The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
73
|
structure length |
73
|
Chain Sequence |
MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKQVVDQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGSTLGLNIEAATHVGKQIVEKILKEES
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Nonstructural protein
|
| source organism |
Influenza a virus
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| publication title |
A novel RNA-binding motif in influenza A virus non-structural protein 1.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
NONSTRUCTURAL PROTEIN 1
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| total genus |
27
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| structure length |
73
|
| sequence length |
73
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1997-10-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4YY3 O; 4JI5 O; 3T1H O; 1J5E O; 4DV2 O; 4LF7 O; 4LFA O; 5BY1 A; 1NS1 A; 3O65 A; 1YZB A; 2JRI A; 3OTO O; 1X59 A; 5FLX N; 1HR0 O; 4JI7 O; 1HNX O; 1FYJ A; 1IBK O; 4DV6 O; 3M8A A; 1KUQ A; 4JI0 O; 2Z0A A; 4JV5 O; 1N33 O; 4GKJ O; 4X65 O; 4JI4 O; 4X62 O; 2UUA O; 5LMN O; 4DR7 O; 1IBL O; 4KHP O; 1AB3 A; 4DV3 O; 4A5U B; 1DK1 A; 4DV5 O; 3J80 N; 4NXN O; 1N32 O; 4B3R O; 4OPH A; 1I94 O; 3R66 A; 4DUZ O; 4DUY O; 5BR8 O; 3SDL A; 1IBM O; 4JI3 O; 5IWA O; 1FKA O; 2UU9 O; 4B3M O; 1D2D A; 2ZKO A; 2DOS A; 2DJV A; 2VQF O; 4B3S O; 4DR2 O; 3RT3 C; 4DV1 O; 4OX9 O; 4LFB O; 2UXB O; 4DR5 O; 3F5T A; 2UUB O; 5H5N A; 4JI8 O; 4LF8 O; 4DR1 O; 2N74 A; 1XNR O; 2UUC O; 4X64 O; 4DR4 O; 2FKX A; 4LF9 O; 2E5L O; 4GKK O; 5IT9 N; 1N34 O; 5LMU O; 3T1Y O; 4LF6 O; 1N36 O; 1AIL A; 2LW7 A; 1R1B A; 3JAM N; 4LF4 O; 4JI6 O; 1FJG O; 2AGA A; 1G1X B; 3J7A U; 4DR3 O; 1HNW O; 1XMQ O; 4B3T O; 4DV7 O; 3J81 N; 2UXC O; 4YHH O; 1XEQ A; 5BXZ A; 2ZM6 O; 4JI2 O; 4AQY O; 1HNZ O; 2VQE O; 2HHH O; 4LF5 O; 2F4V O; 5A2Q N; 2UXD O; 5LL6 Y; 4LFC O; 4K0K O; 4DV0 O; 4DV4 O; 4NXM O; 4JYA O; 1XNQ O; 4DR6 O; 4OPA A; 4X66 O; 1F7Y A; 1A32 A; 1R6T A; 1XMO O; 4JI1 