The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
65
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structure length |
65
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Chain Sequence |
DLFSTMEQHASYGVGRQMGEQLAANSFEGIDIPAVQAGLADAFAGKESAVSMEELQVAFTEISRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of N-domain of FKBP22 from Shewanella sp. SIB1: dimer dissociation by disruption of Val-Leu knot
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
|
| molecule tags |
Chaperone
|
| source organism |
Shewanella
|
| total genus |
17
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| structure length |
65
|
| sequence length |
65
|
| ec nomenclature |
ec
5.2.1.8: Peptidylprolyl isomerase. |
| pdb deposition date | 2011-06-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type, N-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1FD9 A; 1Q6I A; 1Q6H A; 1Q6U A; 3B09 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1I94 B; 4FMT A; 1X59 A; 2Q7G A; 4BW5 A; 4I55 A; 4DR1 B; 4DUZ B; 4UV9 A; 1THZ A; 1JCH A; 4DR7 O; 2IJJ A; 1XBL A; 3BFR A; 4WBN B; 1SQQ H; 3X2Q B; 4MTF A; 5KA6 A; 3O9O A; 4WFE A; 4LF7 O; 3H9V A; 3HKE B; 4H33 A; 3LDE A; 3NR7 A; 1ORQ C; 3OFN G; 1AIL A; 4AHC A; 1KP3 A; 4DR5 O; 4U7O A; 3ASN C; 3TK1 A; 3ZX6 A; 1NR1 A; 1QR9 A; 1ZWI C; 1V55 B; 4OPH A; 1GH6 A; 3CRR A; 3CRM A; 1K92 A; 2HVJ C; 1GKF A; 4X64 O; 2XT9 A; 1EN5 A; 1NS1 A; 2Y69 C; 5J2U A; 2DYS C; 4QE9 A; 4LC1 A; 1PKX A; 2DMX A; 2CUG A; 5LYJ A; 4YHH O; 3JYC A; 3OTO B; 1BS3 A; 1U97 A; 3ZMT A; 1XL6 A; 3M7M X; 2QR4 A; 3QVN A; 2ZM6 B; 3W7W A; 3SR2 C; 4PA3 A; 2LQT A; 4JI1 B; 2WA3 A; 4CH3 A; 3JAK B; 1Q86 W; 4RUE A; 1O9H A; 3AG4 C; 1Y74 B; 5BMV B; 5ITZ A; 4TV8 A; 1YF2 A; 4L87 A; 2R9A A; 5HFL A; 1DK1 A; 1BL8 A; 3SPC A; 4NKG B; 4C7U A; 4DUY B; 1Y4M A; 2F1M A; 5DED A; 3ETE A; 1SES A; 3WFV A; 2GSM B; 5L3D