The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
56
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structure length |
56
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Chain Sequence |
MVYDKIAAQGEVVRKLKAEKAPKAKVTEAVECLLSLKAEYKEKTGKEYVPGLEHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ligase
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| source organism |
Cricetulus griseus
|
| publication title |
A recurrent RNA-binding domain is appended to eukaryotic aminoacyl-tRNA synthetases.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TRNA SYNTHETASE
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| total genus |
18
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| structure length |
56
|
| sequence length |
56
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| ec nomenclature |
ec
6.1.1.15: Proline--tRNA ligase. |
| pdb deposition date | 1999-09-23 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4A5U B; 4X64 O; 4DR4 O; 2AGA A; 4DV4 O; 2ZKO A; 1D2D A; 1IBL O; 4B3M O; 4K0K O; 3J7A U; 4LF8 O; 4JI1 O; 3SDL A; 4OPH A; 2UUC O; 4LF5 O; 4X66 O; 4DR7 O; 2JRI A; 3F5T A; 1FJG O; 1HNZ O; 1R6T A; 5BY1 A; 2UUB O; 4DV3 O; 4AQY O; 4DR3 O; 2HHH O; 4JI2 O; 4DR6 O; 5FLX N; 4OPA A; 4DR1 O; 4JYA O; 1HR0 O; 5H5N A; 1HNW O; 4JI0 O; 1X59 A; 4DV7 O; 4GKJ O; 4DUZ O; 5IWA O; 4JI4 O; 4DV0 O; 4B3S O; 4B3R O; 4DV2 O; 5LL6 Y; 4DR2 O; 4JI8 O; 3J81 N; 1XMQ O; 2UUA O; 1N36 O; 3J80 N; 1A32 A; 2VQF O; 2VQE O; 2ZM6 O; 3OTO O; 4NXM O; 2N74 A; 1XNQ O; 2Z0A A; 3M8A A; 4LFA O; 2UU9 O; 4LF4 O; 1NS1 A; 1DK1 A; 4KHP O; 1R1B A; 1KUQ A; 4JI3 O; 5LMU O; 4JV5 O; 5IT9 N; 2DOS A; 1XEQ A; 1N34 O; 5BR8 O; 2FKX A; 1F7Y A; 1XNR O; 4LFC O; 4B3T O; 1FYJ A; 2DJV A; 4NXN O; 4DV5 O; 1IBK O; 4X62 O; 3R66 A; 2UXC O; 4X65 O; 4GKK O; 4DV1 O; 4JI6 O; 1YZB A; 2E5L O; 2UXD O; 1N33 O; 3RT3 C; 4DR5 O; 4LF9 O; 1N32 O; 2UXB O; 4DUY O; 4YY3 O; 3O65 A; 1G1X B; 1XMO O; 1HNX O; 1AB3 A; 3T1H O; 3T1Y O; 5LMN O; 4LF7 O; 4YHH O; 4DV6 O; 4JI5 O; 2F4V O; 3JAM N; 1I94 O; 1J5E O; 2LW7 A; 1AIL A; 4LFB