The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
|
sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
Recognition of cognate transfer RNA by the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
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| total genus |
33
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| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4X66 O; 4B3S O; 2AGA A; 4LF5 O; 5IT9 N; 1IBL O; 4OPA A; 4JV5 O; 4DV0 O; 1XNR O; 5A2Q N; 3J81 N; 1J5E O; 4OX9 O; 3J80 N; 4DV7 O; 4DR6 O; 4DV6 O; 4DV1 O; 1DK1 A; 4YHH O; 1N32 O; 5IWA O; 4A5U B; 4LF4 O; 4X65 O; 3T1Y O; 4JI4 O; 3SDL A; 2VQE O; 4DV2 O; 2N74 A; 4LF7 O; 1FYJ A; 4JI1 O; 1AB3 A; 4DV4 O; 1XMQ O; 4DR2 O; 2UUA O; 1IBM O; 2UXD O; 2UUB O; 4B3R O; 1D2D A; 4JI0 O; 5LL6 Y; 1XMO O; 3F5T A; 1N36 O; 2E5L O; 4NXM O; 2FKX A; 4JYA O; 1XEQ A; 2UXB O; 4KHP O; 3M8A A; 1R6T A; 1FJG O; 2UU9 O; 1IBK O; 4OPH A; 1HNZ O; 2Z0A A; 4K0K O; 5LMU O; 5H5N A; 2DOS A; 4JI5 O; 4DR4 O; 1FKA O; 2F4V O; 4JI3 O; 4DUY O; 5BY1 A; 1YZB A; 4GKJ O; 1XNQ O; 1NS1 A; 4LF9 O; 4YY3 O; 5LMN O; 4LF8 O; 4DUZ O; 5FLX N; 2ZM6 O; 1G1X B; 4JI2 O; 1HNX O; 4LF6 O; 2UUC O; 1R1B A; 3RT3 C; 4LFC O; 3T1H O; 4DR3 O; 4B3M O; 4LFB O; 2DJV A; 1HNW O; 1X59 A; 1HR0 O; 4DR5 O; 4JI7 O; 4JI8 O; 2VQF O; 3R66 A; 4B3T O; 4DR1 O; 4DV5 O; 2LW7 A; 4DR7 O; 5BR8 O; 4GKK O; 2JRI A; 1KUQ A; 2HHH O; 4NXN O; 1N33 O; 5BXZ A; 1A32 A; 3JAM N; 1N34 O; 4LFA O; 3J7A U; 3OTO O; 1AIL A; 4JI6 O; 4DV3 O; 2ZKO A; 4X62 O; 4X64 O; 3O65 A; 1F7Y A; 2UXC O; 4AQY O; 1I94 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2BOB C; 4B3S O; 3JAK A; 5LGT A; 3G67 A; 2WPD G; 1EN5 A; 1XNR O; 4BW5 A; 2E76 B; 3ZMU A; 4MTX A; 1YXB A; 3RBZ A; 1SQX H; 4J80 A; 2FL4 A; 4MT8 A; 2JEU A; 5E1A C; 5HFL A; 1CEZ A; 1KB9 F; 3JD3 A; 1ZL8 A; 1IDS A; 1KYO F; 1LUW A; 5L3G A; 4AIL C; 4DV2 O; 1ARO P; 4TV8 A; 4AQY B; 2XAG A; 2ZQM A; 3SYA A; 3E8H A; 5AG2 A; 4LF5 B; 4X89 A; 2FYU H; 5LOV A; 