The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| publication title |
Recognition of cognate transfer RNA by the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
32
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| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5A2Q N; 1HNW O; 1XMQ O; 2N74 A; 4JI1 O; 4DR1 O; 2HHH O; 4YHH O; 4LF7 O; 4DV4 O; 2AGA A; 4DV0 O; 4LF4 O; 3F5T A; 2Z0A A; 2DJV A; 4KHP O; 4DR7 O; 4LFB O; 1J5E O; 2VQF O; 4DV1 O; 4X65 O; 4JI2 O; 5LMU O; 4NXM O; 1N33 O; 4DR5 O; 1A32 A; 1N36 O; 4JI8 O; 1YZB A; 1FJG O; 5BY1 A; 5BR8 O; 1IBK O; 1G1X B; 4LFA O; 3T1Y O; 4DR6 O; 2VQE O; 2UUA O; 4JI4 O; 4DV2 O; 3R66 A; 4A5U B; 4OPH A; 1R1B A; 5FLX N; 1XNR O; 2F4V O; 2UU9 O; 4DV5 O; 4B3R O; 4LF5 O; 1X59 A; 4DUZ O; 1DK1 A; 4DV3 O; 4DV7 O; 1IBM O; 4DV6 O; 4AQY O; 4B3T O; 3J81 N; 1D2D A; 1AB3 A; 2ZM6 O; 1AIL A; 1HNX O; 4JV5 O; 4DR2 O; 1FYJ A; 1XEQ A; 4JI3 O; 4JI0 O; 2E5L O; 5IWA O; 4DR3 O; 5BXZ A; 4X66 O; 2UXC O; 4NXN O; 4GKJ O; 2FKX A; 4OPA A; 4X62 O; 2LW7 A; 4DUY O; 2JRI A; 5LL6 Y; 1HR0 O; 2UXD O; 3M8A A; 2ZKO A; 1N34 O; 1KUQ A; 3RT3 C; 4X64 O; 4K0K O; 4JI6 O; 5IT9 N; 1XMO O; 4LFC O; 5LMN O; 4JYA O; 4LF8 O; 4DR4 O; 4JI7 O; 3J80 N; 1F7Y A; 1NS1 A; 3O65 A; 3JAM N; 2UUC O; 4LF9 O; 1N32 O; 4YY3 O; 1XNQ O; 4OX9 O; 4B3S O; 1R6T A; 5H5N A; 4GKK O; 2UXB O; 4JI5 O; 1FKA O; 3OTO O; 4LF6 O; 3T1H O; 3J7A U; 1IBL O; 2UUB O; 3SDL A; 4B3M O; 1HNZ O; 2DOS A; 1I94 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 1WLE A; 1NJI W; 1Z2G A; 2D2C B; 3RW0 A; 2WPD G; 3JAS A; 3IGA C; 3WG7 B; 4JYB A; 5KX5 A; 2DN9 A; 1OJH A; 5CB4 A; 4TOI A; 3SPI A; 4X1I A; 2WLJ A; 2MW2 B; 3SJB C; 3ABU A; 4MVQ A; 1F4M A; 2OTL V; 4JI8 O; 2JGD A; 1R73 A; 1AJQ A; 1YDX A; 4DW1 A; 2ZDI C; 1SA0 B; 1NTK H; 3BY6 A; 2QE7 G; 3CJH A; 4CH4 A; 4FLZ A; 1JA8 A; 2Y4U A; 1XRE A; 5DM6 V; 2QKC A; 2Q7H A; 4L8J A; 5JCO A; 4NTX A; 3LUT B; 3JAK B; 4LNU B; 5KLV H; 4AQY O; 2IU3 A; 1K4D