The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
86
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structure length |
86
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVMQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRMLIEKLGI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
RRNA FRAGMENT
|
| publication title |
Crystal structure of the S15-rRNA complex.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Thermus thermophilus
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| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
17
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| structure length |
86
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| sequence length |
86
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1999-12-06 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DV2 O; 2VQE O; 4X66 O; 1HNZ O; 1XNR O; 3T1H O; 4LFC O; 4GKK O; 4NXN O; 2N74 A; 3F5T A; 3RT3 C; 5BXZ A; 5BY1 A; 5FLX N; 4DR1 O; 4X62 O; 4DR7 O; 4JI3 O; 4LF4 O; 5IT9 N; 4LFB O; 4GKJ O; 1R1B A; 3J7A U; 4A5U B; 4DV0 O; 4DR4 O; 2UXC O; 2E5L O; 4K0K O; 2HHH O; 1NS1 A; 2UUA O; 4DR6 O; 4YY3 O; 4X65 O; 4JI4 O; 5LL6 Y; 4DV7 O; 2JRI A; 1A32 A; 3JAM N; 1D2D A; 1DK1 A; 4LF5 O; 2UU9 O; 1FJG O; 1N34 O; 2DOS A; 4B3M O; 1IBM O; 2DJV A; 3O65 A; 5A2Q N; 4OX9 O; 5LMU O; 3M8A A; 2FKX A; 4DV5 O; 4DV6 O; 1HR0 O; 3OTO O; 2UXD O; 3SDL A; 4JI5 O; 1XMO O; 4JI0 O; 2F4V O; 2UUB O; 4JI6 O; 4LF7 O; 2UXB O; 4YHH O; 4LFA O; 4B3S O; 4DUY O; 4DR2 O; 3J81 N; 4DV1 O; 4X64 O; 4B3R O; 1AIL A; 2Z0A A; 1FYJ A; 1N33 O; 4DV3 O; 1HNX O; 5LMN O; 2LW7 A; 4AQY O; 3J80 N; 3R66 A; 2VQF O; 4DUZ O; 1J5E O; 4DR5 O; 5BR8 O; 4JI1 O; 1F7Y A; 4NXM O; 4JV5 O; 4DV4 O; 4OPH A; 1XEQ A; 1XMQ O; 1IBK O; 1G1X B; 4JI7 O; 4LF8 O; 1N32 O; 2UUC O; 1HNW O; 2ZKO A; 4KHP O; 4LF9 O; 1R6T A; 1I94 O; 1N36 O; 2ZM6 O; 1KUQ A; 4B3T O; 1XNQ O; 2AGA A; 4JI8 O; 4OPA A; 1AB3 A; 5IWA O; 5H5N A; 4LF6 O; 1FKA O; 1YZB A; 4JYA O; 4DR3 O; 4JI2 O; 3T1Y O; 1IBL O; 1X59 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4UCS A; 3ZN1 A; 2UXN A; 2Q7E A; 3ZS8 C; 3DTU B; 3OMI B; 1VIB A; 1OCO B; 1M57 B; 2LO1 A; 1XBL A; 5JJE B; 4YHH B; 4DK0 A; 1S3J A; 2ZDI C; 4XDJ A; 4RO2 A; 1LNQ A; 4B3R B; 4ZBM A; 4B3T B; 3E8G A; 1I7F A; 2VRZ A; 4NTY A; 