The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
b'PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
A structural basis for streptomycin-induced misreading of the genetic code.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
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| total genus |
32
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI2 O; 4X65 O; 2ZKO A; 1XMQ O; 1D2D A; 5IWA O; 1N36 O; 4YHH O; 1A32 A; 4B3T O; 1HNW O; 2F4V O; 4DR5 O; 4JI6 O; 4LF5 O; 3JAM N; 4GKK O; 4B3R O; 4LF8 O; 4JV5 O; 4JI1 O; 2UXC O; 4DV2 O; 4NXM O; 4A5U B; 2UUC O; 3M8A A; 1HR0 O; 4GKJ O; 4DV0 O; 3J7A U; 2DJV A; 1KUQ A; 4DR7 O; 4B3M O; 1HNZ O; 3F5T A; 2VQF O; 2HHH O; 4DV5 O; 3RT3 C; 4K0K O; 1F7Y A; 4DV7 O; 4LF9 O; 3T1H O; 2DOS A; 3J80 N; 4DR1 O; 4LFB O; 2AGA A; 4DV3 O; 4DR2 O; 1N34 O; 4JI4 O; 2UXB O; 4OPA A; 4LFA O; 1DK1 A; 3O65 A; 4DUY O; 5LMN O; 4JI0 O; 4DV6 O; 5H5N A; 1AB3 A; 5LMU O; 4DV1 O; 2UUA O; 1XNR O; 1N32 O; 5IT9 N; 1XNQ O; 4LFC O; 2UU9 O; 1R6T A; 1NS1 A; 2ZM6 O; 4OX9 O; 1N33 O; 1FJG O; 2UUB O; 1XEQ A; 1HNX O; 5FLX N; 1I94 O; 4DR6 O; 5LL6 Y; 4JI5 O; 4JI7 O; 3T1Y O; 4LF4 O; 5BR8 O; 2E5L O; 4JI3 O; 4DR3 O; 5A2Q N; 4JI8 O; 4NXN O; 4JYA O; 1YZB A; 4X64 O; 3OTO O; 1IBL O; 4DR4 O; 4OPH A; 2FKX A; 1FYJ A; 3J81 N; 4LF6 O; 4X62 O; 5BXZ A; 1R1B A; 4B3S O; 1IBK O; 1IBM O; 1G1X B; 5BY1 A; 4AQY O; 2UXD O; 4DV4 O; 2LW7 A; 3SDL A; 4X66 O; 1AIL A; 1XMO O; 2JRI A; 4DUZ O; 1FKA O; 2VQE O; 1J5E O; 4LF7 O; 2N74 A; 3R66 A; 4KHP O; 4YY3 O; 1X59 A; 2Z0A A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2IU3 A; 2CTW A; 4U3J B; 2EIN C; 2X6B A; 3B40 A; 2QTO A; 1EM1 A; 1MZF A; 1AI4 A; 4PDV A; 4JI1 O; 3ZIA G; 5IYD O; 3BA9 A; 1SRY A; 2PF4 E; 2VWK A; 2BCC H; 1M57 B; 2EIN B; 4DK1 A; 4DXW A; 3B4S A; 1NTZ H; 1RPO A; 4PDM A; 1KEC A; 4X1K B; 2UXB O; 1AJP A; 1RPR A; 4PDL A; 1VQ9 V; 2ZDI C; 1M9N A; 1R3J C; 3HKE B; 4JI0 O; 2CDY A; 1HWY A; 3ZED A; 2WAM A; 4FMT A; 1TUB A; 1NKD