C; 3J81 N; 4F6E A; 2JGU A; 2WAM A; 3ICX A; 1FS0 G; 1MA1 A; 1PV0 A; 2R9I A; 4CH6 A; 3T2M A; 3Q4H A; 3CCQ V; 2ZCE A; 2CAZ C; 1OCC C; 3ETG A; 3CPW U; 2LW7 A; 2ZDI A; 2A06 H; 2Y69 C; 3QO5 A; 2EZP A; 4DR3 B; 1QHT A; 3APO A; 5IYC O; 1IZ3 A; 2L35 A; 4JAA A; 2JEU A; 2BTQ A; 2EIL B; 1W59 A; 2UXD B; 4IIJ B; 1LNQ A; 2HLD G; 4I9Q A; 2ITC C; 3PJS K; 4H37 A; 1JVM A; 2JS3 A; 4U3J B; 2IJK A; 1VP7 A; 1I0H A; 3JD1 A; 4WFB V; 4U7O A; 1Y4M A; 4PI2 A; 1WJZ A; 1CXZ B; 2Q8V A; 5EBM C; 1XNQ B; 1WAZ A; 2CTQ A; 1F4N A; 2HJF C; 1B6Q A; 4LF7 O; 4HYO A; 2CK3 G; 5IJ9 A; 2JJ2 G; 2WWW A; 3M7M X; 4TQF A; 4B3M B; 1PNL A; 4LF4 O; 3F7V C; 3E8F A; 2X6C A; 3VOU A; 3CWB H; 1H8E G; 1KKD A; 4NXM O; 3ZRX A; 3G71 V; 1BGY H; 1BQ0 A; 2HG5 C; 3CCS V; 2JVD A; 4FFB B; 2BOC C; 3AK2 A; 3OUS A; 3N2K A; 4YJ3 A; 4O4I B; 2UU9 B; 3F7Y C; 2UUA O; 3AG4 C; 4DV1 B; 1MOF A; 4B7E A; 2GSM B; 2F43 G; 3LNN A; 4DR5 B; 4HZ3 A; 3LSU A; 1SQB H; 4MTO A; 3RGB A; 5EIB C; 1WA8 B; 4DV2 B; 3H1L H; 3X2Q B; 1O9H A; 4RO2 A; 3IFX A; 4CH3 A; 1FPO A; 1FYJ A; 4E4E A; 3W7T A; 2ATK C; 3CB2 A; 3TJT A; 3IJ4 A; 2QWQ B; 4NXN O; 5EZY A; 3G67 A; 2JK5 C; 4FJC C; 3ZMU A; 1NTM H; 5EC2 C; 5LHI A; 3TET A; 2DW4 A; 4JI3 B; 1F51 A; 2ZQM A; 3K9A A; 2PTM A; 3FD9 A; 2ZIN A; 3CHX A; 1TAE A; 3N2G A; 1BT8 A; 2PI5 A; 2PI4 A; 2NLJ C; 1ZLZ A; 3RYF A; 3E22 A; 5A2Q N; 5JQG B; 4OGQ B; 3ZMV A; 4FPP A; 3QVN A; 3DXR B; 1TUE B; 2QSA A; 1Q82 W; 3ZHU A; 2CUG A; 2G38 A; 5CBG A; 3ZHS A; 2QWR B; 3JAR B; 4K35 A; 4ICG A; 1AI6 A; 4QNH B; 1SET A; 4O4H B; 4FMT A; 1NR1 A; 4X88 A; 2P22 C; 2EBO A; 4I55 A; 2H8P C; 3WB1 A; 2WA4 A; 4K3A A; 4DO2 A; 3LDE A; 5LP6 B; 1Q8I A; 2AHZ A; 1J5E B; 2IBZ H; 5LHG A; 3RN4 A; 4DV6 B; 1VMG A; 3BVO A; 4DRX B; 1ENV A; 3CXC U; 3WG7 C; 4R50 A; 4LF5 O; 4J42 A; 2X6B A; 3K5L A; 3KCY A; 3HB3 B; 3D8C A; 4FK5 C; 2P5O A; 3D3I A; 4I4T A; 4TV9 A; 3E8G A; 2OCH A; 4GT1 A; 1GM8 A; 1K34 A; 2IW5 A; 4GLX A; 4X64 B; 4DR3 O; 4K0K B; 1O9G A; 2P90 A; 