O; 4LF6 O; 5BXZ A; 4JI7 O; 4OX9 O; 5A2Q N; 1FKA O; 1IBM O; #chains in the Genus database with same CATH topology 1L8D A; 2UXN A; 2HP8 A; 4PA3 A; 2DYR C; 4IYI A; 1ZX3 A; 1VQ6 V; 4LNU B; 1XOU A; 4B3M O; 1Q6I A; 3G80 A; 2E75 B; 4X66 B; 3N2K B; 4DXW A; 3ETQ A; 2UUC O; 2KB1 A; 1MZE A; 3TXS A; 2QWP B; 4K3A A; 2JRI A; 1VF6 A; 3JAK B; 2YIA A; 2YI9 A; 4GT1 A; 5LP6 A; 2OTL V; 4MVZ A; 1BSM A; 3AG1 B; 4I7Z B; 5JJE B; 4I0X A; 1P7B A; 3RYF B; 3WB1 A; 3L9D A; 4CH3 A; 3SGI A; 4JYA O; 1NI8 A; 3BHP A; 1YJ9 V; 2AZ2 A; 3W7X A; 2BSK A; 4GKJ B; 5EBL C; 5IJ0 B; 4NTY A; 3CCQ V; 2P4V A; 3OT7 A; 2P06 A; 5L3B A; 4JI4 O; 4NXN B; 1I5X A; 2IU3 A; 4KFM A; 3H01 A; 4DUY B; 1IZ3 A; 2VQF O; 4MW3 A; 1SA0 A; 1CEZ A; 1BQZ A; 2DYS B; 1YSC A; 1SER A; 4I4T A; 1IXM A; 1EN6 A; 1WP7 A; 4JTC B; 3M8A A; 4BIU A; 5K1X A; 1OZ0 A; 1K34 A; 1DK1 A; 1R1B A; 4EFE A; 1LUV A; 4UXN A; 5EBW C; 1AP6 A; 2UXX A; 5IT9 N; 2HKO A; 5GW7 A; 2DJV A; 1GK9 A; 1JJO A; 4DR5 B; 3TXQ A; 3OMA B; 2C2A A; 4TSF G; 1T5E A; 1GO3 F; 3N27 A; 4AHC A; 3A2F A; 4X1K B; 2AHZ A; 4JYC A; 1WPB A; 3K03 A; 4ZI7 A; 4JI5 O; 4DW0 A; 1OJH A; 1NBM G; 2LW7 A; 3CJH B; 2WPD G; 2ETN A; 4O2A A; 3IFX A; 4LWS A; 5A2Q N; 5FPR A; 3EVK A; 5LA6 B; 4NVP A; 5DM6 V; 2WLI B; 3K5O A; 1UFI A; 3RVZ A; 3P3P A; 4DV7 B; 1IBL O; 2ZQM A; 3HKD B; 2QDO A; 3J7A U; 1YTF D; 2WSS G; 1OCZ B; 3DGE A; 1KKC A; 1JOY A; 1XI1 A; 1UJW B; 3F5W C; 1B04 A; 2HLD G; 1BS3 A; 3F5T A; 1KP3 A; 3EXA A; 2EX3 A; 1QLN A; 2QWN B; 4PV1 B; 2XND G; 4DR3 O; 5B1B C; 4OPA A; 5LXT A; 4EEQ A; 3K08 A; 1AR5 A; 3H1J H; 3SJA C; 1I7F A; 3E8H A; 3ZRX A; 4DV0 B; 1GM9 A; 1L0N H; 1SF9 A; 1LR1 A; 4NTX A; 4F6R B; 3MD0 A; 3DC5 A; 4BWA A; 1WP8 A; 1GM8 A; 3L70 H; 2CH7 B; 3B8N A; 5EC1 C; 3AG3 B; 2D3O W; 3M7M X; 2B9Z A; 3TET A; 2UXB B; 4HYO A; 5LP6 B; 4DK0 A; 5B3S C; 1WA8 A; 3T1Y B; 4I0X B; 2EIJ B; 4MVU A; 4PA6 A; 3ZHT A; 3K5N A; 2BSK B; 4JV5 B; 1Z5V A; 4PDR A; 2ADQ B; 1GM7 A; 3DC6 A; 1Q3E A; 1XBL A; 1E1Q G; 5H2F Z; 4JTD B; 3U0Z A; 3T4D A; 5IYC O; 2B5U A; 3TK1 A; 4TV9 B; 4YJ2 A; 2R70 A; 4QPJ A; 2UXD O; 1SA0 B; 2EIK B; 4DRX A; 2PF4 E; 