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3APO A; 1KP2 A; 3DSQ A; 2LP7 A; 5DN6 G; 2DQ3 A; 4FLU A; 5DED A; 5LGN A; 1P84 F; 1E1R G; 2EIN B; 5FLX N; 3C90 A; 4I4T A; 4PA9 A; 4ZOL A; 4O4J B; 4O4I B; 3APQ A; 2OYQ A; 1OCR B; 2Z0A A; 1I08 A; 4DV0 B; 2GTS A; 2NNU A; 1OJH A; 1Z5V A; 3FAV B; 4NTY A; 3AG4 B; 3AK2 A; 3HKE A; 4K8Z A; 2Z5U A; 1DK1 A; 3SPG A; 3AEI A; 3ZRS A; 1UPG A; 3OTF A; 2F95 B; 4TV8 A; 2CUG A; 1JPX A; 1SA0 B; 4N23 A; 3RYI B; 1IVS A; 2UU9 O; 1XHX A; 4B3S O; 3HKB A; 4MVO A; 4P9O A; 4C7U A; 3DXR B; 1KQS U; 2QWR B; 1ZX3 A; 3CC7 V; 5BMV A; 2ZD9 A; 2W6J G; 3ABU A; 2N74 A; 1PNK A; 3AG1 B; 5B5E Z; 4KP4 A; 1H2N A; 1Y67 A; 3BVO A; 1VAR A; 5BR8 B; 5LMU B; 1Y74 B; 1LR1 A; 1VQM V; 1X4T A; 5IYZ B; 4DR3 O; 3MD0 A; 4B3T O; 2YEV B; 1DLB A; 3CSX A; 3J81 N; 3ICX A; 5BMV B; 1PM9 A; 3OE7 G; 4J10 A; 4JAV A; 2QSA A; 1DF5 A; 4J42 A; 4AQY O; 2L35 A; 2HHH O; 4HZ3 A; 1M57 C; 4DRX A; 4GKK B; 5L3G A; 5FNV B; 4EEQ A; 4X9Q A; 4KUM A; 4ZI7 B; 5DM6 V; 1Q3E A; 1YVW A; 3CRA A; 2IW5 A; 3I5D A; 1VQK V; 2F93 B; 4JYB A; 3SPI A; 3SYP A; 3ZS8 C; 1HNX B; 3OFN G; 4YJ2 A; 2XT9 A; 4B08 A; 4JI4 O; 1NT2 B; 3Q4H B; 2FB5 A; 3QTC A; 2PYJ A; 3J80 N; 1N32 O; 2R9A A; 1M90 W; 2QGN A; 3K5O A; 3HPL C; 4TV9 B; 1IBM B; 2XOK G; 4LC1 A; 3ZHS A; 3JD4 A; 3ABK C; 3ETQ A; 4IT5 A; 4GX0 A; 4WF9 V; 3GB7 C; 4JV5 B; 5KA5 A; 4JYY A; 4UV8 A; 2Q0A A; 2UXB B; 3CRM A; 4DV5 B; 2FKX A; 1PKX A; 1KBH A; 2C2A A; 5LMU O; 5B1N A; 3U11 A; 1UFI A; 4PJ0 Z; 2EBO A; 2Q67 A; 4UB6 Z; 1SQP H; 1G1X B; 5JH7 A; 2DYS C; 4HBN A; 5LOV B; 1QU7 A; 2XAG A; 2YID A; 1KC8 W; 3QO7 A; 3JD2 A; 4LFB B; 1S5L Z; 4JI2 O; 1EN6 A; 1P4R A; 3ZMS A; 5IYC O; 4I55 A; 3JCU Z; 2VS0 A; 1R3J C; 1ZUQ A; 1M57 B; 1K4D C; 3CD6 V; 3NXS A; 5D5P A; 4JAS A; 3ZHR A; 1SC5 B; 3JAS A; 1H2L A; 4GX5 A; 3CCS V; 2ZE7 A; 2BTQ B; 3BA9 A; 2LJ2 A; 3HKC A; 3BPZ A; 3CJH A; 4DV2 O; 1S72 V; 4JZG A; 3OMN B; 5BY1 A; 1GM7 A; 1HNX O; 5JQG B; 5LBQ A; 1KUQ A; 4DYL A; 3WU2 Z; 3ASN C; 4P30 A; 1CEZ A; 4IHJ A; 4RO2 A; 4FMT A; 4KXR A; 1L8D A; 1JX9 A; 2B5U A; 1R3I C; 4DV3 B; 2BTO A; 1HWY A; 3CJH B; 