A; 1XRE A; 3K57 A; 2IJJ A; 1PV0 A; 3CCS V; 1OCZ B; 3ZS8 C; 1JJ2 U; 5JVD A; 3OW2 U; 2VS0 A; 1YVW A; 4X1Y A; 3SPJ A; 3APQ A; 4O2A B; 1L8D A; 2LW1 A; 2ZIO A; 4DR3 O; 2CGO A; 5A2Q N; 3OT7 A; 1E1R G; 3AG3 B; 3OTO O; 2QR4 A; 4MT8 A; 3FAV A; 1EN4 A; 2GSM B; 1S0V A; 4EFE A; 4DRX A; 1NT2 B; 1XQ8 A; 4J7K A; 1YI2 V; 4PD4 F; 4FLX A; 3SDL A; 1AI6 A; 1M56 C; 2CAZ C; 2JRI A; 4RWU A; 4HYO A; 1H38 A; 3KCY A; 1Y74 A; 4X66 B; 2IJH A; 5IJ0 A; 2M7W A; 1H8H G; 1AP6 A; 2WWW A; 4NB5 A; 3OR7 C; 1M5I A; 5IWA O; 1XI1 A; 1M4U A; 1OJH A; 3K5L A; 2UXX A; 3M99 B; 1VF7 A; 2N04 A; 4JI6 O; 4LF5 O; 3RYI B; 4B3R O; 1B3Q A; 3OGI B; 4DR5 B; 4GLX A; 1XHZ A; 1QVG U; 1F51 A; 2ZR2 A; 4OXS A; 4U3J A; 2E76 B; 1FXH A; 4I9W A; 1FFT B; 2HHH O; 3ZHS A; 1F7Y A; 3ZRV A; 3WU2 Z; 3BRC A; 4ZBM A; 1P49 A; 3JAS B; 2VRZ A; 4DV3 O; 1Q5O A; 2ZIM A; 3ZHU A; 4F4L A; 4LFB B; 1R73 A; 2OCC B; 4DV1 O; 1IVS A; 4DV6 B; 2EIJ B; 3CCR V; 4R50 A; 4X1K A; 5B3S B; 1R6T A; 4OX9 O; 4GT1 A; 3JSL A; 1BHB A; 4CZZ A; 2V4D A; 3HKE A; 1AI7 A; 4O4I B; 1N33 B; 1B06 A; 1ENV A; 2IM9 A; 4PA7 A; 3JSN A; 3WB1 A; 3SPC A; 3HKC B; 1VQ7 V; 4JZ2 A; 2HEP A; 3APO A; 4LF4 B; 4JI8 B; 1XL4 A; 4LF6 O; 1N8R W; 3ZHR A; 2QTS A; 5JJE B; 5JH7 B; 3HPL C; 4AI8 A; 4ASU G; 4O2A A; 4DK0 A; 4AQY O; 1Q81 W; 2PY5 A; 2EX3 A; 3LDE A; 1NH2 B; 2WA4 A; 1EN5 A; 1QBZ A; 1VQK V; 5IDJ A; 2X7R B; 1GTO A; 2HFE C; 1WA8 B; 1SES A; 3K0D A; 3RYH A; 1FKA O; 2LFS A; 2XAJ A; 1UFI A; 5BR8 B; 1JR9 A; 3CCM V; 1J5E B; 5L3C A; 3JCZ A; 3AG1 C; 4GUN A; 2ZKO A; 4X62 B; 2FTK A; 3UKM A; 4B3T O; 2B1G A; 2OYQ A; 2ZT9 B; 4IHJ B; 1JA8 A; 1V9P A; 1P7B A; 3ZRX A; 2Q73 A; 2UUC O; 1V55 B; 2NLJ C; 3AG1 B; 2M6Y A; 2Q6A A; 1JVM A; 4GKJ B; 3L75 H; 1W0K G; 4QPK A; 3RYI A; 2Y0I A; 3K04 A; 1Y6X A; 2V7Q G; 4AHC A; 3AK3 A; 2CGN A; 3CX5 F; 4Z1M G; 4LH6 A; 2Q0O C; 5LHI A; 3W7W A; 2X0L A; 2PYJ A; 4LFA O; 1Q6I A; 3CC4 V; 4B7K A; 1V54 C; 1S5J A; 1EZV H; 1GN4 A; 1PPJ H; 3AG4 C; 2HLD G; 3FB8 C; 3LUT B; 4X1I B; 