The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
56
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structure length |
56
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Chain Sequence |
MVYDKIAAQGEVVRKLKAEKAPKAKVTEAVECLLSLKAEYKEKTGKEYVPGLEHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A recurrent RNA-binding domain is appended to eukaryotic aminoacyl-tRNA synthetases.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Cricetulus griseus
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| molecule tags |
Ligase
|
| molecule keywords |
TRNA SYNTHETASE
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| total genus |
18
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| structure length |
56
|
| sequence length |
56
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| ec nomenclature |
ec
6.1.1.15: Proline--tRNA ligase. |
| pdb deposition date | 1999-09-23 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI8 O; 1IBL O; 4GKJ O; 1NS1 A; 4DV7 O; 1FKA O; 1KUQ A; 3T1Y O; 2UXB O; 1YZB A; 2UUA O; 5IWA O; 2DJV A; 4LFC O; 1N36 O; 4LF7 O; 5LMU O; 1XMO O; 4JI5 O; 4A5U B; 4DR3 O; 4JI6 O; 4OPA A; 4B3S O; 1HR0 O; 1IBK O; 3T1H O; 2UXD O; 4DR7 O; 4B3T O; 4X66 O; 4LF5 O; 2DOS A; 3JAM N; 3O65 A; 4JI0 O; 1AIL A; 2N74 A; 4DV4 O; 5LMN O; 4DV1 O; 2ZKO A; 1HNZ O; 1IBM O; 2JRI A; 4JI2 O; 5FLX N; 4KHP O; 2VQF O; 4JI7 O; 4DV3 O; 2AGA A; 3J81 N; 4DV0 O; 4DR5 O; 1N34 O; 4JI1 O; 3F5T A; 1N33 O; 5BR8 O; 4LF8 O; 4JI4 O; 4LFB O; 2F4V O; 1G1X B; 2VQE O; 4JI3 O; 4DV2 O; 1HNW O; 4OX9 O; 2UXC O; 1F7Y A; 3M8A A; 4JYA O; 1DK1 A; 4DR1 O; 5BXZ A; 3J7A U; 4DV6 O; 4LFA O; 2LW7 A; 4X64 O; 3RT3 C; 1A32 A; 1FYJ A; 5BY1 A; 5A2Q N; 4B3R O; 4GKK O; 2ZM6 O; 2Z0A A; 1I94 O; 2HHH O; 3J80 N; 1AB3 A; 1X59 A; 4B3M O; 1D2D A; 2UUC O; 1J5E O; 1XMQ O; 5LL6 Y; 1XEQ A; 5H5N A; 2E5L O; 4YY3 O; 1N32 O; 3OTO O; 4NXM O; 4X65 O; 2UU9 O; 4LF9 O; 2UUB O; 4NXN O; 4X62 O; 4LF6 O; 4LF4 O; 5IT9 N; 4OPH A; 4AQY O; 1R1B A; 3R66 A; 4JV5 O; 4DUY O; 4DV5 O; 4YHH O; 4DR6 O; 3SDL A; 2FKX A; 1FJG O; 1R6T