The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
56
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structure length |
56
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Chain Sequence |
b'MVYDKIAAQGEVVRKLKAEKAPKAKVTEAVECLLSLKAEYKEKTGKEYVPGLEHHH'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
TRNA SYNTHETASE
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| molecule tags |
Ligase
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| source organism |
Cricetulus griseus
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| publication title |
A recurrent RNA-binding domain is appended to eukaryotic aminoacyl-tRNA synthetases.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
18
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| structure length |
56
|
| sequence length |
56
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| ec nomenclature |
ec
6.1.1.15: Proline--tRNA ligase. |
| pdb deposition date | 1999-09-23 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LW7 A; 4X66 O; 4DR6 O; 4NXM O; 4KHP O; 4LF7 O; 1FJG O; 5FLX N; 1XMQ O; 4DUY O; 4X64 O; 4X62 O; 3M8A A; 2UUC O; 1I94 O; 4DUZ O; 4GKJ O; 1X59 A; 2F4V O; 5A2Q N; 5BY1 A; 4JI4 O; 5LL6 Y; 4LFA O; 1FYJ A; 2ZM6 O; 4B3T O; 4DV6 O; 2DJV A; 2AGA A; 3O65 A; 4JYA O; 2UU9 O; 4LF4 O; 1G1X B; 1HNZ O; 4LF9 O; 4A5U B; 2ZKO A; 3F5T A; 1R6T A; 4YHH O; 2UXD O; 4DV4 O; 4LF6 O; 4JI1 O; 1IBM O; 2E5L O; 2UUB O; 4JI8 O; 4B3S O; 4K0K O; 4OX9 O; 4LF8 O; 2VQE O; 4NXN O; 1R1B A; 4JI2 O; 4JV5 O; 4OPH A; 2JRI A; 2N74 A; 4JI6 O; 4X65 O; 4DR5 O; 2DOS A; 3T1H O; 4DV5 O; 4DR4 O; 1N34 O; 4DV2 O; 3R66 A; 5IWA O; 2UXC O; 1N36 O; 4GKK O; 4B3M O; 4DV3 O; 5IT9 N; 1D2D A; 1HR0 O; 1FKA O; 4B3R O; 2FKX A; 1N32 O; 1HNW O; 4LFC O; 4JI0 O; 1XNQ O; 4JI7 O; 4DR1 O; 3J7A U; 4DR7 O; 4DV0 O; 4DV7 O; 3T1Y O; 1A32 A; 2Z0A A; 4AQY O; 3OTO O; 4JI5 O; 3SDL A; 5H5N A; 1IBL O; 4LF5 O; 1XMO O; 1AB3 A; 4YY3 O; 5LMU O; 5BR8 O; 4OPA A; 3J80 N; 2HHH O; 4DR2 O; 1KUQ A; 1XNR O; 1XEQ A; 3RT3 C; 3JAM N; 2UXB O; 3J81 N; 5LMN O; 1HNX O; 1N33 O; 4DV1 