2A79 B; 3OD4 A; 1XMO B; 1MG1 A; 1JQ0 A; 3R66 A; 1MSW D; 4MVU A; 4O2A A; 3OR6 C; 4H13 B; 2ZR2 A; 4RQF A; 1IBM O; 1VQ5 V; 1SQG A; 2Y0P A; 1HR0 B; 2BSK B; 3ABK B; 4X8A A; 5BZB A; 3VQW A; 2PGG A; 1RP3 B; 4NKG B; 2UXB O; 4X62 B; 3DGE A; 4GYC B; 1E1Q G; 2NN4 A; 3ZN1 A; 2JVD A; 4LF9 O; 1FFT B; 1VQ4 V; 3GWK C; 1CXZ B; 3T1Y B; 3UT5 A; 4LH6 A; 3OEE G; 1B6Q A; 3JAK A; 3J7A U; 5H6R A; 2DYS B; 4YHH O; 4X1Y A; 5KX5 B; 5JJN B; 3SYC A; 3FYI B; 3OUF A; 4TT3 G; 2JS3 A; 4Z2W A; 1TUB A; 1Q43 A; 4GX2 A; 4CH3 A; 2OIG A; 1PD3 A; 4FIP C; 1K3E A; 2X6A A; 3EHB B; 1QLE C; 2EJ7 A; 2FTK A; 4L87 A; 4WFH A; 2DWE C; 2IJJ A; 3JSN A; 5B66 Z; 3UCS C; 2KQX A; 1ROP A; 3BY6 A; 3TK1 A; 3NR7 A; 2LQT A; 2ARH A; 1NTM H; 4PI2 A; 3ASN B; 3L72 H; 4DV3 O; 3CRC A; 3E8G A; 1Q6U A; 1VMG A; 1YTF D; 3QO5 A; 3X2Q C; 3ZHT A; 4DW0 A; 4EKW A; 4MVQ A; 5KUK A; 1S0V A; 2HEP A; 3ETD A; 4YIO A; 3OAA G; 3SDL A; 4X1I B; 2YIB A; 4B3M O; 3FX7 A; 4JI7 B; 3FB7 C; 4GZR B; 3K79 A; 5CA1 A; 4QGP A; 3L75 H; 3B77 A; 5IJ9 B; 4TSF G; 3AG3 C; 4JI8 B; 2ZIM A; 1PP9 H; 3OM3 B; 2EIM C; 3FB5 C; 4PEL A; 3WB1 A; 3T1Y O; 1WA8 A; 1AI4 A; 3G6B A; 1XL6 A; 3ABM C; 1ENV A; 3FB8 C; 4WFF A; 4FM1 A; 2HG5 C; 4BW9 A; 3BAA A; 2JJ1 G; 1URF A; 1QCE A; 2ODM A; 4LP8 A; 5EC2 C; 1K9M W; 5J2T B; 5E79 Z; 1KD1 W; 2JS5 A; 1V9P A; 2IJH A; 1PV0 A; 2CH7 B; 2GV9 A; 2Z3Y A; 1QNM A; 1IX9 A; 2M6Y A; 3JD1 A; 3TXS A; 3KKY A; 1AR5 A; 3MHS C; 3STZ C; 4QJF B; 1GN3 A; 3PJS K; 1XBL A; 4XDK A; 3ZJZ A; 1F7Y A; 1NBM G; 5L3E A; 2H3O A; 1N4C A; 2AHZ A; 3BRC A; 4UVB A; 1QLE B; 3EVK A; 2VRZ A; 3E83 A; 4JI5 B; 1UJW B; 4MW8 A; 3RFR A; 1R6K A; 3BCC H; 1NI8 A; 4O2B B; 3ZHQ A; 4UCT A; 2YC0 A; 4JI0 B; 5EYP B; 4GLX A; 2WLI A; 1VF6 A; 5ITZ A; 1GTO A; 2CAZ C; 3X2Q B; 2JJ2 G; 3RYF A; 5H2F Z; 5KA6 A; 2XTA A; 1MNG A; 5KHG A; 3K9A A; 2CDY A; 1LNQ A; 2Q5Z A; 4J7K A; 2ZKO A; 3AG2 B; 4NTW A; 1B04 A; 2CE4 A; 2EIK C; 1KMI Z; 3RVY A; 3CME V; 3FYE B; 3CB2 A; 4JI8 O; 1XIL A; 3AG3 B; 4MVZ A; 5C8Y B; 1JCH A; 2UUB B; 1TVK B; 2Q0O C; 2QM4 A; 2RNB A; 2EIM B; 3ETG A; 3A8T A; 5HFL A; 2IH3 C; 3E35 A; 