The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
73
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structure length |
73
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Chain Sequence |
MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGSTLGLDIETATRAGKQIVERILKEES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
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| source organism |
Influenza a virus
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| publication title |
Structural Basis for a Novel Interaction between the NS1 Protein Derived from the 1918 Influenza Virus and RIG-I.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Non-structural protein 1
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| total genus |
21
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| structure length |
73
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| sequence length |
73
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-09-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1R6T A; 4LF5 O; 5BY1 A; 4DUZ O; 4LF6 O; 3T1Y O; 4NXN O; 3J80 N; 4LF9 O; 4JI7 O; 2N74 A; 1G1X B; 4DV3 O; 1AB3 A; 4B3M O; 1HR0 O; 3T1H O; 2AGA A; 2LW7 A; 1D2D A; 1HNW O; 4DV5 O; 4JYA O; 4AQY O; 1N34 O; 1HNZ O; 4DV0 O; 1IBM O; 4X62 O; 4LF4 O; 4JI0 O; 4DR2 O; 5IWA O; 3RT3 C; 1NS1 A; 2F4V O; 1FKA O; 4NXM O; 2UXB O; 5BXZ A; 5LL6 Y; 4DR3 O; 4B3S O; 4K0K O; 4B3T O; 4LF7 O; 1I94 O; 4JI5 O; 2E5L O; 4JI8 O; 1J5E O; 1XNQ O; 4DV1 O; 2Z0A A; 4YHH O; 1N33 O; 2JRI A; 1XMO O; 2UUB O; 5H5N A; 3R66 A; 5FLX N; 1N32 O; 5LMN O; 3M8A A; 4JV5 O; 4DV7 O; 1AIL A; 3O65 A; 1X59 A; 1XMQ O; 4DR5 O; 4X65 O; 4OPA A; 4DV4 O; 3SDL A; 4JI1 O; 2VQE O; 4X66 O; 1R1B A; 4JI3 O; 1DK1 A; 2HHH O; 1XEQ A; 5LMU O; 2UUA O; 5A2Q N; 4DR7 O; 2UXC O; 4A5U B; 3J81 N; 1A32 A; 2DJV A; 4DUY O; 2UXD O; 1HNX O; 5IT9 N; 4OPH A; 4DV6 O; 4GKJ O; 4OX9 O; 2ZM6 O; 4LFB O; 2UUC O; 4DV2 O; 3JAM N; 4X64 O; 4LFC O; 1KUQ A; 3OTO O; 4LF8 O; 4DR6 O; 2DOS A; 2VQF O; 1F7Y A; 4KHP O; 4DR1 O; 1IBK O; 3F5T A; 1XNR O; 4JI2 O; 2UU9 O; 4JI4 O; 