The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
86
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structure length |
86
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVMQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRMLIEKLGI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the S15-rRNA complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RRNA FRAGMENT
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| molecule tags |
Ribosome
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| source organism |
Thermus thermophilus
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| total genus |
17
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| structure length |
86
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| sequence length |
86
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1999-12-06 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1D2D A; 4JI0 O; 1HR0 O; 1AIL A; 1HNZ O; 4JI6 O; 2VQE O; 2HHH O; 4DV5 O; 4DUY O; 2E5L O; 4LF4 O; 4DUZ O; 2F4V O; 1R1B A; 4NXN O; 1XMO O; 2DJV A; 2JRI A; 3RT3 C; 1IBK O; 5IT9 N; 4KHP O; 1F7Y A; 3J81 N; 3J7A U; 5A2Q N; 1N33 O; 4JYA O; 4LF5 O; 1XNR O; 1FYJ A; 4DV7 O; 3T1Y O; 3J80 N; 4X66 O; 4LF8 O; 2FKX A; 4DR1 O; 3JAM N; 4DR6 O; 4DV2 O; 3M8A A; 4JI3 O; 1I94 O; 4K0K O; 4LF9 O; 2UUC O; 4JI4 O; 1J5E O; 4DR4 O; 5FLX N; 1X59 A; 5BR8 O; 4B3T O; 2LW7 A; 4DR5 O; 2DOS A; 2Z0A A; 3OTO O; 4GKK O; 1XEQ A; 4DR2 O; 1DK1 A; 2ZM6 O; 1XMQ O; 1XNQ O; 4DR7 O; 4DR3 O; 5LL6 Y; 1NS1 A; 4DV4 O; 4DV1 O; 2UUA O; 4YHH O; 3SDL A; 4JI5 O; 3T1H O; 4B3M O; 4A5U B; 4LFC O; 4X65 O; 1AB3 A; 5LMU O; 5LMN O; 2VQF O; 4B3S O; 2N74 A; 4OPA A; 5H5N A; 4LFA O; 3O65 A; 2UUB O; 2UU9 O; 4JI8 O; 4JI1 O; 4JV5 O; 1KUQ A; 1R6T A; 4DV0 O; 3F5T A; 1G1X B; 2UXC O; 1FJG O; 4X64 O; 1N36 O; 4OPH A; 4GKJ O; 4B3R O; 4DV3 O; 4JI7 O; 4OX9 O; 1A32 A; 4LFB O; 3R66 A; 1IBM O; 2UXD O; 4YY3 O; 4AQY O; 4LF6 O; 5BXZ A; 4JI2 O; 1N34 O; 1YZB A; 2ZKO A; 4NXM O; 1HNW O; 1N32 O; 1HNX O; 2AGA A; 4X62 O; 1FKA O; 1IBL O; 5IWA O; 4LF7 O; 5BY1 