The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| publication title |
The structural basis for the action of the antibiotics tetracycline, pactamycin, and hygromycin B on the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
29
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-12-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LF8 O; 4KHP O; 1IBM O; 2UUB O; 4DR7 O; 1XEQ A; 4JI6 O; 4LF9 O; 5LL6 Y; 2ZKO A; 4X64 O; 3JAM N; 1XMO O; 4DUZ O; 1HR0 O; 4YY3 O; 3J81 N; 4JI8 O; 1J5E O; 1N32 O; 4GKJ O; 4DV6 O; 4LF7 O; 4LF4 O; 2DOS A; 1AIL A; 4DV1 O; 2HHH O; 2F4V O; 1KUQ A; 3J80 N; 4DR1 O; 3M8A A; 1FKA O; 1IBL O; 4JI4 O; 4DV0 O; 4X66 O; 1R6T A; 4X65 O; 2FKX A; 3OTO O; 4DR5 O; 4LFA O; 4K0K O; 5BXZ A; 1N33 O; 2VQE O; 4LFC O; 4DV5 O; 1N34 O; 5IWA O; 1DK1 A; 4DUY O; 2UUA O; 2UXB O; 3R66 A; 4DV4 O; 4B3S O; 4LFB O; 4NXM O; 2UXD O; 1N36 O; 1HNX O; 4DR2 O; 5A2Q N; 3RT3 C; 1XNR O; 2E5L O; 4JI7 O; 1R1B A; 1IBK O; 1I94 O; 2LW7 A; 3J7A U; 4DV7 O; 4DV2 O; 4JI1 O; 1HNW O; 3O65 A; 4JI0 O; 2JRI A; 4OX9 O; 1HNZ O; 2ZM6 O; 4B3T O; 4OPA A; 4LF6 O; 2UUC O; 4X62 O; 1XMQ O; 4DV3 O; 4LF5 O; 4OPH A; 5BR8 O; 4JYA O; 4DR4 O; 5H5N A; 5LMN O; 1YZB A; 4B3M O; 2Z0A A; 4JI2 O; 4JI3 O; 4GKK O; 2DJV A; 4B3R O; 2VQF O; 1FYJ A; 1D2D A; 5IT9 N; 2UU9 O; 4NXN O; 4JV5 O; 4A5U B; 3T1Y O; 4DR3 O; 2N74 A; 5FLX N; 3T1H O; 4DR6 O; 3F5T A; 1XNQ O; 1G1X B; 5BY1 A; 2UXC O; 3SDL A; 1FJG O; 4JI5 O; 1X59 A; 1AB3 A; 1F7Y A; 1NS1 A; 4YHH O; 5LMU O; 4AQY O; 1A32 A; 2AGA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4H37 A; 4B08 A; 2QR4 A; 4FPP A; 3ZHV A; 2QEX V; 3ZHU A; 4JI6 O; 3QO5 A; 1AP5 A; 4X1Y A; 3N27 A; 2PY5 A; 4MVM A; 5B1A C; 3J81 N; 1K5S A; 4JAS A; 3JAK A; 5CBF A; 2M7W A; 5JJN B; 3ABM B; 2PUS A; 1EFR G; 3JD4 A; 1JA8 A; 5H6Q A; 2Q0O C; 3Q4H A; 1RPO A; 2CH7 A; 1T5E A; 2AZ2 A; 3APQ A; 2QKA A; 4JI7 B; 4O2B A; 5IY5 B; 4LNU A; 5H2F Z; 3RWR D; 4I55 B; 2FML A; 5JCO A; 4XDK A; 3K5L A; 4K35 