The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
|
sequence length |
73
|
structure length |
73
|
Chain Sequence |
MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKQVVDQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGSTLGLNIEAATHVGKQIVEKILKEES
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
NONSTRUCTURAL PROTEIN 1
|
| publication title |
A novel RNA-binding motif in influenza A virus non-structural protein 1.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Influenza a virus
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| molecule tags |
Nonstructural protein
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| total genus |
27
|
| structure length |
73
|
| sequence length |
73
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1997-10-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JRI A; 1D2D A; 4OX9 O; 1HNX O; 4JI8 O; 4LF7 O; 4LFC O; 4KHP O; 4B3S O; 5BXZ A; 4LF8 O; 1I94 O; 3T1H O; 5IT9 N; 2UUB O; 5FLX N; 1AB3 A; 1YZB A; 4DR6 O; 4YY3 O; 2DJV A; 1X59 A; 1R1B A; 2N74 A; 1DK1 A; 5BR8 O; 4JYA O; 4JI6 O; 4DR5 O; 4DV7 O; 4DR3 O; 2UUA O; 1N32 O; 4JI2 O; 4DV6 O; 1XNR O; 1HNW O; 1FKA O; 4DR4 O; 1NS1 A; 4B3R O; 4NXM O; 4B3T O; 3SDL A; 4DUY O; 4DV3 O; 4B3M O; 4LF4 O; 3O65 A; 4DR2 O; 1IBM O; 1XNQ O; 4A5U B; 5LL6 Y; 5LMN O; 4DV0 O; 5BY1 A; 4LF9 O; 4DV5 O; 4DV1 O; 2ZM6 O; 1A32 A; 1N33 O; 2UXD O; 2AGA A; 2LW7 A; 4X64 O; 1XMQ O; 1HNZ O; 2VQF O; 4JV5 O; 2FKX A; 4LFB O; 3J7A U; 1J5E O; 4LFA O; 4JI0 O; 3JAM N; 1AIL A; 1N36 O; 4JI1 O; 4JI5 O; 4JI4 O; 1G1X B; 1HR0 O; 2F4V O; 4AQY O; 4GKK O; 4K0K O; 2UU9 O; 4DR1 O; 2DOS A; 4LF6 O; 2VQE O; 3T1Y O; 4LF5 O; 5A2Q N; 2Z0A A; 2UUC O; 4DR7 O; 4OPH A; 2E5L O; 1IBK O; 1XMO O; 3M8A A; 4YHH O; 2UXB O; 3F5T A; 4NXN O; 1IBL O; 4X66 O; 4X65 O; 3J80 N; 5H5N A; 3RT3 C; 4DV4 O; 1FJG O; 3R66 A; 3J81 N; 2UXC O; 1R6T A; 4JI3 O; 1F7Y A; 1KUQ A; 2HHH O; 1N34 O; 1XEQ A; 3OTO O; 4DUZ O; 2ZKO A; 5IWA O; 4DV2 O; 4OPA A; 4X62 O; 1FYJ A; 5LMU O; 4JI7 O; 4GKJ O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2XAS