O; 4JI3 O; 1YZB A; 1NS1 A; 1IBK O; 2VQF O; 4DR3 O; 2UUA O; 1J5E O; 4LFB O; 1AIL A; 1DK1 A; 1F7Y A; 5BXZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1Q6I A; 4DR6 O; 4ZI7 B; 4J7K A; 2QE7 G; 2ZDI C; 2ZD9 A; 5IYD O; 1EN5 A; 1KEC A; 4YIO A; 1K4C C; 4JYB A; 3LDC A; 4OXS A; 1KC8 W; 4X1I B; 2DWD C; 3E89 A; 5B1A C; 3N27 A; 1M56 C; 3C90 A; 4O4H B; 3WB1 A; 1K8A W; 4E4E A; 3ZMT A; 3UO3 A; 3K58 A; 2R9A A; 4B3S B; 4PHZ A; 1Z5V A; 3ASO B; 2ZKO A; 5CA1 B; 3AG4 C; 3IAY A; 1ZL8 A; 2DN9 A; 4FLX A; 4QNH B; 2UUB O; 1MG1 A; 3K0D A; 2JRI A; 5J9P C; 2P7T C; 1K34 A; 5J2U B; 1VQ7 V; 1ZLZ A; 4JI4 B; 3GWK C; 2LP7 A; 4GLX A; 1QBZ A; 4FM0 A; 3R66 A; 2KKW A; 1VP7 A; 3UQ8 A; 2IU0 A; 4GCZ A; 3LDD A; 3ZRW A; 4FJC C; 5JJN B; 2ZR3 A; 2PYL A; 5IWA B; 5IT9 N; 1RFY A; 1O9G A; 4DR1 B; 4GKK B; 3K0G A; 2KQX A; 3E8G A; 4B08 A; 1N32 O; 4JPR A; 4F6E A; 4FFK A; 4MVS A; 1IX9 A; 1SQP H; 1KU9 A; 5EYP A; 4UFZ A; 3RYC B; 2AZ0 A; 1WP8 A; 3FB6 C; 5LHI A; 1H8H G; 5EIB D; 5LMU O; 4OPA A; 4H0L B; 2ZIO A; 1N8R W; 3APQ A; 3BFR A; 2P67 A; 4JZ2 A; 2PY5 A; 4IL6 Z; 1P4R A; 1H2M A; 3J81 N; 4PDL A; 1HNX O; 1QVG U; 4UXN A; 4G2K A; 4DYL A; 4QE7 A; 1J95 A; 1O9H A; 2YID A; 5LGN A; 1S72 V; 1OHH G; 3L75 H; 3K79 A; 2LW1 A; 2E5L B; 4FM2 A; 2BE3 A; 2AZ2 A; 3G67 A; 4MT8 A; 1GM8 A; 1M4U A; 5HFM A; 3S3X A; 3B8M A; 3K9A A; 4IIJ A; 1MA1 A; 3ZN1 A; 4LFA O; 1WA8 B; 4I9Q A; 2DJV A; 2B5U A; 2UU9 O; 2OT5 A; 4Z1V A; 3ZHS A; 2GDS A; 3ABK B; 1LR1 A; 1FAF A; 1SA0 B; 1Y4M A; 1NR1 A; 4NTX A; 3ZMZ A; 2JIZ G; 4BR6 A; 1SZX A; 3ASO C; 3FB5 C; 1V54 B; 4CS4 A; 1GMG A; 3FYE B; 2VQE B; 4PJ0 Z; 2QEX V; 4B3M B; 4DR4 O; 1N34 O; 2HVK C; 4AIL C; 1NU1 H; 2QKC A; 3WU2 Z; 1PL0 A; 3WB2 A; 1PNK A; 1K4D C; 2A0L A; 4RAI A; 3ICX A; 2IBZ H; 2QA4 V; 2B1I A; 2WAM A; 3P32 A; 3IC7 A; 1MNG A; 2H94 A; 3FKS G; 4BIO A; 3G80 A; 3GVM A; 2HLD G; 1VF5 B; 1R3L C; 2XAQ A; 2RMK B; 4C7U A; 4CBC A; 2Q4P A; 4LF7 B; 2QGN A; 3K5M A; 1SKV A; 1H2S B; 1V55 C; 3SYC A; 1SES A; 1GKF A; 4YY3 O; 4DXW A; 4U3J A; 1NZ6 A; 1K5S A; 2F66 C; 1US6 A; 3CRQ A; 1CP9 A; 3H1H H; 1QNM A; 4IHJ B; 4DR3 O; 3CX5 F; 5JVD A; 