A; 4J41 A; 5BR8 B; 4JYA B; 1AI7 A; 4Z1M G; 2N04 A; 4DR4 B; 4KXR A; 1I5X A; 5LMN B; 1NTZ H; 3O65 A; 2JRI A; 5GW7 A; 1M56 B; 3RYC A; 1GN3 A; 3EFF K; 5LOV A; 1YF2 A; 2ZR2 A; 1WN7 A; 4GKK O; 4PI2 A; 2IH3 C; 4CH4 A; 3GWK C; 4LCU C; 3BA9 A; 1TVK A; 3CP1 A; 1XL4 A; 1K97 A; 2YI9 A; 2W0F C; 4I9W A; 1V55 C; 1XNQ B; 4NYK A; 2GTS A; 4RAI A; 1OCO B; 2OWO A; 2EIJ C; 3ML0 A; 1QHT A; 2XAJ A; 1SQP H; 4YJ3 A; 1RM1 B; 4E4E A; 1YCI A; 2OCC B; 4PA3 A; 4GLX A; 2F93 B; 4IIJ B; 5ITZ B; 1WPX A; 4KHP O; 4PV1 B; 5L3D A; 5IYD O; 1IBM O; 3JD2 A; 3O9O A; 4DV6 B; 4LF4 B; 1COW G; 2B1I A; 2A06 H; 4DK0 A; 3RYH B; 5C93 A; 1N32 O; 4BIO A; 2ZQM A; 2XAH A; 1KC8 W; 5CB4 B; 4I7Z B; 1IXM A; 4X89 A; 4UCS A; 1XNR B; 2UUA O; 3UT5 B; 2LGW A; 3BHP A; 2LFR A; 3H1I H; 3T1Y B; 3RT3 C; 2KB1 A; 2ZM6 B; 5IJ0 B; 5LP6 A; 1R1B A; 4FLV A; 1O9H A; 3ZJZ A; 5FL7 G; 4KFM A; 4DV2 O; 4JI0 O; 2QKC A; 4N23 A; 4QPJ A; 4GX2 A; 5BZB A; 2EZP A; 2HVK C; 3E35 A; 1S77 D; 2E75 B; 4D7T A; 3AG2 C; 1H2S B; 5IDJ A; 4H13 B; 1JMK C; 2YSU B; 2WLL B; 4G28 B; 4H0L B; 4Z2W A; 5KMG B; 3CXH F; 1Q5O A; 4CBC A; 2X6A A; 3FB8 C; 5KHI A; 1SC5 B; 1NVP D; 2ZXW C; 1VQN V; 1VQ4 V; 2YI8 A; 3THO A; 5LMU B; 3F5T A; 3CRM A; 1XHX A; 4W4K A; 3HKC B; 4JI5 O; 1KBH A; 2ITC C; 4IIJ A; 2WLJ A; 4DRX B; 4AQY O; 5ITZ A; 3H1K H; 2QKS A; 4DW0 A; 3FAV B; 3JSL A; 3I55 V; 3AG3 C; 3MDS A; 1VEW A; 3DGE A; 5KHK A; 3RYH A; 1TA8 A; 4QIW F; 4UCT A; 5CA1 B; 3CME V; 3CCV V; 5HFM A; 1QVF U; 4P2Z A; 5DED A; 2EZO A; 1N33 B; 4BAY A; 5K1X A; 5IWA B; 3E2E A; 3M8A A; 5LYJ A; 4P30 A; 3U0Z A; 5DN6 G; 5LHH A; 5CB4 A; 2FKX A; 3RVZ A; 3CE2 A; 4J9Z B; 5BMV B; 1N36 B; 3EVK A; 5KUK A; 2VQE O; 1CEZ A; 3BAA A; 3SGI A; 4DUY O; 3UT5 A; 4PDL A; 3DXR A; 1NVP B; 4BIZ A; 1X4T A; 1HNW B; 1XOU A; 3K04 A; 4FIP C; 4DO2 A; 5IJ0 A; 4PA4 A; 1MAB G; 3K06 A; 4CH3 A; 3ZN0 A; 1PL0 A; 5JVD B; 3TJT A; 1XDC A; 4OX9 O; 2QM8 A; 4U3J B; 1OCZ C; 2IJH A; 1SRY A; 5J9P C; 4BWA A; 3QF7 A; 1OCC B; 3ZBH A; 3OMI