The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| publication title |
The role of modifications in codon discrimination by tRNA(Lys)(UUU).
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
33
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-10-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4AQY O; 2UXC O; 4DR4 O; 4DV6 O; 4LFA O; 2Z0A A; 4YY3 O; 2UUC O; 1R1B A; 4JI8 O; 2AGA A; 4B3T O; 1N34 O; 1HR0 O; 4B3S O; 1XNQ O; 4JV5 O; 4JYA O; 4B3M O; 4JI7 O; 4B3R O; 5LMU O; 4JI2 O; 1X59 A; 4NXM O; 4LF8 O; 1HNW O; 1XEQ A; 1IBM O; 4DR7 O; 1AIL A; 4KHP O; 2UXB O; 1HNZ O; 4X66 O; 1I94 O; 4DV0 O; 3O65 A; 4DV3 O; 1IBK O; 1NS1 A; 4A5U B; 2ZM6 O; 4LF7 O; 4JI5 O; 2DOS A; 1XNR O; 2HHH O; 1FJG O; 5BR8 O; 2DJV A; 1F7Y A; 4GKJ O; 4DUZ O; 1N36 O; 5BXZ A; 1J5E O; 4OPA A; 3J80 N; 5BY1 A; 4LFC O; 4LF4 O; 4DR3 O; 5A2Q N; 1HNX O; 1XMO O; 1N33 O; 4NXN O; 4GKK O; 4LF6 O; 4DR2 O; 4JI1 O; 4DV5 O; 4DV2 O; 1IBL O; 4DV4 O; 2UU9 O; 1YZB A; 1A32 A; 3J7A U; 1FKA O; 1DK1 A; 2ZKO A; 3OTO O; 4JI3 O; 2LW7 A; 4YHH O; 4DR1 O; 3R66 A; 4DV1 O; 5LL6 Y; 4LF5 O; 4DV7 O; 5IT9 N; 1R6T A; 3F5T A; 4JI6 O; 1XMQ O; 3SDL A; 2UUB O; 4OX9 O; 1N32 O; 4LFB O; 3M8A A; 2E5L O; 2UXD O; 1AB3 A; 4JI0 O; 3RT3 C; 4DR6 O; 1KUQ A; 4X65 O; 3JAM N; 5LMN O; 2JRI A; 3T1Y O; 2UUA O; 4K0K O; 5IWA O; 1D2D A; 2VQF O; 1G1X B; 2FKX A; 4JI4 O; 3J81 N; 1FYJ A; 4DR5 O; 2VQE O; 5FLX N; 2N74 A; 4DUY O; 3T1H O; 4OPH A; 4X62 O; 5H5N A; 4X64 O; 4LF9 O; 2F4V O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4EFB A; 2QWQ B; 3VQY A; 4AQY O; 1SF9 A; 4IIJ B; 2GUZ B; 4RWU A; 3CCU V; 1UJW B; 3LUT B; 1GH6 A; 5LGN A; 4FLW A; 3D3I A; 1I08 A; 4JI8 O; 3UCS C; 1N34 O; 5BMV B; 4K8Z A; 1DF4 A; 1EM1 A; 4UV8 A; 1ZL8 B; 1THZ A; 3A0R A; 1BS3 A; 4CH4 A; 3RVY A; 1DGS A; 4LCU C; 1N32 B; 5JJJ B; 5DN6 G; 4TWK A; 4KHP O; 2UXB O; 4MVZ A; 2PUS A; 1K8A W; 1UPG A; 3FB5 C; 3VQX A; 2DJV A; 1F7Y A; 4DRX B; 1NQT A; 2O57 A; 3BFR A; 2Q8V