A; 4Z1V A; 2UU9 O; 4GCZ A; 1VQO V; 1K73 W; 1K5S A; 3ZMZ A; 1XNR B; 1VQ6 V; 5FPR A; 4DR3 O; 3E89 A; 4F6R A; 1KC8 W; 2CTP A; 4JYY A; 2NLJ C; 4NTY A; 1BGY H; 2QTS A; 5BXZ A; 5DN6 G; 3FB8 C; 5LA6 A; 4O4H B; 2LJ2 A; 3I5D A; 3WB1 A; 1E79 G; 1GM7 A; 1K5Q A; 4LWS B; 4RQF A; 4PDR A; 4NB5 A; 3B8N A; 1Z5V A; 1PPJ H; 2R72 A; 3N27 A; 2EIJ C; 3ZRW A; 1AVM A; 2ZE7 A; 3CCV V; 3GWK C; 1PM9 A; 4I0X B; 1COW G; 4LF7 B; 3ZED A; 3RYH B; 4BAY A; 2ITC C; 1I08 A; 2H94 A; 3CP1 A; 4UV8 A; 1VQ8 V; 2X0L A; 3HKB A; 5AG2 A; 3U0Z A; 4NTW A; 1M56 B; 4KUM A; 2PI5 A; 1TUB B; 5JH7 B; 2E76 B; 5CA0 B; 1NJI W; 1L1F A; 3L70 H; 1PD3 A; 1NH2 B; 4K8X A; 2OT5 A; 1AP6 A; 2QM4 A; 1G1X B; 1K4C C; 3HKC B; 3H1H H; 3L73 H; 4LBE C; 1VMG A; 3QO8 A; 2ZDI C; 3JAR B; 4YHH B; 3J80 N; 5IE9 A; 1XQ8 A; 1T5E A; 5IDJ A; 2WLH A; 2KG7 A; 4FM0 A; 2ZNJ A; 1Q3E A; 3K5O A; 4ZI7 A; 1K34 A; 4UVB A; 4JAA A; 4CZZ A; 1RM1 C; 2JK5 C; 1IBL O; 5CA1 B; 3FAV A; 3B4S A; 1HNX O; 4JV5 O; 2DYR B; 1ZLZ A; 4FPP A; 4LH7 A; 4U7N A; 1OCO B; 4IL6 Z; 3AG7 A; 3S3W A; 3QO5 A; 3THO A; 3EFF K; 4WBN A; 3HKE A; 2UU9 B; 5IY5 B; 4MTG A; 5CMU A; 1SQP H; 1NH2 D; 2DE0 X; 1VQP V; 4DYL A; 2Z0A A; 2D3O W; 3CS5 A; 4DR3 B; 1URF A; 1GN3 A; 4DV3 O; 1AJQ A; 1M57 C; 2VWK A; 2XHB A; 4XDK A; 4BW9 A; 2Q67 A; 4QNH B; 4FZ0 A; 2A3Q A; 4PEL A; 1OJH A; 1HDJ A; 1EZV H; 2WLL B; 3MDS A; 5BY1 A; 5F2V O; 3RFR A; 1OCR B; 1I0H A; 4MTX A; 1SER A; 4ZKI A; 4PHZ A; 2XND G; 4YIO A; 2EJ7 A; 3G67 A; 3ZHU A; 1FXV A; 2ATK C; 5LXT A; 3LNM B; 2YC0 A; 3E8H A; 2MW2 B; 1DLB A; 3OMI B; 3U10 A; 4GX1 A; 1Y74 A; 2QWR B; 5FPO A; 4MS2 A; 2XAG A; 3E8G A; 4DR6 O; 4O4L B; 4NXM O; 4DV0 O; 2OYQ A; 2GDS A; 2O57 A; 2PYL A; 5IJ0 B; 1N4C A; 1FXK C; 4X8A A; 3K3W A; 1B6Q A; 2QWQ B; 3AG1 B; 4DV4 O; 2EBO A; 3ZHQ A; 5LOV B; 2EIN C; 3FB6 C; 2Z5U A; 2Q73 A; 3D36 C; 3IAY A; 3AG3 C; 4X65 O; 4IIJ B; 3K79 A; 4Z2W A; 2Q6A A; 3ZCC A; 1Q82 W; 