The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
A structural basis for streptomycin-induced misreading of the genetic code.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
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| total genus |
32
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5LMU O; 1R1B A; 4K0K O; 4LF6 O; 4JI1 O; 1FKA O; 4X66 O; 2UXD O; 1HNX O; 4A5U B; 1XEQ A; 1IBL O; 4DV0 O; 4LF4 O; 2AGA A; 1FJG O; 2UUA O; 3M8A A; 2JRI A; 1X59 A; 2ZM6 O; 4DV7 O; 2LW7 A; 4NXN O; 2ZKO A; 4DUZ O; 4B3R O; 3J80 N; 2N74 A; 4LF7 O; 2VQE O; 1HNW O; 3OTO O; 5BY1 A; 4DUY O; 4DR2 O; 4JI4 O; 1NS1 A; 2HHH O; 1G1X B; 4B3S O; 5IT9 N; 3O65 A; 3J81 N; 4X62 O; 4LFB O; 1HNZ O; 1XMQ O; 1XNQ O; 4JI7 O; 5LL6 Y; 4OPH A; 4DV3 O; 4JI2 O; 1A32 A; 4OPA A; 4LF8 O; 1XMO O; 4LFA O; 4X64 O; 4DR5 O; 4LFC O; 5LMN O; 1KUQ A; 3J7A U; 1IBM O; 2UUB O; 5IWA O; 5FLX N; 4JI8 O; 4AQY O; 4LF5 O; 4DV1 O; 3F5T A; 3JAM N; 2Z0A A; 4X65 O; 1DK1 A; 4DV4 O; 2VQF O; 4DR6 O; 4B3M O; 1N33 O; 4DV5 O; 1R6T A; 4JYA O; 1I94 O; 1N32 O; 4DR3 O; 4OX9 O; 4B3T O; 3SDL A; 2DOS A; 4JI3 O; 5H5N A; 1YZB A; 4JI6 O; 1N36 O; 2UXC O; 5BR8 O; 1N34 O; 4GKK O; 2UXB O; 1AIL A; 4KHP O; 4DV6 O; 1AB3 A; 3RT3 C; 4DR1 O; 4YY3 O; 2UUC O; 2DJV A; 1FYJ A; 1F7Y A; 4NXM O; 3R66 A; 1IBK O; 3T1H O; 4JI5 O; 4DR7 O; 5BXZ A; 2FKX A; 3T1Y O; 1HR0 O; 2E5L O; 4LF9 O; 4JV5 O; 1J5E O; 1XNR O; 2F4V O; 4DV2 O; 1D2D A; 4YHH O; 4JI0 O; 4GKJ O; 5A2Q N; 2UU9 O; 4DR4 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3APQ A; 4K0K O; 3M99 B; 3TCU A; 3CSX A; 3IFX A; 3A2F A; 4XBF A; 2WPD G; 1IBL O; 3CYO A; 1YIJ V; 3JAT A; 2B5U A; 2MW2 B; 1NR1 A; 3SYP A; 3STZ C; 1ZL8 B; 1SZT A; 4B3R O; 5CMU A; 3OUF A; 3OTO O; 2WLI B; 4EKW A; 3CD6 V; 2HEP A; 5LYJ A; 3G4S V; 2JGD A; 1Q90 D; 3WB1 A; 2DWD C; 4LFB O; 1FAF A; 1FXH A; 4PI0 A; 2JJ2 G; 4KXR A; 1FXK A; 2NR5 A; 2RCV A; 4F6R A; 1BE3 H; 1YF2 A; 1Q86 W; 5IWA O; 3TK1 A; 5IJ0 A; 3BA8 A; 