A; 1HNX O; 4DUZ O; 1XNR O; 4DR4 O; 4DR2 O; 4K0K O; 1XNQ O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2E5L B; 2EIK B; 2ETN A; 1M56 C; 1QNM A; 1CPY A; 3JAR B; 3CMA V; 3OMN B; 4LF7 O; 3X2Q B; 5LA6 B; 5HFL A; 4DR3 O; 1NZ6 A; 1V54 B; 1M57 B; 2H3O A; 1VIB A; 2JS3 A; 3JAT A; 1OV9 A; 2XAF A; 4G27 B; 4B3S B; 3T4D A; 1IBM O; 3VQV A; 4B3R B; 5B1B C; 4FK5 C; 1KEC A; 5B1N A; 3CCL V; 1UFI A; 3OE7 G; 5K1P A; 5BR8 O; 1OCZ C; 4JI4 O; 4K0K B; 5H6R A; 1VMG A; 1SZT A; 4KXR A; 1RP3 B; 1PV0 A; 5J2T B; 2HVJ C; 2AZ0 A; 2ZE5 A; 4X20 A; 3CXC U; 2AHZ A; 2Z3Y A; 4NXM B; 3K04 A; 1R6N A; 3HKB B; 3C90 A; 2RCV A; 4WFA V; 1I94 O; 1MSW D; 4DR4 B; 2V7Q G; 1R3K C; 1OCR B; 1Q8I A; 1K92 A; 5BZB A; 1E79 G; 3DC5 A; 4X89 A; 4MW8 A; 1EN6 A; 5IJ0 B; 3APO A; 4ZIB A; 1MNG A; 1NJI W; 4R7C A; 3CE2 A; 3SJC C; 1TUB A; 4J7K A; 1Q90 D; 4YHH O; 1R3I C; 3UO3 A; 1ROP A; 2V1D A; 4YJ3 A; 1YI2 V; 4WBN B; 5IYZ A; 2EX3 A; 1XNQ O; 1GRJ A; 4I55 B; 3FD9 A; 5CBH A; 4ABM A; 2WLH A; 4RQE A; 4GKJ O; 1KP2 A; 2HKO A; 5FL7 G; 3IGA C; 1HP8 A; 3ZMS A; 2IH3 C; 1DF4 A; 3EFF K; 3LSU A; 4PJ0 Z; 2DJV A; 3U10 A; 2ARH A; 2YIC A; 4LP8 A; 4U3J B; 5IYD O; 4DR6 B; 1NTM H; 2UXN A; 2QKS A; 3IAY A; 4GKK B; 1WB7 A; 1F4M A; 2P7T C; 3CS5 A; 5EIB D; 5IY5 C; 2VQF O; 1M4U A; 3ZMZ A; 4JTC B; 1MZE A; 1WN7 A; 2HHH B; 3K57 A; 1G1X B; 1SA0 B; 3OR7 C; 2IU3 A; 4UXN A; 2A9H A; 1QVF U; 2KB1 A; 4FMT A; 5BXZ A; 2QTO A; 1SES A; 4NB5 A; 4DV6 O; 3D36 A; 1A32 A; 4BWA A; 5FPO A; 3B4S A; 5LOV B; 4D6T H; 4AHC A; 4J80 A; 2PUS A; 5C8Y B; 1RM1 C; 2IJI A; 4B3M O; 2BTQ A; 2W6J G; 2R9I A; 4X88 A; 2RQ6 A; 2UU9 B; 4FFB A; 4P2Z A; 3BAA A; 4CC6 A; 2IH1 C; 1ZX3 A; 1Y6X A; 5B3S C; 1QQC A; 4LF4 B; 2GUZ B; 4JYB A; 2R9R B; 1RFY A; 2ITD C; 2Y0P A; 4X65 O; 4YJ3 B; 5IWA B; 4LWS A; 2XUM A; 5JJJ B; 2NN4 A; 1GAX A; 4JI5 B; 2EIN C; 3ETE A; 1XL6 A; 3F5W C; 4IHJ A; 2UXD B; 2YDE A; 1T5E A; 1VAR A; 4J9Z B; 2RN9 A; 1VQL V; 2ZXW B; 2DWE C; 2WLL B; 4QPK A; 3RBZ A; 3ZHT A; 5DEC A; 3QF7 A; 3ETQ A; 4PDL A; 4LR3 A; 2ZE6 A; 4R6Z A; 2PI4 A; 3ZRV A; 2L6L A; 1XMO O; 4ZHQ A; 4DV1 B; 2VWJ A; 2WPD G; 2YSU