5LXT B; 1PNM A; 1YI2 V; 2UXD O; 3QF7 A; 4MT8 A; 2XAJ A; 4JV5 B; 1KUQ A; 1AI5 A; 3HKD B; 2ZR2 A; 3IC9 A; 4O4L A; 2DWD C; 1Y74 B; 4RWU A; 1FXH A; 4LF6 B; 5LYJ A; 3OD4 A; 1PL4 A; 3ASN B; 3WB2 A; 1XNQ O; 3CMA V; 2Z3Y A; 1TVK B; 2ZXW C; 1KC8 W; 1YXB A; 2ZE5 A; 1XMO B; 4B3M O; 1RSO A; 4TT3 G; 2R70 A; 3ZIA G; 1M57 B; 4DK0 A; 1QLN A; 1SQQ H; 3CJH B; 2UXB B; 2LQT A; 1T5E A; 1LUV A; 2UUB B; 1VIB A; 3CD6 V; 4E2L A; 3PN1 A; 2IJJ A; 4BIU A; 1EN5 A; 5H2F Z; 3OUF A; 4DV1 O; 1XMQ B; 1H2S B; 3N27 A; 2PZS A; 3EVK A; 4DR5 O; 4LCU C; 4DYL A; 5CBH A; 3CE2 A; 3HKE A; 4MVU A; 2VRZ A; 3ABL B; 4RAI A; 2Q4P A; 4DV2 O; 4XBF A; 2ZT9 B; 2BSK B; 2DE0 X; 1SQX H; 2H3O A; 4CZZ A; 3CX5 F; 4TUY B; 5KA5 A; 3THO A; 3S3X A; 2L6L A; 3W7X A; 1DK1 A; 3CCJ V; 1TUB A; 5EYP B; 4RUF A; 4YJ2 A; 5IWA B; 1VQ7 V; 3KG2 A; 2BTQ B; 5CA3 A; 4UCR A; 2N04 A; 1Q6I A; 1XBL A; 5L3E A; 2K9P A; 4JI3 O; 3T4D A; 1EZV H; 4MVO A; 2XHB A; 3K0G A; 2B9Z A; 3A8T A; 3LNM B; 1XL6 A; 1WB7 A; 1H2M A; 1OCO C; 2GUZ A; 1JMK C; 1SF9 A; 2CE4 A; 1HNX B; 4JAV A; 1P7G A; 1VQM V; 3H1I H; 4O2B A; 2GTS A; 4KXR A; 3JAW A; 3M99 B; 1Y67 A; 3ZBH A; 1F7Y A; 2AHY A; 2JEX A; 4I50 B; 1WNS A; 2EIN C; 1JFF A; 4BIO A; 4FZ1 A; 1SER A; 3X2Q C; 2LW1 A; 3UQ8 A; 3FB7 C; 4QIW F; 5CBF A; 1IBL O; 2QM4 A; 2DOS A; 2ZR3 A; 3E83 A; 4YJ3 B; 4EFB A; 1OZ0 A; 1WP7 A; 2X6A A; 4GKK B; 1YHQ V; 1K5S A; 4JF3 A; 5J9P C; 2YDE A; 5CA1 A; 1E1Q G; 3A0B Z; 4U7N A; 3VQW A; 3ZHR A; 2CH7 A; 4I7Z B; 2XUM A; 2XND G; 3B8N A; 2Q0O C; 4R6Z A; 3RYI A; 1J5E O; 4XDJ A; 4JI2 O; 4MVR A; 1YIJ V; 5L3B A; 1IX9 A; 1UJW B; 3CS5 A; 1Y6X A; 1R6N A; 3K03 A; 3SR2 C; 1S77 D; 2WSS G; 4UB8 Z; 2XAG A; 4I0X A; 4HNA B; 1VQP V; 3K06 A; 4WFA V; 4MVZ A; 1FJG B; 1IBK B; 3T1C A; 5IYZ B; 4DUZ O; 1EM1 A; 1ZL8 A; 4O4J A; 4JYY A; 1I08 A; 3K57 A; 4PDL A; 1VAR A; 4H33 A; 3G6E V; 5LA6 A; 4JV5 O; 2ZNJ A; 5FNV A; 1VQ4 V; 1DLB A; 2RMK B; 4B3R B; 1M56 C; 2QR4 A; 1H2L A; 1SQF A; 2FKX A; 1SKV A; 4J7K