4JI5 B; 3H01 A; 5JJN B; 1M56 B; 2XTA A; 5IE9 A; 2IM9 A; 5JQG B; 3OEE G; 1TAE A; 1XNR B; 1OCO C; 3CCS V; 2HJD A; 3P3N A; 2WLJ A; 2EJ7 A; 2FB5 A; 3OW2 U; 4UCO A; 3LSQ A; 4W4K A; 2YI8 A; 3RYH A; 3OT7 A; 1JPX A; 1GN4 A; 3OMI B; 2Q7E A; 1R73 A; 3K5N A; 4GLX A; 3PN1 A; 1WAZ A; 3GWK C; 3ZHV A; 1MG1 A; 3KCX A; 1L0L H; 4NXN B; 2Z3Y A; 1GM8 A; 2YEV B; 3SPH A; 4XDJ A; 4Q6G A; 4BIZ A; 3OAA G; 1M1K W; 1PD3 A; 5J2U A; 2NN4 A; 3RVZ A; 2ZIM A; 3AG2 C; 3LSU A; 1L0N H; 5CA1 B; 3ZRW A; 1LUV A; 2ATK C; 2ZD9 A; 3DXR A; 4PHZ A; 3K03 A; 4B08 A; 2GHY A; 4BIU A; 1S0V A; 3J7A U; 1K73 W; 2W6J G; 2F66 C; 2CTR A; 4LFC B; 1HNX O; 3K79 A; 3CB2 A; 3H9V A; 4LF4 O; 2DE0 X; 3FYI B; 1GM7 A; 2PY5 A; 1GN6 A; 3AG2 B; 4DV1 B; 3OR6 C; 5KAI Z; 3JAK B; 2LW7 A; 1VMG A; 4FVM A; 4LWS B; 2IH3 C; 1QR8 A; 3A0B Z; 1JCH A; 1QR9 A; 2ZCE A; 2BOB C; 3UT5 A; 1VQK V; 3ZHT A; 3K9A A; 4UV8 A; 2B1I A; 5LXT A; 5H6R A; 1N36 B; 4UCR A; 1OHH G; 4JI7 O; 5LL6 Y; 3U0Z A; 3CE2 A; 3JD0 A; 4MVM A; 4YY3 B; 4OPA A; 5KA5 A; 5LMN O; 2ZE6 A; 3FAV B; 4RQE A; 1I94 B; 3AK1 A; 1ZWI C; 1DK1 A; 4O4I B; 4GZR B; 4KUM A; 3EFF K; 4JI2 B; 5LP6 A; 2UU9 B; 4I50 A; 3FB5 C; 3ZS8 C; 3QO8 A; 1F4M A; 2HP8 A; 4UVA A; 3AG3 C; 1SQG A; 2RJZ A; 3DC6 A; 4FM2 A; 1FPO A; 1Q8I A; 3ZMT A; 4JV5 B; 5JH7 B; 4JAS A; 1H2M A; 5IYD O; 5LGT A; 3T1Y O; 3HR0 A; 3LDE A; 2OCH A; 3AG3 B; 1GO3 F; 2F4V O; 3E8F A; 4J9Y B; 2EIL C; 5B5E Z; 1VQ8 V; 4L8J A; 5CA0 A; 4DRX B; 2OT5 A; 1IXB A; 2FYU H; 3KG2 A; 2GUZ B; 3NXS A; 4CBC A; 4DV3 B; 3MHS C; 3E2E A; 2WA4 A; 3T4Z A; 3SPC A; 2UUB B; 4F4L A; 4JI8 B; 1IXM A; 2Q73 A; 2UUA O; 3LNM B; 1ENV A; 5EIB C; 2CH7 B; 4MTO A; 2EIL B; 2QKS A; 4QJF B; 2X7R B; 1Q82 W; 3UO3 A; 4EB6 B; 3OD4 A; 4LR3 A; 1XL4 A; 5IT9 N; 5BR8 B; 4GKK B; 5K1P A; 2O57 A; 1JR9 A; 5EBM C; 1I08 A; 4LF8 O; 1N0J A; 2IJK A; 1IBM O; 1IBK B; 4DO2 A; 3WFV A; 4D7S A; 4LF5 O; 4RO2 A; 4U3J B; 3I56 V; 2Z0A A; 1BQ0 A; 4X65 O; 1SA0 B; 2V1D A; 5GTH Z; 4B3M O; 2GTS A; 