4X66 O; 4ABM A; 5CBG A; 3QVN A; 3A0B Z; 3NXS A; 4DR7 B; 5CB4 A; 2A06 H; 3BA8 A; 4LWS A; 3ZHV A; 2R72 A; 3VBB A; 4DW0 A; 1UJW B; 2N04 A; 2IM9 A; 1VQ4 V; 1GM7 A; 3X2Q B; 4CH3 A; 2LGQ A; 4DUY B; 4O4I B; 2ZXW C; 4J80 A; 2FTK A; 2K9P A; 4D6T H; 5IJ9 A; 3QO5 A; 3ZHQ A; 3HKC A; 3D36 A; 4CS3 A; 1R6T A; 1NJI W; 4AI8 A; 4LF6 O; 3JCZ A; 2E5L O; 2LGW A; 3HKE A; 3JAL A; 1IXM A; 4YHH B; 5TIS Z; 4MVZ A; 1I94 B; 1TAE A; 2PTM A; 2XT9 A; 1H2N A; 5CMU A; 5KMG B; 2DOS A; 3AG1 C; 2Q5Z A; 1VQK V; 4JYY A; 4EKW A; 1TUE B; 1UFI A; 5F2V O; 3FAV A; 1AR1 B; 3UO2 A; 4I55 A; 1M1K W; 2Q7H A; 1OCO B; 3C3T A; 1IVS A; 1HR0 O; 1IBM B; 4I9W A; 1N36 B; 2QWO B; 3CRR A; 3UT5 A; 3R65 A; 4GT1 A; 4TOI A; 2IJJ A; 3FYI B; 4GYC B; 2F93 B; 3E83 A; 1SQV H; 3W7S A; 2PGG A; 1ZTE A; 1HW7 A; 3L73 H; 4DV7 O; 1A32 A; 4H33 A; 2Q69 A; 1QR9 A; 1HP8 A; 1R3K C; 1YHQ V; 1HNX B; 2A9H A; 3JAT B; 1FXK B; 1XNR O; 1V55 B; 3OAA G; 1VQM V; 1OCC B; 3DGE A; 3U0Z A; 4LNU B; 1S3J A; 1OCR B; 5LXT A; 2YC0 A; 4UUJ C; 3CCJ V; 2X7R B; 5H2F Z; 1XHZ A; 4P30 A; 3VQV A; 4NXM O; 4LF8 B; 3B8N A; 3ETG A; 1QLE C; 1W59 A; 4ZI7 A; 3CCU V; 4FFB B; 5IYZ A; 4JYC A; 3HKC B; 4JI6 B; 3M8A A; 2ODM A; 4LFA B; 4HYO A; 2Q6A A; 3K59 A; 2CTQ A; 3H1I H; 1BE3 H; 1U96 A; 3OT7 A; 4YJ3 A; 2WLH A; 2BTQ A; 1M5I A; 3ZHU A; 2WWW A; 1Z2G A; 1LUV A; 1D5N A; 5EBM C; 4PI0 A; 3BHP A; 2V4D A; 2YXY A; 1HNZ O; 1RSO A; 2EIK B; 4PDR A; 3ZBH A; 3IGA C; 1YIT V; 4TQF A; 4DR6 B; 4WBN B; 3SPI A; 5EZY B; 3RWR D; 1R1B A; 4JI2 O; 2UXX A; 2A7W A; 5E79 Z; 1F4M A; 4NYK A; 4BIU A; 2OWO A; 2CTR A; 1JCH A; 3HR0 A; 3OUS A; 2ADQ B; 2H3O A; 5DM6 V; 4J10 A; 2P6J A; 4I7Z B; 2GV9 A; 3ABM C; 1TVK A; 4JAU A; 4GX1 A; 4O2B B; 3DSQ A; 1OJH A; 3ZRW B; 1TA8 A; 4L87 A; 3ZJZ A; 4ICG A; 3EVK A; 1I5Y A; 3N2G B; 1L1F A; 4LFB B; 2Z5U A; 5CA3 A; 4BWA A; 2O57 A; 1XMO B; 3WB0 A; 1T5E A; 3DTU B; 2E3C A; 4R6Z A; 3OD4 A; 1GN6 A; 2E74 B; 3HKE B; 1H2G A; 4QGP A; 3JCU Z; 1YSC A; 2DQ3 A; 1XUQ A; 4FK5 C; 3D36 C; 1HR0 B; 1Z5W A; 3LDE A; 1HDJ A; 2CTW A; 5LGT A; 1Y74 A; 3JAR A; 4KHP O; 2L35 A; 4AQY B; 3EHB B; 3H9V A; 2AW9 A; 2OCH A; 4DUY