A; 4DV6 O; 2UXB O; #chains in the Genus database with same CATH topology 5LGN A; 3A2F A; 4MW8 A; 1BE3 H; 1GN4 A; 1KC8 W; 5EBW C; 3SPC A; 1SET A; 4ZIB A; 5KMG B; 1RM1 B; 3KCX A; 4FM1 A; 5EK0 A; 3LDD A; 5F2V O; 1AR1 B; 4DV5 O; 3SJA C; 1KEC A; 4PDV A; 3CRM A; 2EX3 A; 4NB5 A; 3HKC A; 4UV8 A; 3FYE B; 3W7S A; 1QR8 A; 4KHP O; 4X1Y B; 1NR1 A; 1U97 A; 5LYJ B; 4FIP C; 1AP6 A; 2ZIO A; 4Q20 A; 4CH5 A; 3TCU A; 5LP6 A; 3QO7 A; 3OTF A; 1OV9 A; 4RUE A; 1Q7Y W; 1THZ A; 1G6U A; 3GVM A; 5GON B; 1SA0 A; 3K57 A; 4H44 B; 4PDR A; 1TA8 A; 3L9D A; 1TGO A; 2LW7 A; 3ZMU A; 4JTA B; 2DOS A; 2UUB B; 3AG3 C; 3H1L H; 1JQ0 A; 1EFR G; 4PA7 A; 4DRX A; 4KUM A; 2EBO A; 3KKY A; 1K9M W; 5LGT A; 1NS1 A; 3M7M X; 2UUA O; 3D36 A; 5B1O A; 1HWY A; 2QWP B; 2HP8 A; 3AK1 A; 4X1I A; 2ZD9 A; 2RN9 A; 4HBN A; 4ZOL B; 4DK1 A; 1QCE A; 2OIE A; 4LFA O; 2ZE8 A; 1TVK A; 2CDY A; 1S76 D; 2QM7 A; 1M93 A; 4JV5 O; 3A0R A; 1RSO A; 1NQT A; 4FFB A; 3H9V A; 2X7R B; 4X62 B; 2O57 A; 2B5U A; 3SJB C; 5IDJ A; 4OXS A; 3R66 A; 1K97 A; 3CP1 A; 4O4J A; 4IHJ A; 2YXH A; 3I5D A; 4O4I B; 3SPG A; 5CN0 A; 3T4D A; 1PNK A; 4W4K A; 2W6J G; 4W4L A; 2NR5 A; 2QWQ B; 4U7O A; 3SJC C; 5EYP A; 1YJN V; 3L70 H; 5HFL A; 1ZL8 B; 2RCV A; 3K5M A; 2P4K A; 3JAR A; 2Q6A A; 3H01 A; 3JAW A; 1ZLZ A; 5K1X A; 5J2T B; 2K1E A; 3TET A; 3E2E A; 4LF9 B; 1F51 A; 4O2B B; 1R1B A; 3OT7 A; 1K5S A; 1AR5 A; 4GZR B; 1YHQ V; 3APQ A; 4TWK A; 4R6Z A; 4UCV A; 4CH3 A; 2KSD A; 5KHJ A; 1NJI W; 4LBE C; 4LF8 O; 3CCE V; 3JAT A; 3RN4 A; 3CB2 A; 3ZHV A; 3KG2 A; 5CB4 B; 4X65 B; 2WSS G; 4J9Z B; 5LMN B; 3JCU Z; 1J5E O; 4MTF A; 1RPO A; 3OMN B; 4QGP A; 1GO3 F; 4TQF A; 3GWK C; 4AIL C; 4HZ3 A; 1N36 B; 1FXK A; 4J10 A; 2A3Q A; 5JCO C; 1EM1 A; 4TSF G; 1AVM A; 1YF2 A; 4J42 A; 4OX9 B; 1SQB H; 2JIZ G; 5KHH A; 4FK5 C; 3CCL V; 1RPR A; 2EIK B; 2Y4T A; 1KD1 W; 3ZCC A; 1J95 A; 1HNW B; 1SQX H; 1AJQ A; 2M7W A; 2CTP A; 3D8C A; 2JK5 C; 3E8B A; 4CBC A; 1PPJ H; 4OPH A; 2X0L A; 3FB6 C; 3QVN A; 4CS4 A; 4L87 A; 1AI4 A; 3A0B Z; 5FL7 G; 2OIG A; 2CGN A; 4JI2 O; 4PI2 A; 2JJ2 G; 1VQK V; 5K1P A; 4I4T B; 1XMO B; 1HNX O; 