A; 2JGD A; 3D36 A; 4FLX A; 2NLJ C; 5J2T B; 3MHS C; 2WLN A; 1B04 A; 1WP7 A; 3MAQ A; 3JAT A; 5LA6 B; 4JI1 O; 4DV5 O; 2DW4 A; 3WB0 A; 4E4E A; 1DK1 A; 1B3Q A; 3CMA V; 4LFA B; 5LL6 Y; 5GTH Z; 4QE7 A; 3SPG A; 2JEX A; 3CEI A; 3RWR D; 1XMQ O; 2PI4 A; 2CH7 B; 2A9H A; 1JA8 A; 1H2K A; 4QJF B; 3E2E A; 2YSU B; 1I0H A; 5EZY A; 3CS5 A; 5KX5 B; 2JRI A; 2XAJ A; 3IGA C; 1YVW A; 4LH6 A; 1IBL B; 2QWR B; 2FTK A; 2ZXW C; 4FFB B; 4JI3 B; 4DV3 B; 3WB1 A; 2VS0 A; 2E74 B; 1NI8 A; 4GX2 A; 4D6T H; 5B1N A; 5H5N A; 2WLM A; 1F4M A; 3ABU A; 3LDD A; 1R6N A; 5CA0 B; 1EBO A; 3UM7 A; 1JMK C; 1D5N A; 1VQ5 V; 3G80 A; 1M4U A; 1QBZ A; 3HKD A; 3OD4 A; 1QU7 A; 1S72 V; 1Y67 A; 3MD0 A; 2P90 A; 4UV9 A; 2AXT Z; 3SYC A; 1I94 O; 1EN5 A; 1KKC A; 4DR4 B; 1R73 A; 1Y4M A; 2F43 G; 3FX7 A; 2P6J A; 2WLJ A; 3FB6 C; 1Y66 A; 2D2C B; 3AEI A; 1NH2 D; 1KP2 A; 4ICG A; 1RFY A; 1OCZ B; 3E8B A; 5A2Q N; 5KMG A; 4WFB V; 5JQG A; 4LF8 B; 1HNW B; 1M56 B; 3OR7 C; 3H01 A; 1K5S A; 4N21 A; 1IBL O; 2UU9 O; 3WB2 A; 1DTO A; 1SQF A; 2P67 A; 1I5Y A; 4JI3 O; 3KCX A; 2OCC B; 2QR4 A; 5JJE B; 1NU1 H; 3JAL B; 4B3M B; 4LP8 A; 3ZMZ A; 2OTL V; 1BCC H; 4JTD B; 4QGP A; 1PKX A; 1AB3 A; 1K5Q A; 4R6Z A; 1Q6H A; 4O4I A; 1MG1 A; 1XMO B; 4I50 B; 4GX5 A; 4GKK B; 1P49 A; 4P2Z A; 2HJD A; 2HLD G; 2Q7E A; 3CC7 V; 4DR1 B; 1YI2 V; 5B1B C; 2EIJ C; 4FZ1 A; 4CH3 A; 4CS3 A; 1GN2 A; 3ASN C; 2CTP A; 2CGN A; 5B1A B; 4EB6 B; 5LP6 B; 2L6L A; 4LBE C; 1GTO A; 1XL4 A; 2Q0O C; 2KB1 A; 2B9Z A; 4O4H B; 4GX1 A; 4NVP A; 4DR4 O; 3HKD B; 3JAK B; 1R1B A; 4WFG A; 2Y4T A; 2EIN B; 2ZE8 A; 4U3F H; 3RYF B; 4MTG A; 5IYC O; 1X59 A; 1NVP B; 2GSM B; 1PL0 A; 5B5E Z; 4LF8 O; 1HNW O; 3ETQ A; 3KKY A; 2LQT A; 5HFL A; 4J7J A; 1FXK B; 2LFR A; 4KFM A; 5L3C A; 4FM1 A; 3CC4 V; 2Q9L A; 3E22 B; 2QM8 A; 1IDS A; 2WLH A; 2PYJ A; 1Z2G A; 5E79 Z; 5F2V O; 1L1F A; 4UVA A; 2IJI A; 3ZRX A; 3T2M A; 3BAA A; 2HEP A; 1HP8 A; 4QE9 A; 3K03 A; 1GN3 A; 3LSU A; 1CEZ A; 2F93 B; 4O4L A; 4X9Q A; 3ZRW