4FM0 A; 1YJN V; 1IBM B; 3CCL V; 4KXR A; 2UXD B; 2P4K A; 4FJC C; 4P9P A; 1XMO B; 5JJN B; 2Y0I A; 4JYA O; 1GN6 A; 1KP3 A; 1JCH A; 4D6T H; 1QHT A; 1FJG B; 4CC6 A; 1IBK B; 4JI4 B; 3SPJ A; 3JSN A; 4XDJ A; 3U0Z A; 1HNZ O; 2OIG A; 1M4U A; 3AG1 B; 1OCZ B; 2OTL V; 4LNU B; 3P3P A; 5HFM A; 5BY1 A; 5L3C A; 4LBE C; 1HW7 A; 1SQV H; 3ZMV A; 5CB4 B; 3CC2 V; 4PA3 A; 4GX1 A; 4GCZ A; 3AG3 B; 3E8G A; 3ZRV A; 4O4H B; 4OXS A; 4XBF A; 5L3E A; 2CH7 B; 2IW5 A; 1I5X A; 1F4N A; 3HKC B; 4MVQ A; 5DEC A; 1YIJ V; 3BA9 A; 1SQF A; 4PDL A; 4DR3 B; 5LYJ B; 4EB6 B; 4J42 A; 1ZUQ A; 1L1F A; 4JI3 B; 3N2K A; 1GM7 A; 1UFI A; 2QM8 A; 4HNA B; 1BMF G; 4IL6 Z; 3UKM A; 3B2E E; 5BR8 B; 4X1K A; 2PYJ A; 2NLJ C; 3K58 A; 4GLX A; 4JI6 B; 2IM9 A; 1S77 D; 3K06 A; 2A0L A; 3AG1 C; 3FAV B; 2JIZ G; 1BHB A; 4DXW A; 1GH6 A; 1TGO A; 3DC6 A; 2JK5 C; 2QWN B; 3APQ A; 4JV5 O; 4WFF A; 1J5E O; 1NR1 A; 3AG3 C; 4DR6 O; 3CCU V; 4K8X A; 2HG5 C; 3QNE A; 5IWA B; 2R9R B; 4LF4 B; 4DO2 A; 3CCR V; 3B8N A; 4AHC A; 3DC5 A; 3ABU A; 3B8M A; 2JGD B; 1ROP A; 2KG7 B; 3AG4 C; 2ITC C; 1FYJ A; 2WSS G; 3UM7 A; 2P67 A; 2YIA A; 4BAY A; 2X0L A; 1RP3 B; 1N36 O; 3ZRX A; 2QWO B; 3RYH A; 4J7Z A; 1K5Q A; 3BEH A; 1JQ0 A; 3ZN1 A; 3CX5 F; 4X20 A; 3RWR D; 4X65 B; 1YHQ V; 5KMG A; 4FFK A; 4F6R A; 4K0K B; 5H5N A; 1Y76 B; 1ZX3 A; 2CGO A; 3R65 A; 2LP7 A; 1DGS A; 1RSO B; 2OCH A; 1FKA O; 2P4V A; 3DXR B; 3JAS A; 3MD0 A; 1S5L Z; 4I4T A; 3APO A; 1M93 A; 3L75 H; 4LF9 O; 5EIB D; 3STL C; 2ZR3 A; 1VAR A; 2YXH A; 4X1I A; 3FYI B; 4R50 A; 3CC4 V; 3E22 B; 3UO2 A; 2B1I A; 2QWR B; 3T2M A; 4JI2 O; 2F23 A; 4TUY A; 3G4S V; 2HR3 A; 4LF6 O; 2EBO A; 2MK3 A; 2QGN A; 5EIB C; 5CA3 A; 4LH7 A; 1KD1 W; 4JI7 B; 3E83 A; 4DR5 O; 2DWD C; 5CA1 B; 4B3T O; 4MVO A; 1FFX A; 4MVZ A; 2C2A A; 2HHH O; 1NTZ H; 3X2Q B; 2F66 C; 3JAM N; 4G27 B; 1B06 A; 2LW1 A; 4DV3 O; 5IY5 C; 4R7C A; 1W2B U; 4Z2W A; 1F51 A; 4DW1 A; 3MHH C; 2LFR A; 3IC7 A; 4U7N A; 1R6N A; 4H33 A; 1XI1 A; 5EZY A; 2CAZ C; 4OX9 O; 1XNR B; 