2HJF C; 2IH3 C; 3DGE A; 4YY3 O; 3K5L A; 3PJS K; 4TUY B; 3SYC A; 1JQ0 A; 2G38 A; 3SYO A; 4JI3 B; 4RUF A; 1FFT B; 2AXT Z; 2HEP A; 4DV1 O; 4DRX A; 1IBL B; 1K8A W; 2HJD A; 4LWS A; 4G2K A; 4W4L A; 3A2F A; 3RVY A; 1HNX B; 4JV5 B; 1S3J A; 2RNB A; 3OT7 A; 1FFX B; 4D6T H; 3JAT B; 2NNU A; 2EIL C; 3LDD A; 4ZHQ A; 5FNV B; 1AR1 B; 2YEV B; 3ABT A; 5GTH Z; 3I55 V; 1CP9 A; 3SYA A; 3LNN A; 5JVD B; 2CTW A; 2OIG A; 3RYH A; 1GO3 F; 2Y4U A; 3ZS8 C; 1ZL8 B; 3TCU A; 3RYI A; 1TUB A; 4JI6 B; 4DV3 B; 5BZB A; 2P4V A; 4JI7 O; 4WFG A; 4NTX A; 4B3T O; 4HAM A; 4DV7 O; 3ZRX A; 4I55 B; 1KMI Z; 5GW7 A; 3L75 H; 3E83 A; 4G28 B; 4H13 B; 2DJV A; 4MSW C; 1YCI A; 3ZJZ A; 1E1Q G; 2Y0P A; 1DGS A; 1EBO A; 4TT3 G; 2YDE A; 1HR0 O; 1P7B A; 1YZB A; 3HR0 A; 1B04 A; 1CPY A; 3CB2 A; 1XUQ A; 3GB7 C; 4FK5 C; 1KKD A; 4X66 O; 4DK1 A; 1S77 D; 1P84 F; 2X7R B; 2UUC O; 1S5L Z; 4EFB A; 3K03 A; 1SS3 A; 4AQY O; 3IC9 A; 3LSQ A; 2LGW A; 1FS0 G; 3CWB H; 4DR6 B; 3CYO A; 5IYD O; 4NXM B; 4DV0 B; 4P2Z A; 4P9P A; 2ZIO A; 2AGA A; 2QKA A; 5LHG A; 3K0G A; 4GLX A; 3BA8 A; 5LYJ B; 4DV4 B; 3JAW A; 4K3A A; 2DN9 A; 4K0K O; 3L9D A; 4DV6 O; 1VF6 A; 3K57 A; 2ZE8 A; 4X65 B; 3H1I H; 3SYP A; 2BTQ A; 1H2L A; 1VP7 A; 4DV2 O; 5ITZ B; 4YY3 B; 5B1B B; 4TV8 B; 4W4K A; 1WA8 A; 5B3S B; 3WG7 C; 3RWR D; 2NN4 A; 2OCC B; 3FD9 A; 3GWO A; 1PP9 H; 4MTO A; 5LMU O; 2YIB A; 4J9Z B; 1K4D C; 3T1Y O; 1H38 A; 1Q8I A; 1TUE B; 1WNS A; 2QE7 G; 3P3N A; 5B1A B; 2P22 C; 4NR1 A; 3D8C A; 3P30 A; 2MK3 A; 3BVO A; 4O4L A; 2N04 A; 3K9A A; 3AG2 B; 5JWP A; 1AI7 A; 3DSQ A; 2BOB C; 5LA6 B; 5KHG A; 1TVK A; 1IBM O; 2D2C B; 4XDL A; 2R9I A; 3JD3 A; 3B40 A; 4JI7 B; 4GKK B; 5LOV A; 3J81 N; 1IX9 A; 2GBO A; 4B3T B; 4DV7 B; 5EBW C; 3MHS C; 2CGN A; 3DTU B; 1EN4 A; 1YI2 V; 2DOS A; 2KB1 A; 3ZRW B; 2UXB O; 3ICX A; 1NTK H; 3K0D A; 3CRQ A; 3RN4 A; 1MOF A; 3UM7 A; 2OIE A; 1IUR A; 1NU1 H; 1AI6 A; 3NXS A; 1HR0 B; 2QGN