4QPJ A; 3ZMS A; 3IJ4 A; 2R9R B; 3JAS A; 2BTQ B; 4QJF B; 1WNS A; 1FJG O; 3ETD A; 4YXW G; 4JTD B; 4QE9 A; 4DR6 O; 1IX9 A; 1JQ0 A; 2Y69 B; 5LHH A; 3TXQ A; 5JCO C; 4MVZ A; 4ABM A; 4FLV A; 1IBL O; 2WLN A; 3HKB B; 4FVM A; 5KHK A; 1NZ6 A; 4O4I A; 1ZLZ A; 4O4H B; 1K34 A; 4B7E A; 3VQX A; 5ITZ A; 3HKC A; 2UXD O; 4DV4 O; 2DYS C; 2PI4 A; 4JGS A; 3ASN B; 2IJK A; 2JIZ G; 3CRC A; 1XOU A; 5FPO A; 5JH7 A; 4GCZ A; 2OIE A; 1H2K A; 4YY3 O; 1X59 A; 3B8M A; 4LF7 B; 3VQW A; 4JI2 O; 1ORQ C; 4EFB A; 1WA8 A; 2KG7 B; 2OIG A; 3DC5 A; 1XL6 A; 1QCE A; 2YDE A; 1Q7Y W; 1RM1 C; 4TSF G; 5C93 A; 2QM4 A; 1URF A; 3KKY A; 4JI1 B; 2QKA A; 1B6Q A; 3DGE A; 5L3E A; 4DV5 O; 4IHJ A; 1D5A A; 3GB7 C; 3U11 A; 1WB7 A; 3OUF A; 5LGT A; 5D5Q A; 1GM8 A; 3F5W C; 3R65 A; 3SJC C; 3ZMU A; 1VQ6 V; 4JI4 O; 4LBE C; 3H1J H; 1QR9 A; 1ZL8 B; 4YJ2 B; 1KP3 A; 4CH3 A; 2UXB B; 5H5N A; 1AR5 A; 2DMX A; 2ZXW C; 3N27 A; 3C3S A; 1Q82 W; 1HR0 B; 2B5U A; 4J80 A; 5LGU A; 4UCV A; 2B1I A; 2UUB O; 1D5N A; 1VQO V; 1H2S B; 4BWA A; 2E74 B; 2YIB A; 4JI5 O; 2RNB A; 3BCC H; 4X1I A; 5H6Q A; 4QNH B; 2BTQ A; 2H94 A; 4CH5 A; 1BSM A; 3UM7 A; 5LP6 B; 1KC8 W; 4K8X A; 5KHI A; 4DR3 B; 1U96 A; 4UVB A; 3OTO B; 5K1P A; 4IT5 A; 1Q43 A; 4MW3 A; 2HVK C; 3TCU A; 2CTR A; 4P2Z A; 1AR1 B; 1H8E G; 2WLI B; 4PI0 A; 2N05 A; 3K79 A; 1K3E A; 3K0G A; 1VF6 A; 3AG2 B; 5J9P C; 3ASO C; 3ZMT A; 3G71 V; 4XDJ A; 4CBC A; 5BZB A; 3U0Z A; 5JQG B; 5IJ9 B; 3CCL V; 4WFE A; 4O4H A; 3DXR B; 3L71 H; 2A9H A; 2GV9 A; 3ZN1 A; 1H2G A; 2FYU H; 4ZI7 B; 1IZ3 A; 1AI5 A; 2EZP A; 4JYB A; 1QVF U; 1EFR G; 2LGW A; 2QJ1 A; 3LSS A; 5GTI Z; 4P9P A; 2F4V O; 1VQM V; 4TV8 B; 5IWA B; 4ZHQ A; 4RQE A; 4LF8 O; 1SS3 A; 3WG7 C; 4JI6 B; 4LF5 B; 4PDR A; 1G4Y B; 5DEC A; 2Q4P A; 4Q20 A; 4UB6 Z; 2KG7 A; 3CCU V; 3FYI B; 3F5T A; 3G4S V; 1DF4 A; 4IYH A; 3AEI A; 1ZUQ A; 3K5N A; 1BHA A; 2JGU A; 4NYK A; 3QO5 A; 3OD4 A; 1SQP H; 2AGA A; 3WG7 B; 3NR7 A; 3BVO A; 2Q7E A; 5LMN O; 4GKK B; 4D7T A; 4MVM A; 3L70 H; 