3SYO A; 2YI9 A; 4DR7 B; 3C3S A; 3CJH A; 2GHY A; 2WLM A; 4ZHQ B; 1G4Y B; 4FLU A; 2G38 A; 4DV2 B; 4BIZ A; 1JPX A; 4MTO A; 3OMN B; 2BTO A; 4PEL A; 4NTX A; 2AW9 A; 2ZE8 A; 4GX5 A; 3JCZ A; 3FB7 C; 1BCC H; 3HKB A; 4O4I B; 3X2Q C; 1F23 A; 1WLE A; 2BTQ A; 4FIP C; 4JYA B; 1RPR A; 3K59 A; 5KHK A; 1Q5O A; 4UCV A; 2ZE7 A; 1AI5 A; 2ZCE A; 3FX7 A; 2WLJ A; 3S3W A; 5IJ9 A; 4RO2 A; 4PA6 A; 4EFE A; 3ZHT A; 4IHJ B; 4P9O A; 3L9D A; 3L71 H; 3IAY A; 3OGI B; 3D36 A; 4YXW G; 2PF4 E; 4QPJ A; 4CBC A; 3TXS A; 1KQS U; 1SQQ H; 4U3J B; 2HLD G; 2Q8V A; 4PV1 B; 1RFY A; 4J41 A; 1GN3 A; 3WB1 A; 3BAB A; 1UPG A; 4G28 B; 1VQO V; 4ASU G; 5CB4 A; 3S3X A; 1KMI Z; 4EKW A; 1T5E A; 3ZHS A; 4O4H A; 1FXH A; 4QIW F; 2JS3 A; 5CBG A; 3OTO O; 1GM9 A; 3SJC C; 3HKC A; 4LH6 A; 1I94 O; 2N05 A; 4EB6 A; 1IBL O; 1YTF B; 4JV5 B; 2VWJ A; 1J5E B; 1R73 A; 4N21 A; 2LGQ A; 4NTW A; 4DR6 B; 1OJH A; 4CC5 A; 2RCV A; 2YXL A; 1O9H A; 2P5O A; 3RVZ A; 1QR8 A; 3FAV A; 1SQG A; 1YSC A; 5JJE B; 3GWK C; 1CXZ B; 4X88 A; 4FFB B; 4L87 A; 2Q4P A; 3AK1 A; 2GBO A; 3ABM B; 1NT2 B; 1PKX A; 1AVM A; 1Y66 A; 1WB7 A; 2HKO A; 1YTF D; 1FS0 G; 2BE3 A; 2ZXW B; 3KG2 A; 1XIL A; 1RPO A; 4LWS B; 5GON A; 2RNB A; 3CMA V; 1M1K W; 3UT5 A; 5D5P A; 3JD1 A; 3H1H H; 2KG7 A; 2NNU A; 2EUL A; 5CBH A; 5LMU O; 5KX5 A; 4H44 B; 4DV4 B; 1KC8 W; 3OMI B; 1JFF A; 4CS2 A; 2WLL A; 4WFH A; 4D7S A; 2ITD C; 3SYQ A; 4CH3 A; 4WFB V; 2ZM6 O; 1AR4 A; 4JI2 B; 1Y76 A; 3ABM C; 5L3D A; 1RSO A; 2B9Z A; 1VQM V; 2ZXW C; 1VQ4 V; 1Z5W A; 2EIK B; 3OE7 G; 2F1M A; 2ZE6 A; 4DR5 B; 2HVJ C; 2VQF O; 4B3T B; 5LP6 A; 1KU9 A; 3K5L A; 1TVK B; 3F7V C; 2HHH B; 4C7U A; 2YC0 A; 1SQP H; 2QM7 A; 3J7A U; 2E75 B; 4DV3 B; 3E22 A; 3ABT A; 1SET A; 4X64 O; 3O65 A; 3OW2 U; 3D3I A; 3AK3 A; 3H1I H; 3BPZ A; 4JYC A; 2FB5 A; 1NKD A; 1GMG A; 5CA1 A; 1VMG A; 2DW4 A; 3QO7 A; 1GRJ A; 3SJA C; 3ETG A; 3K5O A; 1P84 F; 2W0X A; 2QKS A; 1K34 A; 4MSW C; 4LFA B; 1V54 B; 3HB3 B; 4TWK A; 2UXC B; 4AI8 A; 3WU2 Z; 4UCR A; 2EIK C; 