4B3R O; 4JI6 O; 5BR8 O; 1N36 O; 3J7A U; 4GKK O; 4YY3 O; 4LFA O; 2ZKO A; 1FJG O; 1IBL O; 2FKX A; 4DR4 O; 1FYJ A; 1YZB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2XAJ A; 4LF5 O; 3L71 H; 1IDS A; 2VQE B; 1VQ7 V; 4X66 B; 2VRZ A; 1V54 C; 1CPY A; 2YUA A; 3G6B A; 2BOC C; 4GYC B; 4AQY O; 1K9M W; 1N34 O; 3CD6 V; 1P84 F; 4JI0 O; 2BOB C; 3BY6 A; 1UFI A; 4OX9 B; 3OTF A; 3I55 V; 1YEW A; 3L75 H; 2WWW A; 1MNG A; 3ZRX A; 3ZHS A; 3ZMS A; 4MVM A; 3JCZ A; 3K5O A; 4JAU A; 4IL6 Z; 4K3A A; 5L3C A; 1QR8 A; 1Q6U A; 3ZIA G; 2ZIM A; 2W0X A; 1N36 B; 1CXZ B; 5JH7 A; 2IU3 A; 3FB8 C; 1FJG B; 1ZTE A; 1NBM G; 3CSX A; 1XEQ A; 3HPL C; 2WA3 A; 3ZCC A; 2UUA O; 3ABM C; 4DR7 O; 1ZAU A; 2CH7 B; 5K1X A; 3QO5 A; 3PJS K; 1PNM A; 2QWN B; 4NYK A; 4WF9 V; 1BCC H; 5J2T B; 1JA8 A; 2XAF A; 1GO3 F; 5BMV B; 2F4V B; 3FX7 A; 1SQQ H; 4B3S B; 3UO2 A; 2V1D A; 3MAQ A; 3F5T A; 3RYI B; 1XNQ B; 3BAA A; 4KXR A; 2ZCE A; 2N04 A; 5LMN B; 1SQP H; 2JIZ G; 3AG1 B; 3CCR V; 2F1M A; 1XMQ B; 1YZB A; 1WPB A; 1SER A; 5JQG B; 2MK3 A; 1L0L H; 3MHS C; 2B1I A; 4B3M O; 2AGA A; 3LNM B; 3E35 A; 2CH7 A; 1KMI Z; 2P4K A; 4FZ1 A; 2XTA A; 1HNX B; 2ZNJ A; 3CMA V; 3K5M A; 5LGU A; 4X9Q A; 5J2T A; 5IWA O; 4ZHQ B; 2Y0P A; 1S3J A; 1V55 B; 3DTU B; 1K92 A; 5BMV A; 1ZX3 A; 3VQV A; 1M90 W; 2XT9 A; 1N4C A; 2K1E A; 1Q81 W; 2D2C B; 1MSW D; 4LF8 B; 1J5E O; 4E4E A; 4YHH O; 3RYI A; 1IBK B; 4KHP B; 4MSW C; 1VQN V; 4XDL A; 4B3R B; 5KUK A; 2QSA A; 2OWO A; 1RSO A; 4GCZ A; 2ITC C; 1X59 A; 3ETE A; 4GKK B; 4YY3 B; 3L74 H; 2YIB A; 2ADQ B; 4DV4 O; 1US6 A; 4JI1 O; 3AG1 C; 1YHQ V; 2PF4 E; 5JQG A; 4H33 A; 3JSN A; 3CWB H; 1I08 A; 4GUN A; 3W7S A; 5KHG A; 2NLJ C; 1HDJ A; 2UXC O; 1K4C C; 1WAZ A; 2IM9 A; 2Q0O C; 3KKY A; 3M99 B; 4PA7 A; 3SYQ A; 2LO1 A; 2WLI A; 5L3D A; 2OT5 A; 4ZHQ A; 2KSD A; 3WB2 A; 5DN6 G; 3C3T A; 3ZMV A; 4NXM B; 1B04 A; 1V55 C; 1KUQ A; 2P4V A; 2DOS A; 2JGD B; 4K0K B; 2B9Z A; 1WPX A; 3ZRS A; 1NVP B; 5KMG B; 1S77 D; 1M9N A; 2UXX A; 4PJ0 Z; 3OUS A; 1K73 W; 3THO A; 3OMN B; 1HP8 A; 2BTO A; 4CBC A; 4FLW A; 3B09 A; 4LF9 O; 1BT8 A; 2W6I G; 2PY5 A; 4GZR B; 2CE4 A; 1THZ A; 4EEQ A; 