4PA4 A; 5EIB D; 1N33 O; 2YS8 A; 1VQ4 V; 1QVG U; 4K0K B; 1NR7 A; 5L3C A; 1PNK A; 3O9O A; 5L3B A; 1EN6 A; 1IBL B; 2A3Q A; 4TUY B; 1EM1 A; 4X1Y A; 4KHP O; 3B4S A; 2Y0P A; 1NZ6 A; 4IT5 A; 5EC2 C; 1B04 A; 2BE3 A; 2BTQ B; 1BS3 A; 1H38 A; 1XRE A; 3OTO B; 5FNV B; 1KU9 A; 1YXB A; 4WFH A; 5BXZ A; 2YXH A; 1FFT B; 1XDC A; 4ZHQ A; 3BRC A; 2A9H A; 3APO A; 2JGU A; 2CTP A; 1Q3E A; 3D36 A; 4LFB B; 1K92 A; 5FL7 G; 1SQX H; 1CXZ B; 1GRJ A; 1SQB H; 3L74 H; 4TV9 B; 1ZAU A; 4LF6 O; 3DC5 A; 2OCC C; 3BAA A; 4A5U B; 5IWA B; 3MDS A; 1QVF U; 1RSO A; 2QWQ B; 4CH5 A; 1OCC C; 4IHJ B; 4DV7 O; 3K06 A; 3BFR A; 1SS3 A; 5FPR A; 1DF5 A; 2ILM A; 5JVD A; 2OTL V; 2KKW A; 3SPG A; 1HNW O; 5BY1 A; 3H1K H; 4J7J A; 1AI6 A; 4JI4 O; 5KA6 A; 5IYZ A; 1I0H A; 2OCC B; 1GK9 A; 1RPO A; 3CJH A; 1XMO B; 4FLW A; 3O65 A; 1UPG A; 1Y74 B; 2DYS C; 2H94 A; 3RWR D; 5IJ9 B; 3ICX A; 3SYA A; 1OCC B; 3OMA B; 3VQY A; 2IJH A; 5LA6 B; 1YJ9 V; 1YJN V; 5FPO A; 4QE9 A; 1EZV H; 3BA9 A; 4TSF G; 3SYC A; 3K5M A; 4GX5 A; 3SPI A; 3CPW U; 4WBN A; 5CB4 A; 5KHH A; 2P5O A; 3F5T A; 4I7Z B; 2DYS B; 3LDC A; 2UXN A; 3B8M A; 1AJQ A; 1BT8 A; 5F2V O; 4JZ2 A; 2HKO A; 2WLN A; 1R6T A; 1KEC A; 5EC1 C; 3WB0 A; 4B3T O; 1HNX B; 2ZE5 A; 3JAR A; 3N2K B; 1D5A A; 4I0X B; 2QTO A; 4LF4 B; 1QLE C; 1Q6I A; 2UXC O; 3Q4H B; 2F23 A; 3P32 A; 1Y66 A; 2EIM C; 1K5Q A; 1SF9 A; 1AR1 B; 2CTW A; 1NJI W; 1ORQ C; 1SZX A; 4B7K A; 1JJ2 U; 1L8D A; 4J80 A; 2X6C A; 1IX9 A; 2Q9L A; 2ZNJ A; 1AJN A; 1MSD A; 3M7M X; 3OGC C; 2QWP B; 1IDS A; 3UQ8 A; 4JI7 B; 1NBM G; 2EIM B; 1H2S B; 2V4D A; 3JAS A; 4OGQ B; 1XUQ A; 5IY5 C; 5LMN B; 3E89 A; 1W0J G; 5KX5 B; 4LBE C; 1F23 A; 2HHH B; 1Q6U A; 1XL6 A; 4J7K A; 4CC6 A; 1PPJ H; 4AIL C; 2CDY A; 3OUS A; 4DXW A; 5CA3 A; 4X62 O; 2F95 B; 3VQW A; 2JJ1 G; 1TGO A; 4I9Q A; 1AR4 A; 4O2B A; 4OPH A; 1COW G; 1EZJ A; 1FS0 G; 5JQG A; 1OCZ C; 1VQP V; 3OGI B; 4U3F H; 4HYO A; 2XAQ A; 3ETG A; 3HB3 B; 4O4L B; 4PDM A; 3OTF A; 3IGA C; 2F4V B; 2LP7 A; 