The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
|
sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| publication title |
Recognition of cognate transfer RNA by the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
33
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| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ZKO A; 4DV5 O; 4JI4 O; 2UXC O; 2DJV A; 3R66 A; 1XNR O; 5LMU O; 3SDL A; 4AQY O; 4LF6 O; 2UU9 O; 3F5T A; 4OPH A; 3J81 N; 4LFC O; 2ZM6 O; 1HNZ O; 4JV5 O; 4JI1 O; 4GKK O; 5IWA O; 2F4V O; 1J5E O; 2VQE O; 3T1Y O; 2UUB O; 1A32 A; 1YZB A; 4X65 O; 4B3S O; 4YHH O; 1N33 O; 1HR0 O; 5LL6 Y; 5H5N A; 2LW7 A; 1N34 O; 1AB3 A; 4LF7 O; 4X62 O; 4DV1 O; 4K0K O; 4DV2 O; 4LF9 O; 4X64 O; 4B3T O; 4GKJ O; 4KHP O; 1DK1 A; 4LF4 O; 4LF5 O; 3M8A A; 5FLX N; 2VQF O; 4B3M O; 3O65 A; 4JI3 O; 3J80 N; 2UUA O; 1AIL A; 1IBK O; 1FJG O; 2Z0A A; 4DR5 O; 4OPA A; 1XMO O; 4DV7 O; 4JI0 O; 4JI2 O; 2JRI A; 1FKA O; 4OX9 O; 4DR1 O; 4DV4 O; 5BXZ A; 1IBM O; 4JI8 O; 1KUQ A; 1XMQ O; 1D2D A; 2UUC O; 2E5L O; 1G1X B; 4DUZ O; 3T1H O; 1F7Y A; 1NS1 A; 1N36 O; 1X59 A; 4DR6 O; 3RT3 C; 3JAM N; 4JI6 O; 4A5U B; 1FYJ A; 1N32 O; 1R1B A; 1XNQ O; 4LF8 O; 5BR8 O; 5IT9 N; 4DV3 O; 2UXB O; 4DV0 O; 4DV6 O; 2UXD O; 1HNW O; 4JI5 O; 4DR2 O; 5A2Q N; 4JI7 O; 5LMN O; 4YY3 O; 4NXN O; 1R6T A; 4X66 O; 4DR4 O; 1I94 O; 4B3R O; 2FKX A; 3J7A U; 1XEQ A; 4JYA O; 1IBL O; 1HNX O; 5BY1 A; 4DUY O; 2DOS A; 3OTO O; 2AGA A; 2HHH O; 4LFB O; 4LFA O; 4NXM O; 4DR7 O; 2N74 A; 4DR3 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3VQV A; 3JAR A; 3OM3 B; 4LFC B; 3TXS A; 1HNZ B; 3RVY A; 1R73 A; 1GM7 A; 5L3C A; 5JQG A; 1G8M A; 4FZ0 A; 4PA7 A; 2WLK A; 1U96 A; 3ZMV A; 3JD1 A; 5B1A B; 2LO1 A; 1Q6U A; 5B1B C; 4AI8 A; 5B5E Z; 3K9A A; 3CCS V; 4X65 O; 3A2F A; 4LF4 B; 1N33 O; 1R6K A; 1RM1 B; 2XAQ A; 3FYI B; 3OEE G; 5LOV A; 3FKS G; 4BAY A; 3H1J H; 4ZBM A; 5BR8 B; 3W7U A; 3IAY A; 4J42 A; 3DC5 A; 4LF5 O; 5CB4 A; 1VEW A; 