3H1I H; 1AP6 A; 1M57 C; 2QTS A; 2Y0P A; 2ZE5 A; 2OCC B; 4FZ0 A; 2XOK G; 1GN2 A; 1VQN V; 2WA4 A; 3RYF B; 1E79 G; 1D5A A; 2A0L A; 3CRC A; 3OUF A; 4W4K A; 4LF9 B; 5H9C A; 1YTF D; 3M8A A; 4ABM A; 2QM4 A; 1K3E A; 1Z5V A; 1XIL A; 2OCC C; 1HR0 O; 4GKJ B; 4KFM A; 3C3T A; 4DR4 B; 1L0N H; 4UCO A; 1QLN A; 5C8Y A; 1I08 A; 2H3O A; 1AR1 B; 3G6B A; 4J7K A; 4DV3 O; 3AK1 A; 2BSK B; 3DGE A; 2JGD A; 3HB3 B; 3A0B Z; 1GN6 A; 2JJ2 G; 4MVM A; 2VQF O; 5BR8 O; 1M93 A; 1I5Y A; 5B1B B; 3PJS K; 5LOV B; 4QJF B; 1EZJ A; 3UO2 A; 2ZNI A; 4Q6G A; 2HKO A; 1R6K A; 2PI5 A; 3GWO A; 1TVK B; 4F6R B; 5B1B C; 3OM3 B; 4CH5 A; 2WLL A; 3E2E A; 4JI8 O; 1YZB A; 4OX9 B; 3IGA C; 4U7O A; 5H6Q A; 3JAL B; 4FLX A; 1BS3 A; 1Q3E A; 1IXM A; 4JI6 B; 3JAS B; 2YI9 A; 1ENV A; 4ZHQ B; 4WFA V; 2GTA A; 1BQZ A; 5IYD O; 2HFE C; 2XAF A; 1Y74 A; 1F4N A; 3UT5 A; 5CN0 A; 2QWP B; 3BEH A; 4QE7 A; 5CA1 B; 1IX9 A; 4YIP A; 4DUZ B; 1WA8 A; 1SQX H; 2DWE C; 5L3C A; 2NN4 A; 3FX7 A; 1XUQ A; 5B5E Z; 3K5N A; 4TQF A; 1DK1 A; 3GVM A; 3JD4 A; 1IUR A; 5JVD A; 1O9G A; 4U7N A; 1E1Q G; 3JAR B; 4DV5 O; 1KKC A; 2PYJ A; 1QLE B; 1QR8 A; 3IC9 A; 2JJ1 G; 3FB8 C; 1XNQ B; 1US6 A; 5IWA B; 4RAI A; 3OMN B; 1JJ2 U; 1P49 A; 3ZRW A; 3UKM A; 3BPZ A; 2GUZ B; 1E1R G; 1EN4 A; 1QLE C; 4EEQ A; 4MVQ A; 3CSX A; 2D2C B; 1XL6 A; 4KL1 A; 4RQF A; 3HKE B; 4TV8 A; 1P84 F; 2DN9 A; 3MD0 A; 1J5E O; 1WJZ A; 4EFB A; 4LF4 B; 2A3Q A; 1JX9 A; 2O57 A; 1JFF B; 2QM8 A; 3OTO B; 4R50 A; 3IC7 A; 4W4L A; 4TV9 B; 1JA8 A; 1Q81 W; 1BT8 A; 4DV7 B; 1G4Y B; 3ZMU A; 3B4S A; 4O4H A; 3U10 A; 5GON B; 1GN4 A; 3H1L H; 4FLZ A; 4OPA A; 1OCZ B; 1SQB H; 3ETD A; 3CJH B; 2ZIO A; 1XNR O; 4X66 O; 3CCE V; 3CB2 A; 3RW0 A; 1NTM H; 3K5M A; 1QVG U; 2RCV A; 2F4V B; 4X62 O; 2F66 C; 3OUS A; 1XDC A; 3JD0 A; 4MVU A; 1XI1 A; 5K1X A; 3E35 A; 1DF4 A; 1Q8I A; 2B1G A; 2UXC O; 3MDS A; 1W0J G; 4LCU C; 4X1K B; 2XAJ A; 1HP8 A; 4O4I B; 1FXK C; 4BAY A; 1H8H G; 4I4T A; 4N21 A; 1J95 A; 3AG4 B; 4JYA B; 3N2G A; 1ZUQ A; 1GO3 F; 3H1K H; 2IBZ H; 4Z1M G; 1PKX A; 1DLB A; 3CCL V; 2ZIM A; 5EK0 A; 5B1A B; 1VQM V; 2EIL B; 1H8E G; 4NVP A; 4LF8 B; 2PYL A; 5H2F Z; 3F7Y C; 1VF5 B; 3AG4 C; 3K06 A; 4ICG A; 2UXD O; 3F5W C; 4TUY B; 1TA8 A; 1RSO B; 4CH4 A; 5B1A C; 3HKB B; 3J81 N; 4GX2 A; 4EB6 A; 1YI2 V; 2LW1 A; 1NJI W; 2FL4 A; 2PF4 E; 2YSU B; 4YIO A; 3T1H B; 