4H33 A; 4WFE A; 4GX1 A; 3W7U A; 3ZMU A; 3CCM V; 4HNA B; 5C8Y B; 3RYF B; 1OCZ B; 2WSS G; 3JYC A; 5EBW C; 1PP9 H; 2UUA B; 3RVY A; 1AB3 A; 3L72 H; 3N27 A; 3QG5 A; 3VOU A; 5B1B C; 3UCS C; 5HFM A; 3FX7 A; 4X20 A; 4LF9 B; 3HKB A; 2XUM A; 3JAW B; 1FYJ A; 3OEH G; 3SYQ A; 3AK2 A; 2WLL B; 2CUG A; 1GKF A; 2Q8V A; 2ZQM A; 3KKY A; 3ZHU A; 3W7X A; 4GKJ O; 2YIB D; 3CCU V; 1GMG A; 4G27 B; 4J7Z A; 5LMU O; 5LOV A; 3W7T A; 4LF8 B; 3JAK A; 1WP7 A; 2QWO B; 5EBL C; 4BAY A; 2NLJ C; 1IBM B; 3CRQ A; 2GTA A; 2KG7 B; 1M9N A; 3OR7 C; 4ZOL B; 1R6N A; 3QF7 A; 4K8X A; 5H6Q A; 4X65 B; 4X8A A; 1MOF A; 4B3M B; 3DGE A; 2EBO A; 5JCO C; 5EK0 A; 3ZN0 A; 5KMG A; 3SYO A; 4ASU G; 3ASO C; 2IBZ H; 4IYI A; 5EYP B; 3FAV A; 1SQF A; 1EBO A; 5TIS Z; 1DGS A; 1HNZ B; 4NYK A; 5FLX N; 1MMM A; 3K08 A; 4LNU B; 1M56 C; 5J2T B; 3F5W C; 3ASO B; 1AR5 A; 3CXC U; 3QO7 A; 5IYC O; 4K8Z A; 2JS3 A; 4DV5 O; 4UUJ C; 4RQF A; 1N32 O; 1LUW A; 4O2A A; 3CX5 F; 4KL1 A; 4LF6 B; 4OX9 O; 3K3W A; 2EX3 A; 4JTD B; 1WA8 B; 3H1I H; 5JH7 A; 2HFE C; 1TUB A; 1AJP A; 4ZIB A; 1NQT A; 1QLN A; 1F7Y A; 4NXM O; 1HNW B; 3ETE A; 1HP8 A; 3GWO A; 3TXQ A; 4WFA V; 4JI4 B; 2PYL A; 4DRX A; 1KKD A; 2GUZ A; 3IJ4 A; 3LNN A; 3JCU Z; 4GCZ A; 4NTW A; 4DV2 O; 4KP4 A; 4O4J A; 3ABL B; 3WB2 A; 4YJ2 A; 1KYO F; 4DR4 O; 1QQC A; 3W7S A; 1R1B A; 3E86 A; 2W0F C; 2CH7 A; 3ABU A; 1Q81 W; 2X6B A; 1L1F A; 2K9P A; 4XDL A; 1TVK A; 2QGN A; 5KHJ A; 1R3J C; 2L35 A; 1M4U A; 4BR6 A; 4MTX A; 5KUM A; 5E1A C; 3KZI Z; 3K04 A; 4FLV A; 5DED A; 1VAR A; 4JZG A; 5H2F Z; 3THO A; 4PA3 A; 2LFS A; 1HWY A; 2Y69 C; 1NTZ H; 4B3T B; 2RMK B; 3U11 A; 2H8P C; 4LFA B; 1S76 D; 2OIE A; 2YSU B; 2ZT9 B; 2UXC B; 3FB7 C; 4J9Z B; 3BAB A; 3HKD B; 3C3S A; 1NTM H; 4U3J A; 1K7D A; 5HFL A; 1BCC H; 1VQL V; 1P84 F; 3TJT A; 4D6T H; 4P30 A; 4U7O A; 2Q4P A; 4MW8 A; 3JD1 A; 4PA7 A; 2PI4 A; 2Y69 B; 5EZY A; 2CGN A; 3JAM N; 2BCC H; 1JVM A; 2Y0I A; 1BZK A; 4JYA O; 4I55 A; 4DR3 O; 3S3W A; 3SDL A; 3W7W A; 