1IBK O; 1I5Y A; 3W7X A; 4DR2 O; 3UT5 A; 4LF6 O; 4LFB O; 4X1I B; 1WP7 A; 4ZKI A; 3OE7 G; 2KQX A; 5LGT A; 1H8H G; 1Y6X A; 1AR5 A; 5KX5 A; 1KKC A; 1VF7 A; 1QLN A; 2DJV A; 4I55 A; 5BMV A; 2OCH A; 1NS1 A; 2AZ0 A; 3CXH F; 4UCU A; 1YJ9 V; 2ADQ B; 1Y76 B; 1VQK V; 3FB6 C; 3P32 A; 3ETE A; 1NTM H; 1XDC A; 5KHH A; 1ZLZ A; 1YF2 A; 1KU9 A; 5AG2 A; 1TA8 A; 4DR6 B; 3C90 A; 4FZ1 A; 5H6Q A; 3UO3 A; 3T4Z A; 2A3Q A; 5B66 Z; 1IZ3 A; 1QVG U; 3SPI A; 3ML0 A; 3GB7 C; 2ADP A; 1NQT A; 3H1K H; 1DTO A; 4IIJ B; 3RN4 A; 1A32 A; 3OR7 C; 4ZOL B; 1K4C C; 3DSQ A; 4BR6 A; 1QU7 A; 1EFR G; 1V9P A; 3ICX A; 5KHG A; 4X1I A; 4PA6 A; 2QM7 A; 4UCT A; 4QIW F; 2JVD A; 4H44 B; 2E74 B; 2XAS A; 4DV6 B; 2LP7 A; 3L74 H; 4CH3 A; 4NYK A; 3FFQ A; 1N36 O; 2WLI B; 3E35 A; 2N05 A; 3RVY A; 3ZRX A; 1Y76 A; 1CPY A; 5L3C A; 4KL1 A; 4J10 A; 5C8Y B; 4FLU A; 1M90 W; 1N33 B; 2ZNI A; 5B1A B; 3WB1 A; 3HB3 B; 3D36 C; 3FX7 A; 4OPA A; 3RYC B; 1Q86 W; 2EIJ C; 4P2Z A; 4IIJ A; 2E76 B; 4O4L B; 1XRE A; 3CMA V; 3W7S A; 4ZOL A; 5GTH Z; 3LSS A; 1VQ4 V; 4LR3 A; 1BZK A; 2DYS C; 3CRM A; 5L3B A; 4PD4 F; 1HNZ B; 5KUM A; 1H38 A; 3HKC B; 2JJ2 G; 5C93 A; 3OM3 B; 4JYB A; 3ASN B; 2HFE C; 3CEI A; 3UCS C; 1E1R G; 4ZI7 B; 2ZXW C; 3JAT B; 1Q43 A; 1HNW O; 2PY5 A; 3M8A A; 4Z1M G; 2HVK C; 1ZL8 B; 4UVB A; 5EC2 C; 1P7G A; 2WLI A; 3K06 A; 3QNE A; 5IT9 N; 2YI9 A; 2JGU A; 1MAB G; 3W7T A; 4FFB B; 3CCR V; 4JPR A; 2Y69 C; 4J7K A; 2UU9 O; 4I7Z B; 5IY5 B; 3E8H A; 4NTY A; 3FB7 C; 3LSU A; 4LF7 O; 2GSM B; 4EKW A; 5LOV B; 2Z0A A; 4QPK A; 1J5E B; 5IJ9 B; 4DUY O; 2P06 A; 1YI2 V; 1F7Y A; 4AI8 A; 4J7J A; 3RYC A; 2WWW A; 3SJB C; 1UPG A; 1COW G; 2YXL A; 5IWA B; 5JQG B; 3B77 A; 4O4L A; 3ZHR A; 4DR4 O; 2EJR A; 4RQF A; 5KHJ A; 1RSO B; 2F4V B; 2ZCE A; 2KG7 B; 4GUN A; 5LMN O; 1NH2 B; 4EB6 B; 4R7C A; 3OTF A; 3J80 N; 2ZKO A; 1AJN A; 1XMQ B; 1HWY A; 1Y66 A; 2BTQ B; 3HKC A; 4MTX A; 1XUQ A; 2R9R B; 4ZI7 A; 3SPH A; 3JAT A; 2ATK C; 4JYA O; 2JRI A; 1ZL8 A; 1B3Q A; 1NI8 A; 