A; 3VBB A; 3O9O A; 5EBW C; 1XMO O; 3DC5 A; 2RCV A; 4GKK O; 4B7K A; 2ILM A; 4CH6 A; 1VF5 B; 3SPJ A; 2JGU A; 3M7M X; 3CD6 V; 1R6K A; 3L71 H; 4DR1 O; 3R66 A; 3D8C A; 2VRZ A; 4JI5 B; 1QLE C; 4MTF A; 2QA4 V; 4KUM A; 3ASO B; 4XDK A; 5CB4 A; 3K0G A; 1YTF D; 2W0X A; 5CMU A; 1D5A A; 4Q6G A; 5IJ0 A; 1S3J A; 4NYK A; 3JAS B; 2B5U A; 3J81 N; 2JK5 C; 3QO5 A; 1YJN V; 1Z5V A; 4BWA A; 1VQN V; 1PP9 H; 3K5O A; 4DR3 B; 3RYC B; 2WLL A; 1YHQ V; 3HKE A; 1HW7 A; 4MT8 A; 1WPX A; 1OJH A; 2F66 C; 2Q69 A; 2EIM B; 4JI7 O; 1M57 B; 4WF9 V; 1JR9 A; 4ZKI A; 1AI7 A; 1R3K C; 2PI5 A; 1QHT A; 3SJA C; 2YI8 A; 1SES A; 4UVB A; 5KA6 A; 3L70 H; 4DV6 B; 4I55 A; 1COW G; 3B77 A; 4JI5 O; 1K97 A; 2PTM A; 1EN6 A; 4O4L B; 2HHH O; 2NN4 A; 4CS2 A; 1NKD A; 4YJ2 A; 1QVF U; 4LNU B; 3BHP A; 5J2U A; 2Q4P A; 4DR7 B; 3E8F A; 1JFF A; 3STZ C; 2N04 A; 2EIL B; 1K73 W; 5AG2 A; 4OXS A; 2BOC C; 1S5H C; 4O2A B; 3QNE A; 3S3W A; 2C2A A; 1VEW A; 5CA1 B; 3IAY A; 1JX9 A; 3CRC A; 5CB4 B; 1YF2 A; 3N2G A; 4IYH A; 5D5Q A; 1TVK B; 1Q6U A; 1GN4 A; 4F6R B; 4UFZ A; 1CXZ B; 2KSD A; 1Y76 A; 2XAH A; 1W59 A; 2QWN B; 3B09 A; 1PNL A; 3RN4 A; 2GTS A; 1U96 A; 4CC6 A; 2ZCE A; 5EBM C; 3OAA G; 4LF5 B; 1S5L Z; 4FJC C; 2YIB A; 3W7S A; 4IYI A; 4TSF G; 4AHC A; 5KHG A; 2CAZ C; 4X64 O; 3K08 A; 3CCQ V; 2E5L B; 2WA3 A; 1OCR B; 3T1Y B; 4DV6 O; 4H44 B; 3RYI B; 2UUA B; 1YIT V; 4W4L A; 3K04 A; 1S77 D; 4X1Y A; 2Q68 A; 3VQV A; 1IXB A; 1Z5W A; 3ABL C; 2YIA A; 3GVM A; 3CWB H; 2P4K A; 1GM7 A; 5HFM A; 4DR7 O; 1AIL A; 3UO3 A; 4FZ0 A; 4WCE V; 1QVG U; 3APO A; 1JJO A; 1MSD A; 4WBN B; 4K0K B; 2JDI G; 2M7W A; 2DOS A; 4YIP A; 2P22 C; 1IVS A; 1AI5 A; 2GUZ A; 2V4D A; 4U7N A; 3U11 A; 3ZHQ A; 5CBH A; 3K57 A; 2RNB A; 3JD1 A; 5BMV A; 4O2B B; 1H2L A; 4D7T A; 4J9Z B; 4DV4 O; 2R70 A; 3K3W A; 5LHH A; 3FD9 A; 4LF5 O; 1LR1 A; 1US6 A; 1FJG B; 4GZR B; 3CRM A; 3ZIA G; 1DLB A; 4Z2W A; 1SS3 A; 4PEL A; 2A06 H; 3F7Y C; 4K3A A; 2E5L O; 2QWP B; 2ITC C; 1SQQ H; 4DRX A; 5GON B; 