4JI3 O; 5KHJ A; 3RYF B; 2XOK G; 2GHY A; 2WA4 A; 2CTR A; 3HKB A; 4X9Q A; 1SET A; 3IC9 A; 5B3S B; 3ZIA G; 1Y6X A; 4XDL A; 5GON A; 1H8E G; 2AHY A; 1N36 O; 2EJR A; 2KKW A; 2OCC B; 3CE2 A; 4J9Z B; 1QVF U; 4JI6 O; 3UM7 A; 1I5Y A; 1NT2 B; 2Q7E A; 2IU0 A; 2WLJ A; 4IIJ A; 3SPG A; 4KL1 A; 1OCZ C; 4Z2W A; 2YI8 A; 1TUB B; 5BMV B; 2YS8 A; 1UJW B; 4X66 O; 3O9O A; 3ZMT A; 2Y4T A; 3ASN B; 1NTK H; 3S3X A; 1M5I A; 4P2Z A; 4JI4 B; 1W2B U; 1PPJ H; 3OUF A; 1S3J A; 4LFB O; 2Y48 A; 4TOI A; 2VQF B; 1GM9 A; 2YID A; 4ZOL B; 4WBN B; 4X20 A; 2UUB B; 2H94 A; 4JI2 B; 1PL4 A; 1V54 B; 3EVK A; 1HR0 B; 3CD6 V; 4CH6 A; 1M57 C; 3BFR A; 3JAT B; 1L8D A; 1Q43 A; 3CJH A; 1VQN V; 1OJH A; 4KUM A; 1SA0 A; 3CHX A; 1IBK B; 3L74 H; 2OTL V; 1NI8 A; 4LH6 A; 2E74 B; 2KG7 A; 2RCV A; 3ZCC A; 1Q86 W; 1CPY A; 2F1M A; 3D3I A; 1Q6I A; 1Y74 A; 4TUY B; 2Z0A A; 3QO8 A; 5CA0 B; 2P4K A; 2ETN A; 4UVC A; 4ASU G; 1K97 A; 1D2D A; 3VBB A; 2QM8 A; 1GTO A; 5B1N A; 4NTY A; 1KEC A; 3ABM B; 3F5W C; 4R50 A; 1AP5 A; 4GX0 A; 1K4C C; 1JJ2 U; 3L72 H; 2EIL B; 2CTW A; 5BR8 O; 4B3R B; 1KC8 W; 5IT9 N; 3PN1 A; 1AI5 A; 1PP9 H; 2IBZ H; 1L0L H; 5LXT B; 4JI5 O; 3K06 A; 1YDX A; 3H1I H; 4FIP C; 5TIS Z; 1DTO A; 4EB6 A; 1CEZ A; 2CDY A; 1L1F A; 3E22 B; 1WAZ A; 1IUR A; 4J7J A; 3UO3 A; 1S5J A; 4NB5 A; 2ZT9 B; 2IU3 A; 1P84 F; 2D3O W; 3UKM A; 4B3M B; 1FJG B; 5DED A; 4JV5 B; 4JI1 B; 3SJA C; 2JGD A; 2ATK C; 4LF6 O; 2IJK A; 2F95 B; 1NZ6 A; 1SS3 A; 1NKD A; 2QEX V; 1VQ8 V; 4JYC A; 1JFF A; 5J2U B; 2XAS A; 4TT3 G; 4DRX B; 4NVP A; 2BOB C; 2JGU A; 3KZI Z; 3JAK A; 1SES A; 3BAB A; 2LQT A; 2QA4 V; 3FAV A; 2YC0 A; 4UXN A; 2VQF O; 3ZHV A; 4AIL C; 2WLL B; 5L3B A; 3BCC H; 3BA9 A; 4U7N A; 4OPA A; 4PDL A; 4MVO A; 4JI2 O; 4DV4 O; 3JAW A; 1W59 A; 5EC2 C; 1I5X A; 4J10 A; 1KBH A; 1NS1 A; 4MVM A; 1RPR A; 4X89 A; 5KHH A; 3K59 A; 4YY3 B; 3OGI B; 3CCQ V; 1XNQ O; 2IH3 C; 2IW5 A; 2IH1 C; 3STZ C; 1TVK A; 3AG3 C; 4WFE A; 4QE7 A; 4LCU C; 4I7Z B; 1FFX B; 4X1I A; 4IHJ A; 