3QO8 A; 2Q0A A; 4PI2 A; 5CA3 A; 3ZHV A; 4JI1 O; 4YJ3 A; 4DV4 O; 1M5I A; 2YIC A; 3E86 A; 3RYC A; 2X0L A; 1YXB A; 3A0R A; 4OPH A; 3FD9 A; 1VMG A; 3CS5 A; 3TJT A; 4DK1 A; 2OCH A; 1ARO P; 3RYI B; 1Q6I A; 1IBK O; 1KU9 A; 1VQ5 V; 4I0X B; 2ZM6 O; 1Y6X A; 2WA3 A; 3JYC A; 4TSF G; 1KUQ A; 1ZL8 A; 2Q7G A; 3B40 A; 3HKD B; 1VQL V; 4E2L A; 5H5N A; 1QNM A; 3QO5 A; 2YI8 A; 1PNM A; 4UFZ A; 2AXT Z; 1IBL O; 1FAF A; 1T5E A; 2P6J A; 3ZX6 A; 3W7T A; 3L9D A; 2QWO B; 4DV2 O; 4DV6 B; 1VF6 C; 2W0F C; 2LFR A; 1YEW A; 3K04 A; 4DW0 A; 1KP3 A; 5J2U B; 1M56 B; 5FLX N; 2UUB B; 4UCR A; 3BA9 A; 1KP2 A; 2HVJ C; 4CS3 A; 4WCE V; 3RYF A; 5KMG B; 2WLI B; 1OV9 A; 2AHY A; 2IU3 A; 4LF6 B; 4FM0 A; 4NXM B; 4JV5 B; 4IIJ B; 4GUN A; 1SER A; 1D2D A; 2R72 A; 4LF5 O; 2P4K A; 1NH2 B; 2JIZ G; 2YXL A; 2QA4 V; 2YDE A; 1IBM O; 2DJV A; 2R9A A; 4ZI7 A; 1KQS U; 3ABL B; 4LFB B; 4UCU A; 1JVM A; 4NB5 A; 1YSC A; 3NR7 A; 4GCZ A; 3LDC A; 1NQT A; 3SYC A; 5ITZ B; 2BSK A; 3R65 A; 4CH3 A; 4YHH O; 4TWK A; 3HKC B; 4I9Q A; 2CAZ C; 4NKG B; 3IFX A; 4B3R O; 3JCZ A; 2Z0A A; 1HW7 A; 2BOC C; 1XOU A; 5LOV A; 2LW7 A; 1BHB A; 3LSQ A; 2ZXW B; 3LNM B; 2P7T C; 5IE9 A; 5EBW C; 3ZN0 A; 3T4Z A; 4BR6 A; 1GKF A; 1TVK A; 1KEC A; 4MTG A; 4F6R A; 3TXS A; 3ZHR A; 5LGT A; 2ZXW C; 4LF9 O; 2BTO A; 2HR3 A; 3MAQ A; 3ETE A; 2F43 G; 4PV1 B; 5LGU A; 2K9P A; 4J80 A; 2UU9 B; 3JSN A; 5KHH A; 1XHX A; 3FYE B; 2V4D A; 4BW5 A; 1EN5 A; 4YJ2 B; 3ASO B; 4JPR A; 3JAS A; 2DYR C; 1SKV A; 4PEL A; 5J9P C; 4ZHQ A; 3BY6 A; 3AG2 B; 3BVO A; 4GZR B; 1H2N A; 1DGS A; 3ZRV A; 4JI0 B; 3RVY A; 4J9Y B; 3GWK C; 5CA1 A; 3ASO C; 1R1B A; 4LNU B; 3D36 A; 1ORQ C; 3JAK B; 4I55 B; 5JWP A; 3OW2 U; 3W7S A; 3B09 A; 4KUM A; 4BIU A; 2ARH A; 3JAR A; 2EBO A; 4EFE A; 2P4V A; 3P3N A; 1EZV H; 3ASN B; 1VQ8 V; 3JD2 A; 4OX9 O; 2MW2 B; 1AI6 A; 4Z2W A; 2YIA A; 1H2G A; 5E79 Z; 1SA0 B; 2GUZ A; 5LBQ A; 1N0N A; 5LA6 B; 4F4L A; 3ASN C; 2JS5 A; 4JI6 O; 1B6Q A; 3WU2 Z; 3KCY A; 5JH7 B; 1URF A; 4UV8 A; 4H33 A; 2JVD A; 1HNZ B; 1JFF A; 1N8R W; 4LR3 A; 1QBZ A; 2Q7H A; 3ZMT A; 4DUZ O; 4JYB A; 2PGG A; 4FPP A; 4TV9 A; 1H2M A; 5JCO C; 4PA6 A; 3ZHT A; 1WPX A; 2B1I A; 3G67 A; 4X9Q A; 5KX5 B; 5EZY B; 3OT7 A; 3PN1 A; 5IY5 B; 4D7T A; 3CJH A; 1DF5 A; 2Q73 A; 1XNQ O; 1SQF A; 4ZIB A; 1K4D C; 2Q67 A; 4GLX A; 1N33 B; 5IWA O; 2IM9 A; 1MAB G; 4UV9 