3N2K B; 4TOI A; 3CS5 A; 4BIZ A; 1NVP D; 3JAT B; 3ABM B; 4J9Z B; 3IFX A; 3VOU A; 1WAZ A; 4X1K B; 1GMG A; 1FS0 G; 4FLX A; 1FXK A; 1XDC A; 5EZY A; 2ZM6 O; 1M9N A; 2KB1 A; 3UM7 A; 3UQ8 A; 3P3P A; 2ZIO A; 2N04 A; 3N2G B; 3WB0 A; 1WPB A; 4UCO A; 2ZE8 A; 3GWO A; 3LSS A; 4FVM A; 4MW3 A; 3D36 A; 5C93 A; 2X7R B; 4RWU A; 4IYI A; 1SS3 A; 3T4Z A; 2X0L A; 4DR3 B; 4X66 O; 3R65 A; 1A32 A; 4FJC C; 4B3T B; 1I5X A; 1NH2 D; 5LXT A; 1BE3 H; 1K34 A; 4JI5 O; 1BCC H; 3DC6 A; 5CN0 A; 1BQ0 A; 2YXH A; 2HLD G; 2DE0 X; 3O65 A; 5LP6 C; 4LFA B; 3SPC A; 4AQY B; 3L74 H; 1K8A W; 5B1B C; 2OCH A; 2KG7 B; 3M99 B; 4JI0 O; 1K5Q A; 4O4J A; 4O4I A; 1HP8 A; 3ZMZ A; 3B09 A; 1R3K C; 2PY5 A; 2DMX A; 3FAV A; 1GN6 A; 2K1E A; 1I5Y A; 1SZX A; 4O4L B; 5D5Q A; 4FFB B; 4OPH A; 1Q8I A; 2HR3 A; 4FM0 A; 2RDC A; 1P49 A; 4GCZ A; 1GM8 A; 3CXC U; 5KUM A; 2Q73 A; 1ZL8 B; 4TQF A; 1WLE A; 1SA0 A; 3RYI A; 4F6R B; 5JJE B; 3IC9 A; 3SJB C; 2EIK B; 2CTQ A; 4JI4 B; 4HAM A; 2UUB O; 1F4N A; 3DXR A; 5H5N A; 4X20 B; 5AG2 A; 2PZS A; 4UCV A; 2UXN A; 1N32 B; 3K9S A; 3E22 B; 1AIL A; 2LW7 A; 4JAA A; 1N36 B; 4P9P A; 3CEI A; 4LF4 O; 1Y74 A; 4RUE A; 4JI6 O; 5IYZ A; 4OGQ B; 2NR5 A; 2YEV A; 1VQ8 V; 5L3C A; 1QR9 A; 3I55 V; 1OV9 A; 1Q81 W; 2ZT9 B; 1F4M A; 5EBL C; 3MDS A; 2QJ1 A; 5LL6 Y; 1MA1 A; 3STL C; 4I0X B; 1V54 C; 5FNV A; 3A2F A; 3RGB A; 4MVR A; 4FPP A; 5KAI Z; 4QPJ A; 1XNQ B; 2R9R B; 2P4K A; 4ZI7 A; 3JAW B; 5LHH A; 4JI1 O; 1EZV H; 3S3W A; 1WB7 A; 4FK5 C; 5B1A C; 1WN7 A; 5B1O A; 5GW7 A; 1YIJ V; 3EFF K; 4LFA O; 4JI2 B; 3FD9 A; 4LCU C; 3W7T A; 1X59 A; 5LP6 B; 3OTO B; 1B06 A; 5B1B B; 2XAH A; 4DV6 O; 3JYC A; 5K1X A; 3M8A A; 3MHH C; 4YXW G; 4I7Z B; 4GKJ B; 2H94 A; 4WFE A; 1JVM A; 2PUS A; 3Q4H A; 2WLL B; 1G4Y B; 4DUZ B; 1SER A; 4DV2 B; 1XQ8 A; 4EB6 B; 1JFF B; 1PNM A; 2GDS A; 4TV9 A; 2QWO B; 2HJD A; 5JVD B; 2HVJ C; 4DR2 B; 5FL7 G; 4OX9 O; 2Y4U A; 1Q5O A; 4LF8 O; 1PL0 A; 2CGN A; 1BZK A; 3C3S A; 4DR1 B; 4X64 O; 2EUL A; 4JZ2 A; 3H01 A; 4BWA A; 4JPR A; 3SR2 C; 3VQY A; 4XDL A; 1N36 O; 4R6Z A; 3CCU V; 1H8E G; 3P32 A; 1IUR A; 1RPR A; 3CHX A; 