1H2G A; 5IYZ A; 4Q6G A; 4O4J B; 4HNA A; 5B1B B; 2QE7 G; 4K0K B; 3QTC A; 2AGA A; 3ETQ A; 1VF5 B; 3G6B A; 3OUS A; 5DEC A; 2EIN C; 4D7S A; 3BRC A; 2ZKO A; 1Q3E A; 3R66 A; 1N4C A; 4WFH A; 2YXL A; 4YJ3 B; 2VQE B; 1CXZ B; 3ZED A; 3OR6 C; 4OPH A; 3FFQ A; 2OCC C; 4TSF G; 1RFY A; 2ZD9 A; 1YEW A; 1Y76 A; 1XMQ B; 4LWS B; 3CCU V; 4I50 B; 4B3T B; 3B8M A; 3SPI A; 3G80 A; 1XBL A; 1NR1 A; 4LH7 A; 3K5O A; 3T2M A; 1QLE C; 1ZL8 B; 5DM6 V; 3CMA V; 2WLN A; 5JCO A; 2UXD B; 3HR0 A; 2CTP A; 4B3M O; 3QVN A; 1FJG O; 4IT5 A; 1KMI Z; 3G67 A; 5LHI A; 1IBL B; 4JI0 O; 2PYL A; 2V4D A; 2BE3 A; 3RVZ A; 1SQV H; 1OCZ B; 1S77 D; 3LNN A; 4LNU A; 1PNM A; 5LA6 B; 4K35 A; 4CH3 A; 4PA9 A; 3TJT A; 2BSK B; 2C2A A; 4K8Z A; 3BY6 A; 3RGB A; 5KX5 B; 4A5U B; 4MS2 A; 2CK3 G; 1WPB A; 1Q7Y W; 3T4Z A; 4DXW A; 2ZIO A; 1GMG A; 3MD0 A; 2F23 A; 1Z5V A; 3HB3 B; 3N2G B; 3QO5 A; 3UT5 A; 2HHH B; 1I94 O; 3LSS A; 1YHQ V; 2WLM A; 2JK5 C; 4TQF A; 5EBL C; 4KFM A; 4I4T B; 5GW7 A; 1VQL V; 1M57 B; 3DTU B; 3OAA G; 5J2T A; 2IJH A; 4PEL A; 1US6 A; 1WP7 A; 1NVP B; 3RYI A; 2JVD A; 4EKW A; 5FNV B; 1W0J G; 4TV8 B; 2ZXW C; 3DSQ A; 3SDL A; 1IVS A; 1ZUQ A; 4E4E A; 4X65 B; 3UO2 A; 2V1D A; 2JS3 A; 2ADQ B; 3K0D A; 3J81 N; 4UB8 Z; 1G6U A; 3LSQ A; 1GM8 A; 2EIL C; 3FD9 A; 2HJF C; 1GN4 A; 1NTM H; 3IFX A; 1LNQ A; 2E76 B; 1VF6 A; 3ZRX A; 1E1R G; 5IE9 A; 1UPG A; 3H01 A; 3OFN G; 2FTK A; 3BEH A; 4JI3 B; 4JTC B; 5ITZ A; 4YJ2 A; 4K0K O; 1XUQ A; 3ZMZ A; 5IYD O; 4O2A A; 4WFA V; 4JPR A; 4ZHQ A; 1AIL A; 4UB6 Z; 3WFV A; 1NU1 H; 1TGO A; 1N36 B; 4UV9 A; 4UVB A; 1K92 A; 3JAL B; 3APO A; 3QG5 A; 4JI6 B; 2WLI B; 2Q73 A; 1KUQ A; 1XMQ O; 5CA1 A; 1K33 A; 3HKC A; 3OT7 A; 2BTQ B; 3WG7 C; 1XNR B; 4F6R B; 2EIJ C; 4JTD B; 4X66 B; 3LDE A; 1SC5 B; 4R8C A; 1S5H C; 4L8J A; 4BW9 A; 2K9P A; 2UXD O; 3GWK C; 2Q4P A; 1AP6 A; 2QKS A; 1KKD A; 4FM0 A; 3Q4H B; 1WA8 B; 1JPX A; 2CGN A; 2EX3 A; 2QWO B; 5H6Q A; 1IBL O; 2R70 A; 3ETE A; 4N21 A; 2QWQ B; 3D36 C; 2Y4U A; 3WU2 