A; 5IY5 C; 2HJD A; 3G80 A; 5LP6 C; 3OE7 G; 3K58 A; 1UPG A; 4JI5 B; 1PP9 H; 1F51 A; 4X1K A; 1ZLZ A; 1G8M A; 2DW4 A; 2Q68 A; 4LF4 O; 4O4I A; 1N32 B; 4QPK A; 4I9W A; 4A5U B; 2BE3 A; 2QKA A; 4DV7 O; 3ZIA G; 3CCQ V; 1ZWI C; 2Q0O C; 2CH7 B; 4P9O A; 4WFB V; 1RSO A; 3ZCC A; 1SF9 A; 3TGU H; 3APO A; 5KHI A; 5KA5 A; 4HNA A; 3HKB A; 4G2K A; 5J2T B; 3RGB A; 3C90 A; 3JD1 A; 1FS0 G; 3OGC C; 2F4V O; 1MG1 A; 3W7U A; 2AHZ A; 5LXT B; 1TUE B; 2DE0 X; 3AG3 B; 4GKK B; 2ZE8 A; 4JAU A; 2HP8 A; 4LH7 A; 3DC6 A; 2QSA A; 1JR9 A; 1DTO A; 4DR7 B; 4JI3 B; 3RYI A; 1H2S B; 3SPG A; 3W7W A; 4B3M B; 4QPJ A; 4I0X A; 1GM8 A; 3G4S V; 3AG3 C; 2XUM A; 1U96 A; 3AEI A; 4JI7 O; 4LF8 O; 4DR6 B; 2WLM A; 4JI4 B; 4QIW F; 2DYS C; 1ZTE A; 4U3J A; 4LFA B; 4ASU G; 2ITC C; 1H38 A; 1NVP D; 3N2K B; 2OWO A; 1V54 B; 1TUB B; 5J2U A; 1FXH A; 4JI2 O; 1QR9 A; 5JJJ B; 3CD6 V; 2X6C A; 1B06 A; 2LGW A; 3ZRS A; 3T1H O; 1V55 C; 4O4J A; 1V54 C; 2YEV B; 3FB7 C; 4WFF A; 4CH6 A; 4H13 B; 1IXB A; 1OHH G; 2UXB B; 5KMG A; 3ZMS A; 2WLI A; 3ZHS A; 4X64 B; 3JD3 A; 2KKW A; 1M1K W; 4IIJ A; 3CCV V; 1CEZ A; 5LMN B; 3WFV A; 5DN6 G; 2QGN A; 4CBC A; 1PPJ H; 4N23 A; 3BA8 A; 1CP9 A; 1BMF G; 2P67 A; 2K1E A; 4R7C A; 3O9O A; 2ZR3 A; 5ITZ A; 2EZP A; 1W0K G; 2GHY A; 3KG2 A; 4DV6 O; 3HKC A; 4IGG A; 3BCC H; 3LUT B; 3U0Z A; 4X1Y B; 3EXA A; 2UUB O; 4DR3 B; 4IHJ B; 4X1I B; 1MOF A; 4O2B A; 4P2Z A; 2VQE B; 1JCH A; 1KBH A; 1SZX A; 2YXH A; 4NYK A; 2B5U A; 2OTJ V; 2BTQ A; 4UXN A; 4G28 B; 4NXM O; 4JV5 O; 3FB5 C; 3QF7 A; 1VQ4 V; 3MHH C; 3APQ A; 1XEQ A; 1Y4M A; 2IJI A; 3BFR A; 4DRX B; 4QGP A; 4IT5 A; 4JYC A; 4I50 B; 1YF2 A; 5GTH Z; 2VS0 A; 1YDX A; 3RYH B; 4O4L B; 1KYO F; 1H2K A; 4YJ2 A; 3ZMZ A; 2ODM A; 2WLN A; 4WF9 V; 2YID A; 1K4C C; 1NI8 A; 2W6I G; 1Z5W A; 5LMU B; 4X8A A; 4UCV A; 2P22 C; 2ADP A; 1K9M W; 2CDY A; 3B8M A; 5CMU A; 1Y67 A; 4LNU A; 2VWJ A; 3JAK A; 4LFC O; 3L72 H; 4I55 A; 5BY1 A; 3JAW B; 3UQ8 A; 3B8N A; 3L73 H; 5IT9 N; 2OIE A; 4DV1 B; 1UJW B; 3OGI B; 4FLV A; 5KAI Z; 2ZT9 B; 1NS1 A; 3JCU Z; 5EIB D; 4J9Z B; 3K59 A; 5EYP B; 5CA0 B; 4K35 A; 3UM7 A; 3K08 A; 3WG7 B; 4MS2 A; 2HVK C; 3JAM N; 2ILM A; 1S0V A; 2QTO A; 4QE9 A; 2UU9 O; 1K5S A; 1FXK B; 1FJG O; 1XMQ B; 3O65 A; 5LA6 A; 4MT8 A; 2YIB A; 3WG7 C; 5JH7 A; 1NKD A; 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