3FB7 C; 3E8B A; 1JJO A; 1YI2 V; 4EFE A; 1IBM O; 4QJF B; 4FFK A; 4LF4 O; 5E79 Z; 3JSL A; 1FKA O; 5GW7 A; 3ZHV A; 4HBN A; 4Z1M G; 1M56 B; 1L0N H; 3K0D A; 2P5O A; 1RP3 B; 2Y4U A; 4LFC B; 4JZG A; 3DSQ A; 2JGD A; 4B3T O; 1DTO A; 3APQ A; 3N2G B; 4YIP A; 2YEV A; 1SC5 B; 3DXR A; 4DV7 O; 5KMG A; 1FFX B; 4QNH B; 2AXT Z; 3ZMZ A; 5CB4 B; 1WB7 A; 4UCO A; 3LDC A; 2VQE O; 4X66 O; 3ZMU A; 2Q8V A; 1QVF U; 1P4R A; 2RDC A; 2LGQ A; 1Q3E A; 2Q67 A; 2OIE A; 4PD4 F; 1JFF B; 4MW8 A; 4UUJ C; 3K5N A; 3OE7 G; 3CJH B; 1NJI W; 4WFH A; 4OX9 O; 4NTW A; 3H01 A; 4FLV A; 2LP7 A; 4J10 A; 4QGP A; 3CCJ V; 1TUB A; 3LSS A; 2UXB B; 2YXL A; 2HLD G; 4PA6 A; 1TAE A; 2Z3Y A; 2QWO B; 4GX1 A; 1M56 C; 1F7Y A; 3STZ C; 3N2G A; 1OCZ C; 1P7G A; 3IC9 A; 4BR6 A; 3AK1 A; 4W4K A; 1WA8 B; 4JZ2 A; 2JJ2 G; 1N36 O; 5E1A C; 4JTD B; 1FFX A; 1XHX A; 2PGG A; 4LNU B; 1ZL8 B; 1FJG O; 1WNS A; 5CB4 A; 4IYI A; 2QR4 A; 1MOF A; 4DK0 A; 5BY1 A; 2HKO A; 1MG1 A; 3FB5 C; 4FZ0 A; 3UKM A; 4DO2 A; 4BIO A; 3FYE B; 2OCC B; 1JFF A; 2HP8 A; 1U97 A; 1R3I C; 3CJH A; 4O4L B; 3IC7 A; 1RM1 B; 4PDM A; 5IJ0 B; 3JAR B; 1NS1 A; 2F4V O; 4ASU G; 3D36 A; 1AVM A; 3L9D A; 2JS5 A; 2YSU B; 1KP3 A; 4B3S O; 1AI5 A; 1NR1 A; 3D36 C; 4DYL A; 4CS3 A; 4LCU C; 3T1C A; 1XNQ O; 3K3W A; 1SZX A; 2JRI A; 4UCV A; 5H6R A; 3LDD A; 1WA8 A; 4JI2 B; 5LMN O; 2BCC H; 4JI4 B; 1ZLZ A; 3CC7 V; 2XAH A; 5CA0 B; 5HFL A; 5BR8 B; 2KQX A; 4LNU A; 1ZL8 A; 1XMQ O; 3SJA C; 3L72 H; 3FAV B; 1CEZ A; 4O2A A; 3ZX6 A; 4HNA B; 5LP6 A; 1WP7 A; 2Q6A A; 4FVM A; 2ATK C; 3SPC A; 1KB9 F; 2L35 A; 4R6Z A; 1NTZ H; 1R73 A; 4KUM A; 1BL8 A; 2EJ7 A; 1HNX O; 3BPZ A; 2OCC C; 4O4L A; 3W7T A; 1IXB A; 2F43 G; 5IJ0 A; 3JAR A; 3JCU Z; 1N0J A; 2BE3 A; 4LF8 O; 4PI2 A; 2BSK B; 2E74 B; 3L70 H; 4KHP O; 1IBK O; 1PNL A; 3LSQ A; 5EZY A; 3MDS A; 1I94 B; 2Y69 C; 5CN0 A; 2GV9 A; 4B3R O; 3RYH B; 1VQP V; 3SYO A; 4D7T A; 1JCH A; 4GKK O; 1H2G A; 4YY3 O; 2E76 B; 5CA3 A; 5CA0 A; 1VF6 A; 4X1K B; 3OGC C; 2ARH A; 5C8Y B; 1K33 A; 4KL1 A; 4MVR A; 2FKX A; 2PYJ A; 3QVN A; 4JYB A; 1VF6 C; 5EYP A; 4CH5 A; 4DR5 B; 4X88 A; 4HNA A; 3K08 A; 2IBZ H; 5D5Q A; 1G1X B; 