4IGG A; 3T1Y O; 1FPO A; 3JSN A; 2UUA O; 1NBM G; 4FPP A; 2H94 A; 1Q7Y W; 3WFV A; 5J2T A; 4TOI A; 4JYC A; 5LA6 A; 2FKX A; 3ZBH A; 1FYJ A; 2Z3Y A; 3APQ A; 4UCV A; 1VQP V; 4OPH A; 3ABT A; 2UUB B; 1QLN A; 3TCU A; 2AZ2 A; 3DGE A; 1ENV A; 1JVM A; 2CH7 A; 4UVC A; 2F23 A; 3CJH A; 4JI1 B; 5KUM A; 3E89 A; 3AG1 C; 3VQW A; 4GX0 A; 3CX5 F; 4PA6 A; 1GAX A; 4X1I B; 2Y4U A; 5KX5 A; 1M90 W; 4I5S A; 1GM8 A; 5JVD B; 5L3B A; 4DUY B; 2CUG A; 1XMQ B; 4FFB A; 1T5E A; 5KHJ A; 2DYS B; 3BRC A; 4LH7 A; 1KMI Z; 3G4S V; 4GYC B; 1URF A; 2AZ0 A; 3AG7 A; 3AG1 B; 2PGG A; 3JD0 A; 1FJG O; 4FLT A; 4RO2 A; 4YXW G; 3OR6 C; 1K7D A; 4RUE A; 1GKF A; 5CA0 A; 2OIG A; 4BW5 A; 3CCE V; 3I5D A; 3E86 A; 4NTX A; 2LGW A; 1S5J A; 4LF4 O; 5DEC A; 4RQF A; 4WFH A; 1WPB A; 4HAM A; 1QR8 A; 1MNG A; 3L72 H; 1F51 A; 4P30 A; 3SYP A; 3J7A U; 2DYR B; 2YXH A; 2PZS A; 3CCJ V; 3OMA B; 2G38 A; 3OE7 G; 2UUB O; 1YJW V; 4NTW A; 2Q6A A; 2DMX A; 4R50 A; 1HNX B; 5IE9 A; 1VP7 A; 5FPO A; 2XAF A; 5IWA O; 1I94 B; 5TIS Z; 4GLX A; 3OTO B; 1AR1 B; 4DUY O; 1G6U A; 3CJH B; 4JGS A; 2BCC H; 1YXB A; 3CCL V; 5LHI A; 3W7T A; 1TUB B; 2IM9 A; 1N0J A; 2EJR A; 4PV1 B; 2QKA A; 1MZF A; 1VAR A; 4X65 B; 1YCI A; 3JAL A; 3JAR A; 3TET A; 1K33 A; 2UU9 B; 4JAA A; 1YSC A; 2AGA A; 3S3X A; 3FKS G; 3HR0 A; 4HZ3 A; 5LGT A; 4I50 A; 1XOU A; 2OWO A; 5FNV B; 1FS0 G; 3OUS A; 3DTU B; 1M5I A; 3T1H B; 2WLK A; 3P30 A; 4I0X B; 2QKS A; 4WFF A; 2BTQ B; 2FML A; 1IBM O; 4R7C A; 1AP6 A; 2QE7 G; 4C7U A; 4EB6 A; 4JAU A; 5LP6 A; 2CGO A; 2ZNJ A; 2K9P A; 3D36 C; 1L8D A; 1Y74 A; 1SKV A; 5ITZ B; 5IYZ B; 4O4H A; 4KXR A; 3IFX A; 1MA1 A; 3UT5 A; 3JAK A; 4PA7 A; 2PY5 A; 5LMU B; 3ZRV A; 1BL8 A; 2D3O W; 1OCZ C; 3K5L A; 3H1H H; 2RDC A; 4I7Z B; 1HNX O; 3ZHT A; 1M56 C; 2YI9 A; 4P9P A; 2CE4 A; 3RYF A; 1N33 O; 1K34 A; 4PJ0 Z; 1B6Q A; 1PV0 A; 1YZB A; 3G6B A; 2IBZ H; 3OTO O; 3B2E E; 2OCC C; 4LF7 B; 3JAW A; 4LC1 A; 1FXK A; 1R6T A; 3EHB B; 3E22 A; 4TV9 B; 5IDJ A; 1SC5 B; 2YXY A; 