4BW5 A; 2HR3 A; 4JYA B; 2HFE C; 2V7Q G; 2XTA A; 5KAF Z; 3I56 V; 1G8M A; 3TXS A; 1B3Q A; 2C2A A; 3SYP A; 3CC7 V; 2YSU B; 1PL0 A; 4X88 A; 3IFX A; 5LGU A; 1QLN A; 4TUY A; 4IGG A; 2HHH O; 1K4D C; 2DQ3 A; 2F23 A; 4YJ2 B; 1SQQ H; 1JJO A; 3QO5 A; 1IBK O; 2P06 A; 4FLY A; 3ABL B; 4UCT A; 4QJF B; 3W7W A; 1DGS A; 2WA3 A; 2ZDI C; 1R3L C; 2QM8 A; 1H2K A; 4JZ2 A; 5CA0 B; 3L75 H; 3FB8 C; 4P30 A; 2PI4 A; 1JOY A; 2XAF A; 4XDL A; 3E89 A; 1EBO A; 2P22 C; 3OR7 C; 4K8Z A; 4B3S B; 2AXT Z; 4R8C A; 5FLX N; 2DE0 X; 4FFK A; 4D6T H; 2WLL A; 2IM9 A; 3CRQ A; 4DR3 O; 4YJ3 B; 1PL4 A; 3CME V; 5H6Q A; 1AB3 A; 2R70 A; 4B08 A; 4WCE V; 1NH2 D; 2BSK A; 1P49 A; 3LNN A; 2QSA A; 1OCR C; 4MVS A; 5L3G A; 3OM3 B; 4P2Z A; 4JI8 O; 1MAB G; 5LHG A; 2JS3 A; 3D36 C; 2CUG A; 5H9C A; 2E3C A; 3HB3 B; 1IBL B; 4DYL A; 4UB8 Z; 2K9P A; 1Q6H A; 5KHI A; 3RYH B; 4DV6 B; 1KKC A; 3M99 B; 4X1K B; 1FD9 A; 1OCC B; 4BIZ A; 2Y0P A; 3IJ4 A; 1BS3 A; 4IIJ A; 1FPO A; 1H2G A; 3RYC A; 1KP2 A; 1XBL A; 1I08 A; 2WLI A; 4PA9 A; 2JGU A; 4CZZ A; 5ITZ A; 3G71 V; 2ZR2 A; 1EN4 A; 1VAR A; 5KX5 B; 4O4H A; 5BY1 A; 2RQ6 A; 5C93 A; 3JAL B; 3C3T A; 3ZHS A; 1HR0 O; 1M57 B; 3ZX6 A; 4FLV A; 1PKX A; 3B09 A; 1JFF B; 1AI5 A; 4DR4 B; 3CC4 V; 3D3Q A; 4B3T B; 3QTC A; 3HKD B; 4TV8 A; 4GKK B; 2AZ2 A; 1CEZ A; 3X2Q B; 2ZM6 B; 1K3E A; 2DYR C; 5A2Q N; 3BA9 A; 3VOU A; 1P84 F; 4J80 A; 1WP7 A; 4UFZ A; 1N33 B; 1K92 A; 3T1Y O; 2F95 B; 2QR4 A; 1LUV A; 3B2E E; 3QF7 A; 3JAM N; 4E4E A; 3M8A A; 4JI3 O; 5IY5 B; 1RM1 C; 2QEX V; 3F7Y C; 1SRY A; 1MNG A; 2N05 A; 2DWD C; 1QVF U; 2OTJ V; 1BQZ A; 4R50 A; 2ZR3 A; 1Q86 W; 1VP7 A; 4LCU C; 2H3O A; 2W6I G; 1PNM A; 2YC0 A; 3P3P A; 5CA1 A; 2CK3 G; 1AJN A; 1H2M A; 4LNU A; 3JD2 A; 1VF5 B; 5C8Y B; 4O2A B; 2ETN A; 1ZSP A; 4WFA V; 1IUR A; 4BW9 A; 1FXK C; 1AI6 A; 4G28 B; 3UKM A; 3K5O A; 1MSD A; 1Q6U A; 2YEV B; 3F7V C; 4GKJ O; 2IU3 A; 1QR9 A; 2Q68 A; 3TJT A; 4JI6 B; 2XOK G; 2EIL B; 3NXS A; 2Q0A A; 1KU9 A; 4MVQ A; 1QVG U; 2P6J A; 1NI8 A; 4DUZ B; 1QNM A; 4NXM O; 4BIO A; 3UQ8 A; 1QLE C; 3R65 A; 3ZRW B; 4LH6 A; 3WB2 A; 4CC6 A; 4LF5 B; 1GAX A; 