1SKV A; 3MD0 A; 4RAI A; 2QSA A; 4IHJ B; 1Q6U A; 4FFB A; 4KFM A; 3K04 A; 4ICG A; 1E1Q G; 4DV3 B; 4OPH A; 3CCU V; 2WLL B; 2QTS A; 3B8N A; 4MTO A; 4JI7 O; 5LOV A; 2XTA A; 5IJ9 A; 4L87 A; 4FM0 A; 5FPO A; 3K57 A; 3N2G B; 5JCO C; 3CCJ V; 3ZMU A; 3H01 A; 1SC5 B; 3APQ A; 5H5N A; 3K5O A; 3SYP A; 1BGY H; 5JQG A; 3OFN G; 2QTO A; 5CN0 A; 1JPX A; 4UCS A; 2KG7 A; 4EB6 A; 4CH5 A; 4KP4 A; 4OX9 B; 2HR3 A; 2PI4 A; 4LF9 O; 4YY3 O; 1OCR B; 2AHY A; 2BTQ A; 3EVK A; 3HR0 A; 4AHC A; 1Q6I A; 4K8X A; 2E5L B; 2QWN B; 1JOY A; 1KKD A; 2QKC A; 3SPJ A; 5D5P A; 4DW1 A; 1XI1 A; 4BIZ A; 2Q7H A; 4DXW A; 2W6J G; 1VQ6 V; 2CAZ C; 2NLJ C; 4X64 B; 4IHJ A; 2P4K A; 1I94 O; 1Q90 D; 1X59 A; 1ZX3 A; 5LP6 B; 4GKJ B; 5BR8 O; 1ZSP A; 2A0L A; 2UUB B; 2WLL A; 1SES A; 3JAM N; 1SRY A; 3ABM C; 2ZDI A; 4XDJ A; 4B7K A; 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3CYO A; 2LGW A; 1FXK A; 1R6T A; 1KC8 W; 4I50 B; 5CBF A; 3OR6 C; 3L73 H; 4JTA B; 1B04 A; 2Y0P A; 4ASU G; 2CH7 A; 1NR1 A; 4DUZ B; 5LMU O; 1K8A W; 4B3S B; 4HAM A; 3ABK C; 2EUL A; 3I56 V; 4DR7 O; 3C3S A; 3BVO A; 1JA8 A; 2IBZ H; 5BZB A; 1M1K W; 3GVM A; 5DM6 V; 4BW9 A; 5H2F Z; 4QGP A; 3SPC A; 4UUJ C; 4MVZ A; 4WFA V; 1XMO O; 4FPP A; 4JI2 O; 4L8J A; 1S5L Z; 1H2S B; 4JTC B; 2WLH A; 4JTD B; 1K5Q A; 2A9H A; 4MVO A; 2ZIM A; 1JMK C; 4NB5 A; 5IE9 A; 1W59 A; 4DR1 O; 1QLE C; 4R8C A; 4LWS A; 3G80 A; 3VOU A; 5ITZ A; 3IC9 A; 5HFL A; 2DYR B; 2W6I G; 5L3G A; 2Q67 A; 4PDV A; 4TT3 G; 4UV8 A; 4JI8 B; 3CC2 V; 3ZHT A; 1THZ A; 4H13 B; 4DR6 O; 4I50 A; 3ZX6 A; 1Q81 W; 2G38 A; 3OW2 U; 2DN9 A; 1R3L C; 3BY6 A; 1MSD A; 2JS3 A; 4DV5 B; 4HZ3 A; 1BL8 A; 5GTI Z; 3I5D A; 1WNS A; 5BY1 A; 1GAX A; 3JAR A; 1D2D A; 3JAS B; 4XBF A; 1K34 A; 1ZTE A; 1H2G A; 2EIM B; 3CC7 V; 1LR1 A; 2X7R B; 3ZHV A; 3CCE V; 2VQE B; 2YSU B; 4X66 O; 1IXM A; 3TK1 A; 4FZ0 A; 3CHX A; 5EIB C; 1ROP A; 1YHQ V; 4X88 A; 3SYC A; 1IBM B; 2CK3 G; 4YJ3 B; 3THO A; 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