4ZOL B; 1UJW B; 4JI3 B; 4QPJ A; 5D5P A; 4WCE V; 2AW9 A; 5C93 A; 5DED A; 3TXS A; 3ZBH A; 2UXD B; 3D8C A; 4FM2 A; 2EJR A; 1ROP A; 3AG4 B; 2ZM6 B; 4NXM O; 2P6J A; 3D3Q A; 2UXN A; 2KKW A; 4K0K O; 4X64 B; 2QKC A; 4RUF A; 2KG7 B; 2BSK A; 3UT5 B; 4I4T B; 3E8F A; 3G6E V; 2HJF C; 4BAY A; 4F6R B; 2XAS A; 4U7N A; 2IJJ A; 2ZR2 A; 4P30 A; 3RYH A; 1S5L Z; 4LBE C; 4I0X A; 4QE7 A; 1KP2 A; 1LR1 A; 5C8Y A; 3KG2 A; 3ZHU A; 3F7V C; 1I5X A; 3RFR A; 2R9R B; 3C3S A; 4ZOL A; 1QLN A; 1T5E A; 3AG3 C; 2HR3 A; 2ADP A; 4A5U B; 2EIJ B; 3WB0 A; 3IAY A; 4H13 B; 4JPR A; 4FK5 C; 1NQT A; 5LYJ B; 2HVJ C; 4LFC O; 4X1Y B; 3WG7 B; 1XDC A; 4TQF A; 4E2L A; 3AG4 C; 2KG7 A; 4J7Z A; 3UT5 A; 2P90 A; 4I4T A; 1NH2 B; 1W0K G; 4UXN A; 4UVC A; 4YIO A; 4TT3 G; 2RNB A; 1JVM A; 4F6R A; 3ABK B; 4I7Z B; 2CDY A; 5FNV B; 5IYZ A; 3BRC A; 1VQO V; 4IHJ B; 3FFQ A; 1YIT V; 4JGS A; 3JD0 A; 2JK5 C; 3SJC C; 2R72 A; 2ZKO A; 4X89 A; 4XDK A; 4EB6 A; 1TA8 A; 2ZE8 A; 5LGN A; 3TK1 A; 4X65 B; 4UFZ A; 3HR0 A; 2AHY A; 1K4D C; 2QWQ B; 1AB3 A; 2A9H A; 3SPI A; 4FLX A; 3UQ8 A; 4O2B A; 1GM7 A; 3DGE A; 2LGW A; 4QIW F; 4J80 A; 3OUF A; 5B1B B; 5AG2 A; 4H0L B; 2UXB O; 5LYJ A; 2X6C A; 1SQF A; 4X1Y A; 2R70 A; 3WG7 C; 2RCV A; 5KLV H; 2A06 H; 2ZDI A; 3C90 A; 5DM6 V; 5FNV A; 3QTC A; 3ABK C; 2ZDI C; 4IHJ A; 4YJ2 B; 4NVP A; 4FJC C; 1HNZ B; 4IGG A; 3M7M X; 3T4D A; 1SF9 A; 3I5D A; 3K5L A; 3RGB A; 4DR4 B; 3TJT A; 1DK1 A; 3P3N A; 4LF6 B; 4NXN B; 2QEX V; 1SA0 B; 3AG2 B; 1OCR B; 2HEP A; 2ZD9 A; 3IJ4 A; 5EC2 C; 4GX0 A; 3CYO A; 1HNW B; 4I50 B; 2Q7G A; 3SPG A; 5B1B C; 3CRC A; 2DQ0 A; 5JJJ B; 3E8G A; 2K9P A; 3IGA C; 1YTF D; 4TV8 B; 4GT1 A; 1MZF A; 1WLE A; 3QNE A; 3QO7 A; 4MT8 A; 4JI2 O; 3GB7 C; 4CC5 A; 4JI4 O; 1AJQ A; 4YJ2 A; 5BR8 O; 4WFA V; 4JAS A; 2LJ2 A; 4AI8 A; 1ZUQ A; 4BW9 A; 2RQ6 A; 1GTO A; 3ABL B; 1R6T A; 5JVD B; 1COW G; 2B1G A; 4X20 B; 3J80 N; 3AK3 A; 3OGI B; 2P06 A; 1PV0 A; 1Q82 W; 4FLY A; 1SA0 A; 1KKD A; 2E3C A; 1GAX A; 2Q68 A; 3AG2 C; 1GN6 A; 1OCR C; 5KA6 A; 2Q73 A; 1Q86 W; 4O4J B; 4DV6 B; 1YCI A; 4B08 A; 4WFE A; 4NTX A; 1FXK B; 3UM7 A; 4I9Q A; 4HZ3 A; 4D6T H; 4FFB B; 