4YY3 O; 1G1X B; 1ZL8 A; 3CRR A; 2GV9 A; 2H94 A; 5JQG A; 4MVQ A; 1IBM B; 2PI4 A; 1AIL A; 2V1D A; 2WLJ A; 4CC6 A; 1EN5 A; 4ICG A; 1ENV A; 1PKX A; 3BAB A; 3LDC A; 1FKA O; 1K5Q A; 1HR0 B; 1EFR G; 1SC5 B; 4FLY A; 2WA4 A; 2JJ1 G; 2V7Q G; 4PA9 A; 4DR4 O; 3D3Q A; 4K0K O; 2JEU A; 2CDY A; 1US6 A; 2ZXW B; 3JAS A; 2YC0 A; 3ETD A; 2IJI A; 4LH6 A; 2O57 A; 3CX5 F; 4E4E A; 4AI8 A; 4ZI7 B; 4AQY B; 3UT5 A; 1H2L A; 1HNZ O; 3JAW B; 1FS0 G; 2Q5Z A; 1KU9 A; 1N4C A; 5KUK A; 3E8B A; 2YDE A; 1NTZ H; 4O2A B; 4LWS B; 3ASN B; 4DR1 O; 2M7W A; 2EIN B; 3LDD A; 2BOB C; 2Q73 A; 2HJF C; 3BEH A; 2QM8 A; 2H8P C; 4AIL C; 4R6Z A; 2GDS A; 3E8G A; 1URF A; 1KB9 F; 1CPY A; 1WLE A; 4DV2 O; 3ZBH A; 2CTR A; 3L72 H; 3L74 H; 2UUA O; 3E35 A; 1N36 O; 3ZED A; 3AK2 A; 2EIM B; 3OEH G; 2HG5 C; 3BAA A; 4FLT A; 1Y67 A; 1GAX A; 1NU1 H; 1WJZ A; 4I5S A; 2Z5U A; 1JVM A; 5IY5 B; 4JI3 B; 4PA7 A; 4LFA O; 1N34 B; 1NS1 A; 1KUQ A; 2RQ6 A; 2CAZ C; 1SKV A; 3RYC A; 3RBZ A; 1TGO A; 3STL C; 2EZO A; 1SRY A; 1YJW V; 2UXC O; 1JA8 A; 4X65 O; 4GKK O; 2Y69 B; 1WNS A; 1RFY A; 3HKB B; 4EB6 A; 2HFE C; 5EIB D; 2RDC A; 2Y4T A; 1VQ5 V; 4ZOL B; 2BCC H; 1AB3 A; 5LGU A; 5LMN O; 2EIL B; 3RW0 A; 4DV6 O; 1VIB A; 3CYO A; 2QEX V; 3APQ A; 4FMT A; 4LCU C; 2Y0P A; 5J9P C; 5ITZ A; 2YXY A; 1K5S A; 2HVK C; 1NVP D; 4DV4 O; 1D2D A; 4O4H A; 4YJ2 B; 2F66 C; 2ITC C; 2MW2 B; 2X6B A; 4DR7 B; 1RM1 B; 1YIT V; 1ZL8 B; 3GWK C; 5BMV A; 2E3C A; 1M5I A; 4W4L A; 2EJR A; 2WA3 A; 5JQG B; 3JCU Z; 1FXK B; 4X20 A; 5F2V O; 1QR9 A; 5KLV H; 3ICX A; 3K5L A; 1QR8 A; 1S5J A; 2WLM A; 1BHA A; 2LJ2 A; 4JI0 O; 3AG2 B; 5EIB C; 1V54 C; 4LBE C; 5H6R A; 4B3S O; 2WAM A; 4B3R O; 2XAJ A; 4UCS A; 4MTX A; 5LHH A; 1I5Y A; 1XMQ O; 2Q7G A; 4CS2 A; 3BFR A; 3APO A; 3J80 N; 3S3X A; 3N2G A; 3OTO O; 4EKW A; 1BZK A; 2OCC C; 2DW4 A; 2PTM A; 4LF7 B; 3HKC A; 1Q43 A; 1PM9 A; 1SQQ H; 2F4V B; 2ARH A; 1AI7 A; 2XUM A; 4HBN A; 4JZ2 A; 2WLN A; 1AJP A; 2W0F C; 4WF9 V; 2Q7H A; 1THZ A; 1VEW A; 1BGY H; 2AXT Z; 1H38 A; 5CBG A; 3JCZ A; 2QWR B; 4IT5 A; 1TVK A; 5IYD O; 3VQV A; 1QVG U; 3RYH A; 4CH5 A; 3G4S V; 3T1H B; 1R3K C; 1M1K