A; 5LP6 C; 5GON B; 5IJ0 A; 3FX7 A; 4O2A B; 1N34 O; 3OEE G; 4DR2 B; 1MAB G; 1NQT A; 4PEL A; 2Y4T A; 2E5L B; 1XMO O; 4H0L B; 2O57 A; 5EBW C; 4IHJ B; 2PF4 E; 3JD2 A; 2XAF A; 3JAM N; 1N0J A; 2ADP A; 4DUY B; 5A9G A; 3LSS A; 3JAT A; 2UXB O; 3EFF K; 4LBE C; 2ZIO A; 3KZI Z; 2UUB O; 2LGW A; 1NI8 A; 3LDD A; 3H1K H; 2IJH A; 5BMV B; 4UXN A; 2OIG A; 1I5Y A; 1XMQ O; 1XOU A; 1ZTE A; 5B1A B; 1KKC A; 3SYP A; 5JJJ B; 2AW9 A; 4DV0 O; 1HNZ B; 1Y76 B; 2B1G A; 4GX0 A; 3P3N A; 4YIP A; 1IXB A; 1V54 B; 3CCV V; 4TQD A; 4F6R A; 2QM8 A; 2X7R B; 1GH6 A; 4TV9 B; 2WLK A; 3A0H Z; 5DEC A; 5JJE B; 3ASN C; 4DV4 B; 1K73 W; 2QA4 V; 4IT5 A; 4YXW G; 4CC6 A; 1FAF A; 4ZOL B; 3VQV A; 1JJ2 U; 1RPO A; 5C93 A; 1M57 C; 1FFX A; 4OPH A; 4PV1 B; 1RM1 B; 2ZM6 B; 3E8H A; 2YI8 A; 3VQX A; 1KQS U; 2YS8 A; 3ZRS A; 1US6 A; 5C8Y B; 1K7D A; 1AB3 A; 1D5A A; 5JVD A; 1HNX O; 3ZMT A; 1GRJ A; 3U11 A; 2F4V B; 2GBO A; 2HVK C; 4BWA A; 3ZCC A; 2YXL A; 4I9W A; 4G27 B; 4QE7 A; 4DV3 B; 5FPO A; 4ZI7 A; 3K58 A; 4MVS A; 4RQF A; 1OCZ B; 3ABL C; 4UCT A; 5AG2 A; 1AP6 A; 2YXH A; 5L3D A; 2KKW A; 3CRM A; 3W7W A; 3SYQ A; 1B06 A; 2JJ1 G; 2W0X A; 5BZB A; 1PKX A; 4QJF B; 4JI7 O; 4L87 A; 2X0L A; 3L72 H; 5ITZ B; 1AVM A; 1Q5O A; 4NVP A; 2V1D A; 3K08 A; 3STZ C; 4UUJ C; 1H2K A; 1VF7 A; 2HEP A; 4CBC A; 4GKK O; 5KUM A; 4FLV A; 3HKB A; 2DQ0 A; 1IDS A; 4JYA B; 2W6J G; 3OR6 C; 4BR6 A; 3SJQ C; 3OGC C; 4LF9 B; 2YEV A; 2P06 A; 1VQ8 V; 2ZIM A; 4JI5 B; 1JPX A; 2ZE8 A; 1VQL V; 3T1H B; 1FXV A; 1LUW A; 1TUB B; 4FZ0 A; 3AEI A; 3L70 H; 2OT5 A; 3EHB B; 2Q68 A; 3EXA A; 3RWR D; 5LBQ A; 3NR7 A; 3D3Q A; 3JD3 A; 2D3O W; 1YZB A; 1FJG O; 1IBK O; 1H8H G; 3FKS G; 3H1J H; 4F4L A; 1KMI Z; 4DR7 B; 2IH3 C; 4UCO A; 1GM7 A; 1Y66 A; 2GUZ B; 1BS3 A; 3OR7 C; 5FL7 G; 3SPG A; 4LR3 A; 5FLX N; 3KKY A; 2UXN A; 4O2B B; 4B08 A; 4B3R O; 2IH1 C; 4KUM A; 3FB6 C; 3GWO A; 3JSL A; 2ZE7 A; 4AHC A; 2F23 A; 3DTU B; 3SGI A; 1QR8 A; 2UXC B; 1MMM A; 4DR2 O; 1NVP D; 3F5W C; 