B; 5EIB C; 1BE3 H; 1V54 C; 3BVO A; 3MD0 A; 2UU9 B; 3CS5 A; 3OGC C; 3AK3 A; 1GN2 A; 1OV9 A; 2JK5 C; 5B1B C; 2P7T C; 5JQG B; 5IYC O; 2YIA A; 3RYF B; 2CAZ C; 1P7B A; 3STZ C; 2JGU A; 4MTO A; 4Z1V A; 1M5I A; 4BIU A; 1XBL A; 5FNV A; 1XL6 A; 3HKC A; 4YJ2 B; 1YIJ V; 1Q43 A; 1NS1 A; 3BRC A; 4L87 A; 4LF8 O; 2OT5 A; 1P4R A; 4WCE V; 1HR0 B; 5E79 Z; 3UM7 A; 2EIK B; 1I08 A; 4UVB A; 3SPI A; 2H8P C; 4F6R B; 1JVM A; 4X64 O; 1XMO O; 3WU2 Z; 2F1M A; 2EIL B; 3N2K B; 4GKJ O; 4LF7 O; 3JAW A; 5CA1 A; 2P06 A; 1AR4 A; 3OTO B; 3K3W A; 2HHH O; 3AG4 B; 1H2G A; 3OMN B; 1FKA O; 3UO3 A; 3OT7 A; 4RUF A; 4DV0 O; 4FLY A; 4IGG A; 3OEE G; 3JD3 A; 3CCJ V; 2ADQ B; 1Q6H A; 3K9A A; 5EYP A; 4GX0 A; 1NZ6 A; 2XAQ A; 3CEI A; 3KCY A; 4FLX A; 1R6N A; 3W7T A; 3S3X A; 4DR2 O; 4O4L A; 1HW7 A; 1RSO B; 2YIC A; 4JYB A; 2GV9 A; 1XMQ B; 1IBK O; 2GBO A; 1BHA A; 4X88 A; 4MT8 A; 3WFV A; 1VMG A; 4U3J A; 4IT5 A; 4LF6 O; 4QE9 A; 2CGN A; 2JVD A; 2E74 B; 4X1K B; 3CCL V; 1FAF A; 1KU9 A; 2EIN C; 1S5L Z; 1JPX A; 5L3C A; 3E83 A; 2NLJ C; 3UQ8 A; 5JCO C; 1WPB A; 1FS0 G; 2JEU A; 2JIZ G; 5J2U B; 4FM1 A; 1F4M A; 3L9D A; 2VQF O; 2DE0 X; 1NT2 B; 2PYL A; 4XBF A; 4NXN O; 4DR6 B; 1GN4 A; 4ICG A; 3RYF A; 3L73 H; 5GON B; 3SPJ A; 3BA8 A; 1JX9 A; 2LW1 A; 2FL4 A; 1R73 A; 1J95 A; 3X2Q B; 4UVA A; 2PI5 A; 2ODM A; 4YJ2 A; 1I5Y A; 4BW9 A; 1FFX B; 1MG1 A; 1F7Y A; 2NN4 A; 3B77 A; 3L70 H; 5AG2 A; 1J5E B; 3QTC A; 1JQ0 A; 3HB3 B; 2OCH A; 2F4V B; 5LL6 Y; 4FJC C; 3CRQ A; 1CP9 A; 4DUZ O; 3N2K A; 4YY3 O; 4AHC A; 4G2K A; 1TUE B; 1Y66 A; 2YXL A; 4CZZ A; 3VOU A; 2DOS A; 2AXT Z; 4LFC B; 3BAB A; 2ZIM A; 4JI4 O; 3BEH A; 4DV4 B; 3I5D A; 1H8E G; 4JTA B; 4X65 O; 1GAX A; 2FTK A; 3K5O A; 4PDR A; 5BXZ A; 2XAG A; 5LHG A; 3LNN A; 1RPR A; 4U3F H; 3F7V C; 3K08 A; 1RSO A; 3ABM C; 3K59 A; 4YXW G; 1YHQ V; 3VBB A; 1GO3 F; 1EN5 A; 4QGP A; 1GMG A; 1N0J A; 4TUY A; 2PYJ A; 1VQO V; 2W6I G; 3UO2 A; 4JI3 B; 1R6K A; 4X1K A; 2YID A; 3OE7 G; 5IY5 C; 4DV3 O; 4LF5 O; 