O; 1N0J A; 1KP2 A; 5BMV A; 1RSO B; 1WN7 A; 4UCT A; 5LMU B; 2P5O A; 1ZX3 A; 5FL7 G; 1FJG B; 4U7N A; 2W6I G; 2LO1 A; 5LA6 B; 4UB8 Z; 4B7K A; 4U3J B; 1N34 B; 2ITD C; 1Q6U A; 1M57 C; 4JYA O; 4I55 B; 1CXZ B; 1SA0 A; 4JV5 B; 1BHA A; 2Y69 B; 4X20 B; 3RFR A; 3CWB H; 1P7B A; 1JMK C; 2Q9L A; 4LF8 O; 1BT8 A; 4LFC B; 3AEI A; 2JEX A; 2YIC A; 4JI1 B; 1FXK C; 1GK9 A; 4KL1 A; 4JI6 O; 2E75 B; 3OR7 C; 2EIL B; 2Q7E A; 4JAA A; 2CGO A; 3KCY A; 5CBH A; 1GO3 F; 2X6A A; 1VEW A; 1B6Q A; 2G38 A; 4OGQ B; 3LNM B; 2UU9 B; 1N36 O; 1NI8 A; 2YEV A; 1EZV H; 4UCS A; 1GAX A; 4YJ3 B; 2VQF B; 2QWR B; 1HNW O; 4K8X A; 4Z2W A; 1PV0 A; 4JI2 B; 4MVQ A; 2ZE7 A; 4JI0 O; 1XNQ O; 1JFF B; 3NR7 A; 5C8Y B; 1SS3 A; 4DR7 O; 2PUS A; 3JD3 A; 4TT3 G; 3OTO O; 1OCO C; 2ARH A; 2R9I A; 1V9P A; 2RQ6 A; 4IHJ A; 4PD4 F; 1FFT B; 1N33 B; 2JK5 C; 3H1L H; 1ZAU A; 2EJ7 A; 5L3E A; 4LR3 A; 5CBF A; 3EFF K; 5ITZ B; 3FB8 C; 5BR8 B; 4DO2 A; 3G71 V; 4TV8 A; 4MTO A; 4QJF B; 4ZOL B; 4KP4 A; 3JAK A; 2ZNI A; 4LFB O; 3QF7 A; 1S5L Z; 5LP6 B; 3VOU A; 4RQE A; 2KG7 A; 2D2C B; 4LC1 A; 2QWP B; 2AXT Z; 4DUZ O; 3DXR B; 1PM9 A; 2WLL A; 3PN1 A; 2Q0A A; 5IJ9 B; 4XBF A; 1GN2 A; 1JR9 A; 1S77 D; 1FXK A; 4MW3 A; 3CHX A; 4HZ3 A; 1SQQ H; 5JH7 A; 2YIA A; 3A0R A; 2EX3 A; 3SYQ A; 4W4L A; 3WFV A; 3CS5 A; 1FS0 G; 4ZIB A; 4OX9 O; 2RN9 A; 5FNV B; 1BS3 A; 4FVM A; 1FXV A; 3I5D A; 1VQN V; 5LBQ A; 5KUK A; 4NXN B; 1WB7 A; 3LUT B; 5B5E Z; 3THO A; 3RYH B; 1YCI A; 3KZI Z; 2YXL A; 2R70 A; 2CH7 B; 2JGU A; 2EIJ B; 1YDX A; 5LGU A; 2YSU B; 4DR2 B; 5C93 A; 5H9C A; 3MHS C; 2UXB B; 4U7O A; 2BTO A; 1WNS A; 3FD9 A; 1RP3 B; 4B3R O; 4E2L A; 4WBN A; 3CP1 A; 2BCC H; 3J7A U; 4EB6 A; 3AG3 B; 4HNA B; 4R8C A; 4FLU A; 5KUM A; 1B3Q A; 4NTW A; 5B1A B; 2GBO A; 2Q8V A; 1BHB A; 4P9O A; 1BCC H; 2KG7 B; 4YY3 B; 1Y67 A; 5LMN O; 1Q3E A; 4FM1 A; 5AG2 A; 2XAH A; 3OMA B; 4DV1 O; 5IYZ B; 2E76 B; 3DXR A; 3FX7 A; 1XNQ B; 2UUC B; 2ZCE A; 1BMF G; 2XND G; 4N23 A; 3K08 A; 4DR3 B; 4NVP A; 2KSD A; 4H13 B; 5E1A C; 1WJZ A; 1X59 A; 2F4V O; 3QO8 A; 3BEH A; 3SYA A; 3WG7 C; 1GN3 A; 4DW1 A; 5J2T A; 4B7E A; 1KKD A; 5FNV A; 1N4C A; 3K03 