2Q9L A; 3RVZ A; 4LFC O; 2UXN A; 2JDI G; 2QE7 G; 2QA4 V; 5B1A B; 2HJF C; 3CME V; 3FD9 A; 2ZE7 A; 5KUM A; 4JI7 O; 1EZJ A; 3FFQ A; 3OMI B; 2L35 A; 1OCC C; 3UT5 B; 2PYL A; 4X64 O; 3ZBH A; 3BPZ A; 1R1B A; 2H8P C; 2YC0 A; 4UCU A; 3D3Q A; 4UVA A; 4X9Q A; 4LF6 B; 2HVJ C; 1YTF D; 4Z1V A; 1OCC B; 4NKG B; 3ZN0 A; 5LP6 A; 3CSX A; 4JAS A; 2CUG A; 1IDS A; 1DGS A; 3E8G A; 4GZR B; 4JAV A; 2RN9 A; 1VQ4 V; 1W59 A; 4JAU A; 3IAY A; 2WLI A; 4UUJ C; 3OMN B; 5H9C A; 1VEW A; 2B9Z A; 1IXM A; 2F95 B; 3CE2 A; 5JQG A; 3E22 B; 5FPR A; 1NU1 H; 1TGO A; 3DXR A; 2NNU A; 2XND G; 5IE9 A; 4ZI7 A; 4U7N A; 4B3T B; 4PA6 A; 4I50 B; 4CH6 A; 1BE3 H; 2DJV A; 3ZX6 A; 3JD1 A; 1L0N H; 2GTA A; 1PL0 A; 1WPX A; 4J10 A; 2UUC B; 3MD0 A; 4BIU A; 4TV8 A; 1SZX A; 4K0K O; 5L3B A; 3SYQ A; 1SQX H; 2ZQM A; 3L73 H; 1YCI A; 2JS3 A; 3ML0 A; 1N4C A; 5K1X A; 2GHY A; 1AP5 A; 1EBO A; 2XTA A; 3OEE G; 4FLT A; 4LFA B; 4FPP A; 2HP8 A; 4LC1 A; 5LMU O; 3O9O A; 1FAF A; 3SJA C; 4K35 A; 1Y76 B; 4WFA V; 4ICG A; 2KB1 A; 2ADP A; 1Q86 W; 2GBO A; 5GON B; 5KHJ A; 2BE3 A; 1HNX O; 2Q68 A; 1P7G A; 2DYR C; 3T1Y O; 5L3D A; 4DR6 B; 1CPY A; 1QU7 A; 3E2E A; 4WF9 V; 2AZ2 A; 3GVM A; 2CH7 B; 1IBL B; 1S5L Z; 3X2Q C; 2XAF A; 4KL1 A; 4HBN A; 5CN0 A; 2CE4 A; 3UT5 A; 3CB2 A; 1TVK B; 2DYR B; 4W4L A; 4HNA B; 1K9M W; 3ABL C; 1XMO O; 2R72 A; 4PA4 A; 4WFB V; 1PD3 A; 2WLL B; 3K3W A; 3K06 A; 3E83 A; 1QLN A; 1YEW A; 4PEL A; 4YY3 B; 3TXS A; 5CA1 B; 5IYC O; 1WP8 A; 3I5D A; 3SPI A; 4JI2 B; 1NVP D; 2RCV A; 1BT8 A; 4JV5 O; 1PNK A; 1I08 A; 3T1C A; 2LP7 A; 3N2K B; 2QKS A; 4CS3 A; 3E22 A; 4LWS B; 4I7Z B; 5F2V O; 2P06 A; 3H1H H; 2W6I G; 4X88 A; 3HKD B; 4LF9 O; 4DV5 B; 4I4T B; 1M56 B; 4I50 A; 5CBF A; 3FYE B; 3JCU Z; 2WLM A; 3FKS G; 1F4N A; 2FML A; 3UCS C; 4R8C A; 2Q7G A; 4JI4 B; 5H2F Z; 4DV2 B; 4TUY B; 5KUK A; 3FX7 A; 3ABM C; 2X6A A; 4H33 A; 4U7O A; 4AIL C; 3BEH A; 4LH7 A; 4B3M B; 3QNE A; 2EJ7 A; 3T4D A; 2NN4 A; 2RDC A; 4BR6 A; 2BOB C; 3PJS K; 1S5H C; 4YIP A; 2UUB