4H33 A; 1VF7 A; 1L1F A; 4F4L A; 3B8M A; 1GM9 A; 3JAR A; 4X20 B; 5J2U A; 4BW5 A; 1ZX3 A; 5LP6 C; 3P3N A; 2PTM A; 4WF9 V; 4PA6 A; 1G8M A; 3K5N A; 1M56 C; 2PZS A; 1QLN A; 2UXC B; 5GON A; 1NR7 A; 1HP8 A; 1YI2 V; 2WLK A; 1OCR B; 1Y76 A; 4QJF B; 1U97 A; 5CMU A; 4FM2 A; 4MSW C; 1FPO A; 1MA1 A; 4HNA B; 5KA5 A; 2EJ7 A; 1KD1 W; 1FFX A; 2UUB B; 4DR7 B; 1SF9 A; 2X7R B; 4LWS B; 4LF9 B; 3E8B A; 3CMA V; 2H3O A; 3OM3 B; 2LJ2 A; 2OTL V; 2P22 C; 5L3B A; 1UPG A; 4R7C A; 4ZOL B; 1Q6I A; 1OCO C; 2GHY A; 3CPW U; 4JZ2 A; 2DQ3 A; 3JAM N; 4FMT A; 4I4T B; 3BY6 A; 3ZRS A; 4DV5 B; 3TXS A; 1LR1 A; 1IBL O; 4EFE A; 3B2E E; 3GWO A; 1M57 C; 2Z5U A; 1SQV H; 3RYI B; 2UXD B; 4LFA O; 1SQQ H; 2YDE A; 3ZHR A; 2QM7 A; 2UXX A; 1R3K C; 5GTI Z; 4CH5 A; 4FM0 A; 1VQL V; 1SZT A; 4ZI7 B; 3LDD A; 4JAA A; 1TGO A; 2XOK G; 2DYS B; 2QGN A; 1N8R W; 1MSW D; 3ASN B; 5IJ9 B; 1I0H A; 3APO A; 1YTF D; 1K73 W; 3MHH C; 2IU3 A; 4X20 A; 4B3M O; 4UCO A; 5E1A C; 3SJC C; 1TUB B; 2JS5 A; 4MVU A; 4B3R O; 3K57 A; 1VAR A; 3ASO B; 1R3L C; 5IT9 N; 4PA9 A; 4ZHQ B; 3JAT A; 4A5U B; 3K79 A; 1SES A; 5J2T B; 1Q3E A; 4TOI A; 2GSM B; 2Q8V A; 3JAL B; 3H9V A; 5DM6 V; 2Y69 C; 2HVJ C; 2P5O A; 1RFY A; 1R3J C; 1E79 G; 1JR9 A; 1LNQ A; 1ZLZ A; 3SDL A; 5B3S B; 1FJG O; 4YIO A; 1SET A; 4LWS A; 4TV9 B; 4YHH O; 2A0L A; 2AGA A; 2RDC A; 1IXB A; 4UV8 A; 1VQ9 V; 4WBN B; 1BCC H; 1KKC A; 2Q68 A; 1AR5 A; 4JI8 B; 1YTF B; 1GH6 A; 1YJN V; 2NNU A; 4MTG A; 4DR1 B; 2ZKO A; 4MVS A; 2OYQ A; 1HWY A; 3G6E V; 4I4T A; 1JOY A; 2EBO A; 2UXB B; 4EB6 A; 4MVR A; 4R50 A; 1AI4 A; 3RYI A; 3HKE B; 1HNX B; 3SYQ A; 3K0D A; 1FXK B; 5KX5 B; 5CA0 B; 2Q7H A; 1BL8 A; 2Q69 A; 4NXM O; 1I94 B; 4UFZ A; 3BFR A; 1AJN A; 2CDY A; 3ZIA G; 4AI8 A; 1PNL A; 2Q7E A; 1W0K G; 2FYU H; 3H01 A; 2A79 B; 5IE9 A; 2P90 A; 2ZT9 B; 2ZDI A; 3PN1 A; 2CTW A; 2E76 B; 4JI1 O; 5IJ9 A; 1UFI A; 5KHJ A; 3QVN A; 1ZL8 B; 5HFL A; 1HNZ O; 1Q90 D; 2XTA A; 3ZRV A; 1BQZ A; 3E89 A; 5EK0 A; 3BCC H; 3A0R A; 4JI2 O; 