A; 3O65 A; 3E8H A; 1G1X B; 1I08 A; 5H6R A; 3AG1 B; 1EFR G; 4JGS A; 5EC1 C; 3ZHT A; 3ASN B; 2JGD B; 4JI1 O; 1WP7 A; 3ABL C; 3RYF B; 3JAW A; 2DYR B; 2P4K A; 1NVP D; 4GUN A; 3K5N A; 4JI8 B; 4QIW F; 4X65 O; 2WLI B; 2QSA A; 4DR5 O; 1G4Y B; 2EUL A; 4PDV A; 3B2E E; 3DC5 A; 3CD6 V; 4UVB A; 2NN4 A; 1JJ2 U; 1QLN A; 3OTF A; 4GKK O; 3ETQ A; 2DYS C; 3ZED A; 1QCE A; 1XHX A; 2FKX A; 1AR5 A; 2W6J G; 5HFL A; 3OTO B; 3RVY A; 2Q67 A; 2QKS A; 3CXC U; 2B9Z A; 4K3A A; 2DMX A; 1E1R G; 1OCC C; 1OCZ C; 4GX0 A; 4KHP B; 4AQY O; 1YJN V; 1VF7 A; 2VS0 A; 1Y66 A; 3JD1 A; 3ABU A; 3N2G A; 1NT2 B; 5IJ0 A; 3LSU A; 1K9M W; 1EZJ A; 3CCM V; 4DR2 O; 1LUW A; 1AR4 A; 2EZP A; 3OGC C; 2MW2 B; 4Z1M G; 1WB8 A; 4PI2 A; 5GW7 A; 1AIL A; 3ZRS A; 1VQ8 V; 2LW7 A; 4DK0 A; 5L3C A; 4O4H A; 4X88 A; 4X64 O; 2QJ1 A; 2JS5 A; 4X62 O; 2A79 B; 1LNQ A; 1XIL A; 2DWE C; 4I5S A; 5IY5 B; 5LL6 Y; 3W7X A; 4JTA B; 2ZM6 O; 5KHJ A; 2AGA A; 2Y4U A; 3K9S A; 1DTO A; 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4EEQ A; 4G28 B; 1U97 A; 4OPH A; 1EBO A; 5D5P A; 4UCO A; 3CCL V; 1Q5O A; 4RUF A; 5IJ0 B; 3TCU A; 1JQ0 A; 3TJT A; 4IIJ B; 5IE9 A; 4P2Z A; 3C3S A; 3RYH A; 1D2D A; 1FKA O; 2OCC B; 3SJB C; 1Y76 A; 5FPR A; 4OX9 B; 3IC9 A; 1FFX B; 3BCC H; 3OEH G; 2ZQM A; 1J5E B; 1XL6 A; 2DQ0 A; 1XRE A; 4X8A A; 2P22 C; 2DW4 A; 5B1O A; 2OTJ V; 3E8F A; 3IJ4 A; 1S76 D; 2GUZ A; 3K5O A; 1S5J A; 1ZL8 B; 2QM8 A; 4YJ2 B; 1I5X A; 4O2A B; 4ASU G; 5CB4 B; 4UV9 A; 1NBM G; 1NTK H; 1VQ5 V; 3CSX A; 4CC5 A; 3G6B A; 1WAZ A; 1NS1 A; 3ABK C; 2IJH A; 1IBK O; 1VMG A; 3N2K A; 4YIP A; 5EYP B; 5JVD B; 4LF7 O; 2XAJ A; 3O9O A; 1BQZ A; 1XI1 A; 4X1I A; 4MVM A; 1Q81 W; 1H8E G; 3L9D A; 3CMA V; 2AHZ A; 2C2A A; 2JGD A; 1WPX A; 4RQF A; 1THZ A; 3OE7 G; 2EIN C; 1SET A; 4IGG A; 1MZE A; 2WSS G; 1AP5 A; 4DV1 B; 4LF4 O; 1BSM A; 2UXD O; 2RDC A; 3JAS B; 1OZ0 A; 3DC6 A; 1VQL V; 4K0K O; 2IW5 A; 3D8C A; 2CUG A; 2Y4T A; 1SQG A; 4JI7 B; 3ZIA G; 3MD0 A; 1OCR C; 5CA1 A; 5KLV H; 1Y6X A; 3AG3 C; 4KXR A; 2MK3 A; 4DV5 O; 3KG2 A; 4WFB V; 3OFN G; 5LYJ A; 4J41 A; 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