Z; 1ENV A; 4UCU A; 2P4V A; 3E8G A; 4XDJ A; 1OCC C; 2EZO A; 1TA8 A; 1VF7 A; 1QR8 A; 4DV7 B; 4ZKI A; 1B04 A; 1KKC A; 3E8H A; 3L73 H; 2X7R B; 1T5E A; 1I7F A; 2HVJ C; 3AK1 A; 5JH7 A; 2IM9 A; 3MDS A; 5IWA O; 2A9H A; 1ZAU A; 2P06 A; 1MG1 A; 2CE4 A; 1F51 A; 2IJJ A; 3BHP A; 4PA3 A; 1FAF A; 4UCR A; 1FXH A; 2QR4 A; 1D5N A; 2DQ3 A; 3ABU A; 3JSL A; 4Z1V A; 2VRZ A; 1GN3 A; 4DV2 O; 1MZF A; 1UFI A; 4X1Y B; 5IDJ A; 3O65 A; 2ZDI A; 5CBH A; 2NR5 A; 3AG1 C; 2HEP A; 3KCX A; 1DF4 A; 1U97 A; 4JZ2 A; 5L3E A; 3QO7 A; 3SJB C; 1LR1 A; 1XQ8 A; 2ZE6 A; 2B9Z A; 3AG3 B; 4XBF A; 1HWY A; 4RQE A; 2PY5 A; 3CXH F; 1GAX A; 2GSM B; 2YIC A; 2EIM C; 4N23 A; 4FFB B; 4DUZ O; 1S76 D; 3SPJ A; 4JI5 B; 2CTQ A; 4OGQ B; 3ZHT A; 4FLX A; 3STL C; 2HP8 A; 2P22 C; 3JD2 A; 1YSC A; 4DV6 O; 1XDC A; 2EIN B; 5KA6 A; 4QIW F; 3ZHQ A; 2PF4 E; 5LP6 A; 1ORQ C; 2QKA A; 4B3S B; 1K4D C; 3TGU H; 1IXB A; 2GUZ B; 5A9G A; 2DYR C; 4H33 A; 4WFF A; 2CAZ C; 1WJZ A; 2UXX A; 3BAA A; 4LF7 B; 4DV1 B; 2F43 G; 3AG2 C; 2QWR B; 4LF6 B; 3RYH B; 1VQ4 V; 1SZX A; 2YI9 A; 3WB1 A; 4PV1 B; 1VQO V; 4MTF A; 1XRE A; 4O4I A; 4O2B B; 2DJV A; 1SRY A; 1XNR O; 5EZY B; 1QLE B; 5LMU O; 1RSO A; 1ZSP A; 1VQP V; 2EBO A; 4O4H B; 1E1Q G; 2O57 A; 3L70 H; 2OT5 A; 1Q5O A; 4CBC A; 3CPW U; 5C8Y B; 4EFB A; 4PJ0 Z; 4P9O A; 1AI6 A; 1K73 W; 1NQT A; 1BGY H; 2YIA A; 4X62 O; 2A0L A; 5EIB C; 1Q6H A; 2HFE C; 1H2N A; 2R9A A; 2F66 C; 1BT8 A; 4DV4 B; 1COW G; 1OCO B; 3C90 A; 4MVZ A; 3J80 N; 3G71 V; 1WB7 A; 4DYL A; 1THZ A; 3ZHR A; 1BHA A; 4DV7 O; 3ZMS A; 1H2L A; 2NN4 A; 3VQX A; 4JZG A; 3HPL C; 3UCS C; 4JI8 O; 4B7E A; 1V9P A; 2P67 A; 1XNQ B; 3A0B Z; 2ZCE A; 3T1H O; 3CSX A; 2ZR3 A; 3AG4 B; 4QE9 A; 4EFE A; 4AQY B; 1N0N A; 4GT1 A; 4MTX A; 4I9Q A; 3M99 B; 3K5N A; 3VQW A; 1AR5 A; 2WSS G; 4J80 A; 1H2K A; 2ZNJ A; 2F4V B; 4KXR A; 4GZR B; 3E8F A; 3ZRW B; 1XHX A; 2XAJ A; 2ZXW B; 2X6B A; 3RYF A; 3CRQ A; 1PNL A; 3G6E V; 4RQF A; 2DMX A; 1MAB G; 1EZJ A; 1HNX O; 2YEV B; 3TXQ A; 4DUY