1JCH A; 4I55 A; 4FLU A; 1TUB A; 3VQY A; 2QWQ B; 3OFN G; 1EZJ A; 2H94 A; 3CB2 A; 1D5A A; 1OCC C; 4MTF A; 1SZX A; 2R9A A; 2HG5 C; 1G1X B; 1S5J A; 1OHH G; 2ITD C; 4GX1 A; 5B1N A; 3ETG A; 4N21 A; 1NJI W; 2IW5 A; 2IBZ H; 1NU1 H; 3SYA A; 1A32 A; 2IH1 C; 1S76 D; 1B06 A; 1WAZ A; 2N05 A; 3IC9 A; 4ZIB A; 2ZR3 A; 4NTX A; 2R9I A; 1SS3 A; 2VS0 A; 3D3Q A; 1MSD A; 3AK2 A; 4DV1 B; 2HKO A; 4ASU G; 3ZHS A; 2RN9 A; 1RP3 B; 3W7S A; 4FFB B; 4NVP A; 4GT1 A; 4JYY A; 4W4L A; 2ZE8 A; 1W2B U; 2ATK C; 4O4I B; 1KUQ A; 1ENV A; 2RNB A; 4E2L A; 4X66 O; 5L3F A; 1B6Q A; 2EIK C; 3ZHQ A; 4LFB B; 2Q4P A; 4DR5 O; 2EIM C; 1H2L A; 1FXK A; 4L8J A; 1N34 O; 4B7E A; 2PGG A; 3RN4 A; 2E5L B; 5CA0 A; 1K4C C; 3ABL C; 3E8G A; 4B3S O; 2DYR C; 3FB6 C; 1QVG U; 4KP4 A; 1Z5W A; 3L74 H; 2Y4U A; 3WG7 B; 5LA6 B; 3C90 A; 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3GB7 C; 4PDV A; 1K3E A; 4O4J B; 2LGQ A; 4OXS A; 1Q8I A; 5BMV A; 3NR7 A; 4GKK B; 3G71 V; 5BR8 O; 4JYA O; 4YIP A; 4DR4 O; 3RFR A; 4XDJ A; 1KKD A; 3KG2 A; 5LMN O; 5D5Q A; 5EIB D; 1SKV A; 2BCC H; 1JJ2 U; 1KYO F; 2DJV A; 5EBM C; 3AG7 A; 1IZ3 A; 2ZE6 A; 1FYJ A; 4QPK A; 3FX7 A; 2HR3 A; 1K7D A; 3ZRW B; 5JVD A; 2A3Q A; 4FK5 C; 1JJO A; 2AHY A; 5KHG A; 1XRE A; 3OUS A; 1VIB A; 3P30 A; 4J80 A; 2YS8 A; 1XNQ O; 2EX3 A; 3S3W A; 4KHP B; 1BT8 A; 2JS3 A; 2BTQ A; 1IBM B; 1MZE A; 3LSU A; 2QWN B; 4AIL C; 2DN9 A; 2WLH A; 3FFQ A; 3G4S V; 4O4H A; 5JQG A; 2XND G; 2R72 A; 3A2F A; 4JYC A; 1N32 B; 3ZMT A; 5JJJ B; 2G38 A; 3D3I A; 1MMM A; 3CCQ V; 1VQP V; 1MZF A; 1QNM A; 1W0J G; 4UB6 Z; 2ADP A; 4DV6 O; 4KL1 A; 1K34 A; 4LF4 O; 3B40 A; 2Q9L A; 4GCZ A; 4B7K A; 5IYZ A; 1L0L H; 2UUA B; 5K1P A; 4TWK A; 3RGB A; 2IM9 A; 4LC1 A; 3OD4 A; 3VQX A; 1TAE A; 4DK1 A; 5JH7 B; 2WSS G; 3CWB H; 2BSK B; 4F6R A; 3OW2 U; 1DTO A; 4TV8 B; 4DV2 B; 3F7Y C; 2QA4 V; 4JI0 B; 1VQK V; 1XNR O; 3ZRX A; 3STL C; 4MW3 A; 4Q6G A; 3JAS B; 4O2A B; 3ZMV A; 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