B; 1VF6 A; 5KA6 A; 2LGW A; 3K0D A; 1GN3 A; 4ZOL A; 3ZJZ A; 5GW7 A; 2ZIO A; 1H2L A; 2ZQM A; 4X64 B; 1D5A A; 3CC4 V; 1YCI A; 4O4I A; 3LSS A; 1CXZ B; 2XND G; 3B8M A; 4K8Z A; 1PL4 A; 2UUA B; 5LMN B; 1YJ9 V; 2PGG A; 2Q9L A; 1S77 D; 1JJ2 U; 3U11 A; 4MVM A; 3HKD A; 4DR1 O; 3E86 A; 3ZS8 C; 3J7A U; 3CC2 V; 2RMK B; 2CDY A; 1WNS A; 4GKK O; 3CCE V; 4FFK A; 3I5D A; 4O2B A; 1O9G A; 4JI4 B; 3J80 N; 4H37 A; 2H8P C; 1SQG A; 2QE7 G; 1PP9 H; 3JCZ A; 2PZS A; 1XMQ O; 5AG2 A; 2FB5 A; 3ZIA G; 3ZN1 A; 3CME V; 3E8B A; 3A0B Z; 1U96 A; 3K9A A; 4YY3 O; 2IJH A; 3BA8 A; 5B5E Z; 1CP9 A; 2OCC C; 1NVP B; 4NXM O; 3PN1 A; 1BHA A; 3AG4 B; 4X1I A; 4LF9 O; 1JFF A; 4N21 A; 4DV6 B; 4LF4 O; 1YXB A; 5KMG B; 4LCU C; 1QR8 A; 4X1K B; 1IZ3 A; 4ZOL B; 1I94 B; 4UVC A; 1HNZ B; 1Y4M A; 4IIJ A; 2OIE A; 4QE9 A; 1AI7 A; 2YXL A; 3RYI B; 4I0X B; 4U7O A; 1HDJ A; 5HFM A; 1EZV H; 3LUT B; 3ZRX A; 3G4S V; 1M93 A; 1VQK V; 3JD2 A; 2BE3 A; 4TOI A; 1AJN A; 1GM8 A; 3G6B A; 4NVP A; 1L8D A; 2WLK A; 5FNV B; 4LF5 O; 4JZ2 A; 1PM9 A; 4QIW F; 4EKW A; 1KP3 A; 5LP6 A; 3H1H H; 2EIL C; 4JAA A; 4CS2 A; 2CH7 B; 1JR9 A; 3DSQ A; 4ASU G; 2CGO A; 3CSX A; 4JI1 O; 4FLW A; 2DYS B; 3N2K B; 1J5E B; 1HNW O; 3ABM B; 3JAL A; 4OX9 O; 5KAI Z; 1SQQ H; 3WU2 Z; 3H1L H; 1Y66 A; 1SQP H; 4JI6 B; 4LFA O; 3AG3 B; 4ZI7 B; 3ASO C; 1XL4 A; 1V55 B; 3RT3 C; 1IBM B; 1FYJ A; 2BSK A; 4B3R O; 3QG5 A; 2UUB B; 2DYR C; 2ZR3 A; 1S72 V; 3QO8 A; 3SPG A; 3ASN B; 2UUC O; 2ZM6 B; 3E8H A; 4LF8 B; 1RSO A; 2Q0A A; 2YIA A; 3MHS C; 1RPR A; 1XUQ A; 4JYY A; 5EYP B; 3RYH B; 4DK1 A; 4G28 B; 4O4L B; 1XMQ B; 1Q6H A; 4O2A B; 3LNM B; 5K1X A; 5KUK A; 2EIM C; 5J9P C; 3N2G B; 1FXK C; 4LFC B; 4LBE C; 1URF A; 4DR2 O; 2BSK B; 2AW9 A; 3JAS B; 5LA6 A; 1YJN V; 3AG1 B; 3K5L A; 3MDS A; 2DMX A; 4LNU A; 4X65 B; 4HBN A; 5IYZ B; 1N32 B; 4WBN A; 3UT5 A; 3CJH B; 2YEV B; 1VQP V; 1B06 A; 4I4T B; 4O4J A; 5EZY A; 4YHH B; 1Q6U A; 4JPR A; 1JX9 A; 1DLB A; 4JV5 B; 3BFR A; 1VQ4 V; 2CH7 A; 2B1I A; 2EBO A; 2N74 A; 4DV4 O; 4MVS A; 1HNZ O; 1GM9 A; 1V55 C; 3RYF B; 1Q3E A; 2WWW A; 4GKJ B; 2CUG A; 1MAB G; 3OD4 A; 4JF3 A; 1JA8 