W; 1H2G A; 4DV3 B; 2A3Q A; 3CP1 A; 2Q6A A; 4GYC B; 1YVW A; 4DR6 B; 4PD4 F; 4R7C A; 3RYC B; 3FX7 A; 3FB6 C; 4F6E A; 2ZDI C; 3C3S A; 2EUL A; 4JI1 B; 3CHX A; 3ABK B; 3CCM V; 1FXK C; 4CS3 A; 3B40 A; 3SDL A; 2ZT9 B; 2Q8V A; 2W6J G; 3JAK A; 4I55 A; 3DXR B; 1G4Y B; 1FXV A; 2JVD A; 4H33 A; 4BIO A; 3K3W A; 1MZF A; 2VS0 A; 2R9I A; 3ABU A; 1KP2 A; 5ITZ B; 3BY6 A; 4O4H B; 1DTO A; 3LDE A; 2Q68 A; 1AJN A; 2EBO A; 2DYR B; 4WFG A; 3WB2 A; 1XHX A; 4JI8 B; 1XUQ A; 4U3J A; 2VQE B; 2BTO A; 4JYY A; 2QKC A; 4X20 B; 3AK1 A; 1XMO B; 5JJJ B; 1HNX B; 2YI8 A; 4NXM O; 1M57 C; 3CCE V; 1Y6X A; 4QIW F; 5JWP A; 4G27 B; 3H1H H; 5IYZ A; 2Z0A A; 4WFH A; 4FVM A; 1KD1 W; 2W0X A; 5LMU O; 2E76 B; 3VQW A; 4HNA B; 2DOS A; 3WB0 A; 1XNR O; 3K0G A; 2G38 A; 5E79 Z; 3HKE B; 4JI6 O; 4O4L B; 1YZB A; 3K06 A; 3N2G B; 3RVY A; 4X1K A; 1YJN V; 2NLJ C; 1J5E B; 3HKC B; 1KMI Z; 3L75 H; 1M90 W; 2F95 B; 3CME V; 3CCJ V; 2ZR2 A; 1XQ8 A; 4JI2 B; 2IJJ A; 2JJ2 G; 4J9Y B; 4NR1 A; 4MTF A; 5LA6 A; 1S3J A; 3Q4H A; 3W7S A; 2PYL A; 2P22 C; 1VQ8 V; 1S0V A; 3HKD A; 3RYH B; 4N23 A; 3A0R A; 2CUG A; 2IBZ H; 3FB7 C; 4X66 O; 2JDI G; 3D36 C; 1QCE A; 3ABL C; 3JD1 A; 1WB7 A; 2ADP A; 2F43 G; 4Z2W A; 3JAT A; 4F6R A; 2XAH A; 3ABM C; 4GKJ O; 1OCO C; 2AW9 A; 4NB5 A; 4BW5 A; 4LFC B; 2CH7 A; 3CEI A; 1SQP H; 3TCU A; 3CPW U; 2ZD9 A; 5CB4 A; 1ORQ C; 4I55 B; 2F93 B; 1QBZ A; 1ZTE A; 2A0L A; 4LF9 B; 1BHB A; 1AJQ A; 2Q69 A; 3K0D A; 2ZM6 O; 4B7E A; 2QGN A; 3ZN0 A; 3KKY A; 1H2N A; 4YIO A; 4CBC A; 1I94 B; 5HFM A; 3ZX6 A; 4LF6 B; 5B1B B; 1TAE A; 2QM7 A; 2ILM A; 1I0H A; 1U97 A; 5JCO C; 2N04 A; 2QE7 G; 2ZIO A; 2Y0I A; 3EFF K; 4U3J B; 1FYJ A; 2RNB A; 3R65 A; 1G6U A; 1N32 B; 3I5D A; 4TV9 A; 3ZHS A; 2X7R B; 3CCR V; 3RT3 C; 3SYA A; 4DR5 O; 4FFK A; 3STZ C; 4ZIB A; 2WLH A; 5B3S B; 5IYZ B; 4OX9 B; 4QE9 A; 4P30 A; 3ZMU A; 3EHB B; 1TUE B; 2L35 A; 4HZ3 A; 1YTF B; 2QTO A; 4RQF A; 3OD4 A; 4X1I A; 3K9S A; 5AG2 A; 1QU7 A; 2ZNJ A; 4XBF A; 3T2M A; 3CRC A; 4NYK A; 4UVB A; 4TOI A; 2KSD A; 4J10 A; 4O4I B; 2ITD C; 3GVM A; 3JAW A; 3LNM B; 4UCV A; 1FJG O; 4TQF A; 2VQF B; 1ZUQ A; 5L3C A; 