A; 1FXV A; 3FB7 C; 3K5M A; 4FPP A; 5IJ9 A; 2F66 C; 1I94 O; 4W4L A; 2UUB O; 2E75 B; 1FFX A; 4X1I B; 3MHS C; 1NTZ H; 2Q73 A; 4JYA O; 4IT5 A; 3CS5 A; 4JI6 O; 2V4D A; 1RSO B; 3FKS G; 2Q7E A; 4PI2 A; 2JGD A; 1ZAU A; 1NI8 A; 3ASO B; 1VQ4 V; 3HKB A; 4DK1 A; 1WA8 A; 1H2N A; 2DWD C; 5JQG B; 1Q6H A; 4JI8 B; 2LW7 A; 4IHJ B; 4DV3 B; 2VQF O; 3E2E A; 2YUA A; 1XNQ B; 4PEL A; 4ZI7 B; 4NTY A; 4FIP C; 1N36 O; 3K5N A; 4NTW A; 4Z1V A; 2OTL V; 1PL0 A; 3ZRX A; 5KLV H; 1QR9 A; 4P2Z A; 4DR1 O; 1QLE C; 2MK3 A; 2WAM A; 5L3C A; 3RVY A; 4B7K A; 3BRC A; 4PD4 F; 1M1K W; 1IX9 A; 2Y0P A; 2ZE8 A; 5CBF A; 3CRM A; 1IBL O; 4H13 B; 4NKG B; 3J80 N; 1K34 A; 4LWS B; 4MTF A; 4ZHQ A; 1OCZ C; 4DUZ O; 3N2G A; 1MOF A; 5ITZ B; 2Q68 A; 2HFE C; 3FAV A; 2OYQ A; 2CTP A; 1NKD A; 1K73 W; 3SJC C; 3RWR D; 3QO5 A; 2HHH B; 2HJD A; 1XRE A; 4I50 B; 4LFC O; 1M4U A; 1M90 W; 4I4T A; 1HP8 A; 3B77 A; 2PYL A; 1OZ0 A; 1MG1 A; 5KX5 A; 1XUQ A; 1KC8 W; 2XAQ A; 4DRX A; 5BR8 O; 1PM9 A; 4NB5 A; 1QLN A; 4DV4 B; 3UCS C; 3FB6 C; 3CC2 V; 3QNE A; 1KKC A; 4UVB A; 2JEX A; 3ABM B; 2ZR3 A; 2CTW A; 1JQ0 A; 1W0J G; 2YEV B; 3JD2 A; 2DE0 X; 2GTA A; 4PA3 A; 3SPC A; 4DR4 B; 1I08 A; 3JAT A; 2F23 A; 5JH7 B; 4O4J A; 4DK0 A; 2LJ2 A; 1PP9 H; 5EZY A; 4FK5 C; 4MTX A; 3JAR B; 2PYJ A; 1ZTE A; 2W6J G; 5KMG B; 4JZ2 A; 4MW8 A; 3ETQ A; 1KB9 F; 1AIL A; 3U10 A; 1PNL A; 2QJ1 A; 4JI4 O; 1S5J A; 1KEC A; 4WFE A; 3JD3 A; 4MVR A; 1FXH A; 4GKK O; 1MZE A; 4DR3 B; 4FFK A; 1K33 A; 2E76 B; 3DSQ A; 2LO1 A; 2DW4 A; 2UUC O; 3K03 A; 1IBK O; 4FFB A; 1GH6 A; 5LYJ A; 3ZHR A; 1Q8I A; 4GX0 A; 2YXH A; 3HKD A; 1WJZ A; 4DYL A; 2GV9 A; 3ZN1 A; 1XEQ A; 3WB0 A; 1BMF G; 3Q4H A; 3ZJZ A; 2ZXW C; 5E1A C; 2X6C A; 4FVM A; 1QR8 A; 2ATK C; 1K4C C; 4CC5 A; 1YTF B; 1DLB A; 3TXS A; 3ASN B; 4BAY A; 3OTO B; 4CZZ A; 1HR0 B; 4KHP O; 4K0K B; 1MAB G; 5FLX N; 2YID A; 5CA3 A; 3T4D A; 3H1J H; 1SQV H; 4E2L A; 2E5L B; 2A9H A; 1Q6I A; 1YXB A; 1TVK A; 2LFR A; 4QE7 A; 2YI9 A; 3K79 A; 1Z5W A; 4UB6 Z; 4JI2 O; 4X9Q A; 4RWU A; 1AJN A; 3ZBH A; 2OIG A; 4B3R O; 3SYP A; 3AG1 B; 3R65 