2Q7G A; 1G8M A; 3TK1 A; 3G6B A; 2E5L O; 4EB6 B; 2PY5 A; 1NBM G; 4X20 B; 2WLL A; 4K8X A; 3SPJ A; 4NB5 A; 4DUY O; 3FFQ A; 2PYJ A; 4MTG A; 1S72 V; 4MTF A; 4W4K A; 1D5N A; 3RT3 C; 1BHA A; 5IDJ A; 4ZBM A; 2MK3 A; 4X8A A; 5B1N A; 5CA1 B; 2QM7 A; 4J80 A; 4UV9 A; 1XUQ A; 4JTD B; 1JR9 A; 2W0F C; 4JGS A; 4X62 B; 1JCH A; 1X4T A; 2PYL A; 3OTF A; 1R6T A; 1N0N A; 1VEW A; 4LFC B; 3I5D A; 3SDL A; 1TA8 A; 1HNZ O; 4G2K A; 2RCV A; 1CP9 A; 2ADQ B; 1Q6U A; 4PA7 A; 3ABT A; 4BIZ A; 5CN0 A; 3ZRW B; 2F95 B; 1QLE B; 3SYC A; 3I55 V; 3UT5 A; 5H6R A; 1GAX A; 4DV4 O; 5J2T B; 3F5T A; 1P7B A; 1S5J A; 1FXK B; 3P3P A; 3OGI B; 1HNW B; 1VQO V; 5KHI A; 3ZMZ A; 4OXS A; 3RYH A; 3UO2 A; 1GO3 F; 2YC0 A; 1YEW A; 5LGU A; 4LWS B; 1NKD A; 3FAV A; 3C90 A; 1SC5 B; 3AK1 A; 2YI9 A; 5IJ0 B; 1R1B A; 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2VQE B; 2EIL C; 1GN3 A; 4FFK A; 1DTO A; 2EIJ B; 3JAK A; 4LNU A; 3Q4H B; 4ASU G; 1HDJ A; 2H94 A; 3CEI A; 3CYO A; 1Z5W A; 4FIP C; 2LP7 A; 2WLI A; 4WCE V; 2YSU B; 3MDS A; 4B3T B; 2A7W A; 5DED A; 4X62 O; 4UVB A; 3M8A A; 2OCC B; 4LFC O; 5B1B B; 4X66 B; 1P4R A; 3O65 A; 1E79 G; 1FFT B; 3D36 C; 1AJN A; 4CS4 A; 4WFG A; 5KHJ A; 3SPC A; 4N23 A; 4IIJ A; 1OCR B; 1AR5 A; 3OMN B; 5B66 Z; 4U3J A; 4UCS A; 5IJ9 B; 1FD9 A; 1HNW O; 4PHZ A; 1K92 A; 3FB5 C; 2JIZ G; 2XAS A; 1QQC A; 2E3C A; 4H13 B; 2PGG A; 4IGG A; 2QWP B; 2ILM A; 2RDC A; 1DGS A; 3ABM B; 1XHZ A; 2CTP A; 4HBN A; 2VWJ A; 4D6T H; 1PD3 A; 1EFR G; 4DR1 B; 1N33 O; 5EIB D; 2ZE6 A; 3JCU Z; 5K1P A; 3K0D A; 4P9P A; 1XDC A; 1AP5 A; 3N2K B; 1KEC A; 1YTF D; 2V4D A; 4LC1 A; 1VF6 C; 2A79 B; 4D7S A; 3K3W A; 3W7U A; 1OHH G; 4O4I A; 3U10 A; 5IY5 B; 4JAU A; 1QLE C; 4JAS A; 2ARH A; 4DV6 O; 1SZT A; 1FXK C; 3OEH G; 2ZNI A; 4XDK A; 3G80 A; 4QPK A; 5KUK A; 3ETQ A; 1WA8 A; 3TXQ A; 1XNR B; 1F23 A; 4UV8 A; 5EZY B; 2RJZ A; 1OV9 A; 4EKW A; 3QG5 A; 2BE3 A; 2CDY A; 3RBZ A; 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