3CCQ V; 3OAA G; 5J2U B; 1QLE B; 1I94 O; 1Q90 D; 1R6K A; 2QTO A; 2PYL A; 4FLT A; 1WJZ A; 3K0G A; 1GN2 A; 2OTJ V; 2EIM B; 4DW0 A; 1H38 A; 1GMG A; 4DR5 O; 4UCS A; 5LBQ A; 2X6A A; 3RYF B; 1IBL B; 5JVD A; 1LNQ A; 2YIB D; 4PA3 A; 4X20 A; 3ABL C; 4JI3 O; 1EZV H; 1H8H G; 3CC2 V; 2IJK A; 1XI1 A; 3X2Q B; 4JI8 B; 2Y4T A; 5A2Q N; 4NB5 A; 1TGO A; 1BE3 H; 1E79 G; 2UXD O; 4JYA B; 2ZM6 O; 4O4J A; 1DF4 A; 1VQ8 V; 1ZSP A; 4X64 O; 1FXK A; 4CH4 A; 4LC1 A; 2NNU A; 5FPO A; 4FFB A; 1NI8 A; 2YC0 A; 1FXK C; 5J2U A; 2ZE7 A; 5CBH A; 3OW2 U; 2DE0 X; 1QLE C; 2UUB B; 4AHC A; 3OD4 A; 2DYS B; 2EIM C; 2EUL A; 1SES A; 4Z2W A; 5HFM A; 5EBW C; 1FXH A; 2YDE A; 4TV9 B; 1Y67 A; 5H6Q A; 2WLL B; 5EBM C; 5LMU B; 2LFS A; 2YID A; 3X2Q C; 1Q43 A; 3EHB B; 1JPX A; 4RQF A; 1EM1 A; 4DRX B; 4L87 A; 3DC6 A; 3BHP A; 5B3S B; 4DK1 A; 2DYR B; 4GKJ B; 3CPW U; 3ETG A; 4J9Z B; 3SYA A; 5EIB D; 2CTQ A; 3K04 A; 1VF7 A; 1HWY A; 3CRA A; 1VAR A; 2EZP A; 2HVK C; 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1BGY H; 3IFX A; 1P49 A; 4H44 B; 4PDR A; 4JI6 B; 2OIG A; 1R6N A; 4JI0 B; 1PKX A; 1Q6H A; 2DMX A; 4TQD A; 2AZ2 A; 1OJH A; 1KKC A; 3SYC A; 4JAV A; 1AI7 A; 1AP6 A; 3JD1 A; 1OCO B; 2B5U A; 1VIB A; 1IUR A; 3B2E E; 1G4Y B; 2YIC A; 2EIN B; 4DV6 O; 3W7U A; 4FMT A; 2IJH A; 4UCU A; 1YXB A; 1XL4 A; 2CTR A; 3GWK C; 3ZHR A; 3CME V; 3EVK A; 3CHX A; 2E5L B; 1FFT B; 3W7W A; 1I7F A; 1XHZ A; 1XMO B; 1ZWI C; 1MZE A; 1I5Y A; 1BQ0 A; 1EBO A; 1RPO A; 3E83 A; 5GON B; 4DW1 A; 1N32 B; 2FL4 A; 4W4L A; 1RM1 C; 1YIJ V; 1IBL O; 3D3I A; 2FML A; 3ZJZ A; 2VS0 A; 2WLK A; 3CRR A; 4JYY A; 5JJE B; 2GSM B; 1ARO P; 4JYA O; 4J41 A; 1Z5W A; 1AR1 B; 1OCO C; 4NR1 A; 5H9C A; 4B7E A; 2CGN A; 5J9P C; 1PL4 A; 3H1K H; 4I5S A; 2EIN C; 4ICG A; 5L3F A; 4LFB B; 1BMF G; 2WA4 A; 2UUC B; 4YJ3 B; 4C7U A; 2EBO A; 3FAV A; 4RQE A; 3A2F A; 1N0N A; 4H37 A; 3RYC B; 2UUB O; 2QWP B; 3GVM A; 1KEC A; 3E89 A; 4WFF A; 2QGN A; 1J95 A; 3QF7 A; 1LUW A; 4PDV A; 2XUM A; 2GTA A; 5GON A; 1XUQ A; 2PUS A; 3FD9 A; 4YXW G; 2A79 B; 5IY5 B; 3ETD A; 3SGI A; 3E2E A; 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