A; 4MVU A; 3CD6 V; 4I50 A; 4O4H B; 5A9G A; 1OCO C; 1Z5W A; 4XDK A; 3RFR A; 1K4C C; 5KAF Z; 5L3F A; 1BMF G; 1BSM A; 1TVK B; 1SKV A; 3JSN A; 3ZMV A; 1BT8 A; 4RWU A; 3IJ4 A; 1NTK H; 4TT3 G; 3S3W A; 3AEI A; 4X64 O; 2PYJ A; 4R8C A; 3UKM A; 1WJZ A; 1SRY A; 4W4K A; 2ZDI A; 4WF9 V; 1GK9 A; 1S3J A; 2GTS A; 4Z2W A; 2D2C B; 5BMV A; 2X6B A; 2ZNI A; 1PD3 A; 4PI0 A; 1P84 F; 2WLJ A; 1GN2 A; 2LO1 A; 1L0N H; 1R6K A; 1IDS A; 3E89 A; 2KSD A; 5H5N A; 5JVD B; 4DR1 B; 2LQT A; 5KUM A; 3HKC A; 4BW9 A; 3C3S A; 4J42 A; 3H1J H; 4YJ2 A; 3BCC H; 2WSS G; 4KUM A; 4OPH A; 3K5M A; 4DR3 B; 1QCE A; 5KLV H; 2WA3 A; 1S76 D; 3SDL A; 3IFX A; 5FPR A; 2R70 A; 2IJK A; 3KG2 A; 2OWO A; 1BGY H; 5GON A; 1NT2 B; 2X7R B; 4RUF A; 4MTX A; 2EIJ C; 1QLE C; 3ZRW A; 4I7Z B; 4FVM A; 2VWK A; 4CBC A; 2OTL V; 4DW1 A; 1R3L C; 1FFX B; 5LXT A; 1COW G; 1Q6I A; 4DV7 O; 3ZMT A; 1H38 A; 4CH4 A; 4ZKI A; 1QLN A; 3ZHV A; 4LFC O; 2CTW A; 5LYJ B; 1AJP A; 4JI5 O; 4LF6 B; 3AK2 A; 4FLV A; 4PHZ A; 3FB5 C; 3BAB A; 4O2A A; 5KHG A; 3QO7 A; 3SYC A; 2XAS A; 3D36 C; 3E8F A; 1FXK B; 4L8J A; 2M7W A; 4UCS A; 3CPW U; 1IBL B; 4DV3 O; 1GH6 A; 2YIB D; 1AR5 A; 4WFE A; 2EZP A; 1K9M W; 2WLI B; 1L1F A; 2VQE O; 4FM0 A; 4J41 A; 3CC7 V; 2YS8 A; 5CMU A; 4TWK A; 5J2U B; 3CCS V; 3ABL C; 3ZRS A; 2BOB C; 1DGS A; 4J9Y B; 4JI2 B; 3TXS A; 1MMM A; 2LJ2 A; 2A3Q A; 4TV9 B; 1IVS A; 3K08 A; 4J7J A; 1X59 A; 2RJZ A; 1J5E O; 5JQG A; 3OMI B; 4LH6 A; 4PA9 A; 4XDL A; 3NR7 A; 3ICX A; 5JWP A; 4LWS B; 4X1Y A; 3RYF A; 3BY6 A; 2B5U A; 4CS3 A; 4YIO A; 1SF9 A; 2KKW A; 4MTF A; 3BHP A; 4TV8 A; 2UUB O; 2Y4U A; 4O4J B; 5EZY B; 2YEV A; 2G38 A; 3FKS G; 1WA8 B; 5FNV A; 4DV5 O; 2H94 A; 4NYK A; 5C8Y A; 2IBZ H; 3KCX A; 3SYP A; 1M9N A; 4H44 B; 1WP8 A; 4WFF A; 1R73 A; 5CBG A; 4MVZ A; 2VQF B; 4X9Q A; 3GWO A; 1XIL A; 4MTO A; 1H8H G; 3JAK B; 3T1Y O; 3A0R A; 5DM6 V; 3TJT A; 4O4L A; 4UCU A; 4JYA B; 2ZR2 A; 1SA0 A; 3LSQ A; 3I56 V; 5ITZ B; 3RVZ A; 4HYO A; 1KU9 A; 3WFV A; 3E22 B; 1VQO V; 1RSO B; 3ABM C; 4DXW A; 2Q68 A; 3H1I H; 5LMU B; 3H9V A; 5EYP A; 3B77 A; 3WB0 A; 4KHP O; 1ARO P; 2Q69 A; 1K4D C; 2B1G A; 