A; 4KL1 A; 5LHI A; 4X62 B; 1JA8 A; 3CEI A; 4JYC A; 3CCL V; 4D7S A; 1JFF B; 4DV0 O; 4GLX A; 5J2T B; 4JAV A; 2HR3 A; 1N33 O; 4WCE V; 4X64 O; 1SF9 A; 3D36 C; 1VQP V; 1I94 B; 2UUB B; 2A7W A; 4DR2 B; 2QSA A; 3THO A; 3K3W A; 5E79 Z; 1I5Y A; 1OCO B; 3IFX A; 3WG7 C; 4ABM A; 4CH5 A; 2KB1 A; 1IDS A; 1N0J A; 2DMX A; 1G1X B; 4JI6 B; 2IH3 C; 2W0F C; 4K35 A; 2VQE O; 2NN4 A; 4DR7 O; 1Q7Y W; 1MZF A; 5B1N A; 3TET A; 2QM8 A; 3AG7 A; 2F4V B; 5LGU A; 3ASO C; 1YDX A; 4PA6 A; 4QNH B; 4I55 B; 1YF2 A; 2UXC O; 3CRR A; 4JI3 O; 2Q9L A; 5KUM A; 3ZN0 A; 4HNA A; 2VQF B; 4EEQ A; 1H2G A; 1TUB B; 4N21 A; 3HKC B; 1XL6 A; 2OT5 A; 1W2B U; 1N36 B; 1CPY A; 4U3F H; 1SS3 A; 1D2D A; 3HKE A; 5GTH Z; 1NQT A; 2M6Y A; 4DR1 B; 3W7S A; 1IZ3 A; 4IL6 Z; 4RQE A; 2XTA A; 3A2F A; 2F1M A; 1IBL B; 2N74 A; 4TV9 B; 1KYO F; 2WWW A; 2XT9 A; 5B5E Z; 1XNR O; 1TGO A; 4DUZ B; 3FD9 A; 1COW G; 3ABK B; 2WLL B; 1YVW A; 1E79 G; 3SGI A; 4DV3 O; 1SKV A; 5GTI Z; 2YC0 A; 1XNQ O; 4U7O A; 2WLN A; 1EBO A; 1NBM G; 5LL6 Y; 1Q6U A; 3KCX A; 2Q5Z A; 3FX7 A; 1VQL V; 2B5U A; 4LFC B; 4TUY B; 1B3Q A; 2EJR A; 4YXW G; 1Q90 D; 3KCY A; 1ZLZ A; 3UO2 A; 1J5E O; 3CX5 F; 2Q0O C; 4LFA O; 3ABL C; 2YIC A; 3LNM B; 2OCH A; 1R3I C; 3GB7 C; 1WN7 A; 4Q6G A; 5FPR A; 4NR1 A; 3AG3 C; 1OCZ B; 1P4R A; 4FM1 A; 1L0N H; 1S3J A; 1M56 B; 4KP4 A; 4I0X A; 3BA8 A; 3U11 A; 2QTS A; 2Y0I A; 4UFZ A; 1P49 A; 3OGC C; 3UO3 A; 4YIP A; 2ARH A; 1FJG O; 2KG7 B; 5L3B A; 1ROP A; 2HHH O; 5J2U B; 5EBW C; 2ZKO A; 5D5P A; 5B1O A; 1VQM V; 5CA0 A; 1WPB A; 2OIE A; 2LFS A; 2QWO B; 2AXT Z; 4JI4 B; 3EHB B; 4P9O A; 3ZMU A; 1YIT V; 3L9D A; 1YSC A; 1Y66 A; 4B3S O; 3LDC A; 3UT5 A; 1US6 A; 1VF7 A; 1SER A; 2P06 A; 3A0H Z; 4MVO A; 2P4K A; 4WBN A; 1GRJ A; 1NVP D; 2UUC B; 3RVZ A; 4JI7 B; 2YIA A; 1IBK B; 3LSU A; 1Y76 A; 1SQX H; 4BIU A; 2GDS A; 5TIS Z; 1XDC A; 2ILM A; 4F6R B; 3RYI A; 3K9A A; 3K0G A; 1QU7 A; 3I5D A; 4DR4 O; 4H0L B; 3ZHT A; 1SQQ H; 3W7U A; 4HYO A; 4RQF A; 2Z3Y A; 1BCC H; 4MVU A; 1SA0 B; 2RCV A; 3IGA C; 1XHZ A; 3D36 A; 2IM9 A; 1JJ2 U; 1NTM H; 4DW0 A; 5KA6 A; 2FTK A; 4KHP