B; 3RYF B; 1W0J G; 2RMK B; 4EKW A; 2E5L O; 4FLY A; 4JI5 B; 1Y76 A; 4RO2 A; 1YXB A; 4JYA O; 3ABM B; 2YXH A; 2FKX A; 1GO3 F; 4JAA A; 5GON A; 3OUS A; 4P9O A; 4JYY A; 1PM9 A; 1QNM A; 1US6 A; 4N21 A; 1FXK C; 2QGN A; 1IBM O; 2EIL C; 2HG5 C; 2DQ0 A; 4C7U A; 2MW2 B; 1I7F A; 2QDO A; 4FLW A; 3BY6 A; 3JD2 A; 4I55 B; 1ZTE A; 2WA3 A; 2ZR3 A; 2CH7 A; 3LNN A; 5LBQ A; 3CEI A; 5BMV B; 2AZ0 A; 2VQE O; 2N74 A; 1BCC H; 4BIO A; 1Q6H A; 4NVP A; 2ZE8 A; 1NR1 A; 2EIM C; 3G80 A; 2JVD A; 3K5O A; 4HNA A; 2HJD A; 2Z0A A; 3F7Y C; 3W7U A; 2ZDI A; 3GWO A; 2AXT Z; 3IFX A; 1KQS U; 3E35 A; 2H3O A; 3CRQ A; 3E8B A; 1A32 A; 1BMF G; 5EC2 C; 3K58 A; 2WLL A; 4WBN B; 2XT9 A; 2QWR B; 2F4V B; 1VQL V; 4NXM O; 3FB6 C; 4MTX A; 2EIM B; 2PZS A; 3QO7 A; 4LF8 B; 1XUQ A; 3TJT A; 5CA1 A; 2ITC C; 4DV0 O; 4WFH A; 3LSQ A; 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1OCO C; 2DYS B; 3L9D A; 3SJQ C; 2G38 A; 2OCH A; 4K0K B; 1R3L C; 5B66 Z; 1N34 O; 4KP4 A; 4CH4 A; 5KA5 A; 3ZRS A; 4B08 A; 1UPG A; 1YDX A; 2EJR A; 1YIJ V; 4ZOL A; 2GDS A; 2MK3 A; 2XHB A; 1NJI W; 4BIZ A; 1N32 O; 5CA0 A; 4OGQ B; 1XIL A; 1KP2 A; 3IC7 A; 4CC5 A; 4E2L A; 5DN6 G; 1RM1 B; 2P22 C; 3CHX A; 3JD4 A; 1HNX B; 3JAL A; 4EB6 A; 2RQ6 A; 3T1Y B; 4J9Z B; 4CC6 A; 4W4K A; 4JI0 B; 1E79 G; 2YS8 A; 2R9A A; 1IBK O; 1NTM H; 2OTJ V; 1LNQ A; 3TK1 A; 2JEU A; 1ROP A; 1LUW A; 1NBM G; 1AIL A; 1MNG A; 4FFB B; 4O4L A; 1S76 D; 4DUZ O; 1K7D A; 2W6J G; 3NXS A; 2ZXW B; 1FXV A; 4KHP O; 2Q0A A; 4F6R B; 3AK1 A; 2Q7H A; 2LJ2 A; 5CA3 A; 3T2M A; 3RBZ A; 4D7S A; 2Z5U A; 2QWN B; 2YIC A; 5EBL C; 4YHH O; 1HNW O; 1XHX A; 3HKB A; 2ZNJ A; 4A5U B; 2KQX A; 2FL4 A; 3G67 A; 1OCR C; 3JD3 A; 4HAM A; 3CC7 V; 5JCO A; 5LXT A; 3RT3 C; 1O9H A; 5C8Y A; 4JF3 A; 4J9Y B; 4MVS A; 4ZIB A; 5E1A C; 3B8N A; 3B09 A; 1WN7 A; 2YEV B; 3ASO B; 3ETQ A; 3CJH B; 4LF9 B; 2YI9 A; 4X20 B; 3RYC A; 5B1N A; 4B3R B; 2QKC A; 3OR6 C; 1TAE A; 3JAT B; 5LYJ B; 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