2ZE7 A; 3F5T A; 5LXT B; 2D3O W; 2F4V O; 4JI8 B; 1K33 A; 1NQT A; 3K06 A; 1LUW A; 4BR6 A; 1OHH G; 3P30 A; 4JAU A; 3BEH A; 2UXC O; 1AR1 B; 2CTP A; 1WB8 A; 3EVK A; 1MOF A; 1KD1 W; 5KHJ A; 2P06 A; 4YJ2 B; 1V9P A; 2A79 B; 3HKC B; 4LFB B; 1XBL A; 4U3F H; 2R72 A; 4DV2 B; 4OX9 B; 1NI8 A; 1TUB B; 3WG7 C; 1AP6 A; 2WA4 A; 3CCJ V; 3AG7 A; 1XOU A; 1O9H A; 5BMV B; 1N36 B; 2Q7H A; 3KZI Z; 4G2K A; 1YIJ V; 3G6E V; 1PL0 A; 1AP5 A; 1US6 A; 4QJF B; 1NU1 H; 1YTF D; 1N0N A; 5CB4 A; 1R1B A; 3R66 A; 4PDV A; 3L74 H; 1Q7Y W; 5IY5 B; 4DR6 O; 2X6A A; 3SPJ A; 1TGO A; 2Q5Z A; 2RNB A; 5LHG A; 4AQY B; 1Q5O A; 2GSM B; 4K0K O; 2ZD9 A; 2KG7 A; 2W0X A; 1ZLZ A; 4NTY A; 3E8G A; 1IXB A; 3F7Y C; 3E35 A; 2A7W A; 2Q0O C; 2YXY A; 3CX5 F; 2IU0 A; 4B3S O; 3B09 A; 4P9P A; 4DR7 O; 4B3T O; 4X66 O; 4J10 A; 3H1K H; 2AXT Z; 4MVQ A; 2AZ2 A; 1QBZ A; 3CRR A; 4I4T A; 1AI6 A; 4UFZ A; 4PA6 A; 3UT5 B; 3UQ8 A; 1Q82 W; 4UCR A; 3RWR D; 2Q8V A; 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4B08 A; 1Y74 B; 2DYS C; 1EN4 A; 2QWN B; 1XI1 A; 1DTO A; 1VF7 A; 2EIL B; 1VQM V; 1VQ8 V; 1KYO F; 3AG4 C; 1K97 A; 5EIB C; 5L3E A; 3JD4 A; 2QM8 A; 2XAQ A; 5ITZ A; 4KP4 A; 4D7S A; 4X1I B; 1YTF B; 1BCC H; 5LL6 Y; 3BRC A; 2A0L A; 4FLX A; 2F43 G; 2Q6A A; 5LHH A; 1IUR A; 4P30 A; 3ETD A; 3JD3 A; 2CK3 G; 4NTW A; 4ZI7 A; 3ZRW B; 2VS0 A; 2QM7 A; 3OGC C; 2Y48 A; 4I55 A; 4X8A A; 2W0F C; 1HWY A; 3JAL B; 3ZN0 A; 2XTA A; 4EFB A; 4TV8 B; 2QWQ B; 2YC0 A; 3JAR A; 4DV0 B; 1N33 B; 1N34 B; 3RW0 A; 3N27 A; 4N23 A; 1AVM A; 4EB6 A; 3G80 A; 1AI5 A; 3RYC A; 3CCR V; 3SJB C; 1M57 C; 5CBF A; 2CAZ C; 4DUZ B; 2BTO A; 1MA1 A; 1YVW A; 4NKG B; 3X2Q C; 3CRQ A; 1X4T A; 4DUY B; 1XRE A; 3T1H O; 2NNU A; 5KX5 A; 5B66 Z; 1YHQ V; 3JAM N; 3TGU H; 4LF7 B; 5IJ9 A; 5LHI A; 4TSF G; 3SYQ A; 4E2L A; 1ORQ C; 5LMN O; 1OCZ B; 3DGE A; 4ZHQ B; 1HNX B; 1QR9 A; 3G67 A; 3C3T A; 3UM7 A; 3K03 A; 3SR2 C; 1BHB A; 1VQ7 V; 4IGG A; 3QVN A; 2GBO A; 1GO3 F; 2XOK G; 3K3W A; 3ZX6 A; 4B3T B; 2KQX A; 3VBB A; 1AI4 A; 4GX1 A; 5LBQ A; 3TET A; 3W7U A; 3GB7 C; 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