O; 1VMG A; 2PI5 A; 1GRJ A; 2ZIN A; 4FLW A; 2Q0O C; 2PUS A; 1O9G A; 3SJC C; 2MW2 B; 3JD0 A; 3B8N A; 4DR7 O; 3EFF K; 5D5P A; 1GN2 A; 1Q81 W; 4OX9 B; 1NVP D; 2ITD C; 1K34 A; 2LJ2 A; 2AW9 A; 1OV9 A; 4B08 A; 1J5E O; 1TUB A; 5BMV A; 2WPD G; 1XIL A; 4FLU A; 4B3S O; 2Q8V A; 3CX5 F; 3ZN0 A; 3RYC B; 1GH6 A; 3B40 A; 1BCC H; 1SZT A; 4LF7 O; 5JJJ B; 2P7T C; 2OIE A; 4MVQ A; 4DV1 O; 3MHH C; 4TV9 B; 2JS5 A; 1HNW B; 4JI0 B; 3M8A A; 1FXK A; 3WG7 B; 2W0X A; 4DK1 A; 1N8R W; 3DXR B; 2EIJ B; 1B3Q A; 4WBN A; 1R3I C; 1AVM A; 5K1P A; 5IJ0 B; 3THO A; 4HYO A; 4J9Y B; 4ICG A; 1XOU A; 2WAM A; 2OCH A; 3JAT A; 2AZ2 A; 1MSD A; 5H6R A; 1AI4 A; 2KSD A; 1X59 A; 3ETG A; 1LUW A; 3CS5 A; 1LUV A; 3W7W A; 2CUG A; 2PZS A; 4BW5 A; 1I94 B; 1MNG A; 2DWE C; 1GN6 A; 5LBQ A; 1WLE A; 3GVM A; 4J11 A; 1BZK A; 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2ZM6 B; 3OMI B; 2OWO A; 4LP8 A; 4RWU A; 1R6T A; 1I0H A; 2X0L A; 2WLL A; 3J7A U; 5KLV H; 5LYJ B; 5KHI A; 1K8A W; 4I0X B; 1OCO C; 3E89 A; 2AHZ A; 4ZIB A; 3SYO A; 4LFA O; 4I55 B; 2N05 A; 5K1X A; 4H0L B; 1RP3 B; 4YIP A; 3ZMU A; 1G4Y B; 5IWA B; 2FL4 A; 1EFR G; 2YIB D; 1DF5 A; 5L3D A; 1V55 C; 3AG4 C; 1D5A A; 2A7W A; 2B1G A; 2JDI G; 1VQM V; 3SPC A; 1DGS A; 1WN7 A; 3BVO A; 1K3E A; 3T1Y O; 1A32 A; 4DV2 B; 3D8C A; 3AK3 A; 2LGQ A; 1FFX A; 1M56 C; 5L3F A; 1KP3 A; 4O4J A; 1OZ0 A; 4MSW C; 4ZI7 B; 3HKD B; 1AJQ A; 4KHP O; 1DK1 A; 1YIJ V; 2Y69 B; 3F7Y C; 2AZ0 A; 4CC5 A; 3VOU A; 1JA8 A; 3R65 A; 2XHB A; 5KAF Z; 1XMO O; 4MW8 A; 4K3A A; 4DUZ B; 3T1C A; 1OHH G; 4YJ3 A; 3CCE V; 1VP7 A; 2NLJ C; 3PJS K; 3GB7 C; 4U7O A; 3OTO B; 4G27 B; 3ASO C; 2W0F C; 2ARH A; 4H44 B; 3SJQ C; 3N2K B; 4LWS A; 4DV6 B; 4I50 A; 1Y4M A; 3JAR B; 2ADP A; 2UXC B; 1I08 A; 3RT3 C; 5JQG B; 4WFB V; 1RPO A; 2EIK B; 3EXA A; 1SQP H; 5L3G A; 4LF8 O; 1ZL8 A; 5JVD A; 3CP1 A; 3S3W A; 2JIZ G; 4W4L A; 2GBO A; 3CRC A; 5LMN O; 1HW7 A; 4UCV A; 3SR2 C; 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