B; 4TWK A; 1TUE B; 3MAQ A; 1HNZ O; 3ASN C; 3ZHS A; 1IBM B; 2RNB A; 3AG4 B; 1K5Q A; 4G27 B; 4X1I A; 2WA4 A; 4K8Z A; 4GUN A; 2IJI A; 1ZX3 A; 1U96 A; 1H2M A; 4GZR B; 1MA1 A; 1FXK C; 3OEE G; 4JI2 B; 4QPK A; 3K5L A; 2YXL A; 4FLY A; 1VMG A; 4J42 A; 2ZXW B; 1XMO O; 1DF5 A; 2YIB A; 3E8H A; 4LH7 A; 4DV0 B; 1GM8 A; 5KUK A; 2CUG A; 3D8C A; 4LF5 B; 1WB7 A; 1Y74 A; 3CCU V; 1N33 B; 2C2A A; 1DGS A; 4IHJ A; 4X64 B; 1HW7 A; 1IVS A; 3OTO O; 4IIJ A; 5C8Y B; 4DV2 O; 4ZI7 A; 2V1D A; 4OPA A; 5B3S C; 1VEW A; 4K8X A; 2R9R B; 3ZHQ A; 4X1K B; 4BIZ A; 1FAF A; 1T5E A; 4FLV A; 1OCO C; 2W0X A; 4LF8 O; 1SET A; 3JYC A; 2VQE B; 5JJE B; 3CJH B; 2A0L A; 1YZB A; 4J9Z B; 4DR6 O; 2VWK A; 4YY3 O; 1VQ9 V; 3NR7 A; 1GN6 A; 3MHH C; 1R1B A; 4MVZ A; 2EIM B; 4L87 A; 3SJB C; 4DR5 O; 3B4S A; 3JAW B; 1KMI Z; 4NVP A; 2UXC B; 4JI3 B; 5EBL C; 1NH2 D; 2V7Q G; 1AR4 A; 3ZMT A; 4DUY O; 3ZRW B; 4AIL C; 1PKX A; 4EFE A; 3VQX A; 4O4I B; 4U3J B; 4DR2 O; 3PN1 A; 2ZE7 A; 2H8P C; 4RUF A; 3AG2 C; 4XBF A; 3WG7 B; 5LMN O; 4I50 A; 1A32 A; 3CRC A; 1N0N A; 3E83 A; 3E8B A; 4MVQ A; 1GO3 F; 4HZ3 A; 4UV9 A; 3B40 A; 1FFT B; 1GN2 A; 3ZRV A; 3K06 A; 4LNU A; 2GUZ B; 2G38 A; 1WNS A; 2F4V O; 3X2Q C; 2QM7 A; 3HR0 A; 1XNR B; 2NLJ C; 1HWY A; 3WFV A; 4IGG A; 5LP6 B; 2YEV A; 4YHH O; 3ABK C; 4X66 O; 3SYQ A; 2LW1 A; 3JSL A; 4RAI A; 4MTO A; 3RT3 C; 4B08 A; 2OWO A; 2YDE A; 3T4Z A; 2PI5 A; 3CD6 V; 1WPX A; 5JH7 A; 4UVA A; 3J81 N; 1KQS U; 3AEI A; 3N27 A; 1Q3E A; 3JAR A; 2FYU H; 5CN0 A; 3CC4 V; 3BFR A; 5JJJ B; 2WPD G; 5KMG A; 1J5E B; 2CH7 B; 1FYJ A; 4LFA B; 2DYR C; 5C93 A; 2NNU A; 5LMU O; 4PA7 A; 4GYC B; 3K58 A; 1VAR A; 3CP1 A; 3DXR B; 2JRI A; 5BMV B; 2BTO A; 1M5I A; 3P32 A; 1YCI A; 5IWA B; 1P7B A; 1XHX A; 3E89 A; 3BCC H; 4ICG A; 3T2M A; 3AK1 A; 2PUS A; 1DF4 A; 1NTK H; 4R7C A; 1M56 C; 2DQ3 A; 3K59 A; 1H8H G; 2BTQ A; 1VQN V; 5AG2 A; 2VWJ A; 1M57 C; 3JD0 A; 3SPI A; 4O2B A; 4ZOL B; 1FJG B; 1KKD A; 5DED A; 1NS1 A; 4RUE A; 3DTU B; 4UCO A; 5JCO A; 2RMK B; 1JVM A; 2DYS B; 2JS5 A; 3B8M A; 1W0K G; 2F43 G; 3ABL B; 2EX3 A; 3WB1 A; 1N32 B; 1NZ6 A; 