1XHZ A; 4DR2 O; 1WA8 B; 2OIE A; 1WPX A; 4K35 A; 4JI0 O; 4MVR A; 1XRE A; 4DV1 B; 3CCM V; 2DMX A; 2ZT9 B; 4NKG B; 3FYE B; 3SYP A; 3CRC A; 4F6R B; 4MVU A; 4UB6 Z; 3AEI A; 4L8J A; 1NI8 A; 1ENV A; 3OUF A; 1WPB A; 2CTW A; 4JTD B; 1QR9 A; 2RQ6 A; 3A0H Z; 4O4I A; 2CE4 A; 1V54 C; 1W59 A; 1Y6X A; 5BZB A; 3ABL B; 2ZIO A; 1K9M W; 4KHP B; 1KBH A; 5FLX N; 4HYO A; 3LSU A; 2XAJ A; 3LUT B; 3KKY A; 4TUY B; 4Z1M G; 5C93 A; 1G6U A; 4B3M O; 1HNW O; 1PM9 A; 2V7Q G; 4O4J A; 4QJF B; 1B3Q A; 1FFX B; 2WA3 A; 3OTO B; 5B1N A; 4UCU A; 2Q6A A; 3CSX A; 3OT7 A; 5LA6 B; 3Q4H A; 2A06 H; 3GVM A; 1NTK H; 1TUB B; 4WFA V; 3JAT B; 4J7J A; 1KKD A; 1L0N H; 3ABL C; 2X6B A; 2P22 C; 1D5N A; 2XHB A; 3JD2 A; 3D3Q A; 3T1Y O; 5B66 Z; 2VQE O; 3LSQ A; 3P3N A; 3RW0 A; 4WCE V; 1EZV H; 2JS5 A; 2PYL A; 1IXM A; 3ZED A; 4DV7 B; 1HP8 A; 1N4C A; 3HKB B; 2Q5Z A; 2BTQ B; 1BQ0 A; 2ADQ B; 1SRY A; 4QGP A; 2RJZ A; 2UU9 O; 3JD0 A; 3I5D A; 5D5Q A; 5LMU B; 4FFB A; 1TUE B; 2DOS A; 1DTO A; 2XOK G; 2DYS B; 5IJ9 B; 5IYD O; 2F95 B; 2LJ2 A; 3SJB C; 3CRM A; 2PUS A; 1R6K A; 3E8B A; 5A9G A; 1WN7 A; 1BL8 A; 4W4K A; 1VQN V; 3SGI A; 4LWS A; 1SZT A; 2CK3 G; 3K3W A; 1QBZ A; 4X1Y A; 4JZ2 A; 4XDL A; 4H13 B; 1YJW V; 2DN9 A; 2ZM6 B; 4JAV A; 1SES A; 1IZ3 A; 3ZHQ A; 3W7T A; 3CCJ V; 5KA5 A; 2XUM A; 4CS4 A; 1H2K A; 2JJ2 G; 3ZHV A; 4IT5 A; 3RGB A; 1NH2 B; 4LCU C; 2VQF B; 2K1E A; 2OCC B; 3O9O A; 2PTM A; 3BA8 A; 1M56 B; 2UXN A; 2DE0 X; 1QLE B; 4JAS A; 4I9W A; 1S72 V; 4X62 O; 4UVA A; 4B7E A; 2DYS C; 3FFQ A; 4JTA B; 4CH4 A; 3OMA B; 5LHH A; 3VQY A; 4MVS A; 4DRX B; 3AG4 B; 4FPP A; 4J11 A; 3D36 C; 5KUM A; 3TGU H; 3B4S A; 1VQL V; 1GAX A; 3CEI A; 1NH2 D; 1TVK A; 4MTF A; 3WG7 B; 2OTJ V; 3GB7 C; 2EIN B; 1YF2 A; 1FFT B; 1NTM H; 3IGA C; 4Z1V A; 3OM3 B; 3E86 A; 3RN4 A; 3TJT A; 4DR2 B; 5KHI A; 3SR2 C; 1VQ6 V; 1R3I C; 5BMV B; 2UUA O; 2OCC C; 5JCO C; 3ZMZ A; 5IYC O; 1M56 C; 3F5T A; 2KKW A; 1BS3 A; 5LHI A; 1N32 B; 1QLE C; 1XEQ A; 4LP8 A; 5GON B; 3QG5 A; 5H9C A; 