2LGW A; 5GON B; 3SJQ C; 2IJI A; 1N0J A; 1OZ0 A; 3OW2 U; 5LOV A; 3HB3 B; 4K3A A; 1SES A; 4PD4 F; 3H1I H; 3RW0 A; 1AJN A; 5L3D A; 2A0L A; 2PYL A; 4MTF A; 2N05 A; 4FLV A; 4PA7 A; 2ZDI C; 4LF5 B; 4LF9 B; 1Q82 W; 1BMF G; 1YJN V; 1CP9 A; 3W7U A; 1GK9 A; 1V54 B; 3TCU A; 1QHT A; 1QLN A; 4K0K B; 1MSD A; 2XAS A; 1LUV A; 1XNQ O; 1SF9 A; 1EZJ A; 4DR6 O; 5JCO C; 3BHP A; 5LGU A; 4R7C A; 4QE9 A; 4YHH B; 2ITD C; 3A0H Z; 5B1A B; 1QBZ A; 2BTQ A; 1YZB A; 3VQV A; 3OTO O; 2E74 B; 3HKD B; 4PHZ A; 1XI1 A; 2A3Q A; 2ZCE A; 5JQG A; 5IJ0 B; 1N33 O; 1PNL A; 3JCZ A; 4GKJ O; 1XOU A; 2YDE A; 4RUF A; 1PL4 A; 5IYD O; 1YEW A; 3P3N A; 2XAF A; 1K5S A; 5CMU A; 3K03 A; 4DUZ O; 1YTF B; 4J80 A; 5KHH A; 3CXH F; 4HYO A; 4HNA B; 5IWA O; 1JR9 A; 3D8C A; 3ZRW B; 3I56 V; 2CTW A; 5IYB O; 4DR2 O; 4FZ1 A; 1W0J G; 2BSK A; 3SPJ A; 1SQX H; 3ZX6 A; 4DR5 B; 2LO1 A; 4DR1 O; 2WAM A; 1XNR O; 1MZF A; 4WBN B; 1GH6 A; 2JEU A; 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1ZWI C; 1THZ A; 4AIL C; 4OXS A; 2ZR3 A; 3W7W A; 4ZHQ B; 4MVM A; 4O4H B; 4WFG A; 3CCJ V; 4W4L A; 1HNZ O; 3OMA B; 3TGU H; 5J2T A; 4WFA V; 2Q4P A; 5J2U A; 1BHB A; 1Y66 A; 3JD3 A; 1KYO F; 2IBZ H; 3JAL A; 2CH7 A; 4LFC B; 2WLJ A; 1N0N A; 2QTO A; 2R72 A; 2RN9 A; 3FFQ A; 3M7M X; 1S3J A; 1VQ9 V; 3ZMT A; 1BT8 A; 3BAB A; 3KZI Z; 4YY3 O; 2E3C A; 2EIL C; 2YI9 A; 4EFB A; 1J5E O; 2ZM6 B; 5J2U B; 2X6B A; 4MTO A; 3JAL B; 2B1G A; 3AG7 A; 1GKF A; 2OWO A; 3O9O A; 4O2B A; 1R3L C; 3K06 A; 1L0L H; 3K58 A; 4DR7 O; 1YJ9 V; 3W7X A; 4X66 B; 5EYP A; 1JA8 A; 1XUQ A; 1QVF U; 2YIC A; 4FZ0 A; 5E1A C; 1I94 O; 1U97 A; 4DUY O; 1XL4 A; 2VWK A; 4U7O A; 4JI3 O; 3L73 H; 3HR0 A; 5FPR A; 3ZHU A; 1WP8 A; 2CK3 G; 3K5L A; 1D5N A; 4BR6 A; 2WSS G; 3K0G A; 4QE7 A; 2AW9 A; 1TA8 A; 3K5M A; 2ZXW B; 2JIZ G; 3CMA V; 3GVM A; 5K1P A; 5IY5 B; 1VIB A; 2DQ0 A; 3RYC B; 4ASU G; 4DR4 O; 5C8Y A; 5IT9 N; 1TVK A; 2MW2 B; 2E5L B; 1GRJ A; 2F66 C; 1RM1 C; 1R1B A; 4ABM A; 3IJ4 A; 3ASO B; 3OUS A; 1QQC A; 3N2K A; 1YJW V; 1BHA A; 1FJG B; 3JAT A; 4RQE A; 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