4JYY A; 4I7Z B; 1K33 A; 1NT2 B; 4KL1 A; 4RO2 A; 2ZE6 A; 2P67 A; 2HLD G; 3K59 A; 1NBM G; 2CH7 B; 1EN5 A; 2ZCE A; 5GTI Z; 1BGY H; 4UB6 Z; 1VQP V; 1DF4 A; 2WWW A; 4ZHQ A; 4E2L A; 3E35 A; 1XMQ B; 1VF6 A; 4KFM A; 4GX1 A; 1Y76 A; 4F6R B; 5JWP A; 3T4Z A; 4MT8 A; 2IH3 C; 2FKX A; 4GLX A; 3VBB A; 2ATK C; 2Y48 A; 3ZS8 C; 3CRC A; 3RW0 A; 3ETE A; 4DR1 B; 4TV9 A; 3UO3 A; 4AHC A; 2P5O A; 5BZB A; 4Z2W A; 3RGB A; 1T5E A; 4X20 B; 1S5H C; 3A0H Z; 4UCO A; 2UU9 B; 2GTA A; 1S0V A; 4LR3 A; 1F4M A; 1SES A; 5LL6 Y; 4ZI7 A; 1SQG A; 1R3I C; 1GRJ A; 3CCS V; 3CCU V; 3K08 A; 2VQF O; 1Y74 A; 5JJN B; 1YIT V; 4CH4 A; 1TUB A; 3E22 B; 3BRC A; 1DF5 A; 5KA6 A; 3O65 A; 5JCO A; 1K7D A; 1Q8I A; 2EIM B; 4FM2 A; 3A8T A; 4JI1 B; 4UCU A; 1MA1 A; 1GH6 A; 4Z1M G; 3RVY A; 4NKG B; 1JCH A; 5JH7 B; 3FAV B; 3DSQ A; 5LXT B; 4TOI A; 2HVJ C; 3TXQ A; 2VQE B; 2N04 A; 2EIK C; 2VWK A; 2GUZ A; 4LWS B; 1US6 A; 2UXB O; 2VRZ A; 3CCR V; 1IXB A; 5JVD B; 1OCZ C; 4WBN B; 2YXL A; 4DR6 B; 4NTY A; 4LF4 O; 1DLB A; 1JPX A; 2BTQ B; 4GUN A; 4O4L A; 2JRI A; 3JD3 A; 5BMV A; 5IT9 N; 1QBZ A; 2DWE C; 2IH1 C; 1F7Y A; 2YID A; 1FYJ A; 3K5N A; 4RQE A; 5JJE B; 4B3M B; 4JGS A; 4I5S A; 4B7E A; 1OCO B; 1OZ0 A; 2NN4 A; 3K5L A; 1HDJ A; 2ZDI A; 5BR8 O; 4D7T A; 4MVM A; 1XEQ A; 2CTR A; 1H8E G; 3GB7 C; 3OE7 G; 2FL4 A; 1Q5O A; 2YDE A; 4I55 B; 2PZS A; 3ASN B; 5B1B C; 2UXC B; 3ABL C; 1FFX B; 2JVD A; 2P4V A; 4LFC O; 1ENV A; 1Q82 W; 1XUQ A; 4DV3 B; 3SPH A; 5IYB O; 5LMU O; 2G38 A; 1PV0 A; 4K8X A; 1N34 B; 1XHZ A; 1AP5 A; 4GX5 A; 3RYI A; 3AG1 B; 2PF4 E; 2CTQ A; 4EEQ A; 4LF7 B; 1BHB A; 1WPX A; 5A9G A; 3UT5 B; 3ZMZ A; 3AG4 C; 5LHI A; 3B4S A; 4JI7 O; 4JI0 B; 5IJ0 B; 2YI9 A; 4MVU A; 5FNV B; 4LFB B; 2BTO A; 5B5E Z; 3ABU A; 1WNS A; 1CP9 A; 5L3B A; 1IDS A; 4QE9 A; 3C90 A; 4JAV A; 2KG7 A; 1WA8 B; 3H1J H; 5EC1 C; 2YXY A; 3DXR A; 5KHG A; 2Y0I A; 4I0X A; 1JMK C; 1MZE A; 2EIN C; 2OCC C; 2ODM A; 4UCS A; 2E5L O; 2OYQ A; 3JAK A; 2CTW A; 2XAH A; 1XL4 A; 4ZBM A; 3W7U A; 2JJ1 G; 1XNQ B; 1M9N A; 3B77 A; 3J7A U; 4FLW A; 3STL C; 2E75 B; 2F66 C; 4TQD A; 1VQM V; 5FPR A; 1XNR O; 