1MSW D; 4MVO A; 2ZR3 A; 5GTI Z; 3Q4H B; 2ZNI A; 1KBH A; 2JEX A; 5GTH Z; 2NR5 A; 4ASU G; 1X4T A; 3A8T A; 3U10 A; 1EBO A; 2IJH A; 4CC5 A; 4XDL A; 4DV0 O; 1S5L Z; 2CTQ A; 4DR2 O; 1PP9 H; 2IW5 A; 1FPO A; 3CXC U; 1SZT A; 5JJN B; 3AG4 C; 4U7O A; 4PDV A; 4PJ0 Z; 3JAT B; 5KUM A; 5IJ9 A; 2EJ7 A; 3MHS C; 3OMI B; 5KHH A; 1H2S B; 3VQX A; 1SZX A; 4JV5 O; 1NZ6 A; 4QJF B; 3FB5 C; 4B3T O; 2P6J A; 5CB4 B; 1K9M W; 1IBL B; 4LC1 A; 3HKB A; 4GUN A; 2E5L O; 4JGS A; 3LSU A; 1S77 D; 4ZOL A; 4NTW A; 1AP5 A; 3ZMZ A; 3D8C A; 3CB2 A; 4JAA A; 1QLE C; 4DR3 B; 3H9V A; 1NTK H; 2YID A; 2P67 A; 1IBM O; 4U7N A; 1YXB A; 4PDL A; 4I50 A; 3SPG A; 3T1C A; 3RYI A; 2AGA A; 5BZB A; 2QWO B; 2ZDI A; 3K58 A; 4N21 A; 3A0B Z; 1YIJ V; 1K92 A; 4X88 A; 2Q4P A; 4E2L A; 3RFR A; 3VOU A; 4FM0 A; 4IGG A; 3MAQ A; 1YEW A; 3GB7 C; 1ARO P; 4UCR A; 1FXK A; 1R6T A; 3SJB C; 4QNH B; 2UUB O; 1ZSP A; 1Q82 W; 3CRA A; 3LUT B; 4JZG A; 4AQY O; 1GMG A; 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4BW9 A; 2A7W A; 3KZI Z; 2UXC B; 3UM7 A; 4BIZ A; 1XIL A; 4X65 B; 1OCC C; 4GKK B; 1FFT B; 1HDJ A; 1RP3 B; 3J81 N; 2DQ0 A; 3G67 A; 2IH1 C; 4ZKI A; 4MVM A; 3ZN1 A; 3QO5 A; 5LMN B; 2OT5 A; 4TV8 B; 1N0N A; 2CK3 G; 4UVC A; 4LF4 B; 1J95 A; 1XNQ O; 1S76 D; 4KHP B; 5EBM C; 4UV9 A; 5KHJ A; 4FM2 A; 3CC7 V; 5H9C A; 1Q5O A; 2H3O A; 2P7T C; 1MAB G; 4HNA A; 3OUF A; 3RGB A; 5KX5 B; 3SYO A; 4DV4 B; 4Q20 A; 3HKE A; 4X1Y A; 4O4L A; 1S5H C; 1JQ0 A; 5E1A C; 5JCO A; 3ZHR A; 3UO3 A; 3E22 B; 4OGQ B; 4IHJ B; 3ZIA G; 2XAG A; 2A9H A; 3T1H O; 2QKA A; 5GON A; 1W0J G; 4JI7 B; 1M57 B; 1BL8 A; 2D2C B; 2NN4 A; 4K8Z A; 1Y74 A; 4P2Z A; 3JD3 A; 3OM3 B; 3E86 A; 4K8X A; 4O4J B; 3W7W A; 4J7J A; 4FZ0 A; 1XHZ A; 2FTK A; 4UVA A; 2ZE6 A; 1NT2 B; 1HP8 A; 4JI1 O; 3K57 A; 4B3R B; 4OPH A; 1XMQ B; 1GTO A; 4FK5 C; 4Z1V A; 5BY1 A; 2XTA A; 1LNQ A; 2GTS A; 3A0H Z; 1Y76 B; 1MSD A; 1HNW O; 4TT3 G; 3HR0 A; 2KG7 B; 1EM1 A; 4YIP A; 3P3N A; 4R50 A; 1XRE A; 1BT8 A; 2FYU H; 1V55 C; 2DE0 X; 5LL6 Y; 1F51 A; 3OTF A; 3TGU H; 4JI8 O; 5CA1 B; 2VQE O; 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