3C90 A; 1P4R A; 1SQB H; 2UXD O; 1XHZ A; 3RT3 C; 4NB5 A; 3CXC U; 2YEV A; 3SYQ A; 4X65 O; 3LDC A; 4P9O A; 1F4N A; 2CDY A; 2ZIO A; 4PA3 A; 3R65 A; 3VOU A; 3OGI B; 2XND G; 2X7R B; 3K58 A; 1FFX B; 2X6A A; 3SJC C; 5CBF A; 2N74 A; 3T1H O; 5B1A C; 2ZE7 A; 5LP6 C; 3QO7 A; 5EC2 C; 3SPI A; 3UKM A; 3JAR B; 2XT9 A; 2P4V A; 3ZMU A; 1WB8 A; 2IJJ A; 3CCS V; 1VMG A; 2WPD G; 4FMT A; 3OMI B; 3QF7 A; 2XOK G; 1JQ0 A; 2XHB A; 3F5W C; 2EIN C; 1XHX A; 2LGQ A; 2QJ1 A; 1JPX A; 4B3S O; 3ZHV A; 4B08 A; 5LMU O; 3GWO A; 4J10 A; 4J11 A; 2A7W A; 1XRE A; 2Q5Z A; 3JAS A; 5B3S B; 2H8P C; 3PJS K; 1XEQ A; 2OYQ A; 4RUF A; 2R9A A; 1Y74 B; 4MVS A; 1FXK C; 3L75 H; 4PDL A; 4HYO A; 3ABM B; 5LGU A; 3UT5 B; 4ABM A; 1RM1 B; 1Q90 D; 1BMF G; 4LF7 O; 2FB5 A; 3RYC A; 5BR8 O; 1XBL A; 3RYH B; 2B1I A; 1N36 O; 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1NH2 B; 1H2G A; 1HR0 B; 2BTO A; 4U3J A; 4XDJ A; 1KP3 A; 1J5E O; 3T4Z A; 2CTR A; 4HNA B; 3M99 B; 3RYI A; 3MDS A; 2GTA A; 3SGI A; 1M9N A; 1V9P A; 3E8G A; 3JCZ A; 4X64 B; 4NXN O; 4DR2 O; 5LOV B; 4BIU A; 3WG7 B; 1YDX A; 1AR4 A; 1MAB G; 2EIL C; 4TQD A; 2ZKO A; 3OMN B; 2LFS A; 1VF6 A; 1WB7 A; 3HKB B; 4MVO A; 4UB6 Z; 4GCZ A; 3GWK C; 2HP8 A; 1W0K G; 4GKJ B; 1KC8 W; 4JI6 O; 4KP4 A; 1GO3 F; 5BZB A; 2Q0A A; 1SRY A; 4OX9 O; 4WBN A; 1W0J G; 2HVK C; 4DR6 O; 2EUL A; 5LMN O; 1WA8 B; 3IC9 A; 3FYI B; 4I4T A; 4LWS B; 2BOB C; 2YC0 A; 3ETG A; 4IHJ A; 5H6R A; 1PL4 A; 3G6E V; 4O2B A; 5L3G A; 4JI4 O; 4GT1 A; 5E1A C; 3CME V; 3DC6 A; 3UO2 A; 2ZIM A; 2GBO A; 1PD3 A; 1KQS U; 2ZDI C; 3E35 A; 3QO8 A; 4WFE A; 3OUF A; 4UCR A; 3OEH G; 1YEW A; 3CRQ A; 4FIP C; 3SJB C; 1OCR C; 4FM0 A; 3CPW U; 3L74 H; 3OM3 B; 1HWY A; 2RQ6 A; 4DV4 B; 4TUY B; 5L3D A; 1W2B U; 2R72 A; 1HR0 O; 3CC2 V; 5GON A; 2LJ2 A; 1ARO P; 1VQ8 V; 2YDE A; 2QTS A; 1XUQ A; 1V55 B; 3TJT A; 5EIB C; 1VF6 C; 1VQL V; 2HR3 A; 2HG5 C; 4U3J B; 1M1K W; 3AK1 A; 1OCC B; 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