A; 4LFC B; 1AP5 A; 4DW0 A; 1Y67 A; 2C2A A; 3ABM B; 1S5H C; 4X66 B; 3HKB B; 4QPJ A; 1VF5 B; 1PNL A; 4MVO A; 2UUC B; 2UXN A; 4JGS A; 2B1I A; 3K5M A; 3SDL A; 3VBB A; 3JAT A; 3K5N A; 5C8Y B; 5LMN O; 2XTA A; 3H1L H; 2ADQ B; 1NQT A; 2YEV A; 5EZY A; 1VQ5 V; 3GVM A; 4LF5 B; 5JVD A; 4MW8 A; 4K0K B; 1BSM A; 2W6J G; 3VOU A; 1Q5O A; 4DV6 B; 2KG7 B; 4AIL C; 1G6U A; 4JTA B; 1H2S B; 4FVM A; 1R3J C; 1YHQ V; 2BOC C; 5IYB O; 1S0V A; 5EBL C; 3FAV B; 4B08 A; 4CC5 A; 4DV2 B; 2ZXW B; 3FB7 C; 3CCM V; 1HWY A; 2LW7 A; 1BT8 A; 3ABK C; 3T4D A; 3BCC H; 3VQV A; 3OM3 B; 4JTC B; 1K3E A; 5LMU B; 4XBF A; 1AB3 A; 1JPX A; 3T1Y B; 4GUN A; 4H0L B; 3TET A; 2XAQ A; 4E4E A; 2XAJ A; 2YXY A; 4FM1 A; 4X20 A; 1OCZ C; 3ABL C; 3E22 B; 3VQW A; 1BQZ A; 1Q6I A; 3EHB B; 2YIA A; 2HVK C; 4DR4 O; 2X6B A; 1KU9 A; 1XEQ A; 2KKW A; 2JJ1 G; 2ADP A; 1IBM B; 3ZHR A; 4BWA A; 2Q7H A; 1QNM A; 3JSL A; 2AHY A; 5EIB D; 5JJJ B; 5L3B A; 4DR2 O; 1B06 A; 5LP6 B; 1GRJ A; 3R66 A; 4MVR A; 1NBM G; 4ICG A; 1U96 A; 2E74 B; 5LXT B; 2AZ0 A; 3STL C; 5KUK A; 3HKD B; 1SQX H; 1VQN V; 2UXB B; 2RMK B; 4LP8 A; 4R50 A; 2B5U A; 1KKC A; 3RGB A; 1QLN A; 1VQK V; 3CRA A; 3JD4 A; 1I5Y A; 3K58 A; 1RPO A; 2ZKO A; 1LR1 A; 3C3T A; 2UUB O; 1NT2 B; 2IJI A; 1LUW A; 2QA4 V; 4EB6 B; 2ODM A; 4JAU A; 1SKV A; 2WLN A; 2FYU H; 1V54 B; 1IBK O; 3FKS G; 1N34 O; 3ZMU A; 1KEC A; 2GUZ A; 3UKM A; 5LMN B; 4HNA A; 4PJ0 Z; 3G71 V; 3T4Z A; 1N32 O; 3G4S V; 3SYQ A; 3UCS C; 1LNQ A; 1YIT V; 4MT8 A; 2E3C A; 2IU0 A; 3CCU V; 4JI2 O; 5B1A C; 4Z1M G; 1CXZ B; 2M6Y A; 3JAS A; 1WPB A; 4DRX B; 5DEC A; 4FLZ A; 3UQ8 A; 5CA3 A; 1PL0 A; 3W7U A; 3OUS A; 4ZHQ B; 4JZG A; 5KLV H; 1QVF U; 2ILM A; 1ENV A; 3P3P A; 1GMG A; 4LNU A; 5CBG A; 3SPI A; 3J7A U; 3HB3 B; 2L6L A; 2QKC A; 3H1K H; 5D5Q A; 3E2E A; 2B1G A; 2A9H A; 1JMK C; 3RYI B; 5KHI A; 1GTO A; 1W0J G; 4DR4 B; 5H2F Z; 1PNK A; 5C8Y A; 1K97 A; 4OGQ B; 1NTM H; 4CH5 A; 