1BHA A; 1IUR A; 5H5N A; 4BIO A; 4JI6 O; 5FNV A; 2UXB O; 1K8A W; 1W59 A; 1AIL A; 3JAL A; 5BZB A; 5BMV B; 1Y6X A; 1Y76 B; 4BW5 A; 2BSK A; 3RW0 A; 3ZMZ A; 4JYY A; 5B1A B; 3RFR A; 1FD9 A; 1VQ9 V; 3U10 A; 1N4C A; 3ETQ A; 1JA8 A; 4X62 B; 3IC7 A; 4IIJ A; 3E83 A; 3ZRX A; 1YEW A; 2XAJ A; 3RYI B; 3G6B A; 1JX9 A; 4BW9 A; 1PV0 A; 2UXD O; 4NVP A; 2WAM A; 4WF9 V; 3F7Y C; 1SES A; 4ZI7 A; 4X1I A; 1KP2 A; 2EIN C; 3SGI A; 2CK3 G; 4PDV A; 3CCQ V; 1WB7 A; 1RP3 B; 1Y74 A; 1BL8 A; 4QPJ A; 3H1L H; 4DR2 O; 1GM9 A; 3EHB B; 1FXK B; 3A0H Z; 2HLD G; 5E79 Z; 1VQO V; 2QKA A; 2YC0 A; 2R9A A; 3ZBH A; 5IJ0 B; 1YHQ V; 1MZF A; 1YTF B; 4ZKI A; 4RUE A; 4JTA B; 2EIN B; 3OFN G; 4EFB A; 2W6I G; 4O4H B; 4TQF A; 3HKE A; 1VP7 A; 3ABM C; 1GN2 A; 4PDL A; 2RDC A; 3JD3 A; 1MA1 A; 4AQY O; 2JS5 A; 2LFR A; 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2YIB A; 3K0G A; 2CGO A; 3C90 A; 2N04 A; 2P6J A; 4MVR A; 3G67 A; 4IL6 Z; 4EFE A; 1ZTE A; 3H1J H; 3TGU H; 4DK0 A; 3JAW A; 1U97 A; 1N34 O; 2VWK A; 5LHI A; 3PJS K; 1RFY A; 2DQ0 A; 1IZ3 A; 1SET A; 3DTU B; 4FFB B; 4MVU A; 2P67 A; 3BEH A; 5CA0 B; 1KC8 W; 3HKC B; 4UCS A; 2E3C A; 4MW3 A; 4LH7 A; 1I7F A; 4CS3 A; 1HR0 O; 4N21 A; 1W0K G; 3LSS A; 4FK5 C; 1J5E O; 3SJC C; 1M90 W; 1VQM V; 2KG7 A; 3CEI A; 4LP8 A; 2E76 B; 1Z5V A; 3FB8 C; 1GAX A; 5L3F A; 5AG2 A; 2W0X A; 1T5E A; 4FMT A; 2JDI G; 2JVD A; 3CRA A; 2JEX A; 1I5X A; 2Q68 A; 1PNM A; 4P9P A; 4LF7 O; 1RM1 C; 4DUY O; 5EYP A; 4JYA B; 2WA3 A; 3IC9 A; 4LH6 A; 3B2E E; 4DR3 B; 2MK3 A; 4PJ0 Z; 1ZL8 A; 2DW4 A; 1O9H A; 1PL0 A; 1WJZ A; 4Q20 A; 1B6Q A; 2KSD A; 4MVZ A; 4MTG A; 5CBH A; 2HVJ C; 2WLI A; 2JIZ G; 4NKG B; 4JYC A; 3L9D A; 2JK5 C; 5J2T A; 1ZUQ A; 1RM1 B; 5ITZ B; 3K58 A; 4B7E A; 4MS2 A; 4DK1 A; 4UFZ A; 2R9I A; 4GX0 A; 4N23 A; 1X4T A; 2GDS A; 4X1Y B; 4QE7 A; 1VIB A; 3AG4 B; 1WA8 A; 1E1Q G; 1I94 O; 2NNU A; 2GBO A; 3JSN A; 3ZN1 A; 3L73 H; 1S5L Z; 1OZ0 A; 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