4LF9 O; 1QVF U; 3AG3 B; 2QWP B; 4DV1 O; 4G28 B; 1VF6 A; 2UXD O; 2AGA A; 2YSU B; 4B3S B; 3C90 A; 3VBB A; 3OMI B; 3TK1 A; 3H1H H; 5LOV A; 5EYP B; 5IYZ B; 3N2K B; 4UVC A; 1MMM A; 4I7Z B; 4JI5 O; 4N23 A; 2QTO A; 3ZHU A; 2PZS A; 3VQY A; 5A9G A; 1Y67 A; 2M7W A; 3ZMS A; 5LBQ A; 5LHH A; 1N8R W; 4JI1 B; 1J95 A; 5BZB A; 2Y4U A; 3JSN A; 4UCR A; 5L3D A; 2PI4 A; 1JFF A; 5J9P C; 3D3Q A; 3ML0 A; 2R9A A; 1QVG U; 5J2T A; 3ZHV A; 5EIB D; 2ZIM A; 2WLK A; 2HVK C; 2ZQM A; 1QHT A; 1HNZ B; 1R6N A; 2Y69 C; 3FB8 C; 1VF5 B; 4WFH A; 2CGN A; 1D5A A; 2CDY A; 4JI7 O; 3AG4 C; 1F4M A; 1R73 A; 1K7D A; 2EUL A; 4X88 A; 3H9V A; 3QTC A; 4FLX A; 1LNQ A; 3DC6 A; 2QA4 V; 4J11 A; 1B06 A; 1EM1 A; 1K4D C; 1O9H A; 1F51 A; 3E22 B; 1XMO B; 3B09 A; 2BOB C; 4CS2 A; 4QIW F; 1THZ A; 1GN3 A; 2QR4 A; 5KHK A; 4EKW A; 4I55 A; 3CCE V; 2QGN A; 2IH1 C; 4JYB A; 3LDD A; 1RPR A; 2ZE6 A; 2XOK G; 2EJ7 A; 4DV2 B; 3HKC A; 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4JTC B; 4PV1 B; 3X2Q B; 2GHY A; 3JAS B; 3CXH F; 4K3A A; 2Z5U A; 3JAK B; 1TVK B; 4KFM A; 3SPH A; 2JGU A; 3C3T A; 2ZIO A; 5KAF Z; 2IW5 A; 2WA3 A; 4BR6 A; 4MW3 A; 1ARO P; 4JAA A; 4F6R A; 2DQ0 A; 3LSQ A; 5IYD O; 4AQY O; 2Q0A A; 3EXA A; 1CXZ B; 4LF6 O; 3OM3 B; 1SC5 B; 1QQC A; 4HAM A; 3D3I A; 4JGS A; 2DYR B; 1SA0 A; 4R6Z A; 4JF3 A; 3DGE A; 3A0B Z; 2Q4P A; 4MVM A; 4FZ0 A; 2DYS C; 4J80 A; 5EIB C; 3A0R A; 4LF9 B; 1K9M W; 1ZWI C; 5LXT B; 4DV1 B; 5CA1 B; 3QG5 A; 2UXD B; 1NVP B; 1OCC C; 5FPO A; 2Q8V A; 5IWA O; 1OHH G; 2QWR B; 4WFA V; 4J7J A; 1I5X A; 1NR1 A; 1YI2 V; 3P3P A; 1M9N A; 4JI5 B; 2A79 B; 3G6E V; 1M57 B; 1LR1 A; 2YS8 A; 1K5S A; 2PF4 E; 3OW2 U; 4C7U A; 4FM0 A; 1BE3 H; 5CBH A; 3B2E E; 2X0L A; 4YJ3 A; 1V54 B; 2ITD C; 4J9Y B; 1WLE A; 3RYC B; 1N32 O; 1Q82 W; 1BHA A; 4F6E A; 1RM1 C; 3LSS A; 5C8Y A; 2P6J A; 4I9W A; 3CMA V; 1KBH A; 4LP8 A; 3ETD A; 4H33 A; 3HPL C; 1OJH A; 4X1K A; 1KU9 A; 4JAS A; 3OMN B; 1H8E G; 4J7Z A; 1WAZ A; 5JVD B; 1S72 V; 2R70 A; 1GMG A; 1UJW B; 1YJ9 V; 1Y6X A; 3K0D A; 4LF4 B; 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