2MW2 B; 3SJQ C; 4JI5 B; 3T1H B; 2GTS A; 4FJC C; 1M57 C; 4H13 B; 4PDM A; 1SQF A; 3S3X A; 3U0Z A; 4K0K O; 1KKD A; 2OTL V; 3ZN1 A; 3EFF K; 1VF6 C; 2Q4P A; 3N2G B; 4DR5 B; 2PYL A; 1AI7 A; 2A0L A; 3OTO B; 1HP8 A; 4LC1 A; 5KMG A; 2ZXW B; 4BIU A; 3LUT B; 2EIJ B; 1XL6 A; 4DV1 O; 3P32 A; 3C3S A; 4NR1 A; 2XND G; 5JQG B; 1GKF A; 3Q4H B; 4X1Y A; 2XUM A; 5LYJ A; 4Z1V A; 3K0G A; 2YIB D; 4HYO A; 2LFS A; 4D7S A; 3VQW A; 1MOF A; 3OGI B; 3NR7 A; 5GON A; 3IGA C; 5IWA B; 2QE7 G; 1FJG O; 3CJH B; 5IJ9 B; 2XHB A; 1IVS A; 2NNU A; 4B3R O; 1LUW A; 4J41 A; 1JA8 A; 2QA4 V; 1YJ9 V; 4YY3 B; 5BXZ A; 4DV5 B; 4LF6 B; 3MHS C; 4PA3 A; 3WG7 B; 2F43 G; 1YXB A; 4KHP B; 3MDS A; 2B1G A; 4ZOL A; 1SKV A; 4ICG A; 4G27 B; 3CWB H; 3LSU A; 1D2D A; 1MMM A; 3CMA V; 3H1K H; 4JTD B; 1X4T A; 2QWO B; 1PNL A; 1H38 A; 2EUL A; 4WF9 V; 2F4V B; 2WLM A; 1N33 O; 1GTO A; 4O4I A; 2UUA B; 2JS5 A; 1DTO A; 3BEH A; 3SPI A; 2A7W A; 4K3A A; 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2LO1 A; 2EZO A; 4DV4 B; 3AG2 C; 4H0L B; 2LW1 A; 3K9S A; 4YJ2 A; 1OHH G; 3RVZ A; 4X89 A; 2YUA A; 2WAM A; 3LDE A; 1I5X A; 1MZF A; 3E8G A; 2L6L A; 3BFR A; 2LGW A; 1V54 B; 4RQF A; 2HEP A; 4JI2 B; 1YTF B; 5CA0 A; 4JI1 O; 1FXH A; 4DXW A; 3VQV A; 1HNX B; 3JAS B; 5CMU A; 5IYD O; 4X64 O; 3ABT A; 2YS8 A; 3WU2 Z; 1VQ4 V; 1R73 A; 3ETD A; 3HKB B; 3B8M A; 2R9R B; 3L74 H; 1IBM O; 1WB8 A; 4YJ3 A; 4WFB V; 2DYS B; 2HHH B; 5D5Q A; 2ZKO A; 1SZX A; 1M56 B; 2HG5 C; 1IBK B; 3AG1 C; 3O9O A; 3G4S V; 3DC5 A; 2YIB A; 3CPW U; 2OCH A; 4H33 A; 4GCZ A; 1M4U A; 1Q90 D; 2DMX A; 3CCQ V; 2PI5 A; 3RYH A; 3HKE B; 4FMT A; 4UVB A; 1WPB A; 4NXN O; 1ORQ C; 4X1K A; 5LOV B; 2PYJ A; 4G2K A; 3JD0 A; 4XBF A; 1M90 W; 1YCI A; 2RMK B; 4DR3 B; 3JSL A; 3RYF B; 3CEI A; 3B40 A; 1VQN V; 4U3J B; 1I0H A; 5CBF A; 4UXN A; 4ZKI A; 5KX5 A; 2KB1 A; 3FYI B; 1UFI A; 3JAL A; 2Z0A A; 4UV9 A; 1XHX A; 4JI8 B; 4N23 A; 1F23 A; 1DK1 A; 2D2C B; 3JD1 A; 1JFF A; 4QPK A; 3MHH C; 4PDL A; 3SDL A; 3CRA A; 3OUS A; 3HKD A; 3K04 A; 1KP3 A; 3I55 V; 1VQ7 V; 1YVW A; 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