2FKX A; 4NXN O; 1DTO A; 2EIM B; 2WLI A; 3MHH C; 1XRE A; 4DR2 B; 2PZS A; 4GKJ B; 2BSK B; 4WFH A; 3SJC C; 4K35 A; 3B09 A; 3OGI B; 4FLW A; 1JVM A; 1NVP B; 4JI3 O; 5BR8 B; 4B7E A; 1OCC C; 4YJ2 A; 2HHH O; 2ZR2 A; 4O2B A; 1JJO A; 4IT5 A; 1FJG O; 4DXW A; 2UUB B; 1GK9 A; 4KXR A; 3ML0 A; 1P49 A; 1WAZ A; 2JGD A; 2HP8 A; 2Q8V A; 3CHX A; 2ZQM A; 2OTL V; 2FB5 A; 1Y6X A; 3JAW B; 3OMN B; 1VF7 A; 4QGP A; 3C3S A; 5B1N A; 1XOU A; 1IBK B; 1N34 B; 1BMF G; 4O4J A; 4PDV A; 3TXQ A; 2ITD C; 3X2Q C; 1BQ0 A; 4UCO A; 4I5S A; 1N32 B; 2LO1 A; 4JI6 O; 2BTQ B; 3E22 A; 1WB7 A; 2RJZ A; 3ZHS A; 5EYP A; 4JAS A; 5H6R A; 4JPR A; 4JI2 B; 3OEE G; 1WA8 B; 4X1K A; 1NVP D; 1H2K A; 1V55 C; 3DXR A; 2Q69 A; 5EK0 A; 1GM8 A; 5B66 Z; 2F23 A; 5IWA O; 3ZRS A; 3KCX A; 2YIC A; 4G27 B; 5LP6 A; 3CC7 V; 3JCZ A; 1SET A; 4F6E A; 1M4U A; 1HNW O; 3HKD A; 2UXC O; 3KCY A; 1VQ7 V; 2QSA A; 5KAF Z; 4X88 A; 1AR5 A; 1TGO A; 2Z3Y A; 2IBZ H; 1PL4 A; 1VEW A; 1YDX A; 2ZD9 A; 3EXA A; 1FKA O; 1TVK B; 4EB6 A; 1V9P A; 4N23 A; 1Q6H A; 4MVQ A; 1M90 W; 2BTO A; 4RAI A; 1O9G A; 3I56 V; 2P06 A; 4O4I B; 1RSO B; 4JI8 O; 1XI1 A; 1UFI A; 4YIP A; 3CPW U; 2V1D A; 1H8H G; 4NXN B; 4ABM A; 1F4N A; 2HR3 A; 3D36 A; 2F93 B; 1FAF A; 2YIB D; 1H2M A; 4B3R O; 1K7D A; 3JAL A; 2LW1 A; 3TXS A; 4BIO A; 4N21 A; 3E35 A; 2EIK B; 1Q81 W; 3K9S A; 2HHH B; 1AJN A; 3K06 A; 1IDS A; 3OAA G; 1YVW A; 5B5E Z; 2K1E A; 5JCO A; 1FJG B; 3CXH F; 3BEH A; 5KAI Z; 2F95 B; 4MVM A; 4UUJ C; 3MD0 A; 3CXC U; 1XNQ B; 4LF8 O; 5EZY B; 4OXS A; 2JVD A; 1EN6 A; 3WB0 A; 4JI5 O; 3UT5 A; 1Q90 D; 4PD4 F; 1G4Y B; 5EC1 C; 4X1Y A; 2KSD A; 3IGA C; 2XAH A; 2UUA O; 4PA9 A; 3H1J H; 3CC2 V; 3IFX A; 4GKK O; 5CB4 B; 3QO7 A; 3N2G A; 4NVP A; 1SF9 A; 3L72 H; 2YXL A; 1M56 C; 5KX5 B; 3SPG A; 1B3Q A; 3ZHT A; 2A06 H; 3DC6 A; 1F23 A; 1PNM A; 5FL7 G; 5FLX N; 1RFY A; 2CDY A; 5IWA B; 1I7F A; 1VAR A; 2ZIN A; 4PI2 A; 2BSK A; 2WLJ A; 