3M8A A; 3OR6 C; 5KUK A; 3W7X A; 2Q73 A; 1NJI W; 3F5W C; 3UT5 B; 4X8A A; 3G71 V; 4JI5 O; 2ZIM A; 3G6E V; 2Y0P A; 4XDK A; 4GYC B; 2Y4T A; 5KX5 B; 1WA8 A; 3HKD A; 1PPJ H; 2NN4 A; 4JZG A; 3WG7 C; 1JFF B; 1Y4M A; 1XBL A; 1THZ A; 2EIN C; 3NXS A; 2Q0O C; 1QNM A; 2WLL B; 4NVP A; 4DK0 A; 4DUZ O; 5B5E Z; 4TV9 B; 1AP5 A; 2QM4 A; 3VQV A; 5KA6 A; 2GSM B; 4YJ3 B; 3UCS C; 5IY5 B; 3SPG A; 3T1H O; 4IYI A; 4B3M B; 5H6Q A; 1HNW B; 3FB8 C; 4LFB O; 1ZLZ A; 1S3J A; 4PA9 A; 1P49 A; 4JI8 O; 3ETQ A; 4GKJ B; 1QVG U; 5CBF A; 1NBM G; 3ZMS A; 4FK5 C; 1AI6 A; 5LP6 B; 2QA4 V; 1VEW A; 4P2Z A; 4RWU A; 1N34 O; 3H1K H; 4UV9 A; 3RYI A; 1SF9 A; 2CTR A; 4Q6G A; 4Q20 A; 1AR1 B; 2AGA A; 1JX9 A; 1FXV A; 3CXC U; 2IJI A; 3JAL B; 1XL6 A; 5JQG B; 2EJ7 A; 1BGY H; 2QWP B; 2YXY A; 2YUA A; 4DV6 O; 1VQK V; 2QKA A; 1SC5 B; 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1CPY A; 3JAR A; 1EBO A; 2M7W A; 3QTC A; 3ICX A; 4DW0 A; 1Q7Y W; 2A79 B; 2IU0 A; 1S5H C; 4PA4 A; 4ZIB A; 5BMV A; 3VBB A; 2M6Y A; 4I7Z B; 4TSF G; 2LQT A; 1N36 B; 2Q68 A; 3DSQ A; 3BHP A; 4YY3 O; 3ZRW A; 1KP2 A; 2B1G A; 3LDE A; 1I08 A; 1SER A; 4X1Y B; 4YIP A; 4QE7 A; 1VF7 A; 3K57 A; 2PI5 A; 3C3T A; 1SA0 A; 1NVP D; 4UCS A; 3IJ4 A; 4FZ0 A; 4LF9 B; 3EHB B; 3CRR A; 3H01 A; 2XND G; 2A7W A; 4TV9 A; 2QR4 A; 3MAQ A; 2IBZ H; 2F43 G; 4RUF A; 4AQY O; 1JJO A; 4YJ3 A; 4LF5 O; 4LF6 B; 4O2A B; 4FVM A; 1OHH G; 3UO3 A; 5KAF Z; 2CGN A; 5CN0 A; 3RVY A; 5FPR A; 2YIC A; 3QVN A; 4JI4 O; 1KEC A; 4NTY A; 1P7B A; 4JI1 B; 1PNL A; 1XMQ B; 2ZR2 A; 2XT9 A; 3JAL A; 1V55 C; 5JQG A; 3H1L H; 4OX9 B; 3RYC B; 4B3R O; 1F4M A; 3T4Z A; 2FML A; 4FMT A; 3ZIA G; 3I56 V; 2HVK C; 2E5L O; 1EN4 A; 2K9P A; 3G80 A; 4NB5 A; 1VQ9 V; 4QNH B; 4BR6 A; 1BHA A; 1FXK A; 4BW9 A; 1AJP A; 2WLN A; 3HPL C; 3VOU A; 2F4V O; 4JI3 O; 2ARH A; 3FB6 C; 3E35 A; 4O4L B; 3HKD B; 4CS3 A; 4BWA A; 1YVW A; 2AHY A; 1VF6 C; 2QE7 G; 1Q3E A; 1H2N A; 1XUQ A; 3ZHU A; 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