4P30 A; 3UO2 A; 4LFC O; 4FLV A; 1HNW B; 4LFB O; 2UXC B; 3T2M A; 1EZJ A; 4J42 A; 1S5J A; 4X20 B; 4PV1 B; 4PA6 A; 1GAX A; 1K33 A; 3ASN B; 2QWP B; 1YTF B; 4H44 B; 4DO2 A; 4OPA A; 2WLM A; 4UFZ A; 4UB6 Z; 2QDO A; 4UCS A; 3F7V C; 2ZE5 A; 1M93 A; 3RVZ A; 4LF5 O; 2DYR C; 2Y69 B; 4JI8 B; 2DYS B; 1QBZ A; 4IYI A; 1OCO C; 4FM2 A; 3ZMV A; 5H5N A; 1UJW B; 1VQM V; 2B9Z A; 4J11 A; 5LHI A; 1J5E O; 4LF4 O; 2OCH A; 1DF5 A; 1IXB A; 1JOY A; 5A9G A; 2VQF O; 3SPJ A; 4U3J A; 1KYO F; 1ZX3 A; 3K59 A; 5IY5 C; 4KHP O; 1VF6 C; 2Q9L A; 2NR5 A; 2JJ2 G; 4B3R B; 4GT1 A; 3RYC B; 1QU7 A; 3OUF A; 1AJP A; 4EKW A; 2ZNI A; 4UVA A; 3AG4 B; 1M1K W; 1S72 V; 4ZBM A; 2CGO A; 1CEZ A; 5LL6 Y; 1XHZ A; 3FFQ A; 1R3I C; 4D7T A; 2PF4 E; 4PA4 A; 1YTF D; 4YXW G; 2GUZ B; 2QWO B; 1W0K G; 1JX9 A; 1QCE A; 1OCR C; 2RCV A; 4HNA B; 2N74 A; 2WSS G; 4MVS A; 4LF8 B; 2BCC H; 1SQV H; 3CCJ V; 1X4T A; 4CH6 A; 4WF9 V; 4JI5 B; 5L3G A; 1NR7 A; 4RWU A; 4CC6 A; 5C93 A; 2CK3 G; 1Z5W A; 3CX5 F; 3AEI A; 1F4M A; 3JAS B; 5J2T A; 4GX0 A; 1K9M W; 2DW4 A; 3S3X A; 3MAQ A; 1XIL A; 2UUA B; 4O4I A; 1RSO A; 4YJ3 A; 3WB2 A; 3W7X A; 2DWE C; 2WWW A; 1TAE A; 4J10 A; 2F43 G; 1ROP A; 5CN0 A; 3AG1 C; 1IZ3 A; 1VQ4 V; 2HLD G; 3L74 H; 4LNU B; 2EIJ B; 2IU3 A; 2W6I G; 2PTM A; 1M5I A; 1R3L C; 4B7K A; 4LFB B; 1ZUQ A; 4PDM A; 4IYH A; 4DW1 A; 1QQC A; 1QR8 A; 4DV5 B; 1RPR A; 3FYE B; 1Q7Y W; 2JS5 A; 2P7T C; 3A0R A; 1H8E G; 2P6J A; 4PI0 A; 3M8A A; 3ZHV A; 2R9R B; 3KG2 A; 2WLI B; 3B77 A; 3APO A; 5EBM C; 1MSD A; 3TGU H; 2H3O A; 1HNZ B; 1J5E B; 4LF4 B; 4YJ2 B; 4XDJ A; 3DC5 A; 4J7K A; 2UXX A; 1US6 A; 2VQF B; 3BPZ A; 2P4K A; 3JSN A; 4KHP B; 3U11 A; 4O2B B; 3OE7 G; 5CB4 A; 1H2G A; 3CMA V; 4TOI A; 4CH4 A; 5KX5 A; 1RM1 B; 1RP3 B; 3LSU A; 4CS3 A; 5CBH A; 3B8M A; 2JEU A; 2JGD B; 4AI8 A; 2JS3 A; 5IYZ B; 3G80 A; 2IJH A; 1YEW A; 3E8F A; 2ZCE A; 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